3SEC | Genus

Total Genus 85

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	214
structure length	214
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3363769972474637__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3363769972474637__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3SEC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3363769972474637__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3363769972474637","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3SEC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3363769972474637__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d02d88f4d367f4572bac846/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d02d88f4d367f4572bac846/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d02d88f4d367f4572bac846/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d02d88f4d367f4572bac846/pdb.gz): 97 ms

reading 214 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

214 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:213});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Crystal structure of methanococcus thermolithotrophicus orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with pyrazofurin monophosphate rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	85
structure length	214
sequence length	214
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-06-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3secA00

1WDWA 3S1VA 2GUUA 1FDJA 3CIWA 2BZNA 3IIPA 3S5ZA 3NPWA 2YSWA 1SSDA 3STGA 5TBOA 4PEKA 1FWSA 4O17A 3F1QA 2H8XA 1KFEA 1WYIA 4YMZA 1SW7A 1TQJA 4DELA 4A3UA 5HR6A 5AYZA 2VEPA 2CZEA 3U6WA 1B57A 1W5MA 2YZRA 4JY9A 4O54A 5AC7A 3W7JA 1AL7A 1E51A 1GVQA 3OBKA 3GR8A 1KLZA 1C29A 1OX4B 4MYXA 5FEZA 2XN2A 2RDTA 2AGKA 1XCFA 3LLFA 4NQ1A 3SIZA 4ZQPA 3W74A 2I9EA 1TQXA 4YXGA 1GVSA 2ZRZA 2NX1A 8TIMA 1AW5A 1UASA 3LTSA 1ME8A 1EWDA 3PC0A 4DO6A 1XUUA 1LBFA 1YLVA 2FTPA 3IEBA 