3TML | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	284
structure length	262
Chain Sequence	SMKLCDFEVGLDQPFFLIAGTCVVESEQMTIDTAGRLKEICEKLNVPFIYKSSYGMDEGLRILSEVKRQLGLPVLTDVHSIDEIEQVASVVDVLQTPAFLCRQTDFIHACARSGKPVNIKKGQFLAPHDMKNVIDKARDAAREAGLSEDRFMACERGVSFGYNNLVSDMRSLAIMRETNAPVVFDATHSVQLPGQREFVPVLARAAVATGVAGLFMETHPNPAEAKSDGPNAVPLNRMGALLETLVTLDQAVKRNPFLENDF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Burkholderia cenocepacia
publication title	Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus	90
structure length	262
sequence length	284
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2011-08-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3tmlA00

2HSAA 1KM1A 1VRDA 5D2VA 1GEQA 2YYUA 5KZMA 3RF9A 5CZJA 4O8RA 5EKYA 5DBTA 4Q4KA 2CU0A 3OVRA 3NL6A 4A22A 1R2TA 5T26A 1JVNA 3STFA 2CLEA 2NUXA 4HNVA 3L65A 2EKCA 3SY5A 1I45A 3LHWA 1I2RA 2Z6JA 3G8EA 1GT8A 3S1WA 3P80A 4ALDA 4UTJA 1G4PA 4MY9A 5GVJA 3C61A 3NR0A 1FWWA 4KFPA 4LOCA 2NUYA 3GDLA 1A5AA 1V7YA 1A53A 1K8ZA 4R7JA 3EWYA 5U7SA 3CLMA 3RLVA 2V9DA 1JULA 1FWNA 3GDRA 3LXBA 4DQWA 4OV9A 5AOUA 3G18A 3EX2A 2WQPA 3I68A 4H6KA 2PC4A 2GQ9A 2CZDA 1OHLA 4UTKA 5K3VA 1OF6A 4JN6A 1I2PA 5D30A 3N2MA 2H3DA 5D03A 3E96A 3R8RA 2BLEA 1XBYA 4O11A 4NXKA 3A22A 2DZSA 3C3NA 3QZEA 3S6DA 1A5CA 4QNWA 3MBDA 1N55A 3M9YA 3EB2A 2YR1A 1HUVA 1SR9A 4CQAA 4WUIA 4DF2A 3P84A 4LS2A 3NOEA 2VOMA 1PL9A 2QCCA 4UFKA 3DFPA 2F84A 5A8GA 1GVQA 2Q3RA 2TRSA 4IX2A 4ORMA 3HG2A 4M6PA 4JYDA 3IGUA 5DCBA 2OZ0A 5C2XA 3M44A 1HFBA 1VC4A 4JEQA 3F4WA 1ME7A 1GG1A 3S1XA 1VLWA 1ZALA 3LRKA 2B7QA 3W2JA 3K30A 4JTEA 1TPH1 2FJKA 3TKFA 3NQMA 4MIMA 2WNQA 2YPIA 3SIZA 2ZRWA 5DCDA 3LHZA 3PG8A 1TJPA 1S5VA 1WBHA 3WK2A 3A24A 1P1XA 2YW4A 3LXAA 3OG3A 3TQVA 3TV8A 2QDHA 4MFDA 3NNTA 5HWNA 4NZFA 2BZNA 1FDYA 3FIGA 2GQ8A 1L6SA 2ZTJA 3L68A 3NQDA 3WJYA 3P62A 3VCRA 4FHAA 4IPJA 4YCOA 1LOSA 2QUTA 1JR1A 5HJLA 4X9SA 2C14A 3OEXA 4AWTA 2YDAA 3GR7A 4LT9A 1F76A 3TX9A 4HSNA 3ABOA 2WSYA 2ISSA 4R34A 3W6YA 3UPWA 1YDOA 4Y6GA 2VEKA 4WY0F 4O4VA 4ADUA 3HGSA 4A3UA 3UXDA 