3S0CA

Transaldolase wt of thermoplasma acidophilum
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
MKIFLDTANIDEIRTGVNWGIVDGVTTNPTLISKEAVNGKKYGDIIREILKIVDGPVSVEVVSTKYEGMVEEARKIHGLGDNAVVKIPMTEDGLRAIKTLSSEHINTNCTLVFNPIQALLAAKAGVTYVSPFVGRLDDIGEDGMQIIDMIRTIFNNYIIKTQILVASIRNPIHVLRSAVIGADVVTVPFNVLKSLMKHPKTDEGLAKFLEDWKKVSPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable transaldolase
molecule tags Transferase
source organism Thermoplasma acidophilum
total genus 81
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date 2011-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00923 TAL_FSA Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3s0cA00
4MJZA 4ZMGA 5CZJA 3UPBA 3KVJA 4WJEA 3FEMA 3TQKA 4LVDA 1ZFJA 3TMQA 5G2HA 2Y61A 3RLUA 4JICA 1H50A 1N7KA 3CWNA 4K7YA 1W0MA 4IXXA 1OYCA 3QSTA 3W7KA 3T40A 4DO6A 4O8RA 4WOQA 1PHWA 1A5AA 5FI8A 4NJJA 2QCDB 2A4AA 4FB7A 3HMJG 1F6KA 4FX8A 3CEPA 1EWEA 4ZQPA 5KZDA 5AYYA 3B4UA 3P82A 3ANYA 4L4MA 4E38A 3MHUA 3PAJA 2G96A 4BF9A 3M5YA 5KMYA 2ZRXA 1SZNA 1XI3A 2A7RA 3GXNA 4LY8A 5HR7A 3UNDA 3TSDA 4ORIA 5C55A 3BK0A 2Z0IA 2ABBA 2PC4A 3WJWA 1VS1A 3MW7A 2ZQ0A 3BLFA 1BKSA 1F76A 2YDAA 3N2MA 3W7NA 2QUTA 3C2FA 2QDHA 1OFRA 3PBYA 4P61A 4MY1A 3W2LA 4YXGA 1OG0A 5HJLA 1TJPA 3L9CA 3HGRA 3NO5A 3B0UX 1OFBA 3W70A 3M47A 3W88A 4RXGA 4TMCA 2NV2A 4MYAA 5BMXA 3F1QA 1TTIA 4GE8A 3TC7A 1DJQA 4MIMA 1KTNA 1ZCOA 3W9ZA 3DENA 1ALDA 2A6NA 1K03A 4L4LA 2QUVA 3TCEA 5AYXA 4AEOA 2WSRA 3SI9A 3LERA 5F2GA 1DORA 2IQTA 1I4NA 1RQHA 2GQAA 4HSNA 4Y9AA 3W2KA 3EWWA 4CNOA 3A24A 3CIWA 3G22A 1Q6LA 1SU5A 4LWWA 4X3ZA 3KRZA 1XL9A 2YFNA 4FX7A 1XBVA 4U28A 4KWWA 1M7PA 3O6YX 4GUHA 3LHWA 2ZTJA 3GDLA 1O95A 2QCDA 5LNWA 5L6UA 4JTIA 4PEKA 4IPJA 5AHFA 1EP3A 2ZZ7A 4HN4A 3IIPA 2F7FA 1SFLA 1XC4A 1XBXA 5HINA 3TDFA 4Z1DA 4NZJA 2C16A 1Q3NA 3P67A 3W7HA 1DOSA 1SZFA 