3TR2 | Genus

Total Genus 66

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	66
sequence length	229
structure length	219
Chain Sequence	DPKVIVAIDAGTVEQARAQINPLTPELCHLKIGSILFTRYGPAFVEELMQKGYRIFLDLKFYDIPQTVAGACRAVAELGVWMMNIHISGGRTMMETVVNALQSITLKEKPLLIGVTILTSLDGSDLKTLGIQEKVPDIVCRMATLAKSAGLDGVVCSAQEAALLRKQFDRNFLLVTPGIRRVMTPRAAIQAGSDYLVIGRPITQSTDPLKALEAIDKDI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8800804062132177__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8800804062132177__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3TR2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8800804062132177__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8800804062132177","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3TR2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8800804062132177__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Coxiella burnetii
publication title	Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	66
structure length	219
sequence length	229
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-09-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3tr2A00

1G4SA 4DXVA 4UTHA 3BG3A 3T78A 3O63A 5BOOA 1OF6A 3T7VA 1FWTA 2DZUA 3ANYA 2A7NA 1VPXA 1OK6A 3C6CA 2DZVA 1EX5A 3HF3A 3W74A 1AL8A 2QJIA 4PTNA 1EEPA 4YMZA 4JY9A 5AC7A 3LHZA 3LXAA 4O52A 4XKYB 2OT1A 4LVAA 1XCFA 6TIMA 1TCDA 5HQEA 4BI7A 4WD0A 1XUUA 1KBJA 3MMTA 2C16A 1G4EA 2QCDB 4TIMA 4UFLA 3NQ7A 1JUKA 3PWAA 4BWLA 1KTCA 4L4LA 4WOZA 3LTSA 2B0MA 1G4TA 1O95A 1F76A 4HNTA 3UZ5A 1UUOA 2WSQA 3NR0A 3IIOA 3NEVA 5DBTA 1YXDA 1F5ZA 1SR9A 1LRNA 3P5ZA 3M41A 1LLZA 5FEWA 1VCFA 4HKPA 4GUJA 1NAL1 4AHOA 1X8FA 5LNVA 1D9EA 1SW7A 4DO5A 2H3BA 2W6RA 4JEQA 3W2MA 7TIMA 1TQJA 4MJMA 4OT7A 1LOQA 4XTDA 2HTMA 4ZQCA 1YTKA 1FX6A 4O16A 3MUXA 5D2XA 4CLMA 1ML1A 2QAPA 5FESA 2VEIA 3FJ6A 1OFOA 4O12A 4Y90A 1OHLA 4UMBA 