3S1XA

Transaldolase from thermoplasma acidophilum in complex with d-sedoheptulose 7-phosphate schiff-base intermediate
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
223
structure length
223
Chain Sequence
MKIFLDTANIDEIRTGVNWGIVDGVTTNPTLISKEAVNGKKYGDIIREILKIVDGPVSVEVVSTKYEGMVEEARKIHGLGDNAVVKIPMTEDGLRAIKTLSSEHINTNCTLVFNPIQALLAAKAGVTYVSPFVGRLDDIGEDGMQIIDMIRTIFNNYIIKTQILVASIRNPIHVLRSAVIGADVVTVPFNVLKSLMKHPKTDEGLAKFLEDWKKVSPDGKLIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable transaldolase
molecule tags Transferase
source organism Thermoplasma acidophilum
total genus 87
structure length 223
sequence length 223
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date 2011-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00923 TAL_FSA Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3s1xA00
3UNDA 4CLMA 5CZJA 3BLEA 2C18A 4NNCA 4EF9A 5KMYA 2ISVA 2YYTA 2VEIA 1ZALA 3I7QA 4Q4KA 4JTJA 3GKAA 1YXYA 1NF7A 5FF3A 1FUYA 4RZ6A 1VRDA 3UWQA 1DKWA 4ICNA 1N8FA 1XFBA 3EWWA 3P7YA 5G2HA 3O16A 2XFWA 3N34A 4JN6A 3NQCA 1RD5A 1R30A 5H91A 4OHQA 4GJ1A 2VEPA 3NQDA 3W1RA 4PTNA 4I7WA 2QDHA 2YCEA 1JVNA 4N9BA 4NZJA 1DVJA 2XN1A 1I4NA 4LS1A 2R91A 1OFDA 3LRMA 5AC7A 5MHBA 4NXSA 4PH6A 3EWXA 1SUXA 3HGOA 4WOQA 3TMQA 1RV8A 1EWEA 3PG9A 1TJRA 1FDYA 2WNQA 4RLIA 4FIRA 3NQFA 3PBUA 3UPWA 3PWAA 3ZWSA 3EWUA 5DY2A 2DZPA 1VCGA 5TIMA 2NXHA 4UNKA 3T40A 4JDBA 4JTTA 2X16A 2C6QA 1GTEA 2WPBA 4S2CA 7TIMA 4UTWA 5HMSA 4O1AA 3GDLA 4K6AA 1W56A 3GDKA 1JCMP 3GXNA 3EWZA 4YWIA 4KFNA 5LKYA 5C2XA 4XTIA 1KTCA 3TCEA 3B0VC 1JRCA 3KHJA 1VZWA 1LYXA 3GR7A 4RKAA 2Y70A 5U4NA 1TPWA 4WJEA 2EHHA 1KBJA 2V2CA 2DU2A 2VEMA 2Y6ZA 1D3GA 2GOUA 1W3IA 1BTMA 1ZAHA 5C54A 1VHNA 3GB6A 5D38A 3W1TA 3H53A 1LBFA 3G1VA 5FESA 3SSJA 4OV4A 3NG3A 3M5ZA 2AQWA 4UTKA 3CPRA 4HNTA 2Y62A 4IJBA 1GTHA 2ZZ7A 4O11A 4TU1A 4A2SA 4YMZA 4FB7A 2DZXA 1AW2A 2QJGA 4O10A 1V5XA 2ATSA 2RDTA 4K39A 1G7VA 1KM6A 2RFGA 3C6CA 4Z1DA 3B04A 2QCEA 3C3NA 1L6SA 1AW1A 1WAUA 3RK8A 2H3DA 1JR1A 2ZA3A 4IXHA 3FOKA 4ZMGA 3TU9A 3G1HA 4NJHA 1CW2A 1OFBA 1O95A 