4K37A 1JQVA 3NQFA 1F05A 3IIXA 1W5OA 4RR4A 4K36A 1YDOA 3TR2A 1S3HA 1R2RA 3TFXA 5CZJA 1K02A 5F2IA 3MHGA 3PVFA 2PRMA 1KM6A 3C52A 3LHUA 4O18A 1XL9A 3UY8A 4JDBA 3DFNA 3AJXA 3MBDA 2ZZ4A 2NUXA 4Y8FA 1TSIA 2H3BA 1NFBA 3NPVA 2B7QA 3NR0A 4PA8A 1ML1A 2WQPA 2J9ZA 4GUHA 2C18A 3BARA 3A24A 3M5YA 4RV8A 1O5XA 3ABQA 1B4EA 1VR6A 4JTIA 2NUWA 4E0CA 4NXKA 4HSNA 1DL3A 3P5YA 4RXGA 2H90A 1TV7A 5HR7A 3W88A 1H60A 1NSJA 4U4MA 1LBLA 4UMAA 4IOTA 5CKSA 5AOUA 1CI1A 4N9BA 1DOSA 4JTEA 3R2GA 4AWTA 4ZQMA 2UV8G 3SR7A 4M7TA 3DHFA 2VKZG 4QAIA 3VE7A 3BW3A 3ANYA 1OF8A 4MZ1A 3I6RA 2XFWA 1Z44A 2C1HA 4A29A 2DZUA 4RCXA 1H5YA 2PCQA 3C4UA 3U2OA 3BGGA 3DU0A 1ZFJA 3L0KA 4O50A 4C1LA 3TH6A 1LZOA 1R2SA 4MFEA 3W07A 4QM1A 1W5QA 2ZZ6A 2E5CA 1LP6A 3OHIA 1GWJA 3JR2A 3CPRA 3VKJA 2QJIA 3L67A 1AW1A 1J4EA 3LCGA 4UTLA 3N3MA 2YFOA 3RLVA 1NAL1 2A7NA 4UTJA 3QFEA 3FKRA 3EXSA 5IBXC 1EUAA 2Y70A 3W1NA 4QQ3A 2FDSA 4K7YA 3HQ1A 3MYOA 2E5BA 3W7CA 1EPXA 4NUWA 4S2CA 2YW4A 1XDMA 3W84A 3W1UA 2OZ0A 4P2VA 4Z1DA 3PR2A 3MUXA 4FNQA 4UFLA 4LT9A 2CLIA 4OWGA 2C3ZA 3DH7A 1Q3NA 4O4VA 2VFEA 2YW3A 1FXQA 4JICA 4FB7A 1THFD 5H2ZA 3N73A 3MHFA 1ALDA 3EB2A 3NVTA 5F2MA 5ABTA 2I14A 2P10A 4XTIA 3HGRA 2DZXA 1FQ0A 4O53A 3LM7A 5AHIA 3CTLA 1XI3A 3HG5A 3PB0A 3QC3A 4MLJA 5G1TA 1J5TA 1GVFA 2YXGA 3QMTA 5FEPA 2A6LA 4O14A 1G69A 1A5BA 1ME9A 1L6YA 1G7VA 1KFLA 3VNDA 3MI2A 1H61A 4U28A 4RJEA 5D2YA 2PRHA 2QCFA 4FXRA 2A21A 3IIOA 3N34A 3NQVA 4IPIA 5C5YA 2FPTA 2GQAA 2B7PA 3E12A 2CZ5A 1TRIA 4NXSA 1VC4A 1PCKA 1M7OA 4OHQA 2WNNA 4QITA 1OFQA 4ML9A 2BWGA 2GJLA 3BLFA 3MYPA 4N6EA 4L4LA 2BX7A 1VPXA 2Y7DA 1LORA 4GUGA 3SECA 4ORMA 3TFCA 5HINA 2WSYA 2NWSA 1I2PA 3TKFA 4MPQA 1S5TA 3W2LA 1QNVA 4CCDA 5AB3A 4M7SA 3C8FA 1F74A 1KV5A 1LOSA 1WAUA 1WXJA 4AMAA 1ZAIA 3O05A 2VC6A 1X8FA 4AWSA 3G8EA 3GDMA 3ZR4A 5K4XA 4JTUA 4LTSA 4NZJA 4LVBA 3SI9A 1PIIA 1TO3A 4LS2A 3W1MA 4JYDA 1H7WA 4HNVA 3H54A 3THQA 3O06A 3E49A 2CLOA 2EAWA 1SFLA 5SWUA 2V2CA 4XUGA 2H8ZA 3MI6A 4K7VA 3W1RA 1F5ZA 4KFOA 3P74A 3OVRA 1H1YA 4FXSA 