3SURA

Crystal structure of beta-hexosaminidase from paenibacillus sp. ts12 in complex with nag-thiazoline.
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
519
structure length
504
Chain Sequence
HHHHSSGLVPRGSHMSQPSILPKPVSYTVGSGQFVLTKNASIFVAGNNVGETDELFNIGQALAKKLNASTGYTISVVKSNQPTAGSIYLTTVGGNAALGNEGYDLITTSNQVTLTANKPEGVFRGNQTLLQLLPAGIEKNTVVSGVQWVIPHSNISDKPEYEYRGLMLDVARHFFTVDEVKRQIDLASQYKINKFHMHLSDDQGWRIEIKSWPDLIEIGSKGQVGGGPGGYYTQEQFKDIVSYAAERYIEVIPEIDMPGHTNAALASYGELNPDGKRKAMRTDTAVGYSTLMPRAEITYQFVEDVISELAAISPSPYIHLGGDESNATSAADYDYFFGRVTAIANSYGKKVVGWDPSDTSSGATSDSVLQNWTCSASTGTAAKAKGMKVIVSPANAYLDMKYYSDSPIGLQWRGFVNTNRAYNWDPTDCIKGANIYGVESTLWTETFVTQDHLDYMLYPKLLSNAEVGWTARGDRNWDDFKERLIEHTPRLQNKGIKFFADPIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Gaining insight into the inhibition of glycoside hydrolase family 20 exo-beta-N-acetylhexosaminidases using a structural approach
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-hexosaminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus
total genus 191
structure length 504
sequence length 519
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3surA01
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 3surA02
4OKDA 5A95A 3LPFA 3GNPA 3IK2A 5D9PA 3AYRA 1NOWA 4D71A 3OLEA 4OJYA 4J3SA 4MAVA 4W5ZA 1UWTA 1HXJA 1UR1A 2UY4A 1H11A 1VFMA 4JFTA 3AMCA 3WDJA 3QGVA 4HA1A 4JFSA 1E1EA 3SIMA 4GZIA 1NH6A 3N13A 1OD0A 3AS2A 4W7WA 2BFGA 2CHOA 4W5UA 1BGGA 1GHRA 1W3JA 3WQWA 3WQVA 3ZOAA 1W91A 1HKKA 1QW9A 1DWHM 1WZAA 2ZXAA 1UWIA 5GNXA 1G0CA 4PTVA 3T0BA 4MNJA 4IM4A 3WNPA 1Y7VA 1QW8A 3ZT5A 4JHOA 5DO8A 2V38A 3DYMA 2VI0A 1Q4NX 3BXWA 2IXUA 5LYRA 1FH8A 2WZIA 1EOKA 1J0HA 3UR7A 1HJXA 2AAAA 3L4TA 3KE0A 4BCEA 3FN9A 3WL1A 3CHFA 1TR1A 3PN8A 5DMYA 4C90A 4NRSA 3RJXA 4PTWA 