3U7BA

A new crystal structure of a fusarium oxysporum gh10 xylanase reveals the presence of an extended loop on top of the catalytic cleft
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
327
structure length
327
Chain Sequence
AASGLEAAMKAAGKQYFGTALTVRNDQGEIDIINNKNEIGSITPENAMKWEAIQPNRGQFNWGPADQHAAAATSRGYELRCHTLVWHSQLPSWVANGNWNNQTLQAVMRDHINAVMGRYRGKCTHWDVVNEALNEDGTYRDSVFLRVIGEAYIPIAFRMALAADPTTKLYYNDYNLEYGNAKTEGAKRIARLVKSYGLRIDGIGLQAHMTSESTPTQNTPTPSRAKLASVLQGLADLGVDVAYTELDIRMNTPATQQKLQTNADAYARIVGSCMDVKRCVGITVWGISDKYSWVPGTFPGEGSALLWNDNFQKKPSYTSTLNTINRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of a GH10 xylanase from Fusarium oxysporum reveals the presence of an extended loop on top of the catalytic cleft.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
molecule tags Hydrolase
total genus 134
structure length 327
sequence length 327
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2011-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3u7bA00
5A6LA 2YBUA 3N13A 3AHVA 3APGA 4PMUA 2EQDA 3A47A 1FP9A 5I79A 1CXHA 1CXEA 5M17A 1ITXA 1DP0A 1UUQA 2CNCA 1GOMA 3ARWA 1KWGA 4IISA 3RCNA 1GOWA 4J3VA 2WC7A 1E15A 4GPNA 1HVXA 2BY1A 1E4IA 1KGUA 4TXEA 4PSRA 1OINA 2F61A 1NARA 1OIFA 2ZXAA 1CXLA 2X0YA 4PYSA 3N15A 4HMDA 4DWSD 5BRPA 3QHMA 1WE5A 4MNKA 4UQCA 3ZJ7A 3ALFA 3GYCA 3AMGA 4N0RA 3WNOA 3D5HA 3K8LA 1J10A 3WQWA 1HX0A 1TFVA 3FY1A 3WQVA 2VJXA 3B9DA 2A3BA 3PZTA 3VD7A 2DEPA 3EDJA 3VGDA 1UKPA 2W61A 4FLSA 4MB5A 4WK9A 1W1YA 6TAAA 1MXGA 1FFRA 5GNYA 1UD6A 4CCCA 1GOQA 5ABHA 4DM2A 3MANA 3WQ4A 3AHZA 3BAJA 3O2LA 1Y7VA 3O6AA 3SCQA 2CBIA 3CUJA 4CCDA 2F2HA 5HBFA 1W1PA 4GQRA 1OIMA 5IFPA 3IJ9A 4HU8A 2WLYA 4M56A 3AZSA 1JZ5A 1R87A 3VIJA 5BROA 1ISVA 4K68A 3AXHA 1IV8A 4BCEA 1HT6A 5A6BA 4IPLA 2WPGA 1TG7A 4YN5A 1KBKA 5LA1A 2ZUWA 4JHOA 3ZJKA 1UH3A 2BS9A 1CYGA 2CEQA 3WMBA 5A2AA 1H4PA 4RE4A 1MQPA 4U3AA 5AYIA 5ECUA 4E8CA 3BXWA 3WNMA 5CSUA 5EFFA 1R7OA 5CPQA 1WZAA 1PZ2A 3WUBA 2XFFA 4J3UA 3FN9A 3EDEA 2XFYA 3WY1A 1W91A 2IUZA 1GW1A 3ARQA 4CD7A 2YJQA 1VJSA 2JIEA 5DEZA 4LYQA 5I0DA 2WC4A 1UA7A 3VUPA 2GJXB 4EE9A 3BAIA 1E6XM 