3SCSA

Crystal structure of rice bglu1 e386s mutant complexed with alpha-glucosyl fluoride
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITSNGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural investigation of the basis for cellooligosaccharide synthesis by rice BGlu1 glycosynthases
rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase 7
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 196
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3scsA00
1W9VA 2C0HA 1JYWA 3F5JA 5M03A 3VKKA 3PTMA 3B9DA 5CPQA 4JFUA 4Z2JA 1QNRA 5HPCA 1EA9C 3MV01 1V03A 2WC7A 2J77A 1V3HA 3GZAA 2ZXQA 6CGTA 3WF2A 3VGHA 1RP8A 1E15A 3N18A 5E09A 3QR3A 2J8GA 4LX4A 1CZ1A 4C7DA 2J8FA 2JIEA 1BAGA 2G8ZA 2V3DA 4PMXA 2A3HA 2A3EA 3L4TA 5D9NA 4PYSA 2BY1A 1GOIA 1OGGA 4PUEA 4WLCA 1W9BM 5A3HA 1Q6FA 2YJQA 2DT2A 3AS3A 1P6WA 4NZCA 1JDDA 4PRWA 4HOWA 3VU2A 3WFLA 3MS8A 5D8WA 1EDQA 3DYOA 1OIMA 2PF0A 2UY3A 5IHRA 2EPOA 1UR8A 1ITXA 2J47A 3VD7A 4J3SA 2D22A 4DM2A 1HF6A 4XB3A 3ZT6A 3JUGA 4E2OA 2WXDM 1K9EA 5GNZA 5E6YA 3BLKA 3GXFA 3U7VA 4CCEA 1UKOA 1XH2A 3WDRA 3RIKA 4UOJA 4A4AA 3KL5A 1W9DM 1B31A 2VTFA 2J7FA 3W81A 1NP0A 3VO0A 3W24A 1FFRA 4H8HA 4ACZA 1WZLA 2BV9A 1Q6GA 3WBAA 1CTNA 2NW0A 4JFSA 1EHNA 1CXFA 2WANA 1GONA 4Z2GA 4GPNA 3WDQA 3AHXA 4RE2A 3OGVA 1UKSA 4U31A 4C7FA 3GDBA 1EGZA 4OBSA 3F5KA 2Y5EA 2DSKA 2DH3A 1H5VA 3AICA 6TAAA 4J3UA 4EAMA 3ZMRA 5M5DA 2WB5A 3PZGA 4W5UA 4Z2KA 3ZJ8A 3DC0A 4DUXA 1B30A 1UWUA 4BQ5A 4CN6A 3ZSTA 1H4PA 5EB8A 4LPCA 2QMKA 4PBGA 2YA0A 1BVZA 2CNCA 1WZAA 3J7HA 3VGFA 2GVYA 1YHTA 1AQHA 1OCQA 2FDMA 4MNLA 3MU7A 1ZB5A 5A8PA 1QVBA 1V6XA 3WQ8A 2VURA 1UG6A 2EPLX 4P7QA 1V3LA 2D0GA 3NJ3A 5D8ZA 4ATLA 1M7XA 2VR4A 2Z1KA 4ZEPA 3CZJA 1EH9A 3SUTA 5FOOA 1NM9A 3GNPA 5DEZA 3RO8A 1LWJA 1D2KA 5CXPA 4IUGA 3IAPA 4D6DA 5C8BB 1K9DA 