2A6LA 4AWTA 1KTBA 4TMBA 5LNVA 1V5XA 1L6WA 1W54A 5LNRA 4DO4A 1LRQA 2H3BA 1VHCA 1FWRA 1VYSX 4ZL1A 1P4CA 5LHFA 3HIJA 5IBXA 3L0GA 1YTKA 1RQEA 1VLWA 3DKLA 2CZEA 2VENA 1LM1A 2WV8A 3THAA 3P5ZA 1F05A 4AMAA 3I68A 4MLRA 1WQ5A 3UWWA 1W3IA 4D2JA 5F2MA 4XTIA 4UTIA 3HO8A 4IMCA 3NQ2A 5F1VA 2TMDA 1VLIA 4HIBA 4PFMA 3TH6A 4M6VA 2E5DA 3TXVA 3QC3A 3PUEA 4EIVA 4O4VA 2JK2A 2I14A 4UTWC 2HS8A 2HSAA 5K3VA 3DFSA 3LI0A 3P84A 1K3UA 3L5MA 1FXQA 3NAVA 3W7JA 1WX0A 3A22A 3W1PA 3ZR4A 1VJIA 2GJNA 3BGJA 3KVLA 3M5XA 1VC4A 3GKFA 4IMFA 5CGQA 1RPXA 3W7IA 3M9YA 1B9BA 1OF6A 2V9DA 3QW3A 5FF3A 3S8HA 1LOLA 1SFJA 1UBSA 1Z48A 2NXHA 3NNTA 4ZZ9A 2ZBTA 2F84A 4OE7A 4P2VA 1VQTA 3AO0A 5KINA 1JUBA 2EAWA 2J9ZA 1SZGA 3I6RA 3S1XA 4PA8A 5KITA 2C3ZA 2V2CA 2OMAA 4N6EA 4K36A 4NNAA 1QOPA 3IV3A 4WZHA 3O06A 4O1DA 3TFCA 4JTGA 5AB3A 2EF9A 5DXXA 4O0ZA 2J9YA 3P7YA 1JCYA 3UY8A 3FA5A 4JTLA 3MMTA 4HT3A 2W6RA 3KX6A 1UUMA 4YWIA 3VNDA 3N9SA 1H7WA 4DBDA 1FWNA 2OJPA 4OWGA 5I3JA 2Q3OA 3M0ZA 4OU1A 1T99A 1DKWA 4LC8A 2DORA 3L66A 4LS0A 5U4NA 3S0CA 4BI7A 1B4KA 3UWUA 3NPWA 4JXCA 2VEPA 3SR7A 4N4PA 4K38A 2V5LA 1SSGA 3L65A 3W2JA 3KFTA 1NSJA 3U2OA 1QWGA 4RR4A 3M5ZA 4NZFA 2E6DA 5D2XA 3E0IA 1AW5A 1G6CA 3PUDA 4UFJA 1SO3A 1RZMA 1MEHA 2Q8LA 2FTPA 3M16A 4PH6A 2A7PA 4GC4A 5J5DA 3TIMA 3O05A 4I7VA 4IMDA 4TX9A 4X22A 1JCNA 1JUEA 3QPYA 3S5OA 3FJ6A 2TPSA 1JCJA 2ZRZA 5E93A 4MY8A 3OA3A 4Z1BA 4UMBA 4CCDA 4UTTA 5F4WA 2OT1A 3NZ1A 1LLZA 4H3DA 1WBHA 1NAL1 3UWVA 2R94A 5FF4A 3QEZA 1LBLA 2NV1A 4S2BA 2C19A 2Y89A 2DZUA 3PBUA 1QO2A 3SW6A 1GVOA 2BXVA 3PSVA 2TSYA 3GYEA 3WK3A 2YW3A 3LLFA 2X30A 3PWAA 3W71A 4O4WA 1OYBA 2WOQA 4K7VA 3EX3A 2FPTA 3B8DA 3MBFA 3BO9A 5K4ZA 3QMSA 4GWEA 1YYAA 4TU1A 4PODA 3CTLA 1H62A 3PBVA 3AJXA 1VZWA 5F2IA 1EWDA 2NX3A 2QR6A 4FO4A 3ZFHA 4XTDA 2Y7DA 3MYOA 3LRKA 1WBJA 4RXFA 3TKFA 4XKYB 3I7RA 3CIXA 1O5KA 3SECA 3W83A 3L2IA 