3TA9A

Beta-glucosidase a from the halothermophile h. orenii
Total Genus 162
50100150200250300350400020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
449
structure length
448
Chain Sequence
AKIIFPEDFIWGAATSSYQIEGAFNEDGKGESIWDRFSHTPGKIENGDTGDIACDHYHLYREDIELMKEIGIRSYRFSTSWPRILPEGKGRVNQKGLDFYKRLVDNLLKANIRPMITLYHWDLPQALQDKGGWTNRDTAKYFAEYARLMFEEFNGLVDLWVTHNEPWVVAFEGHAFGNHAPGTKDFKTALQVAHHLLLSHGMAVDIFREEDLPGEIGITLNLTPAYPAGDSEKDVKAASLLDDYINAWFLSPVFKGSYPEELHHIYEQNLGAFTTQPGDMDIISRDIDFLGINYYSRMVVRHKPGDNLFNAEVVKMERPSTEMGWEIYPQGLYDILVRVNKEYTDKPLYITENGAAFDDKLTEEGKIHDEKRINYLGDHFKQAYKALKDGVPLRGYYVWSLMDNFEWAYGYSKRFGLIYVDYENGNRRFLKDSALWYREVIEKGQVEA
50100150200250300350400400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S13 (395-400)TI1 (7-10)AH12 (434-445)S1 (11-15)TIV11 (400-403)3H1 (18-20)AH1 (34-40)TVIII2 (402-405)TI3 (51-54)TII'1 (53-56)3H3 (57-59)EMPTYTI'1 (27-30)TII1 (26-29)3H4 (82-84)3H2 (46-48)TII2 (41-44)O3 (407-409)TII'2 (411-414)3H6 (409-411)TI13 (423-426)S14 (402-404)AH2 (60-71)TIV13 (425-428)S2 (75-79)S4 (160-165)TIV1 (84-87)TI4 (86-89)AH3 (95-111)AH4 (137-154)S3 (114-120)3H5 (133-135)TIV3 (120-123)TVIII1 (118-121)TI5 (125-128)TI6 (126-129)TIV4 (129-132)TI8 (128-131)AH6 (187-211)TI9 (154-157)AH5 (167-176)TIV6 (164-167)TVIa1 (180-183)TII3 (277-280)S5 (216-222)S12 (350-355)S6 (226-228)AH7 (233-256)S8 (299-303)AH10 (331-345)AH9 (280-284)S11 (327-328)S7 (290-295)AH11 (372-390)TIV9 (308-311)O1 (359-361)S16 (429-432)TI12 (364-367)TVIII3 (413-416)S15 (418-423)TIV12 (424-427)TI2 (24-27)TI10 (155-158)AH8 (261-270)S9 (312-314)S10 (322-323)O2 (369-371)TIV7 (228-231)TI11 (323-326)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Halothermothrix orenii
publication title Expression, purification and preliminary crystallographic analysis of the recombinant (beta)-glucosidase (BglA) from the halothermophile Halothermothrix orenii
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycoside hydrolase family 1
total genus 162
structure length 448
sequence length 449
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3ta9A00
