3TC6 | Genus

Total Genus 94

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	251
structure length	251
Chain Sequence	PRYLKGWLEDVVQLSLRRPSVRASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIAEYKRKSPSGLDVERDPIEYAKFMERYAVGLKILTEEKYFNGSYETLRKIASSVSIPIAMSDAIVKESQIDDAYNLGADTVVLIVKILTERELESLLEYARSYGMEPLIVINDENDLDIALRIGARFIGIESRDWETLEINKENQRKLISMIPSNVVKVAIAGISERNEIEELRKLGVNAFLIGSSLMRNPEKIKELIEGSLE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__246688462195454__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__246688462195454__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3TC6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__246688462195454__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"246688462195454","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3TC6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__246688462195454__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d030e286ce9cf02e60761cd/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d030e286ce9cf02e60761cd/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d030e286ce9cf02e60761cd/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d030e286ce9cf02e60761cd/pdb.gz): 69 ms

reading 251 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

251 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 39 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:250});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Sulfolobus solfataricus p2
publication title	Exploration of alternate catalytic mechanisms and optimization strategies for retroaldolase design. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Indole-3-glycerol phosphate synthase
total genus	94
structure length	251
sequence length	251
ec nomenclature	ec 4.1.1.48: Indole-3-glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2011-08-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00218	IGPS	Indole-3-glycerol phosphate synthase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3tc6A00

