3TJL | Genus

Total Genus 157

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	157
sequence length	404
structure length	404
Chain Sequence	SSVKISPLKDSEAFQSIKVGNNTLQTKIVYPPTTRFRALEDHTPSDLQLQYYGDRSTFPGTLLITEATFVSPQASGYEGAAPGIWTDKHAKAWKVITDKVHANGSFVSTQLIFLGRVADPAVMKTRGLNPVSASATYESDAAKEAAEAVGNPVRALTTQEVKDLVYEAYTNAAQKAMDAGFDYIELHAAHGYLLDQFLQPCTNQRTDEYGGSIENRARLILELIDHLSTIVGADKIGIRISPWATFQNMKAHKDTVHPLTTFSYLVHELQQRADKGQGIAYISVVEPRVSGNVDVSEEDQAGDNEFVSKIWKGVILKAGNYSYDAPEFKTLKEDIADKRTLVGFSRYFTSNPNLVWKLRDGIDLVPYDRNTFYSDNNYGYNTFSMDSEEVDKELEIKRVPSAIE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__846339187646708__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__846339187646708__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3TJL/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__846339187646708__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"846339187646708","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3TJL/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__846339187646708__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03162684bab75045d22dba/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03162684bab75045d22dba/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03162684bab75045d22dba/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03162684bab75045d22dba/pdb.gz): 976 ms

reading 404 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

404 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:403});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Scheffersomyces stipitis cbs 6054
publication title	Structural and Catalytic Characterization of Pichia stipitis OYE 2.6, a Useful Biocatalyst for Asymmetric Alkene Reductions doi rcsb
molecule keywords	NADPH dehydrogenase
total genus	157
structure length	404
sequence length	404
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	2011-08-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3tjlA00

