3QYQA

1.8 angstrom resolution crystal structure of a putative deoxyribose-phosphate aldolase from toxoplasma gondii me49
Total Genus 105

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
280
structure length
273
Chain Sequence
NLYFQGIYKQFTSRTLLNFFEVAALTDGETNESVAAVCKIAAKDPAIVGVSVRPAFVRFIRQELVKSAPEVAGIKVCAAVNFPEGTGTPDTVSLEAVGALKDGADEIECLIDWRRMNENVADGESRIRLLVSEVKKVVGPKTLKVVLSGGELQGGDIISRAAVAALEGGADFLQTSSGLGATHATMFTVHLISIALREYMVRENERIRVEGVRCIGIKIEVGDVHMAETADFLMQMIFENGPRSIVRDKFRVGGGFNLLKELRDCYESWDSVG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (0-18)EMPTYS1 (19-22)S5 (141-145)O1 (250-252)S2 (48-51)TI1 (25-28)AH2 (30-41)TIV2 (42-45)3H3 (68-72)AH3 (56-62)S3 (74-79)S4 (105-109)3H2 (63-65)TIV4 (78-81)AH4 (88-101)AH5 (112-117)TIV5 (81-84)AH6 (119-137)S6 (171-173)TII'1 (137-140)TVIII1 (169-172)AH9 (232-246)S7 (222-228)3H5 (248-250)S8 (256-260)TI2 (252-255)AH10 (262-274)3H1 (53-55)TIV3 (65-68)AH7 (154-167)TII'2 (227-230)3H4 (148-150)AH8 (184-209)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Toxoplasma gondii
publication title Structural and functional divergence of the aldolase fold in Toxoplasma gondii.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Deoxyribose-phosphate aldolase, putative
total genus 105
structure length 273
sequence length 280
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2011-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qyqA00
4WY0F 3MWAA 3SSJA 5HR7A 2FDSA 1TV5A 3LXBA 1WAUA 3P8JA 1VCGA 5EKYA 1U83A 3EWYA 5J5RA 1KTCA 3M47A 5DLCA 2W6RA 4EOUA 2JGYA 3NG3A 4CQ9A 1C9DA 3DFTA 2W0UA 5G1YA 3LX9A 1Z48A 2X1TA 4NT0A 4PCFA 1RR2A 2ISWA 4TIMA 4BI5A 5C5YA 3STCA 3LERA 3GAYA 2DU2A 2V8ZA 3DXIA 3TJXA 3IRDA 2FJKA 1OYAA 1F05A 3EX6A 3N14A 3N19B 2VFHA 3LDVA 1Z44A 1VGAA 2V5LA 3MUXA 3RLUA 4AEOA 3P82A 4RR4A 4D2JA 4UTMA 4JTJA 4LVAA 1VLWA 1TYGA 1Y0EA 4OE7A 4PC8A 1OX4A 4GE8A 1GT8A 3HPXA 3W85A 4OV9A 2OT1A 2J88A 2ZRXA 4UFLA 1XC4A 2ZZ7A 4FIQA 4UFKA 1LRNA 5K9XA 3U2OA 4DF2A 3KXQA 1K8ZA 1PHWA 2VFGA 1YPFA 5LNRA 4A29A 4Q4KA 1VYRA 2YCEA 1OK6A 3G8EA 3NDOA 3UY7A 2PURA 2QEZA 4CQ8A 2VFFA 2NUXA 2Y89A 2VC6A 3G24A 1X6UA 4I7WA 5D09A 3P80A 3DFNA 4O12A 2NX3A 4G1KA 4UR8A 1SSDA 3D0CA 