3TMLA

Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia cenocepacia
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
284
structure length
262
Chain Sequence
SMKLCDFEVGLDQPFFLIAGTCVVESEQMTIDTAGRLKEICEKLNVPFIYKSSYGMDEGLRILSEVKRQLGLPVLTDVHSIDEIEQVASVVDVLQTPAFLCRQTDFIHACARSGKPVNIKKGQFLAPHDMKNVIDKARDAAREAGLSEDRFMACERGVSFGYNNLVSDMRSLAIMRETNAPVVFDATHSVQLPGQREFVPVLARAAVATGVAGLFMETHPNPAEAKSDGPNAVPLNRMGALLETLVTLDQAVKRNPFLENDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Burkholderia cenocepacia
publication title Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 90
structure length 262
sequence length 284
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3tmlA00
4PODA 5AHEA 2V2DA 4E38A 3QPYA 4FX7A 3TQVA 3S42A 4JTTA 2V8ZA 3L68A 2WKJA 3PBUA 4WD0A 3R89A 3QPZA 5I3IA 1YTKA 3F4WA 3W1TA 1SZFA 4LS2A 2Y63A 3E9AA 3GX9A 4Z1CA 4HNTA 3B0VC 5KITA 4M7SA 1IGSA 5K4ZA 4N9CA 1F6KA 1F5ZA 3UNDA 5ABTA 4TO8A 5FEZA 3UWYA 4JTGA 3S8HA 4JTSA 3Q2DA 3IGXA 1ALDA 5HWMA 3W76A 5CPLA 4O52A 3W88A 4BI5A 4DBEA 3MUXA 4QJ1A 3NYZA 2ZTJA 1WYIA 4HSNA 4EF8A 3E0IA 2DJLA 2NWRA 3QFEA 3QSRA 3CLMA 1UCWA 3BGJA 3DBPA 4CCCA 4ADTA 1H7NA 4N9DA 1S5TA 4CNPA 1S3HA 4NJGA 4TR9A 1X1ZA 1LCOA 1TPVA 3SY5A 3W2JA 3VE7A 1DORA 3SR7A 5TQLA 1VPXA 3S5ZA 4MYAA 1W5PA 3UWQA 1KV8A 3NQFA 2B7QA 3R2GA 2DP3A 1SO3A 2ZRYA 2HMCA 5HUPA 4UR7A 3P8JA 1T96A 1I2PA 5D03A 2WSQA 1K7FA 3TJXA 1VJIA 3H55A 3OA3A 3NQ8A 4WZHA 1HUVA 3LV6A 2ZRWA 2JK2A 2AGKA 1VR6A 2NUWA 4YXGA 4J9JA 1BWLA 1O94A 1D3HA 3TJLA 4UTIA 3S5OA 4HIBA 3ABSA 2X1RA 3W2NA 2JGQA 2H8ZA 1CW2A 2A0NA 3MWAA 5A5WA 2QJHA 1FXPA 5D30A 2O7QA 1OX4A 2HSAA 5FF4A 3W84A 3PF3A 3PB0A 3M5XA 4N9BA 1H62A 3NA8A 3NPUA 4MIMA 4UNLA 4LC8A 5EL1A 4RCXA 1HFBA 4M6QA 1PHQA 3GK0A 4IX2A 3DHFA 5AN7A 4NVTA 1TCDA 3VE9A 4PL1A 4DPQA 3P61A 4MKNA 3SSJA 2Q3OA 3W7RA 1PIIA 1EA0A 2X1SA 3LRLA 3TXZA 4BR1A 4LW7A 3G3DA 1JQVA 1W37A 3G1YA 2V30A 4MLRA 3G1HA 1SFLA 1YXCA 1LROA 5KTLA 5BW6A 1YPFA 2RH9A 3ZR4A 3W85A 3QJAA 5K9XA 4RXFA 3T44A 2OMAA 2H8XA 1W1ZA 2Z6JA 2VEPA 2BTMA 