3RLV | Genus

Total Genus 86

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIFLADNPAAAAAGIIESIKDLLN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7287086066854198__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7287086066854198__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3RLV/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7287086066854198__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7287086066854198","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3RLV/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7287086066854198__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d02a9a1505c287c688b383e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d02a9a1505c287c688b383e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d02a9a1505c287c688b383e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d02a9a1505c287c688b383e/pdb.gz): 405 ms

reading 220 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

220 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:219});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	86
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-04-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3rlvA00

1GYNA 3T78A 1FX6A 3G3DA 5C55A 1RQEA 1DVJA 4NNAA 1GOXA 1GG0A 3CLMA 3KRSA 2YPIA 4KFOA 3GDLA 4FIRA 1W37A 5EMUA 3WJXA 1BTMA 2ZA3A 3TJLA 1FY6A 4IXXA 1W0MA 1PE1A 4N9DA 4RXFA 4GUHA 1LBLA 5F2MA 1A5AA 2Z1BA 3TE9A 3NM1A 4HKPA 4PL2A 3E0IA 1L2UA 4K37A 3VCRA 1SFJA 4AF0B 4RKAA 4XTDA 1H61A 1TIMA 3DFPA 2Q3OA 2WSYA 4FHAA 3TV8A 4XUGA 2O7QA 3IIVA 1G4EA 2E6DA 3VNDA 5KZDA 5T26A 1ALDA 1R46A 5G1YA 1TV5A 4A2SA 3ANYA 1RV8A 3G22A 2FFCA 5AYZA 4LS1A 2BXVA 3NL5A 1RQBA 3W2LA 5D33A 3DXIA 3I7SA 1LP6A 2XFWA 4IMEA 4TX9A 2CLIA 2YW3A 1WX0A 3DH7A 3ZWSA 3IVTA 3S0CA 2FQIA 1Z44A 3GLCA 4S2CA 1F6KA 2TYSA 4UTUA 1KM0A 2JKAA 1LCOA 3NPWA 4HPXA 4LVDA 1LYXA 5CPNA 1VYPX 