3SCNA

Crystal structure of rice bglu1 e386g mutant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITGNGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
publication title Structural investigation of the basis for cellooligosaccharide synthesis by rice BGlu1 glycosynthases
rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase 7
total genus 194
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3scnA00
2VRKA 1BYBA 3L4ZA 4PTMA 4UZSA 2BS9A 1HIZA 3VDHA 2VOTA 1UUQA 2ZUSA 2JEPA 9CGTA 1E6XM 4PEEA 4U3CA 2FH6A 4P8XA 2BY0A 3AIWA 2XWEA 4TVUA 1JXKA 1CYGA 3UETA 3N1AA 1XYZA 5GNZA 4MB5A 3RILA 2WVVB 2Y8VA 3A47A 1DEDA 4DWSB 3GNRA 3WFLA 3KL5A 2Y8KA 1OB0A 4QLLA 1NOWA 1E0VA 2QLYA 1QI2A 1UR9A 4ACZA 1HP4A 3OBAA 1ODUA 3PZNA 1EGZA 1WDQA 2YDRA 4L4PA 3WMCA 4P7RA 4DWSC 2FGLA 1YHTA 1QVBA 5ABGA 2X09A 1BFNA 1JXJA 5GNYA 1BPLB 1E9LA 1U33A 4ZE5A 3L4VA 4S3JA 4NZCA 3I3BA 3G6MA 2GJXB 3BCFA 5ABFA 2W61A 3W24A 3D5HA 4WSKA 4D6DA 1LG1A 1E1EA 3EDFA 1PIFA 4HPGA 1G94A 1WO2A 2EJ1A 3HMCA 1A3HA 3SCQA 4E4PA 4BQ2A 3WUGA 1WDSA 2YOCA 3OLDA 3EDEA 4L4OA 3U7VA 4Z2IA 3W25A 4GPNA 2PBGA 3VGDA 1H49A 3WF2A 3WQ8A 4C7DA 2CBIA 3OZOA 2PWFA 3MANA 1JAKA 1F4AA 3ARUA 5I0DA 4FLQA 1H0GA 2ZUWA 2PWHA 3GXMA 2XSAA 3WH9A 2JEQA 1H11A 2XM2A 1JDAA 3CUGA 3VNYA 2VX4A 1CEOA 3BSHA 2YIHA 1I1XA 3O2LA 4BF7A 3AZSA 1HN1A 1XH0A 3SCSA 4CCCA 1VEOA 3G6LA 1TUXA 3OA5A 4W5ZA 1UQYA 5CPQA 2VCBA 1D3CA 3NYDA 4JL1A 2DSWA 3L4YA 4B3LA 2J7BA 2OWXA 2NW0A 3JUGA 3BXWA 5FOOA 1LL4A 1GQKA 1JD9A 1BAGA 4HMDA 4Z2KA 1OGSA 3VILA 2JALA 2XGBA 1PIGA 4M29A 2D3NA 2EXOA 2O9OA 4NRSA 1PZ2A 1RD6A 1CGTA 4PN2A 2C8NA 3MS8A 4B15A 5I3DA 2B31A 1C91A 1KWKA 1F4HA 1GQJA 4UOZA 3AIQA 4PMOA 3RCNA 3L2LA 5ABEA 4WKHA 1GQIA 3TA9A 4D1IA 5A95A 4AISA 1UH3A 3QGVA 1ISVA 4OOZA 4W93A 1WKYA 3AS3A 3WH8A 3WQ5A 