3SIMA

Crystallographic structure analysis of family 18 chitinase from crocus vernus
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
275
structure length
275
Chain Sequence
TLFVEYIGYPLFSGVKFSDVPINPHITKFQFVLSFAVDYTASSPHTSTNGKFNVFWDSSILGPDQISAIKSSHPNVRVAVSLGGASVGSNTVQFQAASVDSWVSNAVTSLTRIIQRYNLDGIDIDYEHFQNTDKNTFAECIGRLITTLKKNGVISFASISPFPSVDEYYLALFNEYKNAINHINYQFKAYDSSTSVDKFLGYYNNAASKYKGGNVLISFSTGPHPGGLPVDKGFFDAATSLKNKGKLHGIAVWTADTSKSSDFRYEEEAQAFLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic structure analysis of family 18 Chitinase from Crocus vernus
rcsb
molecule keywords Protein, Family 18 Chitinase
molecule tags Hydrolase
total genus 95
structure length 275
sequence length 275
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3simA00
3G6MA 1A3HA 3U7VA 3PZQA 3EMQA 3CUIA 1E15A 5FL0A 1SFSA 1U2YA 5D9NA 1QI2A 3M07A 1RH9A 3EDJA 4MDOA 1KR1A 5TD4A 1E56A 1XCWA 4ZE4A 2XGIA 3CLWA 4Z2IA 2XM2A 1QBBA 2V3FA 4ZXOA 1BVNP 1HKIA 2V3EA 1C90A 4CVWA 4P7LA 5FD0A 1CIUA 2PWHA 1UH2A 2VL4A 1VFOA 3VIPA 2NSXA 1MFVA 2JEQA 3ARRA 2D0FA 2WWDA 4ACYA 4AISA 1V02A 4HMCA 1GQKA 1HIZA 2OSXA 1UHVA 4D6DA 2PWFA 2XJ7A 3BAWA 1JNDA 3CH9A 3WQWA 5CPQA 1H09A 5CPTA 2OYLA 3W24A 4HOWA 5I2UA 1CBGA 1EOMA 3PZTA 2JF6A 4X0NA 1HKKA 4R5EA 1TZ7A 1JAEA 2ZUMA 1H0IA 3PTQA 1ZL1A 2PBGA 4GIAA 1E4NA 1E6PA 1JIBA 1F4HA 2G3IA 2CBUA 4UFLA 5F7UA 2O9RA 1J0YA 1J18A 3VNZA 1BLIA 3T2OA 3VD4A 3FHAA 3W6LA 4OZOA 4KRUA 4ZE5A 4OOZA 3M7SA 3FAXA 3TP4A 1BTCA 4J3XA 2CYGA 4HMDA 1WZAA 3B9EA 1CLXA 1NWSA 4K68A 3N1AA 1CXKA 3SCNA 1OIMA 2XIBA 1QOXA 2CIPA 4UQCA 4PMXA 3MMUA 3VGBA 1UR8A 4UQ9A 2ZXBA 3GH4A 2E9LA 2VCBA 5CQ1A 1US2A 3RPMA 1AVAA 1PX4A 2XTKA 4J7RA 1JAKA 1UKSA 2DPEA 2VR5A 3AHXA 1HL8A 4U2YA 1UKTA 2C7FA 1HJVA 4PTMA 4GPNA 5DT7A 1GPFA 1FFRA 4Z2HA 1GJUA 1PZ3A 2VVNA 2V38A 4LXFA 4AC1X 4CN4A 3RMEA 1PIFA 4UNIA 3SURA 5BCAA 