3TSD | Genus

Total Genus 132

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	132
sequence length	477
structure length	442
Chain Sequence	QSNAMWESKFVKEGLTFDDVLLVPAKSDVLPREVSVKTVLSESLQLNIPLISAGMDTVTEADMAIAMARQGGLGIIHKNMSIEQQAEQVDKVKRSESGVISDPFFLTPEHQVYDAEHLMGKYRISGVPVVNNLDERKLVGIITNRDMRFIQDYSIKISDVMKEQLITAPVGTTLSEAEKILQKYKIEKLPLVDNNGVLQGLITIKDIEKVIEFPNSAKDKQGRLLVGAAVGVTADAMTRIDALVKASVDAIVLDTAHGHSQGVIDKVKEVRAKYPSLNIIAGNVATAEATKALIEAGANVVKVGIGPGSICTTRVVAGVGVPQLTAVYDCATEARKHGIPVIADGGIKYSGDMVKALAAGAHVVMLGSMFAGVAESPGERQFKVYRGEGRVPYKGPLADTVHQLVGGLRAGMGYCGAQDLEFLRENAQFIRMSGAGLLESHP

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9386700185676724__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9386700185676724__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3TSD/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9386700185676724__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9386700185676724","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3TSD/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9386700185676724__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d031d2a82f5e466974b92d8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d031d2a82f5e466974b92d8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d031d2a82f5e466974b92d8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d031d2a82f5e466974b92d8/pdb.gz): 121 ms

reading 442 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

442 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 29 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:441});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Bacillus anthracis
publication title	Bacillus anthracis inosine 5'-monophosphate dehydrogenase in action: the first bacterial series of structures of phosphate ion-, substrate-, and product-bound complexes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
total genus	132
structure length	442
sequence length	477
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.1.1.205: IMP dehydrogenase.
