3UNDA

Substrate-bound crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia pseudomallei
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
283
structure length
283
Chain Sequence
GSMNVAISPGVTAGNSLPFVLFGGINVLESLDFTLDVCGEYVAVTRKLGIPFVFKASFDKANRSSIHSYRGVGLDEGLKIFAEVKARFGVPVITDVHEAEQAAPVAEIADVLQVPAFLARQTDLVVAIAKAGKPVNVKKPQFMSPTQLKHVVSKCGEVGNDRVMLCERGSSFGYDNLVVDMLGFRQMAETTGGCPVIFDVTHSLQCRDPLGDASGGRRRQVLDLARAGIAVGIAGLFLEAHPDPDRARCDGPSALPLHQLEGLLSQMKAIDDLVKRMPALEIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2
molecule tags Transferase
source organism Burkholderia pseudomallei
total genus 95
structure length 283
sequence length 283
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3undA00
1UCWA 3LCFA 1B57A 2C15A 3BPWA 3L9CA 4LV4A 5BRBA 2ZZ7A 3BLEA 1KTNA 1IXPA 1FWWA 3NOEA 1K7FA 3LHVA 5IBXA 4CLMA 3UY7A 3S6DA 1OFAA 2YW4A 3PBWA 5D04C 4Z08A 3UD6A 5KSWA 4K8HA 2Z1BA 3TFCA 1VYRA 3N73A 5ABTA 3HJZA 2JKAA 4ML9A 3NQ7A 4TMCA 4N4PA 4NXSA 4RXFA 3BV4A 2O7QA 1DOSA 2X30A 2VFFA 3OIXA 4AHOA 1KTCA 5D2WA 4UFHA 5DCBA 4MOZA 1DV7A 1TPDA 4OGZA 2JKEA 3NL5A 4MVAA 3TV8A 1LP6A 1V7YA 3W2UA 2Y7FA 4JD4A 4A22A 3Q58A 4UTLA 3HIJA 1K8XA 1NEYA 3L0GA 4MYXA 4OE7A 3NQEA 3G0SA 2GVJA 3RMJA 1OFOA 4IMEA 1SU5A 4OBTA 2Q8ZA 5D2XA 4PL1A 1LDCA 1X7FA 3CC1A 2V9DA 3UWUA 2R94A 3FKKA 3LDVA 3LHYA 1ICQA 4B5NA 3A23A 3C2OA 3FA5A 3UWZA 4JIQA 4FX6M 5GVJA 3PBUA 2JBMA 4O4WA 2EGZA 2CZ5A 4KFPA 4NU7A 1KTBA 1FXPA 3I6RA 4XWUA 3GXTA 2V30A 1ZAJA 2WNZA 2Z6IA 4K7YA 3HPSA 1FDJA 1H51A 3MBDA 2NXGA 2NWRA 4Q32A 5CPMA 5CZSA 1QNVA 3N2MA 3W1UA 1WOAA 3EEGA 4UCGA 4AH7A 5FF0A 5CSRA 4JDBA 4DO6A 1FUYA 1VGAA 2WSQA 3EWBX 3THQA 3LHTA 4ZQRA 1JQVA 1XC4A 1B4EA 2RHGA 4NXKA 3A22A 3QSRA 4ADSA 5HR7A 1WA3A 2F7FA 5G1YA 3B05A 1RQBA 3HG2A 1Z41A 4IGHA 3LRMA 1ZENA 2Z6JA 2NV1A 5AN7A 1OFBA 1MEWA 1FX6A 2QCDB 5G5IA 4UR8A 1TPWA 1VR6A 2JKPA 3QYQA 5F2LA 3IIOA 5FF4A 1Q3NA 4QM1A 1G67A 5BNKA 4UFIA 2WNNA 1SZGA 3WJXA 3IRDA 4UFJA 1P0KA 1JRCA 1KM6A 4A2SA 4NJHA 3KVMA 3IVUA 3PULA 4O15A 3N9RA 4JR5A 2NUWA 5BW6A 3LXBA 5FF3A 3BW2A 2UV8G 1SUXA 1XUZA 