3S5O | Genus

Total Genus 113

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	113
sequence length	296
structure length	295
Chain Sequence	KVDIAGIYPPVTTPFTATAEVDYGKLEENLHKLGTFPFRGFVVQGSNGEFPFLTSSERLEVVSRVRQAMPKNRLLLAGSGCESTQATVEMTVSMAQVGADAAMVVTPCYYRGRMSSAALIHHYTKVADLSPIPVVLYSVPANTGLDLPVDAVVTLSQHPNIVGMDSGGDVTRIGLIVHKTRKQDFQVLAGSAGFLMASYALGAVGGVCALANVLGAQVCQLERLCCTGQWEDAQKLQHRLIEPNAAVTRRFGIPGLKKIMDWFGYYGGPCRAPLQELSPAEEEALRMDFTSNGWL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and Biochemical Studies of Human 4-hydroxy-2-oxoglutarate Aldolase: Implications for Hydroxyproline Metabolism in Primary Hyperoxaluria. pubmed doi rcsb
molecule keywords	4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase, mitochondrial
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	113
structure length	295
sequence length	296
ec nomenclature	ec 4.1.3.16: 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase.
pdb deposition date	2011-05-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3s5oA00

3QM3A 5D30A 3JR2A 3WJWA 1P5BA 3UWUA 1EUAA 1KM5A 4ZQOA 1G7UA 3QEZA 3DI0A 2YX0A 3QC3A 1OFDA 2JBMA 1OF6A 2C6QA 2KZHA 3UD6A 3HG5A 4JNMA 1ZAHA 5C54A 2AQWA 1HL2A 3EEGA 3L68A 3PBWA 5KZDA 4MPQA 1JCJA 2FPVA 1T8XA 1X1ZA 1EP2A 3ABRA 2QCFA 1BKSA 3BLFA 3IVTA 3NR0A 4O57A 1N7KA 1XL9A 2NWSA 4PL2A 5I3GA 4QISA 1FXPA 4YCOA 1X1OA 2X1RA 3W1QA 1J2WA 2E5BA 3EB2A 3INPA 1W37A 2GQAA 3HGRA 3USBA 3KVJA 4FNTA 1J4EA 1W3NA 1JCYA 1BTMA 3CLMA 3DENA 3FLUA 3FJLA 1QOQA 4ZMGA 4WY0B 2VEPA 1S5WA 4AVFA 1ZENA 2B7QA 2B4GA 3ABOA 4NJIA 3W7NA 5DCBA 2RH9A 3TAKA 5I3KA 4HNVA 1P0KA 1YXYA 1GT8A 3SJ3A 4E0CA 1TPWA 2FIQA 3DGRA 3GAKA 4MVAA 4O4WA 3LRLA 1SZEA 3GNNA 4I9AA 3O16A 5FF0A 1YTEA 5K4ZA 4ADTA 1LOSA 4UTTC 3HMJG 1H7XA 4U28A 1XCFA 3CEPA 2NXIA 3NPWA 1LORA 2ZRUA 1UJPA 4NZJA 3W7PA 1WV2A 1OX4A 1GWJA 3TAOA 5FF4A 5D02A 2Z0IA 4O1CA 4LT9A 1GVSA 3PSVA 1JRBA 5D33A 2DJLA 4LC6A 4YCPA 1RZMA 4WY0F 2QAPA 3NQAA 1LLZA 1H7NA 2QKFA 4UIOA 2E77A 3PG8A 1O4UA 3S1UA 3G1XA 3OIXA 4LV4A 3BV4A 3E12A 1LOLA 3FJ6A 2F84A 3LTSA 3G3MA 3EWBX 2W6RA 2NX3A 4NX0A 1QPNA 3PG9A 2OJPA 2V82A 