3RLU | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEAICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	83
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-04-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3rluA00

3PF3A 2CFFA 1L6YA 2C18A 5FESA 2TYSA 3S6DA 3UPWA 3SJ3A 5IBXC 2VC6A 2NXGA 4IMGA 3DENA 3LTPA 1K8YA 3NGJA 1R46A 4YWIA 5K9XA 4M7TA 2A1YA 4GXMA 1G4PA 3LCXA 1THFD 2NZLA 2QCDB 4R7JA 1K8XA 1KV8A 4TIMA 4Y90A 1WQ5A 2VEKA 3WJZA 2YR1A 4UFJA 5LSMA 3BGGA 4ZQPA 4UFHA 1SZNA 1FDZA 1R2RA 3EB2A 4E0CA 4IGHA 3T40A 4LVGA 1PL9A 2F7FA 2YXGA 4X22A 4NNCA 3FYOA 2Z1BA 4BI5A 5HUOA 2YGYA 4H6KA 2GVGA 3CTLA 1BTMA 1YXYA 3EX6A 3MUXA 3E02A 2R8WA 3QW3A 2B0MA 2ZRVA 2A7RA 4TX9A 1UB3A 4UR7A 3P7YA 2DZUA 3W7OA 3W70A 1G67A 4CQ9A 4ICNA 2CZ5A 3NZ1A 3FKKA 5D33A 3GDRA 3MP3A 2YFNA 3KAOA 4XZ9A 2Q8ZA 4N9CA 1TPB1 1IGSA 2HS8A 5BMXA 4FF7A 5HULA 2J27A 3RU6A 3W1MA 3W7RA 5D03A 3SY5A 4ADTA 2YYUA 1JQXA 2CLEA 3LCFA 4K39A 1FBAA 3QPZA 1J2WA 1JCJA 1W5NA 3E9AA 2FDSA 3L65A 1IXQA 5IBXA 4YL2A 2B7NA 3GDLA 4JTFA 5G5IA 4K7VA 1X7FA 3EWUA 5EBUA 2H8ZA 4W9TA 3MP5A 4AHOA 3KVJA 3UXAA 1ZALA 3NL2A 3UZJA 3LTSA 4O4WA 3P84A 3GXNA 4Z1DA 4Y6GA 1HTIA 4PTNA 1TCDA 4ZQCA 3QSTA 3SR7A 3MBFA 3NM3A 5AFDA 4A22A 3P5YA 3QZEA 5FF3A 5LNSA 3L9CA 3W73A 3KXQA 5LKYA 4MYXA 1F6PA 1YTDA 4Q32A 5KITA 2RDTA 1Q6LA 4E38A 3F03K 4M6VA 5EA9A 3P74A 2QCEA 5CPOA 2J88A 3S1UA 1D3HA 1JCYA 2FTPA 3HG3A 4O54A 2G95A 2C14A 4LRSA 5IM51 1OX5A 2E6FA 2H6RA 5HUPA 4UFMA 4LT9A 4WX2A 5EPDA 1SFJA 4LC8A 4WOQA 2O7QA 1KFCA 3M5XA 1TYGA 1OFAA 3SGZA 5F2MA 1XL9A 1T8XA 4IXHA 3TX9A 2ZCGA 4AF0B 2Y63A 4FX7A 3TXVA 1U83A 4XKYB 1BWKA 3L5LA 4HKPA 1W5OA 3GXPA 2ABBA 3I6RA 2E68A 5D02A 2V82A 1GYLA 1MEHA 4FX6M 1M6JA 2NX3A 4QSHA 2QJHA 2NX1A 4N9EA 3KRUA 2WJZA 4HIBA 1DQWA 3W2UA 1Z41A 3KHJA 1I2OA 2QUTA 4KFNA 4YXGA 3DFOA 2NV1A 1O95A 2DZVA 1OFRA 3GYEA 3NQFA 1WOBA 3AJXA 4DF1A 1SZGA 5DBTA 4AAJA 3KVLA 4IX2A 1EA0A 1PVNA 