3PULA 3TMLA 5KINA 3NR0A 4HSOA 2B7OA 4GUGA 1LP6A 3FJ6A 1TV8A 3GNNA 1TSIA 1ZY9A 4IUOA 1RPXA 2TYSA 1PVNA 1JCJA 4MLJA 3P84A 4ZQNA 1QAPA 3HG3A 4AHQA 2X1SA 1OFPA 5E0KA 2FB3A 3IIVA 2LLEA 4JXCA 1PHWA 2GPTA 4WQ6A 5BW6A 4NT0A 2OT1A 4JTSA 4LRTA 5CPLA 1HTIA 2ZFAA 4U28A 4YLWA 4LUJA 1CI1A 1GYLA 1GQNA 3FKKA 5AYZA 2CWNA 3W84A 1H7NA 2YGYA 1ZHAA 5HNRA 3W2MA 4EVZA 5CPMA 1SSGA 3MHFA 5DN1A 1LOSA 3BG9A 5LHFA 3LXAA 1BWKA 3LI0A 5CKSA 4IPJA 4DBDA 3S1XA 5CG7A 4JS3A 4JGDA 3N3MA 1JCYA 2CLLA 3GYEA 1HO1A 2C14A 2C15A 1KV5A 4MOZA 5D09A 1MXSA 3AJXA 4IOTA 4MY9A 3CC1A 3DXIA 5K3VA 5G4EA 3W3OA 4UTTC 1ME7A 3G1YA 3NGJA 3RLUA 2DJLA 1DORA 1TYGA 3M41A 1KFLA 2QEZA 5AOUA 1FCBA 4O52A 5LNVA 3L0GA 5ABTA 4WZHA 2CLKA 2JKPA 5CPOA 3A5VA 1XBYA 3MP4A 2V8ZA 4BF9A 2J88A 3GVGA 2XN2A 1AL7A 3N9RA 1EEPA 5IM51 3ABRA 2I9EA 3LCFA 4UIOA 1K8YA 2VFDA 1FWNA 4AB4A 2FPYA 4JTLA 3W7IA 1RQHA 3QM3A 4NX0A 4O15A 5D2YA 1YPIA 4MJZA 3HIJA 1JCXA 2QF7A 4PL1A 2B7NA 4UFMA 1EP1A 3KVMA 3W7JA 3MBFA 4MZ1A 4O57A 5HUOA 4MJMA 1FQ0A 4HNUA 4A29A 2Q8ZA 5F2GA 1OYCA 2C1HA 2GQ9A 2CZDA 3KRUA 3G24A 3NPWA 3ABOA 4NU7A 2GQAA 3GDTA 4JTHA 1HG3A 1C29A 5CSRA 2EGZA 3PF3A 3PAJA 3O06A 3NZRA 2NWRA 1XBZA 2C3ZA 3IIPA 5I3KA 1IXQA 5HUPA 3W83A 2E5BA 2OT0A 4NZFA 2VEKA 4N4PA 2ALDA 3VE9A 1TREA 4K8HA 4R33A 4AEOA 1DL3A 2ZRYA 5EYWA 1J4EA 4RX0A 2QCGA 3TSBA 3SR7A 4IWWA 3TC7A 2TMDA 4LY8A 3U8GA 3M47A 4HN4A 2R14A 1MZHA 1PHQA 4E38A 4MFDA 4QSHA 3QW3A 1SO4A 1NVMA 1D3HA 3W7HA 1KM2A 2W79A 1YDOA 4FNUA 3PVFA 4FXSA 1AW5A 3DFTA 3T7VA 4LC6A 1FWTA 3H55A 5AFDA 1MO0A 2V9DA 4CNNA 2CLEA 3MYOA 4HPJA 3P60A 5LGXA 3QZEA 1TV7A 2BTMA 4GUHA 3LXCA 4BWLA 5LNWA 2ZYFA 1G4SA 3G1AA 2J27A 3S5OA 3DKJA 5LNUA 3GIYA 4FF7A 2NUXA 1Z48A 1FXPA 3IEBA 3IRDA 3QSTA 5LZLA 4POCA 3TAOA 4O28A 4N6FA 1VGAA 3LRLA 3G8RA 4UC5A 4E2DA 3AO0A 1OK4A 3TROA 1R2TA 5AC6A 5TBOA 3P5YA 3PUOA 1QO2A 1H60A 3K30A 4AWSA 3BLFA 2FLIA 4LC8A 2OX1A 3RF9A 3HGRA 3TH6A 3R5EA 5E1QA 4Y96A 3THAA 3P82A 2PRMA 3M9YA 1TPC1 1ICQA 1TPVA 3EXTA 2FTPA 4MKNA 4W9TA 3M43A 1GVFA 3G22A 1QPNA 1OFAA 1XDLA 2BXVA 1HL2A 2YZRA 4EWND 5L9FA 1L6WA 1JCLA 1XL9A 