1UWSA 4D6IA 1FFQA 3WNPA 5A8NA 3FW6A 4W89A 3IAPA 3WF2A 2ZUSA 4BA0A 3MSDA 1TVPA 1PIGA 5ABEA 2YDRA 2XVLA 3AXHA 1OGBA 2OWCA 1HJXA 3HMCA 1EH9A 3MV11 4YPJA 5M5DA 1CDGA 2JE8A 1E71M 1ISZA 1V08A 4AMCA 2OLHA 4WJXA 1W9BM 2VJXA 1V3LA 3WQ5A 1ISVA 3NSMA 3WNLA 1RP8A 3SCSA 3WEOA 4DWSB 1CLVA 2DEPA 3JUGA 4A3YA 3ZJ6A 4UQDA 4UZSA 4PTXA 3OLDA 1O7AA 1Q6CA 3SUWA 1W91A 3FXYA 2UY4A 3VIFA 3WNKA 4CCDA 2XM1A 2WC3A 3BSHA 5M03A 4XB3A 1EO5A 1W3HA 3LPFA 4R27A 1BGGA 1ISXA 3AIBA 3F5KA 8A3HA 3A3HA 1UD8A 3L4XA 1XCXA 4OJYA 1VAHA 5CSYA 3KZSA 4ATLA 1MXGA 3AI0A 1V3KA 4NI3A 1HNYA 1KBKA 1UOKA 4ZXLA 3F5LA 1EDTA 3T2PA 2BY2A 1RP9A 1MQRA 2WSPA 3I3EA 3W82A 3OB8A 4C7DA 5IHRA 1VJZA 2WMFA 4HA4A 4H8UA 3WELA 4PMRA 1E0XA 1LG2A 4P7OA 5FOOA 3AOFA 4WIWA 2CCRA 1UKQA 1ODZA 3WH9A 2J78A 1W1TA 1G9HA 2VR4A 4Z2KA 1XD0A 4W93A 1V02E 2CITA 1AQ0A 3BAYA 4FLQA 1N82A 1HT6A 4WKAA 3NUKA 1PAMA 3W4RA 4TVCA 2WAGA 1W1PA 1KBBA 1LLOA 3WDHA 7TAAA 3FY1A 1MYRA 3MV01 2CPUA 3ALGA 4HTYA 2PI6A 1W9XA 1VBUA 3W0KA 3WBEA 2EPKX 3AROA 1V6VA 1BSIA 3AZTA 3BAJA 3U5UA 1EXPA 2E8ZA 5LA0A 4D6JA 1WZMA 2DGAA 2QPSA 2WLYA 1ECEA 4P8XA 3PTKA 1TA3A 4UFMA 3EDEA 4LPCA 1R7OA 3BSGA 5A2BA 1IZJA 3VIJA 4OBSA 1K6AA 4WF7A 3VGDA 3VMOA 1G94A 3FN9A 3AZSA 4QDMA 3U57A 3W26A 4CD5A 5GPRA 5AC4A 1JYVA 4CD7A 1E43A 3CO4A 2W67A 4AZ5A 3ECQA 2EPNA 4B9YA 3WH6A 3AMGA 1W2PA 2DSVA 3VILA 2EPLX 4P8UA 2EPMX 3OLIA 2GVYA 3NSXA 3BCDA 1KFWA 4WSKA 4HPHA 2JFEX 2WZIA 4U3AA 5A6BA 2Z1KA 4GO8A 1UR2A 3D3AA 4U5IA 1GQJA 5A2CA 3WUFA 4QFUA 1B3WA 2YKKA 2WMIB 3L4WA 5IDIA 3AIUA 2XWEA 4UTFA 4M29A 1QI4A 1VJSA 3MUY1 2HISA 1LWHA 4JIEA 3PZOA 3PZ9A 1WZKA 1CXFA 1GQLA 5E70A 1WE5A 2AAAA 2YBUA 1BYAA 1VENA 4JAWA 1X1NA 4Z2GA 3GXIA 4UR9A 2WBKA 2QLYA 2VUYA 4GZEA 2BVYA 2BY0A 5EMYA 3UETA 1EQPA 2CKRA 1FHDA 1H1NA 1KQYA 1GZJA 4XUYA 5CLWA 2MANA 2J77A 2ZUWA 3UEQA 4AZCB 1H2JA 3WD3A 4DM1A 1JZ5A 1HN1A 1BYBA 4PTWA 4D1IA 1E6XM 