3S1WA

Transaldolase variant lys86ala from thermoplasma acidophilum in complex with glycerol and citrate
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
223
structure length
223
Chain Sequence
MKIFLDTANIDEIRTGVNWGIVDGVTTNPTLISKEAVNGKKYGDIIREILKIVDGPVSVEVVSTKYEGMVEEARKIHGLGDNAVVAIPMTEDGLRAIKTLSSEHINTNCTLVFNPIQALLAAKAGVTYVSPFVGRLDDIGEDGMQIIDMIRTIFNNYIIKTQILVASIRNPIHVLRSAVIGADVVTVPFNVLKSLMKHPKTDEGLAKFLEDWKKVSPDGKLIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable transaldolase
molecule tags Transferase
source organism Thermoplasma acidophilum
total genus 85
structure length 223
sequence length 223
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date 2011-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00923 TAL_FSA Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3s1wA00
3O6YX 3LCIA 4OHQA 1M6JA 3QFEA 2TSYA 5H2ZA 3HJZA 4KWWA 3TU9A 3A21A 3IIZA 5F4XA 2PRHA 2E77A 1OJXA 1NEYA 2ZTKA 4WUIA 1XCFA 1HFBA 4JYDA 1KFKA 4ZQCA 3W1AA 2YFNA 5HULA 4UTIA 3C4UA 3W2KA 4NJHA 3B0VC 3M1ZA 1QNVA 1EB3A 5LNUA 3CLMA 4J9JA 3ATYA 4Y9AA 5K9CA 2E6YA 3VE9A 4XKYA 4A2RA 3L65A 1FX6A 1QCWA 4Y6GA 5SWUA 5LNRA 3M0ZA 3TR2A 4NUWA 3GX9A 3D0CA 5CZTA 4DQWA 3ZWSA 1ZFJA 2DZWA 3BLFA 1VCGA 2Z1BA 1GVQA 4DPPA 4UNLA 4LWWA 1ZENA 2Y7DA 3TJXA 3EWUA 1KFLA 3GDTA 4N6FA 1H7XA 4MZ1A 1H50A 2B0MA 4FNSA 3G18A 4WXYA 4O57A 1FCUA 3OEXA 2EAWA 1VRDA 2A6NA 2VFHA 5EMUA 3G1YA 2RDWA 1OYCA 2V0TA 3OVRA 1FXPA 4FB7A 2NUXA 1LZOA 1TQXA 3TFCA 3W1UA 3DZ1A 2E5BA 2RDTA 4NJJA 5LNSA 2JGQA 3N3MA 4H4IA 2ATMA 2DJLA 1R46A 3U6WA 4UFJA 1ICPA 4O10A 1R2TA 3UY8A 4A29A 3IV3A 5LSMA 4UCGA 1RD5A 4CLMA 5I3KA 4K38A 4JX5A 2YPIA 1EUNA 2V2CA 5CZJA 3FA5A 5GVJA 1GG0A 2WPBA 3CWOX 4IXXA 3W7PA 3NQFA 4OWGA 2FJKA 3CWNA 3LXCA 3WJYA 4K7VA 4JYEA 5AN7A 4LRTA 1JCNA 3T44A 1W31A 7TIMA 4JICA 3TQ0A 4N6EA 3SZ8A 1CI1A 4EOUA 3LDVA 1VYRA 4NX5A 3T40A 3HPSA 5CG7A 4WX2A 2GVGA 3M47A 2V2HA 3MBFA 1DBTA 2ISVA 1LP6A 4JYFA 2EHHA 3P74A 2CLHA 3NR0A 4UTMA 3HQ1A 1VYSX 3HG3A 2QCDB 3MP4A 1SW7A 3R12A 2TMDA 5E93A 1AMKA 2A6LA 2QCEA 4Z1CA 4HNUA 4DXVA 