4HZ6A 5IFPA 2X1IA 5GNYA 4U2YA 3BLPX 3WQ5A 1JGIA 2DQXA 3WNMA 3VKKA 1QPKA 1WNOA 1XYZA 3N17A 1D2KA 1X1NA 1QI4A 2ZUVA 2BVDA 5BRPA 3LPOA 2YKKA 2X05A 1P6WA 2YL9A 1RP8A 2CHOA 2PWDA 1R86A 3A6OA 2OWWA 2ZWZA 1KWKA 5CSUA 2PI6A 3L4VA 1J12A 2HISA 1W2VA 4JL2A 3WQ4A 3ZO9A 2WBGA 1VRXA 4UQCA 1Q4NX 2DH3A 1NWUA 1CNVA 2NSXA 3VDAA 1E4IA 1TUXA 2W5FA 3OGVA 1ODZA 4IPNB 3BSHA 4WKAA 2XSAA 1K9EA 1FFRA 3AIUA 1ZBKA 4P8UA 2Y2WA 2YJQA 2DSWA 5E09A 5HXMA 1C91A 2XVKA 3PZ9A 2UY4A 3UG4A 4KGLA 7CGTA 1RP9A 3AMCA 3APGA 4R5EA 3CTTA 4JFWA 1MQPA 2WVVB 2VT0A 4AD2A 1M7XA 3LPPA 3FY1A 3RILA 1EDGA 5FOOA 1BVNP 4WKHA 1PIFA 1VJSA 1DWHM 1UR2A 8A3HA 4PTXA 3W6MA 5D9MA 4OOZA 1W9PA 2DT3A 1QI0A 1E6RA 3WQ8A 4DWSA 3ARUA 2WMIB 3VD9A 3GBDA 4AY1A 4UOZA 2YA1A 3ZR5A 3VUPA 4PYSA 4BZYA 3GH7A 1JZ8A 1XSKA 4D72A 2E9MA 4AZ5A 4UQDA 1GW1A 5HPCA 5I6SA 2GK1A 3W53A 5I3DA 2XFRA 3OZOA 1B3WA 4PMNA 3F4VA 2ZICA 1HKKA 3HMCA 3VOCA 1TVPA 1H49A 1CGVA 2FDMA 1QI2A 3VM5A 5ABFB 4W7UA 1AQHA 3AI0A 1B30A 3SUWA 4UCFA 4EKJA 3BCDA 2FHBA 4C7FA 1I1WA 3RJYA 4PCSA 4UQEA 1SMAA 3ALFA 2WBKA 4CN4A 3MS8A 3WH5A 4D6DA 1MXDA 1PEZA 2CNCA 3CO4A 4AZ7A 2JF6A 3W82A 3CUJA 1HL8A 2WVUA 2WMHA 1YQ2A 5LA2A 4W89A 5E70A 5ABEA 1KQYA 1E4LA 3BSGA 2CIPA 3AJ7A 3BAXA 1X6NA 4MNKA 3RMEA 2VX7A 2ZUNA 1WZKA 1GQJA 1KXQA 4BS0A 3VIMA 1KXTA 4UFLA 4XX6A 1ISYA 5BXTA 2AOSA 2PC8A 4K68A 2WHLA 1CGXA 4WIWA 2EQDA 1VENA 2MANA 1V6YA 2VOTA 1JL8A 3F5KA 1J11A 3DC0A 4MDPA 2VVSA 2O9PA 5KZ6A 1WCGA 1TE1A 4J7RA 1V0LA 3AROA 2XVLA 1PZ3A 1K9DA 3WNNA 3AZSA 3AIVA 1ZL1A 2W61A 4U33A 3AICA 2AAAA 4C7GA 1J18A 1GOIA 2PWHA 2D0GA 4B9YA 3VX1A 5HBFA 3EDEA 1U2YA 4CCDA 1DHKA 1UR0A 2VQTA 3KE0A 3VD5A 4HTYA 3GNRA 4AXNA 2WC3A 1N82A 1B3XA 1Q6EA 3N04A 1PPIA 1HJXA 3KL0A 1A47A 3AOFA 5A8PA 1VBRA 1HT6A 4ACZB 4YHGA 3SUTA 5KEZA 1MFUA 3W0KA 1ZB5A 3RO8A 5IHRA 1GQIA 3WL1A 1W9BM 1V02E 3FHAA 1OM0A 2JIEA 2A3CA 3T2OA 5BXPA 1Q6GA 3WSUA 1ZJBA 4GZJA 1MXGA 5CPTA 4H8VA 3VILA 2VZSA 1AMYA 3QHMA 1W1PA 4MTVA 3WUBA 2DGAA 3VMNA 2QLYA 1MW1A 2D3NA 1CECA 1CPUA 3ZSTA 1V3LA 2WMKA 3FNDA 4D6HA 3WMCA 1XGZA 4GPNA 5IXEA 3SIMA 2WZIA 3SCVA 2X8RA 2JFEX 3B9DA 1JDDA 2VTFA 2JE8A 2D0FA 