2CLLA 2YZRA 4EF9A 3JR2A 3GNNA 4QIUA 3L21A 3G1VA 3QSTA 3LLFA 1TPH1 1G4TA 5DLCA 4WJEA 1YXCA 3NA8A 5LZLA 1JVNA 3HBLA 3LDVA 3W1QA 3S1UA 4MOZA 3FYPA 3W2KA 2CLIA 4GBUA 3NQ6A 4A2RA 1JULA 3CU2A 4LVDA 1H7WA 1LZOA 3OVQA 4LS2A 3MYOA 3G3MA 3W7EA 4M6VA 3LRKA 2QCHA 1OFAA 1NSJA 3W2JA 3ATZA 3GZ3A 4A3UA 4O54A 2QKFA 5J5RA 4DQWA 2EGZA 3JRKA 1ZCOA 2F84A 3ZS4A 4UTMA 1FWTA 4FHAA 3N19B 2C18A 3RMJA 4DELA 2VELA 1I45A 3TQVA 3WK3A 1GVSA 3OVRA 4K39A 4LVFA 3HGOA 1KTBA 3CHVA 3GDMA 4AWUA 1L2UA 2ZA3A 4S2BA 4XUGA 4XTIA 3FLUA 2X1RA 1QOPA 4FNUA 1VCFA 4U28A 3TXZA 3FEMA 4IUOA 3SGZA 5KMYA 2EKCA 1DJQA 4WY0F 3PUEA 4R33A 1W5QA 5EL1A 1OX5A 5K4ZA 4IOTA 3BLEA 3UY8A 2O7QA 1IXPA 3GXNA 2DZPA 3IVSA 5D33A 4PL2A 1OK6A 3M47A 4YXGA 3SGUA 2QUUA 1X1ZA 3T78A 3QMRA 3GX9A 3B06A 1LLWA 3B04A 4Q33A 1D3GA 2C0AA 3N2MA 3EKZA 4POCA 4XWUA 1H60A 4JTTA 1RV8A 2A5HA 1OVDA 3TUUA 2PRHA 4GWEA 2NX9A 1KM4A 4LWWA 4WQ6A 3QRHA 1C9DA 1EPXA 4NUWA 4Y6GA 3UNDA 4GUHA 4O11A 4Z0JA 4HNNA 4EWND 3OEXA 5F2IA 4RZ6A 5D37A 4N9BA 3B05A 4X3ZA 4IMFA 3MI3A 3W7MA 3DENA 1XDMA 2EF9A 3W1AA 2E77A 2PURA 1EEPA 1THFD 1S3HA 1WA3A 1ICPA 4E38A 3E96A 3LB0A 5CKSA 3BARA 1SQ7A 4P2VA 2VFFA 5AYXA 3TIMA 5LNRA 2VEMA 4C1LA 3TFCA 3SJ3A 2I14A 2NX3A 4MY8A 5LNWA 3PAJA 4O1DA 1ME7A 3LCWA 1F7BA 2Y89A 4UFHA 2DZWA 1I2QA 2Z0IA 3MO7A 3NQGA 4UTWA 2JKPA 1KFEA 5D2TA 5KINA 1TTJA 3BO9A 3VFLA 4UIOA 2NX1A 1UUMA 2QCMA 4NNAA 2NWSA 3A24A 1L6WA 3GDRA 3F1QA 4AVFA 4MY1A 4UR7A 3UZ5A 1KM2A 2JKEA 1FDZA 2RDUA 3GR7A 2ISVA 1FWNA 4WXYA 2R94A 4OV9A 5DBUA 1WDWA 2R91A 4UNLA 2PE4A 1GZGA 3P62A 3FJLA 5LHFA 4K6AA 5HUPA 5L6UA 5AC7A 1K7XA 2H3DA 4Z1BA 3W2MA 1A5AA 2RFGA 5D38A 3S1WA 3C4UA 1HO4A 1DOSA 1VYRA 2H6RA 3QSRA 4BI5A 5AC8A 1MEWA 4K36A 3MI2A 1EP1A 4AAJA 2VC6A 5I3HA 1N55A 1YPFA 1T96A 2HS6A 2WNNA 1UJPA 1TPVA 1SPQA 6TIMA 1VYPX 2E68A 1Q6QA 3GKFA 3DHDA 5HNRA 3TJLA 3IGSA 2ZRYA 3ANYA 2C13A 4TR9A 2J9XA 3QC3A 5FESA 1X1OA 3G24A 5CSSA 4NX0A 4AHQA 3STFA 2CLFA 4N02A 3B03A 1VGAA 3LCXA 2OT1A 3O6CA 4IWWA 1M7OA 3VE7A 4I7UA 3I7RA 4LVGA 2DZVA 3HPZA 4O10A 1O5KA 3SECA 1QCWA 1VHNA 2Y61A 1B4EA 3EWUA 2I9EA 2Q3OA 2Y7FA 3GB6A 1FQ0A 4KWVA 4OT7A 3NQCA 1VS1A 2ZQ0A 3B0PA 4ADUA 2B7OA 3HB9A 2QCNA 3P5YA 4MJZA 1H51A 3N9SA 4A29A 4KFNA 1W5MA 2JK2A 1HG3A 3G18A 3DKLA 1RPXA 3LXCA 3T7VA 4FXSA 4HKPA 3TW7A 3DAQA 3PY2A 3CIWA 3DKJA 1PE1A 4O16A 3G1DA 3JS3A 3W7CA 2NUYA 3GR8A 4PCFA 3EX4A 4AEOA 1EP2A 5D09A 2WNZA 1H7RA 3Q94A 2V8ZA 2A0NA 4LY8A 4IGHA 2J9YA 3O06A 4FNTA 3EB2A 5HWNA 3OG3A 3OA3A 5FEPA 4Q32A 1TSIA 1H7NA 3W7RA 