4O10A 2OCZA 4NU7A 3QH2A 5CSSA 1OABA 3EXSA 1QNVA 3G18A 2Z6JA 4JY9A 1W5PA 3V75A 3WK2A 2FFCA 3MI2A 2ZYFA 1TMHA 4JX6A 4JX4A 4HNNA 3MHFA 4FF7A 2ZZ5A 2R8WA 3TXZA 4MOZA 2Y6ZA 5I3HA 1H7OA 5HUOA 2WKJA 4JTUA 4N2YA 3B03A 4RX0A 5DBTA 1N8FA 4H4IA 1E51A 3G3DA 3PUOA 4IX2A 2CLOA 2YZRA 1JQXA 2ZZ3A 4HNVA 4UR7A 4C1KA 1FDJA 1MEWA 1G7VA 3N14A 4R33A 4O57A 4OV9A 5LSMA 3QMTA 1TPH1 3SJ3A 4BWLA 3G8RA 4DBEA 1C29A 1GVFA 1ME7A 2VFEA 3HG2A 3CC1A 1O60A 3STGA 5TQLA 4DELA 4JYDA 4K39A 1YDOA 1GVRA 3TW7A 2A7NA 1SR9A 3G1YA 3GLCA 3A23A 4ALDA 5LGXA 1G4SA 3L0KA 3R12A 5MHBA 1ME8A 3W3OA 1FCQA 3HOJA 4TO8A 4GBUA 1FY6A 1NF7A 4YCPA 3NL2A 2AAMA 3ABQA 4S2CA 1XDMA 1YXCA 4FIRA 3NM3A 3RFAA 1GVSA 4EF8A 1JJKA 5LGZA 3DGRA 1A50A 2UV8G 4YLWA 3W72A 3OBKA 2ZZ1A 3TC6A 3W1UA 3S1WA 2E6AA 4ADSA 3TNOA 2WNZA 5CPLA 2DZPA 3C2VA 2E1DA 4ZQRA 3W7DA 1OFEA 3PF3A 2FJKA 2GVGA 4HKPA 2ZZ6A 1DBTA 1OFPA 2QCHA 1QPOA 2V82A 3MI3A 4FX6M 3F03K 4O1CA 3BG3A 2BX7A 5CKSA 1WXJA 3BPWA 2WNQA 1UJPA 1OYAA 5EKYA 3LCWA 3STFA 5K2ZA 3T55A 2P1FA 1ZJIA 2CWNA 3BGGA 1Q6QA 3C3NA 5AYZA 3N19B 3TW6A 1TPC1 1VH7A 3LHZA 4IPIA 3LLDA 1LOSA 1W3NA 1TV7A 3UY7A 3NL3A 4NT0A 1GG1A 4UMAA 1VCFA 5EY5A 3SGZA 3TMLA 3DI0A 5KTLA 2VFFA 3N73A 3B04A 1KW1A 1OK6A 4FNQA 3VKJA 1A53A 3ZS4A 1GQNA 3S9YA 1GYNA 3IEBA 3QJAA 2H3DA 4JTFA 1SW3A 1OHLA 1S3HA 5FEZA 4GJ1A 3QRHA 4QIUA 1LOQA 4DPPA 5I3KA 5EL1A 2JKAA 1B57A 1V7YA 4YMZA 4PL1A 5CPNA 5FF2A 4MY9A 4N4QA 3HG3A 3TSMA 5AFDA 3M6YA 2JKPA 4WXZA 1TO3A 1EX5A 1ICPA 2GQ8A 4UNLA 5BOOA 1IIHA 3O8AA 1UASA 3EWYA 4M7TA 2J27A 4FNSA 3C56A 4A3UA 2CLHA 3MYPA 1IIGA 3RLVA 5C6MA 1I8JA 4ZQCA 1OX5A 5EMUA 2CZDA 3LV6A 3W75A 5LNSA 4O1BA 1GYLA 4IX0A 3BVJA 4NVTA 5DCDA 5DELA 1SO5A 1WDWA 3QF0A 3QYQA 5EA9A 3S1UA 3WJXA 2CFFA 4CQAA 2XN0A 3C2EA 5U7SA 5G1YA 4NJIA 1SW7A 3MP5A 2VEMA 4MUZA 3LBMA 3NL6A 3C52A 3P80A 2NXGA 3PS7A 4GRSA 3A9IA 1X7FA 2E5BA 5GVJA 