3QOMA

Crystal structure of 6-phospho-beta-glucosidase from lactobacillus plantarum
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
479
structure length
479
Chain Sequence
AMTIKGRAFPEGFLWGGAVAAHQLEGGYKEGGKGLSTADIMTLGTNERPREITDGVVAGKYYPNHQAIDFYHRYPEDIELFAEMGFKCFRTSIAWTRIFPNGDESEPNEAGLQFYDDLFDECLKNGIQPVVTLAHFEMPYHLVKQYGGWRNRKLIQFYLNFAKVCFERYRDKVTYWMTFNEINNQTNFESDGAMLTDSGIIHQPGENRERWMYQAAHYELVASAAAVQLGHQINPDFQIGCMIAMCPIYPLTAAPADVLFAQRAMQTRFYFADVHCNGTYPQWLRNRFESEHFNLDITAEDLKILQAGTVDYIGFSYYMSFTVKDTGKLAYNEEHDLVKNPYVKASDWGWQVDPVGLRYAMNWFTDRYHLPLFIVENGLGAIDKKTADNQIHDDYRIDYLTDHLRQIKLAVLEDGVDLIGYTPWGCIDLVAASTGQMSKRYGFIYVDENDDGSGSLKRYKKDSFTWFQHVIATNGAEIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Lactobacillus plantarum
publication title GH1-family 6-P-beta-glucosidases from human microbiome lactic acid bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 6-phospho-beta-glucosidase
total genus 177
structure length 479
sequence length 479
ec nomenclature ec 3.2.1.86: 6-phospho-beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3qomA00
1E3XA 3MO4A 2DDXA 1HNYA 1CXHA 1YQ2A 4V2XA 3A47A 2PI6A 5A69A 5E9AA 3II1A 4TX6A 2HVMA 2YDRA 4GKLA 2RGMA 3B9AA 5A6KA 2VURA 1C92A 2XFYA 2ZUUA 4MNKA 3SCSA 3BSHA 3VPLA 4TVCA 3VX1A 3FW6A 1IV8A 1OBAA 3ALGA 5GNYA 1CLVA 2WLYA 1W9DM 2ESCA 2JIEA 3MV01 4KGJA 1NWUA 2A3EA 4ATWA 3VVGA 3BAJA 1R87A 2Y8KA 5HNNA 3K46A 4MAZA 3D5HA 2V3GA 3WDQA 3VUPA 4BQ4A 4ZE5A 2XG9A 2ZX8A 1WNOA 3W26A 1TCMA 1KR0A 3VGBA 3N04A 5LA0A 4JHZA 2C7FA 4YHGA 1UD4A 2D22A 4JFWA 2VQTA 2WVTA 3CZLA 1K6AA 3AI0A 2DQXA 2OYLA 1FHLA 4JKLA 4M1RA 3WEMA 5FL0A 1PX8A 1PX3A 2OWCA 4TOQA 4JKMA 1ZS2A 2D0FA 4UOJA 3AMLA 3VDBA 2X0HA 2QLYA 2A3BA 3WNPA 4UQCA 5IXEA 1CGTA 1GW1A 5I5RA 1E5JA 3AIBA 1NQ6A 5ABGA 1UD3A 1GVIA 3W24A 4Z2KA 1NP0A 1HKMA 1PEZA 2DT2A 2VZUA 2DEPA 1L0PA 2FHCA 5I77A 3RM9A 1MWOA 5I6SA 2XVGA 2E40A 4N42A 2D0GA 5ABHA 3I3DA 3AZRA 