3U5UA

Structures of alkaloid biosynthetic glucosidases decode substrate specificity
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
501
structure length
470
Chain Sequence
DATRISRSDFPADFIMGTGSSAYQIEGGARDGGRGPSIWDTFTHRRPDMIRGGTNGDVAVDSYHLYKEDVNILKNLGLDAYRFSISWSRVLPGGRLSGGVNKEGINYYNNLIDGLLANGIKPFVTLFHWDVPQALEDEYGGFLSPRIVDDFCEYAELCFWEFGDRVKHWMTLNQPWTFSVHGYATGLYAPGRGRSTGNPGTEPYWVTHHLLLAHAAAVELYKNKFQRGQEGQIGISHATQWMEPWDENSASDVEAAARALDFMLGWFMEPITSGDYPKSMKKFVGSRLPKFSPEQSKMLKGSYDFVGLNYYTASYVTNASNFSYNTDIHVTYETDRNGVPIGPQSGSDWLLIYPEGIRKILVYTKKTYNVPLIYVTENGVDDVKNTNLTLSEARKDSMRLKYLQDHIFNVRQAMNDGVNVKGYFAWSLLDNFEWGEGYGVRFGIIHIDYNDNFARYPKDSAVWLMNSFHK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of alkaloid biosynthetic glucosidases decode substrate specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Raucaffricine-O-beta-D-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Rauvolfia serpentina
total genus 178
structure length 470
sequence length 501
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.1.219: Vomilenine glucosyltransferase.
pdb deposition date 2011-10-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3u5uA00
2PWGA 2V5DA 1U33A 4W89A 1ITXA 1UYQA 3GXMA 4U2ZA 4P8WA 4UFMA 5C71A 4HOXA 2IUZA 3SUUA 4UFLA 2G3MA 3VGBA 3AXIA 1QHZA 3EMCA 4BCEA 1GPFA 2ZXBA 4AIUA 1ESWA 1BG9A 3MUZ1 2W61A 2D0GA 3UG5A 1BQCA 4U3CA 1UZ4A 2J62A 3NIYA 2YA0A 5IFTA 5BRPA 1BG4A 1JI1A 2ZOXA 1IZKA 4CU8A 3OG2A 1E4NA 3OB8A 4OOUA 2DQXA 1HJWA 6TAAA 4MAVA 4U5IA 4AZGA 4LYRA 2UWFA 2WZIA 4JKKA 3E1F1 3PN8A 3CTTA 3VILA 1EQPA 4FK9A 4IUGA 5D8WA 1UH2A 3LPOA 2XWDA 1KCLA 3GNOA 3U57A 3PBGA 2BY3A 1OIMA 4YHEA 5I78A 1GOQA 4Z2LA 2UY3A 1WAWA 7A3HA 1JYXA 3K4AA 3ARQA 3AXHA 5DEZA 3KE0A 1XC6A 1UWTA 1QNSA 4OUEA 4PYSA 2CPUA 4ZE5A 3SCUA 1E0XA 2ZUWA 3ZR6A 1HKMA 4MNKA 1UD8A 1XD0A 2GK1A 4PMZA 3VM7A 1J0ZA 4JFWA 3VGHA 2B31A 1KQZA 3ARPA 4IISA 4HU0A 3WNKA 2V3GA 2VX6A 1O6IA 4UZSA 