3EWUA 2ZRZA 1J2WA 4ALDA 2EKCA 2YFNA 2J27A 1DHPA 1PHQA 3A24A 3P81A 1GVQA 3CPRA 4UUIA 3S5ZA 4GC4A 2O7SA 3MI3A 3DH7A 1ZNNA 2J9XA 4CQAA 2NZLA 2PCQA 3W71A 1ME8A 4UFLA 5HR6A 4O1CA 4JICA 4M6QA 4NJJA 3TROA 3VE9A 1OFQA 2XN2A 1VYSX 3R89A 5CKSA 1LOLA 4MUZA 1G4EA 3SI9A 1D3HA 3P8IA 1KLZA 4PCFA 1GVOA 5G4EA 2WOQA 2J6XA 2ZBTA 1H50A 1HO4A 1I2PA 3SJ3A 5HJLA 1GPWA 3W7DA 4AHQA 1XXXA 3S9YA 4O50A 4MY9A 4QJ1A 2RDTA 4H6KA 1AW1A 4OT7A 3NQMA 1ME9A 3ZWSA 4XUGA 2ZDRA 4O8RA 3UNDA 2V5BA 4N2YA 1O95A 1H1YA 3DFOA 3O16A 5LNVA 1GJPA 3W7MA 2GPTA 3W86A 3NEVA 2ISSA 2A5HA 3CM4A 4LW7A 4GUHA 1X8FA 3TSBA 1WBJA 3CQ0A 4MIMA 1ZHAA 1YXDA 5H2ZA 3QPZA 3W7EA 1VRDA 3NGJA 1EWEA 1SSGA 3Q94A 3G1AA 3TSMA 1JULA 1OABA 2W0UA 4WJEA 1Q6OA 1NF7A 1U83A 5LGXA 2ZRXA 2V82A 4AVFA 1F5ZA 2FJKA 5F4XA 3QEZA 4UFKA 1OVDA 4AXKA 3PC0A 3IIXA 4Y90A 3GYEA 1SFLA 4O57A 3OEXA 3WK0A 3LCIA 3P5ZA 3KRUA 3W1XA 2DU2A 1DJNA 1O4UA 4U4MA 2G96A 2E09A 4HKPA 1YDOA 3NA8A 2YCEA 3W2KA 4Z1DA 2QCHA 2E6AA 1IXNA 4ONVA 2C3ZA 2V8ZA 3G1SA 2P1FA 3BVJA 3SGZA 2DZTA 2CLIA 3SZ8A 2QUUA 3AO0A 4MFEA 2YFOA 4MZ8A 3UWVA 1KM4A 1F7BA 5AHFA 4IXHA 2CLEA 1G4PA 2VKZG 4HSNA 3SR7A 5FF7A 4A3UA 1L6YA 3GB6A 2DJXA 4UXDA 1LYXA 3FLUA 4KKXA 5K4XA 3N19B 3I7RA 3LTPA 1S5WA 3W70A 2RDUA 3GX9A 4FNTA 2GVLA 3O6YX 3C8FA 3HOJA 4N02A 3EKLA 1RVGA 4NNBA 4RX0A 4AF0A 1EUAA 4MKNA 3NPVA 1JVNA 4NQ1A 1L6SA 1F76A 3O06A 4K7VA 3NM3A 4M7SA 2PRMA 3S1WA 2DZXA 1ZY9A 4MLJA 2ZZ2A 4LVGA 3RLVA 5HWNA 4O1BA 5K9DA 1KM5A 3GZ3A 2QF7A 4JTJA 3T4CA 2NWSA 3PR2A 2ZA1A 4Z0SA 4DO4A 3NQVA 5DBUA 4A21A 1OJXA 1Z42A 3FS2A 5K7JA 3F1QA 2NX1A 5EA9A 2I1OA 4H3DA 1TB3A 4WY0A 4NX0A 3UY8A 1C8VA 1O94A 3KVKA 1BWKA 3NVTA 4DQWA 3WK2A 2Y7EA 2X1TA 4CNOA 1KFBA 3WJWA 2G95A 1OFRA 1G6CA 1KV5A 1R2RA 2QCNA 4MPQA 5AHEA 2RH9A 1QCWA 3W7JA 4FNQA 1BWLA 2HS6A 4HNUA 1OFDA 4QITA 4Y9AA 3RNDA 1TSIA 3W83A 4JTFA 5LNRA 4HHPA 4ZQCA 1W5MA 3ANYA 4ZQNA 2H3DA 1LROA 4GRSA 1WXJA 4JYEA 1TQXA 2ZZ3A 1W54A 3VE7A 3W1PA 2ZCGA 2EHHA 1WQ5A 3MBFA 4LVAA 1QWGA 3PB2A 4WD0A 3S8HA 4FX7A 3DFTA 2QDHA 4YCPA 3M41A 1SO6A 4PODA 1EX5A 1KM0A 4TIMA 4R34A 3W7NA 3PBYA 4BI7A 