3TLQA

Crystal structure of eal-like domain protein ydiv
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
236
structure length
236
Chain Sequence
KIFLENLYHSDCYFLPIRDNQQVLVGVELITHFSSEDGTVRIPTSRVIAQLTEEQHWQLFSEQLELLKSCQHFFIQHKLFAWLNLTPQVATLLLERDNYAGELLKYPFIELLINENYPHLNEGKDNRGLLSLSQVYPLVLGNLGAGNSTMKAVFDGLFTRVMLDKSFIQQQITHRSFEPFIRAIQAQISPCCNCIIAGGIDTAEILAQITPFDFHALQGCLWPAVPINQITTLVQR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural insight of a concentration-dependent mechanism by which YdiV inhibits Escherichia coli flagellum biogenesis and motility
pubmed doi rcsb
molecule keywords Regulatory protein YdiV
molecule tags Transcription
source organism Escherichia coli
total genus 76
structure length 236
sequence length 236
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00563 EAL EAL domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.450 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel EAL domain 3tlqA00
4AG0A 5MKGA 3PJWA 3PFMA 3GFYA 4AFYA 5MF5A 3GG0A 3PJUA 4F3HA 3KZPA 4RNJA 3GFXA 3PJXA 4LJ3A 3U2EA 3SY8A 4Y9OA 3GG1A 2R6OA 3N3TA 4RNFA 3S83A 4Y8EA 3PJTA 5MKGB 4HU4A 4FOKA 4HJFA 5M1TA 4Y9PA 3HV9A 4FOUA 4LYKA 4KIEA 4Q6JA 4J40A 4FOJA 4RNHA 4Y9NA 4ES4A 2BASA 3HV8A 4HU3A 4Y9MA 2W27A 3GFZA 4F48A 4RNIA 3TLQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DGBA 4PBGA 3T78A 1FRBA 5I00A 8XIAA 1US3A 2XN1A 2W4XA 2J8FA 1NU5A 3OYXA 2OO6A 3II1A 1XYZA 4ENLA 2IQTA 2MUCA 4AIOA 2HK1A 4KIEA 4PTXA 1W31A 4UTTC 3AIWA 1GVEA 2HVNA 2OPJA 1GK8A 1UA7A 3NIYA 1FWCC 2WV8A 2PBGA 3GVWA 3NQCA 3VVGA 4R33A 1O66A 1BFNA 3BCJA 1TKKA 5CPTA 2PDWA 1QR7A 4FR6A 2AAAA 5LSMA 2IPJA 4U33A 1L6SA 4DJEA 1HJQA 3TW7A 1XL9A 2PS2A 3AXXA 1CLKA 3LUTA 2J75A 1VH7A 5F4WA 1UH4A 3QPEA 3GG1A 3LOTA 3B0YA 2JK2A 1H7RA 4BJHA 2VEGA 5A8MA 3NQVA 2G50A 4FNTA 4HZ7A 3WQDA 4ZQOA 3DH7A 3MT1A 1L6GA 3MBFA 2XH4A 