3QPZA

Crystal structure of the n59a mutant of the 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
276
structure length
251
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKAARSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESPLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis
publication title Targeting the role of a key conserved motif for substrate selection and catalysis by 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 84
structure length 251
sequence length 276
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qpzA00
1GJPA 3LV6A 4MY1A 4NXKA 3MP5A 1FWNA 4XUGA 5I3IA 1ZY9A 3MHFA 3G1SA 4BWLA 1XC4A 2H8ZA 1H50A 1SW7A 2X16A 5KINA 1EWEA 4O14A 5K9CA 5CPNA 2QJGA 2QCLA 3NQEA 2CLKA 3D0CA 3NPWA 4PEKA 4NQ1A 1PV8A 3DHDA 4OGZA 2BTMA 4TMCA 4DO4A 3OHIA 1FWWA 3PSVA 4RZ4A 3HGSA 2ZRUA 2A0NA 4QSHA 3MP3A 3VFLA 3MO7A 1IXPA 3GR8A 4FNPA 4FB7A 1KFCA 2QCFA 2NUYA 2ATMA 4MIMA 5LGXA 1IF2A 3EKLA 1L9WA 4JDYA 3GAYA 3W7RA 2GOUA 2FPVA 1QMLA 3GIYA 2VFEA 2NWSA 2BXVA 5C54A 1VJIA 1FDJA 3S1UA 4HHPA 1TO3A 1YLVA 2VFFA 4WOQA 1LOSA 4C1LA 2EKCA 1VPXA 5K4ZA 2B0MA 1TTQA 2NLIA 1C9DA 2A7NA 1SW0A 3FJ6A 2OT1A 4N02A 3NPUA 2TSYA 3AO0A 4HNUA 6TIMA 1MZHA 2Y7GA 4XZ9A 3C3NA 4LY8A 3EKZA 5FEWA 3HG4A 1TV5A 3M44A 5D33A 4MYXA 4GWEA 3TDFA 5L6UA 1XL9A 1I2OA 3M16A 3GKFA 3SSJA 3E12A 2J27A 2XFWA 1C29A 3T4CA 3W74A 2FJKA 3KRUA 3N73A 1RD5A 2HS8A 3EWWA 2QAFA 3O1NA 1GVRA 4LC6A 3LGEA 1M7OA 1W31A 3CHVA 4EWND 4GC4A 1PVNA 5KTLA 2DJLA 3AJXA 5LHFA 5T26A 4CCDA 3HGRA 1D3GA 3KVMA 3NA8A 1JJKA 1W3IA 5HNRA 3BW4A 2NUXA 3TCEA 1GZGA 1AW2A 5CZ0A 1PL9A 1XBXA 3A24A 4OE7A 1ZALA 3RU6A 3GB6A 3NQVA 4MLJA 1SSDA 4QISA 4YMZA 1LM1A 3I6RA 1KV5A 4FNUA 3HQ1A 4LVBA 3TFCA 3S5YA 3M0ZA 1AW5A 1OYBA 1N8FA 5AHIA 1W5NA 3GZ3A 4DXVA 3NVTA 4NXSA 3W2NA 1O95A 3QM3A 3OVRA 3LCHA 3SIZA 3DFSA 5CZSA 1BWKA 2ZTJA 3DHFA 4FXRA 1OF8A 1XUUA 3C8FA 2ZFAA 5K7JA 4MJMA 4FEZA 1L2UA 1KA9F 1DJNA 2CLFA 2Y6ZA 1RV8A 3P80A 3HGOA 4BI7A 1Z44A 4A21A 1HO1A 1THFD 3BPWA 4JTGA 1VQTA 