4JD4A 5AB3A 1TJRA 2ZA3A 1Q6OA 5EY5A 1VZWA 3NVTA 3W70A 1HO4A 3W7CA 3UWYA 2QJIA 4NX5A 1KFCA 3TU9A 3GX9A 4ZQNA 1SO4A 3F03K 3EX4A 3A21A 2C6QA 4I7UA 1H7OA 2TYSA 2QCFA 2E6DA 1TB3A 4MY8A 2ZRYA 4QSHA 3W2LA 5FF4A 4IOTA 2EGZA 3OVQA 4TMBA 3EWUA 1Z42A 2FFCA 1LRNA 3UWWA 1O94A 4NJGA 4BWLA 4OE7A 1D3HA 1K8XA 4RZ6A 3HG5A 3FKKA 3G22A 1O60A 3HIJA 2B7NA 1AW2A 4WZHA 4DBDA 3A5FA 3MI3A 1WX0A 2QCDA 1CW2A 1CX9A 2CZFA 3W7HA 2E68A 3MP3A 3GVGA 1X1OA 1O5KA 3ZS4A 3L0NA 5K9XA 4K8HA 2CLLA 3W1MA 1ZAHA 3M5VA 1TRIA 3LCGA 5LGZA 2GOUA 3MW7A 4DPQA 4LUIA 3FOKA 3MWAA 2FPTA 4UTTA 4FX7A 5LNVA 3TROA 2ISWA 1SFLA 4Y90A 1EP2A 3S9YA 1F73A 5BOOA 6ALDA 3AO0A 4FNRA 2ZRVA 1JRCA 3VE7A 3TW6A 1S5TA 1T96A 3GKFA 2ZRUA 3W1TA 3C52A 2UV8G 3N73A 1DHPA 1P5BA 3BV4A 4ZQOA 3O6YX 5D33A 5D38A 2DZWA 2NV1A 4S2CA 5G5IA 4HT3A 1KTBA 5CPOA 1F05A 2PRLA 1YADA 3LRMA 1W1ZA 2CWNA 2OX1A 3G1AA 4LV4A 3TQ0A 5AYZA 2F7FA 3P8IA 4OWGA 1YTKA 3N9SA 1QO5A 3G1YA 3WJXA 2JGYA 1QCWA 1NVMA 3F1QA 3LXCA 5HNRA 2A85A 3P82A 1I8JA 1B3OA 1KLYA 3BO9A 5DBUA 1H61A 2C16A 3MI2A 2QF7A 2Y7FA 4K7VA 5D02A 2RFGA 2G97A 1N7KA 4GUFA 1YXDA 4LVBA 3C2EA 3BGGA 1PS9A 2Y7DA 5HWJA 2H90A 2QCGA 4M7TA 2EPHA 4DO6A 5LNRA 3BPWA 4IX0A 4HN4A 3LV6A 1XXXA 3E12A 4K8EA 4ZQCA 1LROA 1SW0A 4BR1A 1R2RA 4ZQRA 3GXPA 4BFAA 3CT7A 3LCFA 3CWOX 5EBUA 2H8ZA 2NV2A 3MJYA 4GXMA 3EXSA 2QCHA 3ZR4A 4JTFA 3TSDA 4FNUA 2PCQA 4LY8A 3OA3A 3UWQA 2E09A 3I7RA 3M47A 3MHGA 1XFBA 2X1TA 4GUHA 5AC7A 3HOJA 2J9XA 3VI2A 4POCA 1L6YA 5FEPA 3GXTA 3TC7A 4UTHA 3DKLA 2J6XA 5F2MA 1QAPA 3QQ1A 2OJPA 4GRSA 2A7NA 5AFDA 3LM7A 2WNNA 1EP3A 3SJ3A 1PV8A 3CC1A 3A9IA 2QR6A 3W7PA 1FCUA 2ZA1A 4BI6A 1AL8A 1MXSA 3G1SA 3BLIA 2W6RA 1DJQA 3W84A 3MBFA 4MFEA 1LM1A 1S5WA 2I1OA 5E1QA 2VEIA 1NF0A 2CZEA 3O16A 4PODA 5BNKA 3NPWA 3M41A 1K8YA 1PE1A 1IF2A 1Z44A 3M5YA 5AHEA 2DP3A 3W7JA 2R8WA 3BG5A 3DI0A 3W74A 2VELA 1XBVA 1PVNA 3P61A 3DI1A 3QW4B 2A4AA 4UC5A 2DJLA 3NQ8A 5E93A 1K7EA 5F2LA 1DOSA 3E49A 5F1VA 3QYQA 4N9EA 1A50A 5DXXA 3IIPA 1ICSA 1EWEA 4NJKA 1M7OA 4I7VA 3SR7A 1HG3A 4UTWC 2X1UA 4I9AA 2FQIA 1PCKA 4JR5A 1OFOA 4O0KA 