3TML | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	284
structure length	262
Chain Sequence	SMKLCDFEVGLDQPFFLIAGTCVVESEQMTIDTAGRLKEICEKLNVPFIYKSSYGMDEGLRILSEVKRQLGLPVLTDVHSIDEIEQVASVVDVLQTPAFLCRQTDFIHACARSGKPVNIKKGQFLAPHDMKNVIDKARDAAREAGLSEDRFMACERGVSFGYNNLVSDMRSLAIMRETNAPVVFDATHSVQLPGQREFVPVLARAAVATGVAGLFMETHPNPAEAKSDGPNAVPLNRMGALLETLVTLDQAVKRNPFLENDF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags	Transferase
source organism	Burkholderia cenocepacia
total genus	90
structure length	262
sequence length	284
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2011-08-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3tmlA00

3MHFA 2V0TA 2TSYA 2QCEA 3PVFA 1UBSA 2ZZ6A 4PH6A 3SSJA 4HPJA 1AL8A 3L5LA 4JIQA 4RXFA 4AMAA 1QO2A 1TTQA 2FPYA 2X1UA 1NSJA 4OWGA 3DFQA 5AB3A 4CNOA 4WY0B 4A29A 2ZZ2A 3B4UA 3S5OA 3VKJA 3PG8A 4P2VA 1LBMA 4PL1A 3ABQA 2NUWA 3TAOA 4NQ1A 3PULA 2ZQ0A 4MPQA 2NX3A 2QAPA 3ABOA 5CZJA 2C14A 3W72A 5MHBA 3OBKA 3MJYA 3G22A 4M6PA 2J9ZA 2W79A 5DCEA 3BW3A 3UZJA 5HWMA 1W3TA 4AXKA 2QKFA 1XC4A 4MOZA 5D33A 3MYOA 5CPMA 1W3NA 3B03A 1PIIA 1FDZA 1G4TA 4NNAA 5LSMA 4LU0A 4NX5A 2B7QA 1XBYA 3B0PA 4GC4A 1DL3A 5K9CA 3EWYA 4CCEA 2UV8G 4O28A 3DENA 2J88A 4O16A 3LLFA 3WJZA 1F73A 1LOSA 2YW3A 2ZA1A 5D02A 4WJEA 1D9EA 5CSSA 4Y9AA 1JQVA 1FY6A 1TCDA 1F6PA 3KAOA 3YPIA 2QCHA 1WAUA 3EWXA 4X22A 4FNPA 4HT3A 3ATZA 1OFEA 1B3OA 1A53A 1ME8A 3M7WA 1OYAA 1YLVA 2P10A 3K30A 1DJQA 3QMRA 1NVMA 3LOTA 3FKKA 3HBLA 1F05A 3C2RA 3R2GA 1SZFA 5F2LA 3HF3A 3W7DA 2YSWA 3W7PA 4JTLA 2WPBA 2G95A 1X6UA 1EP1A 4ZVJA 3HO8A 5FEZA 1MZHA 3MP4A 1MEIA 1T0OA 2ZZ5A 3C2OA 1F6KA 5D37A 2ZRXA 2EGZA 4IMGA 3P7YA 3PBVA 1AG1O 3DAQA 1RV8A 1PS9A 3NL6A 3B04A 4GJ1A 4K8EA 4O13A 2DU2A 4MUZA 3HPZA 4FHAA 4ADUA 3TA6A 2ZA2A 2GVJA 3GIYA 1RQHA 3W86A 2DORA 5LNRA 2DZXA 5AFDA 3R89A 3TSDA 1WBJA 5HQEA 1RPXA 3NQEA 4JD4A 3NGJA 5HUOA 1G4EA 1FWNA 3HJZA 4NZFA 4UFIA 3HG3A 2YYUA 3RLVA 3KX6A 1THFD 2J6XA 5L9FA 2X2GA 5DCDA 2PC4A 1H1YA 3W2NA 4DPQA 4UNLA 2XFWA 3RMJA 3CEUA 5HWJA 1H5YA 