3W7OA 4NVTA 2ZA1A 1OX4B 3O6DA 1AL7A 1SZGA 1QWGA 1YYAA 4RJEA 1E51A 1ME8A 4HIBA 4Z1DA 2QDGA 3IIZA 4O53A 2A2IA 2V30A 2BX7A 3MI6A 1TREA 4M19A 5BNKA 3GAYA 1V7YA 4JEQA 2ISWA 5HQEA 1W5OA 2DP3A 2QCGA 2V82A 1F74A 4EF8A 1LP6A 4A22A 4QNEA 3PBYA 3L0GA 4FB7A 3M41A 1DQWA 1OFQA 4O8RA 1W1ZA 1LTDA 4UFMA 2C14A 1R2RA 1M5WA 3QM3A 3LI1A 3W87A 2A7RA 3QW4B 4MYXA 1Z41A 5AFDA 3BG9A 4ZVJA 1W37A 3W70A 1OFBA 3E9AA 1J4EA 1GYNA 1AW2A 3BGGA 4MLRA 4UTKA 4FNRA 2W79A 2BWGA 3NL6A 1Q3NA 3C56A 1OFPA 3N3MA 5CZJA 2RH9A 1OFOA 2EPHA 1C8VA 4N2YA 1IF2A 1KV5A 4UTJA 1NF0A 1F5ZA 1DVJA 2VEKA 3TQKA 4QISA 4GE8A 1YXDA 1OABA 3DI0A 3TV8A 1KFCA 3L2IA 3S5NA 4DF0A 4BR1A 4HPXA 2ABBA 1KM3A 1BWKA 1G4PA 2TSYA 3W88A 4E0CA 5C6MA 2NXGA 5DXXA 1YTDA 3W1MA 1KTNA 3W7PA 2XFWA 1G7UA 3HG3A 4O13A 3EWZA 3EX1A 4OWGA 4IXXA 1VCGA 2A4AA 1LOQA 3CC1A 5KZEA 2G5WA 3KX6A 4DF2A 5GVJA 1W54A 3M5XA 3GDLA 1M7PA 3NPUA 3QMTA 5HWMA 3C2RA 3CLMA 4WOZA 1KFBA 1KW1A 3TA6A 3C2VA 2E6YA 1FCVA 5LHEA 1J5TA 3NM3A 2GUUA 4NZFA 3N34A 3R8RA 3EXSA 2P0OA 3FFSA 1F6KA 4ZQCA 2ZDRA 3A9IA 1TRIA 4QNWA 1VH7A 1HO1A 3W1RA 3ZR4A 3FS2A 3L65A 1GVQA 1RR2A 2FPTA 2WV8A 5FI8A 2RDTA 3L67A 4LVAA 4EOUA 5FEXA 2H8ZA 4OV4A 3VI2A 4JNMA 3PB2A 3WJSA 1TPEA 4NT0A 3AJXA 1W31A 1ZENA 1SZNA 3FJ6A 4O18A 5EYWA 3PBUA 1L6YA 3LERA 1K8XA 3HGSA 3NO5A 5G4WA 5D2WA 4NQ1A 1H62A 1PHWA 1SFJA 4XTDA 1TV7A 3M0ZA 2CFFA 4UMCA 3A5VA 3O05A 5IBXC 1I2NA 3HQ1A 1MO0A 3S1XA 1JUKA 3L0KA 3MHUA 3MYPA 2GQ9A 5LNUA 4MZ1A 2TPSA 4WX2A 2QCEA 1LRTA 3EKLA 1WQ5A 4ZQNA 5DY2A 3MWAA 1AL8A 4CNPA 4LOCA 2GPTA 3LXAA 5CGQA 2KZHA 3PR2A 4UNKA 3TFXA 3LX9A 4HNTA 1ZJIA 3IIXA 1T8XA 5DY3A 2YDAA 2WPBA 1G67A 2AAMA 1EIXA 3SW6A 3C52A 4CCCA 3DI1A 1F6PA 2V2HA 5FF7A 4DO6A 2QEZA 4BI7A 1F76A 4BK9A 1O95A 3S1VA 5FF4A 3SIZA 2ZCGA 3KVLA 1R47A 2RKXA 3TAKA 3FKRA 4N6EA 4YCOA 3EEGA 3MP5A 2R14A 1XUUA 1I8JA 1LCOA 4DPQA 1UUOA 2ZRUA 1YXYA 3G22A 3GK0A 3KVJA 2PCQA 2AGKA 1H5YA 4D2JA 1FWRA 1UCWA 1JCMP 1JCYA 3UPWA 2CZ5A 3SSJA 5BOOA 2ZZ4A 2G97A 2OZ0A 1W3IA 1Z48A 3SR7A 3QW3A 4LT9A 1SO3A 3SZ8A 1XDLA 4JTLA 1OG0A 2QF7A 3W7QA 3QYQA 3MBFA 3NQDA 1LM1A 2VFGA 2Z6JA 3LLDA 5TBOA 2Y85A 2Z1BA 4AF0B 3NM1A 5E0KA 4Y9AA 1YTKA 2V5BA 3E0IA 4OQVA 2V5LA 1LBLA 2J9ZA 1AK5A 5G2WA 4FX6M 3SFKA 4IMCA 2FIQA 1GTHA 1HL2A 3S5YA 3OBKA 4UXDA 1RZMA 1BWLA 1VR6A 4GUFA 1XXXA 4HT3A 1TYGA 3N2XA 