3QQ1A

Crystal structure of a double mutant [a58p, del(n59)] of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
276
structure length
249
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKPRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLELHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Targeting the role of a key conserved motif for substrate selection and catalysis by 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis
total genus 79
structure length 249
sequence length 276
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qq1A00
1FDYA 1FCQA 5EL1A 2RKXA 3NL3A 2ZBTA 3N19B 3OA3A 5AHMA 1T99A 1KTBA 2ABAA 2GPTA 4GNJA 4JTHA 3OEXA 2V2HA 1JCYA 1Q3NA 3GZ3A 1OX5A 2Y7DA 2VFIA 5FF4A 5G2IA 4DO5A 1P5BA 2G95A 3G22A 1ADOA 3NL6A 1WBHA 4DF2A 2TMDA 1GQNA 3FJ6A 3EX1A 2BZNA 1K02A 4UTWA 4POCA 2E5BA 4JY9A 5FF2A 4UTTA 3C3NA 5D32A 2FPYA 3FKKA 3NQEA 2B7QA 3RLVA 1H7OA 4KWWA 1OK4A 3QSRA 4LU0A 2V2CA 5U7SA 4FNRA 3H54A 4EVZA 1I45A 3QSTA 1EEPA 2YXGA 4CNOA 1MEIA 3AO0A 3QJAA 3KAOA 4JX5A 1NF0A 3G1HA 4OWGA 4IPIA 3WJWA 2QKFA 4S1FA 4UUIA 2R91A 4XUGA 4JDYA 3U2OA 4N6FA 4MYAA 5AHIA 5D37A 4Q33A 2YW3A 3HGJA 3W7MA 2Q3OA 3IVUA 3W1AA 1SFLA 4WZHA 2X16A 1XCFA 2VKZG 2B4GA 4K7VA 3LCIA 3EX3A 3NQAA 4WD0A 5F2LA 4HNTA 1DORA 2P10A 3CHVA 3TSMA 4I7VA 5K9DA 5LNUA 4UTKA 4B5NA 5KMYA 1Z42A 2EHHA 1GWJA 2V2DA 3MJYA 4EF8A 3W7RA 3W7EA 3CTLA 1KTCA 3G1FA 3LHYA 4IMGA 5D2VA 5DY3A 3W1QA 2WNNA 3W1PA 2GVJA 5TQLA 1UJPA 1K03A 2FJKA 5K4XA 3P67A 1FDJA 4OE7A 2XN2A 4O11A 3MMTA 4MKNA 4QJ1A 1KM6A 2NX3A 1ALDA 5KTLA 2DZPA 4QNWA 2J27A 1OX4B 2ZZ1A 4WUIA 2OCZA 5CZ0A 4EF9A 2QUUA 1QO2A 3VE7A 4MVAA 3W7LA 4ONVA 3GAKA 3QEZA 4TO8A 3I7QA 3KX6A 3D0CA 1WYIA 5C5YA 4GUGA 1H60A 4R33A 1I2OA 5LHFA 4Z08A 4RXGA 1TTPA 4IGHA 4D2JA 5HNRA 1JCLA 1YTEA 3UXAA 2C0AA 4YCPA 1EIXA 3FJLA 3W1LA 1KA9F 2A7PA 3Q37A 2YCEA 5LZLA 5CZSA 2FB2A 5F4XA 4OT7A 3HB9A 1JRBA 1L9WA 1WBJA 3S1UA 3CQ0A 1TPC1 5AOUA 1E51A 2NX9A 2O7SA 3TSDA 5BOOA 3UWYA 5KZDA 3E49A 4C1KA 3W22A 2NZLA 