4CN6A 4WF7A 1HIZA 2VZOA 4HPHA 4TTGA 1V0MA 3L4XA 4J3XA 4EAMA 4NRRA 1V02E 1CPUA 1H4PA 1PAMA 3MUIA 1V6WA 2VMFA 7TAAA 4PEEA 5A6KA 2WMHA 4NRSA 1FP8A 3GZAA 1ZBKA 3VD5A 5FCZA 1N82A 3W53A 1OGGA 2D3LA 3WH9A 1A3HA 3BLPX 3J7HA 1HJVA 4TX8A 4M82A 3OBAA 3VUPA 4OKDA 4JL1A 4WKFA 1JZ6A 5ABGA 3W25A 2WMJA 3CHEA 2O9RA 3WUEA 1FH9A 2NT1A 3CHDA 3THDA 1BFNA 3CMJA 1BYCA 1DHKA 1JIBA 3PZGA 5D4YA 1MYRA 2VUYA 1KXQA 1EH9A 3POCA 1S46A 2EPNA 4URIA 3WQWA 1OCQA 3VIPA 5GNXA 4PMYA 4CCDA 1JYWA 2ZWYA 4HZ7A 4CD7A 1NARA 2XGBA 1VENA 3W81A 1W3HA 5AYIA 4MB5A 4XUYA 1VAHA 2J78A 1MW1A 3W26A 2XHYA 1TZ7A 1JZ2A 1US2A 1E6XM 1B0IA 3AYSA 1K6AA 2GK1B 1MXDA 5E70A 4AZ7A 4HZ6A 2X09A 3OLEA 2GVYA 2W91A 2OYKA 2WVSA 3T2OA 3EDKA 4D6FA 3K46A 3NSNA 1E0VA 1TR1A 4E8CA 3ARWA 3MV11 1UR1A 1HJUA 1YQ2A 4AD1A 2XUCA 2VO5A 4PUEA 4U31A 2E8YA 1TCMA 4TTUA 3MUAA 3L2MA 3VIHA 4MNMA 3EDDA 4AZBA 1RPKA 4OZOA 1VBRA 3ZOAA 4OBRA 4E2OA 3FNDA 4IPLA 5AYBA 1ZL1A 3A4AA 3UESA 1VB9A 1WDSA 1UR2A 5A2BA 4HOWA 4F9JA 2YDSA 2O92A 3GM8A 4RE2A 3RJYA 1FFQA 2DSKA 5E6ZA 3WF2A 4P7OA 1QI3A 3VDBA 3WD1A 1VF8A 3BAIA 1QW8A 3CPUA 3WQ8A 6CGTA 2EPKX 1JZ4A 3SCNA 4LX4A 2J74A 4KGJA 3F5JA 2W92A 3AS0A 2CNCA 4W7UA 3K4DA 4PMOA 3G6LA 3ALGA 2DIEA 1R7AA 1MFUA 3L4UA 2J77A 3CZKA 2G3JA 3IJ8A 3WUGA 3GH7A 2XTKA 3FN9A 1ISZA 2CHNA 2DH2A 1E1FA 5AC5A 3AISA 4Z2KA 1AQHA 4ZE4A 4CN4A 3W24A 3WDJA 1HVXA 3POHA 1NWSA 1EDTA 2YLLA 1V6XA 2W63A 3CZLA 4HMCA 3PZOA 1QI2A 4H41A 2WCAA 2CBVA 1GVIA 4PRWA 4WK9A 2E0PA 4HMDA 2A3BA 4C7DA 3VGFA 3PTQA 5JBEA 3AIVA 1GOOA 3SCPA 2VL4A 1Q6GA 1WO2A 1V3HA 3DECA 5A6BD 5CSYA 2XJ7A 1ZBWA 4HA4A 2FGZA 2WWDA 2WPGA 3TTSA 3VVGA 2WSPA 1KGWA 3SURA 3VMNA 4MNJA 1IV8A 5D8ZA 8CGTA 3KZSA 2WSKA 2YL5A 2Y5EA 1PZ2A 2DPEA 1B1YA 1JI2A 1OWQA 4UNIA 1JXJA 4AZ5A 3KEHA 1XH0A 1GOMA 5A2CA 2J7DA 3VMOA 3WD3A 3I3EA 3WELA 4LYQA 3BLKA 4MJ4A 2DGAA 4GI6A 3ZSTA 3UG3A 2VNCA 1D7FA 3AMKA 3OLIA 5I3DA 1EA9C 3ZQ9A 5LYRA 1B3WA 1OGSA 2FGLA 1OGBA 1W9DM 1LG1A 4KGLA 3PZTA 3WBAA 