4H8UA 2A3HA 4P8VA 3K4AA 3RM8A 4D1JA 3KEHA 5AYBA 3PZGA 1FFQA 1DWGM 1JZ4A 3VIPA 3AHZA 1GNXA 2WBGA 2BVDA 1HJSA 3VIJA 3FAWA 3NJ3A 3IAQA 5BRQA 3CPUA 5A8NA 4AD5A 3AOFA 1ZL1A 2WWCA 2XWEA 3FXYA 4UOZA 1BAGA 1US3A 3WFZA 2VT0A 1EDTA 3L4YA 1E3ZA 3RPMA 1KXTA 4HU0A 2VRJA 2ZXQA 3IANA 1D7FA 3BAKA 1TVNA 3BH4A 5AYIA 1DWIM 1XH1A 3W38A 3KE0A 3W27A 1JI2A 1CECA 3CZKA 4RL3A 3S6TA 4R5EA 4AD4A 3RMEA 4W88A 2BY0A 3VO0A 3PZ9A 1XGZA 1OGBA 1E1EA 2PWGA 1ZBKA 2VI0A 4ZFMA 2EBNA 4W8BA 2WLZA 2J78A 5ABFA 2F8QA 1W9VA 3VGFA 3T2PA 2XJ7A 1TA3A 1B90A 4EAMA 2FGZA 3B9DA 3WDJA 2YA0A 3BAYA 3L4VA 2CHOA 5IHRA 2FHBA 4EANA 4PMNA 5HPCA 3WMCA 3WBEA 1ZU8A 3T0BA 3PZOA 3A3HA 2J8FA 2AOSA 4U3AA 1JZ5A 2IXUA 2YDSA 5D4YA 4ACZA 1XH2A 4FLOA 2O9PA 2XPKA 2J7DA 4S3KA 1QOXA 3EMQA 4JCMA 1QNQA 5IFPA 1JYWA 1E73M 4PMQA 2DSZA 2ZXDA 3DECA 5BXPA 2ZWZA 5EBAA 1JF6A 2ZUSA 2DH3A 1N82A 4GI8A 2J79A 1ZB5A 1G5AA 1KQYA 3HMCA 4IUGA 4WJXA 4AW7A 1H11A 2CKRA 1BG4A 3VM7A 4Z2JA 1VEOA 3A4AA 1V6XA 2XYLA 3F5LA 4F79A 2MANA 3ZSTA 1BLIA 3GNPA 3O2LA 2CESA 1V6WA 4BA0A 3SCQA 4AZ6A 4AZCA 5D9NA 1JXJA 3WUEA 3PTQA 4OOZA 1KCLA 1P6WA 4UQ9A 2OLHA 4JIEA 1UR2A 1BYBA 2WVSA 4F66A 3EYPA 1DWHM 2WMIA 4MADA 2XIIA 2J25A 1U30A 4H8VA 4CD7A 5GNZA 4PTWA 4KRTA 3HJEA 1S46A 3AHXA 4FLSA 1J9YA 2XFRA 3OLIA 2CIPA 3BXWA 4J3SA 1Z32X 1E1FA 3K4DA 3TP4A 2E8YA 1UQYA 3M6DA 2FH8A 3FN9A 1Y7VA 3RILA 4JFSA 3DHPA 1JL8A 4CKQA 1UKQA 3GXFA 3W6MA 2XIBA 2GUYA 4CCCA 1JZ8A 2G3NA 1K9DA 2YL8A 1HL8A 1JNDA 1KWKA 1XD0A 2VOTA 3L4UA 3WQ5A 2ZUNA 1HXJA 1KBBA 1E6SM 4CD6A 5JBFA 2HISA 2W67A 4BZYA 4IM4A 1E0VA 1B31A 1SMDA 4WSKA 1HT6A 5EB8A 1NM9A 1XV8A 3NUKA 3BAWA 1JD9A 3VIFA 4NRSA 3PN8A 4Q7NA 1GJWA 2J74A 4W8AA 4EKJA 2WWDA 4OUEA 5BWFA 1JZ7A 1B9ZA 4CU7A 3BSGA 5A6BD 4DWSA 3FHAA 3BCFA 4GI6A 1G01A 1UWIA 2XVLA 2Z1KA 1E9LA 2E9LA 4TUFA 2D2OA 4CN4A 4IPLA 4IPNB 2GK1A 2BV9A 2CBUA 1ZJAA 4D6IA 3QHOA 3PZNA 1CXKA 3CZEA 4JFUA 1E55A 3RM4A 3VGGA 4U2YA 2YIHA 4MDOA 3AS2A 1LWHA 