1LYXA 5DT5A 4YTRA 4DXKA 2I5IA 3E2RA 3AISA 1DWJM 3UBPC 1JZ2A 1XLBA 1FWBC 5XINA 4AEOA 2ZRXA 1XH1A 5CSSA 3R8HA 4QE4A 2CKRA 3CQKA 5ABHA 2QS8A 1HP4A 3KHJA 1NDVA 2CXEA 2PEVA 3RG6A 4ALDA 1PX3A 2I17A 3GUWA 4C60A 1M9HA 1Q3NA 1UROA 3MQTA 2RKXA 3QLDA 1SSGA 3E38A 5A1AA 5TNVA 5BOEA 2E3ZA 4D6HA 2XTKA 3SW6A 3BLFA 2O0TA 1QATA 3DYOA 2HBVA 4JZ5A 3TIMA 1VYRA 1UD8A 5E1QA 3RCMA 3SM0A 1V5XA 1THFD 4EP8C 1FWEC 3NL6A 3A4XA 4DAIA 5A8NA 1XIEA 5HJLA 3AS2A 4C6JA 4H8HA 2ZRWA 1M68A 4WDWA 1EUAA 4AMCA 4LAMA 3GYCA 2RHGA 4LRTA 3VA8A 1R3VA 4OJYA 3UWYA 4I8DA 2AAMA 1OCQA 3IV3A 3VZXA 4XAZA 4FI4A 2ZC8A 3ITCA 4N0RA 1TR1A 4RL3A 1A5KC 3DN5A 2BODX 1KFCA 4OVXA 4LEQA 3NPWA 3WFAA 3SUWA 3ICJA 1PIGA 1F5ZA 2GUBA 1SW3A 2KAUC 3VOGA 5FCZA 2VYOA 1KV5A 1FP9A 4AVNA 5DBUA 3QKEA 2QLYA 1C7SA 2BS9A 1XC4A 3BG3A 5CBBA 3W38A 3VK5A 2ZFAA 1KLZA 1C92A 2CFFA 2FLIA 3KTCA 2PD5A 4QISA 5FJPA 3DUGA 1SGJA 2VX4A 4U2YA 4LUSB 5FIPA 2DIJA 1E0VA 2XSXA 1EOMA 2V9DA 1UR9A 4WIWA 1DJXA 3IUIA 3QGKC 3WQCA 2VZUA 4QQ3A 1ZTVA 1P0BA 4DJED 4R53A 2JE8A 4V15A 3QZ6A 4DJFC 5AC5A 1CGVA 2XIMA 1T5AA 1DE5A 3W07A 4PMXA 3V18A 3W1TA 4ZQNA 2VQUA 1W1TA 3QQ0A 4PCPA 4XKMA 1ITUA 1PX8A 1NM9A 3EDKA 3DENA 3PUOA 4S3JA 4E4FA 1SVDA 3PTKA 4HBKA 1VJIA 3NQDA 3QTGA 2PRHA 3GTNA 4JIPA 4NAFB 2XGZA 3MMTA 4HNUA 2O4MA 2V5JA 1B0IA 4B5NA 4UXDA 2AKZA 1FKWA 4YU1A 4FP1A 1F61A 4C1NB 1E9LA 2EPLX 4Q8MA 2PDGA 3GNXA 1DOSA 2NV1A 4MGGA 3N3TA 3WUGA 2WVSA 3P93A 2TYSA 2Y2WA 3MSYA 3BG5A 5AY7A 2VI0A 4C6LA 2X41A 5FD0A 4XZIA 3UFYA 3AC0A 2CWXA 3U6WA 4BCEA 2DP3A 4YWIA 3WQ5A 4XIMA 3B8DA 3MMWA 1XBZA 1I0BA 2XZ7A 4W7UA 4B4HA 1RJRA 4E5TA 1BKHA 5CSRA 1RP9A 2QULA 1DXFA 3ZR6A 3G0XA 1VFSA 4XBSA 2DORA 1WXYA 4MADA 3WLQA 4C6MA 4NZ5A 1J12A 1W3HA 3A4AA 4YJ5A 3F03K 5LGZA 4HZ6A 3WL0A 1V0MA 3WQWA 5I77A 4DUWA 2P8BA 1X39A 1VAHA 3NYDA 3VIPA 3U5YA 1CGWA 3CT2A 1P6CA 4DNHA 1EF3A 1A53A 1TRDA 1UD2A 2B81A 2ESCA 3DU0A 4EWND 3CUGA 