3SDOA

Structure of a nitrilotriacetate monooxygenase from burkholderia pseudomallei
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
443
structure length
443
Chain Sequence
GSMTRKHIHFGVLIQGAGANMNAWKHPSVPPDASVNFDFYVDRARRAENAGIAFAFIADSAYVTPKSAPHFLNRFEPISLLSALAVLTSKIGLVGTMSSSYSEPYNVARQFASLDLISGGRAGWNVVTSSIEGTGKNYGRPHPDHAQRYAIAAEHLDVVQGLWDSWDDDALVRDRATGRFFDPDKLHRLDHRGRFFSVEGPLNIRRSPQGQPVIFQAGSSDDGIDLAGRSADAVFSNGSTFDEARVFYRRVKAAAAAAGRNPDHVKVFPGIGPIVGATQQEADDKYRQVRDLLSPREALAYLSHFFQQHDFSVYPLDGPFPDIGTLGSDGFQSTTDNIKRLARERKLTLREVAYEVSTRRSNIGTSEAFIGTPEAVASEMIRWVDEGAADGFMLGLPVTGFGLDDFVDHVLPVLSARGYFDPVRRGATLRDHLGLPYKESRYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a Nitrilotriacetate monooxygenase from Burkholderia pseudomallei
rcsb
molecule keywords Nitrilotriacetate monooxygenase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Burkholderia pseudomallei
total genus 158
structure length 443
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.14.13.-:
pdb deposition date 2011-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 3sdoA00
1LUCB 1M41A 1NFPA 1BRLA 1TVLA 1XKJA 3FGCA 1Z69A 1NQKA 5AECA 5DQPA 2B81A 5LXEA 3B9NA 1BRLB 3B9OA 1BSLA 1RHCA 3FGCB 3B4YA 1EZWA 4US5A 2I7GA 1YW1A 4US5D 3RAOA 1F07A 4UWMA 1FVPA 4J2PA 1LUCA 3C8NA 3SDOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GOQA 3TSBA 3SN1A 3UU0A 1V79A 1W1B1 2EHHA 2DT3A 3BMVA 3MI2A 3IJIA 2ZX6A 1OX4B 1Y0EA 2GSEA 4ERIA 7ODCA 2OO6A 2DJLA 3CC1A 3FJLA 1W3JA 2VGBA 4GUHA 1HO4A 2X30A 5HINA 3GXPA 1L8NA 2O7SA 4I7WA 3B9DA 1A5CA 2XDFA 3NSMA 4P5UA 1UWRA 3VNKA 4GI4A 2BP1A 3W1NA 2DPEA 4AD5A 3S0CA 1TPC1 2J6VA 5FJJA 5A6BA 4OHQA 1DEDA 2XH0A 2NXIA 4A8LA 3H2CA 5J04A 2IS7A 3WQDA 3LPPA 3GH4A 1UOZA 