2DZXA 3N9RA 1BTMA 1W5OA 5TBOA 2GVLA 4FXSA 2QJHA 2B7OA 1X1ZA 2GJNA 4H4IA 5K4ZA 5EA9A 2ZZ1A 2J9ZA 2JK2A 2OT1A 3UYCA 5C5YA 3DKJA 3TC6A 2ZYFA 3KRUA 1L2UA 2HS6A 1FY6A 1H7WA 4JY8A 1O5XA 4IMCA 4MKNA 4O17A 4XQ6A 4FX6M 5F1UA 2QKFA 3QW3A 4GWEA 4YL2A 2A7PA 3DU0A 1XUZA 3UWZA 3NXFA 1KTNA 2YCEA 3LRLA 4RV8A 4DELA 3V75A 4XTIA 2QDGA 1HTIA 2RHGA 2PRHA 4JNMA 4O13A 3NPXA 4JTIA 3HPZA 3B06A 1BWLA 4O54A 4R33A 1BWKA 1DVJA 4O16A 3NL2A 1SUXA 4UMAA 1F2JA 5DXYA 4LS1A 3W7NA 3WK0A 5KINA 2QCNA 4KFNA 1YPFA 1TV7A 1Z48A 3L5MA 1KBJA 1TPFA 1C29A 4NNCA 3W86A 5E0KA 4BWLC 4CCEA 3S8HA 5LZLA 4MY1A 3S1VA 2P0OA 3P81A 1MZHA 4QM1A 3T4CA 1YDNA 3NQEA 4X22A 3DXIA 3W7GA 1J4EA 3W07A 3ANYA 5AC6A 3S0CA 1DL3A 4UCGA 3B0PA 2ZRXA 4LNYA 3LB0A 1GVRA 1Q3NA 1B57A 3R12A 3W1NA 1H1YA 1IIGA 3GZ3A 3BVJA 1AL7A 1TCDA 1OF8A 2NZLA 2YW3A 2ATMA 3IGSA 1ZNNA 3DH7A 4IJBA 1GQNA 1FCVA 3LCXA 3TAOA 4EVZA 1OFAA 3NZ1A 5D2TA 1AMKA 5HULA 1OFDA 1NAL1 1RQEA 1W5NA 1T8XA 3F4NA 4HHPA 1TQXA 2ALDA 3INPA 3CU2A 1LRTA 5LGXA 3FFSA 2J24A 2G96A 3G3MA 2VEPA 1TREA 4O52A 3W87A 3N3MA 1IXNA 4I7WA 3IEBA 1O95A 1J2WA 3E0IA 3M5XA 2YGYA 3UXAA 1WAUA 1FWTA 2C3ZA 1D3GA 3QSRA 1DORA 3DZ1A 3MP4A 3E02A 4NU7A 4FB7A 3IIXA 5CZ0A 1VS1A 2CFFA 5FF2A 3TIMA 2NWRA 1YLVA 4FX8A 3NEVA 2ZTKA 2Y61A 3GLCA 2VXNA 4LVDA 1Q6LA 2QCMA 1KM5A 3OVPA 3TQKA 3HG3A 4KFOA 1BEUA 1FUYA 2QUUA 1Q45A 2NX3A 3G1FA 5AHFA 1TPEA 1SO3A 2WSQA 3ABQA 4MLRA 3HPXA 3L9CA 2TMDA 3W7MA 1TMHA 2V2DA 3STEA 1OX6A 3NQFA 5I3KA 3EXRA 3CQ0A 5CG7A 1C9DA 3GNDA 3C4UA 3PM6A 3P60A 5BMWA 5I3GA 2YZRA 4AF0B 4WX2A 2A0NA 1GG0A 2ZA2A 2ZQ0A 3HGRA 3PUDA 2CLHA 2NX9A 4O1AA 5LNUA 1KTCA 2QJGA 3W83A 1G4EA 4WD0A 2WV8A 5HINA 3C8FA 3I7SA 4XUGA 1HL2A 2VFIA 3S5OA 1VYPX 3DFOA 1TQJA 4DXVA 3QSTA 4UTLA 3CEUA 5U4NA 4AHOA 1R47A 2Z2UA 3W2MA 3TK7A 5G4EA 4A21A 4OV4A 3WJSA 1QMLA 4UR7A 2A7RA 2YFOA 3G1DA 1WOAA 2ABBA 5FEXA 2JBMA 1FDJA 3U8GA 5CGQA 3L66A 2NXIA 4DPPA 3LLDA 4Z0JA 2R14A 1SPQA 1XI3A 1VYRA 4HNNA 4ZVJA 5KTLA 1VHCA 4EIVA 1YXYA 2FPYA 4KWVA 2AGKA 4DO5A 2QCEA 1M6JA 5TIMA 4N9BA 4JS3A 1OABA 1ONRA 1QR7A 3O6DA 1LYXA 5D2WA 