4ZQOA 2QF7A 1I2PA 2HS6A 3UPBA 1RZMA 3A5VA 3O6YX 3WJZA 2NX1A 1WOAA 1W3IA 3LHWA 4D2JA 4S1FA 1VRDA 3OG3A 1JCLA 2NUXA 3S1VA 2Z1BA 4BI6A 3LGEA 3L9CA 3M44A 4ZQMA 2AQWA 3HG4A 4O57A 1C8VA 3CWNA 3GYEA 3FOKA 1MSSA 3DHDA 1KLZA 3I7SA 3UD6A 4RJEA 1XDLA 3MP4A 2B7OA 5HR6A 4GJ1A 4K8HA 3NQCA 4IPJA 2Q8ZA 2C13A 3M5XA 3CB8A 4QAIA 1LBLA 2J6XA 3ELFA 4QNWA 4FX7A 1H1ZA 4QQ3A 4RZ4A 3TW7A 5TBOA 1THFD 2ZA2A 5KINA 2J27A 3ABSA 3PUDA 1GTHA 3EB2A 5FF7A 1QAPA 1HG3A 4JGDA 1KFEA 2ZA3A 3LRLA 3FIGA 4EWND 2WNZA 4MLRA 2X1UA 4O10A 1I2OA 3MYPA 1FWRA 5DELA 1QFEA 3BW3A 1ME8A 4LUJA 4K6AA 1ME9A 2DP3A 2G97A 3MWAA 1P1XA 4GUHA 1R2TA 3P5YA 4Y9AA 1DV7A 1M5WA 1H1YA 2Z0IA 2Y85A 3QEZA 4O50A 1YXCA 4DEFA 5DN1A 4AHPA 3W2NA 1UUMA 1O60A 1QOPA 2YFNA 1DBTA 3W2KA 3L67A 1H50A 4Z1AA 1H7RA 4I7VA 1L6YA 1WAUA 5AYXA 3DKLA 4JTTA 3S5NA 4WXYA 3G8RA 1W5PA 4UFHA 4S2BA 4LS2A 3W7GA 2YR1A 3SJ3A 5U7SA 2RDUA 2CU0A 1W37A 1K8XA 4QIUA 2X1RA 4LS0A 4POCA 3KXQA 2ZTJA 4XBKA 4NUWA 5F4WA 3W72A 4EVZA 4KWWA 2YYTA 2VFFA 1IF2A 3TAOA 1BEUA 1KTNA 4IX2A 5CPMA 3W7PA 2YW4A 5K7JA 3FA5A 4NT0A 3DFSA 1P0NA 2NLIA 4FF7A 4NX5A 5F2LA 4PL1A 4IX0A 2CLLA 1F05A 1G6CA 2XN0A 3GDKA 1OX4A 4X22A 4RK8A 3QFEA 4N02A 4MY1A 3LCFA 1PCWA 3W1NA 4KFNA 3HGSA 2I9EA 4O1DA 4RXGA 2EGZA 5K2ZA 3G1YA 1ZALA 2HS8A 4TR9A 2A2IA 1VH7A 4CCEA 2EHHA 1IXQA 2YZRA 2QAFA 2ZZ2A 5D04C 4A22A 3GAYA 1NVMA 4FXRA 1TV8A 5FF4A 3WJSA 4IQLA 4DBEA 1S5VA 2ZYFA 1KFBA 3G0UA 3W83A 3N2MA 4RLIA 5EKYA 1D3HA 1YPIA 4HIBA 1TB3A 2BX7A 1HFBA 4IMDA 3STFA 5AHEA 1HTIA 4JXCA 5K4XA 3S8HA 2YFOA 5AC8A 1I2QA 4H3DA 3N19B 3W7RA 1NEYA 1UB3A 2X1SA 3HGOA 2ATSA 1L2UA 5AHMA 3LM7A 3L5LA 2CWNA 4QSHA 1K7FA 3BLFA 5HUOA 4UMCA 4JTEA 1NSJA 1GVFA 5F4XA 2QCHA 3T40A 1QCWA 1YXYA 3A23A 5AHFA 1VHCA 1LROA 1XI3A 1OFBA 5I3HA 1QNVA 4AHQA 2BWGA 1FDJA 1VLWA 1TV5A 1TSIA 3PY2A 1GVRA 4ORIA 5BRBA 3DHFA 3ZS4A 4GUFA 2ZA1A 3H54A 3C52A 1JJKA 3VKJA 2H3DA 1VC4A 5MHBA 2JGQA 3P84A 2QDHA 2E68A 3IV3A 