1NOUA 2CERA 1E3ZA 3A4WA 1VRXA 2VQTA 4AD2A 1VBRA 1EIBA 5D9OA 3L4WA 2JIEA 2BY1A 2ZX6A 4H04A 2VNCA 2IUZA 1GQIA 3QHMA 4HOXA 1C92A 4FLQA 4AXNA 3WELA 3PTKA 3KZSA 2YL6A 1GCYA 1TFVA 4OOZA 4M80A 1ZS2A 4P8VA 3CIVA 2GDUA 3IJ7A 3POCA 3AMGA 1CGWA 2X8RA 2E8ZA 1WNOA 4NZCA 3BSGA 1E40A 3VD7A 1GJWA 3AHXA 3WDRA 4PMVA 5M5DA 1KB3A 3BAKA 4J3WA 2PC8A 2ZX8A 1VFUA 4B16A 1LWJA 3WH7A 1E43A 2ZOXA 3AMDA 3VMNA 5IHRA 1OT1A 3CUJA 4QDMA 2VCBA 4J28A 5EFDA 1VEPA 4KGJA 1HJUA 1JFXA 2VX4A 1B1YA 4BQ2A 2YA1A 4CD4A 2WW5A 4MAZA 1GUVA 4PMRA 3K8KA 4OOUA 3ZJ6A 3RM4A 2GK1B 4K68A 4HZ7A 3WNOA 4KWUA 2W4XA 3FAXA 4RE2A 1DWJM 1WO2A 2PWHA 3WMCA 3MV01 3VUPA 2EPOA 3O2LA 1UUQA 1QNOA 5HOSA 2VRQA 4LYRA 2G41A 1KGUA 3AHYA 3TP4A 4D1JA 4ATWA 4OBSA 2WZHA 5AC4A 3A6OA 1SFSA 1QPKA 1BG4A 5A8PA 3GXIA 1NQ6A 4CD5A 2CBIA 1B0IA 3BCFA 3RMEA 1CEOA 2QV4A 3POHA 2Y4SA 3MUY1 2ZXBA 3B9AA 3UETA 4ACZB 4MPKA 1JD7A 5ECUA 3N1AA 1CZ1A 2VVSA 5KZ6A 2Y2WA 3QOMA 3D3AA 1G1YA 1R7AA 3SURA 7TAAA 1E4MM 2WVVB 1W1VA 2BVDA 3VM7A 3ZT7A 4QAWA 1B2YA 4GI9A 1R8LA 1UH2A 3MANA 4YHGA 5GQBA 1UOKA 4JKMA 1BFNA 1CLVA 1VBUA 3W82A 3K8LA 4WIWA 3UR8A 3BAIA 3RDKA 4HPHA 4JL1A 2VR4A 3K8MA 2DDXA 1WZMA 1X1NA 1I1WA 4AD3A 1H41A 3PZOA 2DSZA 1LWHA 4U5IA 1ESWA 2VZSA 3OBAA 2WSPA 4YPJA 1KBKA 1E6ZA 1QNRA 1UA7A 2JEPA 3FW6A 4UFMA 4KRTA 1JIBA 3VGGA 4BZYA 1E72M 4GIAA 4UOJA 3WQ4A 2PB1A 3GTNA 4MB3A 4JCMA 3AHTA 2CPUA 4QFUA 2HISA 4CVUA 1JZ6A 2Z1KA 2F2HA 1ECEA 2DT3A 4AW7A 6TAAA 3ZJ7A 2J62A 3BLKA 4W8AA 5HBFA 5A6KA 2WK2A 4R5EA 4UZSA 4M8UA 2NT1A 1QI3A 1UD3A 2PWEA 3ARUA 2YL8A 4XV0A 2FH6A 2BXZA 1DWFM 1TVNA 1H49A 3OGSA 1VFOA 3ARXA 3AXXA 1WAWA 2BY2A 1Q6EA 3CMGA 4MDPA 3ARZA 5A6LA 4U2YA 1H0IA 4QCEA 2PBOA 3U57A 4D6IA 5CG0A 3WNLA 1PAMA 2E8YA 2XWEA 3ZSSA 3AXIA 4P7QA 4JZ5A 1D3CA 1MW3A 1QI5A 3PHAA 3CMJA 1ZL1A 9CGTA 8CGTA 1B90A 1KWGA 2CBUA 