3MMDA 1HKIA 2OWCA 4DWSC 1KXTA 5CZKA 2XWEA 4ZE4A 4CGTA 2X05A 3CHEA 4W87A 3L2LA 2WHJA 2XM2A 3BMVA 1KQZA 4ZENA 2YDSA 3GXIA 1XD1A 3POCA 2XFYA 1CXLA 1J0KA 5HBFA 2DT0A 1UKQA 1C92A 3S6TA 3NSNA 1J0YA 1BHGA 4RE4A 3K46A 1S46A 3ZQ9A 3W6LA 3VIFA 1JZ2A 2G3NA 5HNNA 3VIMA 3UCQA 2FGZA 3WENA 2VOTA 2X8RA 1XH0A 5I6SA 4AZCB 3ARWA 4AXNA 4HPGA 1HJQA 1VEPA 4D6JA 1DWIM 4W89A 2BY2A 2NT1A 3TP4A 3UR7A 1WDRA 2VC9A 2ZIDA 3NIYA 2XM1A 1N82A 3T0AA 3AS0A 3WDJA 3AJ7A 4XZBA 2DDXA 1US2A 4CD4A 1H0IA 1HXJA 3ARZA 2PWFA 5FD0A 4F79A 3MSDA 1B3YA 1I1WA 1RP9A 2VX5A 4W8AA 2OSXA 1IV8A 3AOFA 4WKAA 4JKMA 3AIQA 3CPUA 1ZJAA 5M17A 4UR9A 2W66A 4DUWA 3SCWA 4TVDA 2GDUA 3FW6A 5EMYA 4AW7A 3IJ8A 1E6QM 3WH6A 3W29A 4W5ZA 1E3XA 4D6HA 1GQIA 2X2YA 3VPLA 3W28A 2IUZA 1J01A 1KBBA 3AZTA 3VIKA 1CPUA 2BHZA 2ESCA 2VCBA 1EDTA 3AFBA 4JCLA 4AD3A 2ZICA 3MKKA 2NT0A 1KGXA 3PZNA 4XX6A 3BGAA 5BROA 2DH2A 4NRRA 4WKFA 3U5UA 2VRJA 4V28A 1O7AA 3SCQA 1SR0A 2AAAA 2UY2A 2XHYA 4OZOA 2E0PA 1KCKA 5JBDA 1XRVA 1Q6CA 4CKQA 4UFKA 3WKZA 1MXDA 1UWTA 2J75A 4E8DA 1K9TA 2J78A 4MJ2A 4AWEA 1LLOA 4XZWA 1HKKA 1V3JA 2WCGA 4FLRA 4ZFMA 3WEOA 2VX7A 2CETA 2XYLA 3G6LA 7A3HA 4U3CA 5IHSA 3VUPA 2J7EA 4W85A 2YOCA 2BHUA 4AD0A 1EXPA 1XSJA 1E71M 3MV11 3KZSA 4UQBA 1VFMA 5E9AA 1TZ7A 1PX8A 2GK1A 2OYKA 3WNLA 4P7RA 1QNSA 1E0XA 3AIUA 1VENA 2WHKA 1GHRA 1BLIA 5D9OA 1K9FA 1WCGA 4CD8A 1ISYA 2YBTA 1OT1A 3AISA 2OYLA 3SCTA 4BF7A 3PZ9A 3GYCA 1M01A 2O9RA 4AD1A 3W82A 1GVIA 5DMYA 1HNYA 3CGTA 1GVYA 3W4RA 2J7GA 3PZQA 3VTRA 4MNKA 1WAWA 4W7UA 2BS9A 3W0KA 2WVTA 2FH6A 1GW1A 1C8XA 1DTUA 1E43A 1B3ZA 2JF7A 5I0DA 1TA3B 3MUAA 3F5LA 4N0RA 5I3DA 1HKMA 3WBEA 4TTGA 3WL0A 4DWSB 3CO4A 1H2JA 4LQ1A 3RJXA 1E70M 1HP5A 1MVYA 4CD6A 2ZUWA 2XFRA 2WBKA 4YHEA 2BHYA 1KR1A 1IT0A 1HT6A 1D3CA 3RDKA 2XIIA 4M81A 2XFFA 1JGIA 2VL4A 3VNZA 1CXIA 1E40A 1L8NA 