3L4YA 3PZVA 4JCLA 3WD4A 4PMVA 2JIWA 4P8UA 5HBFA 1X1NA 1NP2A 1GQJA 4AD3A 3AXXA 1V08A 4D6JA 1ECEA 1XCXA 2VX4A 4P7RA 3G6MA 2BV9A 3IK2A 4CD8A 3VIIA 5E6YA 3APGA 3W6MA 1ZBVA 4H8HA 4S3KA 1P6WA 4JHOA 2OYLA 1JNEA 1HKIA 2GJPA 5DMYA 2EBNA 1UKTA 3CZ8A 1RP8A 2OWXA 4D71A 5CGMA 1KGUA 2TAAA 2DSWA 1V6UA 5ABEA 3AZRA 2PWEA 1FH8A 2YKKA 3AI0A 3LPFA 4Z2IA 3ZT5A 5A6AA 3AHTA 5A8NA 4S3JA 1V3JA 4JIEA 1NWTA 2BHYA 2FH8A 3L4VA 2J8GA 3VKKA 2WZHA 5CPQA 2DSUA 1X6NA 3KL0A 5A6SA 4AW7A 3K1DA 1NQ6A 1BYBA 5I77A 2DT2A 3CUFA 2GJXA 1QI4A 2BXYA 3VGDA 2FHBA 3AIRA 3CLWA 3WNPA 2X2YA 5FOOA 3AIWA 3JUGA 4TOQA 2VOTA 1DWJM 2WBGA 4K68A 3VDHA 3WH6A 3GTNA 1H11A 4YHGA 3A47A 1LQ0A 2BHZA 3EDJA 4R27A 2Z1SA 1E9LA 3GNRA 3TP4A 4QLLA 1CECA 2WK2A 2OYMA 1MFVA 1FA2A 3OLGA 3N13A 2F61A 1QBAA 3NJ3A 4W86A 2OWWA 5BXPA 2YOCA 3AIUA 1E0WA 2ZX6A 4AYSA 3MANA 3U7BA 1XHGA 4LXFA 5DO8A 5GNYA 1C7SA 2ZWZA 4P8XA 5BRQA 3W6LA 3VD9A 4N42A 4PMUA 2UY2A 3NDZA 4JZ5A 1PX8A 3VGEA 3EMZA 1TE1A 2O9TA 2ZX5A 1JZ3A 3ARTA 3PZNA 1I1WA 4H8VA 5BROA 4NF7A 3VIJA 3F4VA 4U3AA 4F79A 5A6MA 3WF4A 3F5LA 2VT0A 5I2UA 2CYGA 5JUVA 2W62A 2WYSA 3NSMA 3WENA 5AC4A 4CCCA 4D6GA 2JIEA 4UFHA 3UETA 2CERA 5ABHA 4M81A 2BHUA 3N1AA 1BGGA 1BTCA 4FLOA 2GJXB 1C8YA 4B16A 3WF1A 1Y7VA 3WQVA 1SR0A 2ZUUA 1MQRA 1CTNA 2GJRA 2WB5A 2FDMA 1MW2A 1E4LA 4BS0A 2QPSA 4CKQA 3LPGA 2O9PA 1ZS2A 2JF7A 3D3AA 4AWEA 4CN1A 2D24A 2JEQA 1KB3A 1H3GA 1OT2A 3CUHA 4X0VA 1BYDA 3L4TA 2BVYA 3WQ6A 1PBGA 2DT0A 2E8ZA 1ZB5A 5E0CA 4GO8A 4ZXLA 3MMDA 3DHUA 3BAYA 1E5JA 2VCCA 4ZENA 3ZIZA 5TD4A 3WUFA 2A3EA 1YHTA 1MWOA 3WDHA 3WMBA 1B3XA 3WD2A 3WFLA 3VNYA 4AD0A 1C93A 4V28A 5JIWA 2XVLA 1HKJA 4FLSA 2D20A 2VTFA 2JALA 3UEQA 3KL3A 3GBDA 1OT1A 1MQQA 5M3WA 1HJQA 1G1YA 1E6RA 4QP0A 2DT1A 3ZO9A 4P7NA 3SUWA 3QHOA 1E6PA 1QHOA 3CBWA 1OD0A 4NZCA 3WEZA 1CBGA 5DF0A 5I0DA 2WKGA 2YIHA 1CNVA 2Y4SA 4HU8A 4UQEA 1MVYA 4GQQA 4CD4A 3DC0A 5A1AA 1JGIA 2YA1A 3TTOA 1G9HA 4B3KA 2WKLA 1ZU8A 2PC8A 5IHRA 3GXDA 1EO5A 1X6LA 