3TSM | Genus

Total Genus 102

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	102
sequence length	261
structure length	261
Chain Sequence	DILRKIEAYKREEIAAAKARLALDELKARTRDQSAPRGFLKALEAKRAAGQFALIAEIKKASPSKGLIRPDFDPPALAKAYEEGGAACLSVLTDTPSFQGAPEFLTAARQACSLPALRKDFLFDPYQVYEARSWGADCILIIMASVDDDLAKELEDTAFALGMDALIEVHDEAEMERALKLSSRLLGVNNRNLRSFEVNLAVSERLAKMAPSDRLLVGESGIFTHEDCLRLEKSGIGTFLIGESLMRQHDVAAATRALLTG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of Indole-3-glycerol phosphate synthase from Brucella melitensis rcsb
molecule keywords	Indole-3-glycerol phosphate synthase
molecule tags	Lyase
source organism	Brucella melitensis
total genus	102
structure length	261
sequence length	261
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.48: Indole-3-glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2011-09-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00218	IGPS	Indole-3-glycerol phosphate synthase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3tsmA00

1DVJA 4LY8A 4AHPA 2WV8A 4Y8FA 3IIOA 4M6VA 3TW7A 3S5ZA 4CQAA 4O15A 2J9XA 2YX0A 2NXHA 4N9DA 3QPYA 1EB3A 3N34A 1XXXA 4QNWA 4NQ1A 4TIMA 3C52A 4MLRA 4ONVA 5EA9A 1TSIA 1V7YA 2ZA1A 2PRHA 3HGOA 3S1UA 3F03K 1EIXA 3BVJA 1QOQA 4Z1BA 1TPC1 3G1AA 5IBXA 4CCDA 3C2OA 1PS9A 3CM4A 1FY6A 5F4SA 4O53A 1LP6A 3RK8A 1C9DA 5E1QA 3VI2A 1NVMA 4BI6A 4LC8A 2ALDA 3W7MA 3ATZA 2XFWA 1LRTA 1H7PA 3PSWA 5F4XA 3VFLA 3GDKA 2Y7DA 2FIQA 1Q6QA 1AW5A 3T4CA 1T0OA 4LC6A 3IGUA 3OHIA 2YGYA 3W23A 2V0TA 1AK5A 1DQWA 2NX3A 4WOZA 1QPOA 4O50A 1H7WA 3CB8A 5DXXA 1ZALA 3G1YA 3IVTA 2QDGA 2Q8LA 1GWJA 3MWAA 1WQ5A 5HUOA 3LHZA 3NDOA 2YW3A 4O52A 2YCEA 5IBXC 5EBUA 1P5BA 1JQVA 2GUUA 4O19A 3FJ6A 3W7JA 2ZCGA 3JR2A 1L2UA 4JIPA 4K39A 4K7VA 4UNKA 1OVDA 2QR6A 4JD4A 2XN0A 4ZQMA 4DQWA 2C14A 5I3GA 3GR7A 4EF8A 3MW7A 3EXSA 4UXDA 1XC4A 1RD5A 3TK7A 4AH7A 2Y7EA 1RVGA 3HGJA 4LVBA 1WYIA 3PC0A 3PUEA 3KAOA 2G97A 2HTMA 3NQEA 4O54A 1AW1A 1GG0A 2JKEA 3RLVA 4WXZA 1KBJA 3STGA 3INPA 1G7VA 1H1ZA 2F7FA 2C13A 3C3NA 4PH6A 3SGZA 4O18A 3G18A 1YYAA 3O15A 2HS6A 4GUFA 3I6RA 3UXDA 2GJNA 4WY0F 3P8IA 1NF7A 