3TML | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	284
structure length	262
Chain Sequence	SMKLCDFEVGLDQPFFLIAGTCVVESEQMTIDTAGRLKEICEKLNVPFIYKSSYGMDEGLRILSEVKRQLGLPVLTDVHSIDEIEQVASVVDVLQTPAFLCRQTDFIHACARSGKPVNIKKGQFLAPHDMKNVIDKARDAAREAGLSEDRFMACERGVSFGYNNLVSDMRSLAIMRETNAPVVFDATHSVQLPGQREFVPVLARAAVATGVAGLFMETHPNPAEAKSDGPNAVPLNRMGALLETLVTLDQAVKRNPFLENDF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Burkholderia cenocepacia
publication title	Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus	90
structure length	262
sequence length	284
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2011-08-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3tmlA00

3IGUA 3G1SA 3S5YA 1VZWA 3I68A 3O15A 5T26A 1VH7A 3LERA 2VFEA 3W86A 1DJNA 3EWBX 5L9FA 2VFFA 4OV9A 2NUYA 1WBHA 3LCIA 1DOSA 5FF7A 2X1SA 1FDYA 1H1YA 3WK3A 3O16A 1DHPA 1LRNA 3B4UA 1XI3A 2RDUA 3PS7A 1I8JA 1XBXA 1KLYA 4I7UA 3NQ6A 3OHIA 4FX7A 3NQFA 5KSWA 1ME7A 1H7WA 3OIXA 1TIMA 2P1FA 1V5XA 4CCCA 1G67A 5LGZA 3HG5A 4O1BA 4JEQA 4L4LA 3M9YA 3CTLA 3A5FA 2TPSA 1LOQA 5EMUA 1S5WA 4YXGA 3NZ1A 3N3MA 2HS8A 1EP3A 2TSYA 1GJPA 3MI6A 4LU0A 3OA3A 2V9DA 3KVKA 1O60A 4ALDA 4PEKA 3S1WA 3G1FA 1LOSA 1XL9A 5FEXA 1TQJA 3LCLA 2QDGA 1F7BA 5BNKA 3G0SA 3CLMA 2GVGA 5HUPA 3B04A 3W74A 4MPQA 3G8RA 3GZ3A 5F1VA 3WJYA 3P84A 1QAPA 3WK1A 4M19A 1FWNA 2XN2A 1K8XA 2BSLA 4A21A 1A50A 1W5MA 1EX5A 1LZOA 2CLEA 4C1LA 3EWWA 5CPLA 3MI3A 1ZENA 3SGZA 2C3ZA 1H50A 3F4WA 4K39A 1JUBA 3YPIA 4FX8A 4HSOA 1EEPA 3P67A 2CZ5A 3S1VA 4BFAA 1QPOA 5FEPA 4O52A 4LTSA 3PY2A 2YFNA 2EF9A 5J5RA 5E93A 3LTSA 3BK0A 1IXQA 3TFXA 3BARA 2VEKA 2X16A 5CSRA 1SFJA 3CWOX 1N8FA 4WY0B 4IQLA 5L6UA 2ZZ1A 1VPXA 2GOUA 5I3IA 5FF3A 5KMYA 3TMQA 3BG5A 1SFLA 3W2UA 3PM6A 2QCLA 3NL2A 1GT8A 1YTKA 3TE9A 4DXVA 4YCOA 5LNUA 1L6WA 4UTTC 4NZJA 3HPZA 3LTYA 4UTTA 1QOPA 4KFNA 4XKYA 5KINA 3EXRA 3TKFA 1XBYA 4UMBA 1FWRA 3A22A 4LWWA 2RDTA 3EXTA 3F03K 5CZSA 5CSSA 2LLEA 3NL5A 3O8AA 5U4NA 3N34A 2WSYA 4JDYA 5EBUA 1MEIA 3DFTA 1PL9A 1TPVA 2ZRXA 1G4PA 1Q6LA 1TV8A 