3LI1A 4P2VA 3ATZA 3QMSA 4UIOA 4CNOA 3IIOA 1RD5A 1QMLA 3NOEA 3QW3A 2VFIA 1GTEA 2ZA2A 3BG3A 3W1LA 3TSDA 3CIXA 1XI3A 5BNKA 2PRLA 5L9FA 4UTKA 1RPXA 5HNRA 3G3MA 4NZFA 1W5MA 4DF0A 2Y7FA 4QNWA 2WOQA 4FNTA 1ME8A 1LZOA 1QPRA 5I3JA 4YCPA 1EIXA 2FB3A 3NQ2A 1VS1A 5EMUA 3O6CA 1DJNA 3BPWA 4QQ3A 1A53A 2OCZA 3RLUA 1JCNA 3CB8A 4K36A 1KM6A 4IMDA 3IGUA 3C61A 5D2VA 4PEKA 2ISWA 3LXCA 4JDYA 2PC4A 1H7PA 2NUXA 4LVFA 1IXPA 1DOSA 5I3GA 2E77A 3LERA 2QUVA 1Q45A 3HOJA 3NQ7A 4LVBA 3SGZA 1JRBA 3HBLA 1K3UA 3G1SA 1J5TA 4U28A 3QQ0A 3EXTA 4JTLA 3LI0A 4ZMGA 1OABA 3DFPA 1IXNA 3LV5A 1KBJA 2R14A 1OYAA 4FF7A 2HS6A 4UMCA 1TPEA 5D2WA 1TYGA 2TYSA 3IVUA 1QO2A 3LLFA 3LCXA 1KLYA 1H5YA 5LNUA 3BW4A 1UB3A 1OF8A 2GVLA 1UUOA 4N02A 3DENA 4LOCA 2ZRXA 2E6YA 1G4TA 3S0CA 3FJ6A 4LRSA 5G2HA 4CQ8A 1N8FA 2FFCA 2NXHA 2VOMA 2D73A 1L6WA 3PAJA 4UTTC 3RLVA 3MI6A 3HG5A 2E6AA 4MY1A 5HINA 4Q33A 3M1ZA 3MHFA 1SZGA 4BWLC 2QJIA 4LC6A 3M43A 3EB2A 3W2UA 3UZJA 3MHUA 3P5ZA 3TFXA 4UC5A 1TQXA 5J5RA 3EEGA 4BF9A 1XCFA 2WQPA 5FF2A 1PCKA 1MEIA 5LKYA 5AC8A 1M6JA 2DORA 1XUZA 2BXVA 4LS1A 3MP5A 4GBUA 2J6XA 1VGAA 3HPZA 4H6KA 3KRSA 4R53A 5EYWA 1YXDA 3TE9A 4YCOA 4Y8FA 5F1UA 3W07A 1OX6A 3C56A 3LBMA 1NF7A 5FEWA 4UFHA 4KFPA 4IMEA 6TIMA 3LTSA 4XWUA 1GJPA 2GJNA 3IRDA 4M19A 5DELA 2V81A 4LVAA 1TB3A 3BARA 1BEUA 3T78A 1JCJA 3PC0A 4Q4KA 1LORA 3DXIA 1ME9A 2PCQA 4WUIA 4DO5A 3M7WA 3SIZA 1R47A 4AVFA 1P4CA 3LRKA 4LRTA 3KAOA 2YZRA 3QQ1A 4RX0A 4QIUA 2QUUA 3KHJA 3A23A 3W7IA 3PG9A 4AHQA 5DY2A 3THAA 3UPWA 4NXSA 5CPMA 1P1XA 4RV8A 1LRQA 2YR1A 4JN6A 1ONRA 3IIVA 1OFPA 4JTKA 1I2NA 2XFWA 5LGZA 1UBSA 1W5NA 4W9TA 3HPXA 4GUJA 3OBKA 2YCEA 5FESA 4Q32A 2Y70A 2YDAA 3W7MA 2J88A 1XFBA 1J2WA 2YFOA 2CZDA 3N2MA 4FIRA 1M5WA 1Z48A 2DZXA 2X1UA 5LNVA 3PULA 5HULA 3OVRA 1XBXA 5D38A 3L66A 1AW1A 2YPIA 3FIGA 2ZBTA 4JICA 1AG1O 2FB2A 1NFBA 4O1BA 1UJPA 3QRHA 2JKAA 1O95A 3W1AA 2V5LA 1X8FA 1G4PA 1VLIA 1QNVA 3GAKA 3VKJA 4DQWA 1HTIA 5F2MA 1O4UA 1GYLA 2CZFA 1VYSX 3CWOX 3NL3A 3PBWA 4UTLA 4ZQPA 2DZPA 2BSLA 3C2VA 1W0MA 3DU0A 1RQBA 3CPRA 2ISSA 4KKXA 4DXVA 