4N4QA 3LHWA 3HG2A 4DXVA 2EKCA 2LLEA 3HIJA 4LVAA 1DV7A 3IVTA 2CU0A 3NEVA 1QDSA 2C13A 2WPBA 2FQIA 3HGOA 4JY8A 4WQ6A 3W1TA 2NUXA 4X3ZA 3R8RA 3IIPA 3UZ5A 4O15A 3QZEA 3O05A 1XDMA 4GXMA 3CM4A 4TX9A 4QSHA 5AYZA 4DQWA 1WXJA 5IBXC 2RDUA 2WO5A 2CZ5A 4CCEA 1HG3A 5D09A 4ZVJA 3STGA 1SZGA 2VENA 3OIXA 3EWXA 2QF7A 1Z41A 1TV7A 4WY0B 3B0VC 3NQVA 3W2KA 4RZ6A 3DZ1A 4JTLA 3HOJA 1OFEA 2EPHA 1WX0A 3FA5A 1FCUA 3MYPA 2ALDA 1D3HA 4Y6GA 1GYNA 3L5LA 1GVSA 4HIBA 1B4KA 4O18A 4I7WA 3WJSA 2NUYA 3V75A 4DEFA 2CLFA 5F2MA 1TMHA 3EX4A 5J5RA 1A5SA 4LV9A 3TH6A 3OVPA 4RKAA 1K3UA 3CIXA 3PC0A 1H7NA 4YWIA 4N9DA 4FB7A 3F1QA 2JGYA 3O15A 3P8JA 3T7VA 1QMLA 4FNQA 5CGQA 4WOQA 2DZUA 3HPZA 3KOFA 5LSMA 4HSNA 3G0SA 3EWYA 4ZQMA 5AHFA 4EIVA 4WX2A 2F7FA 1LOSA 3NPWA 1TPH1 3L9CA 5D03A 1TTJA 3S9YA 3NQMA 4LVGA 5DBUA 3ELFA 3G18A 1QFEA 3BG9A 3MUXA 3PM6A 2E6FA 3K30A 1JCMP 1OX6A 2NXGA 3P62A 1H5YA 2Z0IA 1KFJA 1X8FA 5IBXA 2VFFA 3WJZA 2QUTA 2NUWA 1OFAA 1EX5A 3TIMA 4FNUA 4XKYA 4NJJA 5K9CA 2QCDB 1LORA 4KFPA 3W1UA 1XUUA 3N14A 5G2WA 3O1NA 2GUUA 2ATMA 4ZQOA 4KKXA 5EKYA 1KFLA 1VYSX 1KW1A 3E02A 5G2HA 2QDGA 1F6PA 3Q94A 3LV6A 4ZQNA 1VR6A 1X1OA 2VEPA 2E5CA 1OJXA 3GNDA 3STFA 5DCBA 1YDNA 3MW7A 2FTPA 2C16A 2W0UA 5D30A 3MI3A 1PL9A 2J9YA 1G4PA 3HG3A 4LUJA 3LB0A 4AB4A 5A5WA 2TPSA 1F73A 3W72A 3DHDA 3TXVA 1VQTA 2C6QA 4JTUA 1GG0A 1LROA 2VFEA 1C9DA 3F4NA 4TIMA 5H2ZA 5E0KA 3O07A 3DFPA 3MHFA 3UY8A 4IUOA 2WSRA 1U83A 1TV5A 3M1ZA 1P0NA 2V30A 1OABA 4NNAA 3UXDA 3T4CA 3FIGA 3S5OA 4A2RA 2E5DA 3M5ZA 2ZRUA 3SY5A 2ZZ7A 1QNVA 4R53A 5HINA 1ICQA 1VRDA 2PCQA 1FDZA 1OVDA 2Y88A 3IRDA 3GVGA 2CLKA 3BLEA 3DKJA 1SUXA 2DJLA 2JK2A 5C6MA 3OHIA 3I65A 1C29A 4AHQA 1CI1A 1G4TA 3QPYA 2GOUA 4UTLA 4N02A 3FOKA 2OZ0A 2QJGA 4LC6A 2ZRVA 3RLUA 1XBYA 3CB8A 3BG5A 2QJHA 3ABQA 2JKAA 2C14A 1AG1O 3P81A 1WAUA 4BK9A 2CLIA 4UFJA 3KRSA 1HUVA 1LLWA 3HG5A 4MFEA 3HF3A 2J6XA 1GVRA 1XUZA 4LWWA 2H8XA 4MJZA 4BFAA 1VC4A 2ZA1A 3NZ1A 2I1OA 1EUAA 4UFMA 4LW7A 3OG3A 3VI2A 5D33A 1N55A 4DBEA 2RFGA 4O16A 4Z1CA 2O7QA 2UV8G 2VXNA 