3SGUA

Crystal structure of methanothermobacter thermautotrophicus orotidine 5'-monophosphate decarboxylase covalently modified by 5-fluoro-6-iodo-ump
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
213
structure length
212
Chain Sequence
NRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Methanothermobacter thermautotrophicus orotidine 5'-monophosphate decarboxylase covalently modified by 5-fluoro-6-iodo-UMP
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 81
structure length 212
sequence length 213
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3sguA00
3LCLA 4PA8A 1PCWA 1OX4A 4CCCA 1UUMA 2NXHA 4N9DA 2QDHA 3DGRA 1JCMP 5HWMA 4RLIA 2CLIA 1JRBA 4AHQA 3N9SA 3HG3A 4TIMA 3I65A 2Y7FA 3DKJA 4I7VA 3NQ6A 3P60A 3NQAA 4FX6M 1QPRA 1XFBA 1VS1A 1OFEA 2I14A 4X3ZA 1TPFA 2WPBA 4IMEA 1WOAA 2CFFA 4DXVA 4XUGA 2HMCA 1XKYA 4DO5A 4JX5A 2E5DA 1F74A 2VXNA 4BI5A 5K3VA 2JBMA 2ZBTA 4E2BA 1LORA 1JULA 3R12A 3G0UA 4UR8A 2WSRA 4XQ6A 1R2RA 4LUJA 4GRSA 4PH6A 5IBXC 4ZMGA 1K03A 1H61A 5KZMA 1WDWA 2DZWA 2BTMA 1TTPA 3W7OA 1EWDA 3TQVA 3L66A 3PSVA 4O0ZA 3P82A 4GUFA 1O60A 4MUZA 2Y62A 2V5BA 3OA3A 3QRHA 4JTTA 3TNOA 1EUAA 1KM6A 1A5BA 2PRMA 5D30A 1GVQA 5T26A 1TQJA 3TA6A 3LM7A 4AF0A 2ISVA 8TIMA 4MY9A 3NO5A 4AF0B 3CQ0A 3GAKA 1HG3A 1ZENA 2C0AA 3SIZA 5DLCA 1WBJA 1TJPA 3B0VC 1FCUA 1I45A 4OV4A 4FB7A 3LBMA 1PL9A 3NL3A 3PSWA 3W3OA 4CCEA 2WNZA 4UTTC 3HPXA 1R47A 3LV5A 2VKZG 4KWWA 4O11A 3BG5A 1PV8A 1XUUA 4O17A 3SGZA 2A85A 4NJIA 3GVGA 3BGGA 3F1QA 3LTYA 1FXPA 1HO4A 3W1UA 4XKYA 3VI2A 2ATMA 1PCKA 1H7NA 1GEQA 4XKYB 3NPWA 3KXQA 3FYOA 2QCCA 3O07A 5LNSA 4N4PA 1H7PA 4PCFA 3ABRA 2NX3A 2ZQ0A 2WQPA 3IIXA 1I2RA 1QNVA 1ZJIA 5AYYA 3BW4A 1X1OA 5AHMA 5AN7A 7TIMA 1FY6A 2ALDA 3H53A 4O13A 4OGZA 1AL8A 4N9CA 1GVFA 4GFSA 4RXGA 3NQ8A 1TPEA 3NXFA 3R13A 4PTNA 1RR2A 1LOSA 2XN1A 2GQ8A 2PCQA 1VJIA 1UB3A 2C15A 3T40A 4RR4A 3UWQA 4JNMA 3F4WA 2CZ5A 1LBMA 4LTSA 1S5WA 3CU2A 6TIMA 1THFD 3RU6A 3IIVA 3LLFA 4NXSA 3W7HA 3LI1A 2WOQA 1W5MA 3DI0A 2JKPA 1K8YA 