3SW6 | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	214
structure length	214
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of Methanothermobacter thermautotrophicus orotidine 5'-monophosphate decarboxylase covalently modified by 5-fluoro-6-azido-UMP rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	83
structure length	214
sequence length	214
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-07-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3sw6A00

4LOCA 3A9IA 2VFFA 1F73A 3O15A 2GQ9A 4JTIA 4JXCA 2NXIA 3LHZA 2DZPA 2ZZ3A 3PUEA 3B04A 3S8HA 3NL3A 1DJNA 2PRLA 3Q2DA 3ABQA 4FHAA 2V9DA 4GNJA 1SU5A 4DPPA 2J9ZA 1VR6A 3FKKA 4LS0A 2IQTA 3NXFA 3NM3A 3EB2A 1KFCA 4GC4A 2NUXA 3SSJA 2BZNA 3W75A 1M7PA 3LX9A 5BNKA 4TO8A 3UNDA 2W0UA 3SI9A 2W6RA 1JCLA 2ZZ4A 3W86A 5J5DA 1GVRA 5FEXA 2VENA 2VXNA 3DENA 4H3DA 3L66A 2C16A 3QZEA 3STCA 3A22A 1TV8A 3C52A 3IVUA 1DORA 3QW4B 4M19A 4NUWA 1ME8A 2XN0A 3CEUA 4RZ6A 3TXVA 3P61A 3LTYA 4YWIA 3RFAA 2ZRUA 2ZYFA 3CT7A 5HWMA 1F6PA 6TIMA 2FQIA 4NXKA 1QAPA 3LXAA 4JTLA 4IWWA 4K6AA 1W5PA 4GUHA 5I3FA 3DI1A 1GVQA 3FEMA 2A4AA 1OABA 2A21A 3M5ZA 4JDBA 4D2JA 2Y63A 3W70A 4YCOA 1M7OA 3MUXA 2WNQA 1H1YA 4LVBA 3ZWTA 4TR9A 3ABOA 1SZGA 3CWNA 3C3NA 3THAA 3E0IA 3P7YA 3UZJA 1TPDA 4I7WA 1DKWA 3S1UA 4JYDA 4IQLA 3W7HA 2CLEA 3LTSA 4CNOA 1FWSA 3LCIA 1OFBA 4LUIA 3NQ8A 3QC3A 5D09A 5KMYA 4N4PA 4GE8A 5EY5A 3CM4A 3UD6A 1VQTA 4TMCA 2VFDA 4DELA 4DBEA 3C6CA 1H50A 3U2OA 2ZDRA 3G3MA 4Z1CA 1UASA 1L6YA 2NX3A 2ISWA 2CFFA 4O10A 2Z1BA 2C14A 3A23A 1W37A 2FFCA 5CSSA 5DY2A 1WV2A 3NQEA 4CCEA 5EYWA 4MFEA 4MY1A 4PEKA 4AVFA 1A50A 3BLEA 4JX6A 5D37A 2BX7A 4S2CA 1YXDA 4O0KA 4LRTA 1IF2A 3NOEA 5CZSA 3FJLA 3W2LA 3BO9A 4UFHA 1CI1A 4O4VA 5HUOA 3SFKA 3M5XA 5HWJA 3UWWA 4CQAA 3W7PA 5G1TA 1LRNA 2J9XA 2PRHA 4ZL1A 4JTHA 3LOTA 3HQ1A 2ABBA 1PHQA 3LCHA 4RLIA 1QOQA 4DF2A 1LTDA 2AQWA 4MZYA 5LNSA 3CWOX 1OFDA 4DO6A 4IXHA 3PY2A 3G0UA 4YXGA 3S6DA 3KAOA 3RK8A 1EB3A 5G4EA 3FLUA 2BTMA 3W1XA 1J5TA 