3R13A

Crystal structure of a deoxyribose-phosphate aldolase (tm_1559) from thermotoga maritima at 1.83 a resolution
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
SDKIHHHHHHMIEYRIEEAVAKYREFYEFKPVRESAGIEDVKSAIEHTNLKPFATPDDIKKLCLEARENRFHGVCVNPCYVKLAREELEGTDVKVVTVVGFPLGANETRTKAHEAIFAVESGADEIDMVINVGMLKAKEWEYVYEDIRSVVESVKGKVVKVIIETCYLDTEEKIAACVISKLAGAHFVKTSTGFGTGGATAEDVHLMKWIVGDEMGVKASGGIRTFEDAVKMIMYGADRIGTSSGVKIVQGGEERYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a Deoxyribose-phosphate aldolase (TM_1559) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.83 A resolution
rcsb
molecule keywords Deoxyribose-phosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Thermotoga maritima
total genus 97
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2011-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3r13A00
1H50A 4FXSA 3PSVA 1A53A 5E0KA 2YFNA 1JVNA 2V5LA 3PBUA 4UMCA 3CT7A 2V82A 3E0IA 5FEZA 6TIMA 2C14A 5DCEA 4LUIA 3PSWA 5D03A 2QDHA 1OYAA 1GYNA 3BO9A 3RF9A 5I3KA 5BNKA 1K8XA 1LRTA 1OF6A 4L4LA 4XTDA 2ISWA 3TDFA 1FDZA 2OMAA 4LRTA 1M7OA 1TJRA 4QNWA 5AN7A 1NEYA 3NDOA 3HGJA 1GT8A 2YYTA 5FF7A 1R47A 2B7OA 2ZDRA 3F4WA 3BG5A 3GDMA 3EX2A 3DZ1A 3CTLA 3B03A 3O6CA 3LCIA 3U8GA 4DPPA 4DBEA 2W79A 3EEGA 2JGYA 3LCXA 5LHEA 2ZFAA 5HINA 4YLWA 3O07A 1QPNA 4O1DA 2I14A 3GNNA 4EIVA 1XCFA 4JYEA 2FPTA 4O11A 3S42A 4ADSA 3KRSA 4X2RA 2DZVA 2OT1A 2WKJA 4HPJA 3RNDA 3EKZA 4K37A 2QJHA 3PF3A 4BI6A 2CLEA 5CSSA 1QO2A 5I3GA 1G4PA 4PTNA 3DI1A 3NA8A 4FX7A 2QCEA 3HOJA 1KBJA 1MXSA 1SU5A 3SW6A 2J6XA 1QCWA 4GC4A 4M6VA 3LV5A 4E2BA 3KVJA 4CQ9A 2JGQA 3S1WA 1OYCA 2NXIA 3OEXA 3TROA 1SSGA 5CPMA 3NQEA 4IMDA 5FF3A 3E02A 5A5WA 5H91A 4UMBA 2C18A 5DCDA 5IBXC 2CW6A 3LHZA 1C29A 2WNNA 3BG9A 3B4UA 1JUKA 2CWNA 2WNQA 1M6JA 3IVUA 5AOUA 3QM3A 1XKYA 1XBXA 4S1FA 2RH9A 3RK8A 1ME9A 3FKRA 3W2MA 5SWUA 4KKXA 3TQ0A 2G96A 2Y6ZA 2YSWA 4UNLA 5LNUA 4PODA 3LCWA 1FUYA 4FNSA 5FF0A 1FCBA 5C55A 5D09A 4JTFA 2CFFA 2PC4A 1YYAA 4ZQNA 5G2WA 1TPUA 2VFGA 1KTBA 3O6YX 1VQTA 3LI1A 1GG0A 5F2LA 3ELFA 3ABOA 2XN0A 1OX4B 