3PBVA 4JTJA 5LHFA 2RDUA 5TBOA 3M16A 3M6YA 4ML9A 4K6AA 2RDWA 3EX4A 3TCEA 3DFTA 1TB3A 3O16A 1H7RA 3S42A 5G2WA 3SW6A 1VCVA 3VCRA 1P1XA 5HWJA 3W7GA 1YADA 1N7KA 3GAYA 5AC6A 3KRZA 5AHEA 3P5YA 5KITA 3W7IA 2Y88A 4R33A 3HIJA 1KTBA 4WOQA 2DJXA 1YXDA 1NFBA 4JYEA 5EL1A 2V2CA 1TIMA 2NUYA 4H6KA 4Z0JA 1GWJA 3B03A 2E6FA 3QC3A 1GYLA 2CW6A 3I7QA 3P7YA 1KFKA 1W8SA 3B8DA 1L6WA 3OEXA 4UFMA 5CPMA 2CLMA 5I3HA 4AEOA 1TRDA 4M6VA 5H2ZA 4IGHA 1G4TA 5CPNA 3STFA 4LVGA 1TPB1 3MO7A 4ADUA 3NQVA 3N2XA 3QW4B 3MHUA 3O6YX 2FQIA 1MSSA 1GVOA 5H91A 4U4MA 2DZUA 4MZ1A 3DFQA 1O5XA 3UWUA 4JTFA 1TREA 4FEZA 4LC6A 2QUVA 3NQ7A 1OFPA 3E0IA 4XZ9A 4W9TA 3GKAA 2ZRVA 2QAFA 1TRIA 3TC7A 4MLJA 2TYSA 3DH7A 4LVBA 3G1HA 1YYAA 1TPC1 1K7XA 4O14A 4HIBA 4QJ1A 3LTSA 4E0CA 1OK6A 1LTDA 1Z42A 3CB8A 1VHCA 1WOBA 3W2NA 1VH7A 1SU5A 2GQAA 3TAKA 3ABQA 4IUOA 4JX4A 4HPJA 4UR7A 5G1YA 2QJHA 1K7EA 3PM6A 5K4XA 3LRKA 1OFBA 5DXXA 3NQCA 5HNRA 1FDYA 3G3MA 2CLOA 5E0KA 4DQWA 1AK5A 1TJRA 1VZWA 4GUHA 3NEVA 1VGAA 4POCA 2ZRUA 3W88A 1Y0EA 3EX1A 3N3MA 2G96A 3WK1A 4Y6GA 4WD0A 4Q33A 5D2TA 3EX6A 1QOQA 3UD6A 2J9YA 3HGSA 3EX2A 3F4NA 3GR7A 4GC4A 4O50A 3WK3A 2QR6A 1OFOA 3C3NA 1VRDA 3RF9A 1A5AA 1NAL1 1QPQA 3BLIA 4MKNA 5A8GA 3NAVA 4S1FA 4ZL1A 1PVNA 1Q3NA 1W1ZA 3TH6A 2X2GA 1ZAJA 3PUOA 1OG0A 3M7WA 2YDAA 1E51A 2FB3A 1EX5A 2AGKA 1H60A 4JEQA 1F6KA 4MFEA 1OX5A 3EKLA 3GDRA 1G69A 2ZRWA 4RZ5A 1QR7A 3DENA 1L6SA 3GDMA 4C1KA 4N02A 3B06A 3V1PA 4I9AA 1XXXA 4IXXA 2Q3RA 3HG2A 5LNVA 5FF2A 3LDVA 4FNTA 4IX2A 2HS8A 3UQNA 3TUUA 3NM1A 1JCYA 3C0JA 4HNTA 3IGXA 4O4WA 3RFAA 5F4XA 1VCGA 3TQKA 2J9ZA 1LCOA 2ZZ5A 4P2VA 2ZZ1A 4KKXA 5G5IA 2G95A 1DHPA 1A5CA 2Y7GA 1SZFA 5AC8A 4A21A 1GYNA 4PL2A 1H63A 5D38A 3IVUA 3BPWA 5AB3A 2J24A 2YGYA 2DZTA 4HNUA 1JCLA 3NL5A 1GJPA 3IGUA 2RKXA 2P0OA 5D04C 3QMTA 2A6NA 1FWTA 1QCWA 4OWGA 4BK9A 3KRUA 4AWSA 3UPWA 1OYCA 1GOXA 4JTIA 1S3HA 3LCIA 5L9FA 3W83A 1K02A 2OMAA 4FO4A 1LBFA 5AOUA 2GJNA 3RLVA 3GXTA 1EA0A 2Z1BA 3NYZA 4EVZA 4AXKA 3PUDA 4ORMA 3A5FA 1FWRA 1XC4A 3EB2A 3EWYA 3PR2A 5FF0A 