3S5O | Genus

Total Genus 113

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	113
sequence length	296
structure length	295
Chain Sequence	KVDIAGIYPPVTTPFTATAEVDYGKLEENLHKLGTFPFRGFVVQGSNGEFPFLTSSERLEVVSRVRQAMPKNRLLLAGSGCESTQATVEMTVSMAQVGADAAMVVTPCYYRGRMSSAALIHHYTKVADLSPIPVVLYSVPANTGLDLPVDAVVTLSQHPNIVGMDSGGDVTRIGLIVHKTRKQDFQVLAGSAGFLMASYALGAVGGVCALANVLGAQVCQLERLCCTGQWEDAQKLQHRLIEPNAAVTRRFGIPGLKKIMDWFGYYGGPCRAPLQELSPAEEEALRMDFTSNGWL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and Biochemical Studies of Human 4-hydroxy-2-oxoglutarate Aldolase: Implications for Hydroxyproline Metabolism in Primary Hyperoxaluria. pubmed doi rcsb
molecule keywords	4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase, mitochondrial
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	113
structure length	295
sequence length	296
ec nomenclature	ec 4.1.3.16: 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase.
pdb deposition date	2011-05-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3s5oA00

2NV1A 4N6FA 3VKJA 2A5HA 1KFBA 3EX2A 4LC6A 1FUYA 3WJYA 3BGJA 3U2OA 5LNWA 3DI0A 2NX3A 5AYZA 4RZ5A 1X1OA 4QJ1A 4D2JA 1G67A 2Y61A 3W1MA 3MYPA 1IXQA 1OVDA 3CTLA 1T0OA 5F2GA 5F1UA 4DEFA 1H1YA 1Y0EA 2QJHA 2QUVA 3DAQA 3EB2A 4O8RA 2C19A 1P1XA 3WJSA 4X22A 2YZRA 5EYWA 3G24A 5K7JA 1XBYA 2OMAA 3YPIA 1JRCA 3PG8A 2H8ZA 4EF9A 3W2KA 3WK1A 4UMCA 3FIGA 1H7RA 2A1YA 4NZJA 3WK2A 3DZ1A 1IXPA 4AHPA 1SU5A 4AHQA 3TCEA 3EWXA 3L5LA 3LHZA 1F6PA 3TK7A 1W56A 3THAA 4EVZA 4KFNA 1W3TA 4M6PA 5FEWA 1FWWA 2B7QA 4OBTA 3C3NA 3A5FA 2A7NA 1JUKA 1SW7A 5EMUA 1SZNA 2V81A 4UFHA 2GPTA 1HL2A 3WJZA 3SY5A 3QMTA 3ZFHA 5AC7A 5HQEA 3BLIA 4TU1A 3M5YA 3O6YX 1WQ5A 1N7KA 3NQCA 3MP4A 4JX4A 3T78A 1WBJA 5DCEA 1F6KA 1SSDA 4WY0A 4O0KA 3L68A 4U28A 5AHLA 5D04C 4E38A 5AYYA 3UWVA 1KBJA 5F2IA 3QMRA 4WJEA 2NWRA 3UNDA 3DHFA 4LS1A 3W1NA 4ORIA 2QCHA 1JRBA 3C2EA 3QSTA 4JDBA 4JTLA 1V7YA 5AN7A 1KTCA 3NQ6A 1WXJA 3LX9A 4OV4A 3IGXA 1O94A 2F84A 4GXMA 3TMLA 1AG1O 3BO9A 3KRZA 4AH7A 1G7UA 2CLLA 1MEIA 4N4PA 1KLYA 3HQ1A 6TIMA 5K4ZA 1CW2A 1TREA 5D2YA 1NF0A 4K38A 1TSIA 4Z1AA 