3WH5A 4GI6A 1TR1A 1KXVA 3O6AA 2QHAA 3A3HA 1JNDA 3OLEA 2E3ZA 9CGTA 4B9ZA 1GOOA 1UWRA 3RM9A 1KGWA 1J12A 2JALA 3PTKA 3AMCA 3K1DA 1MQPA 1E6SM 5AYBA 3HMCA 2PWEA 1UD5A 4Q7NA 1NOFA 1GOWA 2WKLA 2WPGA 1DWJM 1VEOA 1SMAA 1JFHA 2YL6A 5LA0A 1V02A 1XYFA 1XSKA 4L4OA 3N1AA 1FH9A 1HL9A 1JYVA 2VQTA 3MANA 1JD7A 2WKGA 2XVNA 3K8KA 4YHGA 3CUHA 2B31A 4R5EA 4HP5A 1CNVA 1NP2A 4J28A 2IXUA 3NCOA 1J0ZA 1E4NA 1TE1A 3WMSA 3A4AA 3WQ4A 1FP8A 1NOUA 7TAAA 3ARPA 2CPUA 5CLWA 5I77A 1W1PA 2VMFA 3AIBA 2WHLA 3TONA 4QAWA 1V6WA 4U3AA 4UCFA 5FCZA 3WN6A 2J7CA 5A6MA 1WPCA 4D1JA 2WWCA 1RPKA 3EMQA 4GO8A 3VDCA 2JFEX 2ZXBA 1X1NA 3VM7A 1MW2A 1QPKA 4AZIA 2HISA 1J10A 3PBGA 3WMCA 1JL8A 1TG7A 3BAWA 3U5YA 2BNJA 2JE8A 1LF1A 4S3JA 1JAKA 2W4XA 1PIFA 4M56A 1ISWA 1Z32X 3AHYA 4N42A 2WNWA 2WMKA 5DFAA 5AYIA 3WELA 1TVNA 4U2YA 1BYBA 4B15A 4D72A 3SCRA 3EDDA 4H8UA 1E0VA 2Q8XA 3OGSA 3HU7A 3ARXA 1E1FA 2EEXA 2FHBA 2ZX6A 1UWQA 3T2QA 3WEMA 2X1IA 3N12A 3NSMA 3VNYA 3AQUA 1WZKA 2XVPA 5BRQA 2J25A 1E5JA 4MPKA 1F4HA 4UFIA 2WMGA 1IZKA 3AMLA 4QP0A 5A2CA 2V38A 3WH7A 1OD8A 2W91A 2VZSA 1LWHA 1QBBA 2C8NA 2GJXA 4GZJA 3SCPA 1R86A 5A6AA 1V0NA 1BVNP 1GCYA 3M6DA 1V02E 1V6YA 1HIZA 3T08A 3QHMA 4MDOA 4JFTA 5A6BA 5I23A 1PPIA 1OGSA 4F9JA 3CIVA 1PX3A 1UUQA 3WUBA 5A6SA 2J79A 2F2HA 5F7UA 1FH8A 1WDPA 4F9DA 2VZVA 1LQ0A 2VNCA 1LL7A 1XV8A 1ZBVA 1SMDA 3OBAA 4HZ6A 1Q4NX 3AIEA 3W25A 1C7SA 1JD9A 4B3KA 5I79A 2D2OA 1LG1A 4AMCA 4D6CA 2PWHA 4OUEA 1HP4A 4TX8A 2CERA 2D3LA 4ACZB 1W91A 4CCCA 4U5KA 5AY7A 2PWGA 2YKKA 3GXMA 4P7NA 1BYAA 3SURA 3BCFA 1CYGA 4PMVA 3RM8A 2XGIA 2V3FA 4J3TA 1UR4A 1UHVA 4WJXA 4JKKA 2WK2A 2PBOA 4AZ7A 1VJSA 1J9YA 1NWRA 1GOMA 4MNMA 3WDIA 1GHSA 2FGLA 3ZIZA 3WH9A 3UG4A 3PZMA 3ZJKA 2GJRA 3DYMA 2CCRA 1CXHA 1JFXA 1MW1A 4GI9A 3T2PA 1X6LA 2YBUA 1E9LA 4HZ7A 4JIEA 2WVUA 2XTKA 1D7FA 5C70A 4D71A 