1NSJA 1GG1A 2DJLA 3QJAA 1YDVA 4RZ4A 3PC0A 3SZ8A 1OJXA 2O7SA 2EHHA 3LXBA 4FX8A 4KWVA 4X22A 1I8JA 1KLYA 1SR9A 2I1OA 1WBHA 2YXGA 3M43A 3OVPA 3P8IA 4RJEA 2KZHA 1EP3A 1X6UA 4Y8FA 2V9DA 4UCGA 2EAWA 3MP5A 1IIHA 1VYRA 2A21A 3N34A 1HUVA 4M7TA 4Z08A 4ZZ9A 2DZSA 4DPQA 4QAIA 4UTHA 3THAA 4QQ3A 4K39A 2V8ZA 1ZCOA 3JR2A 3W07A 3TKFA 1T96A 1AW5A 3BG3A 4EOUA 3QW3A 2V2HA 3KHJA 1SW3A 3W7PA 3G18A 1D3GA 3O06A 5F1UA 1R2TA 2QAPA 3W1NA 2P1FA 3W72A 4BI7A 1ZFJA 1QDSA 3BK0A 3P5ZA 3RLUA 1P0NA 4JS3A 2NV2A 2UV8G 4CCDA 4CNPA 1H7OA 1MO0A 3W23A 2W6RA 4LOCA 4NZFA 4PEKA 3TX9A 2OX1A 2BWGA 2BSLA 3W76A 4IPJA 4UMAA 4UNLA 3PG9A 1KA9F 1ME9A 1ALDA 1JCNA 5KMYA 3GYEA 1A5SA 3P62A 4O10A 2ZTKA 1K7FA 1WA3A 5K9DA 4DEFA 3BARA 2WSQA 3MUXA 3O8AA 3OBKA 4IMFA 2E6DA 1SW0A 3E49A 4YWIA 3DBPA 3QQ1A 1LOQA 4FNSA 2HS6A 1CI1A 3W7EA 1TMHA 4Y96A 3P81A 4HT3A 2JKAA 1XBVA 4UFLA 5I3FA 4JN6A 1OX4B 4JY9A 3GDLA 3V75A 1XDLA 4YCOA 2YYUA 5L6UA 3W7KA 3DI1A 1FDZA 3TC6A 4JTLA 5F2MA 1LRTA 2J6XA 2WV8A 4U28A 2X16A 3OVRA 4AH7A 4O0KA 4ZQPA 1S5TA 3GNDA 4DF2A 3ABSA 1QO2A 1BKSA 4ZQMA 4UIOA 1KFCA 3QH2A 4JIPA 4OHQA 1IXQA 4QITA 3W7CA 3MHGA 1I2NA 2ZFAA 3A5VA 1TV5A 1KFJA 3QMRA 5D2WA 3MYOA 3CT7A 2HSAA 3G3DA 3G1SA 1P4CA 2ISSA 4TR9A 4MYXA 2F7FA 3PB0A 2FIQA 3E96A 1TPVA 4ZQOA 1B4EA 3LXCA 1FWWA 1Q45A 1F5ZA 3HO8A 3GK0A 3B0PA 5DCEA 1SPQA 1SZGA 3KFTA 2B4GA 4KFOA 1SZNA 3HG5A 3W2LA 3WJXA 3QYQA 1R46A 1JCJA 4K8EA 1YDNA 4K37A 1TPUA 3YPIA 4NX0A 1N8FA 4UTWA 4LT9A 5KTLA 2GQ9A 4LC8A 1HO1A 2X30A 3ATZA 1RQHA 4EF9A 4WJEA 2YPIA 3QMSA 4ZQRA 4UMBA 3G22A 2DZPA 2H3BA 5HR6A 3CEUA 3UZJA 1QOPA 3A23A 1RD5A 3LCWA 3MWAA 3W2KA 3W1LA 1KM3A 5HR7A 3TE9A 1M7PA 2VFIA 2PURA 4LV9A 1RQEA 3G0XA 1H62A 5G1TA 3JRKA 4KFPA 1K3UA 2BZNA 3B4UA 3GR8A 3NZRA 1NEYA 4NZJA 3GX9A 1H50A 3P74A 3Q2DA 1GTHA 5EKYA 1M5WA 2B0MA 4N9BA 1JR1A 3NPVA 1W3NA 1MXSA 3M5XA 4NVTA 5HULA 2ZZ3A 2R91A 3NM3A 4GUIA 1TO3A 1ME8A 3SGUA 3TW6A 4O1BA 2H6RA 3LOTA 1OVDA 2TMDA 4I7WA 1KLZA 1KW1A 3OG3A 3B0UX 1N55A 4QNWA 3HBLA 4MY8A 2C6QA 3PG8A 4TMBA 3S1WA 3LHTA 