3I68A 1CX9A 4ZMGA 2NWSA 3TXVA 4LC6A 3W1AA 1DBTA 4I7VA 3W85A 3G1DA 3W7CA 1PS9A 3NPXA 4I9AA 3HG3A 4N9EA 1LM1A 3DU0A 1JQVA 4BI7A 3NA8A 5E93A 1DL3A 1L6YA 2ABAA 2GQ8A 4JGDA 2BTMA 3L65A 1QPQA 4NJKA 2J9ZA 3HQ1A 4LT9A 1ME7A 2Y7DA 1C9DA 3VI2A 3W1TA 4MZ1A 2V2HA 3WFAA 1BEUA 4W9TA 2WNZA 2V5BA 2VFGA 3E12A 2WSRA 3MHFA 3TX9A 1UBSA 3QMTA 3TU9A 3HG5A 2WQPA 1FXQA 3W7OA 1FUYA 2EPHA 3A9IA 1XBZA 1KM4A 2DZSA 1HTIA 1PHWA 4Z0SA 3NQ6A 4K6AA 2PURA 4M6QA 2CWNA 2VXNA 1P5BA 4NUWA 2FPYA 1WQ5A 4NZFA 3I7RA 3WK3A 3W84A 1J4EA 3TQKA 3GZ3A 3CB8A 4N9BA 3QJAA 3QRHA 1SSDA 5AN7A 3ZWTA 4K8HA 3DI0A 3OG3A 1QAPA 2CLEA 1VJIA 4LV4A 3L0GA 1RVGA 1NVMA 4AHQA 4E0CA 2PCQA 4K39A 4OE7A 3OVQA 1R2RA 1TTPA 3KVJA 1TV7A 2B0MA 1G4PA 2B7OA 2QUVA 1VS1A 3C2EA 1JCMP 1LOQA 4NX5A 4O28A 4R7JA 4GWEA 1GVSA 3DZ1A 3GXNA 1YPFA 4EVZA 3S1VA 4X3ZA 1H7XA 3UD6A 3AO0A 3S5YA 3BPWA 5D05A 4MPQA 3W87A 1BKSA 1D9EA 2DU2A 3DI1A 4DF0A 1LRTA 5K9XA 1T8XA 3QM3A 2P0OA 1FWSA 2PRMA 5D37A 3LHUA 5K3VA 2DZWA 2BX7A 1W8SA 2R94A 4JTUA 2X30A 4LNYA 1KM6A 2Y88A 1QDSA 3B0VC 2IQTA 4JXCA 3W7MA 3M0ZA 4O14A 3M16A 3HPZA 2VOMA 2VFFA 4A3UA 3TH6A 3FEMA 5BOOA 1EWDA 3GKFA 4CQAA 3LV6A 4O10A 3T4CA 1ONRA 1IF2A 4AWTA 2H90A 1IIGA 2W6RA 4FNRA 1TJPA 2HS6A 2DZUA 2QKFA 5AHMA 5FF4A 2R8WA 4O15A 1AMKA 5FI8A 2Y62A 3NQEA 3HF3A 5AYYA 4U4MA 3E02A 5CKSA 5U7SA 1PHQA 1DQXA 1XCFA 3P5ZA 2QUTA 3BV4A 4FNPA 4M6PA 3USBA 3A21A 2NX9A 3PBYA 3JR2A 4ML9A 3MJYA 3ABRA 3RK8A 5KINA 4QSHA 3BG3A 3B0UX 4O1BA 1SFLA 4R53A 3W1UA 2Y6ZA 5HINA 3RU6A 1HFBA 1OFRA 5K4ZA 3NL2A 5I3JA 3ZFHA 3SZ8A 4O1DA 4HNVA 2YFOA 1DQWA 3LTPA 1VGAA 2QCDA 4R33A 3LBCA 4DXVA 2V5LA 3M7WA 5DELA 1N55A 2NX3A 4UTLA 3NAVA 5LNVA 1Z42A 4ZQRA 4JX6A 4RK8A 1GT8A 2O7SA 1WDWA 2JGYA 4GJ1A 2J6XA 4Z1AA 1UASA 1LLWA 4JNMA 1TTJA 4LVAA 3C56A 3P80A 2RFGA 2CZ5A 3O8AA 1EWEA 1SO6A 5TIMA 3NQVA 5HJLA 3UXAA 4PCFA 5BW6A 1O5KA 2V30A 2ZRUA 3EB2A 3MI3A 1O60A 4IXHA 5E0KA 3L0KA 1G6CA 4MKNA 3MYPA 3TIMA 4CNNA 4G1KA 