1Q6DA 3ZR6A 3RO8A 2CERA 3VD5A 2ZUMA 5CSYA 1C3FA 1JIBA 2PWFA 4PMOA 1E70M 1MW2A 1LG1A 3ARQA 4WKHA 4CU8A 1UWQA 3VMOA 3WUBA 3AFBA 1M03A 1UKPA 1MQRA 2GFTA 1YHTA 1JGIA 2VNCA 1ZBCA 1KB3A 5BXTA 1RD6A 4OKDA 2UY5A 2IXVA 2ZUVA 3W82A 5C70A 1NP2A 3CMJA 1KGUA 4XUYA 1JAEA 3GH7A 4AD3A 3OGVA 1CLXA 4JHOA 1J18A 3OZPA 1FA2A 3SCRA 3MUIA 1WZKA 2X09A 4AD1A 2Y24A 1UD8A 4WLCA 4M56A 4UNIA 1VAHA 3CHDA 2VL4A 3WQ6A 3AXIA 3AIQA 4V27A 2V3DA 1V3HA 4MDPA 1M04A 5ABFB 1KQZA 4HPGA 4MPKA 1ITCA 1QI2A 3WD0A 7CGTA 5JUVA 5I2UA 2VZOA 4BQ2A 1CGVA 1CNVA 1ESWA 1GHRA 1UWUA 2J77A 4R27A 3AS1A 2J8GA 2ZXBA 3WH6A 4W8LA 4F9DA 1G9HA 2D20A 1OINA 4UCFA 3PHAA 2ZIDA 3GXIA 2WHJA 3CZ8A 1CGWA 3AHYA 2UWFA 4QCEA 1HJQA 2J75A 4ACZB 2DIEA 1E6QM 5HOSA 1TUXA 4B15A 3OG2A 3DYPA 4HZ7A 4QDMA 4FK9A 2XUCA 2YOCA 4GI9A 3WDRA 2J7BA 1U33A 1QNPA 3MUAA 1W2PA 3CUIA 1JDAA 2WB5A 1E6XM 4J7RA 4X0NA 3EMZA 3WNLA 3AHTA 3TA9A 1CYGA 3PBGA 4B3LA 1DWAM 4PBGA 1V03A 2XVPA 1W1VA 4AYSA 1LWJA 5CZKA 2BHZA 1K9TA 2CNCA 5I0DA 1QBAA 3BAXA 1NWRA 5KEZA 1J12A 3T09A 3RJXA 4AZCB 3MU7A 5C71A 3LPGA 3NIYA 5A2BA 5GPRA 4UTFA 2XWDA 1JYNA 1PBGA 3RJYA 4BQ3A 1EOKA 1F4HA 3B9EA 3AIVA 5GQBA 3ZJ7A 1L8NA 3LPFA 3RDKA 2D0HA 1LF1A 1B1YA 1MW3A 3WF0A 1OB0A 2QV4A 3L4ZA 3BC9A 2NSXA 4HPHA 5JBDA 1EQCA 1Q6FA 1BQCA 2D1ZA 3UESA 1QW9A 1UD6A 4AMCA 2QF8A 2O9TA 4MJ2A 1OIFA 4EK7A 2XTKA 4PTVA 1PZ3A 4YHEA 3UR8A 1HJXA 5DFAA 4NF7A 4HA3A 1V3JA 2WZIA 1AQHA 4Z2HA 4UQAA 2OWXA 4B3KA 3VMPA 4Q22A 2EPNA 1TE1A 3WQ8A 2XM2A 2Z1SA 1CWYA 5IHSA 1QBBA 2WSPA 3OLDA 3QR3A 4PMZA 2V3EA 2WC4A 1J0HA 1C7SA 1EA9C 3SUVA 3OZOA 4YN5A 4M81A 6A3HA 1XHGA 1R7AA 1C91A 3WQWA 1GQIA 4PN2A 1V3LA 2JEQA 2WM0A 4LGXA 2DH2A 5M17A 3KZSA 2X2YA 2ZUTA 2WCGA 1XSIA 1KBKA 1NWSA 3EDJA 4AIUA 1V3KA 3VD4A 2V3FA 2E8ZA 3CMGA 4FLRA 2YBUA 7A3HA 3W81A 1OSEA 1CBGA 2OYKA 1QVBA 3PZIA 2E0PA 5A6MA 2DT3A 3U7VA 1F4AA 1LJYA 1W91A 2J7FA 1ZJBA 1CGUA 3BGAA 1VEPA 2X05A 4QLLA 3WD3A 4KRUA 2YL6A 5CPTA 2OYMA 2WKGA 