2QF8A 4A4AA 2D0FA 5AY7A 1QW9A 2W5FA 1WE5A 3VDCA 1MXGA 2XWEA 5D9PA 1I75A 3NCOA 2WXDM 1W3LA 4W8BA 1UA7A 1OB0A 2DT3A 3RILA 1WP6A 4UZUA 4RE3A 4UFKA 1J0HA 5CQ1A 1M04A 4UQCA 1LG2A 1W3JA 4UR9A 2QV4A 1UH4A 3VX1A 4XZBA 4UCFA 3W0KA 3AZSA 4M80A 5HDRA 2XM1A 3WMCA 1UZ1A 2BFGA 3GH5A 1OIFA 4OJYA 1J0KA 4F8XA 1JDAA 1QNOA 3VIOA 4AD5A 1XH1A 3K8MA 4QLKA 3W4RA 2XM2A 1NH6A 2XSAA 1CGXA 3BAKA 4GQRA 1E1EA 1F4AA 2AMGA 5GQBA 4MAZA 3VMPA 3SUSA 4Z2HA 4ACZA 4M1RA 1V3MA 1ODZA 3CUGA 1B90A 3PZMA 5D9OA 1EHAA 3AZTA 3UCQA 4PMDA 2J7GA 5IXEA 4M56A 2NT0A 2F8QA 3AIBA 2ZX8A 1JYNA 2D3NA 5DT7A 3OZOA 3MMWA 3MSDA 1WCGA 2BXZA 5BCAA 1J10A 1M03A 1JG9A 1CGVA 1WDPA 3DYPA 5CLWA 2WM0A 3B9AA 4AZ6A 3PZUA 4CGTA 5JBDA 3AOFA 1B3ZA 4GINA 3RCNA 4XX6A 1CDGA 2DSZA 1UOKA 1V6YA 1U30A 2XVPA 3DYMA 4CU6A 1DP0A 1J0YA 4D6CA 2DDXA 4HMEA 2CBUA 3VD7A 4MB3A 3MUY1 4BF7A 1JDDA 2WC3A 1J9YA 2YDQA 2QPUA 4EK7A 4AZHA 3GYCA 1KXTA 4X9YA 5CG0A 3MKKA 2WHLA 2J75A 4BQ5A 5I5RA 4PN2A 1CYGA 1EDQA 1WNOA 4XB3A 3IJ9A 2D2OA 1FHLA 1V03A 2FHCA 2Y24A 1G01A 3AHZA 4J27A 1W91A 3VM5A 3VINA 1Q6EA 3W38A 1CGYA 3M46A 4PCTA 2VRKA 4ZEPA 3LMYA 3SIMA 3ARSA 1PEZA 2Q8XA 1AQMA 4ACZB 3ZM8A 5M17A 1JZ7A 1W2PA 1UR8A 1KWGA 2A3HA 1B9ZA 4QDMA 1HJSA 1XYFA 4N0RA 2BY0A 1WKYA 3A4WA 2X0HA 3OGRA 2CBIA 2VVSA 3ZJ6A 2YBUA 1HN1A 3I3BA 1NOUA 2UY4A 5EMYA 5A3HA 3NYDA 2V38A 3WQ5A 1Q4NX 1W9BM 3WNLA 4UFJA 1CXFA 2EXOA 2XVKA 2PBOA 1E6ZA 2E40A 3BH4A 1QI5A 1GOIA 2WC4A 5I23A 5M5DA 4CVWA 1XGZA 1TUXA 2XPKA 1OSEA 2X1IA 3OGSA 1KR1A 1JFXA 1BAGA 1U2YA 2XIBA 4C7GA 3GXFA 3RO8A 1B3VA 1HL9A 1UWRA 3UG4A 3WIJA 2WNWA 1GJWA 1NOWA 2EEXA 4YN5A 4JAWA 3ARYA 3N04A 3CGTA 3UERA 1K9FA 5FD0A 2PBGA 1R8LA 2XIIA 4CD6A 1PJ9A 1LWJA 3BC9A 4PTWA 4UQ9A 4WLCA 1QPKA 4E8DA 2XVNA 5A6BA 4P7LA 2WZEA 1CGTA 4HZ8A 2WHMA 1JFHA 2DIJA 2EJ1A 4QLJA 4BQ3A 4B15A 5CJ5A 2E4TA 1KQYA 1E70M 1CLVA 1DWHM 1W1PA 4PTXA 1WZKA 1CXEA 3TOPA 3II1A 2WANA 4D6DA 5FL1A 1JL8A 1JZ8A 5GNZA 2YBTA 4MNLA 3GDBA 4PUDA 1LL4A 4QCEA 2GDUA 