3U5UA

Structures of alkaloid biosynthetic glucosidases decode substrate specificity
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
501
structure length
470
Chain Sequence
DATRISRSDFPADFIMGTGSSAYQIEGGARDGGRGPSIWDTFTHRRPDMIRGGTNGDVAVDSYHLYKEDVNILKNLGLDAYRFSISWSRVLPGGRLSGGVNKEGINYYNNLIDGLLANGIKPFVTLFHWDVPQALEDEYGGFLSPRIVDDFCEYAELCFWEFGDRVKHWMTLNQPWTFSVHGYATGLYAPGRGRSTGNPGTEPYWVTHHLLLAHAAAVELYKNKFQRGQEGQIGISHATQWMEPWDENSASDVEAAARALDFMLGWFMEPITSGDYPKSMKKFVGSRLPKFSPEQSKMLKGSYDFVGLNYYTASYVTNASNFSYNTDIHVTYETDRNGVPIGPQSGSDWLLIYPEGIRKILVYTKKTYNVPLIYVTENGVDDVKNTNLTLSEARKDSMRLKYLQDHIFNVRQAMNDGVNVKGYFAWSLLDNFEWGEGYGVRFGIIHIDYNDNFARYPKDSAVWLMNSFHK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Rauvolfia serpentina
publication title Structures of alkaloid biosynthetic glucosidases decode substrate specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Raucaffricine-O-beta-D-glucosidase
total genus 178
structure length 470
sequence length 501
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.1.219: Vomilenine glucosyltransferase.
pdb deposition date 2011-10-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3u5uA00
1QOXA 1XSKA 3CZEA 3BAKA 3GBEA 4B16A 3MKKA 3WNOA 2E8ZA 1UD4A 4HZ7A 5GNXA 1X6NA 1J18A 2W67A 5JBEA 1J0JA 3IANA 1MW0A 5BXPA 2PWDA 1SFSA 2WMFA 2VX5A 2VZTA 3KL3A 3CZGA 3S6TA 2GJXA 3SUTA 5A69A 1H2JA 3ZJKA 2EPKX 5A6KA 1QI0A 3OLEA 1ZL1A 3W6MA 1UKOA 1M01A 2BVDA 1B9ZA 1CGXA 2XG9A 4WSJA 3ZT7A 1UZ1A 3AMKA 2EPMX 2D1ZA 4B15A 4UQBA 1CYGA 1TVPA 3GXDA 2VC9A 1JGIA 1W3JA 1WZKA 3PZTA 5A8NA 3PZVA 3OGSA 1V02A 3MUZ1 2YLLA 3K4DA 4UCFA 4ACZB 5HOSA 4W5ZA 1WKYA 1ISWA 2XFFA 1HP4A 4MDPA 1W9DM 1KWKA 3GXFA 1VFFA 4C7FA 4FLOA 4E8DA 2XTKA 8CGTA 1Q6DA 2DSVA 4W86A 3VM7A 1V3JA 4LYPA 4AZCA 5ABFB 1XD0A 4HU8A 4JAWA 