3R13A

Crystal structure of a deoxyribose-phosphate aldolase (tm_1559) from thermotoga maritima at 1.83 a resolution
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
SDKIHHHHHHMIEYRIEEAVAKYREFYEFKPVRESAGIEDVKSAIEHTNLKPFATPDDIKKLCLEARENRFHGVCVNPCYVKLAREELEGTDVKVVTVVGFPLGANETRTKAHEAIFAVESGADEIDMVINVGMLKAKEWEYVYEDIRSVVESVKGKVVKVIIETCYLDTEEKIAACVISKLAGAHFVKTSTGFGTGGATAEDVHLMKWIVGDEMGVKASGGIRTFEDAVKMIMYGADRIGTSSGVKIVQGGEERYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a Deoxyribose-phosphate aldolase (TM_1559) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.83 A resolution
rcsb
molecule keywords Deoxyribose-phosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Thermotoga maritima
total genus 97
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2011-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3r13A00
1SZNA 4PL1A 1ALDA 3LGEA 2NUYA 4DF2A 1T8XA 2W0UA 2QCDB 5AHLA 3CU2A 3TFXA 5HINA 2QJHA 2E1DA 1NEYA 1UCWA 1OFRA 3LHWA 3W2LA 4QISA 1WV2A 4N4PA 1MEWA 1T96A 2XN2A 3EWYA 4NXSA 3TIMA 3G22A 2DZPA 4PA8A 1OFAA 3LI0A 3NR0A 3TC6A 3W3OA 1OVDA 1W5QA 2ZRYA 2ZZ7A 1J4EA 1W54A 2ZZ4A 5HR6A 1WAUA 5G2WA 3W75A 5LKYA 3G1SA 1GVRA 3HB9A 3TSMA 3R2GA 3PG8A 3TXZA 5K9CA 1FWSA 3OG3A 3LXAA 3UZ5A 1HL2A 1ZENA 2H90A 3KRZA 4WXYA 4Y6GA 1Z42A 2A7RA 3EX6A 4LS0A 3DENA 4MY8A 3FKKA 1JUKA 5BOOA 1EA0A 3DZ1A 3ANYA 5KINA 2OT0A 4FB7A 5SWUA 2H6RA 3NQCA 1F05A 4JTGA 1O4UA 3F03K 2GQAA 4O16A 4Q33A 4YXGA 4I7WA 4H6KA 5K2ZA 1QO2A 2P10A 1FCUA 2B7PA 1JUBA 2NXIA 1GPWA 3T4CA 1XM3A 1DQWA 5LSMA 3TFCA 2FB3A 3S8HA 3TE9A 3WK0A 3W85A 2JBMA 3W74A 1ZNNA 2Q3RA 3LCHA 3A5FA 5CZ0A 1OYBA 3TC7A 1B4EA 4U28A 2ZA2A 1G7VA 3HGSA 1OYCA 3MBDA 1WOBA 4JTUA 1JCNA 4BI7A 3GLCA 5G4WA 1ME9A 5LGXA 4UTKA 2ZZ6A 1U5JA 3PAJA 3BK0A 5I3KA 2QJGA 3W1RA 1FUYA 1EX5A 1SW7A 3LV6A 3O15A 2A21A 3MW7A 3USBA 2LLEA 1NVMA 1K03A 4JYFA 4FNRA 4POCA 