3STCA

Crystal structure of loop 7 truncated mutant of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
266
structure length
249
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLELHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An Extended (beta)7(alpha)7 Substrate-Binding Loop Is Essential for Efficient Catalysis by 3-Deoxy-D-manno-Octulosonate 8-Phosphate Synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis
total genus 82
structure length 249
sequence length 266
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3stcA00
3KHJA 4ZQOA 2NUWA 3B0PA 3DHFA 5U7SA 3DXIA 2DU2A 1TPH1 5LGZA 5HNRA 3P82A 3W1NA 1CX9A 3CTLA 1OYBA 1EA0A 3IGUA 3PWAA 2ISWA 1F73A 2G96A 5D2XA 3CHVA 4UFIA 2ZRVA 5K7JA 3N3MA 2NV1A 3ZFHA 2FFCA 5KZMA 3SW6A 1Y0EA 1KFJA 4P61A 3CWNA 3G1YA 2QUTA 4JTUA 4A29A 3P61A 1LORA 3LOTA 3W1UA 2ZZ3A 2GJNA 2FPTA 4ONVA 3QC3A 2G5WA 3QMTA 4RV8A 3SGUA 1VYSX 3PULA 3FLUA 3ZS4A 4TMCA 4OE7A 3C8FA 4A21A 3GYEA 3BG9A 1WV2A 3ATYA 1IF2A 1X7FA 3DGRA 4XBSA 1FXQA 1H62A 1HO1A 5F4XA 5C54A 5D09A 3H54A 3PG9A 3OEXA 3C52A 2FIQA 4H4IA 4JXCA 3UWUA 4QNWA 4O54A 1OK6A 3W7MA 1K03A 3IVSA 2FPVA 1ADOA 3PUDA 3DKJA 3PUEA 3G3DA 3N14A 2CZ5A 3L21A 2NXIA 3HPXA 3NQMA 1QOPA 3NVTA 2Y7FA 3EWZA 4QQ3A 4UTMA 4AHOA 3TXZA 1AW5A 4NQ1A 3QQ1A 4LT9A 4JX6A 4UNLA 1HTIA 1G7UA 1EP3A 4UXDA 3W7LA 2FB3A 2Y7DA 1J2WA 1SW7A 1TJPA 3SGZA 5HUPA 2CWNA 4A2SA 1QOQA 2ZYFA 2V81A 1PE1A 5C55A 2V2CA 1K02A 1UCWA 2ZTJA 1BKSA 3T4CA 2C14A 4QJ1A 1BWKA 3S8HA 4IXHA 5AC8A 1EUAA 1W1ZA 3W7CA 1F7BA 1TPUA 1W3NA 1DHPA 5D2TA 1XUUA 3KFTA 3L0GA 5FF4A 1SZEA 2OT1A 2Y88A 3VE7A 5LHEA 3TC6A 3IVTA 1TQJA 3HOJA 2J9XA 3LV6A 4JTIA 5DCDA 1RQBA 3VE9A 1BEUA 1Q3NA 4DO5A 1U5JA 1X8FA 1WBHA 2VFIA 4IJBA 4IPJA 3A23A 3MBDA 2P1FA 3QSRA 3W73A 2GVLA 4DF0A 2GPTA 1BTMA 5D2YA 2WSRA 1VH7A 4E0CA 4PTNA 1WXJA 3T7VA 5C6MA 2YZRA 1MZHA 3GLCA 3SI9A 4M7SA 2X2GA 3FKKA 3OA3A 1W3TA 3L68A 1T8XA 4K6AA 4UTWA 4JYFA 6ALDA 2EHHA 3NYZA 1P5BA 3W74A 3GVGA 3W7PA 3DAQA 4ZMGA 1PCKA 1SSGA 2YX0A 