1F5ZA 4IPIA 5KITA 4LV9A 4Y9AA 4HSNA 4ICNA 4JD4A 4JX4A 3H55A 5T26A 4UIOA 1TPEA 3C2FA 1KM3A 2ZTKA 5D33A 3QPZA 1BKSA 4Z08A 2BXVA 1Q45A 5AHFA 4K36A 1K8YA 1KTCA 1HO1A 4FNTA 5I3FA 2C16A 1ME7A 3L65A 1F05A 5LNVA 2Z6IA 4CNPA 4O19A 3C4UA 4OV9A 3ABRA 3HJZA 1D9EA 1TPB1 4OWGA 3DAQA 5BRBA 1NSJA 2A5HA 2WPBA 5E1QA 4MKNA 4NQ1A 1YDNA 3LBCA 3M44A 1H1ZA 2A0NA 3EWXA 5F1UA 2NZLA 4N02A 4RCXA 3STCA 4JY9A 1Z44A 2V9DA 1MEIA 3GVGA 1ML1A 2J27A 5BMWA 3KRZA 1TV8A 1DQWA 1SZFA 2J9ZA 5D2WA 5FI8A 2GPTA 3LTSA 3K30A 3LHTA 4FX8A 3EWWA 3PBWA 1GVOA 3QFEA 5G1TA 3P7YA 4JDBA 1TPFA 5DCBA 4A22A 1OX5A 3M7WA 3PG8A 2R8WA 2G5WA 3BW3A 3HPZA 4HIBA 3TK7A 4PL2A 3SZ8A 3LTPA 4CCDA 4M6PA 1TPWA 2JK2A 1LLWA 1W54A 2JKEA 3R89A 1X1ZA 1G69A 1KFCA 3W22A 4HSOA 5AC6A 4QAIA 1VGAA 3M41A 4P61A 3FYPA 2R94A 3PAJA 4PC8A 3HPXA 3ABSA 1PVNA 2B7QA 3W7GA 4FNPA 1R30A 1TTPA 3GXPA 4O0ZA 2G95A 1N8FA 3FOKA 1GOXA 3F4NA 4O0KA 3HO8A 3O1NA 3RMJA 3JR2A 4N2YA 3A24A 4XKYB 3MI2A 5I3IA 4M7SA 2PRLA 4MY8A 3C2RA 3QJAA 4FXRA 5HWNA 2A7NA 2E6DA 4MFEA 2ATSA 2Y7DA 3DKJA 1G6CA 3G8RA 4J9JA 1SZNA 2VFFA 4IMGA 4FHAA 2CLLA 4L4MA 1XXXA 2Y89A 3HPSA 3GDTA 4JTIA 1B9BA 4UR7A 4AHPA 3CWNA 1LRNA 3SR7A 3HBLA 3BW2A 1OF8A 4GBUA 2B0MA 1DQXA 2VEMA 4ZQOA 2JBMA 4O57A 4H6KA 2ZZ5A 3PBVA 1RPXA 4KWVA 2C13A 1VCGA 3LM7A 4IMEA 2QJGA 4O17A 3NPWA 3P8IA 3ZR4A 3UYCA 4JYDA 2QCHA 4HNUA 2QF7A 2WV8A 4RJEA 3HMJG 2NLIA 3E9AA 3UZJA 1GTEA 4Q32A 3FJLA 3RFAA 2W0UA 3LCHA 3UWZA 3NQGA 1LP6A 1J2WA 3FS2A 4IXHA 4DF0A 1TTJA 3B0PA 2Y7EA 4MJMA 3DENA 3WK1A 3G18A 3TKFA 3GR7A 2OJPA 4JTLA 1C9DA 2P10A 5EMUA 3A5VA 5KZDA 4K38A 1IXNA 1K7EA 5CPOA 5DBUA 5AC8A 1RZMA 4ZQMA 1UUMA 1SO3A 3SFKA 5D02A 4ADUA 2VFHA 5MHBA 4JYFA 3B0UX 2RDTA 3NQ8A 1UUOA 1QNVA 1JCYA 2V2DA 1LBFA 3FFSA 5L9FA 2GQAA 1BWLA 4GUIA 3YPIA 1ZNNA 2CLOA 1VJIA 2PCQA 1ZAHA 4K8EA 3LLFA 4LV4A 3ZS4A 1W3NA 2P0OA 1JQXA 4IUOA 3W71A 3W1TA 1SZGA 2BLEA 1VYRA 3CEPA 3VI2A 2WSQA 2FB2A 4GUHA 2DJLA 2RHGA 3P62A 4HKPA 2PURA 5A8GA 1JCJA 3S9YA 4WY0A 2OCZA 3TFCA 2GJNA 4JTKA 3GXNA 3LGEA 1ME8A 4R33A 4MJZA 4PL1A 3BGJA 3N19B 1GQNA 1LZOA 4XQ6A 1OG0A 5CPLA 5TQLA 5EY5A 