4MZ8A 2C16A 1K3UA 4TR9A 5FEZA 1S5TA 2ZRZA 4LC6A 3T4CA 2JKEA 2PURA 1W3IA 1QMLA 3O07A 4N9DA 1TRIA 3M1ZA 1JCLA 5HINA 5U4NA 1P0NA 3G3MA 5E0KA 5C5YA 1KM4A 2GQAA 1QO2A 3W71A 5CZJA 3Q2DA 4YCPA 1ZENA 5CZSA 3W1PA 3ZWSA 5CKSA 3LOTA 5DCDA 5AC7A 1LRTA 3IIPA 2R91A 2FPTA 1BEUA 1NEYA 3FFSA 4MFEA 2JKAA 5D2YA 3I68A 4O15A 3W07A 4UMAA 3FYPA 2A6LA 1N8FA 1WXJA 3FOKA 3S5OA 3RNDA 1SPQA 1KM1A 3DH7A 2P10A 3G0SA 2YX0A 3UZ5A 1MZHA 3G1FA 3O16A 3W7JA 4JX6A 3LXBA 4UFIA 1UBSA 5EYWA 1RQBA 3LXCA 1I2QA 3TFXA 5K7JA 4UTWC 2ZRXA 1LLWA 3CWOX 4PC8A 3W2JA 3S1XA 3I7RA 3OVRA 2QCMA 2G5WA 3TV8A 3TIMA 3LCIA 5KINA 4FX8A 1I45A 2LLEA 1LYXA 1XBYA 1XKYA 2X16A 2E6YA 5D09A 4FNPA 2ISSA 1G4TA 5D2XA 3L0NA 1ICQA 1VYPX 4FIRA 2RH9A 3UPBA 1SSGA 3B0PA 1W54A 1RQHA 1W31A 3EX4A 2CWNA 2C0AA 3G1VA 5I3IA 3GNNA 3TXZA 5CPNA 5I3GA 4NJHA 2CZDA 2ZZ2A 3LRKA 4NJGA 1ALDA 2PRLA 3S8HA 2FPVA 4YMZA 4Z1AA 4O0ZA 2VFHA 3F4WA 3PC0A 5BMWA 1GEQA 2A2IA 1RPXA 1O4UA 5KZMA 4HPJA 2Y7DA 3QF0A 4ZQRA 4X9SA 2OJPA 3QC3A 1OFPA 4O19A 3LHTA 2PC4A 1TMHA 1KM0A 2RDWA 2YSWA 4PA8A 4DPPA 1FUYA 4RV8A 4MJMA 3A5FA 2WOQA 3QW4B 1VLWA 4JN6A 1VQTA 3M47A 3O05A 4DPQA 4RR4A 2JGQA 3CLMA 3C56A 4JIPA 3CB8A 4JXCA 1W56A 4UTWA 5ABTA 3LBMA 2FFCA 4JYEA 5CSSA 1EPXA 2WNNA 3NQ6A 3MWAA 1TIMA 4GUGA 1F74A 3M5YA 1XC4A 1JULA 2V9DA 2EPHA 3EWXA 4QJ1A 1VHCA 3Q94A 2Y88A 1SZEA 5KMYA 3TC7A 3L66A 1G69A 2Y7FA 4HT3A 1DL3A 1KLZA 3W75A 3R2GA 1KFEA 4KFOA 3C2FA 8TIMA 3CM4A 3W1QA 1XBZA 3PB0A 5AHLA 3P82A 1A5SA 2V5BA 3W9ZA 1OYBA 1DORA 1I2NA 1GTHA 3EXSA 2VELA 1IIHA 4XWUA 1LBMA 1L6SA 4WOZA 2Y6ZA 4O57A 4UTUA 1F7BA 5BRBA 4NNAA 5CZTA 4A2RA 3JR2A 4R33A 1Q6OA 3STGA 3UYCA 4DBDA 5J5RA 3PBVA 5U7SA 3PVFA 1I2PA 3HOJA 4M7SA 2KZHA 1EWDA 1CI1A 4JYFA 1H7WA 4WD0A 1RZMA 1NSJA 1TTIA 3THQA 3W2MA 5C54A 1NAL1 1OX4A 3LLDA 1GVOA 3NL6A 1XBXA 2W79A 2QAFA 3GR7A 3M43A 3JRKA 4UFKA 1WA3A 4IUOA 3N14A 1EX5A 4NNBA 5LGXA 5K9DA 3N19B 4DO5A 3TMLA 4WZHA 3HGSA 2NUYA 3G1DA 1GVRA 