4AYSA 3TA9A 1UQYA 4AD2A 2D22A 2J79A 3A6OA 1BYCA 5ABGA 2FGLA 2WBGA 3ZOAA 3ZR6A 2WYSA 3RIKA 2ESCA 2DH3A 1C93A 1WDPA 4MNMA 4QLKA 4IPLA 1CENA 2ZXQA 3WQ6A 1ZU8A 4W86A 2XPKA 5HBFA 3UCQA 1H11A 1HJQA 2QMKA 1J0HA 4TUFA 3IJ8A 3NIYA 2YLAA 2D3NA 1Q4NX 2G41A 1BQCA 1NOUA 1RPKA 2ZUNA 1OCQA 1B2YA 1KWKA 2VMFA 2XVGA 3WY1A 4LYPA 4OKDA 4P7QA 4JCMA 3WNNA 1YQ2A 2GK1A 1B0IA 5D9OA 2BV9A 1EHAA 3W25A 1UR1A 2W61A 4M81A 4W5UA 4WLCA 2J7FA 2YA0A 1VEMA 5GQBA 2J7HA 4BQ5A 4UFJA 4FMVA 1UZ4A 3RILA 1CZ1A 4HA3A 4H7VA 5D9MA 4N0RA 2XHYA 3AIWA 1XRVA 1E6RA 5BXPA 3WH8A 1I1XA 4GQRA 1CXEA 2JALA 2GJXA 1GW1A 3CGTA 2Y8VA 3WH5A 2GDVA 1FOBA 3AS3A 1Q6EA 1JFXA 4JL1A 3AS0A 4DM2A 3QGVA 5FKYA 3FNDA 3WF1A 5A1AA 1J0JA 1E6ZA 4TVUA 4UFIA 3WDQA 3NDYA 4WSJA 5JBDA 3W38A 3L2MA 3BCFA 1MFUA 4AY1A 1JNEA 2D3LA 1KQZA 3OLGA 4UQBA 4UFHA 4M80A 4P8WA 2RGMA 3ZJ7A 1W9PA 3AYSA 1E9LA 1XV8A 5I77A 1OT2A 2PB1A 3WUBA 3K8KA 5D4YA 2GUYA 4U33A 2BHZA 5CSUA 1K9DA 1W3JA 3GNOA 2FGZA 3CZJA 1UYQA 1E73M 4J3TA 2XG9A 1QNSA 3EMZA 3GBDA 1E0VA 3MSGA 1HF6A 2J62A 1MW1A 2A3BA 3AXIA 1OWQA 1K9TA 3AHZA 1EO7A 1OBAA 3UR8A 3AIQA 2ZWYA 4CN1A 1J10A 2CEQA 4Y7EA 2Y24A 3DC0A 1UWTA 4MB4A 4URIA 1DWAM 1BG9A 1D2KA 3BXWA 4QLLA 3O9NA 3VD7A 4HPGA 2VQUA 3VVGA 3MUIA 3W6MA 2FH8A 5I5RA 2W91A 2OSYA 4AZIA 5D9PA 4MNLA 4A4AA 1QI5A 4XX6A 1WAWA 1W1YA 5A95A 1C3FA 4H41A 1AQHA 3WUEA 5I23A 5E9AA 2JIWA 4W84A 3MS8A 1JZ7A 1XC6A 1QNQA 1HJWA 4Z2LA 4AD4A 2BHYA 1XSIA 4CKQA 3ZO9A 4KGLA 1HJSA 3APGA 2XWDA 3ALFA 4W5ZA 1DWJM 4J28A 2J8GA 4XZWA 4ZFMA 2YBTA 3A4WA 4HOXA 1WKYA 1Q6FA 1QHOA 1PX3A 5CJ5A 1M03A 3WD1A 3QHMA 3WNMA 3VDAA 1L8NA 2J4GA 1W1VA 2VC9A 4TOQA 3BLPX 3B9DA 1W9DM 3O6AA 3M6DA 2QV4A 4PCTA 5IFPA 3WFZA 3KEHA 3FAWA 3CZLA 1CEOA 1GOIA 3PZIA 4EAMA 2ZE0A 1PBGA 1VRXA 2DT0A 5AC5A 3TTOA 1UH4A 3OZPA 3D5HA 5BRQA 3ARTA 3SUTA 4TX8A 1OD0A 1ZB5A 3QR3A 5GNZA 2XSAA 3BMVA 5BRPA 3MKKA 4NF7A 4JFTA 