2HVMA 2XIIA 3UEQA 1GORA 3K4DA 1W3LA 2G3JA 1QHPA 5EFFA 3N17A 3WMBA 1OT2A 2UWFA 1A3HA 1E0XA 4TTGA 2FGZA 1C8YA 3AHVA 2XYLA 3GH5A 4Q22A 1VEMA 1BLIA 2JFEX 4UQBA 1DWGM 1I75A 4H8VA 4J3UA 4CD7A 5A6BA 3I3DA 1CIUA 4F9JA 2WVUA 2DSKA 3QHOA 1UD4A 1V0KA 4HZ8A 3EBVA 4JCLA 4BS0A 3AOFA 3WY1A 6A3HA 1B3WA 2EJ1A 3RILA 2GJPA 3PBGA 1CGXA 3GDBA 4U5KA 1HIZA 3VOCA 1G9HA 2EXOA 2XHYA 1QI2A 1V0LA 2DT0A 2EO7A 2YA2A 3VD3A 3AIUA 2YDSA 1XSIA 2NW0A 1V6XA 4UQEA 4TVUA 1M01A 4FLRA 2XGIA 4UFJA 1OGSA 3GNRA 3CZJA 1ZJAA 2CKRA 1HL8A 3WQ5A 3EYPA 2WMIA 4JL2A 3GYCA 3VGFA 4Z2HA 2X09A 4UNIA 3OLIA 3U5YA 5C70A 3MSDA 1HJWA 3NJ3A 4OBRA 3ZM8A 2XFRA 1MWOA 3L2LA 2VZOA 1ODUA 5E70A 1U33A 1U30A 1Q6GA 2D22A 5GNYA 1CYGA 3GM8A 2BHUA 3WKZA 4NSBA 3A47A 5ABFB 5EB8A 1JF6A 1PPIA 4AD4A 3CZGA 2ZXQA 1VB9A 3O6AA 4YHEA 3NCOA 1UR2A 3QOKA 4LYPA 4H8UA 3VX0A 3SCVA 1J01A 3SCRA 1W9UA 2OSYA 3EMZA 3DHUA 1FFQA 2WXDM 5DF0A 3VDAA 2XVPA 2VR5A 3SCWA 3FHAA 3PZGA 3L4XA 5BXPA 5CPQA 2J78A 4WKHA 4D6GA 1BAGA 4JFVA 4CD8A 1LL7A 3PZQA 2J75A 2W61A 3WD0A 1XYFA 2QPUA 1MQPA 3CHCA 2E9BA 4W7UA 1UH4A 4P8XA 1TA3B 3PTQA 3HJEA 4RE3A 2BVTA 4CU8A 1J0KA 2GSJA 2J7BA 5AY7A 2X2YA 1W1TA 3DYOA 1EHNA 2J7CA 2W66A 4EANA 1WPCA 1C7TA 2D20A 4PUDA 4XZWA 1HKIA 4R27A 2C7FA 3VX1A 1AQMA 1E5JA 1V08A 2FHFA 2ZUTA 2D0GA 3W6LA 3WNNA 3NUKA 2WMIB 1CGVA 4WSJA 1HP4A 1V6VA 3JUGA 1C8QA 4CGTA 2WM0A 3CHDA 3F5KA 1QI0A 2YIHA 4PUEA 4HA3A 4LGXA 4TOQA 2BY3A 5LA0A 2VUYA 5A6BD 3A3HA 4UOQA 1FHDA 1XD1A 2WAGA 3WH5A 4DM2A 1DTUA 1QNQA 2DSWA 5JBFA 1UWRA 4AMCA 1OGBA 1CWYA 3VIMA 1VAHA 3ALFA 1PBGA 1G94A 4W7VA 1UQZA 2FDMA 3CUGA 1UWQA 1YHTA 1V6UA 2DGAA 2NSXA 2D23A 1OWQA 2EBNA 4CD6A 1V6WA 3VIOA 4P7NA 3J7HA 2OSWA 1CGYA 4HMCA 1G01A 1E4NA 1V3HA 1ZBWA 1US2A 1TZ7A 1JZ2A 1E55A 2YL9A 4E2OA 1TMQA 1XD0A 1A47A 1N82A 4V28A 2OYKA 3DC0A 1KXVA 5HNNA 4WSKA 