3P81A 4ICNA 2CLIA 2NUWA 3L0KA 5F2IA 3IGSA 3SFKA 4GUFA 3PB2A 1SZNA 2H8XA 5G2IA 3WJXA 3RFAA 4XKYB 3LI1A 3M5ZA 1TPB1 3MP4A 4WXYA 5I3KA 4QNEA 2XN2A 1TV8A 2QEZA 1DQWA 3GVGA 3P61A 3ANYA 1OX4B 3Q58A 1JCNA 3G1VA 4QM1A 2CU0A 2HSAA 1KFKA 1OFAA 4CNNA 3RK8A 4IPIA 2EPHA 4GFSA 4UCGA 2VEKA 3MI3A 1IXOA 3WJSA 2ZTKA 2A21A 5DCDA 3L0NA 1SUXA 1JRBA 3G1FA 3MJYA 2YW3A 2B7PA 1A50A 5I3HA 1BWLA 1KM4A 1QO2A 2DZPA 1X1OA 3RF9A 2DZWA 3PUDA 3PC0A 2RDUA 5AN7A 4MYAA 3M7WA 1LRTA 4A2SA 2X1UA 3I7QA 1R47A 1KBJA 4AVFA 3UNDA 3H53A 1QPRA 1ZENA 5CSSA 1A5SA 3TIMA 5LNUA 3PM6A 5HJLA 5CSRA 4O52A 2YXGA 2J9ZA 2E5DA 4UFLA 3W1RA 4K38A 2UV8G 4OT7A 2C18A 3DGRA 1G67A 2CLOA 3M41A 2C16A 3WK0A 3UY8A 4Z08A 1EIXA 1UUOA 3CEUA 4JTIA 5F4WA 1P5BA 2J24A 2Y70A 3ABSA 3TAKA 4HT3A 3TAOA 3N19B 4BK9A 1C8VA 3TSBA 3SI9A 3U6WA 4JIPA 3P60A 1VYSX 2DZTA 3W1AA 2B7QA 1W1ZA 2ATSA 3TV8A 2WOQA 1UCWA 3HIJA 3O07A 1G4TA 1ONRA 5DXXA 3IGXA 3MWAA 5D32A 3NQCA 4UNLA 3GXNA 4U28A 1H62A 4WQ6A 4DPQA 3LTSA 4MKNA 2GUUA 5D37A 3TMQA 3P5ZA 4N6FA 2PURA 2NWRA 3PBVA 4DF0A 4OV4A 3N9SA 4PC8A 4NJGA 3NOEA 4NZJA 5TIMA 1G6CA 3TR2A 4NJIA 6ALDA 1TTIA 4KFNA 1K7XA 1GVSA 4BWLC 4YCPA 1VYPX 1G4PA 5K3VA 4ZQOA 4HNVA 2FPTA 3KRSA 2C19A 3DXIA 1EP2A 3LCFA 1HFBA 3MYPA 3UYCA 1BKSA 2TPSA 2QCEA 2P0OA 5EMUA 1EP3A 1OX5A 4LRSA 1UB3A 3B8DA 3SR7A 2NV1A 3GK0A 3O8AA 3P74A 3CEPA 1H1ZA 1XFBA 2ZZ2A 2JKPA 5AC7A 3STGA 3WJZA 1QFEA 1ZFJA 1G7VA 3QYQA 3CU2A 3NQ7A 1TMHA 1GYNA 1XBVA 4K39A 2DP3A 3TH6A 1ME7A 2W79A 4PH6A 3FIGA 3PULA 1YTDA 4ADSA 4HN4A 4RJEA 4Z0JA 1I2RA 3OBKA 5EY5A 3EX4A 3W2JA 3THQA 1SFJA 3NL6A 1YTEA 4NNCA 4AB4A 3CM4A 4JTSA 4ZMGA 3JRKA 2E77A 3NL3A 1WDWA 5AC8A 5K9XA 4M5PA 2D73A 4NVTA 2Y7EA 4N9BA 1KBIA 3GLCA 1TPDA 2QUTA 4QNWA 1KFBA 3ZWTA 3VI2A 2Q8ZA 1CX9A 2WKJA 3G22A 4XQ6A 5DXYA 3T78A 2C6QA 3M5YA 4UMCA 2RKXA 1GG0A 3IIOA 3R13A 3LCIA 3LHTA 3ABOA 4LUJA 3O05A 2ZRWA 3EB2A 4O8RA 3B0UX 2B4GA 3DU0A 1YYAA 2F84A 5ABTA 4JD4A 1L6WA 5EBUA 4HNNA 4EOUA 2RH9A 3TFXA 3DKJA 3W7HA 3E49A 4O1BA 3I7RA 4ZL1A 3W86A 4KKXA 3NQDA 