1W1ZA 4JY9A 1HL2A 1SW3A 1HG3A 1KM1A 1QWGA 2NLIA 4R53A 1TRIA 2B7NA 3G1XA 4UTMA 2VKZG 2CU0A 4WD0A 3I7RA 3P8JA 3N73A 1WX0A 3UXDA 3W76A 4AWUA 2Q8ZA 4ZQOA 4M7TA 1S5WA 1CI1A 3M0ZA 1RR2A 1KA9F 1OX4B 4M6VA 4PTNA 2ZRUA 3EX2A 3TK7A 2GUUA 3FYOA 3W2MA 1EB3A 3S1XA 4YL2A 3W87A 5EKYA 3DFSA 1OYBA 3H54A 4UMCA 3CC1A 3OVPA 4RKAA 3R12A 1XUUA 4N9BA 2ABAA 3BGGA 1H7RA 1FCBA 3PB2A 3EWWA 3LCLA 5D03A 3LXCA 3QJAA 3UWYA 3P61A 3C56A 2FFCA 3EEGA 4DBDA 4IGHA 2R14A 4LS1A 5HR6A 4FX6M 1PHQA 4AAJA 2FDSA 2BWGA 5KZEA 3HGRA 3LCHA 3PB0A 3STFA 4Y6GA 2B7PA 1W5QA 1NF0A 3JRKA 1RZMA 3G18A 4IXHA 2ZRYA 1W5MA 3GDKA 2VFDA 3RLUA 3WK3A 2CZFA 3TW6A 4NXSA 4LS0A 1Z41A 3SJ3A 4UFMA 1Q3NA 3CIXA 4LNYA 3N9SA 4LOCA 3TH6A 2ZZ1A 3AO0A 3W84A 1JCLA 1UJPA 4POCA 3HOJA 1U83A 2F84A 1P0KA 4IWWA 3E49A 5D38A 1F2JA 2VEPA 4IMDA 3GAKA 4JTSA 1LORA 2V5LA 4MYAA 4O1CA 2A1YA 5KZMA 2WOQA 1W0MA 1WBHA 3M47A 3PBWA 4JNMA 1RQBA 3DFTA 1EWEA 1TRDA 1YDNA 3W1AA 2VOMA 2EHHA 3EX6A 4A2SA 4R34A 4Y8FA 2RKXA 4HNVA 3AJXA 2BZNA 1OF6A 1JCJA 1EX5A 2EPHA 3C6CA 5LGZA 4LUJA 5AYXA 4AWSA 4M5PA 1N55A 1JCNA 1OFQA 4LW7A 3W7GA 3QMTA 1K02A 1MO0A 4N9CA 4HN4A 1TPFA 3S8HA 3N3MA 1UUMA 5FF7A 4O1AA 1PCKA 3KRUA 3DBPA 1TQXA 1I2QA 2VEKA 2VFGA 4O8RA 4UTLA 5GVJA 4C1LA 4MZYA 4K7VA 1I8JA 4LVGA 1G6CA 3N2MA 3R13A 1JUKA 2Y70A 3L67A 1H60A 3GKAA 4HSNA 4A22A 2NWSA 2YYTA 4XBKA 5AHMA 1A5BA 4A21A 4FB7A 2QCDA 1KM6A 3LX9A 4O0ZA 3MI2A 3LERA 4S1FA 5D2WA 1LZOA 3PSWA 4IMCA 3C4UA 1AW1A 2F7FA 5BW6A 1LTDA 2BXVA 2JK2A 2GJNA 1FDJA 1X1OA 3ELFA 1YDVA 3S5ZA 2ATSA 5C2XA 2Y7DA 2WO5A 4I7UA 2RDTA 3KVMA 3R5EA 4GRSA 4UR7A 1TTIA 3W7OA 2I14A 4DF2A 3TFCA 3P67A 1PE1A 3W3OA 1KFEA 3STCA 2HMCA 2OT0A 1XDMA 1KV5A 3RU6A 3L66A 4XKYB 4N6FA 4N9DA 3I6RA 3EX3A 2ZFAA 2WNQA 3W83A 2ISVA 4JX6A 1EWDA 3HMJG 3DXIA 3G1DA 3MW7A 1FXQA 3CIWA 3DFNA 1OFRA 4BR1A 3ZS4A 3GDTA 2QCNA 3A5VA 4BWLA 1EUAA 4Z1AA 3MHGA 4ZQPA 1R46A 2E5CA 5K2ZA 1YYAA 1FDYA 2CWNA 5DXXA 5K4XA 1H50A 5EMUA 2C3ZA 3DI0A 2C13A 4JIPA 5LNWA 3LCGA 1F7BA 3TXVA 3KXQA 4UIOA 3IGXA 4PA8A 2X1SA 4YLWA 1KBIA 1FCVA 3NO5A 