3T7VA

Crystal structure of methylornithine synthase (pylb)
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
SLGDKVIEGYQLTDNDLRTLLSLESKEGLERLYSAARKVRDHYFGNRVFLNCFIYFSTYCKNQCSFCYYNCRNEINRYRLTMEEIKETCKTLKGAGFHMVDLTMGEDPYYYEDPNRFVELVQIVKEELGLPIMISPGLMDNATLLKAREKGANFLALYQETYDTELYRKLRVGQSFDGRVNARRFAKQQGYCVEDGILTGVGNDIESTILSLRGMSTNDPDMVRVMTFLPQEGTPLEGFRDKSNLSELKIISVLRLMFPKRLIPASLDLEGIDGMVLRLNAGANIVTSILPPDSQLEGVANYDRDLEERDRDIKSVVRRLEIMGMKPARQADFEAVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Methanosarcina barkeri
publication title Crystal structure of methylornithine synthase (PylB): insights into the pyrrolysine biosynthesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords methylornithine synthase PylB
total genus 135
structure length 337
sequence length 337
ec nomenclature ec 5.4.99.58: Methylornithine synthase.
pdb deposition date 2011-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3t7vA00
4QNEA 5L6UA 3EX6A 1ME9A 2B7PA 2ZRXA 2ZZ2A 4JIQA 4Z1AA 3S5NA 4AMAA 1K7XA 1YDNA 1GTHA 4NNBA 4DEFA 4XQ6A 3WK2A 4Y90A 1I4NA 3SJ3A 3G1YA 2CZEA 4X3ZA 2TPSA 1Q45A 5C2XA 3W7DA 5SWUA 1GTEA 2NWSA 5FEXA 4RXGA 2QJIA 3TJXA 1MZHA 2PCQA 1H62A 4ICNA 3C2VA 5DCBA 1HO1A 4PC8A 3ZS4A 1H51A 3L66A 2QR6A 1FDZA 2ZTJA 1FXPA 3ATYA 1LBLA 3E96A 3W71A 5D2XA 1MO0A 1QOQA 2QCLA 3S42A 4LNYA 1K8YA 4RV8A 4O4WA 1OF6A 3KFTA 3PM6A 2VFFA 3I7RA 5CSSA 2E5CA 3TFCA 2QCEA 3KVLA 4FXSA 2C13A 3S5OA 4EWND 5KITA 2BWGA 4N2YA 2VOMA 1GPWA 3FIGA 2WQPA 3PWAA 1TREA 4MIMA 4Y8FA 4Y96A 5CPLA 3JR2A 5EPDA 2VFGA 3NL3A 5C5YA 2PRMA 3M6YA 1GEQA 3W86A 1G4TA 4CNOA 4IUOA 3M5ZA 5E1QA 1TTIA 4A21A 5IM51 3HGJA 4IQLA 4NJJA 5K4XA 4CQ9A 2LLEA 1RZMA 4UTWC 1WOBA 1VGAA 3IIZA 4IJBA 1K7EA 2FDSA 1K8ZA 2VELA 4LUIA 1U83A 3KVMA 4FEZA 5HUOA 4HKPA 3P74A 6TIMA 3DFSA 3BARA 1CW2A 2Y62A 5D04C 2CU0A 4OV4A 4DPQA 2ZZ5A 5J5RA 2VXNA 3S8HA 5D32A 4M6VA 2I1OA 4GC4A 4JR5A 3W2LA 5A8GA 3C3NA 4BI7A 4TX9A 4OU1A 3QW4B 1QMLA 2RFGA 3P67A 4GBUA 4O15A 5AHEA 3TXVA 3WJYA 2E77A 1I2OA 4O50A 4IMDA 1TB3A 5AYXA 5AFDA 3TUUA 1SQ7A 1VLIA 3GX9A 4JS3A 1DVJA 4IXHA 1QWGA 3SR7A 