2BVYA 4CN4A 2VZUA 3OZPA 1EQPA 2DQXA 2OSWA 2WCSA 3WF3A 3GNRA 1VFFA 2GSJA 3GM8A 3A6OA 3WNPA 1XCWA 2WSPA 3TTOA 1GPFA 1ZBKA 1GOQA 1CXKA 1G01A 3SCNA 1E6ZA 1ESWA 1JXKA 1FHDA 2G3MA 3FY1A 4KWUA 2G4FA 4MB1A 2GUYA 2WLZA 1J0JA 2Z1SA 1JAEA 2HVMA 4WSKA 3QHOA 4CD5A 1MFUA 4DWSD 1I1XA 1V0KA 4BZYA 2G3IA 4UTFA 5FL1A 3SCUA 4PTVA 1UR1A 1QHZA 1WZMA 3VIIA 1WDSA 1R85A 2ZX7A 5BYWA 1Q6EA 3LPGA 1M53A 1RD6A 2CESA 1KWKA 3TTYA 4WIWA 3WNNA 4KGLA 3IJ7A 2J62A 2D24A 2WCAA 3OGRA 4HA3A 4M1RA 4X9YA 3VDHA 4AY1A 3AROA 4MB4A 1J0HA 1C93A 1FHLA 3F4VA 5M3WA 1C8YA 1UR2A 2YDQA 3G6MA 1BTCA 2D1ZA 2WMFA 1JIBA 1GUVA 3D3AA 2VJXA 5A6LA 5I5RA 2YLAA 4QDMA 2CKRA 3S2CA 4BQ3A 2YA1A 3WD0A 4D1IA 3PZUA 2WMIA 3NYDA 5DT7A 3UERA 4P7LA 3VIHA 5I2UA 1KGUA 1WE5A 4UZUA 3VMNA 3RPMA 5EFDA 2Y2WA 5FKYA 3KEHA 1W1YA 4JFVA 3N11A 4CCDA 1B2YA 2OWXA 2XIBA 1QOXA 2ZXDA 2VQUA 2BY3A 3VOCA 2J7BA 4NI3A 1X6NA 4MTVA 3WUGA 4DM1A 2WMJA 4XUYA 1TVPA 3O2LA 3PHAA 3MMWA 3T09A 3IAQA 3CH9A 4W8LA 1GORA 2W92A 2W5FA 3CZ8A 3T2OA 1EOKA 4OOZA 1RH9A 2JF6A 3L2MA 3WQWA 2DT3A 3CHFA 3GBEA 2O9OA 6A3HA 1Y7VA 4W7VA 5LA2A 1FOBA 2ZOXA 1V0MA 3VDBA 1OM0A 4UFLA 1GQLA 1UZ4A 4E4PA 3WF1A 1J11A 2WLYA 5I24A 3MO4A 5JIWA 1DWHM 5A2BA 4W86A 1BPLB 3POHA 2D23A 2ZX9A 3CBWA 1PIGA 4L4PA 1ODUA 2OSYA 4AYSA 7CGTA 1V3MA 2YDRA 1B3WA 3NSXA 3UR8A 3OZOA 2F61A 3L4XA 3APGA 1UD2A 4LYQA 3VGEA 2YLLA 3WDHA 5HPOA 4QCFA 1VEMA 2J7DA 4PTMA 4HMCA 1MWOA 3SIMA 3WD2A 2WVSA 2XGBA 1C8QA 4UFMA 3QHNA 1QHPA 4M8UA 3VIOA 2E9MA 2CXGA 3GH4A 3GXDA 3W6MA 4AC1X 2WWDA 5I78A 2QV4A 3L4VA 1LG2A 4IISA 1WNOA 1CGXA 2Y24A 4KRTA 1NWUA 4A3YA 1V0LA 1ECEA 1HX0A 2D20A 1CDGA 4R27A 1WP6A 3WNKA 4MNJA 5A8NA 3UEQA 1ZBCA 1EHAA 4E8CA 1KWGA 1UR9A 4PMOA 4PN2A 1W32A 3BAJA 4GZEA 1BGGA 5CLTA 3VGDA 1MW3A 4AZHA 5CJ5A 2GK1B 1J18A 2NSXA 3BSGA 1HVXA 3EDEA 2O9PA 3WFZA 3ARTA 1JF5A 