3BPWA 4O11A 2ZTKA 3W7NA 3T78A 1EIXA 1W37A 4MLRA 5EPDA 1W3TA 5HWJA 1RD5A 1FXPA 3M5ZA 2FDSA 3GVGA 3FEMA 4XUGA 2EPHA 1WBJA 5AHEA 3C2OA 2CZDA 2VXNA 4HSNA 4LVDA 4LV4A 4UFKA 2YZRA 4UTUA 3W7KA 3SGZA 1P0NA 1LYXA 3QMSA 5CZSA 4UFHA 1I4NA 3DAQA 1GVQA 1Z41A 1TV8A 4HNUA 5D09A 3TQKA 1BWKA 1RR2A 1KLZA 2DZSA 1QPQA 1FWTA 4JIPA 5HQEA 4IPJA 3GDRA 2H3BA 4MJZA 3EEGA 1KBIA 3L5AA 2OX1A 3BG3A 2WPBA 4A29A 4E2DA 1J2WA 3C2VA 2VFFA 5DXXA 4BFAA 1F73A 4GUIA 1SR9A 3NDOA 3N19B 1OFDA 3GAKA 1O5KA 1Q6LA 5C2XA 3KHJA 2V5LA 1FBAA 3CTLA 3P5YA 2CLFA 1XBYA 4JR5A 1PHWA 2VEIA 3CWNA 3O06A 4HIBA 2PCQA 4NJKA 4O1BA 5G1YA 3GXPA 1KM0A 4AXKA 3WJWA 3HGJA 4HNNA 5HMSA 1FCQA 1ONRA 2E77A 1FCBA 3R5EA 2YW3A 4IJBA 4QJ1A 2BZNA 1BEUA 1O95A 3ABRA 2D73A 3STGA 1YXYA 3LRKA 3L2IA 4RR4A 4HNVA 1B4KA 3FFSA 5AC6A 1VQTA 5DELA 4UC5A 4TMBA 3CHVA 2V2HA 4O8RA 2Y89A 3NG3A 5A8GA 2ATMA 1A5SA 2HMCA 3A21A 1WYIA 4RX0A 1SU5A 1GG0A 3LM7A 4LW7A 4Z1CA 1M7PA 3A24A 1L6SA 5EKYA 2YSWA 3CQ0A 5FF3A 4FNSA 4LVFA 1YYAA 4FO4A 4JTLA 3RF9A 5KITA 4OQVA 2CLKA 2ZBTA 3H54A 3ZR4A 2Y88A 3W2MA 5FI8A 1Q6QA 1LRTA 2HTMA 1H60A 4LU0A 1QPRA 4RZ6A 3UD6A 1KW1A 1BTMA 3W7RA 1L6YA 3B04A 4AHOA 5KMYA 1SQ7A 3GAYA 5D05A 1LZOA 4NJJA 1VJIA 3G1FA 4MYXA 1OG0A 4ZQCA 1TO3A 4WY0A 3HGOA 1SO6A 1OX4A 4JDBA 1NFBA 4XKYA 2VFEA 3H53A 4AWTA 2BTMA 3GZ3A 3W73A 2QEZA 4JICA 4OV9A 1EUNA 3GXTA 3V75A 5EYWA 4LTSA 1BWLA 4EOUA 3C8FA 3LHZA 4ZL1A 1LROA 5I3GA 1TPVA 3DH7A 1R30A 3FA5A 4JX5A 2NV1A 1JCYA 2VEKA 3SIZA 4UR8A 5KTLA 5D2XA 1ZJIA 1QAPA 1DV7A 4UTJA 4N9DA 5HUPA 4UFMA 3UWWA 2CFFA 2FPTA 1GZGA 1MEIA 4CNNA 3TQ0A 1GQNA 2E6AA 2QCDA 4MLJA 3NM1A 1W5MA 3HMJG 5C55A 1R47A 1A50A 4WX2A 2FIQA 1U83A 3DKLA 3W23A 4FXSA 4RJEA 4NZFA 3BG5A 2DZUA 3UXDA 4CQAA 4JDYA 3QQ1A 4O4VA 4WY0F 3W2KA 3QFEA 1MO0A 2J9XA 2J6XA 3W1XA 4AB4A 2C15A 1SZFA 1UASA 2VELA 4GNJA 5AYYA 2A1YA 1H7NA 2ALDA 4ZQMA 4ZQRA 2G96A 3LCXA 1AG1O 5CPMA 1W8SA 3QRHA 