3RJX | Genus

Total Genus 113

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	113
sequence length	313
structure length	313
Chain Sequence	VDKSSAFEYNKMIGHGINMGNALEAPVEGSWGVYIEDEYFKIIKERGFDSVRIPIRWSAHISEKYPYEIDKFFLDRVKHVVDVALKNDLVVIINCHHFEELYQAPDKYGPVLVEIWKQVAQAFKDYPDKLFFEIFNEPAQNLTPTKWNELYPKVLGEIRKTNPSRIVIIDVPNWSNYSYVRELKLVDDKNIIVSFHYYEPFNFTHQGAEWVSPTLPIGVKWEGKDWEVEQIRNHFKYVSEWAKKNNVPIFLGEFGAYSKADMESRVKWTKTVRRIAEEFGFSLAYWEFCAGFGLYDRWTKTWIEPLTTSALGK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of hyperthermophilic endo-beta-1,4-glucanase: implications for catalytic mechanism and thermostability. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Endoglucanase FnCel5A
molecule tags	Hydrolase
source organism	Fervidobacterium nodosum
total genus	113
structure length	313
sequence length	313
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	2011-04-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3rjxA00

3DYPA 2ZUVA 1PX8A 3NCOA 1UUQA 4BA0A 1K9TA 4GI8A 4AZCB 1BYBA 3MANA 3ZJ7A 1BG4A 1MFVA 4X0VA 3WUBA 3SCQA 1J9YA 2J75A 1W3LA 1LWHA 3OIHA 4PN2A 3SUVA 1CDGA 1QI4A 2MANA 1K6AA 2A3EA 2DQXA 2D22A 3W6MA 4D6FA 1JZ6A 4WSJA 4XZBA 5ABHA 4W5ZA 2YIHA 3QR3A 4UR9A 2WNWA 2YA0A 5AY7A 7A3HA 3LPGA 2YOCA 2GJRA 1F4AA 1LF1A 2G8ZA 9CGTA 3AFBA 4PUEA 1AQMA 3J7HA 2NT0A 2F8QA 3ZSTA 5BXRA 2WKLA 3N04A 4UQCA 3N1AA 1B3VA 2WCAA 1JIBA 4D1JA 3F5LA 1KFWA 2G3MA 4IPLA 2VC9A 1AVAA 1NARA 4MB3A 1XCXA 3AJ7A 3S2CA 2XFFA 3PZGA 1KWGA 1JYWA 3UCQA 2J77A 3PZVA 3AHZA 2WWCA 1OINA 1B90A 4PTWA 1GNXA 1QW9A 4QFUA 4CN6A 2XJ7A 2JIEA 3WQ4A 2D0HA 3EMZA 4UFIA 2CIPA 3VU2A 1V3LA 1OIMA 2WKGA 5AYBA 3WUFA 1GJUA 5EFFA 3FW6A 2GVYA 5BXPA 2W5FA 2DEPA 2WZIA 5CQ1A 1MW3A 4PMQA 2VTFA 2XSBA 1VIWA 2WHKA 2UWFA 3FAWA 3AISA 2J25A 3VINA 1R86A 3WL0A 5I2UA 2X1IA 3BH4A 3EDFA 3UG5A 5DMYA 3U7BA 