2OJPA 4IJBA 1H7NA 4NJJA 4RZ5A 3UWUA 1DORA 4X3ZA 3DKLA 3OEXA 3OG3A 5E93A 2YYTA 3NQ2A 1S5WA 4JX4A 1B3OA 1FBAA 3G0XA 4TX9A 1H7PA 1LLWA 3NQGA 3LHZA 1GVQA 3FJLA 3B04A 1EA0A 3LLDA 3GXPA 3QC3A 5FF4A 3G1XA 4UTLA 3RLVA 3A5VA 4FNRA 4RZ6A 4UTIA 4RXGA 3M43A 4O13A 3SW6A 3CC1A 3W23A 5I3GA 1DV7A 5DBTA 4QAIA 5G5IA 4CCEA 1SZEA 4O54A 1LTDA 2PRLA 3MI2A 4MVAA 5CG7A 1S3HA 2GQ8A 3G3MA 4DELA 1I8JA 2PCQA 1TRDA 3DFTA 3L21A 1CW2A 4LT9A 1YPIA 4QQ3A 1MEIA 2FB3A 4WUIA 2HS6A 1H60A 5D2VA 4MFDA 5CKSA 5D03A 5BW6A 2BSLA 4X9SA 4MFEA 3O15A 1SW3A 3LV5A 2GJNA 1KV8A 4O0KA 3YPIA 3BLIA 4NZFA 5C5YA 1FX6A 4ZQNA 2YGYA 3PAJA 1PS9A 4MPQA 1FXQA 2A7PA 3Q94A 4O11A 4O19A 1R2RA 3STEA 2A7RA 4AEOA 5LNWA 2YFOA 2R91A 1KTNA 3HG2A 1A5AA 2BX7A 4GNJA 4DO5A 3DI1A 1RVGA 1H7RA 3SGUA 1F6KA 2CZ5A 1FUYA 3PB0A 3RMJA 1F7BA 4N6EA 3T7VA 3A23A 2WSRA 4PODA 3NM3A 2EAWA 3QRHA 3WJWA 3FA5A 1SO5A 2ZZ4A 4MUZA 2VFIA 4M7TA 1XI3A 3V1PA 1DQXA 3EWBX 4A22A 3INPA 4Z1BA 2QUVA 4MZ8A 4FX7A 3FKRA 4LVFA 1QR7A 3L5LA 5HMSA 4HIBA 3UWWA 2J9XA 2NX1A 4JYFA 4LVAA 1B4EA 3GDKA 4IX2A 1IIHA 1OK4A 4WOZA 4CQ8A 3FKKA 4O1DA 2YW4A 1ME8A 5DLCA 3UZ5A 2E09A 4I7WA 5FEZA 1WOBA 5L9FA 1LBLA 5FESA 3ZFHA 5G1TA 2QUUA 2BWGA 2W0UA 2DZVA 1W37A 2C14A 1ICPA 2Y88A 1QDSA 2VC6A 3GDLA 1K03A 2NXGA 3KHJA 1JQXA 3LCWA 1WAUA 4GE8A 4X22A 2QR6A 1OFDA 2E68A 4B5NA 1TJRA 1RQHA 2EGZA 2LLEA 3NL5A 4EF9A 4AWTA 4JTHA 1OFPA 4XTDA 5BMXA 3G8EA 4JY8A 4O4VA 3WJYA 2V5LA 3LTPA 2JKAA 3HB9A 4IMCA 2QJIA 1F2JA 2YFNA 1NFBA 3UZJA 1P0NA 1XBYA 2V30A 1P1XA 3C61A 1T0OA 3MYOA 4H3DA 1T99A 3IVUA 3DBPA 4DF2A 1YXDA 3DFOA 3W2UA 2TMDA 4XBKA 5G4WA 4PL2A 4GUIA 3FYOA 4RX0A 4GBUA 3SY5A 4ALDA 1I2QA 1F73A 2P10A 3FOKA 4N4PA 2WO5A 5LZLA 1J4EA 4IGHA 3UPBA 4N2YA 5D38A 4E2BA 4K8EA 3W07A 1LBFA 4U4MA 5HQEA 5CPMA 3S1WA 2GQAA 3KAOA 1M7PA 5DBUA 3TKFA 2ZRZA 5SWUA 3EWXA 3VCRA 3KX6A 1G69A 1JCXA 2OZ0A 3BO9A 4R53A 4ORIA 2NZLA 1SQ7A 4DBDA 2OX1A 3EXSA 1YXYA 1A53A 3LDVA 1OX4A 4UNKA 3GX9A 3DAQA 4LWWA 2ZA1A 4ZQCA 5G4EA 4IPJA 2VXNA 1MO0A 1R46A 3KXQA 2A5HA 1LORA 