2Z1SA 1WNOA 3N12A 1HL8A 3VD4A 3WQVA 3WH7A 2ZXQA 2WCAA 2BHZA 4GZIA 1BTCA 2XUCA 3TOPA 1R8LA 1X6NA 4AC1X 6CGTA 4GIAA 1WDPA 3K8LA 3EMCA 1CECA 4OBSA 1D7FA 3AICA 4HZ8A 1EDTA 2G3JA 3AS0A 3SCNA 1L0PA 2X8RA 1JYVA 4CD7A 4U5IA 1JYNA 3FN9A 3WNPA 1NWTA 4EK7A 5JUVA 1Y7VA 2VZSA 4MB4A 2OWCA 5I78A 2WCSA 4TX8A 4YHGA 4HOXA 1NARA 3ARZA 3MKKA 1VFUA 5IDIA 1FP9A 2WKGA 4U33A 3VUPA 3VGGA 1V08A 2O92A 4MB1A 1B3YA 2BXYA 2VZOA 1JDDA 4E8CA 4AZ6A 3M7SA 1V3LA 2DT3A 2NSXA 3FHQA 1HJVA 3VDBA 5CG0A 1TR1A 3CHEA 1C8QA 5HXMA 1HKKA 5I24A 4KH2A 3PZVA 4JKKA 2WWDA 3WNOA 5A8PA 4UQBA 2WVUA 3MMUA 2E9BA 4J3SA 4PBGA 3T09A 2VZTA 2CHOA 3FXYA 1NP2A 4QCFA 2GDUA 3SCWA 5A8OA 1KGXA 2GUYA 1PPIA 2VRJA 1KR1A 2CIPA 1PBGA 4IPLA 2BVDA 2OYLA 3VDCA 1BGAA 3RJXA 3WN6A 2W63A 3CHCA 1C7TA 5ECUA 4AY1A 4AXNA 4DM2A 1OD0A 3GH7A 4X9YA 4U5KA 4UQ9A 2X0YA 4HZ7A 4UFKA 1UR4A 5A8NA 3W28A 1J11A 1W3LA 2YL6A 3WDRA 1MYRA 4DUXA 3GTNA 3GH5A 1LG2A 3T2PA 4MNMA 5CQ1A 2CXGA 4N0RA 3ARTA 2WC3A 3KL0A 3MUAA 1QW8A 1XCWA 3WF3A 3WH6A 1UWUA 4Y7EA 1NM9A 4ZE4A 3PZMA 3FAXA 1EH9A 4UQCA 4H7VA 1UD5A 2PWDA 4XUYA 1EXPA 3E1F1 2Q8XA 5GNXA 2V38A 3OLGA 1ISXA 2DSKA 2WMIB 1M01A 2WZEA 4AZCB 3ARWA 3VGFA 2UY4A 2D0HA 3VIMA 1KGWA 3POCA 3WDQA 4E2OA 1WP6A 2XJ7A 3CUFA 1W32A 1ITXA 4PCTA 4J28A 2O9TA 4BQ5A 4J7RA 3VX1A 1JZ6A 3AXXA 7CGTA 2YKKA 2J7EA 3GYCA 2AAAA 4J27A 3VIOA 4EANA 1J01A 1E40A 1UYQA 1CGWA 4UFJA 3L2MA 5A6KA 1H4PA 4OKDA 1UKQA 2BY2A 4TTGA 1E3XA 4GQQA 1W2VA 2J75A 1B3VA 2OYMA 3UEQA 3ZR6A 5KZ6A 3M46A 3BSGA 3MSDA 4OJYA 3SCVA 4AZIA 3W6LA 5FCZA 1W3JA 5KEZA 2EEXA 4P8WA 3RM4A 2XVKA 1OGGA 2ZICA 5EFDA 4ATDA 2WMGA 2DPEA 3BAYA 4BCEA 3ARYA 1L8NA 3AXIA 3GNPA 1VBUA 2Y5EA 5TD4A 3WEZA 3T0DA 4D71A 1R86A 2VQTA 1MW3A 3DHPA 3THDA 1QI0A 1ITCA 2DT0A 5CGTA 4HA1A 2QMJA 4MPKA 3ARSA 3PTKA 4B3KA 3W82A 3CZLA 1J0YA 4AD5A 