1W56A 3W2JA 1KFCA 3NQEA 3KVJA 2A7RA 4UFHA 1JR1A 2Z2UA 4MUZA 2ZZ7A 3T7VA 4LVAA 2NUYA 3C0JA 1IIGA 4L4MA 3PY2A 1X7FA 1EA0A 5BNKA 3G1AA 3H55A 2NUWA 3NL3A 3LLFA 4TMCA 3PSWA 1AW1A 2CLOA 3NQGA 1K8YA 3MW7A 2Y6ZA 2UV8G 3W2NA 2H8ZA 2E5DA 2WSRA 4R53A 3B05A 5D2YA 2ZRUA 4PA8A 2EF9A 3S5ZA 3UWQA 3M41A 1EP3A 2VFEA 1WX0A 3LCFA 3NQDA 4ZL1A 4UTTC 1ZALA 3ZFHA 3LOTA 1OFEA 5AB3A 2YCEA 3P80A 3TIMA 1QPRA 4BWLA 3TH6A 3N9SA 4MVAA 1FWTA 1EP2A 3BG9A 3LLDA 1TV5A 3QRHA 3EX3A 3NQAA 3TW6A 1QR7A 5K2ZA 2VEKA 3IVTA 2PCQA 2ATSA 2J27A 3Q2DA 4NXKA 2CZEA 3BLIA 4GUJA 4LV4A 2QCDA 5HUPA 2WSYA 1ZJIA 2DZTA 1W0MA 5C6MA 4U4MA 3IVUA 1W5MA 2C16A 3S8HA 3HG2A 4Z0JA 4K39A 1FDZA 3DFSA 4N02A 4LC6A 3NEVA 2GVJA 4TR9A 2TPSA 3W72A 1GPWA 4JD4A 1PV8A 5D09A 4Z1DA 1ZAHA 4GC4A 1QWGA 5U7SA 4UFIA 1KM5A 1FUYA 1VHCA 2VOMA 3N2MA 3G1FA 4R7JA 4MYXA 1TV7A 3RNDA 3HMJG 2C0AA 4CNOA 3M5XA 3U2OA 2CLFA 3W83A 5D37A 2QAPA 2ZDRA 5KZDA 1B3OA 1Z41A 3TE9A 4HN4A 3EXRA 3B03A 4OE7A 1AG1O 4BI7A 2NV1A 3G0UA 4C1KA 1KM1A 3G3DA 1KM3A 4MKNA 3G8EA 3C3NA 3G24A 1WOAA 1BKSA 3SR7A 3EWXA 3W84A 4NQ1A 1K03A 3BO9A 4KFPA 3UZ5A 2OT1A 3M9YA 1LTDA 4O53A 3W71A 3DI0A 5EA9A 4X22A 2V82A 1LBMA 3F1QA 4IWWA 4UC5A 4DBEA 4RX0A 4B5NA 4UTHA 5AFDA 2YW4A 1TSIA 1YYAA 4UMBA 5G1YA 3LI1A 5FF0A 2J9YA 4I7VA 3L67A 1DL3A 1SSGA 1LBLA 3DBPA 4MIMA 1OG0A 2V2DA 1ONRA 4YL2A 5FF4A 1Z42A 2Y7EA 1PVNA 3S1UA 3PUEA 3T4CA 3QZEA 2FTPA 3QPYA 4PH6A 3M44A 5E1QA 3DHFA 4ZVJA 1D3HA 3IGXA 1VGAA 1P0KA 3BGGA 3QC3A 5LGXA 4UFKA 4WY0B 2NXGA 3EX1A 1EPXA 2NV2A 3NL5A 3LHYA 3HG5A 4JTTA 1TJRA 2PRMA 3NGJA 3GKAA 3OG3A 2ZZ6A 1K7XA 3E12A 3FOKA 4JNMA 1YDVA 3TW7A 1H60A 2DJXA 5LHFA 1HO1A 3HPXA 1UB3A 4TMBA 2VEMA 5DLCA 2R8WA 1QOQA 3UY7A 1VZWA 3UWVA 1OFQA 1SFJA 4JR5A 4JN6A 1ICQA 1YTEA 4ZQPA 5D38A 4UTLA 3L5MA 1KFEA 1A5AA 5AYZA 2A4AA 1LORA 2ZYFA 3IIVA 1SU5A 3C52A 5BOOA 3L0KA 3LHWA 5D04C 2D73A 1GYNA 3C2RA 1XBZA 2ZRYA 4LT9A 1GG1A 1JQXA 3W87A 2E6DA 1QPOA 4MY8A 3LCHA 3W70A 2PRLA 3QSTA 5EBUA 5LHEA 3KHJA 1I2QA 4XBKA 2QF7A 5AYYA 4BFAA 1X6UA 1TPUA 3PBUA 2A1YA 3BG5A 4JIPA 4Y96A 3SECA 4HNNA 4ALDA 4BF9A 4A3UA 