3OODA 4GZ7A 4JX5A 4DWSA 1H2JA 3FEMA 2ZUVA 4PTXA 1B3OA 2G41A 5JUVA 3AYTA 1Q6RA 2POTA 2R1LA 1X98A 1ZHAA 2V6AA 1C92A 5HOSA 4J9JA 4DNHA 4KEMA 3APYA 1W1IE 1UKTA 3B0YA 4L80A 4D1JA 4JTGA 3BAXA 4H9ZA 3U48A 4CCDA 3OZOA 1OG0A 1W1A1 2FIQA 4QCFA 3NYDA 2ISFA 3PZQA 4ZQOA 4K38A 2IQDA 4EPEC 1TPWA 2OEJA 2HTMA 2E8YA 1Y65A 2DZSA 3OGSA 1N8WA 3QR3A 2DIKA 3NPWA 3WLMA 3BAWA 4HHMA 5EL1A 2ZDSA 2AL2A 4AY1A 2CLLA 1PEZA 2YA2A 2Z24A 4ZODA 2WO5A 3GHTA 1U5HA 2GGGA 4CD6A 1LOQA 4PE8A 5CGTA 1Z69A 4Q33A 3QZ6A 2PDWA 1BVNP 3MV11 2D3NA 4FX8A 3ABQA 5CZTA 4NNCA 4RCXA 2Z1WA 2O9OA 1UYQA 3ZM8A 5H8PA 3LRLA 2GPTA 1MFVA 1O5QA 2JF6A 3RR1A 3THCA 2ACQA 3COTA 1RUSA 1RBLA 3R0UA 4ZB0A 2HS8A 5BXSA 4EXQA 3H24A 2RH9A 2YBUA 4CEUC 5AVHA 1KLYA 6REQB 2IPGA 4LUIA 3PVFA 3NJ3A 4EOUA 4EP8C 4IIBA 1VJZA 1XYBA 4O0ZA 4AY8A 3EDJA 4UFHA 2OT0A 3S5OA 3W7QA 2FGLA 2ZIDA 5A6TC 3KRZA 2VD8A 4H04A 1FHLA 5CPMA 2GGJA 3T4WA 1EHNA 1EPVA 2DZAA 4XTIA 5CLTA 2ZZ6A 1L6GA 2VO5A 1XD1A 4Y7EA 4ACYA 3TTEA 3TV8A 2P50A 4WDWA 3PZ9A 3S9ZA 5MKGB 1I9CB 3LZ3A 3CH0A 1XJBA 4HMCA 3G0SA 3TA9A 3IANA 3CV2A 3PJUA 3LY0A 2QJHA 4FNQA 1Q85A 4DM2A 3VM5A 1P1XA 4O16A 3EYPA 3I6EA 4ZQRA 3PWAA 2PF0A 1NQKA 1OC7A 2V5DA 2WCSA 2CKSA 4O15A 4D1IA 1P0DA 2DY3A 1JZ6A 5HMDA 2G37A 2PI6A 3B8WA 1QK0A 2E7FA 2XVGA 5FF0A 1YEYA 4PSRA 3W22A 3C2RA 3HG4A 5D09A 3NURA 2HVNA 5CSRA 2J9YA 1S3TC 3RRXA 2NWRA 1DJZA 4BWLC 3UBPC 1J2WA 3WH7A 5I07A 4LTSA 1KM0A 2QJMA 1LG2A 2E67A 5DF0A 4Y8FA 1PX8A 2OOFA 1TIWA 3HG2A 3UGRA 3EKGA 4WDTA 3W71A 2VX7A 4H9YA 4NX0A 3I3EA 3KVKA 1QHZA 1YBQB 3AHXA 4IJBA 3FN9A 3RPMA 3LRKA 3SRKA 1DJGA 1E15A 3T9PA 3UYCA 1R2SA 3UYIA 4H19A 5CJNA 4ADSA 3F2CA 1EWDA 4UB9A 1SQ7A 4A3HA 1UBPC 4J4KA 4WKHA 3PTMA 3S2JA 3TVAA 3AWNA 1VS1A 4F0SA 4GX8A 3EA2A 3GXMA 2E09A 2E5CA 3E74A 