1JZ7A 1MQRA 1JGIA 2QMKA 2E3ZA 4ACYA 1FFRA 3ZIZA 1FH9A 3VIIA 3AZRA 1CXIA 1F4HA 1NP2A 1CDGA 1CENA 2WC3A 3B9EA 1HL9A 1MFVA 5BRQA 1UA3A 1XH2A 2CHNA 3WEZA 2GK1A 1J9YA 4M56A 1KFWA 2EPLX 3WQ8A 1OM0A 4A4AA 2BV9A 3U7BA 1E6SM 1XH0A 2G3MA 1K9DA 4AIEA 5CLWA 1NWTA 1BYBA 2CESA 4FF5A 2ZICA 5JBEA 2ZX7A 4D1IA 3WH6A 3WF1A 3PZTA 1EGZA 1O6IA 3LMYA 3W25A 1B30A 2V3GA 3N11A 3D5HA 3EMQA 4CVWA 4Y7EA 5DEZA 3ZR6A 1EHAA 3FAWA 1V6YA 2ZIDA 2C8NA 2YDRA 3BAWA 2V5DA 1E73M 1BGAA 4LYQA 4Z2IA 5BCAA 2EPMX 2XTKA 1WE5A 2TAAA 3F5LA 4X0VA 4W84A 4ACZA 2VC9A 3NDYA 1SR0A 5I5RA 1GOMA 3QR3A 2WMJA 1B3VA 2EPNA 2O9RA 2X05A 3VINA 2WC4A 3W81A 2XGBA 1E6PA 2VX5A 4GINA 4HU8A 5CGMA 4ATDA 4ZE4A 2MANA 4PMYA 3THDA 4PMUA 1RD6A 1LJYA 2WVVA 1MYRA 1GVYA 1JYXA 5EMYA 4EE9A 3CZKA 1HVQA 1UQYA 4EAMA 3L4ZA 4A3HA 2J7FA 3TA9A 1OBAA 1E4IA 4D6EA 3W38A 5D9NA 1VIWA 3OG2A 4HPGA 1MXDA 2A3CA 3N12A 4P7LA 4CN6A 1CXHA 1IT0A 3CTTA 4CKQA 4EK7A 2EPKX 2WBGA 3EDDA 1HKJA 3SCQA 4PN2A 1HN1A 4TTUA 1NARA 1VENA 3EDKA 4EKJA 5I2UA 3GH7A 1FP9A 1VEOA 2G3NA 1PEZA 4UFKA 2YDQA 4AZCB 2WC7A 1P6WA 2W91A 3AYSA 1MXGA 3FY1A 3L4YA 4YN5A 4J3VA 3PZNA 3PZIA 2VRJA 2FHBA 5DFAA 1LG1A 5A6AA 2W63A 4CU6A 2PWDA 1JZ5A 1EQPA 1XRVA 5IXEA 3CPUA 3SUSA 1NM9A 3MKKA 1WDQA 3BCDA 3RCNA 2WBKA 3BSHA 4IISA 5I78A 3RIKA 5ABHA 4N42A 4M81A 2ZX9A 5AYBA 1GOIA 4XZBA 4JFWA 3UG3A 5HPCA 1VJSA 2WMKA 1J18A 3RM9A 4U3CA 3WL0A 3N9KA 2E4TA 2WYSA 3U5UA 2OWXA 4AY1A 1UR8A 4J3TA 4AZIA 1CGTA 2PI6A 3RJYA 4CCCA 1UD5A 5BROA 5HXMA 5CQ1A 3VD4A 3UG4A 3CH9A 2D0FA 1W2PA 3GBDA 1HP5A 4FK9A 1B9ZA 3SCSA 2ZE0A 1BVZA 3BAYA 5M3WA 1KCKA 1ZJBA 2WLYA 4GQQA 3MUIA 2X0YA 2G3IA 2WVTA 4D6HA 1GQLA 4KH2A 1UKSA 3ZSTA 3ZJ8A 2BS9A 7CGTA 1TE1A 3EDFA 2WNWA 1ODZA 3ARWA 3SCTA 2FGLA 1L0PA 2G8ZA 4J3XA 1TVPA 4PMNA 3WSUA 3AIRA 4MDOA 2J8GA 1UR0A 2CETA 2GJXB 2Y8VA 1JZ8A 1WDSA 