5DN1A 3KOFA 5HR7A 4S1FA 1GT8A 3NQAA 3P7YA 1GVFA 3IIZA 5T26A 4AEOA 3OIXA 1FDJA 2E5CA 4EIVA 4S2BA 5C55A 2WPBA 3PWAA 3QW4B 1LBLA 4RJEA 1QOPA 4CNNA 3MJYA 2GQ8A 2VEKA 1ZCOA 4OV4A 4EOUA 3A22A 3IVTA 1NAL1 4HPXA 1KM0A 4XBKA 2ZZ6A 3L2IA 3MW7A 3MBDA 3PUEA 3TAOA 4EVZA 1G6CA 4LT9A 3LGEA 3LHUA 2DZWA 2I9EA 4XUGA 1OVDA 3THQA 1VCGA 1X7FA 2JKEA 1SPQA 4AMAA 3PUDA 4NQ1A 4DBDA 4PFMA 8TIMA 4Z0SA 1TTPA 1W31A 3OVPA 3TSBA 1PCWA 5LSMA 1QPOA 3P82A 1A5SA 3BLFA 1VZWA 1FWTA 3GB6A 4NNBA 1LDCA 4NX5A 5D2YA 1H1ZA 4FNSA 1JRCA 5CZTA 2KZHA 1NSJA 1TPDA 4RK8A 3W1PA 1G7VA 2ZA3A 2DU2A 1EP2A 1SSGA 4Z0JA 4O18A 3KXQA 3MI2A 1TRIA 3P84A 2QCDB 2ZZ5A 2C16A 1GYNA 2E5DA 3F4NA 3HG2A 4FO4A 4O1DA 1QO5A 3NQVA 3UXAA 3O6DA 5D33A 2WO5A 1FXQA 7TIMA 4LS0A 4IWWA 1WBHA 4LVDA 4ADSA 4JY8A 4QSHA 4MLJA 3STGA 3HG3A 3DFOA 3W86A 3T55A 2VELA 3NNTA 3KFTA 4JX4A 1RQHA 2OJPA 3W1RA 3W7QA 3ZS4A 2EGZA 4GE8A 3DGRA 1SR9A 3VCRA 3BO9A 3NQDA 4IPIA 1T8XA 3M5ZA 1VYRA 1W3TA 3MYOA 1W8SA 3TK7A 3LM7A 2A7PA 4BWLA 3O8AA 1LBFA 4GUGA 4TMCA 3NPVA 1LP6A 3BW3A 3QEZA 3W7CA 2FIQA 2V2CA 4IJBA 3UY7A 3PM6A 3TIMA 4M6PA 3TA6A 1MZHA 3W7HA 1TV7A 3O16A 3W1MA 3GYEA 1EB3A 1RVGA 3FKKA 3U6WA 1L9WA 4N6FA 4AWTA 1LLZA 4UFIA 1TPWA 3R12A 3DI0A 1AK5A 5KSWA 2QUTA 3W70A 1C29A 4DELA 2QR6A 5LNSA 4WXYA 3M9YA 1FWRA 3W3OA 3NXFA 4IXXA 5E1QA 1TJRA 1PL9A 4O11A 3S9YA 3GXPA 2I14A 1I2OA 4FNRA 3NL2A 2G97A 3MBFA 2Z6IA 2W0UA 4I7VA 5AFDA 4Y90A 1WAUA 3TCEA 1FX6A 4RLIA 5D32A 1VH7A 4GRSA 4JXCA 4CQ9A 4BI7A 3P62A 4WXZA 1OYBA 3GNDA 3R5EA 2Y6ZA 3DI1A 2GVJA 4IXHA 1EUNA 3FFSA 1XL9A 2X2GA 5LHEA 3L0NA 5K9CA 4CQAA 3TQ0A 1FCUA 4WQ6A 3VNDA 3I7QA 5SWUA 1KFKA 1WA3A 1QDSA 4O28A 1EX5A 3UWZA 1LYXA 1Q6OA 3KRZA 1ICSA 3SJ3A 2FPYA 3LOTA 1OG0A 1IXOA 3AJXA 1S5VA 1TJPA 4AHPA 2BX7A 1I8JA 1SUXA 3STFA 1JR1A 2NX3A 1F73A 2RHGA 3W2KA 1AL7A 5EPDA 1VCVA 3S1VA 3I7RA 3FLUA 3I6RA 2PE4A 1SW3A 1TMHA 4O8RA 1F6PA 5CSSA 4A2RA 1JULA 1Z41A 3L0GA 2W6RA 3GKFA 5E0KA 4O12A 4ZQCA 5AC6A 1KTNA 3ELFA 3I65A 1B4KA 1W3NA 5CG7A 5AHMA 3EXRA 3W1UA 3B0UX 3W7OA 4YL2A 4ONVA 2G5WA 2QCDA 3WJWA 