1GVOA 1I45A 5K4XA 3KVJA 1C29A 2V81A 3TROA 3O6YX 1KFJA 1F6KA 2X30A 3E0IA 1VCVA 1OX5A 3UWQA 1TPDA 2HS6A 1H62A 2ZRZA 3TMLA 4N6EA 3N14A 5IM51 3W1MA 3LLDA 2ZQ0A 2X1RA 1KFBA 2DJLA 3BGJA 4MZ8A 4JTTA 1JCXA 3WFAA 1F74A 4FX7A 4Z1BA 3TMQA 5EA9A 3M6YA 3B0VC 5G1TA 2E5CA 2CLMA 2CZEA 4M7SA 4QM1A 2E68A 2CLEA 1GVSA 3L21A 1G4PA 4QSHA 3KX6A 2OT1A 3HPZA 1WOAA 3CIWA 5KZMA 2QAFA 3UWUA 4BK9A 6ALDA 4YWIA 4FF7A 3GDLA 5GVJA 5HWMA 3GDKA 4O19A 5LZLA 1F7BA 3OVPA 3O6DA 2DZWA 4Y96A 1EWDA 4IQLA 2WO5A 3PM6A 1FDJA 3R12A 5D04C 1GTEA 4IX2A 3O07A 3Q94A 5LGZA 4NT0A 3MP4A 5DBUA 3MP5A 4A2SA 2FPVA 4YCOA 2GJNA 5K4ZA 1VGAA 2OCZA 5EBUA 3P81A 1KM1A 3GR8A 2ZRWA 4JS3A 5D2WA 4K39A 3BG9A 3IEBA 3M5YA 3MHGA 2TYSA 2ZTJA 3C6CA 3KVMA 3LHUA 3A22A 4P61A 4Z0JA 3NQ8A 2E5DA 3QH2A 3LB0A 4PL2A 5KSWA 2V8ZA 3S1WA 1KBJA 4GBUA 5BW6A 4OBTA 2EGZA 4CCCA 2RFGA 5CZJA 3P8JA 1FXQA 1K8XA 1YLVA 2NWSA 1VLIA 4UTIA 3TAKA 6TIMA 3JRKA 4IMGA 1KM2A 5FEPA 4M7TA 1TQXA 1C9DA 3W7CA 3LDVA 4JTEA 1OK4A 3B06A 3TX9A 2C19A 1I2QA 1TREA 3GYEA 1OJXA 5F4WA 5EY5A 4MJMA 1FCVA 4O28A 3GNDA 3WK2A 3PG9A 4Q4KA 3M7WA 3NL3A 1DJQA 1EP1A 1TCDA 4NVTA 4S1FA 1QWGA 3W1TA 4LWWA 2Q3OA 1XDMA 4FHAA 3PWAA 3GB6A 1WA3A 1AMKA 2E6YA 1O94A 4QITA 2NV2A 1W3IA 3DI0A 1KM6A 4EF8A 3T44A 3A5VA 5L9FA 2A4AA 3FYOA 3M5XA 3UPBA 5DN1A 3R89A 4R34A 4DO6A 4JTJA 4O0ZA 1W5OA 3S5OA 4HT3A 3L68A 4S2BA 5KZDA 3GKAA 5HUOA 4A3UA 3W7LA 1B3OA 3MWAA 1H7PA 4M19A 5T26A 3N9SA 2C3ZA 2CLHA 4GUFA 2V30A 2B7QA 3B0UX 2C16A 5G2HA 3QZEA 3PB0A 4LOCA 2V2DA 2JGYA 4O10A 1GTHA 1IXOA 3L65A 4JNMA 2ISWA 3W2UA 4TMCA 1I2PA 1LRQA 1KA9F 3QPYA 1VZWA 1TPEA 3RMJA 3TSBA 2H8ZA 2WQPA 4FXRA 3RU6A 2E5BA 2Y61A 3SFKA 4RV8A 2TMDA 4JY8A 3G1HA 1DORA 4QNEA 5C54A 2QF7A 4O13A 4X3ZA 3DFTA 5BMWA 4MZ1A 3PSWA 4ICNA 2J27A 4RK8A 2B7NA 1SO5A 1JCJA 2DORA 1QOPA 3L5LA 2V2CA 4DXVA 3OA3A 5HWNA 3D0CA 1OFBA 2QDGA 3TKFA 3DGRA 4ZQOA 3MI3A 3P82A 1G7UA 5IBXC 2P1FA 