pdb deposition date	2011-09-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00478	IMPDH	IMP dehydrogenase / GMP reductase domain
A	PF00571	CBS	CBS domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3tsdA00

2FDSA 2E77A 1LORA 2Y63A 5LKYA 3MI2A 3M47A 1QNVA 2NX9A 1KM0A 3B0UX 3MHFA 1JR1A 2NX3A 2JKAA 3HIJA 4ZMGA 3WK3A 4H3DA 4K37A 1NEYA 3LTYA 1HO4A 3FIGA 4CCDA 1OVDA 4I7WA 4J9JA 1KM4A 2RFGA 1XCFA 2V2CA 3IIOA 1Z48A 4JTFA 5A5WA 1R46A 4FHAA 3GR7A 4WXYA 3BPWA 4POCA 4N6EA 2E6FA 2P0OA 4UMAA 4MUZA 2EKCA 4NNAA 4NJIA 4UTWA 3NQ6A 1DKWA 4HN4A 3EWXA 1XUUA 4X9SA 1U5JA 3E9AA 4IMDA 4JTSA 1KLZA 1LRNA 4O1CA 3QYQA 2YX0A 1FBAA 3BG5A 2YZRA 2DZVA 5LNVA 3UZ5A 4U4MA 1XC4A 2RDWA 3FLUA 5D38A 4C1KA 4AMAA 2VFDA 3S0CA 2B7QA 3W2JA 4RCXA 4GJ1A 4Q32A 2NLIA 4PL2A 3OVQA 5AHLA 5C5YA 3H53A 4ZQOA 1T96A 1N7KA 4DEFA 4Z1AA 1ML1A 2NXIA 2Y88A 2QCDA 3FA5A 2G96A 3QMSA 4DBDA 3PY2A 1LBFA 4ZQMA 3R13A 4KKXA 5D2VA 1JQXA 1XXXA 2RKXA 3GAKA 4JTGA 4Q4KA 1TRDA 3UWYA 3B0PA 4FEZA 5CSSA 3QPZA 3W2LA 3FJ6A 4IX0A 1JRCA 4RLIA 2V2DA 2ZQ0A 3IIPA 3N9RA 1QOQA 1I2PA 2ATMA 1ZNNA 1OFQA 3LV5A 4FX7A 4IOTA 1QAPA 3BGGA 5F4SA 4FX6M 5C6MA 1X8FA 4UCGA 4ML9A 4DO6A 1BWKA 1QPOA 3KAOA 4A2RA 5F2MA 2J88A 1RVGA 3O07A 4LNYA 1UUMA 3TW7A 4O53A 3R12A 3QPYA 3W1NA 4BI7A 1YXYA 2WNNA 3TROA 4FXRA 1AK5A 1CI1A 3HQ1A 3O6DA 4QM1A 1SW3A 5FESA 1LP6A 1W3NA 2B0MA 4O50A 1FCQA 3G1DA 5HWNA 3G1HA 3M41A 3I7RA 1M7PA 5HR6A 4Y9AA 2WKJA 3T40A 3TCEA 2CWNA 3DI0A 4OQVA 1F6KA 3KRSA 1GTEA 3I7SA 1OABA 4YCPA 4ALDA 1EEPA 3CQ0A 1X7FA 1PS9A 4UMCA 4X3ZA 1KFCA 2X16A 1B4KA 2F84A 1R2TA 2TMDA 5BMXA 5BW6A 3A24A 4MZYA 3DU0A 3UWUA 3TFCA 4N9DA 4NZFA 3LV6A 3LXBA 3BARA 4K38A 4O12A 5AHEA 2FPYA 2CFFA 2J9YA 3B03A 1SR9A 3RK8A 3QM3A 1SO4A 1QPRA 1ADOA 4NJKA 4O28A 3R89A 2E6AA 2QAFA 5T26A 5FF0A 2X1TA 1EWEA 1LLWA 4LC6A 4N02A 2ZZ7A 2Y85A 4CQ8A 4Y90A 5CPNA 3MHUA 2QKFA 1KTNA 2CLOA 4UFKA 2PC4A 1A5CA 5KITA 2PURA 3CB8A 4AWSA 4ADSA 4I7VA 4UIOA 4UTIA 2Y62A 3GB6A 2CLLA 3LLDA 4OE7A 1KFEA 1T0OA 4N2YA 1TYGA 1I8JA 5D33A 5HNRA 1SZFA 2ALDA 3C2EA 4JTLA 1SO3A 1FXQA 3NQ7A 4OBTA 1TJRA 1MSSA 5C55A 4LVGA 4JDBA 4Z08A 3UY7A 4K8EA 4GUHA 