4WXZA 5HMSA 1FWRA 3G24A 1W5QA 1A50A 2Z2UA 1I45A 2A1YA 1N55A 3H55A 3S42A 2HSAA 2EF9A 1ZHAA 4Z1DA 2NUWA 2B7PA 3PY2A 1OABA 2GVJA 3TA6A 2YCEA 3RK8A 1AG1O 4BF9A 3QFEA 2Y7FA 4GWEA 3G1VA 3STEA 4O52A 4TU1A 1WYIA 2J24A 1DQWA 2YGYA 4JX4A 1TSIA 4M6VA 3DFOA 2BWGA 4JN6A 1YLVA 2WSQA 4K38A 4JS3A 4LVFA 2TYSA 4A2SA 3GR7A 3GIYA 1DV7A 4O4VA 4UTTA 3HOJA 2W0UA 1QDSA 3M16A 5LHFA 2PURA 2YFNA 3NPXA 3T4CA 3LV5A 4O18A 4QSHA 1EP3A 4KFOA 2PRLA 3LHYA 4NNAA 3ANYA 1R2RA 5DY3A 3B0PA 2JKAA 2CLMA 4TIMA 3LXCA 5E0KA 4TX9A 3W70A 1VCVA 3B4UA 4AWUA 4K8HA 3E0IA 2HMCA 3C61A 4MFEA 1G67A 1EPXA 2QEZA 1UBSA 3MP3A 1JUEA 2V30A 2R94A 2QCGA 1QO5A 3P8JA 5AC6A 3NNTA 1PCKA 1Z42A 5AHNA 1P0NA 2OZ0A 3CB8A 4HPJA 4ZL1A 3P7YA 3B0VC 2CLHA 3SGUA 2VEMA 5DBTA 3NXFA 1WAUA 4TR9A 1KLZA 4MY9A 3IEBA 1A5SA 2DZWA 2G96A 1F6PA 2QDHA 2EKCA 1TV5A 1YXDA 5I3FA 1OJXA 3BLIA 1LZOA 3R13A 3V75A 5KINA 3UQNA 1Z41A 3UWQA 3NL2A 4IMCA 5F2GA 4LS0A 4FF7A 4IMDA 4M6PA 5K9XA 4DEFA 2Q3RA 4IPIA 3GXTA 4AF0A 4O12A 1HTIA 2C1HA 4K37A 4WX2A 1XC4A 5EYWA 4A29A 3IIPA 5D2XA 4ZQCA 2O7SA 1I2NA 5HUPA 3OEXA 3VKJA 1LBLA 4RK8A 3L2IA 3A22A 1C29A 2V9DA 4PH6A 4O11A 4OE7A 2ZBTA 5F4XA 3G1SA 5HWNA 5G2WA 1LYXA 1TPC1 4O19A 2FTPA 3NQ8A 1T99A 4O0ZA 1P1XA 2X2GA 4AMAA 5GVJA 3C2RA 3R89A 5FF7A 2CU0A 4ZQMA 1VRDA 1JUKA 1YXCA 1SZFA 4MKNA 1K7FA 5FEPA 1ZCOA 2C19A 3TMQA 1OK4A 2QUTA 4UMAA 2E6AA 3FA5A 1U83A 1SQ7A 4P61A 3I68A 2I14A 3W7GA 3HG2A 6TIMA 2ABBA 4UFHA 3TSBA 1IXQA 1K02A 1ICSA 1N8FA 1UUOA 2NZLA 1R2TA 1CW2A 4AWTA 1TPEA 3UWWA 4JTEA 1VLWA 3Q94A 3QW3A 1P4CA 1PL9A 1PHQA 4LVAA 3DHDA 3LTYA 5MHBA 4O16A 3PB2A 5H2ZA 1FUYA 1EIXA 1I2QA 2ZA1A 3TC7A 4PA8A 5AHIA 4LW7A 1KA9F 3L65A 1ZALA 4MYXA 3M5YA 3M6YA 4FNRA 2LLEA 1OFRA 1VLIA 2ZRWA 4MY1A 4QNEA 1S5VA 2YW3A 3WJSA 1I2OA 5F1VA 4UTJA 3GXNA 2YYTA 1EUNA 3STCA 2BZNA 2EAWA 2A7PA 1QNVA 2E68A 1R47A 1IXOA 3S5OA 2QJHA 2X1TA 5J5RA 5FEXA 1TCDA 5AOUA 4OU1A 4XWUA 1C8VA 4OQVA 1QPQA 4HSOA 1OFQA 2GUUA 2UV8G 3NDOA 4E2BA 3EWYA 1ZAIA 1FY6A 3W2KA 1SO4A 4N6EA 1TMHA 2VFIA 1LROA 3JRKA 1I2RA 1BEUA 3EWZA 5L9FA 4AXKA 5G1YA 2RFGA 4UNKA 1SUXA 1L2UA 2E6DA 3N73A 3ATZA 3I7SA 3LLFA 3TR2A 4JXCA 1ME7A 2NUYA 