1G69A 3TQ0A 3UNDA 4GUIA 1GZGA 4O4WA 1JQVA 3M6YA 5AN7A 3LOTA 1O4UA 5E93A 4BR1A 1ICSA 3TW6A 4MOZA 3W70A 3NQ2A 3BG3A 1JJKA 1GTEA 3PB2A 1WV2A 3A21A 3GB6A 4CQ8A 2F84A 4JTGA 1K7EA 4O19A 3QQ1A 3UWZA 5BMXA 1TPEA 1H61A 5I3JA 1W5PA 3MWAA 1PVNA 3BW4A 1I8JA 2H90A 1XBXA 3LCXA 3LERA 5LNRA 1BWLA 1SZNA 1O5KA 4JYEA 3QC3A 1W5NA 4PEKA 1QPOA 4GE8A 3FKRA 5T26A 2CLEA 4Y9AA 3DHFA 1MZHA 4JIQA 3C4UA 4AHOA 3G3DA 3QPZA 4PTNA 4Z1DA 3GAYA 3UWVA 5D2WA 3PUEA 4AWTA 5KITA 2E68A 2FB3A 4HKPA 3QW4B 3HPSA 2NWRA 2G97A 3HQ1A 5EYWA 5AB3A 1EA0A 2DJXA 3R89A 5BW6A 1UB3A 3VCRA 1G6CA 2ZZ2A 4JIPA 3S1WA 4KFNA 2VEMA 5HMSA 2ZYFA 4OU1A 1GT8A 3M9YA 3W1MA 2A7RA 3LLFA 4O52A 3TW7A 5SWUA 1NVMA 2AAMA 3A22A 3PWAA 2IQTA 2VC6A 2Y61A 3YPIA 2P1FA 1TTQA 1YXYA 3UWWA 3ZWTA 3L0KA 2FFCA 3VE9A 4IMCA 2V5BA 3W73A 4DO4A 5K2ZA 1G67A 3QFEA 1IXOA 2Y6ZA 5DCEA 1F74A 4Y90A 3N9RA 1D9EA 3SGUA 3RK8A 5CZTA 2W6RA 5G5IA 4FXRA 2CLMA 3O63A 5KINA 3L68A 1KM3A 5K3VA 3KVJA 4UMBA 2PC4A 3EWBX 3TFCA 3C6CA 1J4EA 2EF9A 1ZENA 5C55A 2ZCGA 5AC8A 5D38A 2OT0A 1OYAA 2QJIA 2YZRA 1SFJA 4E0CA 3C2VA 3B06A 1DOSA 1I2QA 3DFNA 3M44A 4JEQA 1NFBA 1BWKA 3PF3A 5CSSA 2NWSA 1M7PA 4FIRA 4R7JA 1W5OA 3DH7A 1M7OA 3TAKA 2HS8A 4OGZA 3T78A 2A7NA 5K7JA 2V5LA 1XBZA 1JUEA 4ZZ9A 3FYOA 5KZMA 2A85A 3A5FA 1H50A 2QCLA 5BMWA 1FWTA 1VYRA 4YLWA 1JVNA 1XXXA 3M5YA 3LI0A 1P1XA 3W6YA 4KWVA 5EY5A 3SIZA 1O95A 2Z6IA 5HULA 1C8VA 1S5TA 1K8YA 2WJZA 1T0OA 1KM4A 1KV8A 3LTPA 3W83A 1FWNA 4UTHA 2ZQ0A 1P0KA 4PH6A 2JGQA 4BI5A 2A2IA 3TKFA 1KM0A 4IQLA 1B3OA 3CWOX 2NLIA 2Y85A 5D2YA 3B4UA 1JCXA 1VLWA 3EX6A 2E77A 4MZYA 3NL5A 3O8AA 1UBSA 1OX4A 1VPXA 2CLOA 3NOEA 1H63A 4UNKA 4TMCA 4N9CA 4AF0B 1RV8A 3QMTA 4K36A 4I9AA 3BW2A 1LCOA 1YYAA 3T44A 3S0CA 4XTIA 5L6UA 3G1AA 1RPXA 2X1SA 3EKZA 4XZ9A 1XBVA 1W3TA 2JBMA 3M16A 1MXSA 1QAPA 3MO7A 4QNEA 4UC5A 3TCEA 3VFLA 1XDLA 3NM3A 1LBMA 3C56A 3G3MA 4GWEA 3KXQA 4BI7A 2QCGA 3GYEA 1DJNA 4NZJA 3LCGA 1FWRA 1THFD 1Z48A 3L67A 4FHAA 3FFSA 2H3BA 2QAPA 1RVGA 5D2XA 4N2YA 1F2JA 2HSAA 4NZFA 1TPDA 1WDWA 3R12A 