3PAJA 3G8EA 1SW7A 1F76A 2QF7A 1W0MA 3C2EA 1QWGA 1Y0EA 4LWWA 2C6QA 1A50A 4M7SA 2C1HA 3HBLA 3T44A 2Z6IA 4A22A 3LGEA 3G8RA 3DFPA 3B05A 1Z44A 3NL6A 2EHHA 4XKYA 1VHNA 1AW2A 4WD0A 3V1PA 3NQMA 1B3OA 4O4WA 4A3UA 1PHWA 3B04A 3GDLA 4O1AA 3W87A 2V9DA 1VGAA 2PRMA 1WA3A 3NPXA 1K8XA 3LRMA 4JX4A 4ADSA 3MI2A 3CEPA 3OEXA 3IIXA 1EWEA 3M0ZA 1KFEA 1VYSX 3DFNA 2QAPA 3PG8A 1FCUA 5K2ZA 3KOFA 3G3MA 5EPDA 1W5MA 3W75A 2YZRA 1WOBA 3W1TA 4GE8A 3L21A 4UCGA 4LV9A 2DORA 4QIUA 4UTIA 4CNNA 1MXSA 3HG2A 1OF6A 3ABQA 4RCXA 4AF0B 3HGSA 3OVQA 4JTIA 4UFKA 1P0NA 2DP3A 3MUXA 4UR7A 1PIIA 5E0KA 3NQ8A 3W1MA 5FEWA 3G0XA 3NQ2A 5CZTA 3M5XA 3C2RA 1I2NA 2ZBTA 3UY8A 4LT9A 4O8RA 5LHEA 2JK2A 4WXYA 3ZWTA 3EB2A 1J4EA 1SZEA 1OK6A 1CI1A 2QDHA 5FESA 3T40A 2DZSA 3P80A 3B8DA 5DBUA 1HTIA 1WDWA 3P5ZA 4MOZA 3I65A 4WX2A 3CC1A 3DKLA 1TQXA 3DXIA 4GBUA 2UV8G 3TW6A 5HINA 3TJXA 2C19A 5D32A 3THQA 3USBA 3M41A 4QSHA 2NV2A 4PCFA 1OK4A 1OFAA 5HQEA 4X9SA 3LHVA 1K7FA 4FO4A 1YXCA 4YMZA 3L2IA 2B7QA 2ISVA 3W7LA 4Y90A 2J6XA 3PBWA 4NX5A 1ONRA 2LLEA 3NOEA 4CQ9A 5FF2A 1NSJA 1TPEA 1JUEA 1SO5A 1ME7A 2FFCA 4FXRA 3QQ0A 2A21A 1W8SA 5G4WA 1K02A 1WAUA 1EPXA 1F05A 5AHEA 4XTIA 4RJEA 1TPDA 2H3BA 3QEZA 4XBKA 3AJXA 4LTSA 3UPBA 3ZWSA 3EX1A 3NO5A 2WKJA 4XZ9A 3C0JA 3EWUA 3KVLA 1SO3A 3TSBA 2VC6A 1T8XA 4W9TA 1TQJA 2A1YA 3HB9A 1QPRA 3GNNA 2C16A 4E2DA 1XKYA 1XM3A 5ABTA 1ZAIA 1LRQA 1TCDA 1KFBA 2FJKA 4M6QA 4Z1DA 2I14A 2EGZA 4RZ4A 4E38A 3DGRA 3LRKA 4RXGA 4XUGA 4O12A 3TV8A 3U6WA 2PCQA 4MUZA 1KTCA 1LRNA 4MLJA 5D2XA 4ZQRA 1LBLA 1H51A 4EOUA 4HNTA 1VYRA 2GVGA 5D37A 1UUMA 2VEMA 3M5VA 3W7HA 4FNPA 3W7GA 3W9ZA 1KTBA 3QPZA 2H6RA 3O16A 1MSSA 3RFAA 1TPWA 3W88A 2JBMA 3BLFA 3SY5A 1ICPA 3QZEA 1I2RA 4JNMA 3RNDA 4IX2A 4QM1A 3TDFA 5AB3A 3ABOA 5I3IA 3A22A 3NQVA 4HNUA 3DZ1A 3TMLA 4R53A 2ZFAA 3DHFA 4R34A 1H50A 5U4NA 2HS8A 3VCRA 4JTUA 4NVTA 2X1RA 3CQ0A 3NNTA 3H53A 1K7XA 3CWOX 3QMRA 5EY5A 2I1OA 4GNJA 3OVPA 3HPSA 5F1VA 4RXFA 1IF2A 1EUNA 4PTNA 1RQEA 5HMSA 1SUXA 5LZLA 1XBXA 3FFSA 4N9CA 3W1UA 1T96A 3O63A 5K9DA 4OQVA 2YYTA 1VRDA 2J24A 3GKAA 1H7RA 2CU0A 1VYPX 3QYQA 5K9CA 2C0AA 1LLWA 3G3DA 4JXCA 4KFPA 1JCMP 3DH7A 