1EHAA 2PWEA 2VR5A 3AI0A 2VZUA 3GZAA 3WL1A 5CLTA 5BXPA 3FAWA 1RH9A 4FF5A 3ZJ7A 5D9PA 5CPSA 2BNJA 6A3HA 1K9EA 1KR0A 2A3HA 3M07A 3CLWA 1ZJBA 3CUHA 2VMFA 2BV9A 4DUWA 1KBKA 2PWGA 1IT0A 1W9VA 2F2HA 4CU6A 2YL5A 4M8UA 2D22A 3K46A 3VKKA 2XVGA 1W1PA 3QHOA 4MDOA 5CZKA 5BYWA 3AIBA 1QBAA 4QLJA 1E6PA 5DFAA 1NQ6A 2ZX5A 4MJ2A 5E9AA 2Y4SA 3ZIZA 4OIFA 3WNLA 2WHJA 1PX8A 1G9HA 1ZS2A 1UA3A 3A4XA 4PUDA 3AS2A 1MW2A 4J3XA 1B9ZA 2VZVA 4QCEA 2EPOA 2J7HA 4PMQA 1J0ZA 1UWSA 4JZ5A 3O9NA 3ZT6A 3PHAA 4AEFA 2CBJA 3CHFA 1RP8A 4M80A 3GXFA 2V3FA 4FLOA 1H41A 2VQUA 1JYWA 3I3DA 5M17A 2YL8A 4XZWA 2ZWZA 3OGRA 4D6EA 2F8QA 1JI2A 4QLKA 1CLVA 1W3HA 4UQEA 4P7NA 4ATLA 2XWDA 3T2OA 1PZ3A 1QHZA 2WZHA 4HPHA 2WANA 3WF0A 3GDBA 2ZUVA 4XZBA 5FKYA 2WNWA 1EO7A 3F5LA 4FLRA 4AD2A 1VF8A 1CPUA 2CBUA 4ATWA 3AFBA 3SUWA 1E56A 4P7LA 2VTFA 3PZTA 1MXGA 2WC7A 2YDSA 4UCFA 4UOJA 1CXFA 1DWAM 3PTQA 1CNVA 1DWJM 4V27A 1DWIM 4PSPA 1TA3B 3DYMA 3WD0A 4PTVA 3M6DA 3WMBA 1V6WA 1Q6FA 3WELA 2VVSA 4PSRA 1CGUA 5A3HA 4KWUA 4P7QA 4MAZA 1WZAA 2WCGA 1MXDA 3OZPA 3BAXA 3WD4A 5LA1A 2J4GA 1K9DA 2RGLA 1JZ4A 1E4LA 4CGTA 4D6CA 1R85A 2HISA 4CD4A 2QPUA 2EPKX 2E40A 3LPGA 3ARQA 2Y24A 3BC9A 2DSVA 3S6TA 2FDMA 3T0AA 1UD4A 5JBDA 3B9AA 1WZLA 2WXDM 1UD2A 2XSBA 1CXEA 3EBVA 1KCKA 2DIEA 1V6XA 1HVQA 1CDGA 2YBTA 3SUSA 1CIUA 4TOQA 3NUKA 1GNXA 4M56A 3SCOA 2J7FA 1A47A 3AJ7A 1AQHA 2CEQA 2DSZA 4N42A 2WB5A 3BMVA 4D6FA 1ZU8A 3F5KA 4CN6A 2IXUA 1HJSA 1Q4NX 1OIMA 6TAAA 2CKRA 2WZIA 2X05A 4W8AA 3SURA 3EDDA 4FK9A 1XGZA 1JD7A 1GW1A 3WNMA 1UWRA 3UERA 4B9YA 5BRQA 4UQAA 3AHXA 4HMEA 1ISZA 5A2AA 2WMJA 2GK1A 1QI3A 1TE1A 1BGGA 5D9OA 1PX4A 2VJXA 3EMQA 5C70A 4WSJA 1QI5A 4B9ZA 2ZX9A 2WK2A 4PCSA 3W4RA 1JFXA 3QHMA 1G01A 1O7AA 1V6VA 1V3IA 4UZUA 1QNSA 4CD5A 3WF1A 1B31A 3U5YA 1G0CA 1CXKA 5IXEA 4JAWA 3SIMA 1FFRA 2VVNA 