3QPZA

Crystal structure of the n59a mutant of the 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
276
structure length
251
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKAARSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESPLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Targeting the role of a key conserved motif for substrate selection and catalysis by 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis
total genus 84
structure length 251
sequence length 276
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qpzA00
5CPOA 4JGDA 2I9EA 1SO3A 3LCGA 2C0AA 2ZRYA 1WOBA 1KBIA 1P1XA 4ZVJA 2B4GA 1OX4B 3NG3A 5D2TA 1JCXA 3BLEA 3E96A 4XKYB 1QMLA 1QOPA 3IIVA 2H6RA 5F2IA 1U5JA 4NNAA 3SIZA 3I65A 3SW6A 1QNVA 1ML1A 4AAJA 4AVFA 3CEUA 1GOXA 1F74A 2QCNA 3DI1A 3W2MA 1WAUA 5CZJA 5DELA 2DZXA 4N9DA 4WY0A 1G67A 2J88A 2AAMA 4JDBA 3W7PA 4IMDA 4LVGA 2X1SA 1IXNA 3EWBX 3W7RA 2ZYFA 3ABSA 4E0CA 3G1AA 1THFD 4K39A 1YPIA 3HPZA 3A5FA 4R33A 3IVTA 4EOUA 1LOQA 3TDFA 3NO5A 3S1VA 4A21A 4MOZA 4LVDA 2FPYA 1TV8A 3C4UA 4I9AA 2NX9A 2V82A 2ATMA 5E93A 4RK8A 4ORMA 1W1ZA 4ORIA 5BW6A 3NPWA 2Y62A 4U28A 3THAA 1FCBA 3S5NA 2QUUA 4K8EA 4TMBA 3H55A 1H7XA 1R46A 3E12A 1SZNA 1QPQA 5AN7A 8TIMA 3LGEA 4M6PA 5BMXA 4TU1A 3ZWTA 3WJYA 5EYWA 1DQXA 1FY6A 2LLEA 3GNNA 1IXQA 3P8JA 4A2RA 4UNKA 1W37A 4O13A 3CQ0A 1IXOA 3N2MA 3TC6A 4I7VA 4WQ6A 4TMCA 3AO0A 3TROA 3W1LA 1JULA 5K3VA 2I14A 3NQVA 1S5VA 3D0CA 3TXZA 2VFIA 4NJJA 3DBPA 4FNTA 3LB0A 3HO8A 4UFLA 3EX3A 4K8HA 3HGJA 4MYXA 3SZ8A 3LXAA 2FDSA 3KXQA 4HIBA 1MEIA 3MP3A 3UWYA 3HIJA 1I2PA 3HQ1A 1K8XA 5LKYA 2J27A 5D38A 4ZQRA 1TCDA 3CWNA 3LOTA 4UFHA 5G4EA 3MMTA 3QPYA 3T78A 1ADOA 1KV8A 1WA3A 4YL2A 3FJ6A 4LS0A 3IEBA 3O07A 3PBVA 5FF3A 1DVJA 1YDOA 3TIMA 2YW4A 2WSRA 1NSJA 2YZRA 3G3DA 1GEQA 2QCCA 2YPIA 3QYQA 3TJXA 1SZFA 2OMAA 4JTJA 2F7FA 4O1BA 5KINA 5KSWA 1AK5A 2A7PA 2QEZA 2WSQA 4RXGA 2QCDA 1S5TA 4YCOA 3OVPA 4UMAA 4YMZA 2C18A 4ZZ9A 4S2CA 3L65A 1IGSA 4OV9A 1XBVA 3GDKA 4IMFA 2QUVA 