3S9Y | Genus

Total Genus 131

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	331
structure length	331
Chain Sequence	SGLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNMES

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Plasmodium falciparum
publication title	Structure-activity relationships of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase inhibitors as anticancer agents. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	131
structure length	331
sequence length	331
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-06-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3s9yA00

1KBJA 4JIPA 4NJIA 1A50A 1TIMA 4JDBA 3G8RA 3BO9A 1SU5A 5LNVA 3LCLA 1O95A 1K7XA 3IIVA 1KLZA 3E0IA 4LV4A 3NXFA 5EPDA 3R89A 1KTCA 4JTSA 5F4XA 2VFEA 2R94A 2RDUA 3KRZA 4UTIA 3DZ1A 1NFBA 2QDGA 3U2OA 1XBYA 4ML9A 3HPSA 3GIYA 2ZRZA 2P1FA 3FOKA 5AHMA 1AW2A 1NSJA 3QPZA 5G2WA 1A5CA 5FEXA 4DXVA 3O15A 2JGQA 4EF8A 2Q3OA 1ZHAA 1K8ZA 2TMDA 2Z2UA 2ZTKA 5E1QA 2J27A 1KM4A 1W5NA 3HGRA 3LCGA 4MVAA 3M5YA 1KFEA 2DZWA 3EX6A 4HPXA 1OFQA 2NUWA 2RFGA 4JN6A 4YXGA 1GG0A 3QQ0A 2QCDA 4JIQA 4HSOA 4DPPA 5G2HA 3W7JA 2VFIA 3GXNA 1QO2A 5FEPA 3OVPA 3SW6A 4MY9A 4N9BA 4O50A 4O19A 3RF9A 1BTMA 3M43A 4GUHA 2Y62A 3O63A 1PCWA 1NVMA 1T8XA 2KZHA 3UY8A 4DEFA 1Z48A 1J2WA 1OABA 3W7RA 1YPIA 4O4WA 1KFCA 3FKKA 5AFDA 4ZVJA 1PHWA 4RXGA 3O16A 2CLMA 2R91A 4RJEA 5AB3A 5AYXA 4O52A 2DU2A 4MZ1A 4DO5A 1S5VA 1G7UA 3GNDA 1LOSA 2VEIA 4DPQA 1QPNA 3N3MA 1FWNA 2GQ9A 1SZFA 2FIQA 3HG5A 1ZALA 2Z6IA 3E49A 4UFMA 4EIVA 3T7VA 4NJJA 1WX0A 2J9ZA 3P5YA 1PVNA 4NUWA 3TQVA 3EB2A 3IGSA 1YPFA 3S42A 3B0UX 2Y7FA 4O1AA 1QO5A 1FCVA 4Q32A 1I2RA 2C13A 3EXSA 2JKAA 4RXFA 3NYZA 3NQFA 2E1DA 3NEVA 1R46A 5D04C 3WJSA 3G22A 4YCOA 3DKLA 4CQ9A 4QNWA 3CTLA 3KRUA 1W5OA 3PF3A 1JCYA 1QPRA 4ORMA 4Y9AA 1G4TA 4FX6M 2CZ5A 2XN2A 2A7RA 3LV5A 1A53A 2XFWA 5C2XA 4X3ZA 3W1QA 3O6DA 1VYRA 3WJYA 4O28A 3NQMA 2V82A 2ZRWA 1QPQA 4Q33A 3O05A 5HWMA 2VEKA 1DQWA 4O13A 3SJ3A 4UTLA 4MIMA 2A4AA 2GQ8A 3SIZA 3N73A 5D30A 