1I8JA 3LCFA 3VI2A 1ZAHA 5BW6A 3G22A 1LOLA 4MKNA 1NAL1 3TXZA 1GWJA 1FWNA 4AWSA 1J5TA 3P67A 4TR9A 3NYZA 4IMGA 4HNTA 1GOXA 1Z48A 2HMCA 3ZR4A 2CLHA 3W23A 1F7BA 3O6CA 4DELA 4GUFA 5KZMA 1ZJIA 2GVGA 3CQ0A 2Y85A 3MP3A 3E0IA 3PG9A 1FY6A 2RHGA 5LHEA 4ADUA 1W5MA 1KM0A 5AC6A 3M43A 3TQ0A 2E6AA 4AXKA 1VHNA 3ABRA 1H7OA 4UMBA 1O5XA 3DKLA 1KM4A 1LROA 4MJMA 3DAQA 1UUMA 2NXGA 2VFHA 1FQ0A 3DBPA 5K9CA 2DZVA 1YPIA 5D2VA 1FCUA 2QCHA 3ZS4A 1LRNA 4RLIA 4IUOA 2JKAA 3LHYA 3GNNA 1FXPA 4M5PA 2QCFA 4K38A 3ATYA 1FDZA 1JRCA 2Y61A 4ALDA 3EXSA 3C56A 4IMDA 4HT3A 4BWLC 1TSIA 4PL1A 3M47A 5BNKA 3NL2A 2B0MA 4OGZA 2C0AA 4Q33A 2FDSA 4A2RA 4WD0A 1BWLA 4NZFA 5DXYA 1ZAJA 1P0NA 1JUBA 1L6WA 5TQLA 4DF1A 3EWUA 1G7UA 1H62A 3LERA 3LHVA 3DFNA 1SO6A 4KKXA 2RH9A 3AJXA 5D37A 4UCGA 1ICQA 3G1FA 1T0OA 2DJXA 3ZWSA 3TX9A 4JX6A 3NQAA 3G3DA 1LRTA 3BLIA 1H61A 4JTFA 2YFNA 3C2EA 4K8HA 4I7VA 3FS2A 4MYXA 3W87A 3MI3A 2QF7A 3L0NA 1O94A 3M0ZA 1EP2A 3W7NA 3BARA 3PM6A 2B4GA 1UB3A 3TDFA 1SPQA 4TMBA 5CPOA 3KRSA 3W1NA 2QR6A 3L21A 1G4PA 2B7QA 2QCLA 4MPQA 1SW7A 5CPMA 1SW3A 3YPIA 3G1DA 5LNWA 3NQ7A 5D05A 1T96A 4O1BA 4ORMA 3W3OA 3MP4A 2HS6A 4XTIA 3OVQA 5GVJA 4EOUA 5BMXA 1KA9F 2H6RA 2A2IA 1YXYA 1W5OA 4LOCA 4IXHA 5MHBA 3TU9A 3P82A 3DI0A 3ANYA 1P0KA 2PRMA 2YYTA 1YDOA 1F6PA 2KZHA 1X8FA 4JTLA 3P74A 5LZLA 1LZOA 5U4NA 4LS1A 2A4AA 3F1QA 3WJZA 4O15A 5C5YA 4DF2A 3GDTA 5CZJA 5J5DA 1TPEA 5G1TA 2EAWA 2P1FA 5DCDA 4AF0A 4RR4A 4HNUA 3I7RA 3Q37A 1OK6A 3FJLA 1IXNA 4UUIA 3MWAA 5FF7A 3PUDA 1KM5A 5I3KA 2OT1A 4IXXA 3THQA 1TJRA 3W2LA 5DCEA 1LM1A 1LORA 1YADA 2JBMA 3MW7A 4R53A 2A7NA 3EB2A 2C14A 3GR7A 3DFSA 3W1MA 1EIXA 1XBYA 4CCCA 4NNCA 3FJ6A 1LLWA 3M5VA 4A29A 3HQ1A 1VRDA 2Y6ZA 3PSWA 1IXQA 1SUXA 2WSRA 3TNOA 4OE7A 5AN7A 4LV4A 2PE4A 3QFEA 1HO1A 2RDWA 1P4CA 3QRHA 1KLZA 4NNAA 4JDBA 5A8GA 1XDLA 2XN2A 2DZWA 2TRSA 4AEOA 1K3UA 5T26A 1GQNA 1UBSA 3KRUA 1AK5A 4O10A 5HNRA 1K7XA 1UCWA 3LCIA 1WBHA 1OFEA 3A21A 4LVBA 2TSYA 2NZLA 1SO4A 3BVJA 2J27A 3STCA 3GDKA 1GVFA 3RNDA 1JVNA 4CNOA 2YFOA 5C55A 2V82A 1LYXA 3P5ZA 4Z1DA 5F4SA 3O05A 4FNQA 3KX6A 3S42A 1QCWA 1DJQA 4IJBA 3QPZA 1B3OA 4R34A 2NUWA 1GZGA 2QKFA 3E02A 4PEKA 1F6KA 3FKKA 3SSJA 3N3MA 4RKAA 3PBUA 5F2GA 5AHLA 3L2IA 1DJNA 5DXXA 5CZTA 