3L4TA 2WHLA 3CBWA 4B9ZA 1E4NA 3WSUA 1EQCA 2W61A 1BVZA 4Z2HA 2O9OA 1GVYA 1E15A 4V28A 5BYWA 4AZCA 2ZOXA 1NP2A 3NUKA 3CUHA 1SFSA 3UEQA 2CETA 2VOTA 4MPKA 1V3MA 2J7GA 4HPGA 3CTTA 2V3FA 3NSMA 3UG3A 5D8ZA 1PIGA 4CU8A 1E6NA 1HKJA 4L4PA 1OD8A 4OKDA 5I6SA 3DHPA 1GUVA 1E55A 1E4IA 1XSIA 1BHGA 3VD5A 2V5CA 3ZQ9A 4P8WA 3WNNA 1FA2A 2GJXB 8CGTA 2VVNA 1W9PA 1E6SM 5BROA 1WNOA 2VCAA 1HVXA 1HL9A 2WXDM 5HXMA 2DSUA 3GXDA 3WQ5A 3PZQA 4M81A 1UWTA 2Y24A 4BQ4A 2D0FA 4U5KA 1UD8A 1V08A 2OYKA 4MDOA 4GI6A 3O6AA 1GQKA 1JDCA 5IDIA 1JDDA 2W4XA 4AC1X 3WKZA 1OSEA 3O2LA 1EDTA 4HZ7A 2J7HA 3AQUA 5DT7A 3SCOA 4GKLA 1FFQA 4W84A 4AZ5A 3N17A 5I79A 5JBDA 4PYSA 2A3AA 1JF5A 2Y5EA 5E9AA 3VDCA 5A6KA 2D20A 3U5UA 4JL2A 4D6HA 4AD1A 1UKSA 1H11A 3W29A 1FOBA 3WUGA 1E5NA 1I1XA 3F5KA 3ALFA 5I3DA 1WZKA 5IXEA 3NDZA 1DWHM 2XVGA 2EBNA 1EGZA 1Q6GA 1VEOA 4PBGA 4X0NA 1C8QA 1E6PA 3T2PA 3SCWA 1GOQA 4HA3A 3T08A 2WZHA 4XX6A 1QNRA 1J01A 5HDRA 1R85A 3OBAA 1TE1A 1MQQA 4W87A 4AZ7A 8A3HA 4LYPA 4AD2A 1AQHA 3ZM8A 4W89A 5CPTA 2WB5A 3W24A 1QI3A 1H0IA 2WSKA 1HKMA 1CXEA 3MMWA 1CNVA 3VMNA 3WUEA 3WEZA 2OWCA 3VD7A 3WD0A 3N13A 3NIYA 4M82A 4B16A 5M3WA 3IAPA 1HJSA 5GQBA 1ZJAA 3WL1A 2DT2A 2FHFA 1E6ZA 4W85A 1ZBCA 1N82A 1TZ7A 1GQJA 3SUUA 1CECA 1CGYA 4LYQA 1LL7A 3TTOA 1H09A 2XIBA 3WFZA 1BTCA 4GI9A 5ABEA 3BAYA 3CO4A 1C8XA 4JKMA 1UR2A 3WDQA 3A4AA 2DSKA 1XSKA 3AIBA 2VX4A 4OOZA 4P8UA 4CCDA 1QBAA 1XYFA 3KL3A 5E0FA 1KGWA 3ARXA 1HJQA 3WH5A 2ZUWA 2WC3A 2PWFA 2XPKA 5DT5A 3AXIA 2BVYA 3EMCA 2D3LA 2HVMA 3GYCA 4JHZA 5FCZA 2J7EA 1UD6A 3SCSA 1GPFA 2WCGA 3GH7A 1O7AA 1ZU8A 4W5UA 4U2YA 4IISA 2WLZA 1W2PA 1R8LA 2WLYA 1BYAA 2G3IA 1UWUA 3A6OA 3VKKA 1L8NA 5A8OA 2WVUA 3WF4A 1OIFA 1DP0A 1WDRA 3POCA 5JIPA 1UHVA 5D9NA 1YQ2A 4QLKA 1E4LA 4LQ1A 3BAJA 1UA7A 3I3EA 1HX0A 4JCLA 4TVUA 5HBFA 3RMEA 1J0JA 4RL3A 4AZGA 4HMCA 5IHSA 4JHOA 2GK1B 2EXOA 2XVLA 