1JUBA 5D32A 2DZVA 1W1ZA 3Q37A 4OWGA 3CIXA 4R7JA 3C2FA 1TJPA 2NXHA 1FDYA 4ZL1A 3G3DA 3IRDA 1YTDA 3NM1A 2I1OA 4GUGA 4JTTA 3FKRA 4Z1AA 3IGXA 5G1YA 5TQLA 2ALDA 3M47A 2VKZG 3IIZA 3SFKA 1R47A 4NXKA 1X6UA 4GWEA 3PSWA 4LVBA 3W7PA 1LRNA 3BGGA 2AAMA 4I7WA 1G7VA 4HNTA 3A5FA 3W7HA 4FO4A 2V5LA 1LOQA 2ZRUA 2NWRA 4BR1A 4X2RA 2YYUA 1JCXA 3LHTA 5I3GA 1GYNA 4L4MA 1F76A 5D33A 5FF3A 1RZMA 3CEPA 3E12A 5D2XA 1K03A 2B0MA 3NQDA 4MY8A 5AN7A 4IWWA 3UXAA 2YZRA 3CM4A 3FYPA 2CLOA 4WJEA 1X7FA 1J4EA 5CPMA 5AC8A 4N02A 1WAUA 1HFBA 2BX7A 3W71A 3GYEA 1QNVA 4UTJA 1HUVA 4AEOA 1MZHA 3QEZA 1DJNA 2WNQA 4LY8A 1FWSA 3S5ZA 3W7CA 1FCUA 4NXSA 3GX9A 3W84A 2Y7EA 5LGXA 3LHUA 4JTGA 2QAFA 3G1AA 5HWJA 5HINA 3C3NA 5CPLA 4UCGA 2YDAA 3DENA 1OFRA 4S2CA 4N9CA 1L6WA 1EIXA 3BG3A 1HTIA 4N4PA 2QKFA 3C2OA 3BK0A 4AWSA 1OK6A 2E68A 5K9DA 1TPDA 3MP3A 4CLMA 2GVJA 2X16A 1TREA 3W7LA 3B4UA 4UNKA 1ML1A 2WQPA 2TYSA 3DHDA 3JR2A 2DZUA 3TUUA 2GOUA 3GDTA 1T99A 3SECA 2I14A 3AO0A 1LYXA 3ATZA 1M7PA 1K7FA 1XDLA 6ALDA 2CLKA 4NVTA 4HPJA 4FF7A 2A0NA 4UR8A 2RKXA 2J24A 2AGKA 1HG3A 1OHLA 4JYDA 2GJNA 3L9CA 3R2GA 3LHZA 1LDCA 3B03A 3GDKA 3HF3A 1W5QA 2G97A 3PS7A 3C52A 3MWAA 4B5NA 5AHEA 3B05A 2CLFA 2ZRXA 2A85A 3FYOA 3N2XA 2EHHA 3M1ZA 3FA5A 4FNRA 2ZZ4A 1W5MA 1A5BA 4TO8A 4HKPA 3G1YA 2JGYA 3INPA 1GQNA 3VFLA 1HL2A 7TIMA 4A2SA 4UTUA 3WFAA 1XBXA 1F74A 4RZ4A 1H7WA 3M7WA 2YR1A 3M5ZA 2NLIA 4BWLC 3W86A 3TQKA 3TK7A 3B8DA 2RDWA 2DZXA 1K7EA 1O94A 4NJGA 1DQXA 4K7VA 4K37A 3TAOA 2ZDRA 5KINA 5LZLA 4YCPA 3KVJA 3NR0A 4IPIA 4YMZA 3TXVA 3LGEA 1WXJA 3HJZA 1LRQA 8TIMA 2X30A 4Y96A 3CEUA 3HMJG 1H1YA 4IXHA 1WA3A 4LC6A 1U5JA 4OQVA 4Q4KA 3ABOA 2G96A 1F6KA 1DVJA 1TTJA 3DFOA 1QAPA 3N2MA 1KLYA 4JTKA 1JQXA 3TMQA 1W56A 1AW1A 4A29A 1ZY9A 1SO4A 2FJKA 3GK0A 5BMXA 1H51A 4KKXA 1SSDA 1TRDA 1FX6A 4OV4A 3W88A 3TAKA 3SI9A 5CGQA 5LNUA 2YGYA 3DHFA 3BG9A 4HHPA 4MZYA 4O11A 3VNDA 1DBTA 1ZAHA 4LC8A 1TV5A 3L5MA 1LORA 3BVJA 4NJHA 3PB2A 3L0NA 5CZTA 3PULA 3UNDA 3W7IA 2C1HA 1CX9A 5L6UA 4ZQCA 3IEBA 3DFNA 2QF7A 2ABBA 5J5RA 2QR6A 3CT7A 2QAPA 3PB0A 4O12A 