3S1U | Genus

Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	218
structure length	218
Chain Sequence	MKIFLDTANIDEIRTGVNWGIVDGVTTNPTLISKEAVNGKKYGDIIREILKIVDGPVSVEVVSTKYEGMVEEARKIHGLGDNAVVKIPMTEDGLRAIKTLSSEHINTNCTLVFNPIQALLAAKAGVTYVSPFVGRLDDIGEDGMQIIDMIRTIFNNYIIKTQILVASIRNPIHVLRSAVIGADVVTVPFNVLKSLMKHPKTDEGLAKFLEDWKKVSPD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__746526021166789__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__746526021166789__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3S1U/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__746526021166789__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"746526021166789","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3S1U/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__746526021166789__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d02beee2c9f24e361ddaa39/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d02beee2c9f24e361ddaa39/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d02beee2c9f24e361ddaa39/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d02beee2c9f24e361ddaa39/pdb.gz): 530 ms

reading 218 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

218 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:217});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Probable transaldolase
molecule tags	Transferase
source organism	Thermoplasma acidophilum
total genus	84
structure length	218
sequence length	218
chains with identical sequence	B, C, D, E
ec nomenclature	ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date	2011-05-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00923	TAL_FSA	Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3s1uA00

5HULA 3OIXA 3GIYA 5F2LA 4O1DA 2QCFA 1JULA 1OX5A 3CC1A 1W5MA 3MUXA 1IF2A 3G24A 1LLWA 4WOZA 1SZEA 2CZEA 2QCDB 3CIWA 4WY0A 5EYWA 3W1LA 1G4PA 1VRDA 3HGOA 2DZPA 4FEZA 3BO9A 1W54A 3FIGA 4MFDA 3BLFA 3AJXA 1OFQA 3EX4A 2GVLA 3LI0A 3NQAA 5HWMA 2ZRWA 3O15A 4XKYA 2FPYA 3W07A 4ZL1A 1MEWA 4IMGA 4RKAA 2EF9A 4AHOA 1F6KA 4O13A 3KVLA 5AHFA 4ADUA 5CPLA 4Q4KA 1GTHA 4QSHA 2DZXA 4LTSA 4DBEA 2X1UA 2RFGA 4HPJA 2VENA 4XBKA 3HQ1A 4IMEA 4K36A 2EKCA 4LV9A 1FWRA 1K7FA 4JD4A 1KV8A 3CEPA 1RQHA 2QCGA 4K7VA 3TJXA 2ZCGA 2J27A 4I7VA 2ZA2A 3VE7A 3M9YA 4LVDA 5SWUA 3OVPA 2VEMA 3GK0A 4DO4A 1TV5A 2HTMA 4HNVA 3RLVA 2J9XA 5DXXA 1XBXA 1ZALA 5A5WA 2V8ZA 2H6RA 4N9CA 3Q94A 5AC7A 1UB3A 1EPXA 1GPWA 5L9FA 2CZFA 3NOEA 3L66A 5C55A 1EP1A 3NQGA 1TYGA 3TCEA 1OG0A 3UPBA 1H62A 1FDZA 3NZ1A 1F73A 3QW4B 3VI2A 3PSVA 4H6KA 5AHNA 2V5LA 1IIHA 5AYYA 3TNOA 4HIBA 4TIMA 2JKEA 1O5XA 4A2RA 1GWJA 4NZJA 3E02A 1U5JA 3FEMA 2AQWA 2OCZA 3GKAA 1JUEA 2HSAA 2CW6A 2VFFA 5I3FA 3A24A 3KVJA 4LUIA 3FKKA 4NJIA 4K6AA 4NJJA 1UASA 1KTCA 1A5BA 4RK8A 4RX0A 3STCA 3GXTA 3L0GA 3N19B 1LBLA 4GUGA 5KZMA 3CU2A 4YXGA 1KM3A 3GX9A 3GDKA 1GT8A 4WD0A 2FB2A 3M6YA 3LCFA 3P8IA 4LW7A 3S5ZA 1F2JA 2DU2A 2Q3RA 1FCQA 2BWGA 2EPHA 2V0TA 4WY0B 1VS1A 3DKLA 2Z6IA 2C0AA 1SFLA 3W1XA 4DBDA 2EHHA 3TC7A 3W2JA 3O8AA 5HNRA 8TIMA 5D2TA 5EA9A 2OZ0A 4C1LA 4ZQMA 1PIIA 4PH6A 2NUWA 3P84A 5IBXA 3DFSA 5F4SA 3TSBA 3CLMA 3NQ2A 2JGQA 4L4LA 3W7JA 1Q45A 2I9EA 4MIMA 1W1ZA 2ZA3A 1I2NA 3JR2A 3L0NA 3R5EA 1SO4A 3HG3A 1EWDA 4N6EA 4LU0A 3QSTA 4CQ9A 1W31A 4KFNA 1KV5A 2Y88A 1Q6RA 1MEIA 3ZR4A 4M6PA 2RDUA 3PUEA 3SJ3A 4MFEA 5LSMA 2Y61A 1F6PA 5K9XA 3TXVA 3KX6A 4O11A 3PY2A 3A23A 3C2VA 4O4WA 2A4AA 4UMAA 3A5VA 1NEYA 4ZQCA 3WJWA 1F74A 3M44A 4R7JA 3OBKA 6ALDA 4AWUA 4QQ3A 3S5YA 1N55A 3QFEA 4MLJA 4BWLA 3TXZA 3R12A 3R8RA 2A7PA 5CSRA 4IUOA 4KFOA 3P7YA 1Z44A 2VKZG 1JRCA 3P80A 4IMCA 2BX7A 4UFJA 5D2YA 3WJYA 1RQBA 4KWWA 3IIOA 4M7SA 4PL1A 3PBYA 3THAA 1QCWA 2VFGA 4GNJA 3Q58A 4IMFA 1W8SA 3S5NA 4JYFA 1GZGA 3B0UX 4NJKA 3G8EA 3HPZA 4QIUA 3W87A 1TB3A 3W7DA 4O53A 4MZ1A 4IGHA 3W7RA 4I9AA 1SW3A 3TX9A 2G95A 3NQMA 1XDLA 1I2QA 3W7CA 4GXMA 4IXXA 2X30A 3W1QA 4WZHA 4CNNA 3C3NA 4GC4A 4LS1A 2A0NA 5F1VA 1WA3A 