3OIXA 3LRMA 3QJAA 5AYXA 1ZAJA 5ABTA 1ICSA 4O18A 1TRIA 1XBZA 3C0JA 3MI2A 3W7QA 1JRCA 4KKXA 1DJNA 1VHCA 3MYPA 5FF7A 7TIMA 3UZJA 3M44A 5HULA 1X1ZA 1K02A 5FF2A 2C18A 4RKAA 5HJLA 5F4SA 3MO7A 1G4EA 4NQ1A 4AAJA 4BWLC 3BLEA 3HPXA 4HNTA 4EVZA 1R46A 3RK8A 4MIMA 1SPQA 3O05A 4XBSA 1LM1A 3R13A 1AW2A 1YDNA 4UFIA 3HG2A 3W1AA 4X22A 4K7YA 1XUUA 4RZ4A 4C1KA 1VYSX 1UBSA 2FQIA 5EMUA 3FJLA 2WNZA 2QR6A 4IPIA 1Q6RA 2EHHA 1D9EA 4UTTA 4UTTC 2YFOA 4UNLA 1FQ0A 5MHBA 3S1VA 3HF3A 3MHUA 3FLUA 1UUOA 3P8IA 3L66A 3QMTA 2BXVA 3QW3A 3W88A 2QDHA 2XN0A 3P80A 4UMAA 2NWRA 3GXNA 3PBUA 4GC4A 3HPSA 4N9CA 4PEKA 3INPA 1RVGA 1YADA 3NAVA 2RH9A 1FWNA 4Q32A 1H7OA 4XBKA 4RLIA 4IXHA 4GWEA 2Z2UA 3IRDA 1SW3A 1EUAA 3P62A 5C6MA 1A5AA 3WK3A 4K8HA 3QSRA 2OMAA 4FEZA 1ICPA 2QCFA 3TNOA 4JX6A 4J9JA 3T40A 1SSGA 1G6CA 3UY8A 4O54A 4PCFA 2Z6JA 3BV4A 4MY9A 4NNAA 5CSRA 3P5ZA 2QUUA 3UWYA 2ZRXA 2VFHA 1LP6A 4UMBA 3A9IA 3NQ7A 3NM3A 5DCDA 2F7FA 4FNUA 4ALDA 3EWZA 3EX1A 2ZFAA 4LVAA 3G1YA 3CM4A 4UCGA 3CPRA 3HG4A 4XZ9A 2BX7A 2CZ5A 3IIOA 3ZWSA 3C61A 3NVTA 4E2BA 1O60A 2NX1A 2ATSA 3G3MA 3L0NA 2V9DA 1XCFA 3LHTA 2Y85A 4NU7A 3KVLA 1DL3A 3NQGA 4QAIA 2H8XA 4O53A 5LNWA 1K8YA 3N2MA 3DFQA 4PTNA 5HR7A 1RV8A 3QSTA 3TSDA 3L67A 3DFNA 1TPFA 4IUOA 1SZGA 2B0MA 2CLOA 3P67A 1I2OA 4M6QA 3UNDA 4TIMA 3P7YA 2Q8ZA 4Z08A 2CZFA 3I65A 1QFEA 1NF7A 4I7UA 2XFWA 4O57A 2Y63A 4AVFA 1SO4A 4R33A 4IMEA 1XFBA 4DEFA 4HKPA 2A6NA 1NSJA 1K7EA 2A0NA 5LNRA 2JGQA 1GT8A 4JN6A 3W07A 4NNCA 3JS3A 2PE4A 2QUTA 2B7OA 1I2NA 1QCWA 3UY7A 3UPWA 4N6FA 1L2UA 4BI5A 1TIMA 3HO8A 2V82A 3BW3A 1UJPA 2O7QA 2H3DA 1DBTA 4KFOA 3LCWA 3G8EA 3W72A 3S1UA 4AHQA 2VEPA 1GOXA 4UTHA 2B4GA 5K3VA 5FEXA 4DQWA 1V7YA 1SZEA 3LCFA 3NL5A 3PS7A 1X8FA 4K36A 1ME8A 1PCWA 3HG5A 3W7OA 3UXAA 4IMFA 4DPPA 2ABAA 2E6DA 2E6FA 4UTWC 1TPUA 2WOQA 4MY1A 2C1HA 3NL2A 1AL8A 2A7NA 1JCLA 1PVNA 1ADOA 4AHPA 3S5YA 3EB2A 3TJXA 2GVGA 3NPVA 4ZVJA 