3LHWA 2WSRA 3FKRA 3BVJA 3TW6A 1LROA 3NQFA 3G3MA 3GKAA 2NZLA 4BWLC 3BG9A 3SJ3A 1TJPA 3W83A 3BW2A 3LHUA 1UJPA 3N3MA 1GYNA 4GXMA 3M0ZA 4YLWA 1F6KA 3UXDA 4CQAA 2A85A 1C8VA 1TCDA 1LLZA 2OT0A 1LOLA 3W3OA 4QITA 3W07A 1TRIA 2WOQA 4WOZA 2XN1A 1TREA 2C15A 5DXYA 3NO5A 4XTDA 3TV8A 3NXFA 4QAIA 4AHOA 1UUOA 1T0OA 4NNBA 2CU0A 1W5MA 1ZFJA 3NPVA 3W7MA 3M43A 3Q58A 5AOUA 4N02A 1D9EA 1JCJA 1XDLA 1E51A 1NF0A 3STGA 3WJWA 1TJRA 1N8FA 1RQHA 3EX1A 1O60A 3QFEA 3JS3A 3T55A 1IXNA 5CG7A 1KM2A 4UFHA 5D2VA 2ALDA 3AJXA 2H90A 3FOKA 4ALDA 2NX1A 1B3OA 1G6CA 3RF9A 3MHUA 3BK0A 1TQXA 3DFQA 1JCLA 4MLJA 1PHQA 5D37A 3FA5A 3NAVA 1DBTA 3HIJA 2VFEA 3G1VA 4ORIA 2I14A 1SFJA 3ELFA 1R47A 4JX4A 4NQ1A 3A23A 3EB2A 4NZJA 1TPDA 3DHFA 3R5EA 3RU6A 2Z2UA 1OFBA 3E0IA 3GXNA 4FF7A 4WXYA 5I3KA 1VLIA 4ORMA 1A5AA 1KM0A 2GVJA 5HWMA 4O14A 1JCMP 3W7JA 3FKKA 3LHTA 2VEKA 3B03A 2X1SA 4RCXA 3QH2A 3G1XA 1NSJA 1QPNA 1NEYA 3AO0A 3SI9A 1RPXA 2DZPA 1FWNA 1XM3A 4O1AA 1S5WA 3SW6A 3GR7A 4NUWA 2X1UA 4K39A 5F2LA 1TPEA 3W1MA 3C61A 3R89A 3MW7A 1ALDA 1WYIA 2ZCGA 4LY8A 1GJPA 4FNUA 3OVQA 3GVGA 3ATYA 3LTPA 3O16A 1I2NA 3DFSA 3LHYA 5EY5A 3TKFA 2DP3A 3TH6A 1YYAA 2C14A 3KRUA 2E09A 1OYBA 1ME7A 4LUJA 3MBFA 3DH7A 3IGXA 2CLFA 2FB3A 4O10A 3N73A 3L67A 1L9WA 4RKAA 1TIMA 4OWGA 3W76A 4IMGA 4HKPA 1WOBA 1KLZA 3IVTA 5G2HA 3QJAA 4JTLA 1RQBA 1VC4A 1R2SA 3LV6A 3PAJA 3GXPA 3W1LA 4Z1DA 3W7PA 4TMCA 3L0NA 4NJJA 4QNEA 3QW3A 3I6RA 2CLMA 2Y62A 4UCGA 3LRMA 1TPH1 1LOSA 1KM5A 1P4CA 1FDYA 3A22A 5EA9A 1EB3A 1KFBA 1IIHA 3B06A 4NXSA 1QO2A 3I7RA 3LRKA 1K3UA 1W37A 4RX0A 1B4KA 1IIGA 1GG1A 1WBJA 2R91A 2Y70A 3G8RA 3M5XA 3LCHA 1DKWA 1TPC1 4LU0A 4OT7A 1OX5A 5E93A 5FF2A 4U28A 3UPWA 4NJKA 1QO5A 1ZJIA 4N4PA 2C3ZA 2CFFA 1LRQA 4FEZA 1QOQA 1YXCA 1KLYA 2GUUA 1KV5A 4FNPA 4A21A 3G1YA 4DPQA 3CTLA 2YGYA 3DHDA 3CB8A 3FLUA 4FNQA 4DQWA 4H3DA 4O1DA 1VH7A 2H8ZA 4A2SA 1DL3A 1GPWA 2YFNA 4UTKA 1IXQA 3IIXA 5K7JA 4ML9A 5HJLA 3QQ1A 4BK9A 2F84A 3QRHA 2QCDB 2TRSA 1W56A 1IXPA 3JRKA 4K36A 3W23A 4N9DA 4NZFA 3PUDA 3DI0A 3NL3A 2WJZA 3S5YA 3IIZA 4PH6A 1MO0A 4XQ6A 3E96A 3W7HA 3STEA 3C2EA 1A50A 1LTDA 2V82A 2RDUA 4JTTA 1K7EA 2FLIA 4AWUA 4DEFA 4XZ9A 2XN0A 1SZFA 1EA0A 2QKFA 2IQTA 3NZRA 3RFAA 4HN4A 3PB2A 3PM6A 5LNUA 1H7PA 1T96A 4S2BA 1GVSA 