3ABOA 3NAVA 2Z1BA 1QPQA 5ABTA 1ZAIA 1F5ZA 1K3UA 4M6VA 3NXFA 3I7RA 3NL6A 2BSLA 4TU1A 3JRKA 1Q3NA 1K03A 5DLCA 1KM4A 4DF1A 3M47A 1EEPA 1YDVA 1XUUA 1M7PA 5I3HA 3MP3A 4JDBA 5A8GA 4YWIA 3I7QA 4NJGA 3IGUA 2RDWA 2DZVA 2C16A 4QJ1A 4X9SA 1LTDA 3EWWA 2KZHA 2CLKA 4FNRA 4O57A 1ONRA 4UTWA 4S2CA 2CLOA 5LHFA 4JTLA 4NXSA 4JNMA 3M5ZA 2YW4A 2FTPA 3W1MA 1GJPA 5LGXA 3W1RA 4LUJA 4O18A 5F2GA 4KKXA 2VC6A 1I45A 4UFMA 3T4CA 1GG1A 1D3HA 5KMYA 4AF0A 3K30A 3W1AA 2C15A 5CG7A 1WYIA 1DKWA 2Y6ZA 2ZRUA 3NVTA 3W7PA 3B0VC 3MJYA 4BI6A 4JYDA 1H7WA 4D2JA 3BW4A 1E51A 4GUIA 5G2IA 5FEWA 2OMAA 4MLRA 1LROA 5DCEA 2GPTA 4BI5A 2E6AA 4LVAA 3QC3A 1QR7A 4ICNA 3HMJG 3P60A 1SO3A 2WSYA 5EMUA 1GVRA 4EIVA 1OF6A 4RR4A 3W1UA 3W72A 3MMTA 2ZTJA 2CFFA 4JX6A 1QPNA 1LBMA 2ISWA 4O1CA 4HNNA 4E2DA 3DKJA 3NPWA 2Y63A 3DH7A 3MI3A 4M5PA 2W6RA 4CCEA 2P0OA 3W74A 4Y8FA 2CLMA 1N7KA 2YZRA 3NYZA 2B7NA 5D2VA 3CTLA 5KSWA 1AW1A 4MVAA 1H63A 2YR1A 4U28A 1QOPA 3NPUA 1YLVA 4NNBA 3FJ6A 2NUXA 4X3ZA 3PG8A 3OEXA 3M5YA 2NZLA 3QEZA 3QMRA 3GR8A 4I7UA 1O60A 2ZQ0A 2ZDRA 1H1YA 5G4WA 2C3ZA 5FEXA 2C6QA 1FY6A 1P0KA 2X2GA 4PEKA 2ZZ1A 4QISA 1TRIA 3WK1A 3M16A 3MHGA 5DELA 4LVFA 3LDVA 4GJ1A 4HNTA 7TIMA 1DBTA 4AH7A 1YTEA 5K4XA 2ATSA 3NM1A 2ABAA 1O5KA 3FFSA 3GXNA 3LHZA 3W7EA 1SSGA 1TTQA 2QCDA 1ICPA 3E12A 2ZRZA 4JTHA 3QYQA 3HGRA 2YGYA 1OX6A 1QMLA 3W88A 3TKFA 1LOQA 2YW3A 5DN1A 3TFCA 1SZNA 3BW3A 4OQVA 5IBXC 1S3HA 2GQ8A 1K02A 3NPXA 5GVJA 4UMCA 1M7OA 5H91A 2WSRA 2WPBA 3PC0A 5G1TA 1EB3A 2ZRYA 3W70A 3WFAA 4A29A 2YX0A 2NWRA 2TSYA 3GYEA 3F4NA 2C14A 1SUXA 2QJIA 1VC4A 4FNUA 3PVFA 3NL3A 2ZA1A 3LI1A 4CLMA 3DI0A 3S8HA 1C9DA 5AYZA 3H53A 5D09A 1QO5A 4CCCA 1VPXA 5EBUA 1PHQA 2FQIA 2RH9A 1QAPA 2JKAA 2QCLA 4HSOA 4JN6A 3EWBX 4L4MA 1K8ZA 4UTIA 3W7QA 1V7YA 3S0CA 4AVFA 1KM1A 4O1AA 2NXIA 3IEBA 2TYSA 2NWSA 1EWEA 2R91A 4RCXA 1HTIA 4UTUA 1ICQA 3N2MA 1R2RA 2CLLA 1EIXA 3O6YX 1W37A 5EY5A 4QNEA 3ZWTA 2JGYA 1JCYA 4JGDA 1DORA 3EB2A 3UQNA 1VH7A 4NXKA 3S6DA 3KRUA 4LS2A 2CLHA 4BI7A 3W22A 