3S1XA 3BLFA 1GPWA 4WX2A 2YYTA 4DF2A 1TPWA 3TXVA 3QRHA 4HSOA 5G2IA 5AFDA 4AF0A 2QDGA 1PV8A 3N73A 2EKCA 2E6YA 3M6YA 3M5YA 3P60A 4FHAA 1ZCOA 4MFDA 1GVOA 3TDFA 2E68A 2GQ9A 3GX9A 1A53A 5DBUA 3NXFA 2DZWA 3F1QA 1S5WA 2ZFAA 3D0CA 4CNNA 1ICPA 3MP4A 1B4KA 3G1AA 1LLWA 1H7WA 3RF9A 2EAWA 1KBIA 2JKPA 2NX1A 4XQ6A 2C6QA 1H60A 2DZXA 2QCLA 2QJIA 3E12A 3L66A 4O10A 5D33A 3QPYA 5FF3A 4M6PA 1HL2A 4IOTA 1SU5A 1OABA 1T99A 4JIPA 1LRQA 4NXKA 3M5VA 4BI6A 3L5AA 1J5TA 4X3ZA 4RKAA 3QQ0A 3OG3A 4MYXA 4O28A 4Z0SA 3TCEA 1R2SA 2ZA3A 1XUZA 1ZAJA 3Q37A 1JUBA 2Z0IA 2I9EA 1WAUA 2Q8ZA 1QPRA 3NOEA 2NZLA 3ELFA 3FYPA 3W23A 4FXSA 3TQVA 3TSMA 4DO6A 1XDLA 4LWWA 1SFJA 5D38A 5G2WA 2WKJA 3PVFA 4O52A 2QAFA 3S1UA 4MLJA 1B4EA 3Q58A 3R2GA 4IMEA 4FX6M 2C18A 1M7PA 3HGSA 5CPMA 1AW1A 1F2JA 1VYRA 3FFSA 2WQPA 1DV7A 5AHIA 1N7KA 1OX6A 1BWLA 2BLEA 3M16A 4R33A 1FWTA 2WJZA 4Y6GA 3LBMA 3DFNA 1KLZA 2I1OA 3UWZA 3M0ZA 1OVDA 3FS2A 3W87A 3NPUA 3W7NA 4CNPA 1TTPA 2A7PA 1K7EA 1OYAA 3I7QA 4AWTA 3LRLA 3G18A 4TO8A 3GDTA 5U4NA 3CQ0A 2ZA1A 4O1AA 4AH7A 3E49A 3CEPA 4PC8A 4NX5A 2J6XA 2X16A 4DELA 3C56A 4LTSA 4N9EA 5BOOA 3W1TA 3B8DA 3ZWSA 1OHLA 2CLHA 1GVQA 5D30A 5D05A 2ZZ2A 3PB2A 4O14A 3S42A 3LRMA 3CU2A 2ZZ5A 3P84A 1GZGA 1F74A 4MIMA 3TROA 1JQVA 1NSJA 5CKSA 4LU0A 3TMLA 2RFGA 3UWWA 1JCXA 3MP5A 3C2OA 5BW6A 2TRSA 4UTTC 1XBVA 1YDOA 2GVGA 3KRUA 1H5YA 5EYWA 2RDTA 2HMCA 2WPBA 1JCJA 1K3UA 4WXYA 4NU7A 1UUOA 2B7NA 4ADTA 4BI7A 4Y9AA 3W88A 3HPSA 4BWLA 3WK3A 1R2RA 2QCCA 5IBXC 5K3VA 1D9EA 3STFA 4K36A 1KM3A 1L9WA 1AW2A 1C29A 3TJXA 1YXCA 1H7RA 2FQIA 5J5DA 3JR2A 4JY9A 4R53A 4FIRA 4LS2A 4MFEA 3W07A 1QDSA 1RZMA 3SY5A 2WNQA 4N2YA 2NLIA 3LCXA 5GVJA 3UXDA 3W22A 3GKFA 1DORA 4FF7A 1SO4A 5FEWA 1KM1A 3IGXA 4JTKA 3BPWA 3GIYA 5K9CA 1VC4A 1JJKA 5CZ0A 1LZOA 4CCCA 1QR7A 3WK2A 2ZRYA 3LDVA 3WJZA 1VQTA 5LNSA 2FPYA 3W1MA 4OT7A 1UUMA 5CSSA 3GDRA 4MLRA 1H7OA 5D04C 1FXPA 4IGHA 5DELA 3DFPA 3W9ZA 3NG3A 3FYOA 4NVTA 3BV4A 2A5HA 4K8EA 1EX5A 3TC7A 3DBPA 1ZY9A 4UUIA 4FNUA 1KW1A 4UC5A 3HF3A 2WNNA 3H53A 