2QAPA 3PBVA 4QISA 1THFD 2CLKA 4K7YA 3L5AA 1KBIA 1WQ5A 3EX4A 5KZMA 3G24A 4UXDA 4PTNA 4UMAA 4JTJA 3RF9A 4AWSA 1V7YA 3C0JA 1O60A 4HN4A 1EWDA 2A7RA 5FI8A 2CLMA 1OFDA 4JTFA 4O4VA 4N2YA 3DFNA 1PVNA 1OFAA 4JS3A 2ZQ0A 1SW0A 3BVJA 1F05A 1TQJA 3YPIA 2C18A 1DVJA 5L6UA 4JTHA 2Y62A 1SZNA 4WY0B 3PBYA 4E0CA 4NJKA 1ML1A 5G1YA 4AXKA 1T99A 5FF7A 2J9ZA 2OZ0A 3B04A 3QSTA 4UR8A 3N34A 2B4GA 2E6DA 5F4WA 1GVRA 2P1FA 3N9RA 1A50A 5LNWA 3CM4A 1YTDA 3MYPA 1ZAHA 3W22A 1WX0A 2JKPA 4X3ZA 2P0OA 3EKZA 2A6LA 3N9SA 4UFLA 3IVSA 3WK1A 1CI1A 3GAYA 3DH7A 2E6FA 1LTDA 5HR6A 3CTLA 4NNCA 4O1CA 3DFTA 3T40A 2ZRVA 2EF9A 1VHCA 1YTEA 1QAPA 4C1LA 2I1OA 2IQTA 3HJZA 4X9SA 3NZ1A 4GXMA 4HHPA 1K8XA 3FOKA 1ZY9A 5EY5A 4M7TA 1WOAA 3L9CA 1L6YA 5K3VA 1TTJA 3EX6A 1GTHA 3S1XA 1VLWA 4N4PA 2PRHA 1XBYA 3ATYA 4JY9A 4X2RA 1KFLA 2A85A 2GVGA 3A5FA 4UFJA 1H60A 4H4IA 2CLHA 3FKRA 3O6YX 1XUUA 1PV8A 1F7BA 1EWEA 2TPSA 2YFNA 1VC4A 4FNPA 1P0KA 4OGZA 3A9IA 3GR8A 3E96A 2V2HA 3C3NA 1Z42A 1GQNA 3QYQA 4JX6A 5CZSA 1XM3A 3NQCA 5CKSA 1TIMA 1N7KA 1I2QA 2B7PA 3W7LA 4IQLA 2A2IA 4ORMA 1WV2A 3EWZA 4M5PA 1L6SA 1QCWA 3SI9A 3LBCA 3IIPA 2J9YA 4I7UA 3GDRA 4TU1A 4XZ9A 3INPA 3PSWA 1QFEA 4FX6M 1KM3A 2WNQA 2YYTA 4ALDA 1FUYA 3B8DA 1H63A 1GVOA 1GG1A 2A7NA 2HS8A 1AW2A 4A21A 3F1QA 1FBAA 1G7UA 3E12A 3NEVA 5DCEA 2H6RA 3RK8A 3CQ0A 3CEPA 5D2TA 2VXNA 3M0ZA 5D09A 4QM1A 3UPBA 1GEQA 3P80A 1G4SA 2QCEA 3DAQA 4JIPA 3WJXA 2Y7EA 3UWVA 2Y89A 2ZZ3A 3ABQA 3IGSA 1TREA 2EAWA 2FTPA 3FS2A 1EEPA 1K02A 1J4EA 4HNVA 4OE7A 2JBMA 2NWSA 3D0CA 3W1NA 4ADUA 1KTBA 4PC8A 4AWUA 3CIWA 2ZZ2A 3BV4A 4ZQOA 1H7RA 3KVJA 5TBOA 3C2FA 1FCVA 2Y61A 1QPNA 4O53A 3TH6A 2TRSA 4HKPA 2NXGA 2RFGA 3CT7A 4IMFA 1KM4A 4JNMA 4GUHA 4FXRA 3BW2A 3TROA 3G1VA 1HO1A 5D04C 4OQVA 4WY0A 1IIGA 3GLCA 4P61A 3TKFA 3GDMA 2QDGA 3OHIA 2VEIA 3LHVA 1OFOA 4K6AA 1Q6LA 1KM2A 1K7EA 4NUWA 3W83A 4UTWC 3UY8A 1HO4A 4JYEA 3NVTA 1LLWA 1IXQA 4KFOA 2ISVA 1LOLA 3M44A 4RZ4A 5I3FA 3IIXA 1MSSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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