3QM3A 3W7IA 1JULA 5F2LA 5F2MA 2C6QA 2Y62A 1W5NA 3YPIA 4JX4A 2FJKA 2ZA1A 1I2RA 1T0OA 1J5TA 1YPIA 2Z6IA 3W1QA 5LNSA 3M1ZA 4ADTA 2EKCA 4EWND 1KTBA 4NUWA 3BLFA 3BO9A 3EX3A 3SSJA 3HJZA 3P61A 1LOSA 1NF0A 5J5DA 5AHMA 3LBCA 3TU9A 3BW4A 3SGUA 2CLLA 4XTDA 2FB2A 5U4NA 2CU0A 2DZVA 4KWWA 3MBFA 4YMZA 2NX3A 4WOQA 3O8AA 4WZHA 2WJZA 2I9EA 1F6PA 1KTNA 1RPXA 5LNVA 4GFSA 5U7SA 3DI1A 3OVQA 5G5IA 2NUWA 5DY2A 3F1QA 1P1XA 4I7VA 4NJGA 2VKZG 2J9YA 3OHIA 3L9CA 3W70A 3Q37A 3SJ3A 5DXYA 4UTLA 4I9AA 5BMXA 4EIVA 4LUIA 4TU1A 3THAA 3OBKA 1A53A 2WV8A 1N8FA 1SFJA 4H3DA 3TV8A 1W3NA 2VENA 4KWVA 4OHQA 2X16A 4ORIA 2J9ZA 5A5WA 4CQ9A 1VHNA 1EP3A 1KFEA 1Q3NA 1W56A 3TCEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SZN A;  1ALD A;  4DF2 A;  1T8X A;  4A8R A;  1E6Z A;  2PGR A;  3CU2 A;  1GOR A;  4S23 A;  4REQ A;  2QJH A;  5I00 A;  1NEY A;  3LHW A;  1WKY A;  1T96 A;  1VF8 A;  3ZVI A;  2XN2 A;  2PDN A;  4U33 A;  3KL5 A;  3V0S A;  3U57 A;  3W3O A;  2ZZ7 A;  4FOU A;  1CGY A;  1W54 A;  3A9B A;  7ENL A;  2ZZ4 A;  1U33 A;  3ZT5 A;  3QR1 A;  3G1S A;  2V69 A;  2BVT A;  2D2H A;  4PMN A;  2CER A;  2Q02 A;  2H90 A;  2ZUU A;  4WXY A;  1XQL A;  2XSX A;  2BVY A;  4M0X A;  4ZEN A;  3EX6 A;  3W81 A;  1SYT A;  3Q67 A;  1QHP A;  3DZ1 A;  3ANY A;  3WF1 A;  1M04 A;  2X0S A;  2X1I A;  4XSL A;  1FOB A;  4DLF A;  4J4K A;  3VMO A;  1F05 A;  3IJ8 A;  3NJ3 A;  1E73 M;  2F38 A;  4Q33 A;  5K2Z A;  4WVX A;  2B7P A;  3MQT A;  3URB A;  3NYD A;  1VFU A;  3QGK C;  3UR7 A;  1EXP A;  1NWR A;  4F4R A;  1JYX A;  2PBG A;  3W74 A;  5T8G A;  3A5F A;  1OYB A;  2CBJ A;  1OYC A;  3MBD A;  4JTU A;  3PZO A;  3IV8 A;  2OKO A;  3W29 A;  1G0C A;  2A3L A;  1RK6 A;  3P14 A;  1UPM B;  2YL9 A;  5G4W A;  5LGX A;  3PAJ A;  4MNM A;  1JPD X;  1DJG A;  4L4P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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