3TAKA

Crystal structure of the complex of dhdps from acinetobacter baumannii with pyruvate at 1.4 a resolution
Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
291
structure length
291
Chain Sequence
TIQGSIVAIVTPMLKDGGVDWKSLEKLVEWHIEQGTNSIVAVGTTGEASTLSMEEHTQVIKEIIRVANKRIPIIAGTGANSTREAIELTKAAKDLGADAALLVTPYYNKPTQEGLYQHYKAIAEAVELPLILYNVPGRTGVDLSNDTAVRLAEIPNIVGIKDATGDVPRGKALIDALNGKMAVYSGDDETAWELMLLGADGNISVTANIAPKAMSEVCAVAIAKDEQQAKTLNNKIANLHNILFCESNPIPVKWALHEMGLIDTGIRLPLTPLAEQYREPLRNALKDAGII

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H4 (206-208)S1 (4-8)EMPTYS2 (38-41)TI1 (14-17)TVIa1 (267-270)AH1 (21-34)TI'1 (67-70)3H1 (44-46)TIV1 (40-43)3H2 (48-50)S5 (130-134)AH2 (53-67)S3 (73-76)AH3 (82-95)AH4 (112-125)S4 (99-101)TIV3 (105-108)AH5 (136-139)TII1 (154-157)AH6 (145-153)AH7 (167-177)S6 (157-162)3H3 (188-190)S8 (201-204)AH10 (226-243)AH9 (211-223)TIV6 (208-211)TIV7 (244-247)AH11 (249-259)AH12 (278-288)3H5 (275-277)TVIII1 (69-72)TIV2 (79-82)TI'2 (177-180)S7 (182-185)AH8 (191-197)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Acinetobacter baumannii
publication title Crystal structure of the complex of DHDPS from Acinetobacter baumannii with Pyruvate at 1.4 A resolution
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 111
structure length 291
sequence length 291
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3takA00
4JIQA 1OG0A 2FFCA 2OMAA 1W56A 4N4PA 1TIMA 1VC4A 2C14A 3FYOA 3KFTA 4RXGA 1FXPA 3UYCA 1ALDA 5C54A 4IMDA 4FIQA 3USBA 3OG3A 2JGQA 3C2VA 1L6YA 3BPWA 3N9RA 1MSSA 2X1SA 3N14A 4JR5A 1WOAA 2C18A 4O1AA 4Y6GA 4DF2A 1ICPA 4UFKA 2GJLA 1L6WA 4O50A 1W54A 2DZPA 1LLZA 1F2JA 5CZ0A 4HSNA 2WJZA 1W3IA 1G67A 2FTPA 2QCLA 3BGGA 1B4EA 4HPJA 3IIZA 4N6FA 5F2GA 4O11A 4XBSA 4RCXA 4L4LA 4NNBA 3KRZA 4GFSA 2VFGA 3WJWA 1SZNA 1XL9A 4K8HA 1KFKA 2AAMA 3F4NA 2UV8G 1SZFA 3DBPA 1SO6A 4LW7A 1X7FA 5CPOA 5CPNA 1JCNA 3W83A 1GEQA 2B7OA 3PWAA 4QSHA 1VHNA 2H8XA 4OBTA 3T78A 4E2DA 1A53A 3UWZA 3WK3A 4JXCA 1GYLA 1K7XA 2E5DA 1I2NA 3SSJA 4HNTA 3C6CA 1P4CA 5C5YA 7TIMA 2NLIA 5LZLA 1F05A 2QDGA 4N9EA 3O07A 2VC6A 2AGKA 3S0CA 3BG5A 4LVFA 1ZFJA 1HL2A 4ML9A 3GNNA 5U7SA 3QH2A 3QW3A 4DO6A 1UASA 