3HQ1A 1FWSA 3TJXA 1F5ZA 1TPFA 3DKJA 3LCIA 1XM3A 3M44A 4WQ6A 4WY0A 2VEKA 2CLLA 3P74A 4N9BA 1Q6OA 3TR2A 1U5JA 1K7XA 4WX2A 2GQ9A 3B06A 5G2WA 3UZJA 2GVJA 4KFNA 5CZ0A 3IIOA 3GDRA 1KV5A 2Y63A 3CU2A 3TU9A 2ATMA 3VFLA 1W8SA 5F4SA 2G95A 1KBIA 3KVMA 5CPMA 4JIPA 4DF0A 5J5RA 2NUWA 3NR0A 2C1HA 5D2TA 4CNNA 3IIVA 4PCFA 2YXGA 3DXIA 3MJYA 3TX9A 4WUIA 1GTHA 4RKAA 3M43A 5I3FA 4I7WA 3FFSA 1XDLA 3DHDA 1IF2A 4RCXA 1PVNA 2NWSA 3KAOA 4A29A 4UTJA 1ZAIA 3T7VA 1A5BA 2Y70A 1DL3A 3GNDA 3SGUA 1AK5A 4JNMA 3G24A 1TTQA 2R91A 4MZ8A 3S5YA 1GPWA 3FYPA 4N9DA 3W1MA 5DCBA 1X1OA 2E6FA 3L21A 4Q33A 3TV8A 1KFEA 4LNYA 3W7QA 1ZNNA 2ZFAA 5AHMA 1J4EA 4JYEA 3W7RA 1SSDA 4AWUA 1GWJA 2B7OA 4IJBA 4YL2A 2BWGA 3U6WA 1Z41A 1OX4B 4O28A 5BMWA 3L5LA 3O6CA 1HTIA 1F73A 1IXQA 1W37A 4LS2A 1I2OA 3DFPA 2O7QA 4LU0A 4NUWA 3QM3A 2Y7EA 1W5NA 2QF7A 1LBFA 1EA0A 3IRDA 5BNKA 1ZAHA 3WJSA 4B5NA 3NA8A 1P0KA 1YXYA 4XUGA 3B0VC 1KTCA 1QDSA 2NUXA 1SO6A 3IGUA 4AVFA 3NQMA 4O54A 1JCMP 1THFD 5F2LA 5ABTA 3QMRA 1EEPA 1WOBA 2YFOA 4DXVA 3CB8A 2Q8ZA 4IGHA 2AQWA 3LCGA 2YYUA 4DF1A 4G1KA 4FXSA 3GDTA 1VCVA 4JTKA 1SUXA 2XFWA 3IVUA 1F6PA 4UFHA 8TIMA 2ISVA 4IUOA 3R89A 3PM6A 1IXPA 3NEVA 4MLJA 4E2BA 3TA6A 2Y88A 1FWWA 2E77A 5HULA 1MO0A 5K7JA 4QM1A 4EF9A 1ADOA 3VCRA 4ZQOA 5A8GA 4WY0F 1CW2A 2Y7FA 1BWKA 1TSIA 2EGZA 3OEXA 4GUFA 3LRMA 3EKZA 3CEUA 5TIMA 3FS2A 5D03A 1SZEA 4ZQMA 1JR1A 2FB3A 2PRMA 2DZVA 1TCDA 1KFKA 3LCLA 5LHEA 2A1YA 3HG5A 5AC7A 5IM51 2Y62A 2ZZ4A 3NQ7A 3NXFA 1RQBA 2CZFA 1W56A 1GTEA 3LHUA 3QQ0A 1OX4A 3HPXA 4C1LA 1ONRA 1UB3A 1TQJA 2ISWA 5BW6A 4EWND 3CQ0A 4NJKA 2B7NA 4O50A 1ZHAA 1OF8A 3S1VA 5FEWA 3Q58A 5L9FA 3RF9A 3G0XA 3EXRA 3W7OA 1G7UA 5EYWA 3ABOA 3GXPA 3E49A 1JQVA 3EXTA 2YCEA 4LTSA 5D37A 3W73A 4O52A 5CSRA 3R8RA 3NQFA 1KA9F 3LDVA 2B7PA 3TSBA 2VFHA 2J6XA 1TPDA 3ZWSA 5TBOA 3G1SA 3PSWA 3GAKA 1JRCA 1R47A 2V2HA 4ONVA 3W87A 