5FIPA 1A47A 3HMCA 1EQCA 5GNXA 1UOKA 2VC9A 3WDHA 1V6WA 1GORA 4H8HA 4UOJA 4OOZA 3WMCA 1E6PA 3WF4A 1VF8A 1QW8A 4AZ6A 4XZWA 3UERA 5AC5A 2YL8A 3N9KA 1E73M 3U7VA 3IANA 1C8XA 1HIZA 2D23A 3K46A 1HNYA 2D20A 1GUVA 3AS2A 4AXNA 5IDIA 4OKDA 5LA0A 1RP9A 3VX0A 2B31A 1MW0A 1AQHA 3T0AA 1K6AA 1V0NA 4PCSA 3OLEA 3OGVA 2VTFA 3WEZA 4H2CA 1ODUA 2DQXA 1E43A 1FFQA 2DSVA 2W67A 1R7AA 8CGTA 3KE0A 4CU6A 2ZX8A 1OM0A 2XIIA 4QLJA 1W2VA 3GXIA 3HJEA 2XJ7A 3SCSA 6A3HA 5GNZA 4CN6A 3GXFA 3GZAA 1B31A 4Q7NA 2ZUMA 1J0IA 2FGZA 1HJXA 4GZEA 4TTGA 1UD4A 1KR0A 3ARZA 4LQ1A 1DEDA 3VU2A 1HJQA 2W4XA 4ACZA 4PTMA 4M82A 4PMZA 2XGBA 4UTFA 3AIUA 4IPNB 1R8LA 4HA3A 4YHGA 1QOXA 1VJZA 4WF7A 3VDCA 1X1NA 3BAWA 3ZMRA 2WCAA 3W26A 1MXDA 3OA5A 4MNMA 3ZIZA 2ZUUA 1Q6FA 1G5AA 2A3AA 5IHRA 2FHBA 2BHYA 2J8FA 3TTYA 2E8YA 3RJXA 1H1NA 3W6LA 3OGSA 1BSIA 1ZS2A 4BQ5A 3WH7A 2VVSA 1UQYA 2ZX5A 2DT2A 3UG5A 4HPGA 1PIGA 2QV4A 1OBAA 3ZM8A 3VDBA 2WWDA 2CBUA 3RJYA 3AHYA 1BAGA 4GI9A 4Q22A 2G4FA 3AROA 5LYRA 2DIJA 5A8NA 2WNWA 1UD8A 2J77A 3W4RA 2CBJA 3CZGA 4A3HA 1CGUA 1HP5A 1UKOA 1ECEA 1UZ1A 2ZX7A 1UKSA 3TTOA 3VO0A 1E6ZA 4W8AA 4PMVA 3W29A 1WDSA 4W86A 4B15A 1Q6GA 4TVUA 1XD1A 5M03A 1E6SM 3IJ8A 4HMCA 2Q8XA 1CGTA 1XH1A 5A1AA 3LPGA 3LPPA 1HXJA 1Q6DA 2OYKA 1NP2A 3RM9A 5I6SA 2VNCA 1CDGA 3CBWA 4PTXA 1HN1A 3AZRA 1UWQA 2WM0A 5A6JA 4FLOA 1VEOA 3IAPA 4Z2GA 3WL0A 2J7HA 1XSKA 4GZIA 2WK2A 4F8XA 1CGYA 1V3HA 2RGLA 4F79A 1OGGA 3WBAA 4TVDA 1SR0A 1C3FA 4JFWA 3MMWA 5HOSA 4UOQA 4CD6A 1MW3A 1WKYA 3AZTA 2J7DA 4TX6A 2WMIA 5CPSA 2X05A 2W92A 4AIOA 1CLVA 3AHTA 3BAYA 3AIRA 2NW0A 4E4PA 1JDAA 5EBAA 3QGVA 1E5JA 3L4UA 4AD3A 2XM1A 3BAXA 1V3LA 2RGMA 3KZSA 4MAVA 3ARPA 1QNPA 2DT0A 3AS1A 1C92A 4HMEA 3BLKA 1JZ3A 2E8ZA 3AMLA 4AD0A 2A3HA 5BCAA 1BYCA 2WZIA 4RL3A 1GJUA 2WB5A 5E0FA 2PBGA 1FH8A 1ZBKA 2XPKA 3CZJA 3W0KA 3VGGA 3SUUA 4P7LA 4WKFA 1UWTA 3FNDA 1PBGA 2W91A 4PTWA 4S3JA 1LF1A 3SUVA 1JNEA 2E9MA 2JF7A 3PZIA 4C7GA 1F4HA 2FH6A 2VCBA 4LYPA 1JD7A 4PSPA 4C7DA 3PZGA 5ABFA 2WVVA 2CERA 1OT1A 3K1DA 4UOZA 4UQEA 4NZCA 2DPEA 2D2OA 2J7FA 2J7BA 1BGAA 5D8ZA 4GQQA 3W24A 4QDMA 4AY1A 3WL1A 5D9PA 5CLWA 1HKKA 3MMDA 5DO8A 1EHAA 4NSBA 