1IF2A 3TR2A 4FEZA 4N02A 3UWUA 3FJ6A 2Y7FA 1KBJA 3TFXA 3TMLA 3LCXA 6ALDA 2ALDA 4JD4A 4MLJA 4KWWA 5TIMA 1F6PA 2VEMA 1UCWA 5KTLA 4UNKA 3P67A 1H1ZA 4RJEA 3FEMA 2CLEA 3RU6A 1FWRA 3TW6A 1HUVA 1PL9A 3KXQA 5F2IA 3VNDA 4WQ6A 3GAYA 2G96A 5G4WA 2A7RA 1KTCA 2EGZA 3CC1A 3LHYA 1H7XA 2A7NA 4DXVA 1LORA 4PC8A 2ZTJA 3TSDA 3MP4A 1B3OA 1SZEA 2ZZ3A 4OQVA 5D2WA 2NV1A 2CZEA 3M47A 3MYPA 4RV8A 3GXNA 1SZGA 4O16A 4YCOA 1VGAA 4Q33A 1C9DA 1M7OA 2B7PA 3P62A 1EIXA 3P80A 3G0UA 3M16A 3BW4A 1YPIA 1DJQA 2B4GA 2ZZ5A 4O13A 4PTNA 1ICSA 3LDVA 2TSYA 4JTFA 3S9YA 3M9YA 1KTNA 3PM6A 3VFLA 2B0MA 3W88A 3G18A 4N2YA 4Q4KA 4M6PA 1Y0EA 5HWJA 1Q45A 1SU5A 1ZJIA 1L6SA 1PS9A 2QCDA 4K38A 4MYAA 5K9XA 4FB7A 1TREA 3LOTA 3TKFA 4GNJA 1XBZA 2ZRZA 3QMRA 2A5HA 1DJNA 1JCJA 5A5WA 5DLCA 5AFDA 1FDYA 1SO3A 3V75A 3PUOA 1O94A 3WK0A 5DN1A 2VKZG 3SGZA 5BMXA 4NX5A 3W75A 2ISWA 2TYSA 4WOZA 3DHFA 1AG1O 1OYBA 2A85A 1OYCA 2ZA3A 1QPOA 2Z0IA 4HSOA 2ZQ0A 3STEA 2QUVA 3YPIA 1YTDA 4ZVJA 3W7IA 3F1QA 2CW6A 1LZOA 2ZRYA 3EWZA 3TROA 1TMHA 2VXNA 4O1DA 3TMQA 5AN7A 4QIUA 2TPSA 3NYZA 1OX4A 4O28A 1VYRA 3NPWA 4YWIA 2PC4A 1TJPA 1SQ7A 5D38A 3LI1A 4ORIA 5G2WA 5LNWA 4AF0A 3O15A 1M5WA 3IEBA 5SWUA 1H51A 3NQFA 4AHPA 1KM4A 1QFEA 3NQDA 3O6YX 2QJIA 1VHCA 4KFOA 2QUUA 3UXDA 1FQ0A 1DHPA 3M0ZA 1WBJA 5A8GA 3TNOA 1H62A 4AF0B 3P60A 1BKSA 4UTWC 1LBLA 4MY8A 4TO8A 1X1OA 2J27A 3A23A 2PRMA 3C3NA 2KZHA 1OF8A 3VE9A 4BR1A 1VPXA 3I7QA 2C0AA 2NWRA 4H3DA 4JTJA 1AMKA 3CEUA 4EF9A 4ADSA 3F03K 5BNKA 2RDUA 2NV2A 3GZ3A 1W5PA 5FI8A 3SECA 2TRSA 1PCKA 3W07A 2A2IA 3G1VA 4WY0A 2EF9A 1XCFA 5KMYA 1TO3A 1VQTA 1YYAA 1QPRA 4TMBA 1G7VA 1A50A 3N9SA 3PBWA 3O05A 4NJIA 3G3MA 3B0UX 1ZCOA 1T96A 2FB2A 1LROA 2OJPA 2VEPA 4GC4A 1GJPA 2Q3RA 1KM0A 2HSAA 4WY0B 5DCEA 3W2LA 2WNZA 4FX6M 3UZJA 1OFBA 3ABQA 1DV7A 4CLMA 4FO4A 2FJKA 1TJRA 2DP3A 3OIXA 2YPIA 1I2RA 4BI7A 3EWUA 3HGJA 4RK8A 5AYZA 4WD0A 3E0IA 4UTUA 5GVJA 4M7SA 3TXZA 3M5VA 1Q6RA 3QW4B 4H6KA 4QITA 1FY6A 3P5YA 1H7RA 4JTIA 1EUNA 4LY8A 3SJ3A 4LNYA 4FNUA 3FIGA 3S8HA 4OE7A 1GVSA 1OFPA 3DFSA 1EWEA 4XKYB 2HMCA 2QJHA 1IGSA 3W7EA 3NPXA 5LKYA 1C8VA 5CZSA 1G4EA 4LWWA 2O7QA 1ZENA 1EP1A 1W5OA 3FFSA 4XUGA 1JVNA 3LV5A 3EX2A 4P2VA 5AC6A 1TCDA 4UTKA 1GPWA 3VI2A 1VJIA 3NEVA 4O17A 1SO5A 2Z1BA 