4HNVA 3NYZA 4PFMA 1C9DA 3W7KA 3QMTA 1L6WA 4LS1A 2QCMA 1RR2A 3CT7A 1GZGA 3MI3A 3TSDA 4WY0A 1W37A 1IIHA 4IOTA 2CLEA 4FX6M 3PG8A 4IJBA 4FEZA 2GQ9A 2X2GA 3LV6A 4MOZA 3NNTA 4IX0A 1CX9A 3PM6A 4MJZA 2FPYA 2V9DA 3FJ6A 3W7LA 1WA3A 3W7NA 4XWUA 1JCMP 3HOJA 5AHLA 5FEXA 4KKXA 2QR6A 1XDLA 2OZ0A 2QJIA 4S1FA 3W9ZA 4O16A 4QNEA 5F2GA 1G67A 3H54A 1H61A 2QJGA 3FKRA 2BLEA 2A0NA 3AO0A 1KV8A 3MP3A 3O63A 3UWUA 4P61A 1OFPA 2DP3A 1QO5A 3STGA 1PHWA 3A5FA 3KVMA 3M7WA 3GB6A 1QMLA 4OBTA 1DJNA 4S2BA 3GDRA 5CPNA 6TIMA 4K8EA 3BV4A 3HGOA 4IQLA 3NZ1A 3NO5A 2DORA 4IMDA 1F74A 1OK4A 2NLIA 1D9EA 2YZRA 1VLIA 5EPDA 3T55A 1OK6A 4AAJA 3LM7A 1EP1A 1DOSA 2Q3RA 6ALDA 5F2IA 4JTEA 4A22A 1M5WA 2P10A 3STCA 1L2UA 4H6KA 3TNOA 5BW6A 1Z48A 1O94A 2QEZA 5TIMA 3TXZA 1FBAA 4KWVA 4AB4A 2C18A 4DO6A 3CPRA 1FWWA 5G4WA 3HB9A 1NAL1 5H91A 2RHGA 3IGSA 2Q3OA 2ZA2A 3R5EA 1Q45A 2CZDA 4I7WA 3EWBX 4K36A 2FPTA 1OHLA 3QQ1A 4HSOA 1G69A 2A5HA 5F1VA 1BEUA 2WKJA 3I6RA 4N9DA 3SI9A 3STFA 1C29A 2X1UA 4M7TA 4JTKA 2B4GA 1WXJA 2Y89A 1L9WA 3LRLA 4X3ZA 4O4VA 1TRDA 1MEIA 3KXQA 4RZ4A 4BI6A 3L5LA 4Q4KA 2DZVA 4JDYA 2FDSA 1KTCA 4KFNA 1QOPA 3ZWTA 4ADUA 4QQ3A 4DELA 1FCVA 1XXXA 3WK2A 1TPB1 1F6PA 5L9FA 4E38A 4UTUA 3EB2A 1OX6A 4M7SA 4GE8A 1VS1A 5K9XA 2CLLA 4AF0B 2ABBA 1OX4B 3LCWA 2QUVA 4MPQA 1GOXA 3DAQA 1QAPA 4N2YA 3W7HA 1MSSA 3PR2A 3PVFA 3LHUA 4IMCA 1G4TA 1VLWA 3O06A 4HSNA 3LRKA 4AHPA 3AJXA 2I14A 3N2XA 4X2RA 1W3TA 3CEUA 4UNKA 3GNDA 4JDBA 4K7YA 1B57A 3W1QA 1SO6A 1WOBA 4BR1A 5IBXA 5K3VA 1GTEA 1ZCOA 3W7RA 4WY0F 1GT8A 1SZFA 3O15A 1H63A 3NOEA 1L6YA 2FLIA 5D05A 5HINA 3NQ6A 2WNNA 1SSDA 3M16A 2NX1A 1DKWA 4U28A 2Y61A 5D30A 1XM3A 3P5ZA 1CW2A 3MMTA 3PB2A 1L6SA 4MZYA 3W22A 1LRTA 5HWMA 2NX3A 3LERA 1QO2A 3A5VA 3R8RA 4YCPA 4GUFA 3HBLA 1TTJA 3YPIA 1YADA 3GKFA 3PSVA 4Z0SA 3F03K 5FF2A 2X16A 2FB3A 2EKCA 2WV8A 3SGUA 3KOFA 4Y90A 5CPOA 1H7WA 1OVDA 1SZEA 3A23A 3VNDA 3PULA 4WD0A 4UMCA 2QJHA 3RFAA 4NZJA 1QDSA 3CHVA 1GVFA 1K7FA 2RH9A 3TK7A 4AVFA 1A5BA 3L5AA 4WOQA 4AF0A 2O7SA 1IXNA 1GVOA 1OX4A 5F4WA 5HMSA 1F73A 1P5BA 1AL7A 2ZRXA 1PE1A 3TCEA 3W75A 1MEHA 3W1XA 