4ZZ9A 4HNVA 3HO8A 5C2XA 3E0IA 4OE7A 4H4IA 3NXFA 3C2VA 4NU7A 5BMWA 2A7RA 5F1UA 2ZRVA 4O17A 4JYDA 3G1SA 4OBTA 3PC0A 5D33A 1MXSA 2GQ8A 4LOCA 3M5ZA 2FQIA 3SR7A 1FCBA 4EOUA 2R94A 5FEXA 3MBDA 1PL9A 2VFIA 4AMAA 2V9DA 5AOUA 2CLIA 3W6YA 1DOSA 2JKEA 4RR4A 5BNKA 1VLIA 2Y70A 3NM1A 5LKYA 3W85A 2WNNA 1IXNA 1JRCA 4AAJA 4ZL1A 4K8EA 1B57A 3T44A 1FXPA 1Q6LA 1UASA 1QOQA 1S3HA 4WUIA 4O13A 1JCXA 5KZEA 3NQGA 4HNUA 5AFDA 1KFJA 1CX9A 4K38A 4LTSA 5K9XA 3EXRA 3BG5A 2V81A 2G5WA 2Y7FA 3M43A 4CNOA 4WZHA 2C14A 3QRHA 3I65A 1H5YA 3PM6A 1X1ZA 3PS7A 4GUIA 4WY0F 1B4KA 4EF8A 3GVGA 5EL1A 1XFBA 3JS3A 1EA0A 1SSGA 3HBLA 4BI5A 1XXXA 3W7CA 3C2OA 1O5XA 3C4UA 3OVQA 3TR2A 2CZEA 1MO0A 1Z41A 3G0XA 5D37A 4M7SA 1YADA 3TROA 1YDNA 5G1YA 3LERA 1Q6OA 3OBKA 4Z1CA 3STCA 1L6WA 3N73A 3B0VC 4NJJA 5J5DA 1ADOA 3W88A 1TPUA 3NO5A 1A50A 4M6VA 5D2TA 3MP5A 3GKFA 4AF0A 1GG1A 2CLKA 4AWSA 2V5BA 3P62A 3HGRA 4UXDA 4BR1A 1O4UA 3S5YA 3CT7A 1TIMA 4GE8A 4O4WA 2WV8A 3GX9A 4JYFA 4L4MA 1VQTA 4LC6A 3NGJA 4IWWA 4WXZA 2YX0A 4X3ZA 4MVAA 2ALDA 3T55A 1ONRA 3B03A 1P0KA 4JR5A 1W1ZA 2A7PA 4QNEA 4BF9A 3MBFA 2NX3A 1TQXA 4O1AA 3RLUA 4FHAA 3QPYA 4O4VA 3WJXA 5ABTA 2WKJA 4M19A 1OFQA 3P74A 1TPB1 3USBA 4MFEA 1HL2A 2C3ZA 4E38A 1Z44A 3QQ0A 2QEZA 4FNTA 1QPNA 5D30A 3F4WA 4OWGA 1QO5A 4K7VA 4ALDA 1OG0A 1VS1A 4GUGA 4UFJA 1KM0A 2B4GA 1H63A 2GVGA 1OYCA 4NX0A 3A5FA 4NVTA 2YSWA 1FUYA 3UPWA 3FS2A 3IIVA 3CIXA 1H7OA 3KOFA 4N4QA 4JIQA 3SECA 1TRIA 1ZENA 3LV6A 1H7XA 1K7EA 1VYRA 2A1YA 3N9SA 1ZNNA 1KA9F 5J5RA 5EPDA 4TO8A 2DJXA 1TTQA 5IM51 3W7IA 1NF0A 3M6YA 3P8IA 5C5YA 4A3UA 5AHNA 4Q4KA 1LRQA 3TKFA 3NPXA 3G1VA 1XBXA 4ZVJA 4KWVA 4JTSA 4H6KA 2B7PA 4PH6A 4AB4A 1VR6A 3GLCA 2ZRWA 1FBAA 2V30A 5DXYA 1RQBA 1XM3A 3GDMA 1Q6QA 1QPQA 4AH7A 4MZYA 1H7NA 1GTEA 4M6QA 3G3DA 3PULA 3FYOA 3W22A 4FNQA 3CIWA 3F1QA 1KBIA 2QJHA 3P60A 1X6UA 3G1XA 1TRDA 1TTPA 3UXDA 5K4ZA 3EWBX 1PE1A 2C15A 3CM4A 3MI6A 4Z0SA 3LX9A 1CW2A 2VXNA 