3QOMA

Crystal structure of 6-phospho-beta-glucosidase from lactobacillus plantarum
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
479
structure length
479
Chain Sequence
AMTIKGRAFPEGFLWGGAVAAHQLEGGYKEGGKGLSTADIMTLGTNERPREITDGVVAGKYYPNHQAIDFYHRYPEDIELFAEMGFKCFRTSIAWTRIFPNGDESEPNEAGLQFYDDLFDECLKNGIQPVVTLAHFEMPYHLVKQYGGWRNRKLIQFYLNFAKVCFERYRDKVTYWMTFNEINNQTNFESDGAMLTDSGIIHQPGENRERWMYQAAHYELVASAAAVQLGHQINPDFQIGCMIAMCPIYPLTAAPADVLFAQRAMQTRFYFADVHCNGTYPQWLRNRFESEHFNLDITAEDLKILQAGTVDYIGFSYYMSFTVKDTGKLAYNEEHDLVKNPYVKASDWGWQVDPVGLRYAMNWFTDRYHLPLFIVENGLGAIDKKTADNQIHDDYRIDYLTDHLRQIKLAVLEDGVDLIGYTPWGCIDLVAASTGQMSKRYGFIYVDENDDGSGSLKRYKKDSFTWFQHVIATNGAEIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Lactobacillus plantarum
publication title GH1-family 6-P-beta-glucosidases from human microbiome lactic acid bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 6-phospho-beta-glucosidase
total genus 177
structure length 479
sequence length 479
ec nomenclature ec 3.2.1.86: 6-phospho-beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3qomA00
3OG2A 2WVUA 3SCVA 3VGBA 2UY2A 2DQXA 1HJWA 8CGTA 2VCAA 3SUVA 1CIUA 4JFVA 4R5EA 1E6XM 1W9XA 1XC6A 1JF5A 1QNOA 3WSUA 1HVXA 2DSWA 1HJXA 1VFOA 1TUXA 4PTMA 3VO0A 2VR5A 5DFAA 3UERA 4B3LA 4E8DA 1D2KA 3FY1A 2PWHA 3LMYA 4DWSB 4RE4A 7CGTA 2FHFA 4UQAA 3WENA 3WUFA 3UR7A 5BWFA 1CXFA 2WLYA 3J7HA 1CGXA 5A6KA 1FHLA 4B15A 4GZEA 2BY3A 2PB1A 4UFHA 2WXDM 3AQUA 3VTRA 1R7AA 1UR4A 3EMQA 1KXTA 1NWUA 2O9PA 3MUAA 1FH8A 1VFUA 4W7VA 5I79A 3WNPA 1Q4NX 1RH9A 3CHEA 3WL1A 1EHAA 1E4NA 5I3DA 1J0KA 1H3GA 3AS0A 4F79A 2YA1A 1Q6EA 1GHSA 1E0XA 1VIWA 1M04A 5D9NA 4HOXA 1M01A 1V3LA 3BCFA 5A8NA 9CGTA 1B30A 1HJQA 2XVNA 1UD6A 1FH7A 1W2PA 4CU7A 4TTGA 4W88A 4IPNB 1E6PA 1J12A 2ZIDA 3RCNA 1EH9A 1PBGA 5A6BA 1WP6A 1V0LA 5IDIA 3NJ3A 2W67A 3EDDA 2X1IA 1CDGA 1CPUA 1QI5A 3ARRA 3VPLA 1MXDA 1EGZA 4EANA 4XB3A 1UA3A 5E09A 2ZUTA 