3M5YA 4N9EA 1QFEA 1KM4A 3QEZA 3SGUA 5J5DA 3IV3A 3PBUA 3NYZA 1OG0A 3GB6A 3DI1A 1K8XA 3CM4A 1ZJIA 5CSRA 1DBTA 1XXXA 1KV8A 1ZNNA 2A4AA 1AMKA 3L5AA 3NVTA 4EF9A 2O7QA 2VC6A 3TQKA 3LCIA 5LZLA 3LRKA 4MJMA 4QISA 5G4WA 1A5AA 5HUPA 1XCFA 5D2TA 1DVJA 3M16A 1LROA 1SO6A 4UTIA 1UB3A 5G4EA 2NX9A 4JN6A 5G1TA 4KKXA 4LUIA 2RFGA 2Y85A 1PL9A 3W6YA 1K7XA 5IBXC 2C0AA 4NX0A 4GNJA 3W7JA 3BARA 4D2JA 4JY8A 3W74A 1KTNA 2GOUA 1VLWA 4XKYA 3BV4A 3TROA 5I3HA 1LOQA 2E6YA 2AGKA 4AF0B 3DHFA 4ICNA 3BG5A 3B05A 4UTWA 8TIMA 4LV4A 3F4NA 2X1RA 1GZGA 4TU1A 3W1RA 5EYWA 3G8RA 3QF0A 3UNDA 4IQLA 3WJSA 4N6EA 1BTMA 5F2MA 1K8ZA 3VFLA 1TJRA 4JTUA 2PURA 4YWIA 1JUEA 4IX2A 5C6MA 3TKFA 1YTEA 5KSWA 4MFEA 2FPVA 5G2HA 3GR8A 2PRLA 4UCGA 2YCEA 4XTDA 1KM0A 3TSMA 3E96A 1VYSX 3NM1A 2YXGA 4OQVA 3C0JA 3I7SA 4YMZA 5HINA 4RZ5A 5FF3A 4I7VA 1FXPA 1TREA 3W1QA 3E0IA 3G0SA 3P8IA 1SW7A 4HNUA 2ZCGA 4CNPA 1H61A 2QJIA 2P1FA 2C6QA 5AYZA 1QAPA 4NXKA 2Y62A 3EX4A 2VFEA 1X1ZA 4WUIA 2NV2A 4K36A 3QQ1A 4E38A 1TIMA 4JEQA 3UWWA 4ORIA 1K7EA 4DF0A 1TPWA 2WJZA 2XN2A 4ZQCA 5AOUA 5I3IA 3G1VA 3HG5A 3SIZA 4GUFA 4R33A 1OX5A 5E93A 2E6DA 3FFSA 2VXNA 3CHVA 3W2JA 1OK4A 1IXQA 3SGZA 5KMYA 5DY2A 3LDVA 4GUJA 3EXSA 3LI0A 1RVGA 2BX7A 1AW2A 4AF0A 1F76A 3OIXA 4KFNA 2QUUA 3EB2A 5CG7A 2X30A 4MZ8A 2FJKA 3UYCA 4CQ8A 3G3DA 3TNOA 4Z1DA 3EWZA 5E1QA 3W7KA 1E51A 1C9DA 4K37A 4FXSA 3NQ2A 4PODA 1BWKA 4QQ3A 3NOEA 3S1VA 5HJLA 2GVLA 3UWVA 1H7WA 4FNRA 4ADTA 2ISWA 2TPSA 4BF9A 3C2VA 2BTMA 2DZUA 5D32A 2YZRA 1GEQA 1GG1A 4L4LA 5AC7A 3C8FA 5EA9A 3W88A 3TFXA 3NPUA 4MVAA 3LI1A 4UR8A 1FWSA 2BLEA 4MZ1A 4IUOA 3TE9A 2WSRA 1OFPA 3TUUA 2Y7FA 1TO3A 2CLOA 5AYYA 1TPUA 4UFKA 1JCMP 1QNVA 4EVZA 4FNQA 1W8SA 3MWAA 4EOUA 4UNKA 1ZHAA 1VYRA 1Q45A 2V82A 4GFSA 4EIVA 3H55A 4E0CA 3NM3A 1N7KA 2AAMA 1P1XA 4H6KA 1GTHA 5LHFA 4O50A 1H7XA 1R2TA 3GYEA 3GZ3A 4IX0A 1I2OA 1K03A 1VCFA 1CW2A 4RZ4A 1U5JA 5AC8A 3HPXA 3KOFA 1OFOA 3H53A 4UMAA 3KRSA 4K8HA 4R7JA 5CPLA 1N8FA 3LHTA 5DLCA 4PCFA 3T40A 1LM1A 1TV8A 3JR2A 4WY0A 3U2OA 3L65A 2C18A 1TJPA 4CNNA 4RK8A 2FB3A 