3SZ8A

Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia pseudomallei
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
279
structure length
264
Chain Sequence
SMNVAISPGVTAGNSLPFVLFGGINVLESLDFTLDVCGEYVAVTRKLGIPFVFKASFDKANRSSIHSYRGVGLDEGLKIFAEVKARFGVPVITDVHEAEQAAPVAEIADVLQVPAFLARQTDLVVAIAKAGKPVNVKKPQFMSPTQLKHVVSKCGEVGNDRVMLCERGSSFGYDNLVVDMLGFRQMAETTGGCPVIFDVTHSLQVLDLARAGIAVGIAGLFLEAHPDPDRARCDGPSALPLHQLEGLLSQMKAIDDLVKRMPAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2
molecule tags Transferase
source organism Burkholderia pseudomallei
total genus 81
structure length 264
sequence length 279
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3sz8A00
1AG1O 1KFBA 1H1YA 3C4UA 4O53A 2ZZ6A 4K6AA 2GVLA 3UYCA 4FIQA 4AHPA 1PVNA 1O5XA 3NM3A 3R12A 1K8ZA 4LTSA 4AHOA 4ZZ9A 1GVRA 1ONRA 1J2WA 4U4MA 2ZRWA 3LCXA 5CGQA 3GZ3A 2ZRVA 1GTEA 3R13A 4KFNA 3W23A 5C54A 1KM4A 3G0SA 3W1TA 1P1XA 1T8XA 3W1XA 4JTEA 4BWLA 3LHZA 2QJIA 3UWUA 3W71A 3KRSA 1GQNA 2XN0A 1PIIA 4K7VA 2QCNA 3P82A 4XTDA 5BOOA 1IF2A 1K02A 3EB2A 3W70A 4JR5A 4IWWA 5G1YA 1YDOA 1JCLA 2QAPA 4IUOA 4QAIA 3E49A 3ZS4A 4ZQMA 5KZDA 3NEVA 1D9EA 1H51A 1VYRA 1W5QA 2ISWA 3P8IA 1IXNA 1QO5A 3W7NA 4OT7A 3MW7A 5D2XA 3G3MA 5U7SA 3DKLA 1JR1A 3KXQA 4O52A 3HOJA 3G1VA 1F76A 1W5OA 1TPWA 3EXRA 7TIMA 4EWND 2Q8ZA 4L4MA 2VFFA 1KM5A 3C2OA 3QF0A 3GNNA 4LWWA 3CB8A 4ZQOA 1XC4A 1S3HA 4WUIA 1R30A 4UUIA 4YMZA 2NUYA 4DO5A 1HO1A 4G1KA 3W7IA 4AWSA 2UV8G 4O18A 3O15A 4FNUA 2W79A 1Z48A 3L5AA 3R5EA 3N2XA 1W3IA 4AF0A 1LLZA 5F1UA 4QNEA 2RDTA 3Q58A 3P81A 3UY7A 1ME7A 2Y7DA 2CLOA 5D2YA 3STFA 3M5YA 3KHJA 1JQXA 4NX0A 1RQHA 2WKJA 4JN6A 2WSYA 2QUUA 1B4KA 1TPEA 3DZ1A 2JK2A 2H3DA 5FF2A 3L67A 2E6DA 3O16A 1KLZA 1KLYA 3FEMA 3DFOA 1P5BA 4MVAA 2NV2A 2DZTA 4JEQA 2DORA 3UY8A 5F4WA 4UCGA 5U4NA 1NFBA 3NQFA 1TJRA 1CX9A 3TQVA 1DV7A 3DFPA 3PUOA 1EX5A 1GWJA 5G2HA 1TPDA 4UNLA 2WSQA 2OX1A 3NZRA 1SW3A 3HPZA 4UR7A 3S5ZA 4M19A 2GPTA 3HG4A 5CG7A 1OJXA 3W86A 2NWRA 3I7QA 2OZ0A 4JTGA 1KBIA 4O10A 1GVOA 1QO2A 1XBVA 1I4NA 3Q37A 