2DZSA 5FI8A 3C2VA 3DENA 1BTMA 4Z1DA 2Y7DA 2Z6JA 4AF0A 1WQ5A 5FF3A 2NX9A 3S6DA 2HMCA 2V0TA 2RDWA 4LS0A 4ADTA 1SO3A 1AW1A 4NJHA 3TC6A 1U83A 3G8RA 1TPUA 1FCUA 5F1VA 1F05A 4CQ9A 1QWGA 4IXXA 4JICA 5CPOA 4QIUA 4AHQA 1QPOA 2G5WA 2GPTA 1TPVA 3W1MA 3W72A 1NAL1 3P82A 4LS1A 3ATYA 5H2ZA 3ABRA 3W70A 2C3ZA 4UTWA 2G97A 3F4NA 3L2IA 3EXRA 2ZRXA 1LLZA 1GEQA 1I2PA 4IUOA 4IQLA 4AAJA 4LS2A 3G0UA 3M9YA 4P2VA 3IIVA 4PFMA 1R2SA 3TROA 3USBA 1LRQA 1CI1A 1QPNA 1YPFA 1JVNA 3IGUA 4EVZA 1NVMA 3UXDA 3BW2A 3P5YA 3EX2A 4BI5A 5KMYA 1JRCA 1JUEA 4HPXA 2QF7A 1OFQA 2X1TA 4M6VA 4AWSA 3W7IA 4FIQA 4CQAA 5HWNA 4ADUA 1VZWA 1ZCOA 3LRLA 1AG1O 5D2YA 1VR6A 3CT7A 2H3DA 1OYAA 5AHLA 3DFQA 4LRTA 2WPBA 3FS2A 1M5WA 5FEXA 4O16A 4RV8A 3A22A 2YR1A 3BGGA 4MZYA 3NZ1A 3PSWA 4YL2A 3WK2A 1A5CA 5H91A 3HG3A 4UFIA 3C2OA 4O17A 1K3UA 4E2DA 4Y96A 1HTIA 1F5ZA 2E5BA 2ALDA 5D05A 3A21A 5HR6A 2Y63A 4RKAA 4HSNA 3NXFA 4NX5A 3NO5A 3W7CA 1EPXA 3UWVA 1WYIA 4UTHA 3W2KA 1QAPA 3BG3A 5C2XA 3BV4A 3F1QA 4HKPA 3HOJA 4K36A 2ZA3A 1VLWA 4YWIA 4IXHA 1I4NA 3SJ3A 1KFLA 3HF3A 4IOTA 3B4UA 4C1KA 1EB3A 1GG1A 3NYZA 2Y7FA 4LOCA 1FY6A 3W73A 4A2RA 1WBHA 3GR7A 4FO4A 3TW7A 3BARA 2VFDA 4LU0A 2ZRYA 3M1ZA 1YDNA 1OFBA 2J88A 4UIOA 1FCVA 2ABBA 1DBTA 3BG9A 5U4NA 1TREA 2GVLA 3N9RA 2Z6IA 1ZJIA 4WZHA 5DY3A 2FDSA 3M47A 2ZCGA 4UFJA 5K9DA 3KVLA 4DBEA 5F2MA 2E6FA 1ZAHA 4N9CA 1F76A 4R34A 4HPJA 3TXVA 1LBMA 3IIXA 1W5MA 5F1UA 1Q6OA 2H90A 1GT8A 2KZHA 2ZZ7A 3GNDA 5LKYA 4LNYA 1V7YA 2DZXA 3S1VA 2WNQA 4JY9A 5BRBA 3C2FA 1W5OA 2V2HA 1K8ZA 3CIWA 4GUGA 4WD0A 3C6CA 4EIVA 1XDLA 5HINA 3CWNA 3W6YA 1KTBA 3K30A 2E6AA 3FLUA 3TA6A 2E6DA 1GQNA 3T55A 4BI6A 4AWUA 4OU1A 1PHWA 1Q6RA 1OJXA 1VGAA 4UFKA 1S5VA 3OA3A 4L4LA 4IWWA 4CNPA 5D30A 5AHNA 4LW7A 5IM51 1YDOA 4QJ1A 3W85A 3W1TA 1KM1A 2QDHA 5C6MA 4JNMA 5E0KA 3NQAA 5HWMA 3PBYA 2BZNA 1U5JA 4TIMA 3UPWA 1YDVA 4O57A 3O63A 4NJKA 1PIIA 4ZVJA 1XM3A 2H3BA 1EX5A 3PS7A 1RQEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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