2C19A 4DEFA 1TJPA 3N2MA 5CGQA 3KVKA 1PS9A 1KTNA 4WXYA 1LOQA 3THAA 4OGZA 4MIMA 3BW4A 3WK3A 1Q6QA 2Z2UA 3IV3A 4IPJA 3WJSA 4E2DA 2CU0A 3DKLA 3MMTA 5C2XA 4I7UA 3ZWTA 4IMFA 1AMKA 2DP3A 1RD5A 4NJIA 3BG3A 2ZZ6A 1Q6RA 3LHWA 3TUUA 3LERA 3O15A 1WX0A 3WJXA 4FB7A 2VEMA 1XI3A 3TU9A 1DV7A 1O94A 1QWGA 3SSJA 3EWZA 3MI6A 4LS1A 2R14A 3NEVA 3W2KA 1OVDA 3HMJG 4NUWA 2I1OA 3ATZA 3GIYA 5DLCA 2OMAA 3G1HA 4N9BA 1IXOA 1C9DA 1P0KA 3LI0A 2B7PA 3NL3A 1KM3A 4NJKA 1VCVA 4JEQA 1XFBA 1KM2A 2BXVA 4NZFA 3TW7A 4PL1A 1L6WA 2ZA2A 3B0VC 1TREA 1MXSA 1SO6A 4NVTA 1VHNA 3L68A 4NU7A 1H7PA 2DZWA 3LLFA 5I3HA 4UIOA 4MY9A 3MYOA 2CLKA 3UXDA 1TTQA 2JGYA 5F2LA 3BV4A 1O5KA 1TPFA 4FIQA 3QM3A 4N02A 4DXVA 1XUZA 5FEXA 1RQEA 2BTMA 1FWNA 2FB3A 5I3JA 1OF6A 2TSYA 3V75A 3H55A 3PG9A 3OVQA 5G4EA 1ZFJA 1O60A 4GFSA 2OCZA 1SO5A 5AN7A 2X1RA 1TPWA 3M6YA 7TIMA 5FF7A 3KVMA 1JUBA 2IQTA 3E12A 5KZDA 3C0JA 2X1SA 3NA8A 4O53A 2QKFA 1XUUA 4ADSA 4JTEA 4N6FA 1CW2A 1GPWA 3NPWA 4X2RA 2XN1A 3LCGA 4UC5A 4JX4A 1X1ZA 3F4NA 5G1TA 4AXKA 1VPXA 1R2TA 3V1PA 5EY5A 3N34A 4JD4A 5LGZA 2V2DA 4HNTA 1H7NA 4LS0A 3UWZA 3GAYA 2A6NA 1K7XA 2E6AA 3PAJA 2ZTKA 1JRCA 1T99A 3EWYA 3DFPA 4AWTA 3NQ2A 4IOTA 3HGRA 4JR5A 1LOSA 3PUOA 4HPXA 4I9AA 4ZVJA 4LVAA 1OFQA 3OBKA 4PL2A 3QQ1A 3G1YA 3TSDA 4JX5A 3H54A 3IVSA 1X6UA 3DFQA 1QCWA 1TQJA 1H60A 4MPQA 2FB2A 2CLIA 2VOMA 4MZ1A 2QCFA 3G1AA 5F4XA 3VNDA 3L2IA 3IEBA 5CPLA 4JTIA 1IIGA 3ABRA 4N6EA 2OT1A 2E5CA 5DXYA 4WY0A 1TQXA 4NQ1A 1G7UA 1UJPA 4UMBA 1TPDA 2EKCA 2V8ZA 1A53A 1GZGA 4O1CA 2D73A 5K4ZA 3QYQA 2XN0A 3LCHA 4AWSA 1GVSA 1UCWA 5A8GA 4QISA 3QJAA 3ZFHA 3NQCA 4JY9A 4JTJA 3DXIA 4A3UA 3RK8A 3BG5A 1V5XA 1QPQA 2ZZ3A 5AHFA 5L9FA 1OK6A 3CPRA 1LDCA 4KWWA 3M44A 2C6QA 5DXXA 4BWLC 1JCXA 1YXDA 1BWLA 3O6YX 2Q3RA 1R2SA 3FIGA 1F76A 3LI1A 3R13A 4PH6A 3EX1A 1HL2A 5MHBA 2HTMA 4UR8A 1B3OA 1FCVA 2WNQA 2CLLA 1N7KA 3LBCA 3OA3A 2CZFA 3GK0A 1PV8A 3PUDA 5C6MA 2B4GA 4DO6A 1KA9F 4M6PA 1VYSX 3MJYA 