3IGUA 3EWXA 1OYBA 3O15A 3PC0A 2Q3OA 1I2OA 2C14A 5D2VA 1H7RA 3I7SA 3RF9A 5EKYA 1TJPA 2DZUA 1W0MA 4IX0A 3LDVA 1X7FA 4UXDA 2EHHA 3TH6A 3MI3A 2VELA 3F4WA 3GIYA 1OX6A 2BTMA 3T4CA 1R47A 3C0JA 3QFEA 1ZALA 1OFPA 3DKLA 1EEPA 1OK4A 3LTPA 2ZZ4A 4JX4A 3W1QA 4HPJA 3NM1A 4QNWA 5F4SA 2CWNA 2QJIA 3U8GA 5LGZA 1KTBA 5EL1A 1B57A 4MVAA 2YR1A 3OA3A 4MY1A 4RV8A 5CZTA 2DZSA 1P0KA 4IJBA 3LLDA 2VFHA 4Z0SA 1BTMA 4FB7A 1PV8A 3B05A 1KLYA 4DF1A 4X2RA 3W9ZA 1J5TA 3TX9A 2QCGA 4O0ZA 3W7QA 4O16A 1JCYA 3NAVA 2HS8A 1SSGA 2VEPA 1SFLA 4LVAA 1FXPA 3JR2A 2YCEA 4GUFA 1VYSX 3P81A 1HTIA 1I45A 3P67A 2JKEA 3S1UA 3MHFA 5D03A 3T44A 1YYAA 2TRSA 2DJXA 2GQ8A 4AXKA 3EWUA 2CW6A 3W84A 2Y85A 1W5NA 5FESA 3GLCA 2FB3A 1VQTA 4OE7A 1FDZA 1H51A 1B4EA 3UWUA 3C2EA 3NQ7A 5DY2A 3WJSA 2BZNA 4UTWC 1HFBA 1KBJA 1GZGA 4FEZA 3S42A 1F5ZA 1GVQA 1R2TA 3LCIA 1O5KA 4HSNA 5DN1A 2OT0A 1JCNA 1QFEA 1XCFA 1SZGA 3GNDA 3L0GA 1QWGA 3M5XA 3YPIA 5HUPA 4JTHA 4N6FA 3STGA 1T99A 1L6WA 3NVTA 1TPEA 2WNNA 4Y96A 2R14A 1T8XA 3P62A 4RZ4A 3B04A 4DO6A 2CLMA 5LNWA 1U83A 1YXDA 2QCEA 4JTTA 1DJQA 1A5BA 1B3OA 2V2HA 3HGOA 5BRBA 5KZEA 2O7QA 2CLLA 4PA8A 3L5LA 4O0KA 3QW3A 1AW2A 1SW7A 4R7JA 2P10A 4MFEA 1IIGA 3W1AA 3BV4A 1I8JA 6TIMA 1Y0EA 3KOFA 3NNTA 1ZFJA 4MY9A 3PAJA 1YLVA 2O7SA 3DKJA 4CNPA 3S1WA 1JUEA 5DBUA 2DZVA 3QH2A 3GXNA 3T40A 3W85A 1SO5A 5L6UA 1SZEA 2FB2A 3LCHA 3VI2A 1XBYA 1Q6OA 1C9DA 4BWLA 4WOQA 1YXCA 4NVTA 5G2WA 1DBTA 1MSSA 3NR0A 4AHOA 1UUMA 1EP2A 2Y6ZA 2V0TA 3MJYA 4UTIA 3LRKA 1OFRA 4K36A 3SGUA 3TSMA 3LCXA 5DCBA 3B0PA 4LV4A 1M6JA 3MUXA 4JTEA 3MYPA 3BGJA 3HGRA 3BPWA 3LBCA 2TPSA 3C2RA 2NXHA 1QOQA 2ZTJA 2I1OA 3W7JA 3DAQA 4M6QA 4JTGA 2V5BA 3EXRA 1KM4A 5U4NA 5HUOA 3O05A 2Y70A 4PEKA 4X3ZA 3BW4A 3HB9A 3NQEA 2GQAA 1XXXA 2ZZ5A 3L0NA 3O63A 4O52A 2YFNA 4UTMA 2R91A 2Z6JA 3A22A 3GYEA 4UTUA 1TPWA 3TUUA 5HWJA 1AW1A 3SFKA 4N02A 5CSRA 2H3DA 4A29A 1QPRA 1G4TA 2EAWA 2OCZA 5TBOA 1BEUA 5FEXA 1YPFA 4AHQA 2E5BA 1F2JA 4JX6A 3NQGA 3B4UA 1GT8A 1LP6A 4WY0B 3PF3A 2X1RA 1F7BA 4JIPA 1YDNA 2CLEA 2RHGA 