4S2BA 4FNQA 1W5MA 3PG8A 3W2NA 2FIQA 1GJPA 4WX2A 3CB8A 4XKYB 1JJKA 1LZOA 2Y88A 3NQDA 2VEKA 4YMZA 3A24A 3FYOA 2J24A 4CNNA 5D32A 3M1ZA 3O6CA 2Q8LA 3L67A 4MY8A 3M41A 4QAIA 3GVGA 3EKLA 3B06A 5D05A 3TE9A 5J5RA 4C1LA 3SGUA 3H55A 1ZENA 4IX0A 3S1WA 4A21A 2EAWA 1G4EA 3RLUA 3S5NA 2OJPA 1BKSA 3G1AA 4M6QA 4UTUA 2E1DA 3FKRA 3ATZA 3L65A 3UWZA 2A1YA 2VC6A 3TROA 3C2RA 3NR0A 4IMGA 1EPXA 1G4TA 4JTEA 3LERA 4JTSA 4DPQA 2ZZ2A 4UXDA 4L4MA 3M5VA 2QCFA 5DBTA 3W7NA 3W7GA 2B7PA 5C5YA 3W7OA 2V8ZA 5HR6A 4FNTA 4FNPA 1H7NA 1NAL1 1ZAIA 2V82A 2Y7FA 4RKAA 1KM1A 4UIOA 3B03A 1TTJA 2ZQ0A 3LI1A 1SO3A 1HG3A 3TC7A 4XBSA 1H5YA 1QPQA 5CPOA 1H61A 4RZ4A 4Z08A 4LUJA 5DN1A 1HFBA 1TREA 1RQBA 2Q3OA 4NNAA 4ZQOA 4IUOA 1JUKA 3B0UX 1Y0EA 1MEHA 5CPNA 2JGQA 2E5DA 1KFEA 2YDAA 1ZNNA 3M7WA 5DXYA 3W87A 4UTTA 1AL7A 3A21A 1THFD 1KM0A 1SUXA 3GX9A 4E2BA 4QSHA 1W5NA 1RR2A 4LC8A 1W54A 1ICPA 1KM4A 4OQVA 1I2OA 5HINA 1KTBA 1I8JA 3GXNA 2E68A 4UFIA 1Q6LA 2PRMA 4RV8A 2A5HA 2WV8A 5GVJA 1SO5A 1TO3A 1TRIA 4MJMA 3DFQA 1TYGA 1KA9F 1TPUA 4AEOA 3I68A 3IVTA 1JULA 4BI7A 4UMBA 3CIWA 2E6DA 3Q37A 1QPOA 1L6WA 1TTQA 1KLZA 1JQVA 4FIRA 2XN2A 1FCUA 3W1QA 1ALDA 2ZZ5A 3LRLA 3W85A 3PWAA 1S5WA 4UC5A 2QJHA 5LNRA 1U5JA 5D30A 4EF9A 2CLHA 5EKYA 2NZLA 2G5WA 3U6WA 3QF0A 3RMJA 4KWVA 5DY3A 4MLRA 4EIVA 3S5ZA 1QPNA 3N34A 3DKLA 2P1FA 4Z1AA 3ATYA 1LBLA 1GOXA 4X2RA 4MIMA 3W7QA 3VNDA 4QISA 1ZJIA 2V30A 4NNBA 3QJAA 3TSBA 1DJQA 1R30A 1A5CA 5FF4A 1OX4A 3P60A 1QO2A 3VFLA 3DFOA 1FX6A 3KVKA 1YXYA 2YCEA 1SW0A 4ICNA 1JRCA 1PE1A 4Z0JA 3W9ZA 1G4PA 1TPFA 4ZQCA 1X8FA 1VYSX 4NZFA 5KZMA 1LCOA 4ALDA 4AWUA 2VKZG 3G24A 4MUZA 4JTFA 1ICQA 1EIXA 2I9EA 4UNLA 3G1XA 5T26A 3GIYA 1LOLA 2D73A 3NL2A 5LKYA 3B0VC 4RXFA 3WK0A 1IXOA 1O4UA 1TTIA 4K39A 1IXQA 4BF9A 5KINA 4QIUA 5FEPA 1W5OA 4R7JA 5E1QA 1C29A 4NJJA 5AB3A 4W9TA 1MZHA 1H51A 5EL1A 3MHUA 3P5YA 2YX0A 1X7FA 3EX4A 5KSWA 3S5OA 3UWQA 2QCCA 4GFSA 4P61A 3CEPA 4IOTA 3HG4A 4DEFA 3HMJG 1L6SA 1YDVA 1ZAJA 2BXVA 1LRTA 4O1AA 1EX5A 3HGOA 4DF0A 1P0NA 