3WSUA 3S6TA 1XYZA 1GZJA 3BAKA 4D6HA 4NRRA 1BYDA 1UWSA 1BPLB 1W9DM 3AICA 2WANA 1ITCA 4PTVA 5I2UA 9CGTA 2JFEX 2CPUA 2XSBA 3L4XA 3CO4A 1HL8A 1SMAA 3UR8A 2CKSA 1KGWA 4M8UA 3GXDA 4PMYA 2O9PA 2FDMA 1U2YA 2X1IA 4Z2IA 3MKKA 1V3JA 3M46A 4JHZA 1OD0A 4DWSA 4GKLA 1GHRA 3DHPA 1WO2A 2J8GA 3EDDA 4W7VA 3VIFA 3AJ7A 2WMKA 3E1F1 4A3YA 4AD2A 4FLQA 4JKMA 2WYSA 2AOSA 3WD2A 4U5IA 4ACZB 1AVAA 1G9HA 4B9ZA 1LL6A 2FH8A 2J7EA 2VRKA 5D9MA 4W85A 1VAHA 3SURA 3AIVA 3QHOA 2OYMA 3F5JA 4QCEA 2XFRA 3UEQA 1CGWA 3CPUA 3NCOA 1LG2A 3VIOA 4LGXA 3WDRA 4AD1A 1JAEA 1PAMA 3W6MA 4AZCB 4LYRA 4UNIA 1H49A 3ZSTA 1JNDA 2HISA 3WF2A 4WLCA 5BXPA 1LQ0A 3CH9A 4QLKA 2UY5A 4AD4A 2FGLA 1QI0A 2DGAA 4NRSA 3CMGA 4X9YA 3KWXA 1LL7A 1NOUA 3J7HA 1KXHA 4KGLA 2J79A 3QOKA 1E55A 1E1EA 5AYBA 3CUIA 1G0CA 4L4OA 5IHSA 1WZLA 4BF7A 3K4AA 4PMRA 2YDRA 4J3TA 2GK1A 1CEOA 1KCKA 4F66A 1W3KA 1E0VA 1H41A 3BMVA 1EH9A 3G6MA 1X6NA 2NT1A 2YLLA 1Q6EA 3UG3A 1UG6A 4CVWA 3EMQA 2J4GA 5FKYA 5I77A 2PWEA 1ISYA 1JFXA 2VUYA 3AFBA 1B3VA 1V0KA 2BNJA 4OBRA 1ZB5A 2D0GA 3IJ7A 3L4TA 2WKGA 1J0HA 1V3KA 1E6QM 1KCLA 3WUGA 4GIAA 1W9UA 4D6GA 4B3LA 2VZSA 5EMYA 1QI5A 4AZGA 3O9NA 1DWGM 1V0LA 2J7GA 3IAQA 5F7UA 1E5NA 3TTSA 1B30A 4UFLA 2WMIB 3NDYA 2CHOA 3BMWA 4W5ZA 4CD4A 2PI6A 5BXSA 3KL5A 4KGJA 1EOKA 1GQLA 1W1VA 4GO9A 4B16A 1US2A 2YKKA 2AMGA 2DDXA 3GH4A 2D1ZA 3MMUA 5CSYA 1GNXA 3OIHA 3ZJ8A 4F9DA 3VMOA 5A69A 2J74A 2PWGA 2WBGA 4E8DA 3HN3A 1JYWA 1UR0A 2Y24A 3RDKA 1HJVA 1ZBCA 5CLTA 1MQRA 1C90A 2VRQA 2QHAA 4OZOA 1L8NA 4XUYA 2FHCA 5C71A 2BXYA 4UFHA 3THDA 4R27A 1E4NA 1K9DA 1W3LA 1JGIA 5I24A 4MJ2A 3B8SA 2YA2A 5FL0A 1TA3B 1W9PA 2WMHA 3POCA 5E6ZA 3W25A 2ZUTA 2WMJA 1LJYA 4FMVA 5HNNA 1BF2A 3VX1A 4UQ9A 1XV8A 1XCXA 2A3CA 3ARYA 1JZ7A 5ABFB 2WVVB 5ABEA 4P8UA 2VI0A 2VX6A 3MUIA 1EA9C 1KWKA 1HJSA 3VGBA 5A6SA 2D24A 2PWHA 4UFKA 4M80A 4X0NA 3VD5A 3GNPA 3GDBA 3WH6A 3MUY1 2YDQA 3ARRA 3CUFA 1LWJA 4AZ7A 1H09A 1SFSA 1GVIA 3WF3A 1CTNA 1PX3A 1JYXA 1E4LA 4PBGA 3FHQA 1XSJA 3WN6A 4PN2A 1NWRA 2V5DA 3M07A 5CGMA 1B2YA 4EAMA 1B1YA 3VD4A 3VIGA 2EEXA 3WEOA 3WUEA 3FXYA 3RIKA 1GJWA 4URIA 3L2LA 5CQ1A 4DWSB 1U30A 4ZFMA 1V08A 2YL5A 1FHDA 1S46A 1ZL1A 