1EDGA 4CGTA 5AYBA 5KZ6A 1C8YA 4P8VA 1K9EA 5FL1A 2D20A 1ZJAA 2DH2A 5A6MA 5JIWA 3ZJ8A 2A3CA 1ZS2A 2DT1A 1ZBCA 3AHVA 3TTSA 3CBWA 3DYPA 4AD0A 1M04A 2NT0A 3WEZA 3W53A 4UQAA 5CZKA 2XFRA 1V3HA 5ABFB 3ARWA 1ZBKA 6A3HA 3GBEA 3WQVA 3FHQA 2GJRA 1Q6GA 2AMGA 2ZIDA 2WSKA 2CETA 1W9VA 2BVDA 1XGZA 2YOCA 4TX6A 4BQ2A 1A47A 5DMYA 4V28A 2J7BA 2W5FA 3CIVA 1ISYA 3DHPA 3SCUA 1C91A 2D0GA 1MQPA 1G0CA 3K1DA 1UD4A 1E4LA 1V6WA 3HU7A 2C0HA 3B8SA 3MANA 1BVZA 1E3XA 1OD8A 1JGIA 2VVSA 1HVQA 1M53A 1CGYA 4B15A 3VUPA 3LPGA 3WDPP 4MADA 5LYRA 1B3VA 5E0FA 2QPUA 3CZEA 1H0GA 5I79A 3VGFA 1V6XA 1G1YA 1VFFA 5A8MA 3EDDA 4JKMA 2E3ZA 4QLJA 1XYZA 1TA3B 3MU7A 3PZNA 3IJ9A 4D6EA 5JBEA 1WPCA 2VNCA 1QNPA 2OSWA 1C7TA 4HZ8A 2J7EA 3VU2A 1XSKA 4EKJA 4JFWA 1WCGA 3WUGA 2E40A 2WCGA 1VF8A 3GM8A 1R87A 4CU6A 3GDBA 4PUEA 3KWXA 3SUVA 2XGBA 1P6WA 2E4TA 1KXVA 2VCAA 2W66A 2D0HA 3AFBA 1E5NA 2WVTA 4LYQA 5ABFA 1VEPA 2W62A 3AZRA 4TXEA 1DEDA 3T0DA 3BMWA 4AZHA 2WHMA 3WQ8A 3M46A 2V5CA 5I78A 4MB3A 2PWEA 3N12A 4HU0A 2J7GA 4E4PA 3G6LA 1J0KA 2Y4SA 2ZWZA 4D71A 3AICA 1SMDA 5DEZA 4GI8A 1LF1A 2Y5EA 4V27A 4B3KA 4DWSD 2WMKA 3ZT6A 2E9BA 4MJ4A 5A94A 4MDPA 2WMJA 1HKMA 3SCWA 1BYDA 3OGSA 3QHOA 3ARZA 4GINA 1HX0A 1OB0A 1QPKA 1QW9A 3WKZA 5C71A 3W29A 2WMGA 4HA1A 4AZ7A 1JZ2A 2VRQA 1IZKA 3GZAA 1J9YA 2WLZA 2VT0A 4PYSA 2NW0A 5D8ZA 2WWCA 3IK2A 1ZBWA 2DSUA 2CESA 4S3KA 4JL2A 3CUFA 2VCCA 3GXMA 2OYMA 2FDMA 3VDBA 4JFVA 1X6NA 4GO9A 2VURA 2WKLA 3CHDA 4J3SA 1UD3A 1QNOA 1NQ6A 1W9UA 1M7XA 3NDZA 3VM7A 1EQCA 2PBOA 3TOPA 4W7WA 3VKKA 2BHUA 2F8QA 2DSKA 2W92A 5I0DA 3SCVA 4PN2A 1JZ3A 3OZOA 2WCSA 1J11A 4D6CA 3WDIA 2QHAA 2OYKA 3WF0A 3WDRA 3TTYA 3WL1A 1UZ1A 2WPGA 2W4XA 1KGWA 5ECUA 2VO5A 1WP6A 1PJ9A 1GONA 4CUCA 1TG7A 1M01A 4ZEPA 5BROA 3A47A 1JDAA 1FP9A 3AIEA 3K8LA 5EB8A 2O9TA 4CU8A 1XHGA 8CGTA 1PZ2A 4H04A 2G4FA 2GK1B 2GSJA 3F4VA 2DSWA 3SCOA 3AQUA 4IUGA 2XSBA 3PTMA 3BC9A 