2W61A 4QCFA 1J0YA 2WMGA 1AQHA 4C7DA 1E6SM 1UQZA 2QLYA 4PTXA 7CGTA 1NARA 4ML4A 1KCLA 3WL0A 2VX6A 4QLKA 3VNYA 4P8UA 4D71A 3VD9A 5CJ5A 4S3JA 1KQYA 1NOWA 1BVZA 2DT1A 1W9PA 2BVYA 2ZUSA 5CGTA 1JNEA 3RPMA 5IHSA 3AJ7A 3BMVA 1E5NA 2J7GA 3WBAA 3QOKA 1SYTA 4QDMA 1IZJA 2G3MA 2WMHA 1NP0A 1GCYA 3NSXA 1W91A 3T08A 1KXHA 1W3KA 3AI0A 1Q4NX 1ZBVA 3T2OA 1BVNP 3ARXA 3W37A 4BQ4A 3UG4A 2WVVB 3OZPA 3ARUA 2G3JA 3CIVA 1JZ8A 3VDBA 2EEXA 4XUYA 1B30A 2OWXA 4DWSC 1UZ4A 3AIRA 1V6UA 5FL0A 3L4VA 1UD2A 1G9HA 2Z1KA 5BCAA 1J0IA 1PBGA 1FH8A 1VFMA 2GDUA 1K9FA 2O92A 1UWIA 1O6IA 2QF8A 1CIUA 1C7TA 1HVQA 2ZUUA 4PMXA 4QP0A 5EFFA 4JKMA 2AAAA 1V6XA 1QI5A 3O6AA 4AXNA 4RE4A 4FF5A 4UQAA 3WH6A 5DF0A 1ZU8A 2VTFA 1GPFA 4GINA 2MANA 4TX6A 4KGLA 5E09A 5HXMA 2VT0A 4R5EA 4JFVA 1GJUA 3VD3A 1JIBA 5JBDA 2GK1A 3VD5A 4CU6A 2G3IA 6A3HA 3OA5A 2WMIA 1W1TA 5A8QA 2CBVA 2Z1SA 1CDGA 1HL8A 1B1YA 2X0YA 4P7NA 5D9MA 4LQ1A 1GNXA 1TMQA 1KGXA 3VOCA 3W81A 3IJ8A 1MXDA 1MQPA 2BXZA 2YDSA 4YN5A 5I2UA 2YDRA 3OBAA 1VBUA 2RGLA 3GZAA 4A4AA 2D23A 4M8UA 1BLIA 1VEOA 1W3HA 4D1JA 3B9EA 2WVUA 1DWIM 4H8HA 2G8ZA 1L0PA 3LPPA 3PZNA 5LA0A 5I78A 2O9RA 5DMYA 4F79A 1UH3A 3RDKA 1PIFA 2ZE0A 2TAAA 2WCSA 4PMYA 1UWSA 4E8CA 2VCBA 1KWGA 1US2A 5M17A 3WF2A 3UETA 1JDCA 2DDXA 2JALA 2OYLA 1H11A 2XFRA 3KEHA 3B9DA 1WDRA 1W2PA 3DHUA 1H09A 4BS0A 4D6DA 5EBAA 1GJWA 5D4YA 1W9BM 1E6PA 1MW3A 2D3LA 3KWXA 3PBGA 4AY1A 1CZ1A 1UR8A 2PWFA 1JD9A 5E9AA 1HP5A 3BMWA 2OSXA 5GPRA 4N0RA 3AMCA 1QW8A 1VEMA 2WHLA 3WSUA 4LPCA 4LYQA 2ZIDA 2W63A 4J27A 4UFMA 2VNCA 2W92A 4MB1A 2PWHA 2ZUNA 2YBTA 4AZBA 2JIEA 1HJUA 3ZO9A 3RM9A 2YBUA 1OCQA 3IAPA 1JG9A 2D0HA 4KGJA 1UR9A 1JZ3A 1UG6A 3L2MA 2PBGA 4AD3A 3T2PA 2CHOA 1VRXA 1HJSA 2RGMA 2BY0A 3B8SA 1SMDA 2CNCA 1VENA 2V5CA 1GZJA 5JUVA 2ZWZA 5CPSA 4CCEA 3FW6A 2WYSA 5I0DA 4OBSA 1OGGA 5FL1A 4PMUA 