3S0CA

Transaldolase wt of thermoplasma acidophilum
Total Genus 81

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
MKIFLDTANIDEIRTGVNWGIVDGVTTNPTLISKEAVNGKKYGDIIREILKIVDGPVSVEVVSTKYEGMVEEARKIHGLGDNAVVKIPMTEDGLRAIKTLSSEHINTNCTLVFNPIQALLAAKAGVTYVSPFVGRLDDIGEDGMQIIDMIRTIFNNYIIKTQILVASIRNPIHVLRSAVIGADVVTVPFNVLKSLMKHPKTDEGLAKFLEDWKKVSPD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (2-6)S7 (162-165)EMPTYS2 (24-26)S3 (57-60)S8 (184-187)TI'1 (37-40)AH3 (42-52)TI1 (80-83)S5 (107-112)AH4 (66-79)S4 (83-88)O1 (88-90)AH5 (91-103)AH6 (115-124)TVIII1 (126-129)S6 (128-131)AH7 (133-139)AH8 (143-157)AH9 (171-180)AH2 (29-36)AH11 (199-215)AH1 (10-19)AH10 (189-195)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Thermoplasma acidophilum
publication title Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable transaldolase
total genus 81
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date 2011-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00923 TAL_FSA Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3s0cA00
4WXYA 2DJLA 3N34A 1H61A 4CCDA 2HSAA 2VFDA 3RFAA 3UXDA 4FEZA 3MYPA 4O18A 3NR0A 4ORIA 1QR7A 4X9SA 3PUEA 3C2VA 3INPA 1FUYA 1JVNA 4NUWA 5LNVA 3LV5A 4GUHA 3GDKA 3NQ8A 2Y63A 3W83A 2OCZA 2W0UA 5I3KA 3GVGA 3TV8A 4YCOA 3QMTA 3TUUA 5I3FA 2I1OA 3T78A 4JIPA 1QFEA 3W7DA 2ATSA 5IM51 1ME9A 2O7SA 2V2CA 1W37A 3P61A 2AQWA 4GUJA 1SO4A 2WO5A 1SFJA 4O12A 5HUPA 1SSDA 3T55A 3LBCA 1H1YA 3NQ2A 4I7VA 3EWBX 4MKNA 5CZJA 4E0CA 1EP1A 2E77A 3QF0A 4RXFA 5HWMA 4N9DA 4QAIA 5HR6A 1NSJA 2QCNA 3LX9A 1W1ZA 5DCDA 3ZFHA 5LNWA 2A6LA 2X1UA 4WOZA 2FQIA 4LS2A 2WNQA 1F5ZA 7TIMA 3G1YA 1KTNA 2RHGA 4HNTA 3VCRA 5KINA 2YX0A 4DF1A 1BWKA 1OFOA 1TV5A 1AL8A 1PV8A 2OT0A 4EVZA 3E49A 3LBMA 3DFPA 4W9TA 3W1PA 1XBZA 4JYEA 3OIXA 1ZJIA 1CW2A 4LS0A 1TQJA 2YFNA 2QCGA 1ZAHA 2ZA1A 3W1AA 5LKYA 1FDZA 3EX4A 1RR2A 1G7VA 4AEOA 3ANYA 4XKYB 2VFGA 4IPJA 4O0ZA 3O6DA 3LI0A 3L67A 2YPIA 5D2WA 5HINA 4O52A 4GE8A 2C6QA 1OJXA 3K30A 4E2DA 1JR1A 4JDBA 4U28A 1LOQA 3DU0A 5K7JA 3NPUA 1F73A 1KA9F 2PRHA 2E68A 4UNKA 4NX5A 3W76A 4NT0A 3PULA 4HSNA 1KV5A 4UTHA 4NNAA 