1W5OA 4FNSA 4PCFA 4O4WA 2ZZ5A 4GXMA 3NQ7A 3W7EA 1VC4A 4GUIA 2JK2A 2TPSA 1AMKA 4DF0A 2Y88A 1KTBA 1RQEA 3NL3A 4Q33A 3TQ0A 1W54A 1NFBA 1VCVA 3DFOA 4AWUA 3LTSA 3C52A 2A21A 5LNSA 1YPFA 3UZJA 2EF9A 3VKJA 2TSYA 2Z6IA 2PRHA 4O1DA 1VR6A 1TIMA 3INPA 1S5TA 5F1UA 2ZZ4A 1ONRA 1OFOA 1QR7A 5D2TA 2NUYA 4O53A 1TPH1 3IGSA 4LVDA 2JKEA 1IIGA 3CTLA 3W73A 2R8WA 4CQ8A 1GVOA 2C13A 4Z08A 3SGZA 1VYSX 3M1ZA 1LRNA 1PIIA 1JUBA 1FDZA 3FYPA 3VNDA 1SSDA 3E02A 1SO3A 2F84A 3LM7A 3TC6A 5F1VA 2V82A 1UUMA 2FQIA 2X30A 3T4CA 5K9DA 3IVTA 1TTJA 3NQMA 1W37A 3NO5A 2VOMA 4LWWA 1T8XA 1VYPX 2NX9A 3WFAA 3UWYA 3CWOX 2QAPA 3DFSA 2CZEA 5EA9A 3MUXA 1MSSA 2GJNA 3OBKA 3W7CA 5A8GA 1Q6RA 4MLRA 4TX9A 3NDOA 4ORMA 2V5LA 2XN0A 3ATYA 3GXTA 3LV6A 3LCIA 3LB0A 4GE8A 3OA3A 3B4UA 3C2VA 1TO3A 1PE1A 3EKZA 3MI3A 2J6XA 1T99A 2A7PA 3EX3A 3HBLA 4A3UA 3KXQA 3R13A 4QITA 2QUTA 4JTEA 3L21A 3MI2A 4MZYA 3S5YA 1X8FA 3BG5A 2V5BA 2CZFA 1Z41A 5D03A 3V1PA 3LCXA 1YXDA 3MWAA 3BK0A 1A50A 3PSWA 3CQ0A 1RQBA 3LHWA 2JBMA 3BLIA 1ZAIA 3NPUA 2YW3A 2E5DA 4RZ4A 1M7OA 3QH2A 4LTSA 3NL5A 5D2XA 4JR5A 2A6NA 5EY5A 1QCWA 2Q3RA 3I7SA 1GJPA 5F2IA 3IGUA 4XZ9A 3W72A 4UMCA 1A5AA 3UYCA 3W7MA 3GR8A 1K7EA 2VFHA 3PG8A 4O4VA 3CWNA 3DFQA 1K7FA 1VHCA 5F4SA 1A5SA 4B5NA 4R53A 5AHLA 3QMTA 4ZZ9A 2FIQA 4GNJA 4RXGA 3BVJA 4HKPA 2E5CA 2QCFA 3LLFA 3R89A 3BGJA 3T55A 1EPXA 3H54A 3STCA 3LXBA 2QJIA 4UTHA 2VENA 4HT3A 1I2QA 4IX2A 1C9DA 5EBUA 4JEQA 1YXCA 5SWUA 1KTNA 2ZRZA 1I2RA 3HOJA 1WBJA 2DZSA 4JTGA 3HB9A 3A22A 3C2OA 3RFAA 3TJLA 2QCLA 1AG1O 5DXYA 4KKXA 5H2ZA 1H5YA 3M5VA 3S1VA 3Q37A 2G5WA 3USBA 4ZL1A 3W86A 5CGQA 1KLYA 1KA9F 2RHGA 1EWDA 4ZVJA 3P81A 1M6JA 4PL2A 3G1DA 3B0PA 2CU0A 2VFIA 1P5BA 2HS8A 5HR6A 4IMCA 4AAJA 3PSVA 4NNBA 1KBIA 4XQ6A 2A5HA 3QQ1A 1R47A 2E6FA 3A9IA 4JTUA 3N2XA 4JDYA 4Y9AA 1ICSA 4K36A 3G3DA 5L6UA 2RDWA 3MP3A 3QFEA 3WJZA 5AHIA 5D2WA 1ALDA 3W22A 5AB3A 2FPTA 3L5AA 4X3ZA 4ZQPA 3HGSA 1SZNA 4O16A 4HIBA 1YDNA 2VFEA 4G1KA 4A22A 3GX9A 3VI2A 2E6DA 3NOEA 4ZQOA 3BG3A 5FF4A 3TA6A 1TPEA 3HPZA 3F1QA 1MEHA 1UCWA 1A53A 2NX3A 3STFA 4RR4A 2PCQA 2ZDRA 4FNTA 4LVFA 4MY8A 