5D37A 3N3MA 4O1CA 3Q94A 1JUBA 2A6LA 2BSLA 3MI3A 3N34A 2J9XA 3W72A 3ZR4A 3GXPA 3LERA 5K2ZA 1UUMA 4L4MA 2DJXA 3TH6A 4IMFA 2X16A 1TYGA 4TMCA 2GOUA 5AHMA 1PCWA 1HG3A 3EKZA 2V82A 4IJBA 1JCMP 4K39A 2J9ZA 1LBFA 4UFIA 3NQ7A 1ZALA 3A21A 4PL2A 5FEXA 4IQLA 3HOJA 4GUJA 1YXCA 3HMJG 2CLFA 5DELA 1CI1A 1K8YA 2Y7EA 3NM3A 4JY9A 2PRHA 3NQGA 4N9BA 1NEYA 3CIWA 3GXTA 4WZHA 3UWQA 4PCFA 5LHEA 3O16A 1ME7A 2VFDA 2ZYFA 3CIXA 3KVLA 4BWLA 1T0OA 3QC3A 3ATZA 1MEWA 4CNNA 4JTLA 3IGXA 3NQCA 2CZFA 2EHHA 5MHBA 3W3OA 2C19A 3G1DA 3DFNA 3HG5A 1PHQA 3B03A 1RD5A 3DENA 3W1XA 3SFKA 3TA6A 2QCEA 2I9EA 4O12A 5HNRA 3W2UA 3M43A 1FDZA 4JYEA 2XN1A 5EPDA 3P81A 1RR2A 4EOUA 3PAJA 4IX0A 1LOQA 3HGOA 3LRKA 2C16A 2TMDA 3DKJA 4WY0F 3T7VA 1XI3A 3ABSA 2Z6JA 3BK0A 3PR2A 5AHIA 5CZTA 3NOEA 4Z1BA 4E38A 1JCYA 4FHAA 4Y8FA 1JRBA 3PS7A 4LUJA 1S5VA 4UTJA 5HMSA 3UWWA 4LOCA 1FWTA 1TV7A 4KWVA 3TUUA 3KVMA 3WJZA 4FNPA 4I7VA 2CU0A 2WSRA 3W7NA 3F4WA 2JKEA 2ZRUA 3W1PA 2A6NA 3T44A 1Q3NA 2YR1A 3LX9A 1I4NA 4A2RA 4MUZA 3ZFHA 3E96A 2PRLA 1FCBA 1V5XA 2ZCGA 4NJKA 3N73A 4HNVA 1VYPX 4S1FA 2VFEA 2QCCA 3GAKA 1M6JA 2A4AA 1KLYA 3NVTA 2G95A 1TPC1 3BG3A 4JTUA 4FNRA 3OVQA 5I3KA 1YXDA 3WK1A 3MO7A 1FCQA 2Y88A 2NUXA 2EAWA 3L9CA 1AW1A 5F2MA 3NQVA 3H55A 3LLFA 2QCMA 4O52A 3G8RA 3W87A 4ZL1A 3LRMA 2V30A 1B57A 4MYXA 2JBMA 4QM1A 3PBVA 4I9AA 3JRKA 2E6AA 4JTTA 3TV8A 2WNNA 3P8JA 2B7NA 4R53A 4LC8A 1Q6OA 1VCFA 5K4XA 2FPTA 4DBEA 1QPQA 4GRSA 3TAOA 2X1UA 4ALDA 1P1XA 2BZNA 2A21A 4JY8A 2CLIA 2GJNA 1GQNA 1KM5A 3HGSA 3FYPA 3QRHA 1OK4A 2C3ZA 1O4UA 1RV8A 3NNTA 2F84A 4MJZA 1YXYA 2DZSA 1LM1A 1FWNA 1WBHA 3H54A 2HTMA 3N2XA 3A5FA 4O8RA 2NZLA 1NF7A 2CWNA 1LBMA 2Y63A 3SY5A 2ZA2A 4UTTC 5HJLA 4FXSA 4ZZ9A 3BLEA 3CPRA 5KZMA 3BVJA 2VENA 5HQEA 3ZS4A 4ZQNA 3NA8A 3DU0A 2WSYA 2EPHA 1YTEA 2Y62A 1B9BA 3C56A 1I8JA 3W7DA 5HR6A 2GVJA 3B4UA 3TK7A 5AB3A 3NL3A 1FX6A 4LV9A 3W1QA 3QSTA 5HWNA 1WDWA 4ADUA 3TFCA 4CCEA 2DZTA 2H3BA 3ZWSA 3C0JA 2CLMA 1IXPA 3C52A 1XBYA 3VE7A 1F74A 1P0NA 4IMCA 1Q6LA 4MY1A 4OHQA 3BGJA 2QCFA 4U4MA 5LNSA 4LRSA 5E0KA 4LRTA 3LV6A 3W7OA 2Z2UA 1QNVA 3WJXA 3W76A 1DVJA 2VFHA 1ZAJA 1XC4A 4O54A 1ML1A 3CTLA 2PCQA 5HULA 3D0CA 4M6VA 1U5JA 4X22A 2VFIA 4GBUA 4TU1A 1GT8A 1JCXA 5F2LA 2Y7GA 4HKPA 1VH7A 1WYIA 