3SIM | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	275
structure length	275
Chain Sequence	TLFVEYIGYPLFSGVKFSDVPINPHITKFQFVLSFAVDYTASSPHTSTNGKFNVFWDSSILGPDQISAIKSSHPNVRVAVSLGGASVGSNTVQFQAASVDSWVSNAVTSLTRIIQRYNLDGIDIDYEHFQNTDKNTFAECIGRLITTLKKNGVISFASISPFPSVDEYYLALFNEYKNAINHINYQFKAYDSSTSVDKFLGYYNNAASKYKGGNVLISFSTGPHPGGLPVDKGFFDAATSLKNKGKLHGIAVWTADTSKSSDFRYEEEAQAFLVS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystallographic structure analysis of family 18 Chitinase from Crocus vernus rcsb
molecule keywords	Protein, Family 18 Chitinase
molecule tags	Hydrolase
total genus	95
structure length	275
sequence length	275
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-06-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3simA00

2WC4A 3WF3A 3BLPX 1JNEA 3AFBA 3RPMA 3WD0A 1VIWA 5E6YA 2BY0A 5I24A 4MJ2A 3EDKA 1BGGA 4PTMA 4CN4A 1JZ7A 2BVDA 3UR7A 2BS9A 2VTFA 1QOXA 3NJ3A 5CJ5A 3WEMA 1FOBA 3EMQA 3VD5A 2OYKA 4PTXA 2DSWA 4CCCA 3VIPA 3WUFA 3RDKA 1KXHA 4JZ5A 4WIWA 4BQ5A 2J78A 5BRPA 3N15A 3VVGA 2RGMA 2WHMA 4OUEA 3TTYA 1VFMA 3ZO9A 3AMLA 3CHDA 4AZ7A 5A2AA 1R85A 4D6IA 4PMOA 1V3MA 1W3HA 4JFUA 2VOTA 5C70A 3BH4A 2FGLA 1B3YA 1JZ5A 1UWTA 1WNOA 4FLRA 2YBTA 1OWQA 1XH0A 3EBVA 4DWSB 1UHVA 3VIMA 2V5DA 1SMAA 4W7WA 1CXEA 3AQUA 4BZYA 5IHSA 1F4HA 4LQ1A 1LF1A 2WSKA 2BY1A 3WY1A 1IZJA 4FLOA 4EKJA 2FDMA 2WCSA 3CUIA 3PZNA 2J74A 2XYLA 4QCFA 3BSHA 1D3CA 2C8NA 3OIHA 4UQEA 1XSJA 3AICA 4AZCA 2DT3A 2Y4SA 4UFIA 1TR1A 4URIA 1MQQA 2D3LA 2GFTA 4M29A 1M01A 4Z2HA 2EPKX 3ZIZA 4E2OA 1X1NA 3A4WA 3PHAA 4F9JA 5D9NA 3WENA 4WLCA 1PAMA 2J7FA 1BSIA 2O9RA 3AIRA 2WM0A 1UQZA 1E6PA 4PCSA 2EPLX 1UOKA 1KGXA 4JL1A 1UZ4A 3OLDA 3D3AA 5KEZA 5AY7A 1MQPA 5BROA 2YDSA 1OT2A 4AEFA 3WL0A 4PTWA 4ACZA 2EXOA 3GYCA 5GNYA 2G41A 5A6MA 3IANA 4MJ4A 3WMBA 3QOKA 5I79A 1L8NA 1JFHA 1HKMA 4XX6A 1OT1A 3ARRA 