1R2TA 4NNAA 1TSIA 4QITA 2QJHA 1R2SA 3WJWA 4MFEA 3TSDA 1Q6RA 3S5OA 4OBTA 5K4XA 2YCEA 2PCQA 3W1UA 2NXIA 4Y6GA 4QAIA 1Z41A 3FIGA 4N6FA 4YWIA 4KFPA 3UZJA 3P80A 1K8YA 2ABAA 2FFCA 2NX3A 3BLEA 1VLIA 2O7QA 3WK2A 2NV2A 3VE7A 3MJYA 1JCNA 4S2BA 1H7NA 2YPIA 1CI1A 2JKEA 4POCA 3EXRA 2A2IA 4XBSA 4XWUA 3T78A 4RCXA 4UFKA 3TX9A 2ZRVA 3TW7A 3MBDA 3M5VA 4W9TA 4WUIA 3N14A 1GEQA 5HR7A 3Q94A 4LU0A 1LOLA 4WOZA 3LOTA 1GVOA 3EWZA 4R34A 2YFNA 4LUIA 2WJZA 2OT0A 3WK0A 4LOCA 2QEZA 2VEPA 5AOUA 4UFIA 5KMYA 3QSTA 4NZJA 2HS6A 5DCDA 5KZMA 1SO3A 1H50A 2QCNA 1GYLA 2ZZ3A 1JR1A 4CNOA 1ALDA 1KV8A 1TTQA 4JYFA 3TR2A 3ZWTA 3NL6A 2OJPA 3A21A 4RV8A 1OFPA 1UUOA 1D3GA 4WD0A 2W79A 1KA9F 1FCBA 3CQ0A 1VCFA 1TRIA 2QCDB 2GUUA 2WSRA 3O6YX 1M7OA 1W37A 3NQ7A 2Y6ZA 3P7YA 4LVDA 1X8FA 2NXGA 5AYYA 1OK4A 4O16A 1OX5A 4ZZ9A 2X1TA 3L66A 4IOTA 1NAL1 1W0MA 3DH7A 3DFQA 3LHVA 1R30A 3TQ0A 3W9ZA 4JICA 2WO5A 2H8XA 5CPOA 3W22A 3LM7A 1XCFA 5E0KA 1I4NA 2C15A 1RR2A 4OE7A 1P0NA 5LHFA 1J5TA 2ZA2A 3W7DA 4PL1A 4KFOA 3MYPA 3VE9A 3W07A 4UNLA 2F84A 3CWNA 3O06A 3T55A 4UXDA 4IMDA 4QIUA 3S9YA 4ALDA 3SGUA 1P5BA 5F2LA 1DOSA 3R5EA 1SR9A 2NZLA 3L5LA 1LZOA 4O18A 2Y89A 1PE1A 3NO5A 3EKZA 4JEQA 3M9YA 4E2BA 1W5PA 4XTIA 1VZWA 4HNVA 3LV6A 1C9DA 1EUAA 1IIGA 4JY9A 2B7OA 3S1UA 1RD5A 3PBVA 1K8XA 5EBUA 5G4EA 3CHVA 1I45A 3A24A 2CLLA 3TMLA 3QSRA 4U4MA 3LLFA 4GXMA 3QM3A 3R13A 3GAKA 2ZCGA 3L0KA 2HMCA 2Y7GA 5H2ZA 5FEWA 4LV9A 5FESA 1ZENA 1FUYA 4FNSA 1LROA 4FX8A 4UUIA 2Y88A 4IXXA 3PUOA 3DKJA 2GPTA 1ZJIA 1WOAA 3HPZA 3BW2A 3OVQA 5D37A 5DBTA 4PFMA 4CQ8A 5D02A 1ICQA 1C8VA 3LTYA 4N6EA 3UXDA 3P84A 3HG2A 4K36A 2E77A 2QCGA 3UQNA 3TSMA 2HS8A 4UFJA 4EOUA 4BK9A 1N7KA 4UTHA 2J9YA 3G1XA 3W1PA 4ZQMA 5HUOA 3QW4B 4AF0A 3MYOA 5K9XA 2V2DA 4A3UA 1IIHA 4PODA 2JK2A 5FF0A 1TPB1 2CZEA 2V9DA 2TPSA 4FB7A 3RU6A 4HT3A 3KRSA 1S5TA 1WOBA 1B4KA 4RK8A 3PUEA 3MHUA 4UR7A 1L2UA 3AJXA 3EX3A 3LTSA 1AL8A 1KM2A 3HBLA 4MKNA 3UYCA 1SW7A 3C2RA 4NT0A 3A5VA 3E96A 3P62A 3H55A 1GZGA 5F2GA 1WQ5A 2A1YA 4O8RA 2QUUA 3OVRA 4X9SA 3LXBA 4M6VA 2ISSA 4QJ1A 3QW3A 