1A53A 3NL2A 2QUTA 1DKWA 2VFGA 2GVLA 3W73A 4HN4A 4HKPA 5KINA 3S8HA 4PEKA 2V2HA 1GTEA 2V5BA 5DY3A 1IIGA 3G1HA 1YADA 4ZQCA 3PB2A 2QAFA 4ML9A 4N9BA 3W7EA 4AWSA 1FWRA 4O10A 3BGGA 3UWYA 1EP2A 4OHQA 3TUUA 2BSLA 1VS1A 1OHLA 3W7IA 2A4AA 4M7TA 4K7YA 3CIXA 3NPUA 2GJLA 1LLZA 3FIGA 3I68A 3F4WA 3TR2A 4IQLA 3TQ0A 2Y85A 1GVFA 5I3JA 3PSVA 4UC5A 3QF0A 2VFIA 5F2IA 3LX9A 2EF9A 2J88A 3NQCA 1VZWA 1F74A 1GT8A 3LI1A 4DELA 4A21A 4BK9A 1BKSA 4O1CA 4O14A 3TQVA 3DI0A 3N2XA 1GEQA 3TX9A 1TB3A 5C54A 1MZHA 5C2XA 4K8HA 4ZQNA 5KZMA 5BW6A 1IXPA 4MKNA 3UWVA 3KVMA 5G1YA 1H7NA 3KX6A 1TYGA 3NEVA 3S0CA 2BWGA 2CZFA 4UTKA 5G5IA 3MMTA 3O07A 5HJLA 3MYOA 2QCCA 1LROA 1S3HA 2E6DA 4KFNA 3FA5A 2I9EA 3G24A 3HMJG 4WZHA 3L67A 4ZQPA 1TTPA 4MVAA 1J5TA 2Z1BA 4OWGA 1QDSA 3STFA 1M6JA 1OF8A 2E6AA 5D2WA 3VKJA 5I3KA 3NQGA 2H90A 1THFD 1R30A 3LCGA 2A0NA 3DKJA 3LLFA 3L0GA 1Q45A 3UWWA 3WK3A 2OMAA 1O4UA 4FX7A 4IJBA 4UIOA 5FF0A 4MZ1A 3KRUA 2G95A 5HR7A 2FDSA 3UQNA 3VE7A 2XN2A 2EPHA 1MEIA 1OABA 2ISWA 1W1ZA 3W86A 3HPZA 3NM3A 3MP3A 3G1XA 1ICQA 3NZ1A 3DENA 1D3GA 4GUJA 1GYNA 1TREA 1H5YA 3C2VA 4JYEA 5AC6A 1TJPA 1FBAA 5BRBA 5AHFA 2XN1A 1JRCA 1DBTA 2GPTA 3UXAA 4HNNA 5DELA 4I7WA 3W6YA 1I4NA 4X3ZA 3EWBX 4RK8A 1DOSA 3TKFA 3AO0A 4D2JA 1VJIA 5KMYA 1S5TA 2WSYA 5AN7A 2CZ5A 2C15A 5D09A 1SFLA 1TPVA 4ADUA 1N8FA 3ELFA 2YYUA 3W7NA 1OYCA 1SPQA 3EEGA 4O1DA 2H3DA 2CLMA 4JGDA 4AB4A 2YW4A 1Q6RA 1FDJA 3FYPA 1RR2A 3V75A 5L9FA 3WK2A 4LRTA 2YFNA 4JN6A 2A7NA 3NQ6A 4FIQA 4EF9A 2OT1A 5BNKA 1H1YA 1MEWA 3W7DA 1HUVA 2DJLA 1TV7A 4HIBA 4JIQA 1LZOA 2EAWA 2R14A 6TIMA 2A85A 4FXSA 4JTFA 5KITA 1M5WA 1YXYA 5AHNA 5F4WA 1XL9A 3BK0A 3CTLA 5DCDA 1LORA 4O4VA 1R2SA 3W1NA 4XTDA 2YPIA 3P84A 5DBTA 4S1FA 4LU0A 1R47A 3FKKA 1KM1A 1IXOA 1A5AA 5H91A 3DHDA 3DFQA 5LNSA 1SSDA 1G69A 4Q4KA 2Z0IA 2B7OA 3QSTA 3MHFA 3KFTA 1XBVA 3PBUA 3NM1A 1SR9A 4N9EA 3OIXA 1WX0A 3LCIA 1DORA 1TPUA 1KV5A 3LV5A 4DXVA 3A21A 3LXCA 3R89A 1WBJA 3W1QA 3W7QA 5DLCA 5KSWA 3MHUA 3FEMA 1ALDA 3PY2A 2ABBA 3LTPA 3L5LA 1ZJIA 1B57A 2X16A 4Z0SA 2ZZ5A 4O17A 1EEPA 1O95A 3BO9A 3LCXA 1G4PA 5KZEA 2Y7GA 1YTDA 3LCHA 4M5PA 4NJKA 4XKYB 1KW1A 1QAPA 1O5XA 