3RCN | Genus

Total Genus 169

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	169
sequence length	537
structure length	525
Chain Sequence	MSAFHQLIPAPWSFSAGTGELELDAGTSVGADPELRGPRRWLTRALGGATGWDLAPAPAREAGIRLLLDPSLDAEAYRLEVSDAVVISAGGAAGAFYGAQTLLQLLGPAALRQAPVVAVEGWSVPRVSVEDKPRFGYRGTMLDVARHFMPKDNVLRFIEVMAMHKLNVLHLHLTDDQGWRMQINRYPKLTETGAWRRESSLGSWRAGVFDGRPHGGFYTQDDLREIVAFAADRHITVIPEIDVPGHSQAAIAAYPELGAGPSPVEVWTRWGINETVLEVSETSLEFYRNVLDEVVEIFPSPWISLGGDEVPLTQWQASAQAQAKAAELGLDDVSGLHSWFVGQLALHLKHHGRATSVWDELPDGALVASWRGYEGGIDALRKGYDVVMCPEHKLYLDHRQADGDDEPVPVGFVTTLQAVYEFEPLPGTDFPGRLLGAQANIWSEHLDSPRRVQFAAFPRLSAISEVFWSNPAGRDYDEFLTRLTGAHLARLEAMGVEYRPLSGPAPWQQRPGVEGWKRDYDAEQL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__74484101224678__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__74484101224678__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3RCN/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__74484101224678__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"74484101224678","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3RCN/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__74484101224678__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d02a0d96417d527115d53f8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d02a0d96417d527115d53f8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d02a0d96417d527115d53f8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d02a0d96417d527115d53f8/pdb.gz): 583 ms

reading 525 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

525 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 34 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:524});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Arthrobacter aurescens
publication title	Crystal Structure of Beta-N-Acetylhexosaminidase from Arthrobacter aurescens rcsb
molecule keywords	Beta-N-acetylhexosaminidase
total genus	169
structure length	525
sequence length	537
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2011-03-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3rcnA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	3rcnA01