2QJIA 2WNNA 5CKSA 2DZTA 4HHPA 4JTUA 4AB4A 2RKXA 3SJ3A 4NJIA 4NZFA 3MUXA 4JGDA 2ATSA 2P10A 1P0KA 1A5SA 4LY8A 1FX6A 4OGZA 3LLFA 3ZWTA 4DO4A 2QCEA 4JD4A 4MUZA 1EP2A 5G1YA 3W3OA 1WDWA 3I7SA 3MHFA 2CFFA 2OJPA 2O7QA 4O50A 3N73A 4UR7A 1XBZA 5I3JA 2X1RA 3P5YA 1SSGA 3IIZA 2WNQA 3PUEA 1I2PA 1LOLA 1KFKA 3GDMA 4DBEA 3N14A 2QCDA 1OFRA 3DFPA 4UMCA 1B3OA 1X8FA 2WO5A 3AJXA 3BPWA 4N6EA 5SWUA 3NR0A 1EPXA 4L4MA 4KWWA 1FCQA 1J5TA 1VYRA 4JTGA 4MIMA 4BWLC 1SO3A 4LVDA 2Y88A 4BWLA 8TIMA 1QMLA 2X30A 3TA6A 3GNDA 1OFOA 1PHWA 3VFLA 2J88A 1EIXA 3USBA 1QPNA 3D0CA 1W8SA 5AYZA 3RK8A 4DPQA 1MEWA 1QDSA 4O8RA 1RVGA 4CCEA 3SFKA 4R33A 1J2WA 4IX2A 3OBKA 1DORA 4Z1DA 1D9EA 4UMAA 2QF7A 3NEVA 4OHQA 1OF6A 1EUAA 5C54A 1JCNA 3LHTA 1QPQA 1AK5A 3RU6A 4U4MA 3E02A 3WJXA 3MHGA 3DKLA 3QH2A 2ZYFA 5AHLA 1H1ZA 3KXQA 4GUFA 4JTHA 4EOUA 1THFD 2ZCGA 4O10A 1RQBA 3NQ7A 3NQDA 1TPFA 1W0MA 5HUOA 3TU9A 3TFCA 3PSWA 3DU0A 5GVJA 1MZHA 2H8ZA 1SW3A 4AF0B 3MP3A 2NUWA 4UTLA 1OYAA 2BZNA 1TQXA 2C6QA 1RD5A 3GIYA 4RX0A 5LGXA 2ZBTA 4IWWA 1VLWA 3G1AA 4O4VA 1I2QA 1SZNA 4NT0A 4CNNA 3MP4A 3M5ZA 3PBWA 2J9YA 5D2YA 1TTPA 2C16A 1GVOA 5F4XA 5AC8A 1VGAA 4X22A 3QMRA 2OZ0A 1OK6A 4IMEA 1I2NA 1QR7A 1YYAA 3KVMA 4ZQPA 2YYTA 3W1UA 3LB0A 4N9EA 2B7NA 3CIXA 1B57A 3HQ1A 4ICNA 2B7OA 3GR7A 4RXGA 2YSWA 3L21A 1XUUA 4JX5A 5LZLA 2FIQA 2Y7GA 1NEYA 1L6SA 3E0IA 3HG3A 3EXSA 3CWNA 1O4UA 5H2ZA 4HIBA 4NU7A 1GPWA 2E5DA 3I7QA 4RR4A 4TO8A 1KFBA 3TXZA 3G3DA 4RK8A 3QEZA 1XKYA 4IGHA 1ML1A 3PSVA 4R7JA 3RMJA 1R47A 4LV9A 1HTIA 3GB6A 2H6RA 1WOBA 3CPRA 4XZ9A 1YDNA 1FWTA 3TCEA 4MFDA 4WY0F 4Z1AA 4FXSA 1VLIA 1EA0A 4FXRA 3L0NA 4MY1A 1IIGA 3G1YA 3HBLA 1BKSA 3FEMA 2E6AA 3EX3A 3IIPA 1S5TA 3GXNA 5I3FA 4MVAA 1FXQA 1GEQA 1YTEA 2FB3A 1D3GA 3I7RA 2V8ZA 3ABSA 2YDAA 1G7VA 1OYCA 4X9SA 4JTLA 1ICPA 4LW7A 3KHJA 4I9AA 2E77A 3TR2A 1FWWA 2E09A 2Y70A 3BV4A 2QUUA 3OEXA 4A2SA 1UJPA 4BR1A 1TRDA 3C52A 3L68A 4YMZA 2H90A 1XCFA 3S5OA 3R5EA 1DV7A 4GE8A 1JR1A 1TV5A 2QAPA 3W87A 5D37A 1LBLA 4FNUA 2EHHA 2F7FA 5G1TA 1I4NA 4JTTA 3KRZA 1OFDA 4FNPA 4ADUA 2GQ8A 