3QHNA 2J79A 2UY2A 5IFTA 1BFNA 4X0VA 1GOQA 1J0HA 2OSYA 4PCTA 5D9PA 3THCA 3ZOAA 3VILA 4PMRA 3CO4A 2XIIA 5A94A 1GOKA 3W53A 4W87A 4TXEA 1C91A 1UWTA 3AXHA 1EDTA 1CLXA 2A3HA 2WK2A 3BAIA 4MADA 3GDBA 1C8XA 4UOQA 1ZBCA 3BSHA 1DWHM 5D8ZA 3BCDA 1NWTA 3MO4A 2DGAA 1UWQA 4XZBA 2CERA 3WFLA 2UY3A 2YA0A 2FGZA 2VQTA 3GNOA 4MTVA 1ITCA 3AMDA 3PTQA 2EQDA 4UQCA 4E4PA 1WZMA 1HN1A 1CLVA 2E9MA 3DECA 2WLYA 4TTUA 4GZJA 5ABEA 4IUGA 1RP9A 1XD1A 3LMYA 4PMNA 2BXYA 1W9VA 2WHKA 5F7UA 4JZ5A 1G0CA 5BXSA 2JFEX 2PWEA 3AROA 1HJQA 2GJXB 2J78A 2A3BA 4QFUA 3UCQA 4Q22A 4IPLA 4OOUA 5AYBA 1EH9A 5JIWA 3CZLA 5I6SA 3WF1A 1FP8A 1J0ZA 3WQ4A 1XH0A 3WDQA 4URIA 3W82A 3OIHA 3SUVA 2ZUTA 1GOWA 3SCTA 1RH9A 4X0NA 2J77A 4MJ2A 4NRRA 4Z2JA 1OIMA 3E1F1 4JCMA 5KEZA 1Q6FA 4GXPA 4DWSD 1FOBA 3F4VA 1GQLA 2D0FA 2CBUA 3CLWA 1VEPA 2D0GA 3MMWA 1JFXA 3WF4A 4AZCB 5I23A 3AYSA 4KWUA 1JZ6A 3MMDA 1FA2A 1PX3A 1RP8A 5EB8A 4AEEA 1J01A 1PX8A 1E4NA 1WB0A 1AMYA 3AS1A 2YDQA 2J8FA 1BYAA 2Y8KA 3WUBA 4NRSA 3EDEA 4M80A 4NF7A 3VNZA 2V3EA 4MAVA 2NT1A 1TG7A 2NT0A 2WPGA 3EMCA 2WZIA 7TAAA 2OYMA 1C8QA 3NDYA 5A95A 4P7RA 4LXFA 4M82A 1TE1A 1W32A 1MFVA 5HPCA 4UFHA 1LF1A 1CXFA 1AQ0A 1EGZA 2FH8A 1BHGA 4AWEA 4KMQA 4UFJA 5M5DA 3CZ8A 4PTWA 2GJRA 5TD4A 1K6AA 1V6VA 4ZXOA 1EQCA 2DH2A 2EO7A 3SCWA 3W25A 4RE3A 1M7XA 1JFHA 2GUYA 3M07A 1GOMA 4MB4A 3MSDA 3OG2A 4H2CA 1GQJA 4KH2A 2V3FA 5CXPA 1YHTA 3VD7A 1GORA 1D7FA 1JXKA 1X1NA 2GSJA 3WD2A 9CGTA 3AHYA 4CGTA 2V38A 3VMPA 3FN9A 2VVSA 1C93A 1JNDA 1PAMA 1CECA 2GK1B 1GQIA 1UD5A 5A2CA 5C8BB 1LG1A 5IDIA 4IM4A 2X05A 3BAXA 1CEOA 2GDVA 2WCAA 2WMIB 4Z2KA 3WDIA 2QMJA 1QHZA 1V3HA 1ODZA 4UFKA 3SCUA 4CUCA 3NDZA 4P8XA 4QAWA 2CIPA 1H49A 3WELA 4ATLA 4F66A 1ZB5A 3VGFA 1B31A 3WNNA 4W7UA 3L4WA 2XGIA 1UA7A 3CMGA 1VJSA 3ZIZA 4L4OA 2QMKA 5CSYA 2Y5EA 3WNMA 1CENA 2ESCA 2J7CA 