2DZSA 1ZY9A 3OG3A 5FF2A 3QJAA 4HPXA 5AHIA 1H7NA 2VXNA 4X22A 2VFEA 3CEUA 1GVOA 2BXVA 4A22A 5LNSA 3ZS4A 2BTMA 2G5WA 4EF8A 2V2HA 2A5HA 5DXYA 5EKYA 5I3JA 3W7NA 4GWEA 2V5BA 1Z48A 2ZFAA 3C2FA 3BW2A 1OYAA 3RLUA 5KTLA 1D3GA 3NA8A 2NLIA 4C1KA 1WOAA 3GXPA 1LORA 1WXJA 3EX3A 1AMKA 3FOKA 3LHVA 3NL5A 1FWNA 3DHDA 3O06A 3UY8A 4PTNA 4IMDA 3SGZA 1G7VA 2E68A 1B57A 1LRQA 1PS9A 1YTKA 3DXIA 1M6JA 1WX0A 1ME9A 4M7TA 1CI1A 2BZNA 4UTWC 4IX0A 1P4CA 3S9YA 3DFTA 3W7OA 4N4PA 1VGAA 3W7LA 3S5OA 5D04C 3FYOA 3B04A 5FF0A 1GQNA 4TO8A 1QNVA 4NVTA 3KFTA 4HSNA 4AB4A 4ADSA 3GR7A 1H7RA 1P5BA 2C19A 3IRDA 3PM6A 4AWSA 4FB7A 1H1ZA 2A7NA 3WJSA 3HGSA 4IPJA 3TU9A 4O12A 1FUYA 1TV8A 1FWWA 1WBHA 4E2BA 1RD5A 2F84A 1P1XA 3MBDA 2XN2A 1FDYA 4OBTA 5K9CA 1XDMA 1RVGA 1TPWA 2WV8A 3LGEA 3GVGA 2FPVA 1OF8A 4OT7A 3N9SA 4GUJA 3EXRA 1B9BA 1OVDA 2H8XA 1WQ5A 3SFKA 5D37A 4K37A 3NQVA 1GEQA 3MI6A 1SO6A 1RZMA 3MP4A 3ZFHA 1ZJIA 3D0CA 4JXCA 2FJKA 4MY8A 4G1KA 3W1PA 3SY5A 2QUTA 1YYAA 1Z41A 3B05A 1QPRA 3FLUA 4Z0SA 3T7VA 3RFAA 3I7SA 4WX2A 4TMBA 3L5AA 1L6SA 4QAIA 2V9DA 3W75A 3BLEA 2C13A 1R2SA 4PL2A 4N9EA 3G1SA 3M5XA 1JCNA 4UXDA 5LZLA 1OFOA 1Z42A 1O4UA 3HG5A 1SW0A 1FQ0A 2F7FA 5BNKA 3W2MA 2A6NA 2DJXA 2Z0IA 1JR1A 2PRMA 3C2OA 4HNUA 3SIZA 1Q6QA 5AC8A 2C18A 2A1YA 1XCFA 2YFNA 1PCWA 1BWLA 4UCGA 2C1HA 4DPQA 1NF7A 2WNZA 2P10A 4H3DA 3HOJA 3LRLA 3HJZA 1DJNA 3C56A 3TROA 3ZWSA 3L67A 5F4XA 1OK6A 3GNNA 3IGXA 1SR9A 2O7QA 3BG5A 1XI3A 3OHIA 3UWZA 3LX9A 1TCDA 1VQTA 1W3IA 4GUHA 4HKPA 5FF7A 3G3DA 3NO5A 1TPFA 2GUUA 2QCEA 2XFWA 4Z1CA 3RMJA 1HUVA 3QZEA 4POCA 3G1AA 3UWUA 2X1SA 1KFCA 3G1VA 2R8WA 5LNWA 3MW7A 3NQEA 4RJEA 1EP2A 4Z1DA 4JTKA 3RU6A 5AN7A 1WBJA 2AAMA 5CPOA 4MY9A 3QPZA 4MYXA 3STFA 5F4WA 3LCGA 1VCFA 6TIMA 1OX4A 2QF7A 2WNNA 3CHVA 1H61A 3WJXA 4JTEA 1G7UA 1D9EA 2NX9A 1RPXA 1VYSX 4LRSA 2CU0A 1JQVA 3UD6A 1TRDA 4A2SA 3QSRA 1LBFA 3G3MA 1A5SA 1TO3A 4DEFA 2IQTA 1QWGA 5TBOA 1QDSA 1ICSA 3B4UA 4UTTC 3BVJA 1J5TA 3ANYA 5CZTA 4QNWA 3H54A 3GDRA 2Y7EA 2Q3OA 3HGJA 1GVQA 