5CSSA 5DY3A 3LCHA 3LTPA 1XL9A 5F2IA 2W79A 4IQLA 4MOZA 1P4CA 4JDYA 1AK5A 3LBCA 3W1AA 1F6PA 3NQ6A 4FXRA 2Y63A 2YYTA 4WXYA 3A23A 1GOXA 3W7RA 1TV8A 3FYOA 1JCMP 1G4TA 1J5TA 2E1DA 4HIBA 4O28A 1NEYA 4IPIA 1WBJA 1MSSA 4Y8FA 1ZENA 2VKZG 1B4EA 4AB4A 2HS8A 2E5BA 3IIVA 3W73A 4UR8A 1ZCOA 3P5YA 3ELFA 4Z08A 5C55A 1H5YA 3N2XA 3W88A 4LW7A 3KVJA 1H7PA 1QPOA 3LGEA 1O4UA 3W7QA 3RNDA 1RZMA 3Q2DA 5TQLA 3NPUA 4XWUA 1I2QA 4OHQA 5D2YA 5HR6A 2C15A 3GNNA 4AH7A 1GWJA 3DBPA 1RR2A 4NNBA 4QIUA 3W7EA 3UY8A 1EA0A 1VR6A 1W54A 4YCPA 3LI0A 3QMTA 4JTUA 1GPWA 1V5XA 1I4NA 4P61A 3BW3A 3TXVA 5BW6A 1LP6A 2A6LA 5H91A 4MZ8A 3SSJA 2ISVA 4PL2A 5EMUA 2AAMA 2XN2A 4L4MA 1JCYA 3IGXA 3PULA 4MLJA 1F6KA 4C1KA 5FEWA 5BMXA 5J5RA 1T0OA 1QDSA 5FI8A 3LHYA 1WQ5A 3O63A 4LTSA 1TTIA 2OT0A 1P0KA 4IMGA 4O57A 1A5BA 1G6CA 3IV3A 1UUMA 4MZYA 3GKAA 1VCVA 4ADTA 3W1PA 4O18A 4WXZA 5KSWA 3S42A 4D2JA 4MYXA 3N14A 3P74A 4M5PA 3PWAA 1UJPA 1LDCA 5AHIA 1W3TA 4DBEA 2ZFAA 2X2GA 2QAFA 2XN1A 2E6AA 5CPNA 2Z0IA 5FF0A 1L6WA 2V30A 4JTLA 4CQ9A 1FWRA 1OFEA 1LOLA 4AVFA 4UFMA 3Q94A 3GDTA 2BWGA 4GC4A 2Y7EA 1SZNA 3CIWA 3G0SA 4JTKA 1LORA 3G24A 2QAPA 1IXOA 1ICPA 4MJMA 3PB0A 3O15A 5AN7A 2BXVA 5D32A 1R30A 3M1ZA 2ZDRA 4CNPA 4EF8A 3NQCA 4M7SA 4TO8A 3ATYA 4E38A 3I6RA 4IXHA 3MI6A 3M16A 2WSRA 1DJNA 1LZOA 2EF9A 1H62A 3W7IA 5ABTA 3B8DA 1IXPA 3MO7A 3TFXA 2O7QA 4DO4A 4O10A 4Z0SA 4OU1A 4J9JA 1YTDA 3FJLA 2HTMA 1TPUA 1GVFA 4AF0A 4QJ1A 5G4WA 3O8AA 2J9YA 1IGSA 1XKYA 4NXSA 4QNEA 4PA8A 1G69A 3NQ2A 3UY7A 1VJIA 3JRKA 1K7FA 4JTHA 2ZZ5A 1ME8A 4NZJA 1FQ0A 1VCFA 4O19A 1OX4B 2WJZA 4OGZA 3W7LA 1SW3A 4X3ZA 1YTEA 3UZ5A 2OMAA 3DFNA 1LLZA 5F4WA 1TIMA 3W2UA 5D2XA 4LWWA 3VNDA 1KV8A 3FYPA 3PR2A 2A1YA 4HNUA 3TA6A 3EKZA 2FB3A 4ICNA 3TSMA 4JTTA 1W3IA 3W1QA 4TIMA 2X30A 4QITA 4JTSA 1ME9A 5AYYA 3WFAA 2YX0A 1G67A 1OX5A 1H63A 1OYBA 4HPXA 3O05A 5LHFA 3UWUA 1RD5A 3PAJA 4C1LA 1K7XA 3MUXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3TMLA

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Chord Diagram

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