4FK9A 4UQEA 3VGGA 4B3KA 3ZJKA 1AMYA 1YHTA 2J74A 4OBRA 5CSUA 1W3KA 4DUVA 3W6LA 1B31A 3VGDA 1BGGA 1R87A 2WPGA 4FF5A 3EDJA 1NWSA 4HOZA 1VJZA 4BZYA 2J4GA 2WHJA 1HT6A 2BHUA 2WMIA 1PPIA 1KXQA 4AWEA 3MSDA 4RE3A 1NOWA 1W9UA 1MYRA 3WBEA 3APGA 2CEQA 3ZOAA 2Z1KA 4BQ5A 2IXUA 3FN9A 3ZR5A 3AXHA 1QI2A 1HP5A 3WQVA 2W63A 5A6SA 1VF8A 2CNCA 1J0YA 1Q6DA 4QAWA 5HOSA 1OT1A 1C7TA 4D6JA 2YLLA 5CSYA 3SIMA 1OGSA 1JGIA 3ARQA 2GDUA 4W7VA 2OYLA 3AIWA 2DGAA 2GDVA 2JEQA 3OZPA 2X8RA 1VJSA 3WD1A 3AIQA 1UOKA 2WVSA 3WIJA 1IV8A 5FKYA 1FH8A 3L4VA 4RE4A 2QMJA 3HU7A 4Z2IA 1O6IA 3BXWA 1BYDA 2WVTA 4WLCA 1QI0A 1WDSA 1JAEA 1VB9A 3W27A 3IANA 2F61A 2CITA 4E8DA 3GXFA 1PBGA 3MUIA 3ZO9A 2QF8A 4JAWA 2E8ZA 4CVWA 1WDPA 2CKRA 2CBJA 2PBOA 2WVVB 3QOKA 1E6QM 3QHNA 3AS3A 4P7QA 4AIOA 1TUXA 5A2AA 1ODUA 1B0IA 1V0LA 4KH2A 3CZKA 3GNRA 4MDPA 5GNXA 1NQ6A 2BVDA 3GTNA 4W8LA 2BY0A 1HJWA 4AZHA 1H4PA 1WP6A 1KXVA 3BCDA 1TVNA 3CHFA 2CBIA 3TP4A 1GQIA 1FP8A 2Z1SA 1E70M 5A3HA 3AHVA 4DUWA 1Y7VA 4JFTA 4J7RA 4GQRA 4PTXA 4TX8A 1GONA 3M7SA 5D9PA 1H3GA 3MSGA 5CGMA 1FHLA 1OD0A 2QPUA 4P8VA 1HP4A 4IUGA 3GXMA 2VVSA 3KZSA 3AI0A 1MFUA 4AIEA 4CCEA 1M04A 2JALA 1E9LA 3ZT5A 1C8YA 1L0PA 4FMVA 2ZUTA 3S6TA 1BG9A 3AMKA 3GZAA 4PSRA 3WMSA 5IFPA 1MXDA 4A3YA 4UCFA 4ZE4A 4A4AA 3K8KA 1H1NA 1R7OA 1SYTA 2J7BA 1NOUA 2CESA 3A3HA 4CD8A 1XC6A 3E1F1 1WZAA 1P6WA 4GZJA 5EMYA 2VR5A 2B31A 4JL1A 2YBTA 1A47A 2VCBA 1WCGA 4LGXA 2J78A 4FLOA 3ZMRA 1XH0A 2VO5A 1XH2A 1GVIA 4J3TA 3BAXA 2VRQA 3II1A 3OGSA 3G6MA 5E0CA 4AEEA 1WZMA 5A8QA 3VMOA 2BY3A 1ISXA 3SCPA 4LXFA 1B1YA 3GBDA 2D2OA 1ZBKA 2J8FA 1HKIA 1NH6A 2AOSA 2W62A 4D6GA 4AEFA 3TONA 4B3LA 3VDHA 3GNPA 4BQ2A 3VDBA 3T0DA 2UY4A 1UKPA 2X0YA 4DWSD 2YDRA 1KQZA 1UR4A 2ZX9A 3K4DA 2FH6A 2IUZA 3ALGA 2WVVA 1UR1A 1UKTA 5I78A 4ACYA 4KWUA 1GOMA 5D4YA 2VQTA 5BXTA 1V6VA 5CLTA 4BF7A 3RIKA 1JD9A 1JFXA 1QNSA 1U2YA 