2FFCA 2ZRXA 4MZ8A 1FWSA 3CLMA 3C61A 1A53A 4M7SA 5D2WA 3QH2A 2X30A 2ZA2A 3R2GA 3QFEA 4O4WA 4UFKA 3I6RA 1JULA 4FNSA 4IMDA 4OGZA 3TJXA 5KZMA 4UMBA 3A22A 1GZGA 3C2OA 4RLIA 3E0IA 1RQBA 3PVFA 1DJNA 2ZZ1A 1ME7A 4EIVA 2QCNA 3NL5A 2UV8G 3QF0A 3HGOA 4O1BA 2H90A 3NQEA 1LOQA 2VFGA 3W7IA 4Q4KA 1R2TA 4NX0A 3P82A 4FNQA 3W1LA 3IIPA 1F5ZA 5EY5A 1D9EA 3TKFA 1NVMA 4UTIA 1KFKA 1JCNA 5HUOA 1OX6A 2RFGA 2X1SA 2Z2UA 3LCWA 5G5IA 4NJIA 3WJWA 1EEPA 1MZHA 2OJPA 2DZPA 3PY2A 3LBCA 3S5OA 3W73A 1PV8A 3MBFA 3C2RA 4XQ6A 1LLZA 4J9JA 3W7RA 3QW4B 4IUOA 1VQTA 4DF1A 1EIXA 3SJ3A 5K2ZA 4FX6M 4N9DA 1R2RA 2PC4A 3QQ0A 1ZALA 1VCGA 5FF4A 4O28A 1QDSA 4UTJA 1YXYA 4Z1DA 4HNNA 3P7YA 2TYSA 4RZ4A 1OFBA 2V5BA 2V9DA 2E68A 3LI1A 3M0ZA 2JK2A 1VLIA 4H6KA 2XFWA 3N3MA 1ZENA 1BWKA 2YW4A 1FCVA 1GVQA 3F4WA 3TW7A 3GDTA 3P74A 2Y7GA 2GQAA 4GJ1A 3ZR4A 1SFJA 1GVSA 5F4SA 1T8XA 2FDSA 5D2XA 3FS2A 3W1QA 4O10A 4NJKA 3M43A 1JQVA 5CSRA 1C29A 3L65A 1KM5A 5G1YA 3LCHA 4KFPA 1WV2A 3IIVA 1TQJA 5D32A 2EGZA 5CPNA 4OQVA 3LOTA 1M7PA 3L9CA 4NJJA 2ZTJA 3M1ZA 3AJXA 2E6DA 4UIOA 3GIYA 1WOAA 1R30A 2RHGA 3QW3A 5LNUA 1FWNA 4LTSA 5D03A 3TFXA 3M7WA 2ALDA 1K7XA 3TV8A 1OYAA 3IGSA 2HTMA 1KM6A 4ZL1A 3PUDA 4OHQA 3W7JA 1KV5A 4CQ8A 3NQFA 4LUIA 2RKXA 4ICNA 1LROA 3BG9A 3LXCA 1BWLA 5K9XA 3Q2DA 1HO4A 1L9WA 2CWNA 1VH7A 2A0NA 4U4MA 3TW6A 4Y8FA 4UTTC 1AMKA 3KX6A 1W8SA 3IRDA 3VE7A 2WJZA 5DBTA 4MYAA 1H61A 2CW6A 2TPSA 3T7VA 3TH6A 4E0CA 2I9EA 5LGZA 3KRUA 1VC4A 2VFHA 4CNNA 4MYXA 4K37A 5EA9A 1VJIA 4O13A 1WOBA 4P2VA 1NF7A 3MHUA 3W70A 3TC6A 3IEBA 4MJZA 1GPWA 3W23A 3L0KA 1YXCA 5AOUA 3DKLA 3MWAA 1Z42A 2E5DA 3QMSA 1TPVA 1XUUA 2BTMA 3NEVA 3W3OA 1WA3A 4DELA 1O60A 1UASA 4JYDA 2FLIA 4FB7A 3EX3A 4QQ3A 3NA8A 3HG5A 1X7FA 2ISWA 5FEPA 1JCJA 2R8WA 2V30A 3BK0A 3LCXA 3QYQA 2V2DA 3BARA 3PULA 5TIMA 3T55A 1JQXA 3FKKA 4TMCA 1UUOA 1EWEA 3EWUA 1GYNA 4E2BA 1EUAA 2BX7A 3DFSA 4IXXA 1SW0A 4RCXA 4K7YA 1QWGA 3W1TA 1YYAA 4UFLA 3Q37A 3W76A 4BR1A 1F73A 3GNDA 1YADA 3STCA 3E02A 1VPXA 3NQAA 2NXIA 1WBHA 3ANYA 3O16A 1G4PA 3DFQA 3LI0A 3ABQA 1LTDA 3EWYA 3KFTA 5D30A 2H6RA 3IGUA 2QDHA 4AWTA 5EKYA 4EWND 5AFDA 3S9YA 4HNVA 3A21A 4K8HA 1KFEA 2WNNA 