4M6PA 3NL5A 3EWZA 3LHYA 3R13A 1EIXA 4IMGA 3LBCA 3SSJA 3HJZA 1YLVA 2R14A 5HWNA 3G8EA 1IXNA 3M5VA 4O13A 4A2RA 5D09A 4KFPA 1W5OA 2DZTA 5D38A 3GIYA 5HWJA 3W1NA 4BFAA 5CG7A 4FNUA 5LKYA 1JCLA 3S5ZA 1T96A 1TPWA 3C6CA 3C2OA 5AC8A 2Z1BA 1AG1O 3UPWA 3CWOX 1QCWA 3LOTA 4NXSA 2W79A 3QSRA 3G1FA 1Q6RA 4BI5A 2DJLA 1M6JA 4JTJA 4ZQNA 3N3MA 3VI2A 5FESA 2C18A 3E12A 1R30A 2PRLA 5AC6A 1AMKA 3FKKA 3GAYA 2NWRA 1FXPA 2D73A 4JN6A 1ZALA 4AXKA 2X1SA 4O0KA 3T4CA 3MP3A 1JULA 2CU0A 2HS6A 4R53A 4AHQA 1KLZA 4AF0B 1EUAA 3P62A 4HPJA 2YGYA 3ZWTA 1J5TA 1G4TA 4Y8FA 2P10A 1TTPA 3MHGA 1OFAA 4A21A 1G67A 1BEUA 3HF3A 4O1AA 2BLEA 2VFDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4PCN A;  3QY6 A;  3ZIZ A;  2W62 A;  2V5C A;  1JGI A;  4LVD A;  1P0D A;  3TMQ A;  1YDY A;  4JIC A;  4B4H A;  4K7Y A;  4NY2 A;  4IXX A;  1QT1 A;  3W7K A;  4O8R A;  1PHW A;  1VJZ A;  5FI8 A;  3VNZ A;  2QCD B;  4FB7 A;  3HMJ G;  1F6K A;  4J3S A;  4FX8 A;  1GKQ A;  3VIJ A;  1XLA A;  3MHU A;  3LN3 A;  2PDK A;  3WEN A;  3GXN A;  3UND A;  1CGX A;  3KOY A;  4OUE A;  5C55 A;  1P6C A;  2W61 A;  3AU6 A;  2Z0I A;  3AMK A;  2ABB A;  4EXQ A;  2PC4 A;  4AD4 A;  3VGG A;  4JKK A;  3MW7 A;  4R7O A;  4H9Y A;  4FMV A;  1KC7 A;  2G4F A;  3GFZ A;  1KBB A;  3EDF A;  1OFR A;  4J27 A;  4P61 A;  3W2L A;  2HVM A;  1OG0 A;  1KXH A;  3KBM A;  4FOK A;  4RE4 A;  5HBF A;  4RXG A;  5BMX A;  1TTI A;  4BQ4 A;  4GE8 A;  1DJQ A;  3O0K A;  2BGQ A;  3W9Z A;  3CZJ A;  8CGT A;  1K03 A;  1IEQ A;  3OU8 A;  4GY7 A;  2E4T A;  2EKG A;  2JF6 A;  1I4N A;  1RQH A;  4B9Z A;  3EWW A;  3CB3 A;  2YCI X;  3A24 A;  1EGM A;  3BJT A;  3KLK A;  3UF9 A;  1Q6L A;  1X6L A;  1XL9 A;  3KWX A;  2YFN A;  3GXF A;  4GG9 A;  3O6Y X;  4WEV X;  3B97 A;  4PEK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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