3NYDA 1QI2A 1J01A 4M1RA 2XTKA 2VX4A 1PEZA 1VEMA 2VZOA 4ZXOA 3WF0A 4FF5A 3PZNA 1ISWA 2E9BA 5D4YA 2QPSA 1LWHA 1QBBA 4MPKA 4AZBA 2VR4A 2QMKA 2O92A 1CPUA 4Y7EA 2XM2A 4QP0A 1ISXA 5A8OA 4Z2HA 4HU0A 3VVGA 1JI1A 3PZOA 1UQZA 4JL2A 3VIPA 1NH6A 1UKTA 1LLOA 1RPKA 4CVUA 4GO8A 3WH8A 4UZSA 2WVTA 1Q4NX 2BVYA 2VVNA 2VZUA 1BVZA 2GVYA 4M24A 3ZR6A 4J3SA 4TTUA 3EDKA 1UA3A 5M5DA 1NWUA 4UQBA 3GH7A 1J11A 5A8PA 4U2ZA 1K9FA 1RH9A 3SCTA 7CGTA 4BZYA 1DWIM 3AMDA 1UYQA 3CHCA 2UY3A 4HPHA 4NF7A 3ZT6A 1UZ4A 1D2KA 4H04A 4CU7A 2EPNA 3FAWA 3WMSA 4U3CA 1CXFA 1E0XA 2WHMA 2DSZA 1BQCA 3WD1A 3VGFA 1FHLA 1QNOA 3ZOAA 4NI3A 2EPOA 2GK1B 3AHXA 3GNRA 4W5UA 3W82A 1WDQA 3ZQ9A 3OLIA 1ZBVA 2ZICA 1GQIA 1QNQA 2DT3A 1WP6A 4D72A 1JXKA 1HF6A 2XWEA 2W5FA 3UR7A 2GUYA 1JZ4A 4UFIA 3WIJA 2D22A 3PZQA 3GNOA 1BVNP 2VO5A 3BLPX 1SYTA 3PTMA 4BQ2A 3RPMA 3WQ5A 1ODZA 3K8MA 3A4WA 3RILA 4BQ3A 5A95A 1CNVA 1H5VA 1UR9A 1VIWA 2BV9A 1H0GA 2ZWYA 4HTYA 4MJ4A 2Y5EA 1CECA 1BYBA 2E0PA 4PRWA 4ZE5A 2WKLA 4CKQA 1F4AA 1PIFA 4A4AA 4TOQA 1AMYA 1QNSA 5CPTA 5A2CA 1K9TA 3CUGA 4QFUA 4MDOA 3LPFA 4ATDA 2CETA 1R85A 3AS3A 4D1IA 3AMCA 4AWEA 5M3WA 1CZ1A 1JDCA 2Y4SA 2BHUA 2BY2A 3N18A 3T09A 3TA9A 3N11A 1KB3A 3AMKA 1JIBA 2ZXQA 2VCAA 7TAAA 4HOXA 3PHAA 1OGBA 1O7AA 1GQJA 3SCOA 4MTVA 2PBOA 1BHGA 2ZUVA 2WVSA 1QHPA 4CUCA 4GI6A 4Z2JA 1CENA 1MFVA 2CIPA 4HOZA 1JZ2A 5IXEA 2VQTA 1NOFA 1PX4A 5BXRA 1HL9A 4J3XA 3RM4A 4ZENA 2QPUA 1QI4A 4JIEA 3T2PA 2JF6A 1E40A 5KEZA 2NSXA 4MB1A 3OBAA 1E72M 3A4AA 1J0JA 1I1XA 4AEFA 1M01A 1PPIA 2WHJA 2UY2A 2PB1A 3LMYA 2VCCA 4LXFA 1FH9A 1EGZA 1UD2A 3ZT7A 2ZUSA 4DUXA 3CGTA 2O9OA 1QBAA 2WWCA 3NSNA 5EFDA 4AZHA 1W2PA 3BCDA 3F5LA 1EDTA 4U2YA 3A3HA 2WMFA 2XGIA 3N1AA 4JFTA 1AQMA 1UD5A 1CGVA 3WDJA 2GSJA 3SCRA 2WSPA 1AQ0A 2Y2WA 3NDZA 2JEPA 1PX8A 2GDVA 3GBEA 5E6YA 4BQ4A 5CXPA 4PMNA 4DUVA 3BCFA 2J78A 1KQZA 1U33A 4PUEA 3VMPA 2V3EA 5A2BA 3NUKA 3PBGA 3SCVA 7A3HA 4FLRA 4AZ5A 2OWWA 1SMDA 3WENA 3CZKA 4JZ5A 4CN4A 4JKLA 4PMXA 2YBTA 1D7FA 2ZX9A 1CXKA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5A6L A;  2YBU A;  3N13 A;  3AHV A;  3APG A;  4PMU A;  2EQD A;  3A47 A;  1FP9 A;  5I79 A;  1CXH