4O1CA 5F2GA 4C1KA 3W84A 2NLIA 3F4NA 4I9AA 4M7SA 2DZSA 3H55A 3IGXA 3RNDA 3NR0A 3OHIA 4I7VA 4MLJA 5G5IA 1DL3A 2V2CA 3M5YA 4LV9A 3L66A 1EB3A 1PV8A 2W0UA 4LVBA 3NPXA 2ZRWA 5I3KA 5HULA 4OHQA 3S42A 1MSSA 2BXVA 2QDHA 4K37A 2WO5A 1VLIA 5CZSA 1G7VA 2DZUA 3PSVA 4AF0A 3E02A 3W72A 3P81A 5LGZA 3E12A 3NQEA 3CEUA 4ZQMA 1KFLA 4TO8A 2I1OA 3NPVA 2JKAA 3LCHA 4S2CA 2QJGA 3EX2A 2YFNA 1WOBA 3B8DA 3ABSA 1RQHA 4MY9A 1W3NA 4CNOA 3P8JA 3TAOA 2EAWA 1JQVA 3P74A 1J2WA 1H7OA 2H3BA 2YFOA 2ZZ5A 4L4LA 5T26A 1QOQA 1QAPA 3S5OA 1ALDA 3DFPA 3LI0A 3W1TA 3O6YX 2ZZ2A 3EXRA 4JN6A 4HSNA 5FEZA 3G1AA 3W1PA 1TPWA 3TU9A 5BMWA 4LS0A 4EIVA 2FFCA 4GUJA 2B7NA 3HG4A 4CQ8A 2VOMA 3U6WA 3F03K 4IPJA 4FX8A 5C2XA 4M7TA 3G1YA 1GG0A 3A22A 4NX5A 4FNPA 2VFIA 5I3IA 1ME9A 4N4QA 4OE7A 3TSBA 3ZFHA 4U4MA 2R8WA 3UZJA 3RF9A 1I4NA 1V5XA 4MVAA 2BSLA 4O28A 3O8AA 3GVGA 3W7KA 4JTGA 1F73A 1WBHA 2NV1A 3I7QA 3W7NA 1K7FA 3BV4A 3NQMA 2B4GA 2CLOA 5KSWA 3TK7A 3W7IA 3W23A 1MEIA 1QFEA 5G1YA 4GUGA 3W74A 5I3GA 2E6DA 4MUZA 1S5TA 3QZEA 1KLYA 3LHTA 4JTUA 4IMGA 4BF9A 4FO4A 3PWAA 2HMCA 3M9YA 3L5AA 4Y90A 3S9YA 1GQNA 1XBZA 4M5PA 3N9RA 3V1PA 1XFBA 1OYAA 4DEFA 2QR6A 3FKKA 1WX0A 5HWJA 4NXKA 3STCA 1XI3A 2VENA 3THAA 1WV2A 2WSRA 3RLVA 4YLWA 5A5WA 5DXYA 1SW7A 3T4CA 4KFPA 1EWEA 1K3UA 5EY5A 5EPDA 3UY7A 3KOFA 4GFSA 4IJBA 4ZMGA 1TPC1 3LTPA 2D73A 2E6FA 5IBXA 4MFDA 3FYOA 3KAOA 1UB3A 4RK8A 2YSWA 1T99A 4X2RA 1EA0A 2E5CA 5F2MA 2J24A 5L9FA 4RV8A 1K02A 3T40A 2DORA 1SO5A 3ELFA 3OVPA 4K8EA 3NQAA 3ATYA 1YDOA 1VRDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2EO7 A;  4W5U A;  2P1F A;  1GPF A;  4B2D D;  1AJZ A;  1MW2 A;  2ATM A;  3PZM A;  1XG4 A;  1H63 A;  4H9V A;  4O4V A;  1XS2 A;  1PO9 A;  3W7L A;  4XQ6 A;  4I8Y A;  5CGM A;  1D7F A;  1SMD A;  1JXJ A;  5EU9 A;  3QV6 A;  1EJS C;  5D9M A;  3B4U A;  4ONV A;  1JAK A;  1EWD A;  1B2Y A;  1BF2 A;  4Y96 A;  3GLC A;  4FI4 A;  4RDZ A;  2NXI A;  3VOF A;  1IT7 A;  2HVO A;  1VB9 A;  1JPH A;  1KWK A;  4PUU A;  4ZOE A;  2IXV A;  4N9C A;  3VVG A;  5LIX X;  3VD3 A;  4AZB A;  1UR0 A;  3GHR A;  4W9T A;  1WZA A;  3CTT A;  5J04 A;  3NGJ A;  3EWB X;  3IK2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3TC6A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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