2YSWA 1DL3A 1LBMA 1R2RA 3LCLA 3S5NA 3SY5A 1BEUA 1GVOA 3M16A 5AC7A 4O19A 3CU2A 4Y9AA 2ISVA 3RLVA 3PBVA 4A22A 1KFLA 3HPSA 3WK0A 5EA9A 3LLFA 2VEKA 4JX4A 1VZWA 2Y89A 3PB0A 2F84A 2X1TA 4UFLA 2NUYA 3LXCA 2WV8A 3TE9A 1GYNA 1TRIA 1TJPA 3GAYA 4QNWA 1DQWA 3DKJA 4JIPA 4PTNA 1I45A 1S5VA 1Q3NA 3VE9A 4GWEA 3CTLA 1RPXA 1OVDA 2BZNA 3BG9A 1W1ZA 5C6MA 3USBA 2DZXA 3B03A 4DO5A 1Q45A 2VELA 3QW4B 3UZ5A 2VEPA 4EVZA 1OJXA 3IIZA 3G1SA 3PS7A 1JCNA 3W83A 1AL8A 3S5OA 2NX3A 1A53A 1QO2A 4WZHA 4O1CA 1K8XA 3HPXA 1JCLA 4AVFA 4NJIA 5F2MA 1H7WA 1RR2A 3NQFA 4JICA 3W7IA 2GJLA 3LRKA 5I3GA 2J88A 3MYOA 3I6RA 4UXDA 2Y7DA 1THFD 2C19A 4JTUA 4XKYB 3VCRA 4XWUA 2ABAA 2GQ9A 4LW7A 4HNNA 3LTYA 1KTBA 3L9CA 1I2RA 3W1XA 1DBTA 5FEWA 3C61A 8TIMA 2NLIA 4I7WA 4O11A 4ZVJA 1RQEA 5D2WA 3TC6A 4FNRA 5IBXA 2EGZA 3W7GA 1OF6A 1PCWA 3MHGA 4PC8A 4UTJA 3LOTA 1ME7A 4DPPA 4H4IA 3F03K 5K9DA 1O60A 1OHLA 4BI7A 3LHWA 3OVPA 1MXSA 2CLEA 2HS8A 1W8SA 4PCFA 4HSNA 1TPUA 2QDGA 3QMRA 1GTHA 4QM1A 1PHWA 2NWSA 1DOSA 2WNZA 3T40A 2C18A 3W72A 5K7JA 4K8EA 3SW6A 2WSQA 4CLMA 4JX5A 4YCPA 5D04C 1MEIA 1VS1A 4QQ3A 4LVAA 2QDHA 3P84A 1HTIA 1DVJA 3C52A 1XBZA 1EWDA 1NEYA 1GVRA 2GUUA 1VH7A 3NPVA 1ONRA 4DF0A 4O1DA 4JS3A 4FIRA 1K8ZA 3UWVA 4Z0JA 3ABOA 1G67A 1TV8A 1MZHA 1FCQA 3G1HA 3IGUA 3NNTA 3GKAA 3QQ1A 1LBLA 3VNDA 5F2IA 3DI1A 1VLIA 4Y8FA 3R89A 2ZZ1A 2R8WA 1UASA 1ZAIA 1WOBA 4ZQRA 4O57A 4UTWA 2CLMA 3V75A 4BF9A 5D32A 1MSSA 2UV8G 3UPBA 4NX0A 1ZENA 1TV7A 3M6YA 4JTHA 3ABQA 2C15A 1XDMA 2G5WA 3HF3A 1VHCA 1TPB1 3GR8A 3SGZA 4IWWA 3HMJG 5G2IA 3QW3A 4MIMA 1K8YA 3KOFA 2J6XA 2CLKA 4UTKA 4O53A 5ABTA 3E49A 2ISSA 2FJKA 3MMTA 4R33A 4LVGA 4Z1AA 3I68A 2VC6A 3TMQA 4O50A 4BWLA 4UTMA 1JCXA 1ML1A 4O12A 3BW3A 2ABBA 1SSDA 3DZ1A 2WNQA 1DORA 5LGZA 4R7JA 2OX1A 2W79A 3NA8A 3LDVA 4OU1A 3N9RA 5EY5A 1WQ5A 1BWKA 2I9EA 3TSBA 4AHPA 3NQ6A 3QC3A 3UPWA 3UQNA 1ALDA 5D02A 3NEVA 2ZCGA 4O1AA 3ZFHA 1IXPA 2E6YA 3LB0A 4LV9A 3W2MA 2B7NA 1KBJA 2QJGA 3W2NA 2ZZ3A 3TJLA 4GNJA 4DEFA 2QJIA 2I1OA 1X1ZA 4C1LA 4XQ6A 4PODA 4G1KA 1R46A 4N9EA 4MZYA 4JTIA 3NPWA 1T99A 3EWWA 4JTKA 3TV8A 4J9JA 1W5QA 3BW2A 4UC5A 1PS9A 5AHNA 3C2VA 3IIXA 3UZJA 4HKPA 