1L6YA 1UBSA 2ZRXA 3M16A 1FBAA 2X30A 4FF7A 3GAYA 1LOSA 3MI3A 1EB3A 3TMLA 4IMFA 1K7XA 3G0UA 2HSAA 1GZGA 1QPOA 4KFOA 2QAFA 4ZMGA 4RXGA 2VXNA 5CZJA 2J24A 3VKJA 1ZCOA 3NQFA 1OFBA 4C1LA 1VR6A 4ZQPA 4UFIA 4HNVA 1TJPA 1ZAJA 3IEBA 3QSTA 2X1RA 4O8RA 3MWAA 1F76A 1B4EA 1EP2A 3O15A 4NNAA 3O6DA 5HWJA 1RR2A 3GDRA 2QJIA 4FX6M 4N4PA 2QCDB 1H63A 5D2TA 3P81A 3NZ1A 4TMBA 1SW7A 3NR0A 2VEPA 3P67A 4O10A 4WJEA 1VHNA 1R2RA 1JJKA 3I65A 3LXCA 1G4SA 4MYXA 4CCCA 2CLMA 5CPNA 2DU2A 4AHQA 4JN6A 3UY8A 3R12A 3INPA 1RVGA 3CIWA 4UNKA 3PC0A 3S5YA 1DHPA 2VEIA 3LI0A 4WOQA 2QEZA 3UXAA 3CC1A 3W84A 1LM1A 1FDJA 1RQHA 1RQBA 1J4EA 4AMAA 1JCMP 4LTSA 5KINA 3UWUA 4M19A 3TFXA 4JEQA 2QUTA 3A9IA 1PCWA 4FNRA 5G2HA 2EHHA 1TYGA 3IVSA 2Y7GA 1YLVA 1KW1A 3G1YA 1D3GA 2Q8ZA 2QCGA 2C0AA 1R2TA 4Z1CA 4O28A 1QPQA 2P1FA 3H54A 3WFAA 4NVTA 1F73A 1FQ0A 2E6YA 5KSWA 2QCNA 3W2JA 1WBHA 3N2XA 3VE7A 1GVQA 2VELA 2CU0A 3W74A 4JX6A 5EBUA 4WUIA 4PA8A 3QW3A 1XBVA 2E09A 5TBOA 4EOUA 4HPXA 4LS1A 5CGQA 3KVMA 1D3HA 1XUZA 2YW4A 4MZYA 3WJXA 4XWUA 3JRKA 4NJJA 2FLIA 2TRSA 1OFOA 3ZWSA 1EP1A 1BWKA 1ICSA 1T0OA 3TA6A 2E1DA 4QQ3A 2E5CA 1AL8A 1UJPA 1SZEA 3W7CA 4WOZA 1YPIA 2HMCA 2Q3OA 1HL2A 4M5PA 4IPJA 1S3HA 2F84A 3CHVA 2JKAA 4GUFA 3DGRA 1WQ5A 3TAOA 3LCGA 1I2QA 5DLCA 2EGZA 1FXQA 1H7RA 1TPVA 4CLMA 3V1PA 3GDLA 1K8ZA 3L21A 4I7VA 2CLKA 4OBTA 2CZ5A 3B06A 3UY7A 4ZQCA 4XUGA 2DZPA 1O60A 1EP3A 1O5KA 1M7PA 3PB2A 4HNNA 4W9TA 3IV3A 1L9WA 5ABTA 3BLEA 2QUUA 1WA3A 4UTLA 2VOMA 3CM4A 4AVFA 1W5PA 4LS2A 1TB3A 4RV8A 3UZ5A 2A7RA 4JTHA 5CZTA 4Y90A 2O7QA 3M9YA 2I9EA 5EL1A 1KV5A 2QR6A 4GRSA 4WX2A 4N9CA 1GJPA 3PR2A 2RKXA 1OFDA 4I7WA 3TCEA 1W56A 3O63A 5DXXA 5K2ZA 3TV8A 3ABQA 4JIPA 1CW2A 2C19A 3BARA 3W1RA 3S5OA 1IXQA 5HUPA 3LCLA 2QUVA 3UWVA 1EUNA 5K3VA 3B0VC 3FLUA 3UXDA 2YYUA 3DFQA 2ZZ7A 1XFBA 2EKCA 4QM1A 3P8JA 3QW4B 5LNWA 1J5TA 4OGZA 4ORMA 4WXZA 1X8FA 3LB0A 5G4EA 3NQCA 3D0CA 2ZA1A 3B8DA 1FDYA 2DORA 5FEWA 4N9DA 3MMTA 2V81A 3DFNA 4TO8A 3GYEA 4MOZA 4O1AA 1K03A 5LKYA 3FIGA 3NQMA 2ZRUA 1TCDA 1KFLA 2GVGA 3RLUA 5I3JA 4MLRA 5K9DA 1VRDA 5CSRA 3P61A 3NL2A 4IX2A 5KMYA 2B7NA 