4JY9A 5BMXA 5AOUA 5C5YA 3KVJA 4TO8A 1OFRA 3BARA 3MP5A 5CSRA 1DL3A 4OBTA 2ZZ4A 2X1UA 1KA9F 4BI7A 4N02A 2VEIA 5FEPA 3O6DA 1G4TA 3R12A 2Y62A 3BW4A 1VC4A 1OFBA 4R7JA 5LGZA 1ZENA 3W83A 4K37A 2AGKA 3SI9A 5FF4A 4IOTA 3MO7A 2C3ZA 5FF7A 2DU2A 1GYLA 1OX4B 1OX6A 4S2BA 3IEBA 5LNWA 2NUXA 3M43A 2X2GA 2R8WA 3QQ1A 1JCYA 1LDCA 3SW6A 3LLDA 3NL3A 3UZJA 5SWUA 3BW2A 3CWNA 3BG5A 1F5ZA 4HT3A 3HGRA 3A5VA 4RR4A 3Q58A 4RZ6A 1D3HA 1ICSA 3HOJA 3Q94A 2Q3OA 3OG3A 4Q32A 4Q33A 2B0MA 3EWXA 3B06A 2J9ZA 5L6UA 4I9AA 5F2MA 2CLOA 3MHGA 2Z2UA 2FTPA 1OJXA 3MYPA 5H2ZA 1X1ZA 1MO0A 5F1UA 5CPOA 4IMCA 3PBYA 4AXKA 1X8FA 4M6PA 3UZ5A 5I3FA 2HMCA 1G4EA 1GOXA 2V8ZA 3WJZA 5D04C 3TIMA 3MI6A 1TIMA 4UTMA 5CPMA 2QCNA 4CNPA 2CLLA 4K38A 4O57A 3EX3A 3M5YA 3B0VC 1PCWA 1KLYA 4RV8A 3DFOA 4S2CA 2RH9A 5F2GA 3G0UA 4M19A 1FDZA 5AC8A 3VNDA 6ALDA 2J9YA 3PULA 4ORIA 2FPVA 1JUBA 1AL7A 4CCCA 3RF9A 1SU5A 2DZVA 3W2JA 1H61A 3PUDA 1EP1A 4MYXA 4I7VA 3GX9A 1UJPA 3A24A 3KRSA 2PC4A 3CEUA 1R2TA 3PM6A 4HHPA 1XBZA 4NJJA 5HUPA 4A2RA 4CCEA 1W5OA 3CT7A 3G1SA 1WV2A 1ZNNA 5CPLA 1OFOA 1H60A 4NXSA 2EKCA 3HG5A 3KHJA 2CLEA 1NAL1 1SW0A 3W07A 1ZAJA 1HFBA 3STCA 4GC4A 1NFBA 1N55A 3GXNA 3IGSA 2V82A 2FLIA 1TRIA 1AG1O 3W71A 3GK0A 3UYCA 3TU9A 2B7PA 3BGJA 1KBIA 1U83A 3NQDA 2VELA 3TMQA 1GQNA 3R13A 1OFQA 4JTJA 4LVFA 1H7XA 5I3HA 4LVGA 5GVJA 1JJKA 1KFLA 2TPSA 4J9JA 3W1XA 3F1QA 5FF3A 4FNQA 4PFMA 3WJXA 3O6CA 3H54A 1YLVA 1B9BA 2CLFA 1S5WA 1DJNA 2QJHA 1G4SA 2WJZA 5K4ZA 2KZHA 1KM5A 2VKZG 1YTEA 4IWWA 4WUIA 4K6AA 1JULA 1YPFA 4RKAA 1GVSA 1K03A 3GNDA 2X1TA 1ZY9A 2VFFA 5EL1A 1OYAA 2E09A 3WJYA 1LYXA 3E96A 1Z48A 1HL2A 1GJPA 3GVGA 1BTMA 2OJPA 4MY1A 4O11A 4UFHA 1QCWA 1GG1A 4AHQA 1OX5A 4HSOA 4LV4A 2Y89A 1FWSA 4NNCA 1L9WA 3LTSA 1W31A 2QCDA 3SR7A 1QOPA 1P1XA 4H3DA 4X2RA 3TAKA 2ZRUA 2ZZ1A 4LW7A 5CZJA 3RLUA 3TNOA 1CX9A 5DCEA 3UWUA 3MBDA 4DBDA 2E5DA 2OCZA 2DZPA 2A7RA 2B7NA 1IXNA 3WJWA 2NZLA 3E9AA 4OV9A 1TPH1 1R46A 4JS3A 3TFXA 4UTWC 4O0KA 2NWSA 4MY8A 3EX6A 2RFGA 3BG9A 3WK0A 1CW2A 1Z42A 4UFLA 4IMDA 1UBSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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