1CGWA 3BMVA 1CGTA 2VZOA 3TP4A 2CITA 4HTYA 4CVUA 1QNPA 5E70A 3W28A 4WKHA 1HKMA 3II1A 4W86A 3W81A 1GCYA 3GTNA 3WENA 1D2KA 1KFWA 1FFRA 1XD1A 3SCNA 3WH5A 1QHZA 1HJQA 3WFZA 3WNLA 3AMGA 3GXDA 1E6NA 2YL8A 5AYBA 2UWFA 1G01A 3WEMA 4AZ5A 1CGUA 4J7RA 4DWSB 3GM8A 1JAKA 4PYSA 4OZOA 5M17A 3AHYA 5FL1A 2E9LA 2DQXA 1NQ6A 3WEOA 1L8NA 4W89A 2A3HA 3O9NA 9CGTA 2VQTA 4KRTA 4CU7A 1PX4A 5JBDA 5ABGA 1C3FA 3N12A 1H5VA 2FHBA 4H41A 4D6IA 4Z2KA 2W62A 2YL6A 1HVQA 1O7AA 1HXJA 1G0CA 1G9HA 1V0NA 3K1DA 4PMQA 1VENA 4NRSA 2WANA 3T0AA 1CPUA 1NWTA 3CLWA 2WHKA 3T08A 2WZEA 2C7FA 1C8QA 1QI2A 1NWUA 2XFFA 3ZSSA 5CJ5A 3AIEA 4MJ2A 3CZJA 4W7UA 2WVVB 4OUEA 2VI0A 3WF4A 3GXIA 2ZUVA 1NP0A 4U3CA 1OGBA 3CZ8A 3N11A 4C7FA 3PHAA 1E5JA 1EOMA 2OYMA 3POHA 4MB1A 3HN3A 1QI5A 2BFGA 2XM1A 4C7DA 3QOMA 2D0FA 2VZUA 5TD4A 4JL2A 1KXHA 3VNYA 2XM2A 1US2A 4AZ7A 4QP0A 2Z1KA 4NI3A 4P8XA 4RE2A 1VEPA 5EFDA 1OINA 4UFHA 4GZEA 4N0RA 3VGDA 1V6WA 2V3FA 3OBAA 3MSGA 1H09A 1D3CA 3S6TA 4WJXA 3ALGA 3AROA 4PMYA 3A3HA 1GOIA 3L4VA 5FD0A 5M03A 4L4OA 4UOZA 1W3LA 3SURA 1BGGA 4W87A 4X9YA 1E4NA 3POCA 4PTXA 3W27A 4QFUA 4P7RA 3ZMRA 4UNIA 1KGUA 1E15A 2JIEA 3U5YA 2DSKA 4AD5A 2D0GA 4ATDA 1GQLA 3EMCA 4QLLA 1MW0A 1GNXA 3I3EA 1J0YA 4EK7A 1JNEA 3VIOA 3JUGA 3WD3A 3MO4A 4NZCA 1C90A 4D6DA 4FLQA 4PMRA 3VD3A 2C8NA 2X0YA 4OKDA 1WKYA 2QMJA 4BF7A 1QVBA 2EPMX 1NARA 4D6FA 2Y8VA 3WUFA 3MU7A 3VMOA 4CN1A 4Q7NA 1PPIA 4DWSA 5LA2A 3OLGA 1ZB5A 5GNXA 1KGWA 2G8ZA 1CTNA 3CH9A 1XCWA 1FH7A 1VFUA 2J78A 1TA3A 2GVYA 5IDIA 1G5AA 3WUEA 3WQ6A 4MDOA 3WBEA 3WD1A 4DWSD 2XWDA 1W2PA 2YBTA 1JZ8A 1DHKA 1WZMA 3RJYA 4A4AA 1RH9A 1XC6A 2WBGA 3L4XA 4ML4A 1PJ9A 3PZNA 1UD4A 2J7EA 4OBSA 4P8UA 3VIIA 2D3LA 1CGXA 3WD0A 4Z2HA 3PZOA 2VTFA 4N42A 5D8WA 3GXMA 2OYKA 5GPRA 3PZUA 3WDPP 2O92A 1ZU8A 3SCWA 4PMXA 1EO5A 1GOQA 3SUUA 4AIUA 1S46A 1R8LA 4CN6A 1ZBCA 3NDYA 1KR1A 3K8MA 1LJYA 1E72M 1OIFA 3W82A 5A3HA 3M07A 1WNOA 1ODZA 1JAEA 3RIKA 2X09A 4W85A 1XSIA 3PZIA 2VC9A 1H49A 2VUYA 1B2YA 1UWQA 1BGAA 5ABEA 1JZ7A 2JF6A 3LPGA 2YJQA 1W9VA 3K46A 3ZJ8A 1ZL1A 4AD3A 4WSKA 3SCVA 3TOPA 4M81A 3WDRA 1ECEA 1UA3A 4UQCA 4AISA 2D1ZA 1E1EA 4ACYA 5LYRA 1ISWA 2XHYA 1BVZA 1UOKA 3ZM8A 1KB3A 3FAWA 1UUQA 5A6JA 3N13A 1JG9A 2XSAA 1J10A 4MNJA 3AFBA 3ZOAA 1HKJA 4LYPA 5HPCA 3WQVA 2ZX7A 2NT1A 1SFSA 1XYZA 4QLJA 4B9ZA 3WNNA 4PTMA 4BA0A 4AZHA 5I0DA 1XH2A 1B3XA 1E43A 2DSWA 3IJ8A 4PTVA 1B3ZA 2PB1A 3GH4A 3NYDA 5I79A 2GDUA 1I1XA 2OLHA 1A47A 1UH3A 4UQ9A 3VO0A 1VEMA 5JIWA 3OZOA 5HDRA 1E0XA 2WHLA 3BAIA 3MUAA 4AZIA 1NM9A 1XD0A 1BYCA 2YLAA 3MMWA 2WLZA 4WLCA 2IUZA 3W25A 3CBWA 2GJRA 5GNZA 4NF7A 1HT6A 4DWSC 2YKKA 4AIOA 5D9PA 3MKKA 4GI6A 1BFNA 3PZVA 1E0WA 3EDDA 5CGMA 3FAXA 1WCGA 3GNRA 1O6IA 3LPOA 3K8LA 