2GQ8A 1VCVA 2DZUA 5G2HA 5F2MA 3KOFA 1MXSA 4AB4A 1KTBA 4A21A 3RLVA 1SW3A 2NUXA 3QRHA 2TMDA 2YFNA 4I7WA 2YDAA 5IBXA 1OHLA 4JTKA 5A8GA 1QAPA 5G4EA 1PE1A 1W5QA 2OX1A 1TB3A 2NX1A 5IM51 3RLUA 2ZRYA 3WK3A 2OZ0A 1TV8A 1VRDA 5U7SA 3TDFA 5LZLA 3M5VA 3DU0A 4RKAA 3TC7A 5I3GA 4NXKA 2NUWA 3CU2A 3N2MA 4UTWA 3DH7A 2ZZ2A 3G0XA 2J24A 3OEXA 3EX1A 2QCCA 2ZYFA 3P67A 3NZRA 1O5XA 2EKCA 1EUNA 1C8VA 1LM1A 2C18A 2QCLA 4AF0A 3JR2A 2ATMA 3GAKA 1CX9A 3CEUA 3QM3A 1V5XA 2VFIA 1OFOA 3SFKA 1TV7A 5AHIA 4JIPA 3STGA 1OFDA 2RDUA 5H91A 2QCDB 1J2WA 4LW7A 4RK8A 1SPQA 1SUXA 4JTSA 2YYTA 3BLFA 3GB6A 1P4CA 4NX5A 1DQXA 1TTQA 4PL2A 2GOUA 1SO5A 4X3ZA 3W72A 3C2FA 4JTGA 3LHVA 3MJYA 3THQA 3NL6A 3FA5A 1TPEA 3LCLA 3NPXA 3L67A 4Z0JA 3NR0A 2GJNA 3GDLA 1WDWA 4GUJA 2BLEA 4NNCA 5ABTA 1W3NA 3M47A 2CLKA 3GXPA 3HGJA 4ZVJA 4JIQA 4LWWA 2GVLA 3GYEA 4A2RA 4N2YA 2GVGA 3CWNA 4IXHA 2YXGA 1LLWA 3E9AA 2HMCA 2EF9A 3W7OA 2ISVA 3TJLA 3TQ0A 4ORMA 3VNDA 2QDGA 4DF0A 1SZFA 1TYGA 5HJLA 2VFEA 3ABSA 1IGSA 3NDOA 4ADTA 3PF3A 2GVJA 4A29A 1R46A 3O6DA 3TXZA 1ZJIA 5D37A 2W0UA 1H5YA 1ZAJA 1OF8A 1OYCA 2RDWA 3MMTA 5D2VA 3VCRA 1PHQA 3S1WA 1H50A 3G3MA 1K02A 4XTIA 1D3HA 4TIMA 1QOQA 3FJ6A 1KM4A 4MY1A 4RJEA 1RD5A 3GAYA 5U4NA 2E6FA 4NQ1A 2J9YA 5CKSA 4ZQOA 3W85A 2YR1A 3PBVA 1GG1A 2DZTA 3G0UA 3PBYA 2RDTA 3SECA 3G1DA 3EKZA 1DVJA 3M6YA 2D73A 3GK0A 3I7SA 2WQPA 3L0NA 1A5BA 1NFBA 2C14A 3B0UX 3UWZA 1OFRA 1F7BA 1GOXA 4PFMA 1F74A 3HMJG 4A3UA 5C54A 1LBLA 4QAIA 2VKZG 5HULA 2Y70A 3DKJA 4DPQA 3STEA 1O5KA 4O54A 1MEWA 4S1FA 3NM3A 3W7QA 1JCMP 3P62A 4UXDA 1LOSA 1X8FA 2WOQA 3NQDA 3HO8A 3PM6A 1HFBA 4MVAA 3FJLA 3I7QA 3B0VC 3GXTA 4K36A 4RR4A 2A7RA 1XDMA 1XCFA 1VHCA 2ISSA 3A23A 3W7HA 1TJPA 1W37A 3LRMA 5D09A 5LNRA 1DBTA 2HS8A 1L6SA 4YCOA 4LRTA 4EF8A 1YTDA 2Q8LA 1VHNA 1QPRA 3NQMA 4ONVA 5BMXA 2NWSA 3G1VA 3DFOA 1TCDA 1OX4A 2ZZ3A 5TBOA 4Z1BA 3T4CA 3S1UA 3UPWA 1W1ZA 1TQXA 1ME8A 1LDCA 3MUXA 1J4EA 2Y85A 3G1FA 1YPFA 2I1OA 4AAJA 2A2IA 2F7FA 1W3IA 3TIMA 3W1PA 1Q6LA 3S5NA 1PS9A 2P1FA 2ZQ0A 2TRSA 5DCBA 2WPBA 2Y7FA 2PRMA 3U8GA 1H63A 3WJXA 2G97A 5AB3A 2W6RA 3O06A 4WOZA 5LHFA 3G1XA 4M7TA 4XKYB 3FOKA 2QCFA 3CIWA 3QC3A 