1H5YA 1TV8A 2FQIA 1VHNA 4LU0A 4I9AA 3V75A 3O63A 2EF9A 3RLUA 3FIGA 3B0VC 1C9DA 1JCXA 2H8ZA 2X16A 4BI6A 4DF2A 2FB2A 2ZZ5A 3QPYA 2H90A 1IXQA 3PUEA 3W73A 3ZS4A 3PSWA 1KV8A 3W7RA 4GUGA 4IMGA 3DAQA 3LRKA 1JCNA 1P5BA 1ZFJA 1DQXA 1W0MA 4GBUA 2NUYA 5TBOA 3WK1A 1DBTA 3W1NA 4OWGA 4NZFA 3TK7A 5K2ZA 1RQEA 3H53A 3QQ0A 3MP3A 1MSSA 3LHUA 2X1RA 1FBAA 3G8RA 4WQ6A 4FNRA 2GJLA 1XBYA 3DHFA 1I2RA 4WOQA 3LBCA 2EPHA 1F73A 1TJRA 1GVSA 1W31A 4JX4A 2ABBA 2H8XA 1IIGA 1B9BA 3GLCA 1G7UA 1QOPA 4JTLA 2ALDA 1T8XA 3TC7A 5AHMA 3TKFA 1B4KA 4HT3A 5EPDA 3P5YA 3SECA 4AF0B 4JS3A 1F74A 3TJXA 4HIBA 2E1DA 3UWQA 3QQ1A 4DELA 3N3MA 1EB3A 4TR9A 4OV4A 1A5CA 4MJZA 1OYBA 3B8DA 3T55A 1KBIA 3I68A 3PY2A 3KRSA 2ZRYA 3EX1A 5AC6A 4XTDA 3DI1A 3C4UA 3EB2A 3LOTA 4UTJA 1FXQA 1H7RA 5G2HA 5KMYA 4FB7A 3L21A 4ZZ9A 3ABOA 3EWXA 4WY0B 1SSDA 4IUOA 4MZ1A 3O6DA 1KFCA 2QCEA 2VENA 1H1ZA 1S5TA 3DFQA 4S2BA 2IQTA 3A21A 3L5AA 5D30A 5KINA 4O1AA 2A0NA 1L9WA 4MY1A 2DZWA 3OG3A 4O12A 1LM1A 2YYTA 4FF7A 3NL3A 4PC8A 1ONRA 1GWJA 3GK0A 3TCEA 5KITA 2B7PA 4UNLA 3QF0A 3TDFA 4O0ZA 1VLIA 2GQ9A 5F1VA 3G1FA 5MHBA 1I2QA 3MUXA 3W7PA 1K8ZA 5C5YA 3T40A 1H62A 1KM1A 2PRHA 3CEPA 1RV8A 4HNNA 4L4MA 2GVGA 1RPXA 3NYZA 5DBTA 3W9ZA 1X6UA 5LNWA 4OQVA 2YXGA 4XZ9A 2VEKA 4O0KA 2C13A 4WXYA 3W7CA 1W3NA 2CWNA 2HSAA 5HWJA 1M7OA 1YPIA 1YDNA 3B0PA 1F6KA 2NV2A 3S1UA 4LY8A 3HMJG 3KHJA 4X22A 3LCLA 1T99A 4IXXA 3M6YA 1AG1O 1MEHA 2AGKA 2RFGA 3PAJA 2CLMA 3LCGA 3MHFA 5LNUA 1XDLA 1EP1A 4BWLC 2H3BA 3TA6A 3TMLA 1TPH1 4DF1A 3B03A 4LV9A 4DPQA 4PFMA 2FPYA 5E0KA 5K3VA 1ZAHA 4YXGA 3W7QA 4LRSA 2ATSA 3BG5A 4HNTA 1H7WA 1SO4A 3GDMA 1LTDA 4J9JA 1Y0EA 1FWRA 3OA3A 4JTUA 4IWWA 3G22A 4NX5A 4RR4A 3TIMA 3O05A 3C2FA 2A7RA 5CG7A 2R91A 2RKXA 3W72A 3IEBA 3LXAA 3O1NA 4JX5A 4R7JA 1JR1A 3TFXA 3MP5A 3NM1A 1EWDA 1TMHA 2I14A 2NXIA 4N9EA 1R30A 3CHVA 4GWEA 3W1QA 5U7SA 3P8JA 2QCMA 4O11A 4I7UA 4DXVA 1ICSA 1WOBA 3E9AA 3AJXA 4NUWA 3W3OA 1Q45A 5F4WA 3P61A 4Y6GA 5T26A 3STFA 5F4SA 2ZA2A 1LOSA 3PWAA 3NPUA 3EWZA 2B7QA 3W1LA 3C2EA 2BSLA 4UTIA 5CZJA 3HQ1A 1HG3A 3PSVA 3M5YA 1YXYA 2QUTA 2V2DA 3UPBA 2CZFA 2VFDA 