5AC6A 3OVPA 3RLUA 3M9YA 1OJXA 4JY9A 3I65A 3DHDA 5A5WA 4IMFA 2E6AA 3HPSA 4MYXA 4MY9A 4XZ9A 2VFHA 2JKAA 2B7OA 3PBUA 1LLWA 4CCEA 5EYWA 1R2SA 1ME8A 1JCXA 2ZA3A 2VKZG 4UTWA 2DZWA 5D02A 3BG3A 1OFQA 1A53A 3NPXA 1KFBA 1O94A 3GDMA 4MKNA 3TIMA 2WO5A 3LCGA 2Y7GA 1EP3A 2Y89A 1TJPA 2ZQ0A 2EKCA 4N9EA 3W3OA 3W88A 3TX9A 1J4EA 3EKZA 1AW5A 2JK2A 3BGJA 1FWSA 3AJXA 1W5PA 3CB8A 1A5SA 2GJLA 3LCLA 1JVNA 1GYNA 3MUXA 1OFPA 1PE1A 1GWJA 3W2UA 4MLRA 1ME7A 4CQ8A 1TRDA 3TMLA 2OMAA 3NR0A 3LCIA 4O54A 4AF0A 2Y85A 4JTKA 5FEZA 2DZSA 3FFSA 3G24A 4TMBA 3CU2A 5U4NA 1R47A 1KFLA 4DO5A 4POCA 3PUOA 3TSMA 3NQCA 3BGGA 3EX2A 3W07A 4UNLA 2J9YA 4NJIA 2R8WA 2DZXA 2VEIA 4XKYA 5BOOA 2D73A 4XTDA 1T0OA 4FNQA 2ZZ7A 3G1XA 4FF7A 2QF7A 5HQEA 4O13A 3STEA 5C6MA 1TTPA 1OABA 3HOJA 4WY0A 4RKAA 4AHOA 3UWZA 4QM1A 1P0KA 1GT8A 3NGJA 3PVFA 1EX5A 3C61A 3MW7A 5AHFA 1SW3A 5KZDA 3I7QA 4OWGA 3W76A 1SSDA 2XN2A 1EUNA 3KRSA 3BPWA 3O05A 1F5ZA 3QMRA 2A7PA 1LLZA 4K6AA 4UR8A 2Q8LA 4E38A 4UTHA 2A21A 3W7JA 1XBXA 5DCDA 3W73A 4NJKA 4A3UA 1QPOA 3BG9A 1HO4A 3YPIA 1XM3A 1A50A 3N14A 1HUVA 2HTMA 3N2XA 5G1TA 4ONVA 1XBYA 1TMHA 3QSRA 1VCFA 1AG1O 2YYUA 1UJPA 1QNVA 4TIMA 5FESA 5MHBA 3PULA 1L6YA 5D03A 3TQ0A 1TV5A 3I6RA 3IGXA 1ML1A 2YFOA 3G8RA 3HBLA 1W1ZA 4UIOA 3HO8A 1XL9A 3NZ1A 3ZR4A 3TU9A 1RD5A 1IF2A 4UCGA 1IXPA 2RDTA 1QPQA 2EF9A 3H54A 3EWXA 4JX6A 2VC6A 1KV5A 1GG0A 2QKFA 4RLIA 3F4WA 4HPXA 3TQVA 1OG0A 1V7YA 3CTLA 3TR2A 2NV1A 5CPMA 1XUUA 4KWWA 2R94A 4N6FA 4YLWA 4AEOA 1KLZA 1I8JA 4MJZA 2QCCA 4LW7A 4UTIA 4JTIA 1S5WA 3ZWSA 4C1KA 1G69A 2FTPA 1NVMA 4O0KA 1IXOA 3IIVA 3LTYA 1H5YA 1FDJA 2TYSA 5HR7A 3MP3A 2YPIA 3R2GA 5CKSA 2P10A 1WX0A 1HG3A 3UWUA 1N8FA 2J88A 5DY3A 1JRBA 1DORA 3PG9A 4Z08A 3FJLA 2OT0A 4S2CA 3P82A 1OFRA 3M41A 5AYZA 4X2RA 3F03K 4X9SA 4PCFA 4M5PA 3W1UA 4O52A 3UYCA 4MZYA 3BG5A 5CG7A 3O6YX 4DQWA 4HN4A 3W9ZA 2AAMA 2CLMA 2O7SA 2QUVA 2VEPA 4B5NA 1DV7A 4RZ4A 1TPUA 3DH7A 4XUGA 5EA9A 4BFAA 2CWNA 5AYYA 4FX6M 3W87A 3B4UA 3W7IA 2DJXA 3LHYA 3MHUA 3W7HA 2ZZ6A 4GWEA 2H90A 1TQXA 3FJ6A 2VFDA 5BNKA 4RXFA 2V82A 3SIZA 1GG1A 2Y61A 3NL5A 5I3IA 2X16A 3L5MA 2DORA 3WJSA 3TCEA 2GQAA 