4BQ4A 1R7OA 2XSAA 1EDGA 4EANA 2YIHA 4P7LA 3T0DA 4P7QA 1WDPA 1UWRA 2WMIB 1JGIA 5D9PA 2YL5A 4W87A 3SCWA 2WXDM 3PTQA 5FD0A 3RM9A 4CKQA 5E70A 3VD9A 1B3XA 3BMWA 3WNOA 4H7VA 2JFEX 4JL2A 4MB3A 5ECUA 3WBEA 3WNNA 2Z1KA 1UQYA 1WCGA 1RP9A 2FGZA 3O2LA 3CUGA 3M07A 1VBRA 3PZIA 2DIJA 5LA1A 1JD7A 2VR4A 3ARZA 3F5KA 1E9LA 3VUPA 2X8RA 3MKKA 1I1XA 1US2A 4TTUA 1TUXA 4QLKA 2DT0A 1BF2A 4AD3A 1XSKA 3AMKA 4LYPA 1QNPA 5DEZA 5EFFA 1TVPA 4N0RA 3ZSTA 4CU7A 2WBGA 3TTOA 1E0WA 1FFQA 2E4TA 3SIMA 4AZHA 4U33A 1WDSA 4M80A 2YBUA 3ZSSA 3VILA 4AW7A 1J0YA 1GOMA 4PMZA 4XZBA 1FH7A 1QHOA 1QNOA 2WVVA 3GH4A 4ZE5A 1KXVA 4ATWA 3CUHA 1Q6FA 2X09A 1JDAA 1ITCA 1E15A 1C7SA 1G5AA 5BCAA 2E9MA 3ZR6A 1XC6A 2CBUA 3BAYA 3AMCA 3W6MA 1J0HA 2W63A 1W3KA 1R86A 1MW3A 5GPRA 1H41A 3G6MA 2D0GA 3VIFA 1UKOA 1ZBCA 2WAGA 3ALGA 1NARA 5A8OA 5JIWA 4KH2A 1ZBWA 4BS0A 2PWDA 3AIEA 1QHPA 1DWIM 1E6SM 5F7UA 6CGTA 2WWDA 2TAAA 1WAWA 1MVYA 1WO2A 1DTUA 1EQPA 2WHLA 1L0PA 4OOUA 1U30A 5GNXA 1UWQA 1TZ7A 2CBIA 3SCTA 1UWUA 3S2CA 1G0CA 4QP0A 3GXDA 2D20A 1C90A 4DWSA 4OJYA 1B1YA 1GQKA 4ZEPA 4AD5A 1KB3A 4GI8A 2PWEA 4JKKA 4L4PA 3SUVA 1G1YA 1KR1A 2E40A 3WIJA 3VGFA 2E9LA 4HPGA 2DSVA 3CHFA 4D71A 2O9TA 3CGTA 1ZBVA 5A6AA 5E0CA 5A2BA 1E1EA 4ATLA 4GZEA 3CBWA 2J79A 1ZJBA 4NI3A 1C7TA 3PZTA 4M8UA 4P8UA 3KL0A 2WB5A 2WKLA 4TVDA 2UY4A 2VC9A 2CCRA 3SUTA 1H1NA 3WDJA 3CZKA 5IFTA 3AZTA 4PMDA 4P7NA 2VX4A 1NOWA 1V6UA 3AROA 4M56A 3VIGA 2V3FA 3L4VA 4GXPA 1E1FA 4PN2A 1CEOA 2UY3A 2NW0A 1VF8A 4UOJA 1UA7A 3PZMA 4JHZA 2BVYA 1E3ZA 4MDPA 1U2YA 3WKZA 1WZKA 3K4AA 1HL9A 1J01A 4XUYA 1B30A 1CGVA 2ZICA 2XVPA 3QGVA 2WMIA 4U5IA 1WZMA 1W9BM 2A3EA 1CGXA 2WWCA 1V3HA 2CITA 2D22A 7CGTA 5HPOA 1E73M 1MXGA 4PMYA 5A69A 1CWYA 3MUIA 1KCLA 1KWGA 4PMNA 4U3AA 1WZAA 4H8UA 3VX0A 3ZJ6A 4MNMA 3WNKA 4AZGA 4DM2A 3IAPA 3NDYA 1H3GA 2X0HA 3WELA 4XZWA 4IUGA 3MU7A 1M03A 2UWFA 2DGAA 1CYGA 