3TSM | Genus

Total Genus 102

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	102
sequence length	261
structure length	261
Chain Sequence	DILRKIEAYKREEIAAAKARLALDELKARTRDQSAPRGFLKALEAKRAAGQFALIAEIKKASPSKGLIRPDFDPPALAKAYEEGGAACLSVLTDTPSFQGAPEFLTAARQACSLPALRKDFLFDPYQVYEARSWGADCILIIMASVDDDLAKELEDTAFALGMDALIEVHDEAEMERALKLSSRLLGVNNRNLRSFEVNLAVSERLAKMAPSDRLLVGESGIFTHEDCLRLEKSGIGTFLIGESLMRQHDVAAATRALLTG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of Indole-3-glycerol phosphate synthase from Brucella melitensis rcsb
molecule keywords	Indole-3-glycerol phosphate synthase
molecule tags	Lyase
source organism	Brucella melitensis
total genus	102
structure length	261
sequence length	261
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.48: Indole-3-glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2011-09-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00218	IGPS	Indole-3-glycerol phosphate synthase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3tsmA00

4JX6A 2DP3A 3HQ1A 2G97A 1FWTA 3OA3A 5G1TA 1IF2A 3PUOA 2VFIA 3QM3A 3NL2A 4ZQOA 2TMDA 1GQNA 1YXDA 3G8EA 4N02A 3HGOA 3B03A 3PC0A 3SR7A 3W7GA 5I3GA 2AAMA 1P1XA 2B7QA 1W54A 4UTWC 2Y89A 2ZA3A 4BI7A 2QCLA 1OF6A 3GK0A 4I7UA 2PE4A 1PV8A 4AHQA 4OV4A 3CIXA 5TBOA 1H63A 1R2TA 1OFDA 1TTQA 3L66A 5LNUA 4M6VA 3E02A 4D2JA 1FCBA 4LS1A 4UFJA 1W3NA 2NV2A 3QZEA 3C61A 4DF0A 1XBXA 4IMGA 4Y96A 3NVTA 5CPNA 5F1UA 3U8GA 2OZ0A 2V9DA 1TPC1 4RZ6A 3VE9A 4XZ9A 3DENA 3TMLA 3IVSA 1TMHA 4WXYA 2Q8LA 5LNWA 3G1HA 1KV8A 1SU5A 3DI0A 3TFCA 3GNNA 2PRMA 4GRSA 4N6FA 4QNWA 2CLMA 4C1LA 1GOXA 3UZ5A 3P80A 4IPJA 3H55A 4XQ6A 1KW1A 3EWZA 3PAJA 3LB0A 3GR7A 1BWLA 3T55A 3TDFA 1OFEA 3F03K 3NR0A 1TCDA 3VI2A 4EVZA 1Q3NA 3WK0A 5AC7A 2X1TA 2A6NA 4FX7A 1PIIA 4IQLA 2ISSA 5F4XA 1TPDA 3BARA 4FNSA 1EWDA 4MLJA 1TTJA 1C29A 5AB3A 3EWUA 4DBDA 1GEQA 2ZTJA 3CB8A 1W0MA 4NT0A 3HG5A 2Y7EA 4JNMA 5EKYA 4OT7A 1SPQA 5IBXA 1HFBA 1X1OA 2ZRZA 3GAKA 1EWEA 3GXTA 4UMBA 4JDBA 1L6WA 4U4MA 3TMQA 1A53A 1TPWA 1S5WA 3N73A 3HIJA 4WOZA 1K8ZA 1VQTA 3NA8A 1QAPA 3W2LA 2C14A 1GVSA 3THQA 3NQ7A 3LCFA 2V5LA 