A;  1CXE A;  5M17 A;  1ITX A;  1DP0 A;  1UUQ A;  2CNC A;  1GOM A;  3ARW A;  1KWG A;  4IIS A;  3RCN A;  1GOW A;  4J3V A;  2WC7 A;  1E15 A;  4GPN A;  1HVX A;  2BY1 A;  1E4I A;  1KGU A;  4TXE A;  4PSR A;  1OIN A;  2F61 A;  1NAR A;  1OIF A;  2ZXA A;  1CXL A;  2X0Y A;  4PYS A;  3N15 A;  4HMD A;  4DWS D;  5BRP A;  3QHM A;  1WE5 A;  4MNK A;  4UQC A;  3ZJ7 A;  3ALF A;  3GYC A;  3AMG A;  4N0R A;  3WNO A;  3D5H A;  3K8L A;  1J10 A;  3WQW A;  1HX0 A;  1TFV A;  3FY1 A;  3WQV A;  2VJX A;  3B9D A;  2A3B A;  3PZT A;  3VD7 A;  2DEP A;  3EDJ A;  3VGD A;  1UKP A;  2W61 A;  4FLS A;  4MB5 A;  4WK9 A;  1W1Y A;  6TAA A;  1MXG A;  1FFR A;  5GNY A;  1UD6 A;  4CCC A;  1GOQ A;  5ABH A;  4DM2 A;  3MAN A;  3WQ4 A;  3AHZ A;  3BAJ A;  3O2L A;  1Y7V A;  3O6A A;  3SCQ A;  2CBI A;  3CUJ A;  4CCD A;  2F2H A;  5HBF A;  1W1P A;  4GQR A;  1OIM A;  5IFP A;  3IJ9 A;  4HU8 A;  2WLY A;  4M56 A;  3AZS A;  1JZ5 A;  1R87 A;  3VIJ A;  5BRO A;  1ISV A;  4K68 A;  3AXH A;  1IV8 A;  4BCE A;  1HT6 A;  5A6B A;  4IPL A;  2WPG A;  1TG7 A;  4YN5 A;  1KBK A;  5LA1 A;  2ZUW A;  4JHO A;  3ZJK A;  1UH3 A;  2BS9 A;  1CYG A;  2CEQ A;  3WMB A;  5A2A A;  1H4P A;  4RE4 A;  1MQP A;  4U3A A;  5AYI A;  5ECU A;  4E8C A;  3BXW A;  3WNM A;  5CSU A;  5EFF A;  1R7O A;  5CPQ A;  1WZA A;  1PZ2 A;  3WUB A;  2XFF A;  4J3U A;  3FN9 A;  3EDE A;  2XFY A;  3WY1 A;  1W91 A;  2IUZ A;  1GW1 A;  3ARQ A;  4CD7 A;  2YJQ A;  1VJS A;  2JIE A;  5DEZ A;  4LYQ A;  5I0D A;  2WC4 A;  1UA7 A;  3VUP A;  2GJX B;  4EE9 A;  3BAI A;  1E6X M;  5FIP A;  1A47 A;  3HMC A;  1EQC A;  5GNX A;  1UOK A;  2VC9 A;  3WDH A;  1V6W A;  1GOR A;  4H8H A;  4UOJ A;  4OOZ A;  3WMC A;  1E6P A;  3WF4 A;  1VF8 A;  1QW8 A;  4AZ6 A;  4XZW A;  3UER A;  5AC5 A;  2YL8 A;  3N9K A;  1E73 M;  3U7V A;  3IAN A;  1C8X A;  1HIZ A;  2D23 A;  3K46 A;  1HNY A;  2D20 A;  1GUV A;  3AS2 A;  4AXN A;  5IDI A;  4OKD A;  5LA0 A;  1RP9 A;  3VX0 A;  2B31 A;  1MW0 A;  1AQH A;  3T0A A;  1K6A A;  1V0N A;  4PCS A;  3OLE A;  3OGV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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