3LCXA 2PE4A 4O53A 2BXVA 3UYCA 4DELA 2DZTA 4JDYA 4CLMA 1JQXA 1GZGA 3TE9A 4H3DA 3NQ7A 2ZRXA 2FLIA 3GZ3A 3S1XA 1TIMA 4LRTA 4WXYA 3G8RA 5K2ZA 3TFXA 1LM1A 3F03K 4JYEA 4DF0A 2J9XA 2H6RA 1H1YA 2P10A 2A7RA 4JIPA 2JGQA 1TJPA 1B57A 2B0MA 5C6MA 2Q3OA 4DPPA 3W7RA 3A5FA 1XBVA 2A6NA 2B7OA 3LTPA 4UTKA 3MHGA 4NUWA 1H7RA 4IXXA 1G7VA 1B4KA 3LBMA 4N9EA 4R34A 4UNLA 3CQ0A 4S2CA 1QO2A 2H90A 3HPSA 4MJZA 1BWKA 1FQ0A 4N4QA 3NVTA 5K9DA 3B04A 4HPXA 3C2OA 4GUJA 5HINA 2TRSA 3W22A 1KFLA 2OMAA 3E9AA 1SSGA 4QQ3A 1EEPA 3S0CA 3I6RA 3BK0A 1SFJA 4HNNA 2PC4A 1FDYA 5BRBA 1E51A 1WA3A 3EXTA 3C3NA 2YPIA 3ZR4A 4GUFA 1IIGA 3S5NA 1OYCA 2C13A 1H7PA 3GDTA 3UY7A 3N2XA 5FESA 2NWRA 2ZRZA 1QPOA 3NQDA 1D9EA 4UMCA 5K4XA 1OFEA 1LRTA 4ML9A 4MJMA 3U6WA 1RQBA 3GKFA 3NL5A 5I3JA 3RU6A 3TJLA 3QMTA 4UTLA 3OG3A 4Q33A 2YDAA 2HS8A 1VYSX 1H62A 4LV9A 2CLLA 5FI8A 1H61A 1Z44A 1LBFA 4IXHA 3F4NA 5AHMA 5HNRA 2EHHA 3NL6A 1OFPA 2ZZ2A 3CIWA 5KTLA 2ZZ1A 3M5XA 2ZTKA 1XBYA 3LB0A 2XFWA 4JX6A 3MO7A 1OF8A 3PC0A 1JCXA 1G4SA 1WDWA 1O94A 2Y89A 4D2JA 1VCFA 4FXRA 3W1AA 3CIXA 3GDLA 1DORA 2Z6JA 3TJXA 2NUXA 1TTIA 3UXAA 3L5AA 4Z1CA 2ATMA 4A2RA 4JDBA 1HO4A 5IM51 5G4EA 3Q37A 4GUGA 2ISVA 3C2VA 5D04C 3NZRA 3QRHA 3SI9A 2H8ZA 4WQ6A 1A5AA 2XN2A 3M47A 4Q32A 1QAPA 1PV8A 1W5NA 4IX2A 3PSWA 5DBUA 3TROA 1TPUA 4MIMA 1W1ZA 2NV1A 4NNBA 1M7OA 2A2IA 4GUHA 5E93A 4LOCA 4R7JA 1VHCA 3YPIA 4BI5A 4N9CA 4S1FA 3QZEA 4DO5A 3MI6A 2ZZ6A 3LXBA 4X3ZA 3FKKA 3CWNA 1RR2A 4XKYB 3OVQA 1VZWA 2NX1A 2W79A 5LNSA 1FWNA 3MHFA 4XTIA 3O6DA 3TDFA 1KM4A 1SSDA 1F76A 3PS7A 2EGZA 3L67A 1PHWA 5G5IA 2J9YA 3SGZA 4O8RA 3A23A 1LDCA 4N9BA 3R5EA 4AHQA 1WBHA 3KRUA 2E09A 3PM6A 4FIQA 4GXMA 5HQEA 3L5LA 1TQJA 2E5DA 2ABAA 4M5PA 4JTLA 5FEZA 5CZTA 5FF2A 3GKAA 2Y85A 2I9EA 4QIUA 2FJKA 2WSYA 3W7MA 3PAJA 3EWWA 4LS2A 5AHFA 3G22A 3VNDA 3LHZA 1RD5A 1S5TA 3N2MA 4I7VA 3VCRA 4FX6M 5DXXA 5D03A 3BG5A 1EWDA 4ZQPA 4NXSA 2QDGA 2WNNA 3LHUA 1J5TA 2I1OA 3RFAA 3TXZA 3O05A 2O7QA 3DFSA 3M43A 3DFTA 1BWLA 1KTBA 4GNJA 1VR6A 3W1TA 2V0TA 4DO6A 4IGHA 3KVLA 4NVTA 1JUBA 1F73A 2P0OA 3DFQA 3KAOA 3NM1A 5LNUA 2BLEA 2Q8LA 2VXNA 2ZRYA 3QPZA 2NX9A 2YFOA 3W07A 4BK9A 3W1PA 