1KGXA 3VDCA 4XUYA 5A8QA 1W3HA 2D23A 1UKOA 3ZSSA 4WK9A 3ZIZA 3IK2A 2EPNA 5JBEA 4ZE5A 4RE3A 3N15A 2W67A 5TD4A 1UG6A 5LA0A 3WENA 3G6LA 1EO5A 3L4WA 4J3UA 1JYVA 4XZBA 4M56A 4AC1X 1I1XA 4LYQA 5AY7A 1QBAA 3ZJ7A 1OT1A 2VCBA 1QI3A 3FXYA 5HPOA 1E1FA 1UKSA 4A4AA 4W8BA 1CTNA 2E0PA 3SURA 1NP0A 1M04A 1JAKA 2A3HA 1CLVA 4AZIA 4Y7EA 3VD7A 7A3HA 2YDRA 4NRSA 4RE2A 1MYRA 1HX0A 1UD4A 1QW9A 2FH6A 3WDJA 4PMVA 2VC9A 1VEPA 2C7FA 2XYLA 4PUDA 2NT1A 5A95A 1XV8A 4AD0A 2BXYA 4EANA 2J78A 1H0IA 2VZUA 3PZQA 4AZBA 1WE5A 4GO8A 2V5DA 1CXHA 4GI6A 3UG3A 1UWIA 1UKPA 1A3HA 4WLCA 1PZ2A 3G6MA 4UFHA 3GDBA 4IUGA 1GORA 3PZNA 3AS0A 4H41A 3QOKA 1NWSA 4ZFMA 1ZBWA 4FLRA 2Z1KA 1M53A 2WANA 3NSXA 3HJEA 2W62A 3WH6A 2WMJA 3VIKA 3FAWA 4NF7A 3WDQA 1GOMA 1KR0A 1BG9A 4IISA 1C8XA 3WY1A 5D8WA 1JZ2A 4JHZA 4X0VA 1Q6FA 3NJ3A 2ZXQA 1BYDA 1J0ZA 3PBGA 3WDHA 3AS2A 1UD5A 1WDPA 1CXEA 2J7BA 5GNZA 2E3ZA 3JUGA 3SCTA 4TX6A 1SR0A 3T08A 4RE4A 1JAEA 2G3MA 1GVIA 2ZOXA 1UH4A 4YPJA 4CVWA 5AYIA 2A3BA 1B3ZA 2VX4A 3WD2A 5BCAA 1H4PA 3BAKA 4JKLA 2VI0A 1V08A 2G8ZA 1K9FA 4J28A 4AISA 1XH2A 2Z1SA 4R27A 2Y4SA 2XM2A 4AIOA 3MV01 1PBGA 2DT2A 2O9RA 3GXFA 4UOQA 4AZCB 2UY3A 1BQCA 5FL0A 4TTGA 2YL6A 4FK9A 4D6FA 5BRQA 4DUXA 1RD6A 1WDRA 1LQ0A 1QNOA 3SCQA 4BCEA 1HP5A 5ECUA 5BXRA 1EXPA 3WF2A 5I78A 1NARA 1E6QM 2ZX8A 2D24A 1E73M 1NWTA 5BROA 3WD4A 3OZPA 1WDQA 3MMDA 2VCAA 4UFMA 1XH0A 1ISZA 1OB0A 1UA3A 3AIBA 1QNRA 4JZ5A 2XG9A 2GJRA 2G3NA 1E40A 4OKDA 5CLWA 4GI8A 2ZIDA 1E6ZA 4PRWA 1TCMA 2IXUA 2WNWA 1B0IA 5IFTA 3A47A 3RM9A 2BVTA 3IJ9A 4GKLA 4F9DA 5D8ZA 2OSYA 1WAWA 1C8YA 4AD3A 1QNQA 1DWGM 1OSEA 3PZUA 4ZENA 1EHNA 1HJWA 1JZ6A 4PMQA 2QMKA 2JF7A 3S2CA 4HOXA 3AIWA 2YDSA 3KZSA 1XH1A 4TVCA 4BQ5A 1HL9A 3AYRA 2DSUA 2BY1A 2O9TA 4TVUA 1KGUA 2YDQA 1CZ1A 4DUWA 1W9XA 4JCLA 1U30A 4OJYA 3ZQ9A 1FHLA 4PSPA 3CIVA 5LYRA 3AMDA 2BV9A 3NUKA 3OGRA 3AHTA 3BGAA 1TA3B 3OGSA 3WQVA 4MB4A 4M1RA 4MNJA 1M01A 5GPRA 1HKIA 5CGTA 2DPEA 1AVAA 1B3VA 4DWSC 4LQ1A 3K1DA 3UCQA 2WLZA 2E8YA 5BYWA 4DWSD 1V3IA 4TTUA 3DECA 2XIBA 3RPMA 4QCFA 4U31A 2PF0A 2XPKA 3SCPA 2DSZA 4HOZA 1WB0A 2DDXA 1UWRA 3CGTA 3ARTA 3VIOA 1JZ5A 2GJXA 2WCGA 1LF1A 1UKQA 2D1ZA 1W9DM 