1JQVA 4O11A 3I7QA 5U4NA 5HUOA 4JEQA 3TH6A 5LSMA 3E49A 2V82A 3N19B 3WJYA 1SFLA 2QCNA 1CX9A 1G4TA 2CZ5A 2VC6A 3LCFA 1JUKA 2ZDRA 3W6YA 3O06A 1F5ZA 2Y7FA 3W85A 1Q6OA 1H5YA 2QDGA 3DFTA 1DHPA 2Q8LA 1SFJA 2QCFA 4DPQA 3S6DA 2C19A 1G4SA 3LI1A 3FKKA 3TX9A 3P67A 3TK7A 3GZ3A 2CLIA 4HNVA 5BNKA 4LVAA 3CU2A 2Z1BA 4R53A 4OT7A 3W7HA 1AL8A 2Z6JA 2Q3RA 3NL5A 4RX0A 3LCWA 1EP2A 1CW2A 1H50A 4A29A 1GVQA 2YXGA 3ABQA 3IVTA 3NQDA 4Z1CA 2YR1A 3NQFA 6ALDA 1UB3A 2J6XA 2WSRA 4WJEA 4MJMA 5DN1A 1X6UA 3SJ3A 1XDLA 1VCGA 3QF0A 2TPSA 2PRMA 5EBUA 2VEPA 2LLEA 4WZHA 1WOBA 1TV8A 3EX6A 3RF9A 3SFKA 2DJLA 2XN1A 1FDJA 1THFD 2ZZ6A 2W79A 1QCWA 4KFOA 3B0VC 5AYYA 1KBJA 2RHGA 5DBTA 2QUTA 2ZFAA 1XBXA 2WQPA 3O6YX 3WJXA 1DJNA 3W2KA 2EGZA 1GG1A 2ZTKA 3DFPA 3W23A 3W7IA 1XFBA 2V81A 1SQ7A 1B57A 4HSOA 4UNLA 1G69A 1Q6LA 3HB9A 4FNPA 1H1YA 1LTDA 3NZRA 2Y7GA 4NJGA 2A6NA 1OF6A 2JKPA 2ZCGA 1I4NA 3BW3A 3DAQA 4JX4A 1B4EA 3AJXA 5CGQA 5D02A 1EX5A 4O17A 1F73A 3LHVA 1LYXA 4WD0A 4N9EA 1TPUA 3MP3A 1AL7A 4H4IA 2I14A 3KFTA 4LVDA 1OX5A 1VQTA 5TQLA 3G1YA 2G95A 2JKEA 1TQXA 2X2GA 3F03K 4NJHA 3S5ZA 3QQ1A 1UCWA 5DXYA 1TPH1 3UYCA 3TSMA 1O60A 4NX0A 3W1TA 4CNNA 5AYXA 4B5NA 1KW1A 3L2IA 1NVMA 4JXCA 3M44A 1LOLA 1VJIA 1TREA 3O16A 4P2VA 1VCFA 1OX4A 2RDUA 2EAWA 3SW6A 3LTSA 1W37A 1H61A 1VHNA 3BK0A 5HQEA 2BSLA 3W72A 4MLRA 4EIVA 3W7PA 1ZAJA 3EXRA 3MMTA 4HHPA 2VFIA 4PEKA 1EPXA 1FQ0A 1VCVA 4O54A 3MI3A 5CSRA 5F2GA 3LHUA 3G24A 5U7SA 5AYZA 1H63A 1BWLA 3P80A 4MZ8A 1QPNA 1A53A 4UUIA 5AHFA 1LOQA 4OV4A 5DY2A 3G1AA 4UTUA 4CNPA 1G4PA 1R2RA 1W3TA 3O6CA 1EP1A 5FEWA 3WK0A 4UNKA 4MLJA 3GDMA 3GR8A 4XTDA 1F6PA 3O1NA 3PG8A 3EKLA 1FDZA 3LRMA 4JYEA 5K4ZA 4MY9A 1W5MA 2Z6IA 3NAVA 4LT9A 2GQ8A 3IGSA 1G7VA 4H6KA 3M43A 4JY9A 1K03A 3HGRA 3DHFA 4JR5A 4M6VA 2NUWA 1FXPA 1SZGA 1O5KA 4HSNA 3GDRA 3UQNA 3NL6A 3N2XA 2A1YA 1IXPA 1ME9A 2A7RA 4JTIA 1PVNA 5EA9A 3HGOA 4FNTA 5FI8A 1WBJA 2FJKA 3S8HA 5D2TA 4WY0F 1VGAA 5EMUA 3NL2A 1QWGA 2FIQA 3PUEA 2QCMA 1XKYA 1NF7A 5CZ0A 2DJXA 5K9CA 3CIXA 4HNUA 1RD5A 5D05A 1GVFA 2QCHA 3QRHA 1DOSA 1TPFA 3CT7A 4JX5A 1MEHA 1GT8A 2DZWA 3NQ2A 4DF0A 4ZQCA 2GJLA 2ZRUA 4ZVJA 4Z1BA 3NO5A 