1AUSL 1HO1A 1N8FA 2C1HA 5BNKA 1H1NA 3TP4A 1ADDA 5T26A 4JTRA 2HCVA 1XIGA 4X22A 4GIEA 4QG6A 3GIYA 1ZP4A 2GJXA 4W93A 4GQRA 4UQBA 4O0KA 4EAYA 1JJKA 1SMDA 1C7TA 4PMJA 1DXEA 3BW2A 3NWRA 5KTLA 3K4DA 1MDRA 2EG7A 3ANVA 2BVTA 4ZO8A 3LMYA 2NX1A 5JIWA 4CNTA 4OU1A 3DESA 3HPXA 3U9IA 2V82A 4UTHA 3MBFA 4E4PA 4TV6A 4XVDA 3GXNA 2VCBA 4JTTA 3AYRA 3E2QA 1E72M 4UTJA 1XYMA 3SQLA 1FWHC 2BLEA 2HEJA 1JDAA 2CIPA 2YCLA 1ESWA 2PF8A 1E3ZA 2GWNA 5TF0A 3C8NA 4P7LA 3SGUA 3RYSA 1WXZA 4CKQA 4YTUA 3A4XA 3WNNA 1EC7A 5T9CE 3ZWSA 3UNDA 1E9LA 4N0RA 2I5GA 4FI4A 3AHTA 2OLAA 4FLRA 1PCKA 4C7FA 4OVXA 3RU6A 3M0ZA 4UOQA 4CCCA 4AC7C 4F0RA 4ASTA 1QNPA 1ADSA 5TQLA 4HSHA 1QI3A 1XCWA 3BGAA 3OLGA 1FWTA 3PZVA 5FIPA 1L6SA 3GTXA 5C55A 4R88A 1CGYA 4WKFA 4G7EB 3TUUA 3VNDA 1HVXA 4Z08A 3QOKA 4BK9A 4PUUA 1QJWA 3CQJA 1GOMA 1CX9A 5EA9A 4ADTA 1LLOA 3FXYA 1H7RA 1BVWA 1SW0A 1TV8A 1YNPA 2WOQA 4MY8A 4XZWA 1WZKA 2FHBA 4M19A 1DE5A 3S1XA 2LLEA 3EDFA 1H11A 3W85A 1JUBA 4H00A 4S3EA 3QQWA 1CCWB 1GOXA 1R5YA 2ZTKA 1TPH1 4DBDA 1JDDA 1MXDA 4JFVA 3GVGA 3CMJA 4I7VA 3D3FA 4JTLA 1T99A 3LXCA 3SUUA 4HZMA 4Z2JA 5JU6A 1YMYA 3FOKA 5BWFA 4G5DA 2PU0A 5C7HA 1OK6A 4LB4A 4H9VA 3CU2A 1IR1A 2PLJA 3K4WA 4IWWA 3B0PA 2QUMA 3PAOA 4IOTA 1OYAA 3GXDA 2OKOA 3RCMA 1ZS2A 2WMHA 4D71A 2W79A 5AHFA 3LCIA 4H9XA 1I2QA 4QTGA 2QJJA 1A0CA 2RDUA 1HN1A 4QJ3B 2OQLA 3UZ5A 5LA2A 2KAUC 5AC4A 3B9OA 1I1WA 3CK5A 3WDIA 1Z41A 2RAGA 3SCPA 2KX9A 4LAZA 4AC1X 2WLYA 3NQFA 4NIRA 4GKTA 1ISXA 4DELA 5IDIA 3ZMRA 1WE5A 4NZ3A 1SZEA 2C1GA 3KOZA 4Z1CA 3MVIA 4PMVA 1R85A 1T5AA 3VKAA 1TQJA 5C6MA 3MSYA 5HBFA 5DN1A 2ZE3A 3MPGA 4FB7A 1UB3A 3UPMA 4NRRA 1KKRA 3QGVA 3EOEA 3IVTA 3KP0A 4V27A 4JL2A 1CNVA 4JYDA 1CWYA 1EYWA 2V2HA 2VT0A 3WF3A 1E3XA 4ZA0A 1XFCA 2BDQA 3STPA 2PWHA 3VDCA 