4GO9A 2VTFA 1GOWA 4MB1A 1AQHA 3OIHA 4ML4A 3TTQA 3WEOA 1TUXA 3DHPA 5FOOA 1PIGA 1WDPA 4BA0A 1M7XA 3VTRA 4XB3A 1H4PA 2WANA 1R86A 2QHAA 1GNXA 5E0FA 1H0GA 4U2ZA 1JXKA 1UYQA 5FCZA 4PMQA 3TTOA 3EMCA 2ZXDA 5A6JA 3OB8A 2UY5A 4UQ9A 1CGUA 4Z2LA 1KGXA 1ZBVA 2RGMA 2WVSA 4ZEPA 3AICA 3AS0A 1CBGA 1DHKA 4OZOA 5D4YA 5I23A 1HX0A 2C0HA 4ATLA 3WUFA 3VKKA 1L8NA 1R85A 3A4AA 4GKLA 2VQUA 1UWUA 3WFZA 5BRPA 4LPCA 1GHSA 1FOBA 3M07A 2B31A 1SYTA 4QP0A 4AZHA 1EA9C 2ZWZA 3APGA 5D8WA 2VCAA 3CGTA 4PSRA 3T08A 3SEPA 3B9DA 5A3HA 4AEFA 5ABFA 4QLJA 2DIJA 3LPOA 3PZUA 2JF6A 1CTNA 1UR9A 3AZTA 1OD8A 2W62A 2YKKA 4KGLA 3E1F1 2VX6A 2W5FA 4DUVA 1V3JA 4H8HA 3WD4A 4AISA 2G4FA 4GZEA 3CZ8A 1C91A 4GO8A 1QHZA 4BQ3A 3SUVA 2XPKA 4AZ5A 1DWIM 4M82A 5FKYA 3DYPA 3HMCA 1PIFA 3MUZ1 1C8XA 1HJQA 1TA3A 1B3YA 1QOXA 5CPTA 3VDHA 2A3HA 5A6SA 1IV8A 3CZLA 1JAEA 1DP0A 1ISVA 1V0NA 1VJZA 3ARVA 1XHGA 3AMKA 1OSEA 4NI3A 1J0IA 5A8MA 3M7SA 4B3KA 5JUVA 3K46A 1UKOA 1W1PA 1UR4A 2YBUA 5KEZA 1E9LA 3K1DA 5IHSA 2CXGA 4MTVA 3AS1A 4E8CA 1FH7A 4JAWA 4UOZA 1RP8A 2CIPA 3ZO9A 1OCQA 3NSNA 2OWWA 3W6MA 5CGTA 2O9OA 3BMVA 4FLSA 5CSUA 5FIPA 3W4RA 1PX3A 5A69A 5IDIA 5HPOA 4PMZA 1KR0A 4W86A 4UQAA 2JEQA 4Q7NA 4PTXA 3ZT6A 3UESA 3VIPA 3VPLA 2WZEA 4UFHA 4CUCA 4E8DA 1CPUA 4MNLA 2DPEA 2XVGA 2WMFA 4C7GA 1E1FA 3OLGA 5CLTA 2XUCA 7A3HA 2CEQA 4UFLA 3PTMA 2J7DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OKD A;  5A95 A;  3LPF A;  3GNP A;  3IK2 A;  5D9P A;  3AYR A;  1NOW A;  4D71 A;  3OLE A;  4OJY A;  4J3S A;  4MAV A;  4W5Z A;  1UWT A;  1HXJ A;  1UR1 A;  2UY4 A;  1H11 A;  1VFM A;  4JFT A;  3AMC A;  3WDJ A;  3QGV A;  4HA1 A;  4JFS A;  1E1E A;  3SIM A;  4GZI A;  1NH6 A;  3N13 A;  1OD0 A;  3AS2 A;  4W7W A;  2BFG A;  2CHO A;  4W5U A;  1BGG A;  1GHR A;  1W3J A;  3WQW A;  3WQV A;  3ZOA A;  1W91 A;  