1C9DA 2RDTA 3KX6A 3WJZA 3IGSA 3DFNA 4LWWA 3W2LA 3UZJA 3DI1A 4IMGA 4Y8FA 4JTSA 3CWOX 4RR4A 1VS1A 1G4EA 5AHLA 5F4WA 1XBZA 1B4EA 4O17A 2Y88A 1KFEA 1AW5A 3L0NA 3TU9A 3BVJA 3F4WA 4RKAA 3W71A 5CKSA 3UY8A 4N02A 2NXGA 1O95A 4NJJA 1KW1A 1XBXA 3BGJA 3O63A 3G0SA 4UMBA 2EPHA 3R8RA 4O13A 1NVMA 2CLEA 3U8GA 3ZS4A 4M19A 5LSMA 3CU2A 1KBIA 3R2GA 4FNUA 2VFHA 3EX2A 3O07A 2E1DA 1G4TA 1A5CA 2FDSA 4NZFA 1RVGA 2Y7EA 3PUOA 3WJXA 1JJKA 2QAFA 4YLWA 4BI7A 3NQEA 2A85A 1W5PA 2VFFA 3LCFA 1VQTA 1TO3A 3W9ZA 3GDMA 4ADSA 1HFBA 2WV8A 5LNWA 3QYQA 2ZZ7A 3I65A 3W1XA 1IGSA 2VEKA 1XXXA 2A6LA 1JVNA 1TTPA 4O14A 2ZA2A 2A4AA 3P80A 1VPXA 1HO1A 4AH7A 4NNCA 1UUMA 3C8FA 4RX0A 4EF9A 4ZVJA 1WQ5A 3V1PA 4HHPA 5LKYA 1TJRA 3PB0A 5LGZA 5KZMA 1NFBA 3KOFA 1Q6LA 4FHAA 1FCQA 1H7OA 3HB9A 4N6FA 3LI1A 3KVMA 3CPRA 3GR8A 3CEUA 1ZFJA 4EVZA 2YW4A 3L66A 4JY8A 1SW3A 1T0OA 3FIGA 3NQ2A 2X16A 1TPH1 2DORA 3C56A 5AB3A 4LNYA 1TTQA 3G1YA 1XI3A 1AK5A 4RV8A 3B05A 1OYBA 3K30A 2CFFA 4WD0A 3IGUA 4LUJA 4NQ1A 4CNPA 2NLIA 5F2IA 1T96A 4PL1A 4Y90A 4O10A 3FS2A 1DJQA 3BPWA 5CSSA 3GYEA 1LCOA 4FIRA 5L6UA 3C2EA 2FPTA 1ME9A 4WOQA 3HPZA 1EA0A 5KMYA 8TIMA 2B7NA 2RDWA 4UR8A 3QQ1A 4N2YA 1XFBA 4BFAA 3HPXA 4DBEA 2ISSA 4LU0A 3M0ZA 5BOOA 2ZZ4A 1WXJA 3MI3A 3CM4A 4O28A 1GVOA 1KM3A 4HIBA 5DLCA 4FO4A 1Z48A 1YPIA 2DP3A 3W7JA 1Q45A 2QCMA 2X1UA 3PF3A 2V5LA 3DH7A 3A24A 2Q8ZA 4LUIA 2GOUA 3RLUA 2V8ZA 3HGOA 4JICA 1QCWA 2BX7A 3S5YA 3FOKA 4FX7A 5HR7A 5G1TA 4WY0A 4JTKA 1KV8A 2ZRVA 4JR5A 2V81A 7TIMA 3LCWA 3DKJA 3O06A 4RXGA 4X22A 5EPDA 4HSNA 2YZRA 4PEKA 1GPWA 1IIHA 3HG4A 1AL8A 3W1RA 2ZA3A 2ZCGA 1I8JA 4WZHA 3GX9A 5IBXC 2C14A 1NSJA 3TX9A 1YYAA 3SECA 1F05A 5C5YA 3KXQA 3LOTA 1U5JA 4IMFA 4WUIA 2X30A 3B03A 1ALDA 4PC8A 3ATYA 1XKYA 5AYXA 1ZNNA 3W83A 4LVDA 3CTLA 4FNPA 4NJHA 2CZDA 3DAQA 3A9IA 3MBDA 4FX8A 4EWND 3EWUA 3FKRA 3PWAA 4E38A 2G5WA 1K03A 5D2TA 1H50A 1QMLA 2V2DA 5D2YA 3W6YA 3EX1A 4MLRA 5LGXA 1FDZA 2ZZ3A 4JEQA 4PFMA 1DBTA 1KV5A 3TQVA 5ABTA 1F5ZA 4FB7A 3A21A 4UR7A 5CG7A 5CSRA 4I7WA 3S1WA 4NXKA 4N4PA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3S5OA

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