2KZHA 3W6YA 4RZ5A 1G69A 2V2CA 3L2IA 3F4WA 1MEWA 1A53A 1H7XA 2HMCA 4DXVA 3TX9A 3KOFA 2RFGA 3IGUA 3KVLA 4ICNA 3THAA 2WNQA 2E5BA 3WJZA 5AHIA 4HNUA 3W88A 3PS7A 3EKZA 4O8RA 1KFLA 2FPVA 1VJIA 3CU2A 4N9EA 4H4IA 3GX9A 4AXKA 3PY2A 3PC0A 2NUWA 4R33A 2X1RA 3OA3A 2A0NA 5EYWA 2DJLA 5K9DA 3NQCA 3WJYA 3PWAA 4NXKA 5K4XA 2ABBA 3GLCA 4RK8A 4M19A 2V9DA 1UUMA 3EEGA 3GAKA 4UMCA 1QAPA 1J4EA 2A21A 5CPOA 4FIRA 2HSAA 3TDFA 2GQ8A 1BTMA 2J9XA 3W7EA 1ONRA 1WDWA 3NVTA 3BPWA 4Q32A 1FCBA 5HMSA 2QR6A 4JGDA 2ZRUA 3LI0A 1WA3A 2A7NA 1I4NA 1JR1A 3EXRA 4O50A 3U8GA 3FJ6A 2EHHA 2E1DA 4UNKA 1XBZA 2ZRZA 1EX5A 1KTBA 4AAJA 1R30A 3QM3A 4AMAA 4PL1A 1FXQA 1PS9A 1JUKA 1I2QA 5KMYA 3DENA 1NAL1 3NQ8A 1WXJA 4Z1BA 1W5QA 3LHVA 3GDMA 1ICSA 1SO5A 2X30A 4MJZA 1HFBA 2BXVA 1JUEA 3G0UA 1SW7A 4Z0SA 1QFEA 3W7IA 4IMFA 4EVZA 4LT9A 3L5LA 4B5NA 2GVLA 1I2PA 4UTWC 3NOEA 1NVMA 3HGRA 2J6XA 3HG2A 1EIXA 3F4NA 3I7QA 1G4PA 3MHGA 1VYPX 1N7KA 4KWWA 1K02A 2C6QA 1OFOA 1ZNNA 5AC7A 3GDKA 2V2HA 5LNWA 3FS2A 5GVJA 3LI1A 1U5JA 5K2ZA 5FEZA 1KFKA 4A22A 1TPVA 4DO6A 1LYXA 5AC6A 3MBDA 4OBTA 3U6WA 4E2BA 4O0KA 2B7OA 4JEQA 4ADSA 2ZZ3A 1QDSA 4Q33A 3IGSA 3BW4A 3O6YX 4O11A 1EWDA 3ZFHA 1CI1A 3W7DA 4EWND 2Q3RA 4JTGA 1DJNA 2CWNA 4JYEA 4M7SA 2V30A 5CZSA 3MMTA 3L5AA 2PC4A 2NLIA 2ZA3A 1KFEA 1DOSA 1GG0A 1TSIA 2ZA2A 4JTHA 5AHLA 4XBKA 1H1ZA 4AF0B 4RV8A 5CZ0A 2QAFA 4WD0A 5BMWA 3UNDA 1VRDA 4A3UA 1FCUA 4FO4A 2QJGA 4RLIA 1I2OA 1UASA 3P5YA 3LLDA 1A5SA 5KZMA 3W7QA 2WSQA 3S1UA 3UWVA 5DCEA 1F5ZA 1SO3A 2ZZ6A 1TV7A 3PULA 4YCOA 3OHIA 3KHJA 3WK3A 2A4AA 3S6DA 3I68A 1XI3A 4IMDA 4O4VA 2JKAA 5I3JA 5BOOA 1K03A 4GFSA 4IGHA 4UC5A 5MHBA 3QYQA 1TPWA 4NX5A 5FF0A 2ZFAA 2C0AA 4TX9A 1CX9A 3USBA 3TE9A 4QM1A 3W2LA 2B7NA 2HTMA 1VHCA 1FXPA 3BARA 1O4UA 1HO1A 3B0VC 4AHPA 4Y6GA 4FHAA 4MUZA 4NJIA 2G95A 3W72A 4JICA 3KRZA 1LLWA 2V5BA 3BLFA 4QNWA 3VNDA 5EMUA 4EF9A 3CHVA 2D73A 1K7FA 1GVQA 5D32A 2GQAA 1F74A 3W7RA 3DI1A 2V2DA 1OYCA 3CM4A 3TU9A 1SZEA 4K37A 2QCLA 2ZRYA 2QCHA 3C2OA 3ZR4A 1M7OA 2DORA 5KZDA 3RMJA 2H6RA 4TMBA 3NL2A 1X7FA 4IWWA 3VKJA 2YYTA 1B9BA 1TRDA 3PBWA 3LRLA 4IX2A 3VCRA 3W22A 3L66A 3QSTA 3GNNA 3W7OA 1PCKA 3QMRA 4MKNA 3M7WA 4LS1A 1FDZA 1XDMA 1YDOA 4HSOA 1GZGA 5EBUA 4J9JA 1JVNA 4PL2A 4LVGA 1GVRA 3BG3A 3YPIA 