1OF8A 5EPDA 3LLFA 2NWRA 3TROA 3GX9A 1ZFJA 3S1WA 4JTIA 1QNVA 1R46A 1TPUA 3UXDA 3LHTA 2FQIA 2XN1A 3W7MA 4O1AA 1Z42A 3QPZA 4TU1A 1I2NA 3QF0A 4IXXA 4O10A 4K38A 3VE7A 1GT8A 2E5BA 1VLIA 1JUEA 3SGZA 1CX9A 2Y88A 1WBHA 2CLOA 5HUPA 1EUAA 4ADTA 5CZ0A 5EL1A 3L21A 2BWGA 3MBDA 1JCNA 1T0OA 1I2OA 3G1SA 3NGJA 3MO7A 1G67A 1I45A 1N55A 4AXKA 1KA9F 4O19A 5J5DA 3DKLA 2V0TA 3S8HA 1AG1O 1VJIA 3NQMA 4L4MA 4LS2A 2ZRUA 2A7NA 3R13A 5D2TA 3W85A 1AMKA 1TV8A 1YDNA 2C0AA 4HNUA 5DY3A 4E2DA 4Y6GA 1YXCA 3LGEA 3KX6A 4TIMA 5I3KA 3PBWA 3T44A 5DCDA 2GJLA 3E9AA 3UZJA 2YGYA 4NX5A 3T78A 1SSGA 4A29A 3G22A 3LDVA 1VC4A 2WSRA 3YPIA 2RDUA 1TRDA 2JKAA 4UTTC 2WPBA 3LXBA 1DHPA 1DBTA 2X2GA 4P2VA 4ZQRA 4RX0A 1TPVA 1XC4A 4FEZA 3FJ6A 1OFQA 5BOOA 4KWVA 4RKAA 3W7HA 5C54A 3C6CA 1PHWA 2BSLA 4IOTA 4WY0B 4PA8A 2DZTA 1QOPA 2XN2A 1ZAHA 2A7RA 1TPB1 1YPIA 4LOCA 3FKKA 4ZQCA 3STGA 3RNDA 3A21A 2VFEA 2ZZ4A 1W56A 1N8FA 2CZDA 3C2RA 1QOQA 4QQ3A 3W2JA 4E2BA 4BWLA 5FF2A 2RH9A 4O11A 3TQKA 4NJJA 2YX0A 3VNDA 3N9RA 3W76A 1UJPA 1JVNA 3EWWA 2ABAA 1RZMA 5LHFA 1F05A 3GR8A 4HHPA 3W87A 5AYXA 3TE9A 5DXYA 4R53A 1BEUA 1DQWA 1KM3A 4N9CA 4JX4A 4UCGA 1JCLA 4XBKA 2C18A 1K03A 3GAYA 5KSWA 1UB3A 2DZVA 3S5YA 5D2WA 1OFRA 3OVQA 4UFKA 3GDMA 4OGZA 1QPRA 3C2EA 1T96A 4PC8A 4RZ4A 1D3GA 4KFPA 3MHGA 3BVJA 2RDWA 4NUWA 1S5VA 3NQFA 3FOKA 2A85A 5K4ZA 1W5OA 5IBXC 2CLLA 2PC4A 5EY5A 5I3FA 1LTDA 1TQXA 1VCGA 2HS8A 1A5AA 1NEYA 3LCHA 3QQ0A 3W7IA 2X1RA 4UUIA 3TC7A 1DJQA 2QUVA 3TC6A 1L2UA 4WOQA 4OQVA 1JJKA 4WUIA 4KFNA 1VPXA 3CLMA 2B7OA 5DELA 4AWSA 5LGZA 1VZWA 1EIXA 8TIMA 1LP6A 3DHDA 4KFOA 4UNLA 3G1AA 3MI3A 2DU2A 4UNKA 3BG3A 1LYXA 3O05A 3WK1A 2FPYA 4AEOA 3W86A 2GVGA 4M7TA 3W7EA 3A23A 4BFAA 1NSJA 1YTEA 4ZVJA 3QH2A 5FEPA 3O63A 1O60A 4JYEA 5CSRA 5HULA 4IMEA 1W5PA 2ZRYA 2V2DA 3QSTA 3SFKA 3DZ1A 1YDVA 1KM5A 3NPWA 5TIMA 4S1FA 2CLKA 3C2VA 2JGYA 2Y7DA 1BTMA 2QJHA 5LNSA 2DJLA 4UMAA 2JK2A 3A24A 3PVFA 4P61A 2NV1A 3QSRA 3UXAA 5HJLA 4UTWA 4UFLA 1LBLA 3BW2A 4E38A 1K8YA 5LNVA 2ZZ3A 4IMFA 1DORA 4OHQA 4PFMA 3NPXA 3W6YA 4H4IA 1JQVA 3S6DA 5CGQA 3E12A 3PUEA 1EUNA 2CU0A 3NAVA 1HTIA 1H62A 3L9CA 4Y90A 3H54A 1DQXA 3UPWA 