4E2BA 1XDMA 1VZWA 1EEPA 1X1ZA 3W86A 3HPSA 1QOQA 1OF6A 1AK5A 4AEOA 3LRLA 5FF0A 1K8ZA 1HTIA 3TJLA 1J2WA 1TPDA 3TJXA 4NQ1A 2I1OA 2PE4A 4A29A 3NQ2A 4PEKA 1TPB1 4A2SA 4RZ6A 4UMAA 3DH7A 1LTDA 3NO5A 5LNUA 4XWUA 4NT0A 5DCDA 3EX1A 3LHZA 4PL1A 2OZ0A 1FCVA 2HS8A 5D2XA 4HPXA 4UIOA 4C1KA 4WXZA 1XUUA 5AHNA 4AXKA 1DBTA 5AYYA 4LVBA 2WOQA 3R2GA 1H1YA 1O95A 3W7QA 3M41A 3T4CA 1TV8A 3UZ5A 1H61A 3E12A 2JK2A 2A0NA 3B06A 1VLIA 5DBUA 4IGHA 3VCRA 4UFHA 1FDJA 4JX5A 1QR7A 2VEKA 1LCOA 4YXGA 5FF4A 3U8GA 2FLIA 2DORA 3O06A 3I7RA 5ABTA 5T26A 1H7NA 1Z44A 1R2RA 3MWAA 3L65A 3A24A 4DO4A 5K9DA 4LUIA 1E51A 3AO0A 3BW3A 3LCFA 4OV4A 4Q32A 4XTIA 3G1XA 4YLWA 3MP3A 1UUOA 1LOSA 2RDWA 3QPYA 3PUDA 3M5ZA 4FX8A 2ISSA 2GPTA 4RR4A 3UD6A 1L9WA 1QO5A 1RZMA 3OEXA 1W5NA 3ABOA 4O10A 5KZEA 1VLWA 2OX1A 2ZZ7A 5E93A 3SR7A 1YDVA 3LHWA 3MUXA 1KBIA 3HB9A 1WQ5A 1WXJA 3LTYA 3W6YA 4FXRA 1VYSX 1TPVA 3NR0A 1QO2A 2QF7A 1P0KA 4UFMA 4UTMA 3DAQA 3GDKA 3S1VA 5L9FA 1VRDA 3BARA 1H7OA 1A5AA 3I7SA 3ZWTA 3UQNA 1TTIA 5D09A 2ZZ2A 4DELA 1MEHA 2QDHA 3PSVA 2YGYA 3Q37A 5CSSA 2V5BA 3LLDA 4HN4A 1SW7A 3RMJA 3M6YA 5G1YA 1L2UA 2XN2A 3UY8A 1VCGA 5CPLA 3TU9A 2LLEA 4O0KA 2Q8ZA 5HWMA 3TIMA 1W37A 4JNMA 1LP6A 2H3DA 2QAPA 3LTPA 1IIHA 1R47A 5FEZA 3JR2A 3C4UA 1FWWA 3O63A 4D2JA 1EUAA 5D04C 3W2KA 3G0XA 3DI0A 3CEPA 3QM3A 5E1QA 3R89A 3KAOA 4W9TA 3W7PA 3H53A 1EWDA 1LLWA 2ZRWA 5FF2A 4DEFA 3HPXA 4AAJA 2H90A 5AC7A 2NUWA 6TIMA 4X9SA 5F4SA 5D32A 4FNTA 2V2HA 3EWWA 4RLIA 4CQAA 2VFFA 4NUWA 3EX6A 1WAUA 1W31A 3NDOA 1KW1A 4ADTA 1W3TA 3DHDA 1OJXA 2CFFA 2R91A 1XM3A 1RPXA 3W1RA 3LHVA 3BG9A 3GDMA 3GNDA 4Z0SA 1UB3A 3STCA 4IMGA 4DO5A 3DGRA 3HF3A 1OFRA 5I3IA 5IBXC 5I3GA 4TX9A 2YXGA 3INPA 4CCDA 4Y90A 2A7PA 1J5TA 1R46A 1O5XA 4DBDA 1LRNA 2H8ZA 2YW3A 2BWGA 4XKYA 3QQ0A 3NQ8A 4ZMGA 1AW5A 3GKFA 3SZ8A 3PBUA 1F5ZA 2E1DA 1EX5A 3G8EA 5D33A 1WOBA 4ZQCA 3MW7A 4JICA 1SW3A 5G1TA 3QEZA 4HT3A 2FPVA 2RDTA 3A22A 2ZRXA 4JDBA 4AH7A 1I45A 1H7WA 2QCHA 3EX4A 4EVZA 1BTMA 4MZYA 5I3JA 2R8WA 1XKYA 3V1PA 3G3DA 4N6EA 3TCEA 5LGZA 4N4QA 3LCWA 2E6YA 3TX9A 5KITA 3P7YA 3GDRA 4A22A 4UMBA 5F1VA 3S42A 2GQAA 4UMCA 5IM51 1W0MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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