5I2UA 2JEPA 3GXMA 4UFHA 1KXQA 1JF5A 4JCMA 1QNRA 5I77A 5BXSA 1MYRA 1GNXA 3IJ9A 4MNKA 2WLZA 1BHGA 4V2XA 3MUY1 3OBAA 1CIUA 1LLOA 2OSWA 1FH9A 5EBAA 3T2OA 1PEZA 4D6FA 1CDGA 1B90A 5A6BA 5A8NA 2WK2A 1J9YA 1ECEA 4Z2GA 1HVXA 4UQCA 2EJ1A 1SR0A 3UG3A 2BNJA 3RM4A 2BY3A 3W24A 3MMWA 2J7CA 5IFPA 2ESCA 5A6LA 4W7UA 5JBFA 3WNLA 5FKYA 2CYGA 1FA2A 4Q22A 4RE3A 3AIVA 4WSJA 1W91A 1NWUA 1UD4A 4W8AA 2PC8A 2QMJA 1JL8A 1QI5A 1V6VA 1AQHA 3ZR5A 5CZKA 4MADA 1WDRA 3RM8A 3GH5A 3N11A 3VIIA 4B9YA 1DWHM 4PSRA 4XB3A 3UG5A 3AS2A 3I3BA 5IDIA 4GQQA 1G9HA 4HOWA 4U2ZA 3VU2A 3WDQA 3EDEA 3OGSA 3VGBA 3PTMA 1GJWA 4B3KA 4W86A 3DHPA 4TX6A 3AJ7A 3NSXA 1UWSA 3BXWA 3TP4A 1ISXA 4J3UA 1JYXA 3VD7A 2YDQA 2ZX6A 3MMDA 4IPNB 2AOSA 2V3GA 4P7OA 4TX8A 3WUGA 3OZPA 4GKLA 2PWGA 1UR9A 1NH6A 1W2PA 1HJSA 4D6DA 3SUUA 2ZUVA 2VT0A 4AD0A 3W0KA 1ISYA 1HL8A 2F2HA 2WZEA 1JDCA 1NM9A 1E5JA 1FHLA 4NRRA 4LYQA 3SCVA 4CN6A 4YHEA 3SUSA 2J4GA 2XUCA 5AC4A 1CXLA 3UEQA 1OSEA 3A6OA 8A3HA 1DWJM 1EQCA 2W91A 3MUAA 2YKKA 4QAWA 3CIVA 3PZ9A 3UCQA 2VCCA 3OLGA 4OKDA 3BAIA 3PZQA 3AIQA 1JZ6A 3AIWA 3N17A 4FMVA 2OWXA 3L4YA 1JIBA 3FXYA 2WVVB 2VQTA 3A4XA 3L4TA 5A2CA 4P8XA 2YL9A 3OB8A 1CZ1A 4PYSA 4HU0A 1CXHA 6TAAA 4XV0A 2O9PA 4MB1A 3B9DA 1JNDA 2W66A 2XVNA 3UESA 5A6SA 4YHGA 1O6IA 4HMCA 4AC1X 1HF6A 1E55A 2XPKA 4HOZA 1BQCA 1BGAA 1JYNA 4AIUA 1M04A 3AMDA 3VIKA 2ZOXA 3U7VA 2DSUA 1US3A 1W2VA 3N1AA 5C71A 4JIEA 2DT2A 1B3VA 1I75A 2CKSA 2CBJA 4H8VA 4ML4A 3WD4A 5E0FA 3MSGA 1HIZA 4TXEA 5CGTA 2D23A 1OB0A 1DHKA 3L2LA 4AIOA 2Y24A 5EB8A 3WL1A 3J7HA 2OYLA 2CERA 1WDQA 4OOZA 2V3EA 1P6WA 4U5KA 3RMEA 2VZOA 3ARUA 2GJRA 3AHXA 1BYBA 2MANA 4HPHA 4S3KA 1MFVA 3GNPA 4BCEA 3WH8A 4J3WA 5A6KA 2V38A 4KWUA 1VBUA 2G4FA 5A94A 4HA4A 3SCSA 4H8HA 5GQBA 3RJYA 1QNSA 3W37A 4RE4A 3FAWA 1HJXA 3O9NA 3BAWA 3LPPA 3W82A 3ZT7A 5CSUA 2VNCA 4A4AA 1E71M 3RO8A 1Y7VA 4HU8A 2YL8A 3U57A 2ZUTA 