1LBMA 3W1RA 2Y62A 3LHTA 4LV4A 5FF4A 1G6CA 1I4NA 3ZR4A 1ALDA 1F6KA 3E02A 1PVNA 3GDLA 2NXGA 1RVGA 4HHPA 3M16A 3W2NA 2DZTA 4ZQNA 2FFCA 4O13A 3VE9A 4BFAA 1GQNA 1GVSA 2E6FA 4S2CA 2H3DA 2ZZ5A 5G2IA 1X1ZA 4IX2A 4JTTA 4Y9AA 4RLIA 2CWNA 1FXQA 3IGXA 4GC4A 4HIBA 1JQXA 1W5MA 3G1SA 3WJSA 2G5WA 4IJBA 2D73A 3ZWTA 2ZRUA 2GQAA 5CZ0A 4E38A 5AC7A 1I8JA 1OF8A 1W56A 2QDGA 2B7QA 1QPNA 4OBTA 1C8VA 2HS6A 4O4VA 4Q33A 4OT7A 2YR1A 4JTFA 3FIGA 1YDVA 1UUOA 4O28A 2A6NA 3W74A 1R2SA 1NF7A 3G1VA 4WX2A 2CLLA 4NVTA 2ZTJA 2XN1A 1EIXA 1F7BA 1PE1A 3S6DA 4PFMA 3T40A 3CHVA 1H7XA 1S5VA 1G4SA 2DZVA 3HIJA 3VI2A 4QNWA 2X1SA 4JTEA 3W7JA 3NA8A 4IPIA 3BGJA 4LTSA 1TREA 4WOQA 3UY8A 4OV9A 1LYXA 1WBHA 1J4EA 4AWSA 1KFCA 4KWVA 4UTMA 2HTMA 2V9DA 3B4UA 5F1VA 4MY1A 3FEMA 2Y88A 1JRBA 4O54A 5CSRA 3HMJG 2A21A 2Y61A 3B0PA 2E09A 2ZZ7A 2J9YA 4WJEA 5D2VA 2Y7DA 5DXYA 3S42A 3LOTA 3B0UX 3SI9A 5KMYA 5AB3A 3E12A 4RZ6A 1QWGA 5HMSA 1KBJA 1QO5A 4MOZA 5DCBA 3WJZA 4BI5A 3EKZA 3C3NA 3CPRA 5E93A 5DELA 3TW7A 4RV8A 2PC4A 1IIGA 4OWGA 4PL2A 3O16A 3G0UA 2BSLA 2CLOA 2H8XA 4KFOA 3LCHA 1DJNA 4ZQCA 1RZMA 4TMCA 2R14A 4Y90A 4UTJA 1QDSA 2B7NA 1SSGA 4RR4A 1BKSA 3L5AA 4GUFA 3LHVA 1IXNA 4LVBA 1QPRA 1W3IA 3STFA 4YMZA 3W73A 5BOOA 4O0KA 1B3OA 1GTHA 3DHFA 3MW7A 1XDMA 4TIMA 3LERA 1OABA 2YXGA 1G67A 1SPQA 1U5JA 4QIUA 1JCMP 1P5BA 4IMGA 2OJPA 1DVJA 4A3UA 3OEXA 1VYSX 2BTMA 2A5HA 3KVMA 3FYOA 1KM5A 4NQ1A 3RK8A 3G0SA 3ABRA 4M7TA 5G1YA 4A22A 2JGQA 4MLRA 2V8ZA 1EWEA 4RZ5A 3S1XA 4IMEA 2CZ5A 1LOLA 4H6KA 1T99A 1TMHA 4N9EA 1X1OA 2G95A 1WAUA 3LCLA 1JQVA 5EA9A 3TC7A 3KXQA 4MY9A 3IIPA 2G96A 4NJJA 2EKCA 4K38A 3P74A 3KVKA 4RJEA 3EWWA 1IXQA 3G3MA 4RKAA 3W1MA 1GEQA 5U4NA 3QYQA 1ONRA 4CQAA 2E5CA 3PSVA 4LU0A 2C13A 1XL9A 3LXAA 1MEHA 1PHWA 3VFLA 4JICA 2ZRYA 3PC0A 3Q58A 4IQLA 5G1TA 1W5PA 2C16A 4GFSA 4UFJA 5CPOA 4UIOA 1JJKA 3F03K 1K7FA 3CB8A 3P7YA 3G1AA 3MI2A 4X3ZA 3DKLA 3N9SA 2ALDA 1FWSA 4JTUA 2VFEA 4JN6A 2OT1A 3C2FA 2RFGA 4AF0A 1HO1A 1G69A 3W23A 4K8EA 5DXXA 4LVDA 1HFBA 4JR5A 4ZQOA 4JNMA 2V5LA 3W22A 2ATMA 3USBA 1P4CA 1ADOA 1EUNA 1H50A 4Z1CA 1TPVA 1LORA 4ALDA 3NL6A 2VFIA 1WQ5A 4EOUA 1TQXA 4AMAA 4N4QA 3S5YA 3T4CA 