1QO5A 5FF2A 4OWGA 4JX4A 2QCNA 1W3IA 3EWYA 5AHMA 1W3TA 1N7KA 3LXCA 4RZ6A 3VI2A 4RXFA 4FF7A 3R89A 3RLVA 3NNTA 4ZQOA 5F4WA 4GNJA 4TR9A 3W7NA 3NM3A 1HO4A 2CZFA 5LHFA 3P8JA 5HWMA 1ZFJA 3NPXA 5AOUA 1TPB1 4JDBA 4LRSA 1GYLA 3P81A 4X3ZA 4H6KA 2ZRVA 4DELA 3W1MA 2CLIA 3N19B 5KZDA 2YPIA 3GDLA 2G97A 4MZ8A 1P0NA 4IPIA 3KRSA 1GZGA 4D2JA 3PWAA 4QITA 5A8GA 1P5BA 1SSDA 4FNRA 1JRBA 1IXNA 1LLZA 4JTEA 3B0PA 3W7DA 3HMJG 4RZ4A 1JQVA 3W72A 2ZZ2A 1RR2A 3STCA 3QW4B 4EF9A 1WX0A 2V81A 1VHNA 2GQAA 1G6CA 3FOKA 3QZEA 4WY0A 4XBKA 2DU2A 4N02A 5K7JA 1ME9A 1GWJA 1BWKA 1FY6A 3VNDA 1M6JA 3DGRA 2A4AA 3W7JA 1W3NA 4UTJA 2BLEA 3NPVA 2WNZA 4UFIA 5F2IA 3LI1A 3C6CA 3O06A 3UZ5A 1QFEA 5AYYA 1XFBA 5HQEA 1Q6QA 3G18A 2V5LA 1WBJA 4GRSA 2C0AA 2Z6JA 3W70A 3HO8A 3T7VA 4GFSA 3JS3A 4EF8A 2Y89A 3CB8A 3GDTA 2A6LA 3TV8A 2FDSA 3C2EA 1JCMP 4JNMA 1AW5A 3A21A 4AH7A 1K03A 1KFJA 3WFAA 4K37A 2VKZG 1I45A 3UWWA 4NX0A 3QF0A 3GK0A 2CLHA 4GUIA 1L9WA 1YXYA 2YCEA 3A5VA 3VKJA 3TW7A 1EB3A 1KM0A 1DQXA 3NYZA 3FKKA 5G2IA 1VYSX 2QJGA 2GUUA 5K9CA 1EUNA 1WOAA 4MZ1A 3LGEA 1ZAIA 3TIMA 4YL2A 2HTMA 4POCA 2VXNA 4UTKA 3QPYA 3W7GA 4AMAA 1SZFA 2BX7A 3O6DA 4IXHA 4JTIA 1KA9F 3DHDA 1ADOA 1HG3A 3E12A 2B0MA 3IRDA 4LT9A 4LVBA 3F1QA 3LI0A 2VFIA 2C15A 3NO5A 3EWXA 4XWUA 2A2IA 4N9CA 2TMDA 1DBTA 4LUIA 4AWSA 3ABRA 2PRMA 4O11A 1KBJA 3UXAA 3T78A 3PB2A 5KTLA 3GX9A 4OV4A 4O53A 3BG9A 2QUVA 3NM1A 1FQ0A 5HJLA 3SSJA 1KFEA 1NAL1 2DZVA 3PUDA 1KTBA 2X1UA 4CNPA 1WQ5A 3B05A 3G1VA 2Q8LA 2CZDA 1GVRA 3GVGA 5G4WA 2DP3A 3LCHA 5ABTA 3V1PA 2DZSA 4KFPA 3O07A 1GVFA 1JUKA 4R53A 3WJWA 4GC4A 4OBTA 1OFPA 4Z0JA 1UASA 5FESA 3QMTA 5EKYA 3RLUA 1W37A 3JRKA 2YFOA 3W7PA 5C5YA 2VEPA 3NQEA 4UFKA 1IF2A 1GTEA 5F2GA 4WD0A 1KM1A 3LBMA 1KTCA 1B4EA 4AF0A 5KITA 1M7OA 4MZYA 3STFA 1ZJIA 3DKJA 1K8ZA 5TQLA 1FCVA 3C61A 2NV2A 4UTIA 5HWNA 4AHPA 2JKPA 2B4GA 1QWGA 4UTMA 1H63A 1GG1A 3SGUA 2YZRA 4ZQCA 3W2KA 3MYPA 3M44A 3MJYA 3BW2A 3MI2A 3PG9A 1OVDA 3W71A 3EEGA 3DBPA 3M6YA 1E51A 2ISVA 3SY5A 4MKNA 4UUIA 3DHFA 3MYOA 4NNBA 5CPMA 4HNVA 2FB2A 1W31A 4ZMGA 4NQ1A 1Q6RA 