4WJEA 4AF0A 5DBUA 5D38A 5DN1A 3W86A 1XUZA 5HULA 3NA8A 3O06A 4L4LA 1J5TA 1TPUA 1W0MA 3P7YA 4GNJA 3E9AA 1FCQA 4MFEA 5F4WA 3RLVA 3R8RA 3HG3A 1EP3A 1OJXA 4AVFA 4MJMA 1OVDA 3P81A 4O1BA 4X22A 4MZYA 1W5NA 2JKEA 3LCFA 4LOCA 3TW7A 5FF3A 2RKXA 5D2WA 4FXSA 4CNNA 2RHGA 1BEUA 4YMZA 3S42A 1SFLA 2B7QA 4WQ6A 4LC8A 1ME9A 4MZ1A 3OVRA 4LV4A 2QUUA 2WO5A 3E49A 3MYPA 3P74A 5D2YA 2ZQ0A 4NX0A 5G4EA 1W54A 1BKSA 1SR9A 1XL9A 4LC6A 3TK7A 3WJSA 3F03K 5F2MA 4FX8A 2VKZG 4M5PA 5HR6A 1BWLA 2Q8ZA 1S3HA 4NNCA 4O57A 4NJHA 1I2RA 1TTIA 4UMBA 3QMSA 3W2UA 1WOAA 1OX6A 3DFPA 1YTKA 5FF7A 4O28A 1GEQA 2E5CA 3HGSA 1R2RA 1VPXA 1HO4A 3MJYA 1H1YA 2ISSA 1EUNA 2CZFA 5DCDA 1QPRA 4MY8A 3W84A 4GBUA 4O54A 2VELA 3HPZA 4JTUA 4OHQA 1MZHA 4CLMA 2ATMA 2VXNA 4O16A 2B0MA 3ABOA 2GJNA 3B0PA 3LTYA 4GUIA 4PFMA 1OFDA 2OMAA 1GVOA 2FB2A 3GK0A 5HWNA 1GVFA 3UD6A 4EIVA 1HUVA 1YLVA 3C8FA 4FNRA 3W87A 2R14A 4QQ3A 3EX3A 3W7CA 3CPRA 4IXHA 5D05A 5D30A 1P0KA 5HQEA 2FFCA 3THQA 1Q6OA 5LSMA 3LTSA 3NPXA 1KM4A 2E6YA 3QF0A 2YYUA 2C16A 3UWZA 1O5XA 4K8EA 4OGZA 5AHEA 3DU0A 3G1DA 1ZAJA 2AGKA 4X3ZA 1P0NA 1WBHA 3T44A 3Q2DA 3K30A 3HBLA 4UTTC 2PRHA 1OG0A 2Y6ZA 2TMDA 2WQPA 4ZQPA 4MYAA 5CKSA 5F4XA 4IX0A 4TR9A 2H8XA 3WK1A 3NNTA 1FBAA 1F7BA 1LORA 1W5PA 2A1YA 4NVTA 4UIOA 1XXXA 3H54A 3SECA 5EL1A 3O8AA 4BWLA 3M41A 1H7NA 1M7PA 4KFNA 4P61A 5C6MA 2A6NA 1FWRA 2HS6A 4JTKA 2A7RA 3LV5A 3EXSA 3S1VA 3L68A 1H7WA 3GXTA 1VR6A 1YPIA 3B05A 3CT7A 1D3HA 1G4EA 4Y9AA 2YXGA 3FFSA 1L2UA 5CZTA 3NZ1A 3HJZA 4ADUA 4N9CA 3LCXA 1G4TA 3P5ZA 3UYCA 1RV8A 2PCQA 2E6FA 2OX1A 3B4UA 1LCOA 3L0KA 3QPZA 5FEXA 2CLOA 1H63A 3KVJA 4AWTA 5U7SA 1GQNA 3IVUA 5L6UA 2G97A 1JULA 4A2RA 4JR5A 4AH7A 1RQEA 2FPTA 1XFBA 1FY6A 3TMLA 5LNSA 5BW6A 5KSWA 5TQLA 3EX4A 1EP1A 2Z0IA 4OV4A 3PBVA 3LCLA 3TQVA 1H62A 3EXTA 2CZDA 1TTPA 3IIOA 4DO4A 1YADA 3G22A 5G4WA 2O7SA 1SUXA 3NQEA 4HHPA 1F6PA 1JQXA 4MOZA 1FX6A 1V5XA 1QWGA 1NFBA 5AHNA 2DZWA 2G5WA 4DPPA 3PSWA 5AFDA 3LBCA 3S5OA 4K38A 1CW2A 3NYZA 5BNKA 1A5BA 2VEPA 5SWUA 4QJ1A 2QCFA 1SO6A 1XKYA 2JBMA 2WPBA 3R13A 4WXZA 4JYFA 4GRSA 2TYSA 1O95A 2P1FA 3ZWSA 3PG8A 1F76A 2C1HA 4HPJA 4HSNA 3A5VA 1TTJA 4P2VA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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