3QOMA 4IFOA 2EGZA 3N34A 4UXDA 1NH6A 1XR2A 3UPBA 1T41A 4JNMA 3L2IA 3AUJA 4JIPA 2XVNA 5CG7A 5DT5A 3EBVA 3W7JA 1FXQA 3VA8A 4F2TA 1DWIM 2V69A 2Y5SA 3LTSA 1FHUA 4R5EA 3ZXWA 1GQNA 5EMUA 1JF6A 3UVAA 4AH7A 3AIWA 1JZ3A 3G8RA 3L23A 4LUSA 2REQA 3VCCA 3D5HA 2HQAA 2BB0A 4GQQA 2OTDA 3A5VA 4IQDA 1FVPA 4H6QA 2X0SA 2W63A 4KT2A 2CLEA 3I10A 3CNYA 4C7DA 3IRDA 3SN4A 3KLLA 3EPMA 1PIFA 2QQ6A 3VIGA 1FKXA 3R25A 4GOAA 3DHUA 4N42A 3MYOA 1QU4A 3P67A 2QUVA 1A53A 3AROA 2XH4A 3GDKA 4JHZA 1JCJA 1W3NA 3KCJA 5CPTA 1Z89A 4XUGA 2AAMA 3LXAA 4JFTA 4AD3A 3WIJA 1ECEA 2WQPA 4QS5A 1UQYA 4X63A 3VOGA 2DSZA 2WVTA 1R8LA 3MZNA 4G6CA 4O8AA 4NILA 1W6TA 4YVXA 3DFNA 2ODOA 4LRTA 4C6IA 1WKFA 5D9NA 1YDNA 4IX2A 3SRDA 5ABFB 3BCDA 1H0GA 1DHKA 1RP8A 3HB9A 2NSOA 5HANA 4O10A 2C3ZA 2R6OA 1M6JA 1QPQA 2Z27A 3W81A 1FWDC 3SGZA 2F8QA 1DPMA 2PDKA 1S5NA 4FF7A 3U7VA 1JGIA 3LTPA 4TTUA 2XWDA 3M0HA 2ACSA 4O18A 4GCXA 4KFOA 1Y5WA 2QV4A 1TKKA 3SBFA 4N9CA 4EK7A 4MVAA 5FAJA 3UY8A 1LOLA 1B4EA 1Q6OA 1LBMA 3GU1A 3N17A 2VYOA 1EYEA 4WR3A 4P61A 3M64A 3GTHA 3M5XA 4P8VA 4ACZB 1HGYA 3DI0A 3O1NA 1H5VA 3SCNA 1ZJIA 3K1DA 1QI4A 3CHDA 3TTYA 3CQHA 4IMDA 3KCOA 4RE2A 4CU7A 4P7NA 1TVLA 3PWIA 1JRBA 2CZVA 3HFTA 3QHNA 3KXQA 1QMLA 2IKGA 2RHGA 3ARSA 3FVDA 1IZKA 1Y7VA 5D05A 1O5XA 4G1KA 3S83A 1JAEA 4J35A 5A8OA 1F4HA 1TJPA 4K68A 2E8ZA 3LLFA 4FLSA 2A7RA 4C6PA 3QR0A 1JL8A 4M1RA 1KO0A 3FFSA 3SCOA 3B4YA 4DWSD 1A4MA 5M2FX 1XIIA 4BF7A 3H2EA 4GE8A 4PRRA 4NI8A 3UG4A 4JTUA 2OQHA 1FWCC 1YE6A 3A24A 1BYAA 2P88A 1X1ZA 3IGSA 4PMQA 9XIAA 3FYPA 4JKKA 3JS3A 4GZIA 4JQ3A 2G97A 2AMGA 3QLLA 2P0IA 4ZOAA 3OLIA 2ADAA 3PPCA 1JXKA 4IPNB 3ARVA 3LXBA 1VYPX 2UY4A 2YYUA 2JEQA 5F2IA 4PBEA 4ICMA 5LHFA 1B1YA 2J66A 5CC7A 1GOOA 2H8ZA 1UR4A 1DJXA 3I65A 2OYKA 1KD0A 4AEFA 3NO3A 