4HPHA 2B31A 1M03A 2XWDA 1B90A 2XVNA 1BTCA 4UFLA 2VQUA 2DPEA 1UD8A 3SCOA 1JD7A 3HMCA 2VL4A 5DT5A 2ZXDA 1A3HA 4D6HA 3AHTA 3AIQA 3VIPA 3VGHA 1EO5A 1W9XA 2YA1A 3IK2A 3PHAA 2VOTA 1UWRA 4F8XA 2IXVA 4HOXA 1KB3A 1CGUA 1XH1A 4UZSA 4UQDA 4DWSA 4HMDA 4LYRA 1D2KA 1OD8A 2WLZA 1EHNA 2GFTA 5IHRA 3BH4A 3FAXA 3VINA 4MAZA 4B3LA 1GONA 3ARYA 1B0IA 1WCGA 1JXJA 3S2CA 1LQ0A 3LPGA 1LWHA 1UH4A 3RIKA 3AHXA 3VDAA 1ZJAA 3AIVA 4OBRA 3DYOA 4U2ZA 1KR0A 1E40A 2NW0A 5CG0A 3WKZA 5EMYA 1J10A 2J75A 3ARQA 3RO8A 4CN1A 4GZIA 2BHYA 5A3HA 3D5HA 3WQ8A 1E15A 4JFWA 2EJ1A 5A6SA 2VRKA 1F4HA 2ZXBA 2VVNA 2OWCA 4ZEPA 1QNOA 2VX4A 4ATDA 5ABGA 3K8MA 1BAGA 1B3XA 2WC7A 1BG9A 3GNRA 4LGXA 1E6QM 5D8WA 5JIPA 3SURA 1EDQA 4FMVA 3ARRA 3VDHA 4GO9A 4WKFA 2A3AA 4CU8A 1H3GA 1XH2A 1B3ZA 3W0KA 3AYRA 3CGTA 3CHCA 3L2LA 2CITA 4D6IA 1E3ZA 1AQMA 5LA2A 3JUGA 3PZIA 3ARWA 1OT1A 1U2YA 2WSPA 3FY1A 3BLKA 1ITXA 3K1DA 3TTSA 2DT3A 5BXTA 2WMKA 4OOZA 1G94A 1E73M 1IT0A 4ACYA 1BG4A 4CN4A 4JL1A 4HZ8A 4UNIA 1FH7A 3N17A 3AHZA 1V0KA 1M53A 4PMZA 4JFSA 1VB9A 4BA0A 3N13A 2PC8A 1V0LA 1K9EA 5HNNA 4Z2IA 3NSNA 4UZUA 3WMCA 1R7OA 4PCSA 3A6OA 3GXIA 2JF7A 1WO2A 3N18A 3PTMA 3AOFA 1KGWA 3KZSA 6TAAA 1JYXA 3KL0A 3N12A 1HX0A 1OINA 3ZM8A 4J28A 1P6WA 1CXLA 3PZUA 2F2HA 3CUHA 3VGBA 2WWDA 1HF6A 3TP4A 3IJ9A 2WM0A 3U57A 1NM9A 2E3ZA 5DT7A 4AD5A 2ZX7A 5A6BD 4MNMA 2VZUA 3UG3A 1NWRA 1VFOA 1Z32X 2PB1A 3W24A 1G5AA 3IAQA 4H7VA 4AIUA 1MXGA 4PMDA 3U7BA 1ZBKA 3BXWA 1IZKA 2ZXQA 1GW1A 4AIOA 5GNZA 4E2OA 3UERA 1MQQA 2J47A 1WDSA 1LLOA 2EBNA 3NUKA 2DT2A 3TTYA 2W91A 5DEZA 3MUAA 3NJ3A 1OM0A 2D20A 3O2LA 5E6ZA 2E9LA 1JZ5A 1HKMA 3AZTA 3VIFA 1J0KA 3SCNA 3A4AA 5E6YA 1GHRA 1MQRA 2OYKA 4GQQA 3I3BA 1TVNA 2QV4A 1E6NA 3ZSSA 2DSKA 2F8QA 2WVSA 2ZOXA 1KXVA 4IISA 4GIAA 4AZHA 2C8NA 4DUXA 2EPLX 4ZE5A 2WNWA 3F5JA 3O9NA 1QVBA 1Q6CA 4BF7A 