4H2CA 3MU7A 5BRPA 2PWDA 1XYZA 2Q8XA 4QDMA 4WKAA 4MTVA 3AMLA 3VIHA 5A6LA 4OJYA 4ZE5A 2VCCA 3IAQA 4AY1A 4CD6A 1EOMA 5AC4A 6A3HA 3WNOA 4CCCA 2EQDA 3FHQA 3RJXA 1C7SA 3ARVA 1BSIA 4UOJA 3WQ8A 3VUPA 2XUCA 1TR1A 1PZ3A 5C71A 3WD3A 2V5DA 2E8YA 2DT3A 1B3XA 2CBVA 4D71A 4JZ5A 2X09A 2ZIDA 4MADA 5BWFA 1UD4A 2GFTA 3AHXA 3EDDA 1US3A 3WDHA 2UY2A 3PTMA 2UY3A 4LYRA 1G94A 4NZCA 3SCUA 4GXPA 1JL8A 3FY1A 4MB5A 3PZTA 1OM0A 2V3DA 2EO7A 1ISVA 2WMFA 3SCTA 1CWYA 5JUVA 5D8WA 1C93A 2NT1A 1LG1A 1WZLA 3BCFA 2ZXAA 4DWSB 5E09A 2ESCA 4J3WA 4BS0A 4W86A 4AW7A 3HMCA 3WY1A 4AIUA 5CGTA 2J7FA 1XD0A 1Q6EA 5C8BB 1JXJA 3CGTA 2DH3A 3PTKA 3OG2A 1JDAA 3BC9A 2A3BA 1EA9C 2TAAA 4HTYA 3WNLA 3ZR6A 5ABFB 2YBUA 5FOOA 1M01A 3ARTA 1M7XA 1W1PA 3WN6A 3QHOA 1CXKA 3RO8A 4HU0A 3A4XA 1HNYA 1XSJA 2XWDA 3A47A 2WHMA 1GHSA 1CGTA 2XTKA 1EH9A 2PWGA 3MMDA 2XVPA 1UH3A 2F2HA 2XVNA 3AOFA 3RILA 1UH4A 2WCSA 4U3AA 3QGVA 3AZSA 1RPKA 3F4VA 5BRQA 1SMDA 2CERA 2W67A 4PTMA 4CGTA 2WYSA 1G9HA 1UD3A 2YDSA 3UG4A 3WMBA 5I5RA 2EJ1A 3B8SA 1B30A 4UFLA 3THCA 2G41A 3PZIA 3W81A 2ZE0A 6TAAA 1CBGA 1QPKA 3K8MA 3IJ7A 5A2BA 4Z2KA 2DIJA 4Z2JA 4S3KA 2VZTA 3WFLA 3TA9A 1CXIA 4GIAA 2D1ZA 1HVQA 1OT2A 2OSYA 4D6IA 1JZ2A 3HN3A 2FHCA 3SURA 2ZX6A 3KL0A 4J3UA 4PMVA 2VRKA 3MS8A 2V3EA 3U57A 4F79A 5JBFA 4CD5A 3VDAA 1G1YA 1UZ1A 3OGRA 2ZXBA 4HOWA 1DWAM 4TVCA 2FGLA 1E4MM 2E9MA 4DWSC 1JYVA 4EKJA 4PEEA 1BF2A 1Q4NX 3MMUA 5A69A 1ISYA 4B15A 2J8GA 4H8UA 1KBKA 2WMKA 2WSPA 1XCWA 1V0NA 2ZWYA 3L4XA 1D2KA 3WDIA 3HJEA 3VILA 1QNQA 5AC5A 1GOOA 3CPUA 2Y4SA 5CXPA 3M07A 1F4HA 3PZ9A 5KEZA 1FFRA 4UOZA 3VTRA 3AMGA 4ML4A 2WMHA 1I1WA 3AXXA 1I75A 1XGZA 4HA4A 5F7UA 4U33A 4UZSA 4M29A 4DWSA 2XGIA 3MO4A 1IZJA 1OBAA 1JZ7A 3VNZA 1QNPA 1G0CA 3AICA 4GO8A 3PZUA 2PB1A 1KCKA 1B2YA 2YL6A 1W1YA 4EE9A 1W32A 5A8NA 2VX6A 3AROA 4YHGA 4F8XA 5ABFA 2EPLX 3WNMA 4H8VA 1WDQA 1SR0A 