3B0UX 3EWYA 4YWIA 1ZAJA 2V5LA 4GBUA 3O8AA 3ELFA 1Q3NA 3NQMA 4N02A 1DORA 4P61A 2EHHA 5CKSA 4CQAA 3LCLA 1DJQA 1OVDA 3I68A 2WNNA 4K8HA 4JTJA 4AAJA 4S2BA 2YCEA 3S1UA 4FNTA 1QWGA 4O0KA 1GVFA 1NSJA 4LS1A 6TIMA 4PH6A 4MPQA 2CLKA 4FO4A 2RKXA 1EB3A 2GUUA 3LX9A 2B7QA 4LW7A 3W7QA 1N55A 2YR1A 4MY8A 4WD0A 3RLVA 3ABOA 4PFMA 1LM1A 4YCPA 5C5YA 3T40A 5LNVA 1O4UA 2BSLA 1VRDA 5D30A 2DZWA 2I14A 1JUKA 5D03A 1KTNA 4LV9A 1FWNA 1YDVA 2NX1A 4JIQA 4GUGA 1A53A 1LDCA 4HSNA 3EXTA 3HB9A 2ZA2A 3P5ZA 3MHGA 3NPXA 4HSOA 4XBKA 4DEFA 3TUUA 1LOQA 3CWOX 3UPWA 2H3BA 5DCDA 5LKYA 5AHNA 2R94A 3C6CA 2Z1BA 2ZBTA 3P5YA 1TTJA 3FYOA 4FX7A 1GPWA 4H6KA 5C2XA 3W7HA 1RVGA 1XDMA 3L0KA 4O1BA 2J9YA 3NR0A 1W5PA 4TU1A 1FDJA 3NQCA 1X6UA 3UQNA 1OFRA 1VCVA 2IQTA 1GG1A 2J9XA 2C15A 4E38A 4MYXA 4JICA 3FS2A 3NZ1A 4GUIA 3B03A 4EF9A 2JBMA 4WQ6A 3A5VA 1K7EA 2J24A 1H61A 4QSHA 2YX0A 1A5BA 1FCVA 2H8ZA 1DQXA 4IPJA 1SO3A 5F1VA 3UZJA 4CQ8A 4E2DA 2X2GA 4YXGA 1IGSA 2YYUA 3NO5A 1G6CA 1QPOA 5LGZA 1QDSA 4RLIA 1L9WA 1TJPA 1TYGA 1HL2A 3HGJA 1B4EA 1F7BA 3KVKA 4UMBA 3W7GA 1SU5A 4LVGA 4NX5A 3M1ZA 1OG0A 3DENA 3FA5A 4LY8A 5FF4A 3BW2A 3UWZA 2R8WA 1C29A 1VR6A 2QCCA 2WNZA 1V5XA 3S5YA 1QPRA 1HTIA 3DFQA 2FDSA 3IIPA 1T99A 2CU0A 1E51A 4CNPA 1IIHA 1TO3A 2ZFAA 3BG3A 4UNKA 3NOEA 1LTDA 2HSAA 2V0TA 3HGOA 2PRHA 3JRKA 1I8JA 2NUXA 3TKFA 3DAQA 3TC6A 5CZSA 3ATYA 5C6MA 3TMQA 3S5NA 3QFEA 4UTUA 2CLFA 2Y7EA 3G18A 3DFTA 2FTPA 2BTMA 1FWSA 1W54A 2CW6A 2FFCA 2QCHA 4LU0A 3TH6A 4FXSA 3SFKA 5KTLA 4O1DA 3IV3A 3EX1A 3I6RA 3PBUA 4DQWA 4A29A 4MLRA 1F6PA 4FNPA 1VHCA 4OU1A 4MZ8A 4O17A 4R34A 4LUIA 2FB2A 1YTEA 5G1TA 3NQ8A 1MEWA 1GJPA 4GE8A 4FNRA 1P0NA 5CPLA 1L6SA 1G4SA 3LM7A 1KM2A 3H54A 2FQIA 1TRIA 3F1QA 1EA0A 1SZFA 4Z0SA 1VS1A 4BWLC 5HUOA 5EKYA 1WBHA 1K7XA 3WK1A 2BZNA 5I3KA 1KV8A 1XDLA 2ZCGA 3BK0A 4LC6A 4X22A 1OABA 4C1KA 3WJWA 3OVRA 5K4ZA 2VEMA 1AMKA 4KFPA 2E1DA 4M6PA 4A2RA 1GTHA 4NQ1A 3PULA 4N9CA 1ICPA 1QOPA 1FY6A 1LLWA 3LCHA 1EUAA 2EF9A 3MWAA 2WNQA 3NPWA 2X1TA 2H8XA 2ZA3A 2C19A 3WJSA 2Y62A 3GDTA 4A22A 4BR1A 4ADUA 1EIXA 