3NL3A 4LVGA 1OYBA 1WXJA 2H8XA 2JGYA 3S1UA 1LORA 4E0CA 4IMFA 4BI5A 1KM5A 2Y63A 1FDZA 4WQ6A 1WV2A 1VQTA 1OX6A 1AG1O 4MJZA 3TNOA 2A7PA 3B0VC 5DCDA 4ORMA 3W1TA 3IGSA 4KFOA 3C4UA 3M1ZA 1GYNA 4PFMA 3T40A 4U28A 1CX9A 3HOJA 4KWVA 3L5LA 3L0GA 2CWNA 3EWZA 3CEUA 4HKPA 3K30A 4UXDA 4CLMA 3SR7A 3UWYA 4LNYA 1KFLA 1SW0A 2GJNA 1F73A 4UTWC 1R46A 3OVQA 4UTWA 2E5BA 2NX9A 4M6VA 3TROA 4M6QA 4P61A 3L5MA 3HG4A 1OFBA 1UBSA 3UPWA 5AB3A 1D3HA 3TAOA 2NXHA 1Z42A 3KFTA 4NXKA 2E1DA 2WOQA 2NXIA 3UD6A 3C56A 2VENA 4ZVJA 3GYEA 1YADA 4QJ1A 1ZY9A 3FA5A 3VCRA 5D2WA 1FXPA 3BG3A 2B7PA 2O7SA 3W7QA 2VOMA 4HNUA 3IIVA 4HT3A 3W85A 3TH6A 2RDWA 1JCLA 3LXAA 4WXYA 4UIOA 1K7FA 4JN6A 1UUOA 3G0XA 5EA9A 1BWLA 2YGYA 2ZRWA 1OG0A 5LHEA 1TPH1 3NOEA 2OT1A 5HR6A 1JCJA 3TAKA 2QCFA 3R12A 1KV5A 5LNSA 2AQWA 1B4KA 2RH9A 2ZA2A 3CQ0A 3SZ8A 4AHQA 3WJZA 5D04C 4RZ5A 2C14A 1I2RA 2AAMA 4S2CA 4NJKA 4ZQRA 3BLFA 5CZ0A 4HNTA 4S2BA 1VCFA 5LNWA 1XDLA 3PVFA 3DFOA 2V5BA 4Z08A 2E5CA 4A29A 3HGSA 5H91A 3TQ0A 1G4TA 1JCYA 5LNVA 1K3UA 1TPUA 1T96A 3UY7A 1YXDA 3GKFA 4YCPA 4GJ1A 1H60A 3UWZA 2JK2A 2Q3OA 4HSNA 2ZDRA 3TSMA 3C2FA 4ZQMA 4ZQNA 3N9SA 4OQVA 3W1RA 4FEZA 1H51A 4NXSA 1MSSA 3CU2A 2DZPA 1Q3NA 2I14A 4O57A 2D73A 3S1XA 2BTMA 3PAJA 3STGA 2ZZ6A 4OT7A 2H3BA 4DF2A 5AHFA 4JY9A 4O54A 5KZMA 5CGQA 2GVJA 1X1ZA 4Y96A 5A5WA 2E6FA 3W7LA 1UB3A 3IIXA 3UY8A 1I2OA 3L65A 3OVPA 4QSHA 4EIVA 1GVSA 1BTMA 3GDKA 3LRMA 3FLUA 2NX1A 2X2GA 5BMXA 3KX6A 3W7CA 4O28A 3P80A 1JJKA 3W76A 3W2MA 1R30A 2NV1A 3GXTA 1HL2A 4Z1BA 4O15A 4OE7A 3MWAA 1H62A 3NQAA 4MOZA 4LC8A 1CW2A 1SO5A 1YDOA 3LCWA 4UNLA 4E2DA 4DF1A 3LTPA 1OJXA 3GR8A 4M7SA 2C19A 2RFGA 3H55A 4QM1A 4TX9A 4DQWA 4JIQA 4W9TA 3UYCA 4DBDA 4PTNA 4FNTA 3QSRA 4ONVA 1IGSA 4GUHA 4UFLA 1A5BA 2PURA 3W9ZA 3HB9A 4O1CA 1TPDA 1AW2A 4O1AA 5FI8A 5KZEA 5G4EA 2OMAA 5DLCA 1TTJA 3W1PA 4IMDA 2Z0IA 5C2XA 3M7WA 2R91A 3W1QA 3W7EA 3UPBA 1JULA 5DBUA 1R2SA 2ABBA 3NQ2A 3LHVA 5HR7A 3L2IA 4BK9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3TMLA

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