5A3HA 3RDKA 1OGGA 4FLRA 3EYPA 1AQHA 5HPCA 5CGTA 1JZ8A 1TG7A 1ZS2A 3AXXA 1CGYA 4CD6A 1PEZA 4J3WA 2XWDA 4ACZB 3VGHA 4NSBA 2VX4A 2W66A 3IK2A 5GQBA 2WHMA 3VDHA 1GPFA 2Q8XA 3OLIA 2QV4A 2NW0A 1UOKA 3O9NA 3ZT5A 3OLGA 4P7OA 4OBRA 5BXPA 4NRSA 1KWGA 1C8XA 2VX5A 1ZBWA 3VIKA 2EPLX 4PCSA 2W62A 2WVSA 1TZ7A 1NOFA 1US2A 3EDEA 3A4AA 2DSVA 4PMQA 1ITXA 2DT3A 3O2LA 3CUHA 2WSPA 4WLCA 4QCEA 1OD8A 4ATDA 5AC4A 2VZVA 1DHKA 3AHVA 5DT7A 4GPNA 5BXTA 3W27A 3MO4A 5I23A 1TVPA 2WW5A 3BSGA 3VILA 3WUBA 1HJSA 4WKAA 2OWWA 1VF8A 2YBTA 1J0YA 1JAKA 1QHPA 2J79A 5A6SA 4QAWA 1OGBA 2VX7A 2YL9A 5IHRA 4Z2LA 1ISZA 5FCZA 3ZR6A 5JIPA 3SUTA 4JIEA 5A2BA 3SCQA 1MW3A 3T2QA 1JAEA 4E4PA 1VFMA 5BXRA 3EBVA 3HJEA 2W63A 4PMOA 3VGEA 4UCFA 2GFTA 4LQ1A 5CQ1A 5I77A 3CO4A 2W4XA 3THDA 1J0HA 3ZM8A 1HL9A 4W86A 4QLLA 4UFJA 4RL3A 1V02E 4CD7A 1SMDA 4WF7A 1W9VA 3L4ZA 2PBOA 1G0CA 5E6YA 4ZEPA 1WZLA 1FFQA 3BH4A 5ABFA 3BCDA 3ARSA 1EDGA 1FFRA 2DGAA 4QP0A 1W91A 4EE9A 4EAMA 3VIJA 5C71A 2WC3A 1ECEA 1XH0A 3D5HA 4H8HA 3WBAA 3ZR5A 1CGTA 3N11A 2PC8A 5AYIA 1GOIA 4UOQA 5E6ZA 1ZBCA 2JEQA 3MS8A 3VD3A 1GQJA 1E71M 1V03A 2WWDA 3GNOA 1SR0A 4OOZA 1E3ZA 3PZ9A 1BYCA 3WEMA 1B3VA 4AZCB 1JYWA 4B9ZA 1EO7A 2X0HA 3F5KA 2GK1B 1QNSA 3MUY1 4D72A 3RILA 1JZ7A 3L4VA 5DO8A 2WYSA 3MU7A 7A3HA 2J77A 4V27A 3WELA 4HMCA 2XM1A 4OUEA 4GZJA 4MJ4A 4MNMA 1MWOA 1V6VA 5A2CA 3GDBA 1QBBA 3CZEA 1X6LA 1UR9A 1LL4A 2TAAA 3MV11 3WQ4A 5BROA 4CD8A 4IM4A 2E8YA 3NDZA 4UZSA 2GDVA 3UETA 4BZYA 3CHCA 3LPGA 4AXNA 5A95A 3K46A 1FH9A 2VOTA 3CZLA 4GI8A 3MKKA 2V3FA 5CPQA 4CU6A 5GNYA 1BG4A 2J7EA 1I1WA 5BRPA 2Y5EA 3NDYA 3SIMA 2WZEA 1W1YA 2AMGA 3VINA 5E70A 3K4AA 1EDTA 2QF8A 4OIFA 2CNCA 4V2XA 3ZQ9A 3N15A 2CCRA 2G3JA 4DUXA 3BC9A 3A4WA 1E43A 2EO7A 4PMZA 1JI1A 3CH9A 2Z1SA 3TONA 2VZUA 2ZOXA 5I6SA 1R7OA 2YBUA 3PZOA 3W82A 1J9YA 4CCCA 5AC5A 1JXKA 1H41A 4KGJA 4KWUA 2YLAA 1OCQA 3AHTA 1U30A 3TTQA 1LLOA 4M24A 3RM4A 3PZUA 1B1YA 1NOWA 4W85A 1JZ6A 4JKLA 4AMCA 