4GUJA 2GOUA 1FBAA 1NF7A 3CLMA 3C2VA 4Q4KA 1G7UA 1WOBA 3BLIA 1SZEA 3L21A 1VGAA 4G1KA 4AHPA 3LCXA 1N8FA 1UUMA 7TIMA 3W74A 3GLCA 3NPVA 3PB0A 1TJRA 1OYAA 4L4LA 3SJ3A 1QOPA 1WX0A 3LDVA 2A6LA 3BW3A 3LXCA 3C4UA 2UV8G 2W79A 3G1SA 2H90A 3PR2A 3QSTA 4UTTC 1B9BA 2Y85A 5AFDA 1TCDA 2CLLA 2FPVA 3QEZA 4O54A 4E2DA 4XBKA 1L9WA 3DFPA 1Q6RA 5AYYA 5DELA 2G95A 3HGRA 3PBUA 4DO5A 1GTHA 3M44A 4KKXA 1F05A 2CZEA 2Y7GA 3HG5A 3I6RA 2JBMA 5D03A 3R8RA 4LU0A 1X1OA 3G1VA 4IX2A 1BTMA 1D9EA 4NVTA 3GDLA 4LTSA 1Q6OA 2VFGA 4JTJA 3TU9A 2Z6IA 3OVQA 4IMCA 5EPDA 1F76A 3YPIA 1GTEA 4K36A 2DZTA 4O11A 3NAVA 1WOAA 2X30A 5CSRA 2QCDB 3LM7A 1TQXA 4OU1A 4N4QA 5F1UA 4NJIA 3NNTA 3KOFA 1XM3A 3W2JA 5AYXA 2ZA2A 3C2FA 1Z42A 4NNCA 1GEQA 4PODA 3WJYA 5FESA 4HSOA 1UB3A 3PS7A 4PH6A 3G1YA 4JIQA 1Z48A 2HS8A 4UTWC 4OV4A 3LHUA 3EWBX 3JS3A 4XUGA 3ABRA 3P74A 2E77A 3STFA 5DCDA 2QEZA 3EXSA 1H7OA 3L9CA 3BLFA 3UPBA 4ZMGA 1QDSA 1S5VA 5KZEA 3QPZA 4FXRA 8TIMA 2VFHA 3IIZA 3OIXA 3W7MA 4ZZ9A 3BARA 4UTIA 3RF9A 1WAUA 2ZRYA 2ZZ7A 4RR4A 3IVSA 1TIMA 1EA0A 3P80A 4N9EA 4K7VA 1A5BA 4NQ1A 4EVZA 4R34A 5FF3A 1EWEA 4WQ6A 2WNZA 4IXXA 1BEUA 1XL9A 3GXTA 5KITA 4JIPA 4OE7A 3L0GA 1FQ0A 3S1XA 1AG1O 4JTUA 5L6UA 3GB6A 5BMXA 4FF7A 1DV7A 4WY0F 5D2TA 2XN1A 5HWNA 1LP6A 1W3IA 1KFLA 1JCNA 1LRQA 2DORA 5DCBA 2A7RA 1KM3A 5CZTA 4TX9A 3GKAA 3C2OA 1TPWA 3P5ZA 1ZHAA 3FYPA 2GVGA 3VCRA 5AC8A 1G69A 3KFTA 3LCLA 2YR1A 3UXDA 5FEWA 1TV5A 5AHEA 2OZ0A 3QMTA 1IIHA 5DCEA 1AK5A 2ATSA 3IGSA 4IJBA 2A2IA 3SY5A 3THQA 4O16A 2OT1A 4UMAA 1PV8A 2VOMA 1FWRA 3NQFA 2KZHA 3CQ0A 1LM1A 2FTPA 3HBLA 4GUFA 1VCGA 1JCXA 1YDNA 1PCKA 3KX6A 5FI8A 3TXZA 3DFTA 5K4XA 2X1UA 3TKFA 3UY8A 3MWAA 1JCMP 3H54A 4O18A 3LXBA 4UFKA 2QF7A 2QKFA 4JX5A 5C55A 4M7SA 2WSRA 3LCWA 3I65A 2A0NA 4N02A 3ZWSA 4NZJA 4CCCA 3O1NA 3LB0A 2F7FA 1LROA 3UQNA 1JUEA 3TMLA 4FX8A 3LLDA 3EWUA 2TRSA 1R2RA 1UCWA 2VEIA 1TSIA 3B4UA 1CW2A 5HJLA 3P62A 1RZMA 2YW3A 2Y7EA 3W88A 1K8ZA 4O28A 2B7NA 1TMHA 1KTCA 1MSSA 4FNRA 3I7SA 3F03K 5U7SA 3R13A 4ML9A 