1QVBA 3W26A 2GJXA 1H2JA 1V0MA 1V3JA 5A8MA 3T0AA 1FP9A 3CHDA 2WMJA 2V38A 1NWUA 2GSJA 2VR4A 2YL8A 5M03A 3O9NA 4V27A 1UG6A 3WENA 3VM7A 2XSAA 4MJ2A 3ZJ6A 2VZVA 2O9PA 4ZXLA 1E1EA 4HMDA 1EHAA 3FNDA 1FHDA 1QHPA 1JZ8A 2EPMX 3UESA 1DEDA 6CGTA 4AD3A 4UQAA 3DC0A 1VFMA 3CMJA 1CLVA 1BFNA 4BQ3A 1J12A 1BAGA 4L4OA 2CCRA 4WIWA 3GM8A 3PZOA 5CPQA 5GPRA 1ITCA 4UFKA 4WF7A 4W7WA 1ZBWA 1RD6A 4IM4A 2FH8A 4YPJA 2XM1A 4QCFA 4PSPA 3CHEA 4JCMA 1TG7A 4PMXA 3POHA 4QLLA 2QPSA 4K68A 2ZX8A 2VZSA 2V3GA 2OWXA 3WBAA 2XHYA 3U7VA 3AIRA 5ECUA 1E73M 3FXYA 3VIFA 4ZXOA 3NYDA 2Y8KA 2BHZA 3D3AA 3NJ3A 4LX4A 4ACZB 5GNZA 1H41A 2GJPA 3BSHA 3WDJA 3W4RA 4AD4A 2AMGA 3B9AA 2BHYA 3KWXA 4W88A 1XD1A 1E43A 1UQZA 1PX3A 5A94A 3GH4A 1Q6FA 1V0KA 4MNLA 4U3CA 4PCTA 1X1NA 2XG9A 3MUY1 4M1RA 1JI2A 2EEXA 3VIKA 3N12A 4NI3A 1E1FA 2VURA 2ZX7A 2PWHA 3B9DA 2YL5A 2G4FA 4W8BA 4ATDA 2ZX5A 5A1AA 3I3DA 5HNNA 2DSZA 3VX0A 2D23A 4MJ4A 1A3HA 3N15A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2CHO A;  4GZE A;  3VIJ A;  4JFU A;  4KRU A;  2PI6 A;  3GBE A;  1MWO A;  2OLH A;  2QMK A;  3GDB A;  4MNK A;  1LLO A;  3IK2 A;  1HJV A;  3VD3 A;  3SCN A;  2FDM A;  1HJU A;  1UWS A;  1GOW A;  1V3I A;  1KCL A;  2YL9 A;  4R5E A;  3DYM A;  4U5I A;  1Q6C A;  1QW8 A;  3AIV A;  1SMA A;  3T2O A;  1LQ0 A;  3BAW A;  3CUG A;  3WH8 A;  1UKQ A;  3WF3 A;  3EDE A;  5CPS A;  3WEO A;  1VRX A;  4UNI A;  1W91 A;  2E9B A;  3N11 A;  3MV1 1;  3ECQ A;  2WW5 A;  3AIU A;  3RM4 A;  1C92 A;  4WKF A;  3AYR A;  2VX7 A;  3WNK A;  3WMC A;  1J0I A;  4HP5 A;  4OBS A;  3AMD A;  4TX6 A;  1U33 A;  2BY2 A;  3F5J A;  1OB0 A;  4UTF A;  4Q7N A;  4X9Y A;  2NSX A;  3VX1 A;  3RCN A;  1VEP A;  3DHU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3RJXA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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