4CQAA 2CLEA 3W7KA 1FDJA 3KVMA 4XKYA 4AHPA 3GNNA 5EKYA 4I7UA 3NOEA 1FY6A 4NNCA 4N2YA 1KTBA 3W74A 3LLDA 1EP2A 3L65A 3S1VA 3A9IA 3W1MA 5LHEA 3LBCA 5K4ZA 1SPQA 4RZ5A 1TO3A 5F4SA 3STEA 3KOFA 5DXXA 2VEMA 3H53A 4JTFA 3I7SA 1DKWA 2E5BA 1BKSA 3GAYA 3W7NA 4P61A 1G4EA 4AHOA 5HR6A 3W70A 4H6KA 1AK5A 1B9BA 3QF0A 1LBLA 3MO7A 4AHQA 1CW2A 1YXDA 3RMJA 1IXPA 5G2IA 3B0PA 3TDFA 1M5WA 2TSYA 1E51A 2CLHA 3I6RA 3STCA 2BLEA 1Z44A 2Y63A 1OFBA 5C54A 4ZMGA 3HB9A 1AMKA 3L68A 3W23A 1XUZA 3ZWSA 5K9CA 5DCEA 3S0CA 2BZNA 4LUJA 3TC7A 1VHNA 4P2VA 1MEIA 2P10A 2Q8ZA 2DZSA 3W75A 1ADOA 3C8FA 4TR9A 4UC5A 4WZHA 5CPNA 4K6AA 3HO8A 3ABSA 4GRSA 3M41A 5LKYA 3F1QA 1VQTA 1XUUA 2RDTA 1FWTA 4O17A 4KWWA 2OMAA 1DL3A 2BSLA 1LBMA 5I3IA 3DGRA 3A23A 3FFSA 3NGJA 3QRHA 3C4UA 4XZ9A 1ZCOA 3N9SA 2ZA3A 2OT1A 4MJZA 3C2VA 3SSJA 5EY5A 1O60A 3W7MA 5F2MA 2J88A 5I3FA 1TPC1 1VYPX 2B7QA 3NZRA 4AMAA 4PL2A 3BARA 5DELA 3UY7A 1OX4A 2QCHA 1RQEA 3G1SA 3IVTA 4PCFA 1MXSA 5T26A 4UFHA 1VRDA 3NNTA 1LCOA 4I7VA 4JX4A 1H60A 4NX0A 4X22A 3U6WA 3V1PA 4JD4A 3SR7A 3FEMA 3B06A 1G69A 2NUXA 3ELFA 4KFNA 2J9XA 3OIXA 3TKFA 3QFEA 3NAVA 6TIMA 4JTJA 4UTTA 5AHIA 4JTLA 2WSQA 4MYXA 3G0SA 3CU2A 5HJLA 3TJXA 2JBMA 1JULA 1TPVA 3MUXA 3UD6A 2CU0A 3ANYA 1QFEA 1F05A 3CLMA 1ICSA 1O5KA 3HGJA 1VH7A 3W6YA 1LP6A 2QCLA 2VXNA 1IF2A 3JS3A 1SQ7A 2NX1A 2C16A 4DF0A 3TIMA 5KZDA 3LBMA 3L67A 3EEGA 5DXYA 3B04A 1FQ0A 1VS1A 4JTUA 1KFBA 3I65A 2R14A 2XN0A 3PBWA 2V0TA 1KFLA 1UJPA 3DXIA 5IBXA 3T44A 2Y85A 4AH7A 5AHFA 3W72A 2QJIA 3LCWA 4TMCA 5J5DA 5LGZA 1TPFA 1KFJA 3ABRA 4O53A 3BW4A 1P1XA 3NPVA 3LXCA 2F7FA 3F03K 3DFPA 4OHQA 2V8ZA 5CSSA 4R53A 4E2DA 4JX5A 1Q6LA 3DU0A 4K8EA 3PG9A 4M7SA 2CZDA 1XBZA 2A21A 3D0CA 3JRKA 1SW0A 3LRMA 3L5AA 3P8JA 1GTHA 1VGAA 5F1VA 1KBIA 3W73A 5HNRA 2E6AA 4AWTA 4Z1BA 1RQBA 1OYAA 1WBHA 1C29A 5HUPA 4AB4A 4WXYA 5A5WA 3DFTA 3NG3A 3TA6A 1AW5A 2VFFA 4WOQA 3PSVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3S9YA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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