4AEOA 4FO4A 4FEZA 2WNZA 3HG4A 4FIRA 3W9ZA 4AF0A 3CLMA 4NJIA 4LS0A 5J5DA 3AJXA 3WJZA 3T44A 3O8AA 4DO6A 4ONVA 1VH7A 2F7FA 4CNNA 4QISA 3TAKA 4XZ9A 4R53A 3PB0A 4JTEA 1A5AA 3W7RA 1RQEA 3NG3A 3W1PA 5D2VA 3G1XA 3L68A 4OV4A 1DOSA 2HS6A 4CCEA 3NL5A 3C0JA 3LHVA 2PRMA 3TW6A 2V8ZA 3QMRA 3C8FA 5BW6A 2ZA2A 5LGXA 4UFJA 1KM6A 3EX4A 2ZRYA 1XM3A 4Z0JA 4O1BA 2QAPA 2HTMA 1AL7A 3DI0A 2CLIA 2Y62A 1LCOA 4XBSA 1W0MA 3W7JA 5FEXA 1WOAA 1IIGA 3ZFHA 3HG5A 3DBPA 4RLIA 1MO0A 3C2VA 2E77A 4LVAA 1VYPX 2EPHA 4O4WA 3W76A 4LNYA 3BK0A 4UFKA 1DV7A 3G22A 4LUJA 5I3HA 1G4EA 2NX9A 4YWIA 5CKSA 5K9XA 2X2GA 4GXMA 2EF9A 1HO4A 2CLHA 5HNRA 4UTUA 2ISVA 3GXTA 1S5TA 1TPC1 1YPFA 2YX0A 3TW7A 3G24A 3GZ3A 1CX9A 2DZWA 3UPWA 3KXQA 1IF2A 1NFBA 1S5VA 1O94A 1GYLA 2A1YA 1T96A 2Y88A 2QDGA 1JUBA 3GNDA 5D2XA 2V5BA 2C6QA 3W23A 4QIUA 4YMZA 3L0GA 1YADA 3FA5A 4AXKA 4MLJA 3O16A 2C3ZA 3C2OA 1VHCA 4O15A 4U4MA 4TX9A 1EX5A 1PCKA 1TV7A 2FDSA 1U83A 1L6WA 3IGXA 3EWZA 3KRUA 4UFMA 3PVFA 3GLCA 1UCWA 4MZ1A 2CZEA 4GE8A 3THQA 2GVLA 4OQVA 2Q8LA 4JTGA 4O12A 4WD0A 3TJXA 4YCOA 2VKZG 2RDUA 4P2VA 3U6WA 1WBJA 4K8HA 1NVMA 1ZFJA 4ADTA 3W87A 2CZDA 4O1CA 4H3DA 3A22A 4RK8A 1KLZA 5AHEA 1LOQA 3HGSA 1I2RA 3N9RA 2J9YA 1H62A 4MIMA 2WSRA 2TMDA 2YDAA 4NT0A 2VFEA 3L0NA 3NGJA 2H3DA 4Z1DA 5E93A 3P5YA 2ABAA 4NJGA 3BGGA 3NQAA 1QR7A 3BV4A 1YTKA 3NPXA 2ZRVA 3V75A 2NUWA 2B4GA 2XN2A 1DJQA 2Z2UA 5LGZA 5TIMA 1TIMA 3VNDA 3A23A 5AB3A 1QMLA 2TSYA 1KFEA 4CNOA 4IXXA 3PS7A 3W1XA 4IX0A 3G3MA 4LT9A 5EKYA 1LOLA 1KM5A 2TPSA 2PE4A 1VYSX 5G4WA 2WO5A 4O53A 1GPWA 3C2EA 2ZZ6A 3N14A 3IIVA 1LYXA 1SO5A 4NZJA 1OK4A 4LVBA 1Z42A 1W3IA 3T55A 4RX0A 2YFOA 2A2IA 2A21A 3LRKA 3LDVA 4LC8A 5D04C 2I1OA 3WK0A 4JTTA 3W7PA 1YDVA 5F1VA 3MP5A 4LVGA 4BR1A 1JUEA 5K7JA 3Q2DA 2E6FA 2AAMA 4GUGA 2V0TA 3EXSA 2YPIA 7TIMA 4HT3A 4U28A 4MUZA 1NF0A 3G1AA 1XL9A 3FYOA 4X3ZA 1TRIA 4JICA 5KZMA 1I8JA 1LORA 4JNMA 3NVTA 1HUVA 3W7LA 1PHQA 2Y85A 2C1HA 3H53A 1SR9A 3W7HA 4JS3A 2ZYFA 2X16A 2Q3RA 1Q6QA 1FCUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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