1VYPX 4WXZA 1H60A 1FX6A 2A6LA 3SECA 1EUAA 4LW7A 1NEYA 3QSRA 1FWSA 4UTHA 4PC8A 7TIMA 4N9BA 3O16A 1JJKA 1ICSA 5LGXA 2EF9A 1OFOA 4CCEA 1OFEA 2R94A 3EX1A 3KRSA 5C2XA 2JGQA 5DLCA 3P5ZA 4O50A 3A9IA 2ZZ1A 5T26A 4UC5A 4N2YA 1S3HA 3GR8A 2GJNA 1LCOA 3GXTA 2CLHA 3QMRA 5AHIA 4UTTA 4P61A 2QCMA 2A6NA 2YDAA 2NX1A 3EX4A 3S1XA 4FX8A 3W7LA 4JDYA 1F73A 3HG2A 4BK9A 1RVGA 3P82A 3IRDA 4IMCA 1EP3A 3DFTA 3PG8A 3TQVA 4QM1A 4OBTA 3EX6A 3M7WA 2ZRXA 3L2IA 1CI1A 4ONVA 1DKWA 2NWSA 2W6RA 4UR7A 2Z0IA 1OYAA 1KM2A 5EBUA 3VE9A 4LV9A 4AWUA 4DELA 1XL9A 1TQJA 2WQPA 3UWWA 3N19B 1OFQA 3C3NA 2NV2A 4UMCA 5AC8A 1RV8A 3LRLA 1K7FA 1LORA 2G5WA 5KZDA 3DH7A 1K7EA 1M5WA 3UXDA 4GUGA 4NUWA 4JN6A 3PB2A 5AC6A 5I3JA 2YYUA 4JICA 3OEXA 3JRKA 3G1FA 5I3KA 3STEA 3BGGA 1H62A 4XTDA 4DF2A 5FI8A 1OJXA 4P2VA 2E68A 3CHVA 2JK2A 1G6CA 4LC8A 3IIXA 4DXVA 1D3HA 5DXXA 2PRLA 4NX0A 4QIUA 5HINA 2B7PA 3FKRA 4LVFA 2ZA2A 4HHPA 4XQ6A 3SI9A 3TQ0A 3FIGA 1KFJA 4FNSA 1O95A 3QZEA 1TV5A 1NF7A 4WY0F 2G97A 4NJHA 5G2HA 4XBSA 2B0MA 1LM1A 3W7GA 1X1OA 3STFA 5F1UA 1L6YA 3O06A 4IXHA 3DU0A 4ZQNA 2Y61A 2QCDB 3TMLA 3W7KA 3QEZA 2YGYA 3VFLA 1B9BA 3MW7A 3LI0A 4K7VA 4JYFA 3TW6A 4OWGA 3TSBA 1VPXA 2XFWA 3W7EA 3V1PA 2PC4A 4NXKA 1BKSA 3UPWA 3EKLA 3E9AA 5GVJA 2ABBA 1C8VA 4WX2A 4HPXA 5CG7A 3LRMA 3P7YA 1DQWA 3T55A 1OF8A 2GQ9A 1A5AA 5FF7A 1ONRA 4LUIA 2YYTA 1ZJIA 4N9EA 4O57A 4LTSA 5LSMA 4AHPA 4PL2A 1BWKA 5EY5A 3R13A 1YTDA 4O1DA 1ZAIA 3OVQA 3PUOA 1EB3A 5F2MA 4MZ1A 1ME7A 4B5NA 1JCMP 1I4NA 3L5AA 2HTMA 3W7NA 1MEWA 3C52A 1FQ0A 4H6KA 4KWVA 2FLIA 5BNKA 3W74A 3LHYA 1XUZA 2A2IA 1KM5A 3QQ0A 4AF0A 3LTYA 3JS3A 1TMHA 4QITA 5IBXA 1O4UA 1Z41A 2ZA3A 4GXMA 3CM4A 4DPQA 1PIIA 2GOUA 1SSDA 1JUBA 4OV4A 1FCVA 5F2GA 4UNLA 5E0KA 3W23A 1TPVA 4OGZA 4CNNA 4NQ1A 5CPMA 5AYZA 1H1ZA 2WOQA 4Z08A 3HMJG 1QR7A 3ANYA 2E5DA 2J9ZA 2OJPA 2CLKA 3BVJA 2QJGA 1TTPA 1FCQA 1XKYA 4K38A 4N4PA 2RH9A 3LCLA 3LHUA 3HGSA 4GBUA 3OG3A 3TU9A 3DFOA 3BK0A 4O28A 4AB4A 3MO7A 1V5XA 1OX5A 4LU0A 5HQEA 4JTKA 3I68A 2ZZ7A 2VOMA 2GPTA 2XN2A 4ADSA 