3W2LA 3P62A 2W6RA 3TKFA 3W7IA 1ZY9A 2ZFAA 5GVJA 3O8AA 1LCOA 4FHAA 1YXCA 1ZAJA 5F4SA 5TQLA 1FCQA 1FXPA 2QDGA 2G96A 3DGRA 3TR2A 2QEZA 4O8RA 3DFTA 5DELA 3B06A 1PHWA 4LTSA 2X30A 2YW4A 3CHVA 1IXPA 1JR1A 4XUGA 4CCDA 2ZA1A 2Y7GA 3W1LA 3UWWA 1QFEA 3TC6A 2ZYFA 3P81A 3B03A 3VE7A 3W7KA 3N9RA 2OZ0A 3EXTA 4O11A 4AHPA 3W22A 1X1OA 2ZRUA 4EF8A 3S5NA 2E5DA 2HSAA 1KFKA 5D2WA 3LHYA 4RLIA 1L9WA 3IIZA 1D3GA 4JTHA 2Y70A 3TQ0A 1UUMA 1VJIA 2F84A 4LY8A 3HBLA 5A5WA 2A4AA 4BK9A 4LOCA 2NUXA 3HG5A 3LV6A 4BF9A 1JCNA 2G97A 4K8HA 3P67A 3W7HA 5KSWA 4DF0A 1TPEA 3L5MA 4BWLA 3IIOA 5AHEA 4G1KA 1GOXA 4IMEA 1KM5A 1W0MA 3GX9A 4LS2A 2ZTJA 2NWRA 1SW3A 3QMRA 1LBFA 2AAMA 4FNRA 5I3FA 2QCGA 3WFAA 4S2CA 2GJNA 4GUFA 4QITA 4FNTA 4NXKA 3QMTA 4LVDA 5KZEA 4O18A 3UY8A 4AHQA 1VCGA 5CSRA 2BX7A 3TDFA 1TPC1 3DKJA 3CT7A 3DFSA 3W1AA 4BFAA 2ATSA 3W7PA 5HNRA 1YLVA 3JS3A 4MFDA 3W7QA 2Y89A 3SECA 3INPA 1M7PA 3O63A 1J5TA 5FEPA 2E1DA 1TV8A 1SUXA 1XCFA 3TAOA 5H2ZA 4K36A 4DQWA 2DORA 3LRMA 3STFA 2OX1A 1WDWA 4ZQMA 4M19A 1DBTA 2Z6IA 2C15A 2JK2A 4FO4A 1PHQA 1LRQA 2ATMA 3NPVA 1KBIA 1S3HA 3YPIA 5AHIA 2TPSA 5F2IA 2I14A 5HWJA 3B05A 2ZRWA 3LB0A 3GB6A 3KFTA 3DU0A 1OYCA 3TH6A 1W3NA 1QAPA 1JCMP 5FF4A 1F2JA 3G1SA 3UQNA 1A50A 3HB9A 4A2SA 1I8JA 3GAKA 4RK8A 3ABSA 4QNWA 3IGXA 1ONRA 2VFEA 3TE9A 4A21A 3C61A 1AW5A 3GLCA 3FKRA 3TJXA 4UFLA 2QCCA 3LHUA 3FEMA 3P61A 3B4UA 4XTIA 1W1ZA 5AYXA 4GUHA 1G6CA 3GDKA 3ATYA 1OFDA 3A23A 3DI1A 3W2NA 3W7MA 3UWQA 3LGEA 2ZBTA 4RZ4A 2Q8LA 4RJEA 2VFGA 1OX6A 3C2RA 3S0CA 3GDMA 4TU1A 2C3ZA 4LVFA 3TK7A 1I2RA 4IJBA 3UY7A 3W1NA 3AO0A 4LVBA 1ME8A 3M5VA 2EF9A 3NVTA 3USBA 1YDNA 1Z44A 2NX9A 3HGOA 3DHDA 1QOQA 4JS3A 1YDOA 2FPYA 1GJPA 1FCUA 2C1HA 1G4EA 4MJZA 1NFBA 5T26A 1KFBA 3I7QA 4ZQNA 1C29A 2WSYA 3HJZA 4DBEA 5F4WA 2QF7A 5AOUA 3VKJA 4CQ8A 3KRSA 3W72A 3NG3A 4QM1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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