1HKK A;  1QW9 A;  1DWH M;  1WZA A;  2ZXA A;  1UWI A;  5GNX A;  1G0C A;  4PTV A;  3T0B A;  4MNJ A;  4IM4 A;  3WNP A;  1Y7V A;  1QW8 A;  3ZT5 A;  4JHO A;  5DO8 A;  2V38 A;  3DYM A;  2VI0 A;  1Q4N X;  3BXW A;  2IXU A;  5LYR A;  1FH8 A;  2WZI A;  1EOK A;  1J0H A;  3UR7 A;  1HJX A;  2AAA A;  3L4T A;  3KE0 A;  4BCE A;  3FN9 A;  3WL1 A;  3CHF A;  1TR1 A;  3PN8 A;  5DMY A;  4C90 A;  4NRS A;  3RJX A;  4PTW A;  1NOU A;  2CER A;  1E3Z A;  3A4W A;  1VRX A;  2VQT A;  4AD2 A;  1VBR A;  1EIB A;  5D9O A;  3L4W A;  2JIE A;  2BY1 A;  2ZX6 A;  4H04 A;  2VNC A;  2IUZ A;  1GQI A;  3QHM A;  4HOX A;  1C92 A;  4FLQ A;  4AXN A;  3WEL A;  3PTK A;  3KZS A;  2YL6 A;  1GCY A;  1TFV A;  4OOZ A;  4M80 A;  1ZS2 A;  4P8V A;  3CIV A;  2GDU A;  3IJ7 A;  3POC A;  3AMG A;  1CGW A;  2X8R A;  2E8Z A;  1WNO A;  4NZC A;  3BSG A;  1E40 A;  3VD7 A;  1GJW A;  3AHX A;  3WDR A;  4PMV A;  5M5D A;  1KB3 A;  3BAK A;  4J3W A;  2PC8 A;  2ZX8 A;  1VFU A;  4B16 A;  1LWJ A;  3WH7 A;  1E43 A;  2ZOX A;  3AMD A;  3VMN A;  5IHR A;  1OT1 A;  3CUJ A;  4QDM A;  2VCB A;  4J28 A;  5EFD A;  1VEP A;  4KGJ A;  1HJU A;  1JFX A;  2VX4 A;  1B1Y A;  4BQ2 A;  2YA1 A;  4CD4 A;  2WW5 A;  4MAZ A;  1GUV A;  4PMR A;  3K8K A;  4OOU A;  3ZJ6 A;  3RM4 A;  2GK1 B;  4K68 A;  4HZ7 A;  3WNO A;  4KWU A;  2W4X A;  3FAX A;  4RE2 A;  1DWJ M;  1WO2 A;  2PWH A;  3WMC A;  3MV0 1;  3VUP A;  2EPO A;  3O2L A;  1UUQ A;  1QNO A;  5HOS A;  2VRQ A;  4LYR A;  2G41 A;  1KGU A;  3AHY A;  3TP4 A;  4D1J A;  4ATW A;  4OBS A;  2WZH A;  5AC4 A;  3A6O A;  1SFS A;  1QPK A;  1BG4 A;  5A8P A;  3GXI A;  1NQ6 A;  4CD5 A;  2CBI A;  1B0I A;  3BCF A;  3RME A;  1CEO A;  2QV4 A;  3POH A;  2Y4S A;  3MUY 1; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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