5KITA 4W9TA 3EWZA 3T7VA 3W7DA 3UWZA 4JTFA 1A5SA 5HJLA 3OBKA 4IPJA 2GVGA 1UJPA 5J5DA 4M6VA 1VJIA 2BWGA 2R8WA 5C5YA 3W86A 2C15A 4R53A 4O53A 4FXRA 4GRSA 1YTEA 4BR1A 2OZ0A 2ISVA 4U4MA 3WK0A 3ELFA 1XC4A 3P5YA 3NPUA 3UPBA 4WJEA 3M1ZA 1A5CA 2ZZ6A 1NAL1 1KFEA 3PBUA 3TKFA 2ISSA 1I2QA 1KFBA 1TSIA 1TO3A 2A7RA 4LVBA 2CZ5A 3LHZA 3L67A 4O11A 3W3OA 5IM51 3FFSA 2QCHA 3KRUA 4MIMA 1VHNA 3W2NA 4CNOA 1LOSA 4IXXA 3C2FA 4ML9A 4NXSA 3RFAA 4DEFA 4Z1CA 1KM3A 3QJAA 4BI7A 3UWQA 1VLIA 1H7OA 4NJIA 5HR6A 4CQ8A 3O6CA 2BSLA 2V5LA 3E0IA 1LRNA 4AWSA 3G1SA 2QCFA 2C1HA 3G1XA 1V7YA 4POCA 3GAKA 1KA9F 4Y8FA 3N34A 4HT3A 5I3IA 4Y90A 1VZWA 3SJ3A 3U2OA 2ATSA 3UY8A 1ICPA 1VLWA 3P60A 3OIXA 1RQEA 3TR2A 3NQ8A 2VXNA 1KV5A 3K30A 3KFTA 3KX6A 3KVLA 2VEMA 1GVRA 3C61A 1LBLA 1IXPA 1WQ5A 4M5PA 4RKAA 2VC6A 5AC7A 4NNCA 1GWJA 2TMDA 4IUOA 5F2LA 2VFEA 3BO9A 3DFSA 3TW7A 1J4EA 3TFXA 3S6DA 4G1KA 3OVRA 2QDGA 2A85A 2C13A 3W71A 5D37A 3TA6A 3W75A 1ME8A 3FEMA 2V9DA 3NQMA 3S5OA 3PBYA 2RKXA 1LRTA 1OG0A 5AB3A 4JD4A 4MYAA 1X6UA 2YXGA 1EIXA 4QSHA 2E1DA 3DXIA 4AH7A 4S2BA 4TX9A 2YFOA 1ZENA 4R34A 2A21A 1TV7A 3M47A 1NVMA 4UFKA 6ALDA 1QAPA 3USBA 3C56A 3Q2DA 3GAYA 1N55A 3TJLA 4KFOA 1H7WA 5AHNA 3IGXA 3N2XA 3HG4A 2J9XA 2ABAA 3EXSA 2C6QA 2ZBTA 1UB3A 2Z1BA 3ABQA 3L68A 4MUZA 3IIZA 1HUVA 4HNVA 3I6RA 4TR9A 4LNYA 3PR2A 1X8FA 1DOSA 3C2VA 2HSAA 5BMWA 3N9SA 3QRHA 2Y63A 4O19A 1W8SA 3R8RA 3ZWSA 4JTIA 4ADTA 1SFJA 4GUJA 2GVJA 2QAFA 5HWNA 3C8FA 1KTNA 4NZFA 4IOTA 1L2UA 1H50A 5F4WA 5AHEA 2WPBA 3M5VA 2ZQ0A 2NXGA 3TAKA 1GVOA 3W70A 1W5MA 2JBMA 1TTIA 5CSSA 1QCWA 1FWNA 1W5PA 2ZCGA 1WV2A 4JEQA 1Z48A 2RDWA 3QF0A 3C2OA 2EGZA 4OT7A 4RJEA 4FX6M 2EKCA 4LUJA 1HL2A 5C54A 4JTLA 5DCEA 1G7VA 2ZZ3A 3IGSA 1O60A 5D2YA 2V2CA 5D2WA 1M7OA 2QJHA 1R2RA 2ZRUA 1SQ7A 1D3GA 1DORA 2DORA 2ZDRA 1RD5A 5DXYA 4E2DA 1VH7A 4O1AA 2C3ZA 1S5WA 3G22A 3CU2A 1CX9A 4WD0A 3VNDA 3TXVA 1FBAA 3G0XA 4FHAA 1KM6A 5CPNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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