4POCA 4X9SA 3PC0A 1NSJA 1DHPA 4JEQA 4O1AA 3GR7A 4PL1A 5DCDA 5DY2A 3CC1A 4M6VA 1DOSA 5LHEA 4JY9A 4BFAA 4LY8A 2ZRVA 5GVJA 1GVOA 4IPIA 3LM7A 3C56A 1FXQA 2YYUA 3LV6A 1KV8A 3W2MA 1KM3A 4YL2A 2CFFA 5HWNA 4N4QA 1JVNA 1JCYA 1KFJA 1P0NA 4NVTA 1O95A 3UXDA 4CCEA 2Y7DA 4ML9A 3NOEA 2WKJA 4MUZA 4O0ZA 1H7XA 3CM4A 1B57A 3GKFA 4W9TA 4BWLC 4UTLA 1X1ZA 2FTPA 1F05A 3G1SA 5D38A 4AXKA 2J88A 1XDLA 3LTYA 1TPC1 1JCXA 1I2QA 3TMQA 2V82A 3LCIA 3D0CA 4NU7A 3TXVA 2C1HA 4O57A 4UFIA 4XWUA 5KSWA 3N34A 1ML1A 4PCFA 2QR6A 2QKFA 4O11A 4FIRA 4FX7A 2ZCGA 5F4WA 1OK6A 1VCFA 3WK0A 3KVMA 1XBZA 2DORA 1S5VA 3FYOA 3W86A 2X16A 3HIJA 1VS1A 5I3JA 4JYFA 3RMJA 4CCDA 4IX2A 3K30A 3LHYA 2P0OA 2WSYA 3BV4A 3MI3A 3QSRA 4R53A 4MJMA 4WX2A 5KTLA 1W5MA 3NG3A 4E2DA 4CNPA 4M19A 4UFJA 2ZTKA 3SW6A 2FJKA 5CZTA 3LTPA 3UPBA 1A5SA 4WY0F 3B04A 1DV7A 1W54A 2Q3OA 1GT8A 3PUEA 3NM1A 4IOTA 2VC6A 5KZEA 2ZDRA 4LOCA 3FFSA 1PCKA 1XM3A 3LCGA 4OE7A 3N9SA 5HINA 3MP5A 2Z6JA 1LP6A 5LKYA 1THFD 5BNKA 4QM1A 3BGGA 4XZ9A 3EWWA 1GYLA 1KLZA 2JGYA 2DZVA 1JUBA 2NXGA 1FX6A 3NZ1A 5F4XA 4GUGA 5FF0A 3UYCA 2I14A 3LGEA 1M6JA 4IWWA 3EEGA 3UZJA 3UWQA 3S1VA 3NQ8A 1KW1A 1Q6RA 3TE9A 3PBUA 5I3KA 3L66A 2BXVA 4O19A 5CZ0A 3UQNA 4DBEA 2QJGA 3S1XA 3BPWA 4HKPA 1AW2A 2E5CA 3W1AA 4N9CA 2DZSA 3SR7A 1TPB1 1EA0A 1K7FA 3SGZA 5LSMA 1ZHAA 4O14A 3TSMA 5FF3A 5LNVA 1A5AA 3S8HA 3H54A 1JR1A 5FEZA 1Q45A 2OCZA 5K9DA 3W9ZA 3B0PA 4GFSA 3U6WA 4I9AA 1I45A 3TU9A 4OWGA 2YX0A 5DBUA 3P84A 5DY3A 4NZFA 1IIHA 1TJRA 3KRSA 1DJQA 4KWWA 1PL9A 2DZXA 4MLJA 4Z08A 3OA3A 3NXFA 1ZAIA 5EPDA 5D2TA 2B7PA 1XUZA 2YW3A 5HUPA 2J27A 4UTHA 2VEMA 3F4NA 1QFEA 2KZHA 3TNOA 5LGXA 2RH9A 2Z6IA 3FEMA 4L4LA 1I2RA 2YPIA 2V8ZA 3HG2A 4GRSA 3DHDA 5DN1A 1XXXA 6ALDA 1K3UA 4Y90A 4R33A 3O07A 4HSOA 4QSHA 1PCWA 4DO6A 2Y7EA 2AGKA 2BSLA 2V2HA 3G8EA 4H3DA 3BLEA 4O50A 5EL1A 1I4NA 1I8JA 1EP2A 2AAMA 1PIIA 3O63A 3N14A 1UBSA 1GEQA 1G7VA 1EX5A 4PEKA 3CQ0A 5E93A 3M41A 3R5EA 3BG3A 3F03K 4LV4A 4NJGA 3LBMA 1OK4A 2GJLA 2VENA 4S2BA 2A6LA 2G95A 4JTIA 1GWJA 2B7OA 2CLMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3S5OA

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