2FB2A 2ZCGA 3H53A 3W71A 4AHOA 4N9BA 1I8JA 5SWUA 1ZCOA 4UC5A 1XXXA 3QW3A 1U83A 2FDSA 1GWJA 4O4VA 4Z1CA 1ZAJA 3DFQA 5LKYA 3ABRA 3LXAA 1GYLA 3NXFA 3LCLA 4DO5A 5FF3A 4CNOA 3PS7A 4MPQA 3KXQA 1JQXA 1W5MA 1VHNA 2PRLA 3GIYA 2ZDRA 1XDLA 2V81A 4MZ8A 2YYUA 2H3BA 1IGSA 2F84A 3Q94A 4FIQA 2ZA2A 5HNRA 2QCFA 5AYYA 1GVQA 3JR2A 4I9AA 5HR6A 3C52A 1KFLA 1K3UA 3QMTA 2FLIA 3TXVA 1MEHA 3TQVA 4S2CA 3S42A 2J9ZA 3GKAA 4LTSA 2V8ZA 4JTSA 1A5SA 5F2GA 2VFFA 1GPWA 2PURA 4HNTA 1H5YA 5I3IA 1H7XA 3GB6A 3NQEA 3W70A 1H7PA 4LW7A 3N9SA 1FWNA 2X30A 4DPQA 1ME8A 3ZS4A 5D2YA 4A2RA 1Z41A 2TPSA 3W1AA 5DY2A 2F7FA 1QR7A 3EXSA 4JX5A 3LHWA 5FEZA 3U6WA 1F2JA 4JD4A 1WYIA 2ATSA 4LY8A 5C6MA 1PS9A 3TJLA 4ZQPA 5EA9A 4ORIA 3B05A 3IVUA 1NVMA 2DZPA 3M5XA 4LUJA 4FNTA 1K7XA 1XI3A 3DH7A 5G4WA 4XUGA 4JTFA 1THFD 3LBMA 1LOLA 1VLWA 4OBTA 1MXSA 1AL7A 5D32A 2CZEA 5DCEA 2Y62A 3TK7A 4MY1A 1GJPA 4HN4A 4Y9AA 3MHFA 1OFPA 2AGKA 3RMJA 1NF7A 2QEZA 3M16A 3DFSA 3PBVA 1SW7A 1D3HA 5MHBA 5AC8A 4GUIA 4QJ1A 3S5OA 3EWXA 4AAJA 3KVKA 4X9SA 3TSMA 3QQ1A 1W1ZA 4MOZA 3W1PA 1SO5A 1SO3A 1FDJA 3P5YA 1SZFA 1R47A 3UWVA 4JTUA 3FIGA 2EPHA 1JCJA 4DF2A 1KTBA 3LI1A 3FFSA 4TMCA 1FDZA 3CHVA 3NM3A 3OVRA 2ZZ6A 1SSDA 4WQ6A 4ALDA 2GVJA 4QITA 3CC1A 3R12A 1W37A 5G2HA 1G4TA 2B7NA 3L67A 4CCEA 3C2OA 3UY8A 1XM3A 3G1DA 3QMSA 1V5XA 4IJBA 3O16A 4JYDA 1YLVA 4N9DA 2QAPA 1GTEA 4KWWA 1GVRA 1MEWA 1HUVA 3UWZA 1RPXA 4GJ1A 3V1PA 4AVFA 3BW3A 2CW6A 4PEKA 2J9XA 3DFNA 3PBUA 3PUDA 5CSSA 2GOUA 3TU9A 3P62A 3RU6A 3LTPA 4HSOA 4UTTA 4POCA 3EXTA 2BXVA 3QFEA 1Q6RA 3NQ6A 3M44A 3Q2DA 4K8HA 4TX9A 4Z0SA 4A3UA 3NQAA 2QJIA 3ZWSA 3GYEA 3LX9A 2E6YA 4UTHA 1OFBA 1IXNA 3OG3A 1LLZA 4EF8A 1KLYA 1XBYA 3A5FA 4JICA 4AMAA 4DO6A 3O15A 3KRZA 1XKYA 5T26A 3UWWA 3GLCA 5LNRA 3LM7A 3M9YA 1VCFA 5AHEA 2QCGA 2ZRXA 3KFTA 1LDCA 5D38A 4Z1AA 3PSVA 2VEPA 1MSSA 3DKJA 1LRQA 2W6RA 3O06A 4JYFA 1KM6A 2J6XA 1GG1A 1Q6OA 3ZFHA 5HWJA 3RK8A 3MMTA 1D9EA 2J24A 5AFDA 2BZNA 1OX5A 4QM1A 1ICSA 5L9FA 3W2UA 4UTKA 1R2RA 3FEMA 1PVNA 1A5CA 1IXPA 1A50A 1O95A 3E96A 4OE7A 3ZR4A 1FXQA 5KMYA 1DKWA 3L5LA 3LTSA 4CQ8A 1XDMA 3B06A 2DZWA 2ISWA 4NJHA 1J2WA 1O4UA 2Y70A 3W2MA 