3B06A 3HO8A 1LBFA 3MP4A 1E51A 3GIYA 2YX0A 1OX4B 4NQ1A 1NEYA 1DJNA 3UXDA 3WJSA 5AC8A 4JYEA 1EP3A 3FA5A 3WK2A 1KLZA 5DBUA 3LCLA 2CLFA 1P0NA 1TPVA 4GFSA 1KA9F 2NV2A 3NQDA 2YCEA 1JRCA 2RDTA 4K7YA 4M5PA 3BW4A 2TMDA 3GB6A 1F76A 1MSSA 1OK4A 1TPFA 2FPTA 3PSVA 1JQXA 1FCVA 1WBHA 1JUBA 3W71A 4N02A 3K30A 3P81A 3QPZA 1TRDA 3C8FA 4P2VA 4Y90A 4XKYB 2E5DA 3G24A 1K8YA 1SZNA 2VKZG 3QF0A 4DELA 3N14A 1KBJA 4YL2A 1NFBA 3EX4A 4OHQA 1ICQA 4HNNA 2OT1A 1QO2A 3FIGA 1A5SA 3M44A 1B9BA 3N19B 4DPQA 4CQ8A 1OFPA 3FFSA 4CNPA 1O94A 4GNJA 1OF8A 4Y8FA 4XBSA 4OBTA 4JTFA 4N6FA 5G2HA 2ZZ5A 4HSNA 4JTLA 1ZAHA 5ABTA 1VCVA 1H1ZA 2B4GA 3S5ZA 1GJPA 2J9XA 4BF9A 1XL9A 4MY9A 4HHPA 1OFEA 2WPBA 2XN1A 4HNTA 4AVFA 3TSDA 3PWAA 4DF1A 3PBVA 2X16A 3GX9A 4HIBA 1JCYA 1SSGA 1KM2A 2RDUA 1KV8A 3BW3A 4FNTA 4GXMA 2Y89A 3W7DA 3AJXA 1W1ZA 3LCXA 1MZHA 1OYCA 2ZZ1A 4AMAA 1I2RA 1JR1A 2GQAA 3PG8A 3T55A 2NUYA 1Q6RA 2JKEA 1D3HA 1ZCOA 1LBMA 4YMZA 2A85A 3CPRA 3TDFA 3PB2A 2YFNA 1AW5A 4NT0A 3W2NA 3W07A 2NLIA 2WOQA 2QCMA 1WOBA 4DO6A 2DZTA 4Q4KA 4NJJA 1EEPA 5LZLA 3UQNA 2CLHA 2DP3A 4MFEA 2ZDRA 5FEXA 3PC0A 3EWXA 3DGRA 4IQLA 3HB9A 1G7VA 3GDTA 3L5AA 3W2UA 3TMQA 3W86A 3IEBA 2H8XA 3THQA 3MHUA 4JN6A 3SGZA 1GQNA 5LNSA 3R13A 4UFMA 4ZQOA 4K8EA 4S2BA 2CU0A 1B4EA 3MI6A 3UY8A 3H54A 1EP2A 1FWTA 5D30A 1K7FA 4OQVA 1TYGA 4JIQA 5FF2A 1TB3A 1S5VA 2E09A 3LXBA 3F1QA 1OHLA 3TA6A 3QC3A 4O54A 5AFDA 4MVAA 3RLUA 5CZSA 2NXGA 3NPUA 4GBUA 3ABSA 1H62A 5HR7A 3RNDA 3CWOX 3OBKA 4O1AA 1VCFA 1KFLA 3W73A 4BWLC 3BG5A 3CU2A 3C2OA 1W5OA 4OV4A 5BRBA 5K4XA 3LCIA 1FDJA 2FLIA 1FDZA 3O6YX 2I1OA 1G7UA 3MBFA 1AK5A 2WNQA 1AW2A 4UMAA 4QNEA 3LXCA 3LI1A 3M5ZA 2EHHA 3IIOA 2ZQ0A 2NXIA 3BARA 2A2IA 4RJEA 3GK0A 5BMWA 2ZZ3A 3FOKA 1SZFA 3W1LA 4AHOA 3L0NA 1ZY9A 1XDLA 1V7YA 4EF8A 2Y7FA 4FX7A 4ZQMA 2FPVA 3I65A 3R8RA 3UWZA 2QAFA 4CNOA 1YXCA 2WV8A 5CSRA 3W1RA 3DBPA 1OFQA 4MLRA 1KTCA 3UWWA 3DHFA 4K36A 4ORIA 3TW7A 5C6MA 5D2XA 2YSWA 4YXGA 1WOAA 