2NUXA 2J9ZA 2OT1A 3C56A 2CZDA 2A21A 3O8AA 4PODA 3NPWA 4ADUA 2VFGA 4M6QA 4NZJA 1XBZA 2QCLA 1TPEA 3A9IA 4HPJA 4AF0B 4LVFA 1B9BA 1GQNA 1TQJA 3PR2A 4GUFA 4DPPA 3MHGA 1SO5A 1LZOA 1PE1A 3NGJA 3LM7A 4LW7A 3RLVA 4JTJA 1FUYA 1QFEA 3BLIA 3MP5A 5I3IA 5G4EA 4MYXA 2UV8G 1TIMA 3BV4A 1DJQA 3W76A 3M5XA 2C16A 4RR4A 1OG0A 3T44A 3PUOA 2PRLA 3VNDA 5FF3A 3LHWA 3G18A 3IIXA 4EWND 3G0UA 4LRTA 1HUVA 2C14A 3L67A 1QMLA 4IMEA 1K7XA 4E2BA 3DZ1A 3PWAA 2X1UA 1TJPA 1YXDA 3ANYA 2FFCA 1C29A 2Y61A 4AHOA 4FXSA 2I9EA 3WK2A 1UUOA 1H51A 3GNNA 1OYCA 1JVNA 1Z44A 3KVLA 2EF9A 3GXTA 3KX6A 2ZTJA 3TC6A 1MEWA 5AOUA 5HWJA 1TTPA 4KWWA 3O15A 4ORMA 3LRKA 3W1LA 2ZRWA 4UTJA 4FB7A 3P84A 2TSYA 2ZZ4A 4IMFA 5G2HA 5CPOA 1C9DA 3A21A 4UR7A 4CLMA 3LI0A 3TJXA 4CCEA 3JRKA 1U83A 4NQ1A 3L9CA 4PCFA 3SGUA 3STEA 5HULA 2B7PA 5AC7A 1WAUA 1V7YA 5L6UA 3WK1A 1I45A 3EKZA 4QITA 5GVJA 3WJSA 3QSTA 1GYLA 4O8RA 2QF7A 1F74A 3TQKA 3TJLA 1ALDA 1I2OA 1ME8A 3N73A 4TIMA 3DH7A 2VFHA 1LROA 3KVMA 4QQ3A 5D2XA 4S1FA 2BTMA 3LXCA 1RR2A 4LV4A 2Y89A 2C0AA 4XKYA 1OFBA 2CZFA 3TDFA 1DV7A 4TU1A 5I3FA 5CG7A 2C6QA 2E68A 3THAA 3G1XA 4MY1A 3HMJG 5FF7A 5DY3A 2ATSA 3GDLA 4L4MA 1H7WA 3MW7A 4X2RA 3UZJA 1BEUA 3PB0A 3FYOA 5F1VA 3KVKA 1TV5A 3QMTA 3OBKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5CPQ A;  4PTX A;  4AVN A;  4BF9 A;  4A8I A;  1KC7 A;  1XYF A;  2YW4 A;  4PTW A;  3S42 A;  1W0M A;  2Q01 A;  3OBA A;  4CU6 A;  2DW7 A;  4RNF A;  3AMG A;  2HXU A;  1WDQ A;  4I6V A;  4FLO A;  3WLQ A;  5DCB A;  1R86 A;  1BFN A;  3CWH A;  1Q63 A;  1V7A A;  5JVL A;  3QR3 A;  4M29 A;  4K1W A;  1UOK A;  3VOC A;  4WKA A;  5CSU A;  3CUX A;  2VJX A;  4BF7 A;  5LIK X;  5BU6 A;  1TKK A;  2G3N A;  2G0W A;  4PR4 A;  2KX9 A;  1EDT A;  3V75 A;  2G5W A;  4ZQN A;  5FIP A;  4C6N A;  4GZI A;  2NT1 A;  4NL1 A;  1QXL A;  5D30 A;  2J66 A;  3NPV A;  2ISV A;  5DLC A;  1DJH A;  3WML A;  2DH3 A;  4EP8 C;  4H04 A;  3UJE A;  3HMC A;  3KZP A;  2J9X A;  1ISW A;  1YPF A;  1X98 A;  5EMY A;  5A2C A;  1AQ0 A;  3JVA A;  2VP8 A;  3REQ A;  1JZ7 A;  4G56 A;  5FA5 A;  1BSL A;  5ABF B;  4A8R A;  4M5P A;  2GVJ A;  3ART A;  3KW3 A;  