5E1QA 1OYAA 5CZ0A 3STGA 3UXDA 4LRSA 4MIMA 1YTEA 1GVSA 4ONVA 3HQ1A 1YDOA 2FPYA 2ZZ7A 4RV8A 3W70A 4C1LA 4R53A 3O1NA 4JDYA 5CZJA 3KAOA 3B05A 5FF7A 2W0UA 4DBEA 1ZALA 3M5ZA 4YL2A 3USBA 3NPXA 5EBUA 1G7VA 3G1AA 3GNNA 1XBZA 3NL2A 4UC5A 3Q37A 4YXGA 1A53A 2C19A 3MP4A 3W2MA 1B9BA 1OHLA 2A1YA 4WY0F 3UXAA 4IX0A 1F2JA 3M5YA 4AWTA 3R8RA 5F1VA 4ZQNA 6ALDA 1JRCA 2BXVA 3L0KA 1ZNNA 2H3DA 1FDJA 1FCBA 2EF9A 5I3JA 1H7XA 4WXZA 3LRMA 1VYSX 2VELA 2QUTA 5KSWA 1W31A 1M7OA 2Z6JA 2QJIA 2BX7A 3R89A 5CGQA 1XBXA 4AMAA 1SUXA 4UTWC 1OF8A 2HTMA 4TO8A 3QF0A 3DAQA 5AHLA 4UFJA 3BVJA 1KTCA 3EKZA 1Q6OA 3C56A 3CHVA 1KFEA 4GXMA 4AWUA 1NF0A 1LM1A 5EA9A 3LCHA 3L21A 3PF3A 3UWYA 3EWXA 3IRDA 3S9YA 1I2QA 5K9XA 1VCFA 3S8HA 2J9XA 1OYBA 2RFGA 4O8RA 2R14A 2X1UA 3W7MA 1ML1A 5CZTA 3TK7A 1BWLA 4G1KA 3GXNA 3L0GA 1WAUA 1KM0A 2JK2A 3P80A 4GBUA 3W22A 1EIXA 4FXRA 1DQWA 1ZAIA 3TDFA 2WJZA 1Z44A 5MHBA 2GUUA 5EMUA 1FX6A 5G4EA 3STEA 2QDGA 3S0CA 3K30A 1H5YA 1RVGA 4O53A 5KINA 2E77A 3W7QA 3FLUA 1SO6A 4CQ9A 1GT8A 5F2IA 4FHAA 1W5NA 3LB0A 3CWOX 1DV7A 1OF6A 3LLDA 1BTMA 4EF8A 4IXHA 1WQ5A 2YFNA 2Y85A 4RX0A 2GPTA 4ZVJA 1G7UA 1VLIA 4JTEA 1FCQA 4XTDA 1MEIA 1IGSA 5LZLA 3HPSA 1JUKA 4UUIA 2V82A 1UJPA 2ZZ4A 3FYPA 4RKAA 5IM51 2Y61A 3W2JA 3LHVA 2YR1A 3VE9A 1PHQA 3DU0A 5ABTA 1FCVA 1PS9A 1NF7A 3NNTA 2ZRXA 1SFJA 1LBLA 3EWZA 3EWUA 3H54A 3QZEA 1W0MA 4AHPA 1WX0A 3LHUA 4GJ1A 3HF3A 4Y90A 1B3OA 3FA5A 5J5DA 1BEUA 4OU1A 4QISA 1J5TA 1H7WA 2IQTA 1QFEA 3WJYA 2H8ZA 5K4ZA 4OQVA 4QM1A 5D33A 4Z1BA 4O12A 3W73A 1HL2A 2Z0IA 2G97A 2X1SA 4N2YA 4GNJA 5EPDA 4CQ8A 1UASA 2EKCA 3DKLA 4BR1A 3KRSA 3FJ6A 3WK0A 4HN4A 4QSHA 1OK4A 3U6WA 5G2HA 2ABBA 4Y9AA 3Q94A 4NQ1A 1XUZA 3E12A 5FI8A 1JUEA 2CZDA 2ISWA 4GWEA 4N9EA 3ZWSA 3QSRA 1W37A 1H1ZA 1LDCA 4HSNA 4M19A 2C18A 3FKRA 2YFOA 1TTQA 2PC4A 5DXYA 2B7PA 5CG7A 4MVAA 3MYPA 2NXIA 3HG4A 2TPSA 1GQNA 1RV8A 2V2DA 4LVFA 2ZCGA 3UY8A 2NUWA 4IWWA 3SI9A 2A6LA 3TQ0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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