3CZLA 2J7FA 3CHCA 1JD9A 3UESA 1U33A 3BMWA 4GI9A 2J75A 1CGUA 1O7AA 4CN6A 1JZ4A 1B3YA 3ARWA 2QPSA 3OLIA 2OYMA 5HDRA 1R85A 3DHPA 4PMRA 5M5DA 4OBRA 3ZOAA 3WDRA 1H0GA 3LMYA 4KRTA 3WD3A 4TX8A 1MVYA 4FLSA 4JFVA 3OA5A 4M29A 6TAAA 2WAGA 3PZMA 6A3HA 4TXEA 4AW7A 5CXPA 2CKRA 3ZT7A 2JEQA 2FH8A 3K46A 3UR7A 1R7AA 4AYSA 1ISVA 3ARXA 2OSWA 3WF0A 5I0DA 4H8UA 5CSYA 3ZJKA 2CBIA 4H7VA 4PTVA 1HKMA 1C90A 1OINA 5A94A 1E71M 2EPLX 3ZT5A 1E0WA 4P7RA 3BXWA 4QDMA 1UKTA 1UWUA 4EE9A 1UYQA 2BFGA 3VTRA 4E8CA 4J3WA 4AWEA 3CUGA 3UG5A 3O9NA 3RM4A 1GHRA 3SUSA 3TONA 5AC4A 1IT0A 1OIMA 1KQZA 3W27A 4JKKA 4MB3A 1E4MM 2J62A 2NT0A 2Q8XA 5DEZA 1HJQA 2D20A 1B90A 3EMZA 2VL4A 2VZVA 2EPKX 1WZMA 4CUCA 3VIFA 1O6IA 3A4WA 1IZJA 4BF7A 3AHXA 3WF1A 2J7DA 4AZGA 1UR8A 4W5UA 4QFUA 4LXFA 2CEQA 3AIRA 5FD0A 1XYFA 3WMBA 4PCTA 5CGMA 2E9LA 3NIYA 4W86A 4CU8A 1W9VA 1IV8A 1HVXA 1TMQA 4BQ4A 4HPGA 4MDOA 3N13A 1JZ3A 3MUY1 4CU6A 1QHZA 3WH7A 5A6SA 1G1YA 5CG0A 2VX6A 2WC7A 1E1EA 4W87A 4QLJA 2WHJA 4J3VA 4MAZA 3SCRA 5DT5A 1UZ4A 3CMJA 1E0VA 1EDQA 3WF4A 3WUGA 1CXFA 1ISWA 2VUYA 1SMDA 5ABGA 3GH5A 3MKKA 3NYDA 4CD4A 1H1NA 2ZX5A 5CJ5A 5A6MA 1UD2A 4MNMA 1L8NA 2EXOA 1GJUA 1EOMA 1R87A 4MNLA 1GQKA 4U5KA 2WVTA 4CVUA 4U3CA 4P8WA 2WVVA 2CESA 3CH9A 4D71A 3QHOA 5CPQA 1EHAA 2YBTA 3BC9A 5A6AA 2CHNA 1JG9A 1J0YA 3VVGA 1HJUA 4UQAA 5A2BA 1D7FA 3VDBA 2WVSA 4CCCA 3N12A 4M24A 5I24A 1LL6A 1QNPA 1V3JA 3CZKA 2X2YA 1ITCA 1V6VA 1E6PA 3IANA 2WMIA 4CD7A 2QF8A 1E6XM 3BMVA 1E56A 4HOWA 1ECEA 4MADA 3PZOA 1QHOA 3T0BA 3TA9A 4S3JA 4B16A 2EPMX 3WEZA 3ECQA 3VIJA 1XC6A 4QLLA 9CGTA 5IHSA 3WKZA 1GZJA 1E6NA 4L4OA 3AZRA 2NW0A 5JIPA 3AZTA 1E6SM 1G5AA 3RCNA 3WN6A 2CITA 3CUFA 3WF3A 2VNCA 3N1AA 1H09A 4AD1A 1PX3A 2CERA 1NM9A 2W63A 2XUCA 1MW3A 3SEPA 2Y8VA 4PSRA 3DHUA 2G3IA 1MWOA 3VMPA 3WD0A 3OIHA 1HXJA 1KBBA 4P8XA 3NSNA 4GXPA 3OLEA 2F61A 1ZS2A 3AXXA 1UWTA 1MQRA 3AIEA 3ZT6A 1HP4A 2G41A 3WMSA 2F2HA 4DM2A 4D6IA 3M7SA 2DIJA 1E4NA 2EBNA 2OLHA 3K4DA 3UERA 2G3JA 3WEMA 5F7UA 1Q6CA 3EDFA 1V0KA 4PEEA 1VFFA 4M8UA 4PBGA 4MJ4A 4V28A 4KGJA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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