4U3AA 3NSXA 1E9LA 2O9OA 4H41A 4KH2A 1TCMA 4LYPA 3QOKA 4CD5A 3AZSA 2J78A 4PTVA 4NZCA 1GOMA 3GBDA 1FOBA 2AOSA 3ZT6A 3VGFA 2PWEA 2V3DA 2YL5A 5M5DA 4W7UA 5EBAA 1V0NA 3BAYA 1W2VA 2D3LA 3K8MA 3ALFA 4J3TA 2FH8A 3GNPA 1RP9A 4JKKA 5A69A 2BHYA 4DUVA 3KL0A 2C0HA 1JYVA 3QR3A 1XH1A 1NP2A 1U33A 3HU7A 3VIFA 4AD4A 4UFIA 4PMNA 1UYQA 5F7UA 1BYAA 3MMWA 4JCMA 5JBFA 2WVVA 3B9EA 1VEMA 1BAGA 1LJYA 1WDRA 2J7DA 4OOUA 3AHZA 4M29A 3BSHA 1B9ZA 5CPTA 1JD9A 1OBAA 3FAXA 1B3XA 1LF1A 3VGDA 1UWIA 3GM8A 5LA0A 2WB5A 3N04A 4BA0A 1JZ3A 1O6IA 4H8VA 4PMXA 1C7SA 5JIWA 1GQLA 1Q6CA 2WANA 2IXUA 1TE1A 1YHTA 1Q6GA 1B90A 3VIHA 4GO9A 1JYXA 4H04A 2CXGA 3CZ8A 3VMPA 3N9KA 4CN6A 4M56A 1GOQA 3ECQA 3PTMA 3FHAA 3GXMA 1E1EA 1GQIA 1R86A 2PWFA 1QW9A 1OIFA 4NRRA 4U31A 4L4PA 4W8BA 1UR8A 2VNCA 3GBEA 1KGXA 2EPMX 2JE8A 1WNOA 3AYRA 2QMKA 3WNOA 1C92A 4BS0A 3AMLA 2JEPA 2D22A 1H2JA 4X0NA 1KFWA 1JL8A 5D9MA 1EXPA 1V3IA 2W91A 3EDKA 4WJXA 4JZ5A 4W5ZA 3T2PA 2WMIB 1Y7VA 2CESA 2WHKA 3ZO9A 1XYZA 2WKLA 1BLIA 3WQVA 1JZ4A 2O9TA 4M8UA 4W89A 1E6ZA 1BG9A 4OKDA 4Q22A 1UZ4A 4F8XA 2J25A 2WC4A 1MW0A 2GDUA 3AOFA 1MXGA 2ZXBA 3MUZ1 3W6LA 1XHGA 2Z1KA 2OYKA 1YQ2A 4CD4A 2PBGA 1ZJAA 1FP9A 4NF7A 2BVTA 4BCEA 1UKPA 3W53A 3SCWA 4PCTA 1GHRA 2JFEX 4P7NA 2BY2A 1R87A 1TA3B 2W61A 1UR2A 2XYLA 1H49A 1PAMA 1UH2A 3DC0A 1J0IA 1JFXA 1X6NA 2FHCA 3PZNA 2O9RA 3WDIA 3OGVA 2YA2A 2ZWYA 1UWTA 3AIQA 1LG2A 3ZSTA 1E72M 3VIIA 1VJSA 4A3YA 5HPOA 3IANA 2GUYA 1QVBA 2VX6A 3ARTA 4UQDA 2ZX7A 2CHNA 3VNYA 2ZICA 4D6HA 4LXFA 2W92A 4KGLA 3BLPX 2YIHA 4GKLA 5HNNA 1KXQA 1U2YA 1FHDA 1WE5A 1CECA 3NIYA 4H8UA 2XVKA 3OB8A 4TX6A 4K68A 2F2HA 2X0YA 4OJYA 1OT1A 3WNNA 1HKJA 2WHJA 1E55A 2J7FA 3WN6A 3N18A 5A2AA 4PEEA 1CTNA 1CXIA 2E3ZA 3N13A 4AY1A 2DEPA 1CBGA 3AHXA 3GH4A 1E40A 1DWIM 3VU2A 1CXHA 3BGAA 4AD3A 1UWSA 3MSDA 3CLWA 1MQQA 4JFTA 4PMYA 2ZXDA 5KEZA 3T0BA 3N17A 4PMDA 4D1IA 1BPLB 3FNDA 2J62A 3GH7A 1V3MA 5D9PA 3GXFA 4MAVA 4BQ4A 3WDPP 1BVNP 2V3GA 1G01A 