3GXTA 3G1DA 3IIPA 3O06A 3PUDA 4ADSA 5TQLA 1B4KA 5G2WA 4IGHA 1FCQA 1SO3A 3DGRA 4HNTA 2QCDA 3M1ZA 3G0SA 2QCDB 3VNDA 1DKWA 2GOUA 4ZQRA 1XC4A 2ISWA 2WNQA 4PL2A 1FQ0A 4M19A 3GK0A 4QISA 5KZEA 4IPJA 3QPZA 3L9CA 3W2JA 3OEXA 1LOQA 3PBWA 1H60A 5F4XA 3C56A 3W1LA 3CEUA 3RFAA 3B8DA 1GQNA 4CNNA 2QJGA 1TPDA 2J6XA 3PY2A 3TROA 2ZZ4A 5HNRA 2QAFA 2E6YA 2V8ZA 3T55A 3LLDA 4XBKA 1LTDA 4KFOA 3LLFA 1JUEA 1FBAA 4E2BA 4W9TA 4IX2A 2A2IA 1XCFA 2EHHA 1K3UA 1MEHA 2RHGA 1X1OA 3TKFA 4K39A 1TPB1 4P61A 5AC8A 1H1YA 2Q8ZA 3W22A 3WK0A 4UUIA 3HMJG 5F2GA 3UY8A 1FY6A 1Z41A 3O16A 3MBDA 1OVDA 4L4LA 4N9DA 3MYOA 4YCPA 4A2SA 1KTNA 2CZDA 2QDGA 4JICA 4I7VA 4N6EA 1THFD 3R12A 3FOKA 3IV3A 2V30A 3G1FA 5CZ0A 3LGEA 2DU2A 3W6YA 2P1FA 5HWJA 1F6PA 1H7WA 2G97A 2NWRA 1H7NA 3B0PA 4I7UA 4LWWA 2R14A 2NUYA 1ZENA 5G4EA 3GDLA 4YCOA 3QM3A 3TQKA 3W7NA 2WJZA 3BW4A 3VE7A 1GZGA 1H7RA 2AQWA 3TMQA 5BW6A 1PL9A 3H55A 4EIVA 3MI6A 1JCLA 3EXTA 1TRIA 1PIIA 3FA5A 4WX2A 1DBTA 3MYPA 2P0OA 3TC7A 3P8IA 3W1PA 1EP2A 2CLIA 1O60A 3A9IA 1TPH1 3B05A 4JTGA 2NX3A 5AHNA 2EAWA 3TW6A 1KTCA 1VCGA 3EWUA 3N3MA 3P60A 1GJPA 3DFQA 1ICPA 5AOUA 2W0UA 3RMJA 4JTUA 3NPVA 3FKKA 4LS2A 3F4NA 4PH6A 2V2DA 1I45A 1K7FA 2A7NA 1TPWA 3WK1A 5LHEA 1FCVA 2E6DA 5TIMA 1KW1A 3E9AA 2Z6JA 4MOZA 3P7YA 3R13A 2TSYA 3PF3A 4UTUA 2E68A 3G3DA 1CX9A 3PC0A 5K9CA 3D0CA 3TC6A 3CHVA 1EUAA 3MI3A 2H8XA 3B04A 4O8RA 4ZVJA 5ABTA 2JGYA 1OFAA 1D3HA 2E1DA 1KM1A 2JGQA 3C2OA 2VFIA 4TR9A 2C15A 4WXZA 3LCWA 4GFSA 1F73A 1D3GA 3QW3A 3P61A 3DI0A 3NQEA 4JYFA 4ZMGA 4P2VA 5KZMA 2Y7DA 1ZAHA 1O5KA 2HS6A 3TDFA 3W74A 3G0UA 3ABQA 3DXIA 4MLJA 2CLOA 4HT3A 3A5FA 3IIXA 2C0AA 3LHVA 2J27A 3KRZA 3LV5A 5D37A 1BWKA 1R46A 3NO5A 1WYIA 8TIMA 3EX1A 3BLIA 3G18A 3BO9A 3P84A 1LORA 1KM4A 1O5XA 1FCUA 5E93A 3LCXA 4GXMA 3GXNA 3H53A 3P81A 1F6KA 1L6SA 1EIXA 1W3IA 4DXVA 1I2QA 3UY7A 1GVRA 2WV8A 3G1VA 3LCFA 3W7OA 3TV8A 2E6FA 1PHQA 1UUOA 2FIQA 3CM4A 4NVTA 1R2TA 2JBMA 1BKSA 1E51A 3IEBA 3USBA 2FPTA 3A22A 2YW4A 4LC8A 3GDTA 3SGZA 3W1RA 4BI5A 3W1XA 2QCFA 2NXHA 4BK9A 5KTLA 4QQ3A 3NQ8A 5DN1A 2F7FA 4Q32A 1TYGA 1TV8A 2CZ5A 4O1DA 1I2NA 5BMXA 4XBSA 3NPWA 