5I3FA 2Z2UA 4O17A 4JX5A 5DBTA 2Q3RA 1OFDA 2ZCGA 1HG3A 4HPXA 1PIIA 1FWNA 2GOUA 2VOMA 4WOZA 3WJYA 2YCEA 4RZ5A 1JUEA 1ICQA 3W2KA 4QIUA 3EX4A 1EEPA 3NQ8A 1WBJA 3NAVA 2QCGA 4ZQMA 3NEVA 3PY2A 2ZZ7A 4LRTA 1V7YA 3SJ3A 2QKFA 3B03A 5FF2A 1JCNA 3A21A 2ABBA 3CLMA 4OBTA 3R13A 1KFCA 4AMAA 2V2DA 3L0NA 4IMFA 3U8GA 2RKXA 1GG0A 3CIWA 1R46A 5CPNA 3O6CA 3QW3A 3LCIA 1RD5A 2ISVA 3PBWA 4YXGA 3OVPA 1SZNA 1GVSA 3OVQA 3RMJA 3S5YA 2YW4A 5KSWA 1DJNA 4FIQA 1AK5A 3S9YA 1LM1A 3ABRA 4ZQCA 1G4PA 1XI3A 1KM6A 3NA8A 2YDAA 4JDBA 3EX6A 3NQCA 4RK8A 1VLWA 2XN2A 4RXGA 2YSWA 3GXTA 4Z1DA 3HGJA 1H7PA 1PS9A 3ABOA 3W71A 1NF0A 3U6WA 2V30A 1TJRA 1FWSA 1XBXA 2V0TA 1X6UA 4FNSA 3C3NA 3B4UA 1ZFJA 1VHCA 4IWWA 1VR6A 4N4QA 4A2RA 1VCFA 3NR0A 4Y96A 5DN1A 1KM5A 3NNTA 1KV8A 2TMDA 5LNWA 3QJAA 4KWVA 4CNOA 5G1TA 2VFHA 3IIVA 3S1WA 2FLIA 1AMKA 1LRNA 4JIQA 4EVZA 1I4NA 5DXYA 4DF1A 1O95A 2A1YA 3C2FA 3G1VA 4JTHA 3WFAA 1W31A 3FA5A 4MY1A 2W0UA 1I2NA 4NJHA 4GNJA 3L0KA 4JD4A 3DFTA 1FY6A 5CZTA 4O0ZA 2E6AA 4AVFA 1NVMA 3DI1A 3PR2A 1LOLA 1W8SA 1GTEA 1LROA 1M6JA 3M1ZA 2PRMA 4OU1A 3NQEA 3CIXA 2V2HA 4FNQA 2VKZG 2CLEA 5K9DA 4O0KA 1KFKA 2V5BA 3EWUA 4K7YA 1QPOA 3C2EA 3NQ6A 3QYQA 3TQKA 2RDWA 4TIMA 1DJQA 4RX0A 3EKZA 3N9RA 4Z1CA 1Z41A 2E6DA 1G67A 3E96A 3PBVA 3LXBA 1RR2A 3HGRA 3STEA 2ALDA 4O53A 4G1KA 4Z08A 5LHFA 5DCEA 4PCFA 5D32A 1O60A 5AB3A 3TK7A 3LV5A 4OWGA 3M5XA 2NX3A 2OT0A 2WNZA 3RLUA 4IX0A 3NL3A 1FCUA 2V5LA 3FOKA 2X1UA 3P62A 3BLEA 4AHPA 1LBMA 4FX8A 3RFAA 1TTQA 1A5SA 4AEOA 2G97A 2Z6IA 1H7NA 3W7RA 4LVAA 3W2NA 3CPRA 3E02A 5D03A 1OYCA 1F05A 3EWBX 2ABAA 2CW6A 2J24A 2Y89A 3IEBA 1R30A 3GB6A 3W1PA 1C9DA 4QSHA 4MJZA 1I2RA 1F6PA 2Y61A 4IXXA 1RQEA 1K8ZA 4UFLA 1IIHA 1TV8A 5TQLA 2QJHA 2O7SA 1W37A 1S5VA 4NNCA 3GR8A 2HTMA 1F5ZA 2O7QA 2BX7A 4IMCA 2CLIA 3IIPA 4I7VA 2VELA 4S2BA 3TV8A 3W1AA 4BI5A 1G4TA 5H2ZA 3PSVA 4J9JA 5D37A 4LS1A 4DO4A 1OFPA 3NQ7A 4GJ1A 5CGQA 3ZR4A 2J27A 5HWNA 2ZTKA 3MHUA 5H91A 3O1NA 3N2XA 3M43A 1G4SA 1VS1A 1EIXA 2WO5A 1ICSA 4C1LA 4XTIA 3W7IA 3EX1A 5EY5A 