3DYOA 4CN4A 1EOMA 3UG5A 1C3FA 4R27A 3IJ9A 4UFHA 1NOUA 2EPLX 4NSBA 1JZ7A 1KXVA 4JIEA 3CH9A 4H41A 1K9TA 5JBEA 4W86A 5ABHA 2J77A 1QNPA 5D9MA 2QMKA 2G3NA 4HZ6A 4W85A 1C7SA 1ZBKA 2VT0A 1GQLA 4WKFA 1CXHA 3WUEA 1OT2A 4AD3A 1ECEA 5BROA 2ZUTA 4C7GA 5A6MA 3AMKA 4AW7A 1VRXA 1KB3A 5IFTA 3AIUA 4MTVA 1UD3A 4KRUA 5I77A 3OIHA 1NWRA 4WLCA 5AYBA 1B3XA 3EDKA 3KL3A 1BYCA 3CTTA 1P6WA 1JF5A 1WDRA 1UR0A 3ZJKA 1B0IA 4KGLA 3MUY1 1JL8A 3MUZ1 5DMYA 3VIFA 1V3MA 1I1WA 5I6SA 1JZ8A 2V5DA 1FFQA 2D3LA 1FHLA 5HPOA 1CXIA 1E4NA 1XSKA 1H2JA 4H8UA 3F4VA 3ZM8A 3BLPX 1FOBA 3IAPA 1DTUA 3CO4A 2XVPA 3DECA 5E0FA 3NDZA 4AD0A 4ACZB 3RMEA 3U7BA 1US2A 1FH7A 3ZJ8A 4PMZA 5A6JA 4KRTA 1ZBWA 2WSKA 1R7AA 2WLYA 2WBKA 3VPLA 4Q22A 4F66A 2NT0A 5HNNA 4CKQA 3BAIA 3ECQA 3AIEA 1E0WA 4GO9A 1VBRA 5ABFB 4JL2A 1UWQA 4RE3A 1CBGA 2QHAA 1ISWA 1AQ0A 1NWSA 3WBAA 4HTYA 1BF2A 4GO8A 4CN1A 1E72M 3CZJA 3N15A 4IPNB 4UQDA 3RM8A 4PMXA 4AIEA 3PZQA 2E3ZA 4XV0A 1E6QM 1N82A 3WMSA 1WE5A 4PMNA 3HJEA 1HVXA 3WBEA 1E4IA 1SFSA 3WUFA 3MUIA 1V6YA 1UOKA 1RPKA 1NP0A 1KWGA 4Z2LA 2XFRA 3VINA 2FHCA 3TTSA 1GOIA 1KXQA 1TMQA 4PMVA 2E9MA 1V3KA 4AEEA 1QNOA 2CHNA 2WW5A 1DP0A 1EQPA 2X2YA 1OINA 3RO8A 2FHBA 3NDYA 1XV8A 3AOFA 5BRPA 2ZIDA 1HF6A 5AYIA 2VX5A 3AHYA 3N9KA 3VD7A 4WJXA 2ZUUA 3K8KA 1ESWA 4LYRA 4JFSA 2GJPA 1JNEA 2WAGA 4D6HA 1US3A 1UZ1A 4ZFMA 4J3UA 1UD6A 2G3IA 4MADA 4RE2A 3ZJ6A 2FGZA 1LJYA 1JZ3A 4KMQA 3TTYA 4V2XA 1CGVA 3VO0A 5E09A 2VNCA 1VIWA 2EPNA 1Z32X 3WF4A 1W1YA 3EDJA 5BCAA 1AVAA 4LPCA 1GHRA 1EHNA 3U57A 4D6IA 3BH4A 4GQRA 4WKAA 4J3VA 4MDPA 4WK9A 4UNIA 3BAKA 2CCRA 1W91A 5I79A 5JIWA 1KCLA 4UOQA 2W91A 2VI0A 5BXTA 5CSYA 3AQUA 1MQPA 3LPPA 2D0GA 3QHNA 1V6UA 1KBBA 2OSYA 5A8MA 5AC5A 1O6IA 3WH5A 2QV4A 3VIPA 4AD4A 2W66A 4V28A 1MVYA 1V0LA 1XH2A 4QFUA 4AYSA 1IZKA 5EBAA 8A3HA 1ZL1A 3NCOA 