1TTJA 3LHZA 4K6AA 2BLEA 1Y0EA 3DFSA 3LCXA 3OG3A 1ZAJA 5KZEA 3I7QA 5BMWA 1TIMA 5G2IA 4JX4A 3S8HA 5HUPA 3STCA 5K7JA 4Q4KA 3NZRA 3W7LA 2OJPA 3NOEA 3PAJA 1ZAHA 4JY8A 3SGZA 5AHFA 1FDZA 5CZSA 3B06A 5DLCA 1GTEA 3G1DA 5T26A 1SZGA 2KZHA 3PG9A 3W7IA 1VCFA 4O28A 3INPA 1JRBA 4EWND 3LRMA 4RZ6A 1MXSA 1Z48A 4JD4A 3TXVA 2A1YA 4JGDA 4UMBA 3C3NA 4Z0SA 3MWAA 3EXRA 1UUMA 1EWEA 3EX2A 4P61A 2ZA2A 2EHHA 1IXNA 2QUVA 1N8FA 1QPOA 3STEA 2IQTA 3LTYA 4LVGA 1P1XA 4LRTA 1Z42A 4OT7A 4Z1CA 5CPNA 3LCIA 4IUOA 2LLEA 1I2OA 3W7QA 4QIUA 3EWBX 1G4TA 2A4AA 3TE9A 1BWLA 4ORIA 3QRHA 3LLDA 1BKSA 3TW7A 3W7MA 1RVGA 1VHNA 4EF8A 1T99A 4CQAA 3G1YA 4FHAA 4AWUA 1SQ7A 5EPDA 3M0ZA 2R8WA 3W7DA 1TPEA 1L2UA 3A22A 1Q6OA 3UZ5A 1TTPA 3TROA 4GUFA 3W1LA 3ZFHA 1D3HA 3A5FA 5LHFA 4O10A 2Z6JA 5AC6A 3LHYA 1N55A 2CLKA 3S0CA 3LXAA 3TXZA 4JEQA 2GQ9A 4M6QA 1PVNA 3GK0A 1W0MA 3S5NA 2VFFA 4UMCA 2A6NA 1VRDA 3LRLA 5F4SA 1PL9A 2W6RA 4CCEA 3O6YX 3GKFA 4JIPA 3T40A 3L0GA 5FEWA 3KVJA 1OFAA 3GNNA 3FYOA 1TTIA 1H7RA 3M5ZA 1AW2A 3NGJA 5DY2A 4KFPA 3MMTA 5CPOA 1A5CA 4KFNA 2GQ8A 1KLYA 3B0UX 5KINA 4HNTA 1SFJA 5D33A 1LRTA 1I4NA 5FF3A 3FIGA 2QCEA 3TAOA 3JRKA 3MHUA 3NDOA 1JQXA 3NPXA 3EKLA 3BG9A 3L21A 4EIVA 3DKLA 1VYRA 1OG0A 4FNTA 5EY5A 4UR7A 3PSWA 4UFMA 2E09A 5A8GA 3NQ7A 3HPXA 1UUOA 4RXFA 2FB2A 5CPLA 3S1WA 4Z0JA 1JULA 5TIMA 4WQ6A 1Q6QA 4PH6A 3B0VC 3SFKA 3NXFA 5HULA 2DZPA 1R2TA 2OT1A 3NL6A 2OX1A 3C2EA 1FCUA 3W72A 5U7SA 1KFCA 1YYAA 2X1RA 3D0CA 4NNAA 3NL5A 5D2TA 1EP3A 4IGHA 4J9JA 2WKJA 3ZWSA 4BWLC 4JYFA 4AHQA 1W5PA 3W23A 1W37A 4FX8A 2W79A 1FY6A 4IMDA 3TSMA 2BTMA 4OGZA 1DHPA 3VI2A 3T44A 3NQMA 1QPNA 3I68A 1A5AA 3GKAA 4MFDA 1OX6A 3DENA 3G22A 3O63A 2ISVA 1UB3A 3GAYA 3G3DA 3K30A 3LHVA 2ABAA 2FPVA 5AYYA 1SU5A 1OJXA 2VXNA 1FXPA 3TIMA 4RKAA 4UFKA 3MW7A 1SUXA 1TPFA 1BTMA 3NM3A 1F73A 2JGQA 5AHEA 1W3NA 3UQNA 1Q6RA 2YFNA 3IVTA 2C13A 3M5XA 4X2RA 1XBZA 1S5WA 4UUIA 2GVJA 5IBXA 2B4GA 4JTHA 2J6XA 4GE8A 3QW3A 5MHBA 3W87A 1W3TA 4BF9A 4YCOA 1G7UA 3R8RA 2WOQA 1Q45A 2AAMA 2RHGA 