3MHUA 1F7BA 5J5DA 4NNCA 3M0ZA 3TAOA 4LC8A 5D33A 3PB0A 1YADA 3BARA 3N3MA 1HL2A 1W3NA 3OA3A 3QPYA 3ABSA 4JTUA 1R47A 4O52A 2DZWA 3P5ZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1MW3 A;  4HCL A;  5MF5 A;  4DF0 A;  2YBV A;  1QNP A;  3SN0 A;  1R8L A;  4GK8 A;  1PAM A;  5I77 A;  4R85 A;  1R3T A;  4ZA0 A;  4EPK A;  4INF A;  1R3R A;  5A6B A;  5HJY A;  4RZ6 A;  1OFP A;  1VEP A;  4FX8 A;  2J7F A;  2BG5 A;  1B0I A;  4FLS A;  4MMW A;  3EDE A;  5CZK A;  4IQL A;  4OWG A;  1A5C A;  5DMN A;  1QNS A;  1XXX A;  4NX0 A;  4A8I A;  4HU0 A;  1D8C A;  1V0L A;  4W85 A;  4KIE A;  3JS3 A;  1FRB A;  2NUY A;  1CGT A;  1QK0 A;  2KX9 A;  2Z7G A;  4WKH A;  1KRB C;  3LPF A;  2V5K A;  1OEP A;  4CVW A;  3GVR A;  1E4N A;  4I7W A;  5C9R A;  3R1Z A;  3NQD A;  2O55 A;  3V1H A;  3I10 A;  4JTD A;  2ZID A;  3CAK A;  1PL9 A;  5AFD A;  3CIX A;  1UR9 A;  3R0K A;  5HNU A;  2CET A;  4ZQN A;  5H8P A;  2V82 A;  1W6T A;  2YL5 A;  3L21 A;  3UGR A;  1BRL A;  5MHB A;  4FHA A;  4PMV A;  3MUY 1;  1B3Y A;  3IJ7 A;  4DO6 A;  1J0J A;  2YL6 A;  3R89 A;  2NVA A;  3KBN A;  3DC0 A;  4RPQ A;  4NSB A;  1QPO A;  1ESW A;  3UA3 A;  3TN3 A;  2QDE A;  4OV4 A;  1I0D A;  2DOR A;  4P7L A;  4UZS A;  2Y85 A;  4CN4 A;  4UTT A;  4HN8 A;  3DEQ A;  1FA2 A;  4PUL A;  1V51 A;  4KER A;  2FHF A;  1EP3 A;  3SRD A;  1EYW A;  4J7R A;  3SY1 A;  1EZW A;  3LHW A;  2PWU A;  3VIF A;  3RU8 X;  4WUI A;  2BOE X;  5HAN A;  3W1T A;  3SSJ A;  4PMD A;  5LXE A;  4FK9 A;  4QIT A;  4JQ4 A;  3S42 A;  1IXP A;  4W93 A;  4W86 A;  2PLM A;  3TW6 A;  2QGH A;  1R85 A;  4H01 A;  3VGH A;  2VEK A;  1NOF A;  5TIM A;  1BSI A;  1KRC C;  2WZH A;  1VPQ A;  5HR7 A;  2ZZ4 A;  3UPM A;  4B5V A;  2Z00 A;  1Y7V A;  2XVP A;  4FF5 A;  4F0M A;  4QG9 A;  3G0X A;  1R9Z A;  3WQE A;  1TV7 A;  3CQH A;  2E6F A;  3EDJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3S1UA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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