4JYFA 3TSMA 2A0NA 4ALDA 3NPVA 4Q32A 1QR7A 4WY0B 2WO5A 2FJKA 2ZA1A 4CQ9A 4BWLA 3NYZA 3KFTA 4MYXA 2C1HA 5HR6A 4N4QA 4OV9A 4AB4A 3BLFA 3W7JA 2HSAA 1I4NA 4QQ3A 1TPB1 5G2IA 1A5BA 2EF9A 2OJPA 5HWMA 3PBUA 4LC8A 5AHNA 4R34A 1KTBA 4JX5A 2OCZA 4O52A 2QDGA 4FF7A 3IRDA 3UWYA 4WUIA 4TU1A 1M7PA 3A22A 1JCLA 5D2VA 3DFOA 2AQWA 3DFTA 2ALDA 3GNNA 3TK7A 5CPMA 2A7NA 5H2ZA 1KTNA 2VEPA 3ABQA 1WV2A 2G97A 3WJWA 4E2DA 4GC4A 4U28A 1ML1A 3TCEA 4M7SA 2ISWA 4O18A 3GKAA 3W88A 2E77A 4OT7A 1L9WA 5LSMA 3W7IA 6ALDA 4PA8A 4ZQNA 2ZRVA 3C6CA 1W5NA 4JTJA 5FEZA 1M6JA 4UFLA 1TTIA 3GXPA 4E38A 4WX2A 1TQJA 2ATMA 4GUFA 3R89A 1TV8A 3FYPA 4O8RA 3G3MA 3U6WA 3NL6A 5U4NA 5L9FA 2CW6A 4AHPA 2H3DA 1A50A 1GVQA 2X1SA 4C1LA 4LU0A 4UTIA 3PULA 4HSOA 4LRTA 4FNUA 3N3MA 2VELA 2F7FA 3M5XA 1SQ7A 1GPWA 1QPOA 5F2IA 5A5WA 2C14A 5AHFA 2VEKA 5E1QA 1W3TA 2V81A 1WXJA 4AH7A 4ZL1A 1T0OA 2QCCA 2DORA 3M9YA 3W1NA 3VE7A 1SPQA 3EXTA 4WXYA 3TQVA 3TC6A 3G1AA 2J24A 4UR7A 4A2RA 3LI0A 2CLOA 1W56A 2QCNA 1XUZA 3W76A 2J27A 1FCUA 2QCHA 5HQEA 3GNDA 4JTHA 4JTGA 3W3OA 3RFAA 3LLFA 1FDYA 3U2OA 3W22A 2HMCA 2PRHA 1R47A 3E49A 3ZS4A 1DJQA 3L9CA 1L6WA 3LV5A 7TIMA 2Z2UA 3DFNA 1S5TA 4BK9A 2ZFAA 4OGZA 4LW7A 4JIPA 3PY2A 3KVKA 4XBKA 1XC4A 5KTLA 4FNQA 3SGUA 1QFEA 3G1HA 5D38A 2C3ZA 1T99A 2P10A 1J2WA 3EKLA 4ZQPA 2JGQA 1ZENA 4FX6M 1OYAA 3A5FA 3M47A 1ICSA 4LVFA 3A24A 3LM7A 4CCEA 1F5ZA 4LY8A 3IGUA 4BR1A 2QJHA 4WXZA 3DENA 3GR7A 3NVTA 3PUEA 5KZMA 1FCBA 3QW4B 3FJLA 3PSWA 3PB0A 3LLDA 2Q8ZA 4KKXA 1GTHA 1KFCA 2QCDB 4UMCA 3G8EA 2QCGA 4RCXA 3HPSA 1JULA 4HT3A 3P8JA 3N9SA 2WJZA 3GVGA 3CM4A 4JR5A 1U5JA 4LV9A 1BWLA 3SW6A 1OK6A 1VC4A 3C0JA 3JRKA 4N2YA 2TRSA 1P1XA 1VHCA 4UTKA 4K7VA 3HG4A 2W0UA 4MY1A 4AEOA 1RQHA 2C19A 4JY9A 4KWVA 3KXQA 1DOSA 3N2XA 2XN2A 4DQWA 3QQ0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3RLVA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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