1UOKA 2ZKMX 1LLOA 4HIBA 4HOXA 1GORA 2J24A 3H4XA 3I7RA 3GR7A 3UZ5A 1J2BA 4GVGA 3VX1A 4WVXA 1XXXA 2BWGA 1TPH1 3T0DA 5CZSA 1LUCA 1TPVA 3LU2A 4WK9A 1D8WA 3N17A 4AZIA 1GZJA 4UTUA 2B7NA 3THQA 3U5UA 3QYSA 3QZAA 3EOLA 1OX5A 3BE7A 4WGXA 3NAVA 1OABA 3P14A 3W6YA 4ZTXA 4ERAA 5A94A 3KL5A 1V0NA 3BAWA 3SY8A 3MHUA 1XLDA 3WUFA 1LF1A 3BOLA 3R0KA 4BF5A 3NXFA 4D6JA 3OP2A 3NSMA 4IGMA 3KCOA 4O1CA 4I6VA 3VYLA 1F3WA 4KCTA 5FF4A 1EP1A 1PUDA 3QW3A 1HVQA 3CIXA 3GHSA 4OT7A 4MMWA 1X1ZA 3APGA 4GVHA 3MP5A 4HPNA 2YCLB 4KPLA 2HNEA 1KLYA 1M04A 3HURA 1LL6A 1UASA 3MYPA 3OBKA 3SUUA 1YHTA 2Z7GA 2XWEA 2EPKX 4XZLX 3SFKA 4H9ZA 3LI0A 1XDMA 3MV11 1XUUA 2DUXA 2Y7FA 2WWDA 4JTQA 3MA8A 1Q7ZA 3W6LA 2PDNA 5D9PA 3LSCA 1P7TA 4K8HA 4O54A 1CDGA 2GOUA 2Q8XA 1VS1A 4GE8A 5CJNA 2CZ5A 1MW0A 1Q6OA 1TJPA 3WNKA 1KBKA 3FA5A 1FCBA 3M7WA 1QO2A 3DHFA 2QR6A 1PHWA 1K9TA 2VDGA 5I3GA 4UZSA 4AVFA 1XSJA 3MKKA 5CPOA 4UTKA 5E9AA 1VCGA 1GVYA 4JKMA 3LI1A 5ABFB 4HN8A 4GXWA 4IIEA 3RGTA 5FJTA 1T99A 3R0DA 4O0KA 3TSDA 3Q58A 4K3ZA 4XZWA 4AISA 1TMHA 2WHKA 3CBWA 3FYOA 1VB9A 2DFAA 3VKAA 1VEOA 4N7QA 4AFYA 3VNJA 2VWTA 2E25A 3PBMA 2NQZA 3H24A 3N2TA 1TYGA 3PZNA 4FIQA 4O4VA 1UWQA 3JR2A 4BFAA 4PMVA 3V5OA 3WJXA 4WXYA 5DO8A 3PN8A 4H8NA 4A05A 1XLAA 2ZX5A 3TYZA 1SFTA 2D0GA 1IEVA 4BZYA 3UZJA 3WNNA 4F3HA 3ENLA 4CVWA 3NO5A 5HWMA 4P5UA 3QGAC 4JKLA 4JQAA 5FEPA 3ANYA 1Z41A 1OG6A 3DFOA 3Q4DA 1U2YA 4JTUA 3T7VA 3NQ2A 2ZXBA 3GY1A 4PH6A 3QXBA 2PC4A 2FJKA 4UCFA 2PP3A 2CZEA 4PSRA 4OOUA 1GYNA 3W71A 2Z29A 1XLJA 6REQB 4Z17A 1H41A 4JTEA 1WDPA 3G22A 4MKNA 1JIBA 1UWAA 3BQ5A 1EIXA 1ZENA 9RUBA 4PYSA 3HPFA 2ZZ2A 2ISFA 2VC5A 4EAMA 2DZTA 1QOXA 3SY5A 1BWVA 5LHEA 5BYWA 1F8MA 3BW2A 4XBKA 3HTWA 1BQCA 3BV4A 3CZEA 3E0VA 1NVMA 2A7PA 3PTDA 4YMZA 3SRKA 1M41A 2FKPA 4U5KA 3LNMA 4PTMA 2DJLA 3UPBA 2DVXA 3RJXA 2WQDA 2VD8A 1P5BA 4MY9A 1QWKA 3M0ZA 4O1FA 2O9OA 2G4JA 3ITOA 4G56A 6ALDA 4PC8A 3QYQA 