5KZMA 1KFBA 3IEBA 5D32A 5F4WA 4E2BA 3ZS4A 4UMCA 2EHHA 1VR6A 3PUDA 3QW4B 5L9FA 5LNRA 3WK3A 2ABAA 3JRKA 4BK9A 3B05A 5D02A 4CQ8A 3SGZA 4WD0A 3ABSA 4EF8A 2Z6JA 2NX9A 3KRZA 2ZBTA 3SR7A 1ZHAA 3PBUA 1GJPA 5IBXC 4TO8A 4N02A 2DJXA 3NNTA 3HPSA 4LC8A 5U7SA 1VLWA 3IGUA 1TPC1 2BZNA 1LBLA 2TYSA 5G2HA 3S1VA 2VC6A 3LCXA 5D05A 2V82A 5CG7A 2JBMA 3Q37A 1H5YA 1TSIA 4UFMA 3NQDA 5K9XA 5DY3A 1LBFA 3QJAA 3RLUA 1XI3A 4NZJA 2EPHA 4MFDA 4QITA 5K2ZA 3MP4A 4BWLA 4O1DA 2P10A 1C9DA 1G7UA 3BG9A 4DPQA 5D09A 3N2XA 1Q45A 3NQMA 4AXKA 3HQ1A 3QQ0A 2GJNA 3B04A 1OX4A 1SO5A 3PSWA 4UCGA 4XQ6A 1ML1A 3R5EA 1OFEA 3R12A 2YSWA 3I65A 3HB9A 3P60A 5HJLA 2FLIA 1FY6A 4ICNA 2ZRVA 5K3VA 3QW3A 3DKJA 2C1HA 3PVFA 1KFEA 4UTLA 5D2XA 3U2OA 5D03A 3BG5A 1Z44A 3OVRA 4QM1A 3UYCA 5I3IA 3TQKA 2NXHA 4Z0SA 3TFCA 3IVUA 3W7LA 4JEQA 1B4KA 4S1FA 3TSBA 4UTKA 4NJHA 1KM2A 3TQ0A 2WSRA 3SFKA 2NX1A 2CLIA 3UWUA 4YWIA 3R2GA 4DF2A 5AN7A 2BX7A 5HQEA 2NV2A 3NQVA 1H7WA 2I14A 5CKSA 5D30A 3UXAA 5HWNA 3TSMA 4O8RA 1XUUA 2CZFA 3DFNA 4DPPA 1P0KA 2QKFA 2X16A 4GUIA 1OX5A 2QAPA 2Y7FA 4MVAA 3TU9A 3TXVA 3IIVA 1DORA 3QC3A 1SR9A 1MEWA 1VYRA 3PB0A 3L5LA 3F4NA 2ZTKA 3FS2A 4R7JA 4K7YA 2NLIA 4AWTA 3CT7A 2C0AA 4LS1A 2C14A 1P1XA 1ZALA 3W70A 3W2UA 4ZMGA 2VEIA 1XFBA 1LRQA 4OU1A 1MSSA 1IXPA 1Y0EA 4XWUA 3W7EA 5LHFA 3PF3A 3OVQA 3B06A 1GWJA 2FPVA 3U8GA 4JY9A 4L4MA 4WXZA 3TE9A 1SW3A 4XUGA 1WA3A 4TMBA 1W0MA 1GTEA 2TSYA 5I3GA 1NFBA 3UPBA 5D04C 1FDJA 2QUVA 2CLFA 4LRSA 4CCCA 1W5QA 4AHQA 5D33A 2V2HA 1PS9A 3GAYA 5A8GA 2AAMA 4NXSA 2FJKA 3BK0A 1Q3NA 4PA8A 1AK5A 4UFKA 4IMFA 2V81A 4NJGA 4N6EA 1VHCA 2CLKA 4HNVA 3FKKA 1AW2A 4UFHA 5HUOA 2QAFA 1W5OA 2Q3RA 3B0VC 2X30A 1OF6A 2DP3A 4WY0B 1RV8A 3QMSA 3NAVA 3QM3A 4HKPA 3W7PA 4A29A 5G2WA 3GXNA 1M5WA 3A5FA 1F76A 3UQNA 3HF3A 1H7OA 3H55A 5LZLA 3EKLA 5AHLA 1GVOA 3B8DA 4M6QA 1OVDA 3MWAA 2RDTA 3G1HA 2ZFAA 2EAWA 1N55A 3IIXA 3TSDA 4J9JA 4WY0F 4K6AA 2PCQA 3RLVA 4UNLA 4IMCA 3BW3A 2ISVA 3ABOA 1XC4A 3GIYA 2ZZ3A 4JYFA 4Y8FA 4BR1A 1M7PA 2ZRXA 2QR6A 4O10A 3HO8A 4AWUA 3TMLA 2VELA 3EWYA 1EWDA 3NQGA 4UMAA 3LCWA 1P0NA 3BLIA 3CWNA 4FNPA 2CZEA 5I3HA 2QCDA 3NZ1A 4PODA 2EF9A 1HUVA 4D2JA 1QOPA 