5TQLA 3EXTA 1OX5A 4JTUA 1U5JA 1RQBA 2A7NA 3I7QA 1VCVA 2VELA 5D03A 3W7OA 5G2WA 1LOLA 4GUIA 4O28A 1K8XA 3P84A 5MHBA 5CSRA 5AC6A 1D3GA 3W7JA 2H8XA 2BX7A 3DFQA 3TQVA 4GXMA 1A53A 2WOQA 3B04A 3DGRA 4FNUA 4NXSA 1LOSA 3G1XA 5G4EA 4Z08A 4JTJA 3OHIA 3UYCA 4I7UA 2CLIA 4NJGA 1X1OA 2CW6A 4OU1A 4LTSA 2V81A 3SSJA 1DORA 1SW3A 3NVTA 1XFBA 3LHZA 4MFDA 1XL9A 1IGSA 3LB0A 3NPVA 3UPBA 4A2SA 4LUIA 1YLVA 4HNTA 1S5WA 5CPLA 3UQNA 3CB8A 5EL1A 3DENA 1KFJA 4NU7A 2F7FA 2W6RA 1LCOA 1QPNA 3W7QA 4D2JA 3N73A 2ALDA 4NNCA 3L0NA 5F2MA 4LU0A 1AL8A 1NSJA 3FYPA 2ZRZA 3LV5A 1J2WA 1PS9A 3B8DA 4FNRA 3TJLA 1C8VA 3QJAA 1WAUA 3QQ0A 2AAMA 3UWWA 3CIWA 2G95A 3EKZA 3EX4A 5DY2A 1NF7A 3TAKA 5DELA 1SO3A 2GJLA 3P82A 4AEOA 1R2SA 5IM51 4UTWA 3MI6A 3DKLA 5CKSA 3S1WA 1KTNA 1W5OA 1EWDA 5I3GA 1GJPA 4LS0A 3W6YA 2AQWA 3W1TA 4ZQOA 1FWNA 1E51A 3RLUA 4M19A 3QW4B 5E0KA 1UUOA 2NWRA 3ABRA 2GPTA 2J9XA 3M43A 5G1TA 1O5XA 4JGDA 1W54A 3NDOA 2FFCA 4AWTA 5U4NA 1LRNA 1LOQA 3W1LA 1P4CA 4X9SA 5A8GA 4DF1A 1KTBA 1RQHA 1GWJA 5I3JA 1FCQA 1KBJA 2ZZ4A 3VE7A 2YXGA 3TSMA 1FDJA 3W2LA 2VFIA 3JRKA 3GDLA 5F4SA 1ICSA 4JIQA 3LGEA 3S6DA 3UWYA 1EX5A 5A5WA 2C1HA 2RDUA 4ML9A 1R47A 3QW3A 3KVLA 2B7NA 2EGZA 5DCDA 4GNJA 5J5RA 1B4EA 2C15A 3P5YA 4QNWA 1TV8A 3L68A 5CSSA 4JX6A 5D2TA 3W88A 4HPXA 4MY1A 2QCCA 3O1NA 4MYAA 3TQKA 2I1OA 4ZMGA 1VCFA 2VENA 2X1SA 1QPQA 1PCWA 1SR9A 1VPXA 3GDKA 3I68A 3MWAA 3MO7A 3ABSA 1IXQA 3GDMA 2NX9A 4WOZA 1TTPA 1I2PA 4UTJA 4AMAA 3G1HA 1OABA 1JCXA 1JVNA 2YDAA 3TC7A 1OFAA 1HL2A 3R13A 1UCWA 3NQ7A 4O12A 1HUVA 2Z6JA 5FEPA 4K8HA 1JULA 3W73A 3HPZA 5D02A 4O17A 2YGYA 2QCGA 2GJNA 1KM0A 3MYPA 3BW3A 3EXSA 2ZQ0A 2QCNA 1PIIA 3NQVA 4RLIA 4QISA 3SGZA 5KSWA 4HKPA 5LNWA 3KRUA 1OFOA 3A9IA 4JX4A 4UUIA 3KX6A 3BARA 3JR2A 1TB3A 3G1SA 3GK0A 5AHMA 1SPQA 4GUHA 3GXTA 2C13A 1FXQA 3GYEA 5AHNA 3DU0A 2ZZ1A 3MHFA 1GQNA 4JTGA 1TCDA 5KINA 3B06A 2V8ZA 3O05A 3NG3A 2E1DA 3GNNA 2QKFA 3LXBA 1WDWA 2HMCA 4BK9A 2QUUA 4O14A 2C14A 1AW5A 3HG4A 1BWKA 1NVMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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