1QHPA 2EXOA 3M6DA 3SIMA 4YPJA 4L4PA 2DEPA 2X1IA 3WEMA 4D6JA 2WW5A 3WH7A 3WH5A 1GVYA 1NWSA 2VCAA 5I5RA 5I24A 3WENA 4AZ7A 3IJ7A 3M7SA 4ZXLA 3RILA 4W8AA 4HPGA 4BZYA 1M04A 3K8KA 5A6AA 4AD4A 3WNPA 3AXXA 1BYDA 3CPUA 4NSBA 3WL1A 4S3KA 2BFGA 2XWEA 4EANA 3QHOA 4TOQA 1UD3A 1FH9A 3SCQA 4U5KA 1HJWA 2CBJA 4U33A 1V3MA 1OWQA 3WH8A 2WBGA 3WIJA 2J7DA 1H41A 3QR3A 1MYRA 3WNKA 4CD7A 5DFAA 1UR2A 3PZOA 5A6LA 1ISYA 4FLSA 4HP5A 5BRQA 4AIEA 2G3NA 1KXTA 2VR4A 5FOOA 1TFVA 3VD4A 3N04A 3VGEA 1SR0A 3MANA 3WD4A 1QI3A 2OSWA 1JZ2A 4J3XA 1EHAA 4HOWA 5CSUA 1OB0A 2E9BA 5HPOA 3CUIA 2GJPA 1MW2A 4UQEA 1E0WA 1WE5A 4H8VA 4W7WA 3T09A 2BHUA 2ZX5A 1E56A 3VDCA 1E0VA 4TX8A 3ZR6A 3BC9A 5A8MA 4GI8A 4AMCA 1XGZA 1ISZA 3GH7A 1QI2A 1W2VA 1V3KA 3ECQA 3WFZA 1E55A 5DO8A 1KBBA 2CKRA 4XZWA 3OGRA 3VM5A 1DEDA 1HKKA 3VGGA 1E4MM 3VMNA 1E0XA 2XM2A 3OLDA 3W4RA 1J11A 1J12A 3CUJA 3EYPA 1UKSA 4HA1A 1UYQA 4YHGA 4QLJA 1KQZA 1HL9A 4ATWA 2O9TA 2Y24A 3J7HA 2ZWYA 4FLRA 1FHDA 3AHVA 4D6GA 3LPOA 1RPKA 1CNVA 2VX7A 4DWSB 5BROA 4HMCA 3VX0A 1I75A 1MVYA 2XPKA 2ZXAA 4Y7EA 4LX4A 1JF5A 1GOIA 4XX6A 2E8YA 2JIWA 5I3DA 1HT6A 1VAHA 4J3UA 3D3AA 2WBKA 5C70A 1GHSA 4B9YA 2WHJA 3I3DA 3MUY1 1KBKA 1ZBWA 4P7LA 3VIOA 3OZOA 1VJZA 3GTNA 3WD0A 3N15A 5BXRA 1YQ2A 2D3NA 4PMQA 1R87A 3WN6A 2XHYA 2WC4A 2WXDM 5GNYA 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1E1FA 4BQ3A 2V3GA 3ZMRA 1V08A 4CD4A 2XIBA 1H0GA 1NOUA 1EA9C 2YJQA 4H04A 3FAWA 3CH9A 1VF8A 4DUWA 4OKDA 3WY1A 2WZEA 3N11A 2YLAA 5E70A 4J3SA 3B9AA 2CPUA 2V3DA 3K8LA 1LL6A 1QI4A 4XB3A 4FLQA 3PZMA 2VMFA 2XM1A 3AMLA 1QNPA 1DWFM 1PX4A 4NI3A 3CUFA 3QOMA 1LL4A 1E43A 2FHFA 3I3EA 2XGBA 4TUFA 1WPCA 1AVAA 4C7GA 5CZKA 1UKQA 3GYCA 4M81A 5KZ6A 1CPUA 1CGTA 4J3TA 3MV01 1UQYA 4PUDA 2A3CA 2J4GA 4W88A 3L4UA 1W3LA 3WF0A 3OB8A 4UQ9A 3TTQA 4MB3A 3TA9A 4DM1A 