1H0GA 4GINA 1HT6A 1FFRA 1Q6CA 3II1A 2GJXB 3DYPA 2WNWA 1Q4NX 3IJ7A 3VINA 1M7XA 2YA0A 2QF8A 4W5ZA 5HDRA 1W3LA 2J8GA 1PX3A 4CCDA 5A8PA 1UKTA 5HPCA 3WNPA 4CN1A 4A3YA 2GUYA 5A3HA 1MFUA 1MW1A 2XSBA 3W27A 4MNLA 1QI3A 1JDDA 1XV8A 4H41A 4JFVA 4AZBA 3NSNA 3TOPA 4DUVA 2D0FA 1JXKA 1EDTA 3AI0A 1WE5A 3K8MA 2XFFA 3PZOA 4MNJA 2NSXA 5CGMA 1UH4A 3VD3A 2EBNA 3DYMA 1DEDA 4AD2A 1AQ0A 3ZT5A 1PIGA 1EOKA 1GONA 4NF7A 3WSUA 2XGBA 3CH9A 4M24A 3CHEA 3GDBA 3LPGA 2XJ7A 1CXKA 2J77A 3U5UA 2IXUA 1OGGA 4W89A 1OM0A 2PWHA 4BF7A 2PB1A 4HP5A 2PF0A 3WDPP 2YDRA 2J7GA 4F9DA 4AWEA 3WD3A 1JZ4A 2XVLA 1VJZA 3CZGA 1EDQA 2ZXAA 1UWIA 2DSZA 1OD8A 4DUXA 2OWWA 3CPUA 1H4PA 1C92A 1V3KA 3RCNA 1XSIA 3AHZA 1JF6A 4TOQA 2ZXBA 2GVYA 2J25A 1J10A 1A47A 1R8LA 1GW1A 1E6XM 5HBFA 2X1IA 1HKIA 1UKQA 2XWEA 4D6EA 2BY2A 3F5LA 2O9OA 3LPOA 2A3CA 4ACYA 4H04A 3KL3A 4PCTA 2VZTA 3W38A 4UTFA 3E1F1 1TVNA 3ECQA 3ZOAA 2WYSA 1GOQA 5LA2A 4ZXOA 1J11A 1GOIA 4AZ6A 1DP0A 1UD3A 1J18A 3TA9A 1KQYA 3GXFA 3O6AA 2V3DA 4GI6A 5E09A 3TTSA 4DWSC 1V02A 1E72M 3DYOA 1W9VA 1LL4A 3HMCA 1CTNA 3WF2A 1E5NA 2FHCA 7TAAA 1VFUA 1BLIA 3W81A 1CGWA 3NSMA 1XYZA 4AY1A 2DQXA 3WNMA 3AHTA 3AZRA 1D2KA 5A1AA 3QHNA 3BC9A 4D1JA 1XH1A 1E4NA 1BFNA 3MV01 4D6GA 4AZIA 1OCQA 4HA1A 3M46A 2VI0A 5HOSA 1FP9A 3RILA 3NYDA 2EPOA 2WKGA 2YA1A 4GZJA 4M1RA 1OD0A 1E4LA 3RJXA 3I3DA 1LL7A 2VVSA 4BQ3A 2C7FA 5ABFB 4UFJA 2JALA 2VJXA 4GPNA 5EMYA 3FY1A 3NDZA 3MV11 1K6AA 2VX7A 3WD2A 2NT0A 1GJUA 4GZIA 1TCMA 3SURA 3GBDA 2WSPA 1QI0A 3I3EA 2IXVA 4Z2JA 3BAXA 1IV8A 3VDCA 1W1YA 2CNCA 4UZUA 1EGZA 1DWAM 2FH8A 3K8LA 5D8WA 2D1ZA 1V0NA 1EO5A 1TMQA 3SUWA 1VEMA 5D8ZA 3GNRA 5CPSA 3MO4A 1RD6A 2GJXA 3WMSA 4ATDA 1PX8A 3GXIA 3AMGA 3TTQA 2F61A 1F4AA 2HVMA 1SYTA 2BHUA 4HMEA 1C8XA 3THCA 1JI2A 4KRTA 3WQ8A 1J0ZA 4ZENA 2XVKA 4J27A 4PMVA 1QI2A 2VURA 3K46A 5I3DA 4AD4A 1CBGA 1BAGA 3T08A 4FK9A 3GBEA 1UD5A 4JKMA 