3PULA 1KBJA 4EIVA 1P0KA 4O50A 3RLUA 5ABTA 1G4PA 4K6AA 3NG3A 2E6FA 2NX3A 4GNJA 1FCVA 3O6CA 5CZSA 1KFEA 3PG8A 1KM1A 4LRTA 3W7PA 4NNAA 3OHIA 3IRDA 4RZ5A 1PL9A 1Q6LA 3P84A 4LT9A 3O6DA 2QCDB 3ABQA 3NPUA 3V75A 3FS2A 4FNQA 3HPXA 5KZMA 1MEIA 4JS3A 4DELA 3MP3A 3QRHA 1G69A 1G7VA 1VHCA 2C3ZA 2IQTA 3CEUA 5CZJA 5CKSA 3S1VA 3UWUA 4GBUA 2QCDA 3W75A 3TIMA 4O52A 3P82A 4LV4A 4JN6A 2VXNA 3E0IA 6TIMA 3P81A 5GVJA 2FB3A 1LBMA 2P10A 5HUOA 5D2XA 1AW1A 3G1FA 4WD0A 1LLWA 4PL1A 3R8RA 1HL2A 3GVGA 4CQ9A 1XUZA 3NQGA 4WZHA 1QDSA 2W79A 3M47A 3LHVA 5L6UA 3P5ZA 3DHFA 1NAL1 1Y0EA 3NQDA 3B4UA 3EX2A 4CNNA 2NZLA 3NO5A 5HINA 3GDLA 3P60A 1QO5A 1R2SA 3C4UA 2ZBTA 1TJRA 4X3ZA 5FF7A 3KVMA 4HIBA 4IXHA 3M0ZA 4IGHA 3G18A 3IIXA 3CPRA 4NJKA 2I1OA 5FEXA 2GVLA 1RQEA 3OIXA 5G4EA 3S5NA 5U4NA 3L5AA 1H50A 1ZHAA 1LRTA 3W88A 5KZEA 2C16A 1SQ7A 1SO4A 4LU0A 1S5TA 3HPZA 5KTLA 2H8XA 2ZZ1A 1G7UA 1WBJA 1TJPA 5E1QA 4GE8A 3HO8A 3M5YA 5E0KA 2RDTA 2C1HA 3LCIA 1X1ZA 3KVJA 3N2XA 5I3HA 3W07A 5D03A 4RXGA 4M5PA 3O07A 2EKCA 4MFDA 2HS6A 1K7EA 4FHAA 4O17A 3EX4A 5F2LA 1UCWA 4RLIA 1SZEA 2QF7A 3LOTA 3WJZA 4LRSA 3EWBX 4LVBA 3F1QA 3W1TA 1FWRA 3MBFA 4BR1A 3LBCA 1LCOA 3W23A 4WY0A 2JGQA 3P61A 3B0UX 1MZHA 3LV6A 2JKEA 2VEKA 4YCPA 1OFAA 1MO0A 1H1ZA 5AYZA 3M5VA 1KFJA 3HBLA 3L0NA 4N4QA 2A2IA 4LS0A 2XN0A 3T7VA 1I2PA 1J4EA 2VC6A 1G4SA 4EOUA 4NU7A 1V7YA 4MLRA 1RV8A 1XBZA 1QPOA 3LLDA 4XKYB 3TUUA 3G8RA 3P74A 4NNBA 1F5ZA 2B7PA 3CM4A 3P8IA 1ZY9A 1YDOA 1QO2A 1G4EA 2B4GA 1F74A 3CU2A 3G0SA 2CLFA 4GXMA 4ZMGA 3CWOX 3VFLA 1IXQA 4IUOA 1OYBA 3B0PA 1TV5A 2E6AA 3F4WA 2A1YA 3IGUA 1R30A 2J9YA 5HMSA 5D04C 4XKYA 4MYXA 3R2GA 5D37A 3W1MA 5J5RA 1S3HA 2H8ZA 4JIPA 1YPFA 3PB0A 2EAWA 2VENA 4IX0A 4LVFA 5AC6A 4IPIA 3BG5A 2VEIA 1UUMA 4GUFA 5KZDA 2X1SA 5CPLA 3NQCA 4MY9A 4K36A 1OFOA 3W7OA 1M7PA 2A0NA 3WJSA 4GC4A 2HTMA 3B8DA 3SJ3A 3RLVA 2Y7FA 3N34A 3P67A 3W7JA 1FX6A 3W7DA 3ABOA 2QCNA 4AWTA 2RFGA 4UR7A 4S2BA 1ADOA 1OX6A 3EXRA 3QMRA 1OG0A 1DVJA 2GJNA 1C9DA 3MYPA 3TR2A 3W7RA 1LROA 3RF9A 4YL2A 1VGAA 4Q4KA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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