1P5BA 3N9RA 2QR6A 1JCYA 3VNDA 1G69A 1XUZA 3O05A 1ME7A 1K8YA 1W5OA 4MUZA 1WX0A 1G7VA 1DJQA 1Q6RA 3W1AA 1JULA 5D09A 1ZFJA 4FNUA 4DF2A 4ADUA 5L6UA 3EKZA 4CNPA 3W86A 4IGHA 4AEOA 5HR7A 1R47A 1L6SA 3PBUA 3S1UA 2ISVA 4RX0A 1Q45A 4UIOA 1SO5A 2EF9A 3M5VA 5G1TA 3BO9A 3BK0A 4O0ZA 5LHFA 3BLEA 1F73A 5LSMA 2Y88A 1T8XA 1WYIA 5G2HA 3CLMA 2GUUA 3W7KA 3WK0A 3PBVA 4MIMA 2A6LA 2PC4A 1S5TA 3LXCA 1T0OA 3QSTA 2TMDA 3QW4B 2J9XA 3O07A 1QWGA 3NQDA 2NWRA 3L68A 4MLJA 1EB3A 2JKAA 2DU2A 5KZMA 5F4SA 4PFMA 2PRMA 3G8EA 3U8GA 3IEBA 1KV5A 5G4WA 1AW1A 2QCFA 2QUVA 2VC6A 3W7DA 4XKYA 2ZBTA 3NOEA 3GXNA 1LBFA 4QJ1A 5G4EA 1SFLA 2ZQ0A 5FEPA 5FI8A 3TV8A 4O53A 3OIXA 2B7QA 4FB7A 3O15A 2QCDA 1EUAA 3L65A 3W3OA 1D3GA 2BSLA 3M16A 4EIVA 1YLVA 4TMBA 3EWXA 3W2UA 2WO5A 3EWWA 5EBUA 3A22A 4E0CA 1K7XA 3HGJA 3P81A 1TPDA 3W1XA 3TUUA 3N2XA 3E9AA 3G1AA 3JR2A 3KVKA 2NZLA 5KMYA 2QCLA 4YLWA 1ZHAA 2XN1A 2FPTA 1K03A 2KZHA 3C0JA 4MZ1A 3DENA 4WY0A 4X2RA 5GVJA 3B06A 1OFPA 2NXIA 3S9YA 2DZTA 4N6EA 2Q8LA 2WJZA 4EF9A 4AVFA 5U4NA 3G24A 4BK9A 1OK4A 3TX9A 1C29A 4LY8A 5EA9A 3TSMA 3EX4A 1DORA 3ZR4A 1ZAIA 4WOQA 3L2IA 1WA3A 1WDWA 3LTPA 3C61A 4UNLA 1VJIA 4FIRA 1QDSA 4LVFA 1LTDA 3C3NA 1GVOA 3W23A 4YXGA 2YCEA 3CPRA 1W3NA 3B8DA 3PR2A 1YPFA 3QPZA 2CZFA 4NXKA 1GVQA 3W7EA 4J9JA 1SZEA 1RPXA 3CHVA 2Y7DA 2FFCA 1N8FA 5LNUA 3GKAA 1OFDA 8TIMA 2ZRYA 3L66A 1GOXA 4LV9A 2ATMA 5AN7A 3MI3A 1W5MA 1A5BA 3NQEA 2WSRA 3PF3A 4MY9A 2C19A 1F6PA 5CZJA 1OF8A 1MEHA 3PAJA 4UCGA 1M7OA 1P4CA 4UFIA 4OV9A 4NZJA 3TXVA 2Z6JA 3A24A 4UTWA 4B5NA 1SQ7A 3U6WA 3PUOA 1AK5A 1SO3A 1OABA 4IMGA 5K9DA 1WBHA 3O6DA 2ZRZA 3GR7A 4NJKA 5G5IA 3N34A 2W0UA 3RFAA 1SZGA 2X30A 3QJAA 3KAOA 1CI1A 1YTEA 4JTIA 3TCEA 3QH2A 5HWNA 2X1TA 5LNRA 3CTLA 4M5PA 2RDTA 3DH7A 2IQTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3TR2A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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