3TROA 2E1DA 3PG8A 3NQ8A 3NQEA 3S1XA 3JRKA 4D2JA 4QISA 5EKYA 1GJPA 2Y63A 3W84A 1SR9A 3DFOA 3W7PA 4CQ8A 1X1OA 1XCFA 3EWYA 3HGSA 4AWTA 3CHVA 3R5EA 4XKYA 1HUVA 2QEZA 1B4KA 3HBLA 2E5DA 5F4WA 1Q6QA 4OV9A 1TQJA 2QCDA 3EKZA 4MY8A 3NQDA 1P1XA 1J4EA 3UYCA 3NL6A 4DO4A 3B8DA 2RKXA 3DENA 2QCCA 3SJ3A 3FFSA 1NFBA 1SZEA 3KFTA 3F4NA 2H3DA 2O7SA 3W22A 2AGKA 3R13A 3D0CA 4IMCA 1OX6A 4YWIA 1JR1A 4ADSA 3SR7A 1EEPA 2X1UA 3WFAA 3N2XA 2TYSA 5E1QA 3O6YX 3TQVA 2EF9A 2ATMA 3S1VA 2A7RA 2VENA 2WPBA 2GVLA 2F7FA 3QMSA 2V2DA 5AB3A 3C0JA 3O8AA 1KTNA 2WKJA 3QH2A 1W3IA 1ZHAA 3OIXA 4IPIA 2XFWA 3ATZA 1OFBA 1L6SA 1PL9A 4MOZA 2VFFA 4PFMA 3IGXA 4O16A 2ZRVA 4TU1A 1YPFA 3UD6A 1FWTA 3QSTA 5KITA 5HWNA 1WOAA 3ZWTA 5DY2A 2CLLA 3W7KA 4DBEA 2E77A 1YTDA 4YCOA 3PR2A 3DFQA 1K7FA 3IEBA 1QOQA 2V2CA 3G1YA 2Q8LA 1TTPA 4LRTA 5SWUA 1H63A 4GUJA 2VFDA 3NPUA 3R2GA 4DO6A 3NR0A 2JKPA 3QMTA 4X2RA 1SQ7A 4QSHA 4WUIA 1DKWA 3M1ZA 3SGUA 1TREA 1FDJA 3SECA 2E5BA 5CGQA 1HG3A 1QOPA 1DQXA 2A0NA 4O52A 4XBSA 1QMLA 3S5ZA 2P10A 3TSMA 1A5CA 3KRZA 2JGQA 1Q6LA 1V7YA 2E5CA 1FX6A 2E68A 2ZFAA 5FEXA 4DPQA 3NZRA 4RXGA 4N9CA 3M5ZA 4YLWA 3NAVA 3UXAA 3G18A 5C54A 2FIQA 3M9YA 5CPLA 4FX6M 3NQMA 3GYEA 6ALDA 1QPQA 3PVFA 3QPYA 1F2JA 4O4VA 1WBJA 2WQPA 1G4SA 2Q8ZA 3FYOA 3F4WA 1YTEA 3H55A 4RX0A 4YXGA 2XN1A 3QJAA 4N4QA 1LLZA 2V0TA 5L6UA 3B04A 3LRMA 4ZZ9A 4FIQA 4OBTA 3C8FA 3MYPA 1RD5A 1I2OA 4U4MA 3G1VA 3MBFA 1Z41A 3T44A 2ZRZA 1H51A 2TMDA 5H2ZA 1H5YA 4HN4A 3IGSA 4POCA 4JYDA 3TAKA 5FEZA 5I3IA 1LRQA 3DHFA 3LHTA 1GYLA 1WX0A 1X7FA 2ZQ0A 5AYXA 1YDNA 1K02A 4L4LA 3LCXA 2DZUA 3STFA 1W31A 2J9ZA 4KFPA 3MO7A 3VKJA 2PC4A 2Z6IA 3TC7A 2X16A 3HGJA 4LU0A 3OG3A 3W71A 2QUVA 4FNPA 5HWJA 5G2WA 4ORIA 1M7PA 3TFCA 3HOJA 3G8EA 3P61A 3QM3A 4GXMA 4N6EA 4AAJA 1FCVA 1IGSA 1L6YA 4N9DA 1V5XA 5AFDA 4GJ1A 2G97A 1ME8A 1BTMA 3CEUA 3STGA 1T8XA 3HJZA 3NM3A 2OT0A 3GLCA 3I7SA 3TXVA 4WY0B 5LGXA 5E0KA 1NF0A 4LWWA 2CLIA 4MZ8A 1L2UA 2CZEA 2ZA1A 4UNLA 4NJJA 4NX5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3TJLA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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