2G4FA 1K70A 1VCFA 2JIWA 2XIQA 3W72A 4Q8NA 2J13A 2J7GA 4XZNX 3VMNA 4OZOA 4ZE4A 1V79A 4WKAA 2INEA 2DSZA 4HCHA 1OFQA 3BSHA 4GQGA 2GVGA 3KX6A 3TLQA 2NQ9A 2QDDA 4OOZA 2J8TA 2FZ8A 1JCJA 3IRDA 4L4OA 4TMBA 2C15A 2W67A 4XVEA 3WFZA 1MXSA 1ITXA 3H12A 3PBGA 4QLLA 4Q4PA 1CXEA 4UNLA 4OWGA 1IZJA 1WNOA 4HYWA 5DCBA 3MI6A 3RX2A 5HNRA 4GYJA 3DBPA 1EC7A 3FGCA 2V5CA 4LYQA 2YFNA 5JBFA 4N42A 2A6NA 4A2RA 2HV5A 4IL2A 2INZA 1GYLA 3LB0A 2XFWA 4ORIA 2TAAA 4L80A 1JZ8A 4CGTA 1IGWA 5IHRA 3H2AA 1EL3A 2XIBA 4HA3A 3N11A 1B3ZA 2WVUA 3KS5A 4WCJA 3AYTA 2QIIA 3MS8A 1XRFA 3U2EA 1EPXA 3SURA 3ZMRA 1KFKA 1S2VA 1R9YA 4FOKA 1UQZA 1EJRC 1V03A 2NV2A 2VC6A 1MUWA 1TPDA 3W7KA 3WQ8A 1KCXA 1NY1A 2ACRA 1ZU8A 5LIKX 2VM8A 3NL3A 1A3HA 2YXOA 2HMCA 1MVYA 4RPQA 1UZHA 1MMFA 1DJNA 3CHCA 1JZ3A 3GLCA 3ABRA 3RNDA 2GJRA 3MUIA 1G01A 4LBSA 1J4EA 1HTIA 1JYXA 2PDLA 1IEQA 2VQTA 4A8IA 4L9XA 1TA3A 1KCLA 3N6HA 4EPBC 1PWMA 4QRNA 4HPGA 4IL0A 4PRTA 4LVFA 2NVCA 1IXNA 3WX7A 3WEOA 4J3XA 3AIBA 1JI2A 4JTJA 3TFCA 4J3SA 3S1GA 3C5QA 4N9CA 3N4AA 1AVAA 3H21A 3G0SA 5BOFA 4GABA 3CQJA 1KFWA 4ZVJA 3VXGA 4MJ2A 1YXDA 2XM2A 3MUY1 3W74A 5IOBA 4AY8A 4LWWA 4UOZA 1YKWA 1H62A 4CCDA 3CH0A 4IFRA 3SUVA 2HXUA 1M5WA 3AXMA 1NEYA 3UJEA 3W2LA 4C1KA 2WMIB 3PZTA 4XKYA 3BJSA 3CZLA 4FXRA 2QCEA 3FHQA 4GYPC 5C2XA 1AODA 3LM3A 4MB4A 1QPKA 4I9JA 3VNYA 5C8BB 3G1SA 2A6LA 5G4WA 5C9ZA 1R38A 2PGRA 4GOAA 2Z4GA 1POKA 3GB6A 3DXIA 3BLKA 1EHNA 3G3DA 4ADTA 1MSSA 1JULA 4XZHA 1G1YA 3SCVA 3TXZA 3NQ7A 3L12A 5LNUA 3UA4A 4NF7A 2F2HA 1EQPA 3LCGA 1HG3A 2ADAA 3KL0A 3M0XA 4HPHA 2XISA 1NJJA 2EPOA 3U2CA 3ES8A 3REQB 1B3XA 4XK2A 3STPA 4ATWA 2WNWA 4XSLA 1W5OA 3M0LA 4X2RA 1N8IA 2IQDA 3OQEA 4MJ4A 2V38A 3L67A 5AZ0A 3ABQA 1SMAA 2A3AA 1UA3A 2YOCA 3AS0A 4LUYA 3BAJA 3KZSA 4LRSA 2YA1A 1JZ6A 3USBA 1H5YA 4M24A 2Z0IA 3H2MA 1JR1A 3RDKA 5CSYA 4S3BA 1F2JA 3KRUA 1UC4A 3PZGA 1AH3A 3BICA 4LBUA 4UMCA 4FNUA 2H6RA 