2YA2A 1CIUA 1MQPA 7A3HA 2WCSA 4F66A 2ZWYA 2ZXBA 1B3VA 3MANA 3WQWA 3W38A 3KL5A 3CUHA 3VINA 5A6SA 1WDSA 1MQQA 2GFTA 1A3HA 5A8NA 4WKFA 3BAKA 5A8MA 4U31A 3BCFA 3OA5A 2WK2A 1W3JA 3NCOA 1VJSA 1J0IA 4M24A 2VX6A 3GYCA 4XB3A 3WFLA 3AMCA 3J7HA 4AY1A 1R7AA 4RE3A 2D22A 1JL8A 1E6SM 1MFUA 3KWXA 2J25A 4Z2JA 4AEEA 1E55A 4GI9A 2JFEX 1JI2A 1PIFA 5BWFA 2XYLA 3QHMA 1H41A 3BLKA 2PWFA 3ZJKA 1UZ4A 2UY5A 5BYWA 3BAXA 3VX1A 4MTVA 3T0BA 3F4VA 5BXTA 5C71A 1GQKA 3VILA 4PUDA 4HU8A 2W61A 4B3KA 1WPCA 2CKRA 2XSBA 3IK2A 1LL4A 3KL0A 3WQ4A 5DT5A 3ARPA 1I1WA 1CGVA 1QPKA 3WDIA 1R86A 2WMIA 5JBFA 1TG7A 1UH2A 4WK9A 1JZ3A 3VUPA 1M7XA 2J47A 2VNCA 5AYIA 1FOBA 2V3GA 2ZXAA 4PSPA 2X8RA 4QLKA 4D72A 5BXSA 4X0NA 1V6YA 5I23A 5FKYA 5JBEA 2VRQA 5C70A 2V38A 4C7GA 3B9AA 2ZE0A 4S3JA 1EHAA 2WC4A 3F5JA 3SCRA 1UKTA 1CLVA 3FHQA 1H2JA 5A1AA 3NSNA 1BSIA 1J0KA 3A47A 4B16A 3FHAA 4P7OA 4XUYA 4XV0A 1J11A 1FP9A 1UWSA 1K9TA 3QR3A 1UR8A 1WZKA 2VT0A 4D6HA 1B3WA 5CPTA 1E3XA 1JGIA 3L4YA 2E4TA 3CMJA 1J0ZA 4UTFA 1W9PA 3UR8A 2E40A 2CHOA 3APGA 1KCLA 3EMQA 1B30A 2G3JA 5A8QA 5I5RA 3OLEA 3MUY1 1KXTA 1HF6A 2OYLA 2FH8A 2XGBA 5I77A 4GKLA 1E4LA 2VURA 3U5UA 3NDZA 4CD6A 1JD9A 1VBRA 1SMAA 1W9DM 1PX3A 1W1PA 2EO7A 2J75A 4UQBA 4V2XA 3U7BA 3L4WA 1GVYA 3N15A 2YA1A 2DH2A 1VBUA 4LPCA 3LPPA 4GZJA 4EE9A 4ZE4A 5A8OA 4W7VA 3WELA 1OT1A 1OB0A 2E3ZA 6A3HA 2D3NA 3RDKA 4JHOA 1EQPA 3RO8A 1V3HA 2WMKA 1JYVA 1B0IA 2GSJA 1EA9C 1M03A 4B15A 1TZ7A 4AZ6A 1QOXA 3ARSA 3WSUA 5IHRA 2BS9A 2DIEA 2VQUA 1W32A 4U5KA 1AQMA 1CYGA 2EJ1A 4QDMA 2BY2A 1QNQA 3WQ8A 4UZSA 4CCEA 1E6QM 1FP8A 3UG3A 2WCAA 5AC4A 1F4HA 5HPOA 5EB8A 4IM4A 1ISYA 2QV4A 1JXJA 1H0GA 3NIYA 3ZT6A 1LLOA 1V0MA 3AHZA 4MJ4A 3VOCA 3F5LA 2XUCA 1UG6A 3VNZA 2VOTA 4M80A 1E6PA 2VL4A 4B9YA 3WD4A 2ZOXA 5A6AA 1SYTA 3CHDA 4JCMA 1XRVA 3T0DA 1NOWA 5IFTA 1NWSA 2VZSA 4UFLA 4PCSA 1SR0A 2PWGA 2W67A 5F7UA 3VD9A 4WIWA 2WBKA 1QNRA 2WSPA 2E8ZA 2CBVA 3L4TA 4PEEA 1FA2A 2BY0A 4UR9A 3L4ZA 1E70M 1OD8A 4UQDA 1HP5A 5D8ZA 4AD4A 5A2BA 1JYNA 4E4PA 2CXGA 2WWDA 3VGEA 3SCSA 2OWCA 2VMFA 1JDCA 1FFQA 4P8VA 3RJXA 1TVNA 3VGFA 3OGVA 3WH9A 4L4PA 4WSJA 4M1RA 3EYPA 2WAGA 5E9AA 1C7SA 3TTOA 4AD0A 2CHNA 3IJ9A 5CXPA 1V3LA 2G4FA 5A2CA 4W93A 2EPKX 2RGLA 4AZCB 4HMEA 3ARQA 2FDMA 1IT0A 1QBAA 2CBUA 3AMDA 2PBOA 1V6UA 3BAWA 4GQRA 4D6GA 4GO9A 3VPLA 1UYQA 2OSXA 1J0HA 4U33A 3RILA 4AC1X 4D6JA 3UEQA 1GOKA 1M53A 4UQAA 1OIMA 4HP5A 4CN4A 4P7QA 1V3JA 5E6ZA 5DEZA 3HJEA 1R87A 1Y7VA 5I3DA 1MYRA 1MVYA 4AIEA 1MXGA 4P7LA 2HVMA 1QW9A 5IHSA 1OCQA 2BVTA 3B8SA 3WMBA 1CXKA 3PZGA 2XPKA 1GQJA 3AS0A 4PMNA 4H7VA 4J3TA 1ISZA 2ZUUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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