1XUUA 3A9IA 2XN1A 5HWMA 4QQ3A 4IX2A 1AW2A 3TK7A 4JX6A 5K9CA 4N9EA 5I3FA 1H7OA 1LRTA 1BWKA 3AJXA 3P60A 4JY8A 4O1AA 3LHVA 2GJNA 2YSWA 4GJ1A 3LB0A 4NNBA 3SECA 2A5HA 3LOTA 3KRZA 1K3UA 1Z44A 5HQEA 3EX2A 3LTYA 1UCWA 3OA3A 4OQVA 4ALDA 4FEZA 4KWVA 2VFEA 4JTTA 1SZEA 3UNDA 2E5CA 3L0NA 1YPFA 3W7LA 3SW6A 3I7SA 4O0ZA 4NT0A 3RU6A 1R2TA 2GJLA 2J9ZA 3W7MA 1RR2A 5HR7A 2Y7GA 4LVBA 1A5AA 4B5NA 5GVJA 3B05A 4K7YA 2V9DA 3HGSA 4M6QA 3LXBA 5IBXA 2DZPA 2XFWA 5LHEA 1VHNA 4DO6A 1C8VA 1XBZA 1WYIA 4YL2A 3GAKA 3EEGA 2E6AA 3QMSA 4WX2A 4I7WA 3G1AA 1OFAA 2JKPA 2QCDB 3P84A 3MI2A 4O4VA 2QCGA 2EGZA 3PAJA 1F5ZA 1RD5A 3NPUA 1PV8A 3LERA 3C52A 1ZY9A 2QR6A 1XUZA 3ATZA 3THQA 3DHFA 1P4CA 2ZZ3A 3SIZA 3LHTA 3LLDA 1ICSA 3NPVA 2W0UA 3NL6A 5TQLA 3STGA 3TR2A 4Y8FA 3STEA 1HO4A 5FI8A 3VCRA 4UTTA 1ML1A 4S1FA 2Z2UA 4JD4A 1Z42A 4JDBA 3G0XA 3TQ0A 2Z6IA 3LCGA 3HIJA 4PA8A 3BLIA 1ZNNA 3M5XA 1Y0EA 3L2IA 3TSDA 4AVFA 1F73A 1ZJIA 1S5TA 3M6YA 2Q8LA 5D09A 4LRTA 3O07A 3C2VA 3LRMA 2GOUA 3NNTA 5EL1A 5DN1A 1A50A 1FQ0A 5BRBA 5F4XA 4NNAA 5K3VA 4JYFA 3W7PA 3UWWA 3CM4A 1W0MA 4MJMA 4JY9A 3TJXA 3W7CA 2PURA 1RV8A 3A23A 5D05A 1XM3A 3SSJA 1G4EA 4LNYA 5H91A 4LVFA 4MFDA 2X1UA 4PEKA 4K37A 3TNOA 2G95A 1LRNA 1WV2A 5FF7A 2DZVA 4GC4A 1KM3A 2A7NA 2R14A 2X16A 4CNNA 4HKPA 4WXZA 4CCEA 4Z1DA 5HNRA 1VH7A 2LLEA 3MBFA 4W9TA 3GR7A 3LTSA 1KV5A 3EWUA 3QW4B 4ZQNA 2B7OA 3LHUA 4EOUA 3CU2A 4UTKA 4MY9A 1JUBA 1TMHA 1DL3A 1S5VA 1H50A 3NVTA 1ME8A 3EXSA 3NM1A 3BPWA 3LGEA 3TU9A 1YTDA 3TAKA 3TXVA 2CZEA 3G3DA 4I7VA 1H5YA 4X9SA 4CQ9A 2CZ5A 3NQEA 1SZGA 4IXHA 2VOMA 4PL2A 3HG3A 3TW6A 4U28A 3G8EA 2NXIA 1YDNA 2PCQA 4GNJA 1TTPA 4OV4A 5D2TA 2ZRUA 4QITA 3BARA 2ZRYA 2A0NA 1FCUA 3PUDA 3UD6A 1SW7A 1VYSX 2Y85A 3VKJA 5E93A 3BW3A 5E0KA 1GG0A 3EX4A 5D04C 3PWAA 2DJLA 2QJGA 2B4GA 2H90A 3W2KA 3W1AA 1JCNA 1T96A 1YYAA 3VNDA 4AB4A 3PR2A 1MSSA 2FPVA 1TPUA 4DF1A 4NUWA 3W7EA 2V81A 1HFBA 5CPMA 1L2UA 2YW4A 4N6FA 3C0JA 3WJYA 1MEHA 3WJXA 3C3NA 3QM3A 1H60A 4LT9A 1AL7A 1K8XA 3E9AA 4UFIA 4CNOA 3G22A 3PSWA 1UASA 2GQ9A 5EYWA 2TPSA 3M41A 