3FHAA 4N9DA 4I90A 9CGTA 1X98A 4B5WA 3G5EA 3MUXA 4WDTA 4AD3A 1KKOA 3L4ZA 3GNNA 1ZAHA 3S9YA 4K1GA 2VKZG 2G37A 4QSFA 2FZNA 3HMCA 4IZGA 5CPNA 4BKNA 3COTA 5D37A 2VRKA 1EDGA 2ZA1A 2VX6A 2BB0A 4GIAA 2VUNA 2V69A 2CBIA 1X6LA 2JBMA 3F4CA 1NFBA 3R6IA 3GXTA 3SFWA 2ZVIA 2W91A 3RRAA 1R3QA 4EAYA 4Q8UA 3DKJA 1W1ZA 1WX0A 4RDWA 5FEXA 1J11A 1KA9F 2DH2A 3EKZA 3NEHA 4M6QA 1P1XA 4NVTA 4QNWA 3RLGA 3LZ5A 2YIHA 4Z1DA 3A24A 4DAFA 2J88A 5CH9A 4CQDA 5CJ5A 3NQ8A 4LALA 4H1ZA 4UTMA 3NXLA 3GG8A 4G8TA 5K9CA 2EJAA 2VT0A 1DWFM 1IR1A 1R2RA 3KDNA 4LVDA 1YDYA 3F2CA 3W88A 2WHMA 3C6CA 4D6IA 4I5RA 3WSUA 2ANUA 3LEPA 3SR7A 1ICQA 3W7JA 4Z1YA 3IARA 3KRBA 2C13A 4P7QA 1JQVA 1EA0A 3RN6A 4AEFA 4C91A 1OQFA 4NT0A 4ZODA 4S3EA 2A1YA 3VC6A 2NXIA 1K8YA 3HPXA 4JHOA 1H49A 1QWGA 2ISSA 3QSTA 1EZWA 4K68A 2FQIA 2JKAA 4NJJA 4CVUA 3PZOA 1W1YA 3IJLA 2F8QA 3ONBA 1D3HA 2I57A 1U30A 1TJ2A 4NI3A 2ZZ7A 4QNEA 4KGJA 4AY7A 1S2WA 3CC1A 3QV7A 4C6QA 4HD5A 4DIAA 2R9RA 5EYWA 3RM4A 4YHGA 2VDIA 4GIEA 2HTMA 3B9EA 5C9XA 5KSWA 3H26A 3ZXWA 5BMXA 3NOEA 1UCWA 1CXHA 1JFHA 4LV9A 2FPYA 3THDA 3V0UA 1S2UA 2PWUA 4WDUA 3MO7A 1WA3A 3U4FA 5LIXX 1L9WA 4I5UA 5HJXA 4IGNA 2DW7A 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 2OEK A;  3HIJ A;  3WMC A;  5AVH A;  3G6M A;  3HG3 A;  5I3J A;  1WXZ A;  1IT7 A;  1L6Y A;  3WD1 A;  4JQ4 A;  1G69 A;  3BQ6 A;  4CN4 A;  4QE1 A;  3DG3 A;  5BRB A;  1H61 A;  4P8V A;  4DWD A;  4A35 A;  3CV7 A;  1HNY A;  1L2Q A;  5DRC A;  2YL5 A;  4BEU A;  4Y9A A;  4X63 A;  3RO6 A;  3W24 A;  3AUJ A;  3ARR A;  4Q8V A;  4WKH A;  4KKX A;  1E6S M;  4CU7 A;  4ERI A;  2JKP A;  3F4V A;  2ZE0 A;  4QJ1 A;  5ENL A;  4H41 A;  4JHM A;  5AHN A;  4S3A A;  4DPP A;  3W00 A;  1B2Y A;  2O55 A;  2ZWY A;  2RDX A;  1SR0 A;  3R43 A;  1V0L A;  1EPV A;  4M7T A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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