4Y7EA 5KZ6A 1BFNA 4CU7A 3GTNA 3I3EA 1PJ9A 1H49A 1MQRA 1QHOA 3AIWA 1TFVA 1UQYA 5C71A 4M80A 1ITCA 4GIAA 3UG3A 1WKYA 1OIFA 2D0HA 3LMYA 4OJYA 2Y4SA 1CENA 3ZO9A 1QW8A 2X0HA 4XV0A 4AD2A 3VIGA 4J7RA 3OB8A 5A6JA 1DWGM 4WSJA 4PMRA 1I75A 2ZUTA 1QNOA 3RM4A 2WC4A 3TTQA 4D6IA 3CLWA 3WD1A 3WDPP 1E6NA 2EPKX 5GPRA 3SCSA 1MXGA 2RGLA 3A47A 3EDKA 3WH8A 2XSBA 4B16A 3N04A 1HN1A 2CEQA 2VT0A 2XJ7A 5A95A 2JEPA 3ZOAA 4AEFA 2ZWZA 3W27A 1GNXA 4UQEA 3LPPA 1JDAA 4ZXOA 3W26A 4HZ8A 3CMGA 4Z2HA 1FP9A 3ZT7A 3WY1A 1UD8A 3SCOA 1UQZA 1KCLA 3MMUA 2O92A 3T0BA 2XVLA 4PTWA 2VO5A 2E9LA 1CGTA 2WVVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W9V A;  2C0H A;  1JYW A;  3F5J A;  5M03 A;  3VKK A;  3PTM A;  3B9D A;  5CPQ A;  4JFU A;  4Z2J A;  1QNR A;  5HPC A;  1EA9 C;  3MV0 1;  1V03 A;  2WC7 A;  2J77 A;  1V3H A;  3GZA A;  2ZXQ A;  6CGT A;  3WF2 A;  3VGH A;  1RP8 A;  1E15 A;  3N18 A;  5E09 A;  3QR3 A;  2J8G A;  4LX4 A;  1CZ1 A;  4C7D A;  2J8F A;  2JIE A;  1BAG A;  2G8Z A;  2V3D A;  4PMX A;  2A3H A;  2A3E A;  3L4T A;  5D9N A;  4PYS A;  2BY1 A;  1GOI A;  1OGG A;  4PUE A;  4WLC A;  1W9B M;  5A3H A;  1Q6F A;  2YJQ A;  2DT2 A;  3AS3 A;  1P6W A;  4NZC A;  1JDD A;  4PRW A;  4HOW A;  3VU2 A;  3WFL A;  3MS8 A;  5D8W A;  1EDQ A;  3DYO A;  1OIM A;  2PF0 A;  2UY3 A;  5IHR A;  2EPO A;  1UR8 A;  1ITX A;  2J47 A;  3VD7 A;  4J3S A;  2D22 A;  4DM2 A;  1HF6 A;  4XB3 A;  3ZT6 A;  3JUG A;  4E2O A;  2WXD M;  1K9E A;  5GNZ A;  5E6Y A;  3BLK A;  3GXF A;  3U7V A;  4CCE A;  1UKO A;  1XH2 A;  3WDR A;  3RIK A;  4UOJ A;  4A4A A;  3KL5 A;  1W9D M;  1B31 A;  2VTF A;  2J7F A;  3W81 A;  1NP0 A;  3VO0 A;  3W24 A;  1FFR A;  4H8H A;  4ACZ A;  1WZL A;  2BV9 A;  1Q6G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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