2ISWA 3W1PA 3OVQA 3RLUA 3Q37A 4HHPA 4UTWC 3NZ1A 3GZ3A 2C0AA 2RH9A 3L66A 3OA3A 4WY0B 4O1CA 2ZZ7A 3TDFA 4A22A 3E96A 4AEOA 1D9EA 5KMYA 5D2VA 1KM0A 5CGQA 4TR9A 2A7PA 2BSLA 1ZALA 4Z08A 1K8ZA 3TAKA 2QDHA 1I45A 1FWRA 2QUTA 4GBUA 3DFQA 1FX6A 2WJZA 3HBLA 1LM1A 4OQVA 2E6DA 1TPH1 3PUOA 1R47A 3W7HA 2AQWA 5LNSA 4WOQA 3CEUA 4FO4A 3MO7A 5D2WA 4IX2A 1PV8A 4GFSA 4UNLA 1KBJA 3UYCA 5HWJA 5FF2A 5E1QA 4AB4A 4ZQRA 1RZMA 5EYWA 3M41A 5I3FA 3NL3A 4NJKA 2ZTJA 3A9IA 4PFMA 1DV7A 3BG5A 4JTGA 2X2GA 4WX2A 5D09A 4NJGA 4QISA 5FF0A 2RDWA 3IIVA 4NJHA 3WK3A 1G4SA 2GJNA 3MBFA 1OK4A 1OFOA 4O0ZA 3IRDA 1L9WA 3GNDA 5FF7A 3W1TA 1LLZA 1G4PA 3LX9A 2VFHA 3C2VA 2QCNA 3O1NA 3LB0A 2G5WA 3FS2A 3N9RA 4Y90A 5CPMA 1XBXA 1GPWA 3RU6A 1W31A 3GDRA 2V0TA 2ZQ0A 4JIQA 3HOJA 4RK8A 1PHWA 3W85A 1EIXA 1VYPX 4FIQA 5D38A 1DQWA 4OV4A 3EX4A 3QSTA 1DJNA 2VFIA 1RQEA 1XKYA 4RZ5A 1UJPA 4S2BA 1MSSA 2X1SA 4MY8A 1TPVA 4DPQA 3KFTA 2YYUA 2WSRA 3G1AA 1GT8A 4JTFA 3L5AA 1IIHA 2R91A 1YDNA 4FNSA 5LGXA 3YPIA 4K38A 3HG4A 3HGJA 3L5LA 4MJMA 5GVJA 2JKPA 5KTLA 4OV9A 5C2XA 4I9AA 2NX3A 5KSWA 4NNCA 3O6CA 2VEMA 3U8GA 3RNDA 4AVFA 4N6FA 3C2FA 3EWWA 3G1FA 2QCDB 2NV2A 4D2JA 1U5JA 5DELA 1M6JA 2ATSA 3CQ0A 4JXCA 1UCWA 2ZA3A 2YR1A 4JR5A 2VFGA 4QSHA 3G18A 1OHLA 3P5ZA 2RFGA 1O95A 3SGUA 1FWTA 2JGYA 2FQIA 2Y7FA 2ISSA 4XQ6A 4O57A 4ADUA 1P4CA 3LBMA 5I3GA 1V7YA 3TMLA 1K7XA 5AHNA 1JUEA 4UTTC 5CG7A 3KAOA 7TIMA 4UTKA 1NVMA 2Z1BA 4R33A 4DF2A 1KM2A 1X1ZA 3BGJA 3C56A 3CHVA 3DFTA 2GPTA 3WK1A 4XBSA 1ME7A 1L6WA 3QPYA 4TU1A 4HPXA 4JX6A 4I7VA 4H6KA 2HS8A 3LI1A 3V1PA 2GVGA 3CLMA 1XUZA 1BWKA 1S5VA 1W5NA 3W86A 2DZTA 5LNVA 1XC4A 5F4XA 1TMHA 1C8VA 1EX5A 2NXGA 5BW6A 1QWGA 3N19B 4O8RA 3WK2A 3PBVA 1YXCA 4ZZ9A 3LBCA 3HJZA 4L4MA 3TJLA 2TSYA 3GDTA 1SSGA 1FBAA 4O11A 1ZNNA 4FF7A 3LGEA 3NNTA 4GJ1A 4JTSA 5F4WA 3BPWA 3F4WA 2O7QA 3TC6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3SECA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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