3VIOA 4PUEA 3BSGA 3POCA 3ARWA 2ZX9A 3ZJKA 2OYMA 3VKKA 3VM7A 2OLHA 1UUQA 2ZUSA 3W28A 3AYRA 3VTRA 2CBVA 2Q8XA 4U31A 5BXRA 1LQ0A 3CZEA 4MPKA 3DC0A 4J3XA 1J0IA 1WB0A 3CTTA 3VMPA 1PBGA 1W3JA 4B9ZA 5CLWA 2WVSA 3KL5A 3WEZA 4HZ7A 4C7DA 1BVZA 1H09A 2J7DA 1KR0A 3WF0A 2VX5A 1UR1A 2WCGA 1G94A 1M53A 2WCAA 3L4UA 4C7FA 1K9TA 1KFWA 4X0NA 1QI4A 4CD5A 4PUDA 4R5EA 5HNNA 4J3VA 2E9BA 2OWCA 1ISWA 3MUZ1 2CXGA 1QBAA 1MXDA 1BVNP 3ARXA 4B15A 2W62A 5CLTA 1H11A 5M03A 4PRWA 2YLLA 1MQRA 1HP5A 3VD4A 2G3MA 4W84A 1HX0A 4IPLA 2WBKA 1AMYA 2X05A 2VRKA 4D1IA 3WDHA 1UR4A 4PEEA 1QVBA 4HZ8A 2VUYA 3B9EA 3OZOA 2GJPA 2XWDA 3VMOA 1OGSA 1JYVA 1W9DM 4UFKA 3SCRA 1LG1A 4UCFA 4AIEA 1UA3A 3T2QA 3VIHA 3QHOA 4BQ2A 2XM1A 4UOZA 4F8XA 4PBGA 4CD7A 4D72A 3OG2A 5KZ6A 3BGAA 1OINA 3PBGA 2W67A 1JFXA 4ZXLA 2DDXA 3UETA 1PIFA 1BYCA 1JAKA 2NT1A 1KGWA 4UZSA 4P8VA 2WMJA 3VGEA 5TD4A 3WF4A 2DH3A 1W1VA 4AEEA 3CZLA 4DWSD 5I23A 1OGBA 3ARQA 2Y8VA 4S3JA 1B0IA 4M82A 2BHZA 1ISVA 4W7VA 1JD9A 2GSJA 3WFZA 3WDRA 1WKYA 2OSYA 4TVCA 2ZX8A 2QMKA 3L4XA 1CXFA 1B31A 2J7HA 4E8CA 1EHNA 1TE1A 5D9OA 5ABFA 2WMGA 1V3JA 3CZ8A 2VZUA 2BVTA 2BFGA 1Q6EA 3HJEA 5A6JA 4KRUA 1SMDA 5AC5A 1UR2A 4LX4A 2CETA 5JUVA 5M5DA 1H5VA 1W9UA 1QHZA 3CUJA 2J7BA 2FH6A 4OBSA 3A3HA 2ZUMA 3CO4A 1W1TA 4TVUA 4CU6A 1Q6GA 3PN8A 4E4PA 5DMYA 2W61A 3RIKA 3N13A 3T2PA 1JI1A 3ARVA 4KGJA 5CPTA 1NP0A 4QDMA 4KMQA 1IZKA 2WMHA 3L4ZA 1HJWA 1BYDA 5CXPA 2VZVA 3MANA 1GQLA 3FN9A 2ZX7A 4GI9A 3AS0A 4MDOA 4WKHA 3KEHA 1CPUA 1E0VA 1HNYA 3BMVA 4WKFA 1GUVA 2QV4A 2VQUA 4JCLA 3A4AA 1CGTA 3AOFA 3FW6A 3POHA 4V28A 4JKLA 1PZ2A 4X0VA 2WZHA 4YPJA 4UNIA 3SEPA 1U33A 2O92A 3W26A 4WKAA 1E6NA 1HVQA 4W85A 4K68A 2W4XA 5AYIA 1UD8A 2WLYA 2JF7A 3WD1A 4OIFA 2YL6A 2J75A 2C0HA 2WZIA 1CECA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3SIMA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations