3RK8 | Genus

Total Genus 117

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	291
structure length	291
Chain Sequence	TIQGSIVAIVTPMLKDGGVDWKSLEKLVEWHIEQGTNSIVAVGTTGEASTLSMEEHTQVIKEIIRVANKRIPIIAGTGANSTREAIELTKAAKDLGADAALLVTPYYNKPTQEGLYQHYKAIAEAVELPLILYNVPGRTGVDLSNDTAVRLAEIPNIVGIKDATGDVPRGKALIDALNGKMAVYSGDDETAWELMLLGADGNISVTANIAPKAMSEVCAVAIAKDEQQAKTLNNKIANLHNILFCESNPIPVKWALHEMGLIDTGIRLPLTPLAEQYREPLRNALKDAGII

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__432917177506275__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__432917177506275__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3RK8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__432917177506275__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"432917177506275","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3RK8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__432917177506275__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d02a7296417d527115d5500/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d02a7296417d527115d5500/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d02a7296417d527115d5500/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d02a7296417d527115d5500/pdb.gz): 60 ms

reading 291 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

291 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:290});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Acinetobacter baumannii
publication title	Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from Acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 A resolution rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	117
structure length	291
sequence length	291
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2011-04-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3rk8A00

3STGA 2NX9A 1ZCOA 4O54A 3VFLA 1I2PA 3QM3A 1EUNA 3GNDA 2ZZ6A 1A50A 2FTPA 1H60A 4JY8A 4B5NA 2Y89A 4X3ZA 3C6CA 3EXTA 4Y90A 3GDKA 4UNKA 3FFSA 1GVFA 4QNWA 3LHTA 5D2XA 3HGOA 2UV8G 2V2DA 4EOUA 1SZGA 5KTLA 4W9TA 1TTIA 2OCZA 2WNQA 3NPUA 1KFLA 2CU0A 4N6EA 3GXPA 3STEA 2CLIA 2JKAA 4TO8A 4UFMA 4E2DA 1TYGA 3NQFA 3BG5A 1ZAIA 3KAOA 2RHGA 3MP5A 4DPQA 4O15A 1VPXA 2DZWA 4OV9A 3CU2A 5K7JA 3QC3A 1SW0A 4CNOA 2A21A 3PB0A 5CPLA 3NQVA 1GTEA 4UTWC 2CFFA 1RD5A 1LORA 3QJAA 2XFWA 4UTHA 3CEPA 1IXNA 5CGQA 5FEXA 3DFQA 3VE7A 1AK5A 2GOUA 1P1XA 1DQXA 1YXDA 3TKFA 3E12A 2J6XA 4R33A 5LNSA 4O10A 3OG3A 3OVPA 4OE7A 3A9IA 2H3BA 2FIQA 3MI3A 1XM3A 3G3DA 3NQMA 3UWWA 1P0NA 5HWJA 3TUUA 4PEKA 1H7OA 1IXQA 3G22A 5D05A 5FF3A 5KITA 4QQ3A 5G2WA 1JUKA 3P8JA 5TBOA 3UQNA 1ME8A 1X8FA 4K7VA 3BG3A 4FNRA 2YX0A 1T99A 3DFTA 3EX4A 4M6QA 5AFDA 4JR5A 1G4PA 3GR7A 3LRMA 5KMYA 3W7DA 2Z6IA 4LVFA 3R89A 4E0CA 1OX6A 3OEXA 4UMBA 1H1YA 3SW6A 4XBKA 1TIMA 3GDRA 4KFPA 1KFBA 4UTTC 3MHUA 1PL9A 3SR7A 1KFJA 2VC6A 4FX8A 1W8SA 2EPHA 3W1QA 3ABSA 3W2NA 1X1ZA 3O16A 5F2LA 3LI1A 1W5QA 2ZQ0A 3KX6A 1FY6A 1M6JA 4AHOA 3BPWA 3PSWA 1OFDA 1PHWA 1UCWA 1S3HA 1JQXA 1UASA 4EIVA 3TC6A 1SZFA 3QEZA 1G4SA 1JCMP 5I3IA 2QDGA 4JXCA 1KLZA 4MZ1A 1JVNA 4UMAA 2VFGA 4MY9A 4MIMA 3NQDA 2VKZG 3NG3A 2ZTKA 3CIWA 3CHVA 2DJXA 3UD6A 3QMTA 3MBFA 3LXCA 4R7JA 2VFDA 3IVSA 3TCEA 5HR6A 1G7VA 3KRZA 5G2IA 3EWWA 5BOOA 4YLWA 2FLIA 1MEWA 1XKYA 1I4NA 3TQKA 1W3IA 2QAFA 1K3UA 3C0JA 4PFMA 3TROA 3TQVA 3GB6A 4LVAA 1TJRA 5TQLA 1Z42A 1N8FA 2WNZA 3P5YA 5AN7A 3FA5A 4HKPA 2CLEA 3G1YA 4UTLA 3GKAA 4RLIA 1OYCA 3IIZA 2VXNA 2DZSA 4MY1A 1BTMA 1H51A 4PODA 1P4CA 4JX6A 2W6RA 4ADTA 4FIRA 3S1XA 1BEUA 1XUZA 1VGAA 4UIOA 1SW3A 3W3OA 2XN0A 4AWTA 1YTEA 2Y7EA 3W7IA 5CSRA 1H7PA 1KM6A 3H54A 3W71A 1LBLA 3RMJA 2GQAA 1SSGA 2QF7A 2TMDA 2Z6JA 3L68A 4NJIA 5AYZA 3TH6A 3L66A 1YTDA 1TPEA 2CWNA 1CW2A 1K7XA 1MEHA 3DKJA 2R14A 1SPQA 3LHYA 1PCWA 1YXCA 1L2UA 3HPZA 2ISVA 4QIUA 5DBUA 2NUWA 3SGUA 3DKLA 3QF0A 4O52A 2A85A 2G96A 2A7PA 2B4GA 4DO4A 5EMUA 3I7QA 4RKAA 1U83A 3D0CA 2RDTA 4GBUA 4RR4A 4ZMGA 3QW3A 1H7XA 4MUZA 4LTSA 1TV7A 3W88A 4Q32A 4HNTA 1XL9A 5LNUA 3NL2A 2ZRYA 2VEIA 5LSMA 3G1AA 3OVQA 1P5BA 4Z0SA 1EUAA 3F03K 3S42A 3TW7A 2CZDA 3EWXA 4JYFA 3A22A 4A3UA 1VQTA 1TTJA 2VFIA 1PV8A 2ZCGA 1H63A 3UXDA 1I2OA 3W9ZA 1PE1A 3EXSA 4UFIA 2RDWA 4Y6GA 4MJMA 1JRBA 3W7LA 4QSHA 4K6AA 3W7HA 4Z1DA 1VLWA 1FWNA 1VRDA 5BNKA 5EYWA 5AHLA 5AYYA 2X2GA 1G6CA 4IMDA 3L9CA 1WDWA 3UWUA 3RLVA 1EP3A 3FJ6A 4ZQRA 3QPZA 1SFJA 4ORMA 2OZ0A 4Q4KA 4NX0A 3I68A 1A5AA 2RKXA 5EPDA 3M7WA 3M9YA 4LVBA 1FWWA 4N6FA 1KW1A 3C2RA 5CZTA 1DVJA 1TPUA 3PBVA 2YPIA 3HOJA 3B8DA 3PR2A 4FNSA 1ZY9A 4WJEA 1F2JA 5F2GA 3HG2A 3WK3A 2WSYA 3KVJA 3E96A 1S5VA 3EX2A 2HSAA 1QO5A 5KINA 3KHJA 1TCDA 4OT7A 2XN1A 4ZVJA 1QWGA 1RVGA 3ABQA 4JTJA 4H4IA 4UTTA 2WOQA 5D09A 3IIVA 3RU6A 3UWYA 4YCPA 4HPXA 3B0UX 3GDMA 3GIYA 4S2BA 6TIMA 4NJGA 1WBJA 5LKYA 4UNLA 1QNVA 3C8FA 1AG1O 2ZRWA 2CZEA 5DN1A 1LOLA 4Y9AA 3C61A 2YW3A 1Z41A 4JTIA 1FUYA 3R5EA 1HL2A 1YYAA 3QPYA 4O1BA 1D3HA 4I7UA 3M16A 1JQVA 4L4LA 2C6QA 4EF9A 3NL3A 1OFOA 4M6VA 3O6DA 3U6WA 3DHDA 1QPQA 3P74A 3W85A 3C2VA 4RX0A 1CX9A 5F1UA 4KFOA 1QOQA 1K8ZA 1ONRA 1WQ5A 3PY2A 3LM7A 3I6RA 3ZR4A 3KRUA 3W07A 4O1DA 3PB2A 4PCFA 5EL1A 3BO9A 3PULA 3M1ZA 3THQA 2F84A 4NU7A 5A8GA 4NZFA 3DU0A 1OX4A 1DJQA 5HWNA 3LCLA 1DBTA 1TPB1 3EKZA 1JJKA 4A22A 2F7FA 3GLCA 4FB7A 3EX1A 3PSVA 4KFNA 1GOXA 2Y6ZA 3W86A 3M6YA 3MP3A 3BLFA 3HBLA 1MZHA 4IMGA 4HSOA 3TSBA 2AAMA 3HIJA 2TYSA 2QDHA 3CWNA 3R12A 2ZTJA 1ADOA 1SO6A 3N34A 2YDAA 1TPFA 1EP1A 1TREA 4IWWA 3KVLA 4XUGA 3NQCA 5F4WA 5HUOA 3W7OA 5D38A 1I2NA 2CLMA 2Z1BA 1EB3A 1H61A 3MJYA 4UXDA 3QZEA 2GVLA 4AH7A 3G1FA 1HG3A 1W5OA 5HNRA 1PCKA 2Q3OA 4Y96A 4NNCA 1F05A 1ZHAA 1JRCA 3FKRA 1KFEA 4FO4A 2VFEA 1VCFA 3JS3A 1Q6QA 1V5XA 3CQ0A 4M6PA 1FXQA 3N2MA 1W5MA 2QCMA 3GK0A 4LS0A 1HUVA 1JCLA 3TMQA 1MXSA 5KZEA 1TPC1 2VEPA 4N9EA 3DHFA 2OMAA 3C4UA 1F7BA 1XXXA 4ORIA 1E51A 3L0NA 3G18A 3HGJA 4LWWA 3UZJA 2WO5A 3W23A 3NQAA 4ZQMA 1WBHA 1C29A 4GWEA 1H62A 3NZ1A 3PUEA 1EWDA 3N9RA 3HJZA 3V75A 3WJZA 2R8WA 1YDOA 1JCNA 3NDOA 2TRSA 2QJIA 4AF0B 5HINA 2X1SA 5LNVA 1XBVA 4MYAA 3GZ3A 4MPQA 1V7YA 4M7TA 1Q6RA 4JX5A 3DGRA 3MP4A 3M5ZA 2DORA 1LRNA 1F73A 3NQGA 4HSNA 2B0MA 1GQNA 4AMAA 2H8XA 3P8IA 1OFQA 3EX3A 3PG8A 3QMRA 4WZHA 1FXPA 3O15A 1YXYA 3BG9A 1A5CA 2A1YA 1KA9F 3NM1A 1TRIA 5DY2A 5KZDA 5AHFA 2V2HA 3P61A 2EHHA 1U5JA 3PUOA 