2A5HA 3UD6A 1VLIA 3NQ7A 4QNEA 1MEHA 2DJXA 1IGSA 5EPDA 3TC7A 1JJKA 1DV7A 1QPNA 4IXXA 1Z44A 1K8YA 3QFEA 2TYSA 1SR9A 1SZNA 3ANYA 4TO8A 4WXYA 4WQ6A 1BWLA 4RV8A 1YTKA 4QM1A 3TV8A 3W73A 1PHWA 2FPTA 1LYXA 2ZRWA 2WV8A 1UASA 3BW2A 3OVQA 5TIMA 2CLMA 4LWWA 5FI8A 3WJXA 1GPWA 2H8ZA 4Q33A 3KRZA 2A7NA 2E5DA 3TMLA 1DOSA 4C1KA 5F4SA 3BO9A 2D73A 4ZL1A 1O60A 3IEBA 2YW4A 4FXRA 3WK2A 2BSLA 4O10A 2Y61A 1ALDA 3GX9A 4TIMA 3GAYA 3WK0A 1J4EA 1JUBA 1WYIA 1VC4A 3P84A 1J5TA 1H1ZA 2QCGA 3GNDA 3NQAA 5KITA 3MI3A 3O06A 3W1TA 2Y89A 2OMAA 3G3MA 1S5TA 5LKYA 3LB0A 1T8XA 2OJPA 1TYGA 3UWUA 4O0KA 3EX1A 1NAL1 3TXZA 3UWZA 5C54A 4OHQA 1O5KA 1OJXA 4UFHA 3SW6A 3S0CA 3LV5A 3VNDA 1HFBA 1R30A 5H2ZA 1FCQA 2YDAA 3N14A 3C3NA 5FEWA 4QSHA 3EWBX 1FCUA 4TX9A 3UPBA 4B5NA 1L6WA 3W7NA 1I2NA 2V2DA 3NQCA 4N2YA 3W7QA 3OHIA 1TPDA 2G96A 5D2XA 2VEMA 3EXTA 3FLUA 5DBTA 2Z6JA 2NWRA 1VRDA 2X16A 3ABSA 1VPXA 1DQWA 1VR6A 1OFAA 3L0NA 1FUYA 3SECA 3TR2A 3C61A 3HQ1A 3LHWA 2H3DA 4Q32A 1SPQA 3RNDA 1C29A 5F2IA 3QW3A 5C5YA 1KM2A 2JGYA 1VHNA 4JS3A 3S42A 5AHLA 3MMTA 3QM3A 3UQNA 1V5XA 1F74A 4OGZA 3ZWTA 3QSRA 4HSOA 5G1YA 3BGJA 2DZTA 1KFBA 3PM6A 1F5ZA 1FWTA 1NFBA 3MI6A 2ALDA 2VFHA 3CPRA 2E1DA 1LRQA 3KVJA 3LXBA 1OX4A 2CZDA 3B0UX 1LRNA 3O6DA 3QRHA 2GVGA 1P0NA 4DEFA 3W7IA 4K7YA 2PRHA 1M7PA 3LTPA 2FB2A 3NQ6A 1SFJA 3BLEA 4DO6A 2NXHA 5U7SA 4DO4A 1TTPA 4LVBA 4TMCA 1TV7A 1R47A 1AW5A 1TV5A 3FIGA 4AHOA 3NG3A 1R2SA 3T78A 3JS3A 2V9DA 6TIMA 3FYPA 3W1UA 2DZPA 2ZDRA 3TU9A 1R2RA 3PF3A 1SZEA 1ICSA 4ONVA 1VGAA 3B06A 3W7MA 1H51A 1LP6A 1ZALA 2CLHA 1PVNA 1Y0EA 4BI6A 1SO4A 1SQ7A 3O15A 4ZQRA 2HS8A 3TCEA 3NQVA 1VYPX 1VZWA 1IIHA 3KVKA 3SZ8A 2FTPA 3NQMA 4CCDA 1YADA 4MY9A 4XBSA 3HGJA 2Y7EA 1ZAIA 3KHJA 3U8GA 3PWAA 4XQ6A 1YTDA 1B9BA 2GPTA 1SW0A 4FIQA 4NJGA 3TAKA 1NEYA 2E5BA 1OYCA 2PRMA 3L9CA 3P62A 3VE9A 3LM7A 5KTLA 1O94A 5A5WA 4QAIA 3UZ5A 4Z08A 3GDRA 3P82A 1JCYA 3BLIA 3UXAA 4WXZA 5K7JA 4AHPA 1FX6A 2V2CA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3TMLA

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