1M7OA 3LI1A 4O1AA 3DH7A 3M9YA 4I9AA 3CWOX 5DBUA 4WZHA 2B0MA 2CLEA 3P5ZA 3EX2A 2QUUA 1AMKA 1I2PA 1JCYA 3HPZA 5FF7A 1OFPA 1OK4A 3W7IA 5F2MA 1VRDA 2Y7GA 3MMTA 3I68A 3OHIA 4ML9A 2R8WA 1GYNA 3L21A 4MYAA 3CU2A 3NDOA 1RQHA 4GUGA 4ADUA 5C2XA 3C6CA 4LUIA 4UTIA 2JKPA 4DQWA 4RX0A 5L6UA 3GZ3A 3M5VA 4FNQA 3IIZA 3HOJA 2NUXA 3NO5A 3QEZA 1R30A 2XFWA 1F74A 3NL2A 3OA3A 4LT9A 5C54A 1F6PA 4LVGA 3RF9A 1O5XA 2YZRA 4DO5A 1ICQA 4PTNA 3Q94A 4UR7A 4JX6A 3P5YA 1VCFA 3LHWA 3GB6A 4A2RA 4FO4A 2F7FA 3N9RA 3WJYA 4CCEA 2DORA 1EP2A 4LNYA 5DY2A 1GVQA 1VH7A 1WOAA 2V0TA 4YCPA 1VZWA 4DEFA 2O7QA 3DFOA 3H54A 4POCA 1IIHA 3PBVA 4Z1DA 2YW4A 1PIIA 4Y96A 4JTHA 1HTIA 4X22A 5F1UA 2P1FA 3TKFA 3TAKA 5FEPA 1RPXA 4MLJA 1VC4A 3DI1A 1MXSA 4O16A 1J2WA 3I6RA 1SQ7A 3N14A 3L65A 3KOFA 3PR2A 4OE7A 4UR8A 1FDYA 4KWWA 3AO0A 1TPDA 4GJ1A 3R8RA 5EMUA 5FF0A 3NPVA 3GR8A 6ALDA 1PHQA 3BVJA 3LV6A 3NGJA 4K7VA 3UWYA 4C1KA 3M41A 4AF0B 5LSMA 5AFDA 2W6RA 4WUIA 4FIRA 1TPH1 5T26A 5TBOA 3ABQA 4EIVA 2H6RA 3L66A 3MI6A 2DZSA 3FLUA 6TIMA 3M43A 1TJPA 3IVTA 2ZZ1A 3S8HA 1XBYA 3HGRA 1UUMA 3PS7A 4PEKA 3GNNA 3EXSA 5GVJA 2X2GA 3QSTA 3IIOA 2FTPA 2VENA 3O06A 2W79A 1NVMA 1OFDA 4AHOA 2CFFA 1AW5A 3C52A 2ZZ4A 3HBLA 1TB3A 3EX6A 3P82A 4IX0A 1JCNA 1LLZA 3VNDA 3MP3A 3I7QA 3FJLA 1L6SA 5AC6A 3G22A 3O05A 1YPIA 1FWWA 2NUYA 1K7EA 4O14A 2QCEA 3QPZA 1O4UA 2GVJA 2WSQA 3NL3A 3W85A 4JTGA 1YTKA 3TROA 3KVLA 3EXTA 5EY5A 2E6YA 2J88A 3W7MA 4CNOA 3MHFA 1Q6LA 1TRDA 3NM3A 3TK7A 4TX9A 5KSWA 4N9CA 1FWRA 4M5PA 4FNTA 4RXGA 3GXTA 1ME8A 3TNOA 1L6WA 4MPQA 5BRBA 4U4MA 2HMCA 3LHUA 3E96A 3W87A 1UASA 2BLEA 4A21A 5H2ZA 2QCLA 1S3HA 1OX4B 4ZL1A 1Z48A 4FNRA 1I45A 1TRIA 4LVFA 2GUUA 4MJZA 3M7WA 3W7GA 3PY2A 4FX8A 1YLVA 3KX6A 5C5YA 1UCWA 4ZVJA 3QH2A 1LROA 4L4LA 4B5NA 1JCJA 3BLFA 2GQ8A 3O07A 2WSYA 3NPWA 2OMAA 2J27A 2KZHA 3DFTA 4NXKA 3CEUA 2GOUA 3LXCA 1LLWA 1KBIA 3A21A 1KM1A 1K02A 3PWAA 2EGZA 1YXDA 3G3DA 4HSOA 3DAQA 3E9AA 1BTMA 4MJMA 3GKFA 2FB2A 3G1DA 3SZ8A 3PG8A 4QJ1A 2WNZA 3MUXA 1TV8A 1K8XA 4O50A 5CZSA 1W3TA 4NZFA 1BWLA 3LLDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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