1YDOA 3IGSA 1YTKA 3RF9A 4ADTA 1YTDA 1H7PA 3O07A 3NXFA 3BW2A 3E0IA 3M0ZA 2X2GA 2O7QA 1VCVA 3PB0A 4K8EA 2FLIA 3CWOX 1N55A 2FJKA 1R2RA 4JDYA 3STFA 3OG3A 3JRKA 4UFIA 1VYPX 3EEGA 4LOCA 4CLMA 4DBEA 1H7XA 3RU6A 4K7VA 1AL7A 1R30A 4K36A 4IPIA 3R89A 2Y7FA 4PEKA 1JJKA 5K3VA 4WY0F 1T96A 3PB2A 1XKYA 3LBMA 3LHUA 4UTJA 3C2FA 3NQMA 3NQ2A 3ZFHA 1ZALA 3C2EA 3IRDA 2NXGA 4R33A 3MO7A 3FLUA 1MSSA 1PS9A 1O4UA 4HNVA 4N4QA 1OFBA 1M5WA 5LGXA 3T7VA 1XI3A 4GUFA 4R7JA 1XXXA 5CPNA 1QCWA 4ORIA 1BWLA 2ZRWA 1HFBA 1SSGA 3LTPA 4KKXA 4LC6A 1TCDA 4K7YA 3PBVA 2OCZA 2EGZA 2PC4A 3R8RA 5HWNA 3JS3A 1B4EA 2TMDA 3SFKA 3U8GA 4HHPA 4ML9A 1H63A 3NM3A 2Z1BA 3LXCA 1KM5A 4PA8A 1OFOA 3QQ1A 3LX9A 3WJWA 1EPXA 4JEQA 4QITA 4HSNA 4XTIA 3LBCA 2ZA1A 2QCHA 3M16A 5HINA 1GVQA 1GVFA 3G3MA 3T78A 2C19A 1ICSA 4MYAA 3GLCA 4Z1DA 5U7SA 4AF0B 4OV9A 1SW0A 4HIBA 3W84A 5K2ZA 4IXXA 3FS2A 3CEPA 5DY2A 1FWTA 1QFEA 5LNVA 1TPEA 3DENA 1UCWA 4WOQA 3UPBA 4C1LA 5D2VA 2XN0A 3KVKA 5G2IA 4XKYB 3FEMA 3HJZA 1YXCA 2ZRYA 3FYOA 3DKLA 1I2RA 1U5JA 1YDVA 2PURA 4DF0A 4FNPA 5D2WA 4UXDA 1YPIA 2WNNA 4WY0B 1LYXA 1VHCA 4GUGA 3CIWA 3GXPA 3ELFA 4WQ6A 1VPXA 4CCDA 1Q3NA 5I3HA 1KM3A 1HL2A 1JRCA 4DBDA 2NV2A 2RH9A 3C2RA 4O1AA 2RDUA 4UC5A 1LBMA 3C8FA 1XBVA 5LSMA 1ICQA 4O19A 3NAVA 5KMYA 1P1XA 2H6RA 3DFTA 2X1UA 5BMWA 1FDYA 2HSAA 1PV8A 2Z6IA 1OFDA 1GVOA 3B0UX 5AHLA 1K03A 3G0XA 3L65A 5K7JA 2DP3A 3W2MA 5DCEA 2PRHA 1P5BA 4DF1A 1M7PA 3PAJA 1WOAA 4WD0A 3O15A 3FYPA 1M7OA 2NX9A 5C55A 5LHFA 5DBTA 2GVJA 2E5BA 3QMTA 3L68A 4AH7A 1JQVA 5I3JA 1KBIA 4I9AA 1TQJA 2XFWA 1XBZA 5KSWA 3E49A 1VQTA 1KV8A 1AW2A 2V81A 3PG8A 3W1QA 4AWTA 4RZ5A 3W2KA 1SU5A 3SI9A 1F7BA 1LOSA 1F76A 3S5YA 1RR2A 3C0JA 2QEZA 3GIYA 3EX3A 5HWMA 5FEPA 4ALDA 3W7RA 1RQEA 2Y7EA 1W5OA 1W0MA 2ZDRA 2QJHA 3O8AA 5D38A 3PBYA 3Q94A 3CPRA 3LRKA 4LVGA 4OQVA 3S1UA 3THQA 1FUYA 1SPQA 4JTEA 3L5LA 1GYLA 1H61A 3UXDA 3GR8A 1PVNA 4LU0A 1VC4A 5I3KA 5EL1A 5FF4A 4PODA 3UD6A 5DXYA 3M44A 2UV8G 1KLYA 1XFBA 4M6PA 3C52A 3TW7A 1QO5A 4LTSA 4H3DA 3CC1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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