1TPH1 3QMTA 3KFTA 3PS7A 3TSBA 1ME9A 1TPC1 2NV1A 3CIXA 4LVDA 4FNSA 4CCDA 1OFDA 4IGHA 1FXPA 1Q6QA 2TMDA 1JULA 4NJIA 1EWDA 1QR7A 2G97A 4TMBA 1LROA 1VGAA 1SW0A 1VJIA 3EWZA 3W2NA 1JCJA 2GQAA 2KZHA 2ZQ0A 1OYBA 1V7YA 1NVMA 4OV9A 3E12A 5G4WA 5DBUA 3PBWA 4Q33A 3OVQA 1NEYA 1DOSA 3VI2A 1J4EA 3GIYA 3W73A 2DZXA 3O1NA 3MHUA 3VE7A 2Y63A 2V2CA 3W1NA 4FF7A 2E5BA 2CWNA 1WA3A 3M16A 3C56A 4UMCA 4JYEA 1U5JA 3OBKA 4O13A 4MY1A 1W31A 5EA9A 4GUHA 3M43A 5K4XA 3UZ5A 4BF9A 2NZLA 4ORMA 3S5OA 3IIZA 4LV4A 4M7TA 1FX6A 4MZYA 1QAPA 5DY2A 3C2FA 2WOQA 3N14A 2QUTA 1TPB1 4UXDA 2VFDA 2BWGA 3GKFA 5DY3A 4TIMA 3SZ8A 2VEIA 3P67A 4MZ1A 1KTBA 1F74A 4WY0B 4N9BA 4HN4A 3JS3A 4CLMA 4LS0A 4IMDA 1Q6LA 2E5DA 3BLFA 4I7UA 3LHYA 3A24A 3L65A 3H55A 5I3JA 2P1FA 3B4UA 3W1PA 1DHPA 3W87A 2DZSA 5AHFA 5TBOA 1SZNA 4PC8A 2ZZ5A 3RMJA 3BV4A 3E02A 5H2ZA 1YLVA 1EP2A 3W3OA 5FEWA 3MI3A 1K8YA 3LBMA 3GK0A 5EPDA 1EPXA 1LCOA 3OIXA 3HMJG 4TMCA 2CLMA 5E1QA 2QCFA 5KZMA 3TE9A 3WJZA 2WPBA 4NU7A 6ALDA 3LBCA 4ORIA 4YLWA 3NL2A 3BW4A 3G1SA 3TV8A 2NX3A 1EP1A 3CHVA 3GNDA 4JGDA 4O54A 4A21A 1O5KA 3I65A 3HO8A 3VFLA 3S9YA 3PB2A 4WXYA 3ABRA 1UUMA 4MUZA 5FEXA 3GDLA 2NXGA 2RHGA 4M6VA 1KFKA 2A4AA 1DQWA 4DELA 3WK2A 3P8JA 2ZZ1A 2DJXA 3NYZA 3TROA 1VPXA 2JGYA 3PBVA 1MO0A 3SJ3A 1W56A 2GQ8A 5D2VA 3R2GA 3KAOA 2HS6A 3W7OA 4UIOA 3PY2A 5IBXC 2Z0IA 5D37A 5LZLA 1OF8A 1Q6RA 2ALDA 4H4IA 3QYQA 5HWJA 3CEPA 1OX5A 5KINA 3CPRA 2GVJA 3BLEA 3KVJA 4E0CA 4JIPA 5MHBA 2JKEA 2VEKA 2RDUA 5BNKA 4UR8A 1WOBA 5LNUA 2Z6JA 1DVJA 3Q94A 4HNTA 3TXZA 2WSRA 3KRUA 3U2OA 4FIRA 3A22A 1I2RA 3PSVA 4GXMA 4UTTC 4JTKA 1FBAA 2HS8A 1YADA 3LI1A 2NUWA 1LOLA 4XKYA 4HNUA 5AFDA 3LCIA 4ZVJA 1OK4A 2E77A 3W1QA 2ISSA 2P10A 5J5DA 5AHIA 1WOAA 4MLJA 2FPTA 2YGYA 1H7RA 3TW7A 8TIMA 1GVQA 3WK3A 1TQXA 5D38A 1X8FA 1R46A 1WX0A 4JYDA 2TYSA 3QPYA 2A1YA 3IIVA 4MOZA 3FKRA 1D3HA 3DU0A 1YXDA 4OWGA 5CZ0A 1UBSA 3PC0A 2O7SA 2A7PA 4Z1AA 3MBDA 3SGUA 1J5TA 1AK5A 2NX9A 2YDAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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