4QLJA 1G1YA 3WH8A 1JF5A 2PWDA 2UY2A 1GQKA 1GOOA 3ZJ8A 3LPOA 2VRKA 2YL5A 4MB4A 2GJXB 3CGTA 3OB8A 1EDGA 3WQ4A 3TTSA 5D8WA 1J0KA 5EFFA 3TONA 1ZBWA 3ARPA 4PSRA 4HP5A 4DUXA 2EPMX 3L2LA 1W1YA 2DT1A 4M8UA 4U3CA 3A4XA 2FHFA 5ECUA 4W7VA 4JFVA 1OD8A 1MVYA 1JZ3A 1UZ4A 4JFTA 4GINA 2F2HA 3NSXA 1CEOA 1PIFA 4RE4A 6TAAA 4LX4A 5I24A 1XRVA 2J7HA 1X6LA 1GVYA 5CXPA 2E4TA 1UUQA 2PB1A 4E4PA 5BYWA 2XSBA 3AXHA 4PEEA 1RP9A 4MNLA 4AZHA 2DIJA 1LL6A 1PJ9A 1V6UA 5D8ZA 4CVWA 1OD0A 3QGVA 5FOOA 1VFMA 1FHDA 3SCWA 2CBVA 1ZBVA 3OA5A 3WNOA 5M03A 2A3AA 1TFVA 1XYFA 4HMEA 3CLWA 3W28A 2QMKA 5CPSA 5M3WA 3VIOA 4QFUA 1V3MA 3VIMA 4P7LA 3GH5A 1KCKA 3WBAA 2X1IA 2D3LA 2WMFA 3WQVA 1XH0A 2NW0A 3ZR5A 2ZXAA 3SUTA 1PAMA 1AQ0A 1LQ0A 2WVVA 1SMAA 4U5KA 2Y2WA 4W89A 1E4IA 1V0LA 3WH5A 1V3IA 1WPCA 2WK2A 3WSUA 1K9EA 3F5JA 3NCOA 3N12A 3CUHA 1HJWA 1TMQA 2YJQA 2VZTA 1BFNA 3AMDA 4CUCA 1EQPA 3HN3A 4W5ZA 2AAAA 4TVDA 1H5VA 4UFJA 5E70A 1JI1A 1QPKA 4BF7A 7TAAA 4DM2A 3PTMA 4PCSA 4H41A 1BVNP 3N1AA 1HX0A 3WF1A 4A3YA 2J7CA 3ZO9A 4ZEPA 4FF5A 4ACYA 5A6AA 1ISVA 2WBKA 3WH7A 5HBFA 2ZX7A 3UERA 1H3GA 1B3VA 1NH6A 4BS0A 4P7OA 1VJZA 1MXGA 1Q6EA 3CHCA 1G0CA 1WAWA 1GCYA 3HU7A 3WMSA 1GZJA 2YLLA 2D23A 3VGEA 1W3HA 1W3KA 1R8LA 1PX4A 2J7EA 2VCCA 2YDQA 3N11A 3M07A 2NT1A 1WO2A 5A95A 2C0HA 3NYDA 1CGYA 1JZ2A 3ARYA 1IZJA 2O9RA 3DYOA 2BXZA 4DUVA 2G3IA 1UR0A 2AMGA 1QNSA 1BVZA 3W6LA 2PBOA 1WCGA 4TX8A 4ZENA 3ECQA 1BGGA 4ZE4A 3G6MA 3ARTA 2WANA 4OBRA 2WSKA 1B3ZA 5AC5A 3DHUA 1UKOA 1E56A 2FH6A 4D6HA 1BTCA 4W7WA 4S3JA 3VINA 4DWSC 3W53A 4AZ7A 4B9YA 1D2KA 4UQEA 3VGDA 1HP5A 1PPIA 4X0VA 4DUWA 3IJ9A 1CENA 3SEPA 3THDA 4HMDA 1GOWA 3CHFA 4D72A 1GOIA 5CLTA 1J0YA 2GVYA 2BXYA 3RIKA 4UZSA 5CPQA 1GOQA 4PUEA 3WF3A 4JCLA 5FKYA 1VF8A 2JF7A 4JL1A 2VZSA 4A3HA 3MSDA 2EQDA 2EO7A 1B3YA 2V5DA 3A4WA 3VILA 2ZICA 1I75A 4PTMA 4HZ6A 3WF2A 2QHAA 1EHNA 3NDZA 2QPUA 3PZUA 3W25A 1TG7A 3VDHA 1OWQA 1XD1A 1HP4A 3K1DA 1X6NA 4TTGA 3MUZ1 4N0RA 2BS9A 