1E3XA 2VZTA 1SYTA 2Y2WA 4ML4A 4W84A 1V0NA 4ATWA 1NP0A 1C90A 1NWUA 3BXWA 4D6EA 1DWAM 4GI9A 4CD5A 1OD8A 3U7VA 2F2HA 4PMQA 2OWCA 2WAGA 3HJEA 4LQ1A 1CGWA 1GONA 7CGTA 2QMJA 1J0IA 1EQCA 1UUQA 3VIKA 5A95A 1GJUA 4CUCA 2XVGA 4W8LA 2VJXA 3FHAA 3RDKA 2JEPA 1E73M 1GOWA 3FY1A 4FMVA 5FIPA 1Q6DA 2IXUA 1HKKA 4M8UA 5HPCA 4Z2GA 1CXLA 1OBAA 2G3NA 4J3WA 3SCOA 4GZIA 3WN6A 2GSJA 1H0IA 2RGLA 1EO7A 1VRXA 1R86A 2NW0A 4AC1X 2WBKA 5D9NA 1GUVA 3O9NA 4PSPA 2YL8A 1MW0A 3CHCA 4V27A 3MMUA 4PMNA 4JFTA 3AROA 4M24A 3N17A 4MTVA 4U33A 4DUVA 1UD3A 1LJYA 2CESA 2ZXQA 4D6HA 1ISVA 4QFUA 2E9BA 3CHFA 1RD6A 4CCEA 4JKMA 1NWRA 5CPTA 5EFDA 3EYPA 3SEPA 1KXHA 2HISA 3WH7A 1VFMA 4XV0A 2VR5A 1B2YA 2EPMX 4JL2A 2AOSA 1DWGM 3DHPA 4OBSA 4J3TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PWG A;  2V5D A;  1U33 A;  4W89 A;  1ITX A;  1UYQ A;  3GXM A;  4U2Z A;  4P8W A;  4UFM A;  5C71 A;  4HOX A;  2IUZ A;  3SUU A;  4UFL A;  2G3M A;  3VGB A;  3AXI A;  1QHZ A;  3EMC A;  4BCE A;  1GPF A;  2ZXB A;  4AIU A;  1ESW A;  1BG9 A;  3MUZ 1;  2W61 A;  2D0G A;  3UG5 A;  1BQC A;  4U3C A;  1UZ4 A;  2J62 A;  3NIY A;  2YA0 A;  5IFT A;  5BRP A;  1BG4 A;  1JI1 A;  2ZOX A;  1IZK A;  4CU8 A;  3OG2 A;  1E4N A;  3OB8 A;  4OOU A;  2DQX A;  1HJW A;  6TAA A;  4MAV A;  4U5I A;  4AZG A;  4LYR A;  2UWF A;  2WZI A;  4JKK A;  3E1F 1;  3PN8 A;  3CTT A;  3VIL A;  1EQP A;  4FK9 A;  4IUG A;  5D8W A;  1UH2 A;  3LPO A;  2XWD A;  1KCL A;  3GNO A;  3U57 A;  3PBG A;  2BY3 A;  1OIM A;  4YHE A;  5I78 A;  1GOQ A;  4Z2L A;  2UY3 A;  1WAW A;  7A3H A;  1JYX A;  3K4A A;  3ARQ A;  3AXH A;  5DEZ A;  3KE0 A;  1XC6 A;  1UWT A;  1QNS A;  4OUE A;  4PYS A;  2CPU A;  4ZE5 A;  3SCU A;  1E0X A;  2ZUW A;  3ZR6 A;  1HKM A;  4MNK A;  1UD8 A;  1XD0 A;  2GK1 A;  4PMZ A;  3VM7 A;  1J0Z A;  4JFW A;  3VGH A;  2B31 A;  1KQZ A;  3ARP A;  4IIS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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