2QPSA 3WF0A 1J18A 2WZHA 1QI2A 1ZBKA 2QMJA 4PYSA 3WQWA 5FL0A 3WKZA 4PSPA 4YHEA 5CZKA 2DT1A 2FHBA 5JBEA 2J7BA 3APGA 3M07A 1NOUA 1DWHM 2ZX8A 1NWRA 3VDAA 3M6DA 3WMCA 1PX3A 1TVNA 3AXHA 3VD5A 4ACYA 1IT0A 2ZWZA 4TVUA 5DT5A 3PTQA 1E4IA 3WFLA 4YPJA 4PRWA 1W3LA 5AYBA 1PX4A 2WMKA 4JAWA 3AIWA 1CGWA 3ZOAA 1GVIA 1LWJA 2PWGA 6A3HA 5A6AA 1AVAA 3AMGA 1E5NA 3IAPA 4HZ8A 3VIMA 1L8NA 3VMNA 4UR9A 3AMCA 2VZOA 3ZSSA 3WEZA 3PN8A 4H2CA 5ECUA 1UWRA 3LPPA 1GW1A 3CUFA 3AZTA 1M53A 3ARQA 1XD1A 3WQ5A 4P8XA 4FMVA 3W81A 2XUCA 1MW2A 3EMZA 1PJ9A 3VUPA 2WHLA 3WDQA 1BGAA 3AMDA 1WZAA 4JL2A 1J01A 2XM2A 2EQDA 5HDRA 3SCSA 3B9DA 3DYPA 4RE3A 3W26A 2G3MA 2G8ZA 1KB3A 3W29A 3TOPA 3VNZA 1VBRA 1WO2A 1W1VA 1AMYA 3KZSA 5AY7A 3PZTA 1BHGA 2Y2WA 4JFSA 2CBIA 1HNYA 3UESA 4ATWA 2XFYA 4TVDA 2JF7A 3CZJA 3S6TA 5EMYA 4WSJA 4A4AA 2VRJA 4CVWA 2WMHA 1TMQA 4AW7A 3G6LA 3WD1A 4LPCA 1DP0A 3FW6A 1OWQA 2YDRA 1JGIA 3GYCA 2A3AA 5DEZA 1GNXA 1DTUA 1EOKA 5ABFB 2RGLA 1HJUA 4Z2HA 4U33A 3FAWA 4M82A 4XUYA 1W9PA 1SFSA 4URIA 3CMGA 1KXHA 3DYMA 2RGMA 5GNZA 1US3A 1QPKA 2QHAA 5A6JA 3VD4A 5IFPA 4D6FA 4X9YA 1C91A 4CCDA 1CXKA 1VB9A 4TXEA 3I3BA 1FA2A 2ZUNA 3ARPA 1JD7A 2CERA 1BYDA 3WL0A 1K9TA 3T0AA 2ZUSA 2EJ1A 3UG5A 3ZIZA 1EQPA 1V0KA 2PWDA 1PX8A 1PZ2A 4GI9A 4Y7EA 4U2ZA 1E6SM 4HU8A 2WWCA 1UKTA 1WDQA 1XSJA 3UEQA 3DHUA 4HZ6A 4F9DA 4CVUA 2X2YA 3A6OA 4UQCA 3ZJ8A 3CHDA 4MADA 2EPKX 4P7RA 2WM0A 4GQQA 3AHYA 3SEPA 1CNVA 3VIGA 5M3WA 3U7BA 1KQZA 3VDBA 4BF7A 4UOZA 1UG6A 3KL3A 4TUFA 4J28A 1KGWA 4D6CA 3UCQA 1ZJBA 1ODZA 3SURA 3WD0A 4B3KA 1C8YA 4V28A 5KZ6A 3WF3A 3TTYA 3CUIA 4HOZA 3K4DA 4PMRA 2VTFA 3MMDA 1V0MA 4Q7NA 2VCBA 5IHSA 2V3EA 4DWSC 2BHUA 5ABGA 1SYTA 1DWGM 2D1ZA 3GXIA 4HTYA 2VCCA 4MDPA 5M17A 4CUCA 4AIEA 4MJ2A 5CGMA 3SCPA 4HMDA 4TOQA 1WKYA 1UKSA 2CITA 4X0VA 3GNRA 4TVCA 3WF1A 3RMEA 4HPHA 3SCRA 2DDXA 1CEOA 4W93A 5HXMA 4FF5A 3OGRA 3PZIA 3PZMA 3PZVA 4WKHA 1UWQA 2WC7A 2GJXA 2E9BA 4BQ3A 4J3SA 1HP5A 4CGTA 2VZSA 