1QI4A 3WDIA 4PMUA 4F9JA 1KXVA 3IJ7A 2X8RA 5A1AA 2EPKX 3GBEA 4PUDA 3SCOA 2E3ZA 2W63A 3U57A 1EOMA 3EDKA 1OCQA 4P8XA 3POHA 5BROA 4PYSA 1I1XA 4GO8A 1UA3A 4J28A 4JAWA 3SUUA 2DSKA 1V6VA 1W9PA 1E5NA 1GUVA 1WKYA 3MSGA 3WD1A 4C7DA 5I23A 1XSJA 3IJ8A 3AS3A 2EPOA 2VX5A 3WUFA 3VKKA 3BAIA 3L2MA 3WN6A 4J3VA 1UZ1A 5FCZA 3FNDA 3VNZA 2OSWA 1G94A 1HL9A 1R86A 2PBGA 4GO9A 3ARZA 1Q6GA 3I3EA 1C93A 1KXQA 1ISZA 4L4OA 3WKZA 4OBSA 1CGXA 3APGA 3AISA 1O6IA 2XGBA 3SCTA 1IZKA 1E4LA 1CDGA 3NDYA 3UG3A 2OSXA 4MB1A 2PF0A 4KH2A 3A6OA 5GNXA 1HKIA 5BRPA 2DGAA 1JYXA 4QAWA 3OLEA 1EO5A 3OGSA 2J62A 4CD4A 5A2AA 4FLQA 4M82A 4GZEA 2VCBA 1ODZA 1C8YA 1TVPA 2WMGA 3F5KA 3MANA 3ZJKA 2WAGA 4DWSD 3BLKA 2XVKA 1ISXA 3ZMRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E3X A;  3MO4 A;  2DDX A;  1HNY A;  1CXH A;  1YQ2 A;  4V2X A;  3A47 A;  2PI6 A;  5A69 A;  5E9A A;  3II1 A;  4TX6 A;  2HVM A;  2YDR A;  4GKL A;  2RGM A;  3B9A A;  5A6K A;  2VUR A;  1C92 A;  2XFY A;  2ZUU A;  4MNK A;  3SCS A;  3BSH A;  3VPL A;  4TVC A;  3VX1 A;  3FW6 A;  1IV8 A;  1OBA A;  3ALG A;  5GNY A;  1CLV A;  2WLY A;  1W9D M;  2ESC A;  2JIE A;  3MV0 1;  4KGJ A;  1NWU A;  2A3E A;  4ATW A;  3VVG A;  3BAJ A;  1R87 A;  2Y8K A;  5HNN A;  3K46 A;  4MAZ A;  3D5H A;  2V3G A;  3WDQ A;  3VUP A;  4BQ4 A;  4ZE5 A;  2XG9 A;  2ZX8 A;  1WNO A;  3W26 A;  1TCM A;  1KR0 A;  3VGB A;  3N04 A;  5LA0 A;  4JHZ A;  2C7F A;  4YHG A;  1UD4 A;  2D22 A;  4JFW A;  2VQT A;  2WVT A;  3CZL A;  1K6A A;  3AI0 A;  2DQX A;  2OYL A;  1FHL A;  4JKL A;  4M1R A;  3WEM A;  5FL0 A;  1PX8 A;  1PX3 A;  2OWC A;  4TOQ A;  4JKM A;  1ZS2 A;  2D0F A;  4UOJ A;  3AML A;  3VDB A;  2X0H A;  2QLY A;  2A3B A;  3WNP A;  4UQC A;  5IXE A;  1CGT A;  1GW1 A;  5I5R A;  1E5J A;  3AIB A;  1NQ6 A;  5ABG A;  1UD3 A;  1GVI A;  3W24 A;  4Z2K A;  1NP0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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