3W22A 2X1UA 3IGSA 3UPBA 3EX6A 1RR2A 2A7NA 3W1MA 2YSWA 4UFHA 3G8RA 3S6DA 3INPA 3O06A 4O50A 4X22A 1G7UA 1JCXA 3G3MA 3PBWA 2HS6A 3BLIA 5C2XA 2YR1A 3KVMA 3MHGA 2QCGA 4JN6A 3L2IA 3W7KA 2D73A 3TDFA 3WK0A 1I45A 1NAL1 2QCCA 3B0PA 3AO0A 4N9DA 7TIMA 1QDSA 4A2RA 1GVRA 3NVTA 3TV8A 2W79A 3ZWTA 1EA0A 1KBIA 1Q6LA 1KM2A 1HFBA 4XTDA 1VCGA 2E5DA 3L67A 3F4NA 2QAPA 4DQWA 2HS8A 1KM0A 3S9YA 3K30A 1QO2A 3G1XA 2VFHA 1VZWA 1TQXA 1O60A 2EKCA 1THFD 4AEOA 3S1VA 4QM1A 4TX9A 1TTPA 1YTKA 3P62A 1FWSA 4Z0JA 1NF7A 4O1AA 3S5NA 5IM51 3W1UA 2Y63A 1ZALA 4RXFA 1J4EA 1OYBA 3G24A 3CPRA 3NO5A 1TV5A 2E09A 3KXQA 2BZNA 1UBSA 2CLFA 4A2SA 1GWJA 5F4XA 2KZHA 5LHFA 2J9ZA 2I9EA 5G1YA 4TU1A 1BKSA 5HWMA 3QSTA 4JTSA 1OYAA 3GXNA 3CLMA 4M7SA 1QMLA 1M5WA 1OFBA 3IVTA 5D04C 1KLYA 3AJXA 4I9AA 2BXVA 3EWYA 1VS1A 3C2OA 1DL3A 1IIHA 3IV3A 3GDTA 1X1OA 4O17A 1KM5A 1K8XA 3PBYA 1UB3A 2E6AA 4JEQA 5I3HA 4LY8A 2FPVA 3O1NA 3KFTA 2VELA 3W2MA 3PBUA 3RNDA 1K7FA 5FF2A 5E93A 2YXGA 3TR2A 4JTTA 3TXZA 4IGHA 1QFEA 2NLIA 3UPWA 2FB2A 1OFPA 3UNDA 5F4SA 1ZJIA 2J24A 3MMTA 1F5ZA 3HGSA 1Q3NA 2V9DA 3FEMA 3S5ZA 3W74A 2H3DA 2P1FA 3CIXA 1FX6A 1GVOA 2ISSA 2YFOA 1OHLA 3B03A 4ML9A 1JUEA 4HPJA 2QJGA 2V0TA 2YYUA 3DFNA 3GNNA 4AXKA 5D02A 4QITA 1ALDA 3LV6A 3TAKA 1WOBA 4NJJA 3G1DA 1GVQA 2WSRA 2C0AA 3PM6A 2WPBA 5F1VA 4JIPA 1KFCA 2CLOA 1OJXA 1XBZA 1BWKA 1TPH1 1KM4A 3FJLA 5K9CA 5U7SA 1GYNA 5LNRA 4RZ5A 1VHNA 4GE8A 3W2JA 2ATSA 1LZOA 1T96A 4JTGA 1HTIA 1XDMA 4FEZA 4H3DA 2WV8A 3GAYA 3VI2A 1NF0A 1SO5A 1NVMA 4DF0A 1ZNNA 3T55A 3GAKA 1N55A 3S5YA 1UJPA 1SZNA 1QPOA 2QCNA 2B7NA 2PCQA 4E2BA 3LV5A 2X30A 3B05A 2PC4A 5K4XA 3TFCA 3DBPA 3FIGA 5I3JA 4PH6A 3BARA 1W3NA 2ALDA 4YCOA 2FPYA 1ZAJA 4UMCA 1VH7A 2W0UA 1OVDA 4HIBA 3SZ8A 2V81A 3G1HA 4MOZA 1DV7A 3MUXA 3P81A 1IXPA 1X7FA 3SSJA 1VYPX 2Y85A 4WD0A 4O16A 3C2FA 3LCFA 3BW3A 2EAWA 2H90A 2ZRXA 3OA3A 1GT8A 1LDCA 2Y7FA 2QEZA 2Y88A 3NQEA 4OWGA 5G1TA 2GJLA 5I3GA 4UTIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3RK8A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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