3M6YA 2YYUA 4JX4A 4AF0A 1FCBA 4TU1A 5MHBA 3G0SA 4AB4A 4QNEA 5D33A 3BGJA 1RQEA 2JGYA 1L2UA 2ISSA 4CLMA 1MXSA 2DP3A 2DZWA 3PBYA 4IPIA 3W7DA 2ZBTA 3MBFA 5ABTA 5I3JA 4A2RA 5H91A 4J9JA 4KFOA 1TQJA 1GYLA 4JTGA 3TSMA 2WPBA 1F2JA 4ADSA 1GT8A 3GAYA 4XTDA 3HIJA 1KTNA 4ADTA 1K7EA 2OCZA 2R91A 4LS1A 3O07A 5DXXA 2O7QA 3P81A 2V2HA 1W3NA 4LC6A 3EXRA 5K9DA 3Q94A 3TA6A 3NQGA 3O05A 3LV6A 3CPRA 3AO0A 1ME9A 3W7LA 3R2GA 2YXGA 3FS2A 4FX7A 4K7YA 3W6YA 1B3OA 3IIPA 1OJXA 1BWLA 4E0CA 2GPTA 5AHNA 1XBYA 4MFDA 3W2MA 1VLWA 3UPWA 4M7TA 1JQXA 2CLMA 4UTKA 3UXAA 3PSWA 2G96A 1I2QA 1KFJA 1XUZA 4UTJA 3O6DA 1KM6A 1HTIA 4MVAA 4N9BA 4MKNA 3MHFA 4OV9A 1OFAA 6ALDA 4IMEA 3MHGA 5E93A 1NFBA 4Y8FA 3LGEA 4TIMA 3QMSA 1EUNA 1NEYA 3TQ0A 3FJ6A 4TMBA 5CZJA 1KV5A 4O14A 4WOZA 3F1QA 1M5WA 2CU0A 4XWUA 1KLYA 1J4EA 5CGQA 5D2WA 4UCGA 1TPEA 1F74A 3G1DA 1RVGA 3L68A 3G18A 3BW4A 2X1RA 3NPUA 1YPFA 1I4NA 3N19B 5G5IA 1WXJA 1RV8A 3NZRA 2V81A 1SFLA 1IIGA 2EF9A 3QRHA 1N55A 3PBWA 4OWGA 2QCHA 1SSGA 2YZRA 1W56A 2V5BA 2Y6ZA 4FXSA 2E09A 1SFJA 3WK1A 4O53A 4BFAA 1IGSA 3TQKA 3LHWA 3B0PA 4Z0SA 2RDUA 5IBXC 1F7BA 3GNDA 3R89A 1J2WA 1SZFA 3OBKA 2J9YA 4LV9A 1VYPX 5D2YA 4EWND 4PL2A 3QSRA 4R33A 4LW7A 4FB7A 1UJPA 1JR1A 4M6VA 2C0AA 5AN7A 1OK6A 3CIXA 1HL2A 5F4XA 2CLIA 2FDSA 3B8DA 3WFAA 3T4CA 5A5WA 4I7UA 3EXTA 4MZ1A 4UTHA 1V5XA 3HG3A 1DOSA 3TX9A 4JTTA 3E02A 1W31A 4JR5A 1RQHA 1G4SA 1EP1A 4AAJA 3UZ5A 4UR8A 5I3IA 1WBHA 1E51A 5D38A 3PVFA 3O8AA 3W72A 1Z41A 2H8XA 3W73A 4WD0A 3TQVA 4JN6A 1EEPA 3M0ZA 1XXXA 1I2NA 2B7OA 3S5YA 2E6FA 3TAKA 2ZTJA 5KTLA 4AXKA 2Y70A 3S9YA 4WZHA 3CHVA 3IGXA 3TDFA 3NM1A 5KZDA 5D2VA 2HTMA 3LI0A 3RNDA 1ZFJA 1HUVA 4AMAA 1QWGA 1S3HA 3ZS4A 2YSWA 3PAJA 5A8GA 3TAOA 1FXPA 5H2ZA 2X16A 3FIGA 1F6KA 4OHQA 4UTWA 1X1ZA 3NQVA 4X3ZA 5LNVA 3MYPA 3PBVA 4EOUA 2Z2UA 4FO4A 4JEQA 5G2HA 1K8YA 1Q45A 1DQWA 4A29A 4PFMA 4I7VA 1SO6A 2P0OA 3L5AA 4NX0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3SW6A

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