3GO2A 2WHMA 2XSXA 1QDSA 3CUXA 2VXNA 2ZRYA 4XAYA 2QUNA 1YPFA 3KWXA 5I24A 4NF7A 1XHGA 3QFWA 3PN8A 4LVGA 4GC4A 3IRSA 1FDYA 1BG9A 1GG1A 1XDMA 1S2CA 1K9EA 3V75A 1S5TA 2VR2A 4IMAA 3GU9A 1HL2A 4H2HA 2XH7A 2PZ0A 3NUKA 4CNUA 1XINA 4HNUA 2FVMA 2PDYA 2XM1A 4Q8QA 4W86A 2WSYA 3HQNA 3LCWA 3TXVA 2DVXA 3AIVA 4KERA 4A3UA 1PZ0A 2Q09A 2VOTA 2NQJA 1VBRA 2NSXA 2VZTA 2OSWA 2YA0A 4IM4A 1NSJA 3DI1A 1P6BA 1KM2A 3AXKA 4I6KA 3TN5A 1M5WA 1S2UA 3PJXA 4HPHA 3W24A 2W92A 5K9CA 5MKGA 4REQA 2NVDA 3W7MA 1V7YA 3CZGA 3W7GA 5G2WA 2DZVA 5I3HA 1P0EA 3D46A 2PCQA 3O06A 1BPLB 4QLKA 3UJFA 3SW6A 4W9TA 2OXNA 1E73M 2ZZ7A 3LD5A 4PN2A 5B7YA 4AVOA 4C1NA 3KL0A 3GYEA 2TYSA 4XSLA 4GIRA 4AWTA 4BQ2A 3KZSA 4CD4A 3PWGA 4BQ5A 2P76A 2BTMA 3MO4A 1G4SA 1V3KA 3LUTA 2F9RA 2J47A 3ZT6A 3S1GA 4R9OA 1EJVC 4OBTA 1RQEA 4H83A 3R8RA 2PCEA 1AD1A 3WLSA 3CLMA 2DU2A 3NR0A 1B54A 2QIWA 5A3HA 3NNTA 3R13A 2PDFA 2C8NA 3PBWA 4UCGA 3V0SA 1PWMA 1UIPA 3SCRA 3UVIA 2D22A 3ABOA 1YHTA 1IT7A 3POCA 5FJPA 4P8WA 4PCPA 3UETA 1J0ZA 3FLUA 4YTSA 3H4WA 3LHYA 2IPJA 3VKCA 2QJNA 3WJWA 1E4NA 1EGVA 1FCQA 5E0CA 5G5IA 1GVRA 3CAVA 4MWAE 2G95A 5K9DA 3LHVA 4NJJA 3UEQA 2Y7FA 2GZXA 3BJTA 4U2ZA 5CC3A 2WPGA 2A21A 2J4GA 2GK1A 3DG6A 4KRTA 3GSMA 1FWNA 1R38A 4R33A 1F9CA 1KCLA 3FVMA 3CHCA 5JBDA 2GSHA 5AOUA 2NX9A 4CNPA 2IKIA 3RXZA 3DOPA 2PTWA 1RK5A 3GW3A 1BSIA 1W5QA 5HJLA 2TRSA 1MXSA 4XBSA 4B5NA 1RBAA 1H5YA 3AHZA 1H09A 2Y85A 3BMXA 1LT7A 4JOMA 2ZCGA 2Q3OA 3YPIA 3PANA 1HTIA 4AZCB 1QBBA 4GI6A 4A4AA 1PL9A 3S2LA 4QEEA 3AYSA 3T8QA 3URAA 3EX4A 3GK0A 1IGWA 3ARQA 3VINA 4PFMA 4B5UA 3R94A 3CWNA 4P8UA 4S2BA 4LNYA 1DIDA 4B3LA 5D37A 3W88A 2HVMA 5F4WA 2GVGA 1NF0A 2BSLA 1EF3A 1XDJA 3PTKA 3WJXA 4JTKA 3GDTA 3WQPA 1VCGA 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