5BXSA 1LL4A 3AS2A 2WXDM 3CHFA 1UKPA 3VGEA 3OGRA 3BH4A 4KH2A 2FHBA 1S46A 1EHNA 3LMYA 1JI1A 4EK7A 2XVNA 4HMEA 4D72A 3N04A 4AIOA 5E0CA 2VX6A 1GOQA 1HL9A 4AZ6A 4NRSA 2VQTA 3N17A 2GJXB 4AW7A 3PN8A 3OA5A 4P7NA 2DIJA 4U5KA 3GXDA 1TVNA 2YA1A 3WD4A 3MMWA 1JI2A 1UR4A 1CYGA 1NP2A 1W3LA 5CLTA 4HP5A 2E9MA 2YA2A 3OG2A 1XH1A 1KCLA 1C8QA 3N11A 3L4VA 2VRJA 3VM5A 5A6AA 1JXJA 4XZBA 4ACZA 5FCZA 1H41A 3I3DA 5GNXA 4M8UA 4QP0A 1C7SA 3AS1A 4B16A 5A6LA 4AZBA 2WM0A 4D6FA 4TVDA 2XIIA 1KR0A 3W81A 1CGUA 4ATDA 2VOTA 2X8RA 1GQIA 3WENA 4OUEA 1ITXA 1B3YA 4UFKA 1X6LA 2YL6A 1JF5A 1WO2A 3BLKA 2XUCA 2CHOA 4W7VA 1E5JA 2A3HA 1J01A 1DP0A 5HNNA 2VZVA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3G6M A;  1A3H A;  3U7V A;  3PZQ A;  3EMQ A;  3CUI A;  1E15 A;  5FL0 A;  1SFS A;  1U2Y A;  5D9N A;  1QI2 A;  3M07 A;  1RH9 A;  3EDJ A;  4MDO A;  1KR1 A;  5TD4 A;  1E56 A;  1XCW A;  4ZE4 A;  2XGI A;  3CLW A;  4Z2I A;  2XM2 A;  1QBB A;  2V3F A;  4ZXO A;  1BVN P;  1HKI A;  2V3E A;  1C90 A;  4CVW A;  4P7L A;  5FD0 A;  1CIU A;  2PWH A;  1UH2 A;  2VL4 A;  1VFO A;  3VIP A;  2NSX A;  1MFV A;  2JEQ A;  3ARR A;  2D0F A;  2WWD A;  4ACY A;  4AIS A;  1V02 A;  4HMC A;  1GQK A;  1HIZ A;  2OSX A;  1UHV A;  4D6D A;  2PWF A;  2XJ7 A;  3BAW A;  1JND A;  3CH9 A;  3WQW A;  5CPQ A;  1H09 A;  5CPT A;  2OYL A;  3W24 A;  4HOW A;  5I2U A;  1CBG A;  1EOM A;  3PZT A;  2JF6 A;  4X0N A;  1HKK A;  4R5E A;  1TZ7 A;  1JAE A;  2ZUM A;  1H0I A;  3PTQ A;  1ZL1 A;  2PBG A;  4GIA A;  1E4N A;  1E6P A;  1JIB A;  1F4H A;  2G3I A;  2CBU A;  4UFL A;  5F7U A;  2O9R A;  1J0Y A;  1J18 A;  3VNZ A;  1BLI A;  3T2O A;  3VD4 A;  3FHA A;  3W6L A;  4OZO A;  4KRU A;  4ZE5 A;  4OOZ A;  3M7S A;  3FAX A;  3TP4 A;  1BTC A;  4J3X A;  2CYG A;  4HMD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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