4AWU A;  3C0Q A;  3OZY A;  5B7Z A;  4PMQ A;  2XFY A;  1G7U A;  1Y65 A;  3LHY A;  4FNR A;  4O0Q A;  2E8Z A;  1R3V A;  3T55 A;  4LFY A;  5E1Q A;  2F2H A;  4K7Y A;  4TMC A;  5F1U A;  1M7J A;  4JDY A;  1QDS A;  3AS1 A;  4L4L A;  2WSQ A;  1SUX A;  4Y96 A;  3CV2 A;  4D9P A;  2VEL A;  3BOF A;  4GYK A;  3EMC A;  1JDE A;  2GGG A;  4LSB A;  2BXV A;  1RSC A;  2QQ6 A;  1M65 A;  3ARV A;  4DBW A;  4AF0 A;  3R0U A;  4TR9 A;  4GWE A;  3BUV A;  3A12 A;  1O94 A;  3ONB A;  5FF2 A;  5IDI A;  1J6P A;  4XZ9 A;  3RHG A;  2ZOX A;  2GYI A;  3NVD A;  1CPU A;  2C18 A;  3MUY 1;  4UQB A;  4HNC A;  4GXW A;  1JRB A;  2PE4 A;  4PCP A;  3W02 A;  5LXX A;  4V15 A;  2Z1W A;  4CVW A;  2F7F A;  3QMR A;  1LT7 A;  1XIJ A;  4DO7 A;  3WD0 A;  3UJF A;  2IQT A;  2AAM A;  3NR0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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 1XXX A;  2RKX A;  3GAK A;  4JTG A;  4Q4K A;  1TRD A;  3UWY A;  3B0P A;  4FEZ A;  5CSS A;  3QPZ A;  3W2L A;  3FJ6 A;  4IX0 A;  1JRC A;  4RLI A;  2V2D A;  2ZQ0 A;  3IIP A;  3N9R A;  1QOQ A;  1I2P A;  2ATM A;  1ZNN A;  1OFQ A;  3LV5 A;  4FX7 A;  4IOT A;  1QAP A;  3BGG A;  5F4S A;  4FX6 M;  5C6M A;  1X8F A;  4UCG A;  4ML9 A;  4DO6 A;  1BWK A;  1QPO A;  3KAO A;  4A2R A;  5F2M A;  2J88 A;  1RVG A;  3O07 A;  4LNY A;  1UUM A;  3TW7 A;  4O53 A;  3R12 A;  3QPY A;  3W1N A;  4BI7 A;  1YXY A;  2WNN A;  3TRO A;  4FXR A;  1AK5 A;  1CI1 A;  3HQ1 A;  3O6D A;  4QM1 A;  1SW3 A;  5FES A;  1LP6 A;  1W3N A;  2B0M A;  4O50 A;  1FCQ A;  3G1D A;  5HWN A;  3G1H A;  3M41 A;  3I7R A;  1M7P A;  5HR6 A;  4Y9A A;  2WKJ A;  3T40 A;  3TCE A;  2CWN A;  3DI0 A;  4OQV A;  1F6K A;  3KRS A;  1GTE A;  3I7S A;  1OAB A;  4YCP A;  4ALD A;  1EEP A;  3CQ0 A;  1X7F A;  1PS9 A;  4UMC A;  4X3Z A;  1KFC A;  2X16 A;  1B4K A;  2F84 A;  1R2T A;  2TMD A;  5BMX A;  5BW6 A;  3A24 A;  4MZY A;  3DU0 A;  3UWU A;  3TFC A;  4N9D A;  4NZF A;  3LV6 A; 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3TSDA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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