3PR2A 3W2UA 4YXGA 1JQVA 2QKFA 3G0SA 3W1PA 2ZQ0A 1BWLA 1UBSA 4MFEA 1W5PA 1KFEA 3F4NA 4JY9A 5BRBA 3HGJA 4UR7A 1SW0A 1JCNA 1SZFA 1P0NA 4NX5A 2X1TA 3KX6A 4LRSA 3W1QA 3M5XA 3RLVA 2A0NA 2WSYA 3OG3A 2YFOA 1VS1A 3TFCA 3N19B 2EAWA 1OX4A 3JS3A 3L9CA 4O19A 2ZZ1A 4H4IA 4UTUA 1I2OA 5F4WA 3W2KA 4X22A 5AYXA 3TSMA 1X1OA 2WSQA 4GC4A 2E1DA 2A4AA 5FF7A 5EPDA 1S5VA 1WA3A 1OK6A 2ZZ6A 3GAYA 3E96A 4U4MA 1SFJA 4GUFA 3TXVA 4DF2A 3KRSA 3EXSA 3MI6A 2KZHA 3G3MA 3N73A 4NQ1A 5G2IA 3IIZA 1MEWA 5F2MA 1WXJA 3LX9A 4MUZA 3WJSA 4MVAA 4O13A 1Q6QA 3DBPA 1N7KA 2DJXA 1F74A 3W7KA 3NXFA 1KLZA 4I9AA 4O54A 3FKRA 2B7PA 2A2IA 3IIOA 4CCCA 4WXZA 2GVGA 3SJ3A 5I3FA 4XBKA 4M7TA 4D2JA 1G7UA 4DO4A 1TRDA 2O7SA 1QOPA 3S5ZA 3Q2DA 4WUIA 5BMWA 3BPWA 2GQ8A 1OF8A 3G1SA 4K7YA 3NQ8A 2VXNA 3W23A 1ZAJA 1TQXA 3LERA 5DCDA 4ADUA 1O4UA 2Z6JA 1FY6A 4WOZA 1H1YA 3HG5A 1ZNNA 4ADTA 4H6KA 1OX4B 2B4GA 1L9WA 1QFEA 3L0NA 2PC4A 5G5IA 3W1MA 1SQ7A 3TIMA 4LT9A 5EKYA 3MP5A 1SR9A 1I45A 3C4UA 1W31A 3TDFA 1ZFJA 4LUIA 4WXYA 2OCZA 3ABQA 3DI0A 4S1FA 4ADSA 3LTYA 1K02A 4M5PA 3FS2A 5CZ0A 3C61A 3QPZA 3I6RA 1WDWA 1KW1A 1B4KA 2FB2A 5AC8A 3S42A 4FX6M 1GOXA 4QJ1A 2ISWA 3LCLA 3NA8A 1M5WA 3IV3A 5DBUA 3HPXA 2EKCA 3NEVA 4K8EA 4MIMA 2E68A 2VELA 3TJXA 1F76A 1XI3A 3OVPA 1PV8A 5FF2A 4BR1A 5AHEA 4DO6A 1YDVA 3S5NA 1L6YA 1FBAA 4LVGA 5F4XA 3WK1A 1QPQA 1WBHA 3L66A 4UXDA 5DBTA 1WV2A 5K4ZA 5BMXA 2YPIA 2X2GA 1EUNA 1DQXA 4HSNA 5D32A 3EX4A 1PS9A 3W1NA 2BZNA 1XDMA 3PB0A 3CIXA 1U5JA 1H61A 2YSWA 1LRQA 1A5BA 3EX1A 3M6YA 4HPXA 3U2OA 4QAIA 4CQ9A 4AH7A 3RMJA 1G4PA 4DEFA 3HQ1A 1DV7A 4IMDA 3SECA 3UPBA 3FEMA 3SI9A 5LHEA 4I7UA 4OBTA 1QPOA 4JD4A 2NV1A 3NPXA 3A24A 1M7PA 3TX9A 4GUJA 2F7FA 4UFLA 3S8HA 3W2LA 2JGQA 1XUZA 3GKFA 1OYBA 2QCMA 4UFHA 6TIMA 3O05A 3QRHA 4CNPA 5AHFA 4QIUA 3HF3A 3DAQA 3OEXA 4DPQA 3ANYA 3E12A 4UTTA 3P8JA 1W0MA 3STGA 1VPXA 5K7JA 1W3NA 3S0CA 4FXRA 4BK9A 3G0XA 4UFKA 2HS6A 3NZ1A 4TR9A 3RNDA 3TXZA 3EXRA 5A5WA 3LTPA 1R2SA 3DENA 3UXAA 4M19A 1EB3A 3W7DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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