4IXHA 4UFIA 4KFOA 3W2MA 1MEHA 5HWMA 4JR5A 2AQWA 3BARA 4M6VA 1OFPA 3SW6A 2TYSA 4JTJA 1KV5A 4NU7A 3STEA 5L9FA 3TE9A 1TV8A 1A50A 4UTJA 5FEXA 5G4WA 3PBUA 4MY8A 3PUDA 1OFDA 1OFOA 2BWGA 3RFAA 1Z44A 2G96A 3UWQA 1LTDA 3GR7A 1TPWA 1DQWA 3SR7A 1BKSA 3RNDA 1EP1A 1W0MA 4RLIA 4WY0A 3G0XA 5DY2A 5K9XA 3GKFA 2W79A 2DZTA 3NNTA 5HJLA 4O54A 4PCFA 4Z1BA 3L0GA 4AVFA 3UWUA 1JQXA 1NF7A 3EX2A 4RZ4A 4EOUA 1OHLA 1TTIA 3ANYA 1LYXA 3HG4A 4PA8A 3NQFA 1LRTA 4NVTA 1PHQA 3MHUA 5G1YA 3I7SA 1O60A 2X1RA 3QMRA 1W5QA 4FF7A 4O8RA 4RZ5A 2CLHA 4FNTA 4M7TA 3WK3A 1LOLA 1VCVA 3NPVA 1GTHA 1Q6RA 2VEIA 1GYLA 4K8EA 4TR9A 2KZHA 1YPIA 3T40A 5GVJA 4K8HA 5A8GA 3GXTA 2X1UA 3TX9A 4JTTA 4O1AA 1T8XA 4AWSA 2WSQA 4ALDA 1KLZA 1KFEA 4JTKA 3AJXA 5KZEA 1NSJA 3M7WA 1SU5A 5AHEA 2ZDRA 4FO4A 4XBSA 1AW5A 5BRBA 3NDOA 2V82A 1LLZA 5D02A 4LRTA 3LGEA 1JUKA 2Z2UA 3TROA 3S5ZA 1OYBA 4RK8A 1YDVA 3INPA 2ZRYA 1Y0EA 4O1BA 3NR0A 2BLEA 4NJKA 1PS9A 1SZFA 2RH9A 4QQ3A 4XTDA 4LNYA 4DBDA 1W5MA 3JRKA 2B7NA 4IOTA 3HO8A 3H53A 4MY1A 4Y96A 3B0UX 3F4WA 1F5ZA 3S8HA 2QCDA 3S6DA 1W3IA 4MJMA 1UUOA 4GJ1A 2GQAA 1YLVA 3C2EA 4GRSA 2NV2A 4AEOA 3LHZA 2FPTA 3LI1A 4ML9A 1TJRA 2R14A 2E6DA 2TRSA 1YPFA 5E1QA 1LM1A 3VNDA 2C15A 5ABTA 4DPQA 4A22A 1L6WA 4U28A 1UUMA 3LXBA 3SZ8A 3IIOA 1H7XA 3W71A 4Z1AA 1EWDA 1LBFA 7TIMA 4RXFA 5CG7A 3EXRA 2GJNA 4JYDA 3TDFA 3RMJA 2RHGA 1TJPA 1A5AA 5D04C 3PAJA 3NQGA 1TPFA 3NYZA 3GDLA 4OV4A 3TFXA 3ATYA 1KM1A 1LBLA 1DBTA 5EBUA 1IXNA 1TIMA 2A0NA 4MLJA 2WSYA 2CZEA 5CSRA 3PSWA 4JX4A 3N34A 4X22A 2JKPA 3SSJA 4HSOA 5F4SA 4DF0A 5HQEA 1H7WA 2AGKA 4OHQA 4GBUA 3NL2A 3S5NA 1I2RA 1NAL1 1QPNA 2GQ8A 3DI1A 3HMJG 1W37A 2CWNA 1TRDA 1B57A 2H6RA 1ONRA 2E1DA 2ISSA 1W54A 1SO6A 3W7HA 4YCOA 1JCNA 2HTMA 3NM1A 3B04A 3GKAA 1UASA 1ME7A 5LNVA 1YTKA 1BEUA 1PCKA 1KM2A 3E9AA 1EB3A 1AMKA 4AMAA 1SSDA 1H51A 4U4MA 2CZFA 1GPWA 1SR9A 2B7PA 5I3HA 2PE4A 4Z0SA 3BLIA 3TJLA 1VS1A 3DFTA 4RX0A 5CKSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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