3LLDA 2VEMA 1PHWA 4UMAA 3DFSA 1N8FA 4HPJA 4TX9A 3UWYA 4UTKA 3N2MA 3PBUA 5D2VA 3HIJA 4HT3A 4FO4A 4LVFA 5HJLA 3UWQA 1FWRA 1OF6A 1SO3A 4WY0B 2NV2A 3LHTA 3EXSA 5CPOA 1TV7A 4ZQNA 4TR9A 1WOAA 2A6NA 5LNVA 1EP2A 4N02A 2DZUA 4O4WA 2RDUA 4WD0A 1OFRA 4O12A 3UYCA 2PURA 1DOSA 1YADA 1TQXA 1JQXA 1LBLA 4JTFA 5AYZA 4QNEA 2B0MA 4GE8A 2IQTA 4HNUA 1SW3A 4BR1A 4XBKA 1FWWA 1PCWA 1JUKA 2QCDB 3B0UX 4BK9A 3STGA 1P0KA 2ZZ1A 3EXRA 4O1BA 5EBUA 3THAA 3LTYA 1LDCA 5HINA 5LZLA 2EPHA 4N6FA 2CLMA 3NQ2A 2QCFA 3BGGA 1B9BA 3G0SA 1XCFA 5KITA 4UTUA 1GWJA 3G1DA 4HHPA 2GUUA 2XN1A 3HGOA 1EB3A 3EWWA 3TW7A 1JCYA 4Z1AA 1W5QA 5HMSA 4UFJA 3GR7A 3UXAA 1I2QA 3W7DA 5HQEA 2CZFA 1ME7A 1KBJA 1ML1A 3B0VC 4CLMA 5HR6A 4JTGA 3H55A 4JDYA 4N9DA 6TIMA 4MUZA 4YLWA 1DL3A 2DJLA 2YFOA 1H1ZA 1W5PA 3V75A 1KLYA 1VLIA 2H90A 3QMSA 1X1ZA 1OFAA 4UMCA 4UNKA 5G4EA 2FDSA 5E1QA 4K8HA 3SR7A 3M47A 3L67A 5AHLA 1ME9A 4M7TA 4UMBA 1JVNA 2Q8LA 1SFLA 1LTDA 2YR1A 3T40A 5AHFA 2VFDA 4UFHA 1YTEA 5F1UA 3UD6A 2I14A 1FBAA 1TCDA 1CW2A 3Q94A 3K30A 2X1RA 5LSMA 3TX9A 3OBKA 1RVGA 2TPSA 4ORMA 5I3KA 5KZEA 2E5CA 4EIVA 4Z0JA 2BXVA 1I2PA 4S1FA 1VCVA 4WZHA 1TRDA 3HBLA 1PHQA 1VJIA 1XL9A 1TIMA 1OFEA 3U2OA 4QAIA 1QPQA 3QF0A 1SPQA 2Y62A 3QSTA 4IQLA 2C16A 2NUXA 1WYIA 4E38A 3M41A 1KTNA 2A0NA 3C6CA 3LI0A 4UFMA 4LVBA 4QISA 1ZHAA 4A22A 5AHEA 4UTTA 4I9AA 3KVKA 3INPA 4I7UA 5TIMA 3FIGA 1QO2A 4DBDA 3IIOA 2BWGA 4Q33A 2E5BA 3V1PA 1YTKA 4AWUA 1M5WA 1E51A 4LC8A 1LOQA 1UBSA 1ZENA 2BZNA 3R89A 2G95A 3KXQA 4PL2A 1MSSA 4ML9A 5KINA 2WSQA 5AHNA 2DZSA 1F76A 3YPIA 5D02A 4UIOA 2C3ZA 1SO5A 5FESA 2R91A 2TSYA 2WOQA 1XDMA 3G8RA 4DBEA 1OX4A 3ANYA 3UPWA 1C8VA 1G6CA 4LNYA 3W83A 3TU9A 3C0JA 2GQAA 3NZRA 4NJGA 3LHVA 4JNMA 1XXXA 2Z6JA 3AJXA 4JGDA 3S5OA 3THQA 2YGYA 4ZVJA 4DPPA 4LVGA 5J5RA 1WX0A 4A3UA 2DZVA 4O57A 5L6UA 5FEZA 3IIXA 3BVJA 1P4CA 3R8RA 4ZZ9A 3BG3A 1RPXA 1H7XA 1ONRA 4UTLA 4EF9A 1FDJA 5KMYA 1FQ0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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