2J62A 2YOCA 4U2YA 4PSRA 1HJXA 3AIBA 1TR1A 5E0CA 2WANA 1E4LA 3CBWA 5GQBA 3MSGA 3VUPA 4MNKA 3AICA 3PZ9A 2J7FA 2YKKA 2QHAA 3SUUA 2O9OA 3AS2A 1DWJM 1OGSA 2J25A 2OLHA 1JAEA 2FDMA 1DWGM 3VVGA 1C8YA 1NH6A 2G4FA 2CETA 1WZLA 4P8WA 4ZE4A 1K9TA 5I79A 1E3XA 1E9LA 4MPKA 2BHZA 4AYSA 1W1YA 1LG2A 4W5UA 2ZX9A 4M24A 4W85A 3HU7A 1R85A 2J7EA 3MMUA 3FNDA 1E72M 5CPTA 1R86A 4EK7A 1XCWA 1FHLA 3DYPA 1MW1A 3W6LA 3RJYA 3F5KA 1W9UA 2UY5A 1C92A 2VO5A 4UTFA 4WK9A 2CKSA 3POCA 3OLIA 1UOKA 3ZJ8A 3NCOA 4CD8A 3WQ6A 5JBFA 2D24A 4U5IA 3ALFA 3ZT5A 4HA3A 4H41A 3THDA 3BCFA 1XSJA 1Q6GA 3VU2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QOX A;  1XSK A;  3CZE A;  3BAK A;  3GBE A;  4B16 A;  3MKK A;  3WNO A;  2E8Z A;  1UD4 A;  4HZ7 A;  5GNX A;  1X6N A;  1J18 A;  2W67 A;  5JBE A;  1J0J A;  3IAN A;  1MW0 A;  5BXP A;  2PWD A;  1SFS A;  2WMF A;  2VX5 A;  2VZT A;  3KL3 A;  3CZG A;  3S6T A;  2GJX A;  3SUT A;  5A69 A;  1H2J A;  3ZJK A;  2EPK X;  5A6K A;  1QI0 A;  3OLE A;  1ZL1 A;  3W6M A;  1UKO A;  1M01 A;  2BVD A;  1B9Z A;  1CGX A;  2XG9 A;  4WSJ A;  3ZT7 A;  1UZ1 A;  3AMK A;  2EPM X;  2D1Z A;  4B15 A;  4UQB A;  1CYG A;  1TVP A;  3GXD A;  2VC9 A;  1JGI A;  1W3J A;  1WZK A;  3PZT A;  5A8N A;  3PZV A;  3OGS A;  1V02 A;  3MUZ 1;  2YLL A;  3K4D A;  4UCF A;  4ACZ B;  5HOS A;  4W5Z A;  1WKY A;  1ISW A;  2XFF A;  1HP4 A;  4MDP A;  1W9D M;  1KWK A;  3GXF A;  1VFF A;  4C7F A;  4FLO A;  4E8D A;  2XTK A;  8CGT A;  1Q6D A;  2DSV A;  4W86 A;  3VM7 A;  1V3J A;  4LYP A;  4AZC A;  5ABF B;  1XD0 A;  4HU8 A;  4JAW A;  2W61 A;  4QCF A;  1J0Y A;  2WMG A;  1AQH A;  4C7D A;  1E6S M;  1UQZ A;  2QLY A;  4PTX A;  7CGT A;  1NAR A;  4ML4 A;  1KCL A;  3WL0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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