5HPCA 4OBRA 2RGMA 2XVNA 1YQ2A 4MNLA 2FHFA 2VUYA 4EAMA 1LL6A 3SCUA 3U5UA 4UTFA 5A6AA 4PRWA 1UHVA 3UG4A 4P8VA 2HVMA 2DQXA 3VNZA 3VMNA 5A94A 1HX0A 2BHYA 5A69A 3KWXA 4RL3A 3W26A 4DM1A 2JIEA 3K4DA 1H5VA 2BXZA 2A3AA 2YJQA 2DSUA 4UFMA 4LXFA 3CUIA 2E8ZA 5D4YA 2VL4A 4WF7A 5CJ5A 1E6RA 2WMFA 3IJ8A 2WC4A 1XSJA 4X0NA 4AZ7A 2J47A 1C8YA 1CZ1A 1BYDA 3ZOAA 4LYQA 4CU8A 4GXPA 1TFVA 1KGUA 1JAEA 1WAWA 3QR3A 2IXVA 3BGAA 3UESA 4ZEPA 3K1DA 4OZOA 3PZIA 3VOCA 2VO5A 3CBWA 2G3MA 4GKLA 1BLIA 3B9DA 7TAAA 1HP5A 4W87A 3VD5A 1GHSA 1FH8A 4E8DA 1UH4A 4JKMA 2XFYA 4A4AA 2OSWA 2E0PA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VRK A;  1BYB A;  3L4Z A;  4PTM A;  4UZS A;  2BS9 A;  1HIZ A;  3VDH A;  2VOT A;  1UUQ A;  2ZUS A;  2JEP A;  9CGT A;  1E6X M;  4PEE A;  4U3C A;  2FH6 A;  4P8X A;  2BY0 A;  3AIW A;  2XWE A;  4TVU A;  1JXK A;  1CYG A;  3UET A;  3N1A A;  1XYZ A;  5GNZ A;  4MB5 A;  3RIL A;  2WVV B;  2Y8V A;  3A47 A;  1DED A;  4DWS B;  3GNR A;  3WFL A;  3KL5 A;  2Y8K A;  1OB0 A;  4QLL A;  1NOW A;  1E0V A;  2QLY A;  1QI2 A;  1UR9 A;  4ACZ A;  1HP4 A;  3OBA A;  1ODU A;  3PZN A;  1EGZ A;  1WDQ A;  2YDR A;  4L4P A;  3WMC A;  4P7R A;  4DWS C;  2FGL A;  1YHT A;  1QVB A;  5ABG A;  2X09 A;  1BFN A;  1JXJ A;  5GNY A;  1BPL B;  1E9L A;  1U33 A;  4ZE5 A;  3L4V A;  4S3J A;  4NZC A;  3I3B A;  3G6M A;  2GJX B;  3BCF A;  5ABF A;  2W61 A;  3W24 A;  3D5H A;  4WSK A;  4D6D A;  1LG1 A;  1E1E A;  3EDF A;  1PIF A;  4HPG A;  1G94 A;  1WO2 A;  2EJ1 A;  3HMC A;  1A3H A;  3SCQ A;  4E4P A;  4BQ2 A;  3WUG A;  1WDS A;  2YOC A;  3OLD A;  3EDE A;  4L4O A;  3U7V A;  4Z2I A;  3W25 A;  4GPN A;  2PBG A;  3VGD A;  1H49 A;  3WF2 A;  3WQ8 A;  4C7D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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