5D4YA 2JF6A 2X05A 2BXYA 1O7AA 2NT1A 1CWYA 2Y24A 3ZMRA 3BMWA 4JFUA 1MFUA 1VEOA 1Q6DA 4XX6A 4MDOA 4LX4A 3N12A 2DSKA 5BRQA 2VVNA 3T08A 3WH9A 2VL4A 5FL1A 5DMYA 4GZIA 2BVDA 4PN2A 3W24A 1ITCA 3G6MA 4HOWA 4M80A 3QOMA 3ZJKA 1C3FA 4UQEA 3CTTA 5CXPA 4UZUA 3HN3A 3L4XA 4FLQA 2XWEA 2WZIA 4RE2A 1V6YA 2UY5A 2YL6A 4WK9A 1WPCA 2WKGA 4J3UA 3GZAA 4XZWA 4MB1A 4QFUA 1GQKA 1I75A 1QBAA 1G9HA 3B9AA 4P8UA 2WVVB 1UR1A 3VD7A 2E9MA 3PBGA 1Q6FA 2CIPA 1GOKA 1IZJA 1M7XA 1GCYA 4ATLA 4WKFA 1B0IA 2EPNA 4PUDA 1V6UA 4QLJA 4NI3A 4AZIA 5HBFA 1E0WA 3QHNA 1OINA 1OB0A 2BHZA 4AIUA 2JIEA 1UQYA 2X8RA 2HISA 1ZU8A 4DWSD 3AISA 2D0FA 1BGGA 4AEFA 1CZ1A 2Y8VA 3ARUA 3RM9A 2BVYA 4W87A 1MW1A 3GH5A 4GIAA 1FP8A 1VAHA 1L0PA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OG2 A;  2WVU A;  3SCV A;  3VGB A;  2UY2 A;  2DQX A;  1HJW A;  8CGT A;  2VCA A;  3SUV A;  1CIU A;  4JFV A;  4R5E A;  1E6X M;  1W9X A;  1XC6 A;  1JF5 A;  1QNO A;  3WSU A;  1HVX A;  2DSW A;  1HJX A;  1VFO A;  1TUX A;  4PTM A;  3VO0 A;  2VR5 A;  5DFA A;  3UER A;  4B3L A;  4E8D A;  1D2K A;  3FY1 A;  2PWH A;  3LMY A;  4DWS B;  4RE4 A;  7CGT A;  2FHF A;  4UQA A;  3WEN A;  3WUF A;  3UR7 A;  5BWF A;  1CXF A;  2WLY A;  3J7H A;  1CGX A;  5A6K A;  1FHL A;  4B15 A;  4GZE A;  2BY3 A;  2PB1 A;  4UFH A;  2WXD M;  3AQU A;  3VTR A;  1R7A A;  1UR4 A;  3EMQ A;  1KXT A;  1NWU A;  2O9P A;  3MUA A;  1FH8 A;  1VFU A;  4W7V A;  5I79 A;  3WNP A;  1Q4N X;  1RH9 A;  3CHE A;  3WL1 A;  1EHA A;  1E4N A;  5I3D A;  1J0K A;  1H3G A;  3AS0 A;  4F79 A;  2YA1 A;  1Q6E A;  1GHS A;  1E0X A;  1VIW A;  1M04 A;  5D9N A;  4HOX A;  1M01 A;  1V3L A;  3BCF A;  5A8N A;  9CGT A;  1B30 A;  1HJQ A;  2XVN A;  1UD6 A;  1FH7 A;  1W2P A;  4CU7 A;  4TTG A;  4W88 A;  4IPN B;  1E6P A;  1J12 A;  2ZID A;  3RCN A;  1EH9 A;  1PBG A;  5A6B A;  1WP6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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