3I7QA 3P60A 4UTHA 5F1UA 2WO5A 5D05A 4FX8A 4FEZA 3QJAA 1IF2A 3HPXA 3OBKA 5FESA 2VOMA 3M47A 2TRSA 2ATMA 3NQGA 1W3TA 4ICNA 2CLOA 1OFEA 4UIOA 1EP2A 3QMSA 2C1HA 1YYAA 3G1HA 4Q33A 1J5TA 5A5WA 4PA8A 2ZTJA 3W7IA 3RFAA 4AWSA 2YPIA 1ALDA 3LBMA 3DXIA 2J9ZA 3LGEA 3TNOA 4YCOA 1SW7A 3P74A 3VNDA 3A5FA 1A53A 1CW2A 4UMCA 4OV9A 4W9TA 3P84A 1DJQA 3KX6A 4X9SA 3VKJA 1PCWA 3INPA 3FJLA 3R13A 3LHWA 5EBUA 3TXVA 3NQAA 3EWWA 1AW2A 4HPXA 4AHPA 5DXYA 1W56A 4QQ3A 4XQ6A 1NF0A 5BMWA 4M5PA 5I3FA 1AW5A 7TIMA 3L5LA 1O5KA 1JCJA 1LZOA 1RD5A 2TYSA 2W6RA 2Q3RA 2FLIA 5KTLA 4JTTA 4N9CA 1TPUA 3SGUA 3DKJA 1N55A 1PV8A 1DORA 1PIIA 1SFJA 4IX2A 1LRNA 3HGSA 4BWLA 4XBSA 2VFIA 3FYPA 4AAJA 2NLIA 1K7XA 1KBJA 1AMKA 4QNEA 3IGXA 3B4UA 1L6WA 4NJKA 4PL2A 3NG3A 3KVLA 2QCLA 1UJPA 3LCHA 1YLVA 1OK4A 5FF2A 2G97A 1R46A 2VEIA 3SW6A 3WJYA 2HS8A 6ALDA 3BK0A 1DVJA 4EWND 2WNQA 2GJNA 4JGDA 1W5QA 1KW1A 4M6VA 2P10A 2ZZ1A 3EKZA 1LRQA 1JQXA 3TJLA 1YADA 2YYUA 4ZQMA 3O8AA 2VEPA 4E2DA 1W8SA 3B04A 3CLMA 1BTMA 4JTKA 3C0JA 2A2IA 2CLKA 1PCKA 1Z44A 2JGQA 2Z0IA 3M16A 4JTSA 4PEKA 5AFDA 3G24A 2BZNA 2BLEA 5TQLA 1G69A 3E49A 2I9EA 4K38A 3TQ0A 2QUVA 4NT0A 4QNWA 2GOUA 5EY5A 3NDOA 1XKYA 1VCVA 3LHZA 3FJ6A 4MFDA 3GNNA 5E93A 1GG1A 3LM7A 3DENA 2KZHA 4RKAA 3TUUA 1MO0A 4WZHA 2YW3A 3PBVA 1HL2A 4WY0F 3W1RA 4DBDA 3BARA 3EX6A 1C29A 3C3NA 4IMFA 1E51A 2YR1A 4LNYA 1FCQA 5C55A 3FKRA 4LOCA 1K7EA 1ICPA 3E02A 5KZDA 4UTMA 1QDSA 2J88A 3HF3A 3T7VA 4EVZA 4P61A 5FEWA 2J24A 3S5OA 2VC6A 5H91A 4BI5A 3TQKA 1VZWA 3PVFA 4EIVA 3K30A 4RZ4A 5EYWA 4X3ZA 3MYPA 3P62A 3TC6A 1P1XA 4D2JA 2FIQA 2A4AA 2Z2UA 3O6CA 1H7OA 4MY8A 1GZGA 1X1ZA 5LHEA 3VI2A 3GIYA 4Z1AA 2ZQ0A 1OFPA 4OU1A 2C16A 1VPXA 5DY3A 3L67A 1LBLA 4FIQA 3S5NA 4IQLA 1TRDA 2CZEA 2NX9A 5D2TA 4Q4KA 1NSJA 4ORMA 3LRLA 4FHAA 3KAOA 5FEXA 3RF9A 4CCCA 4NNCA 3MW7A 4O52A 5DELA 4KFOA 2E5BA 4TO8A 3BG9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3UGV A;  1EDQ A;  3BPW A;  2OFJ A;  1Q6C A;  1M04 A;  4D6C A;  4MUP A;  1KTN A;  5AZ1 A;  4CLM A;  1LL6 A;  3UY7 A;  2J62 A;  1L8P A;  3VXG A;  5D04 C;  2R24 A;  1TJ2 A;  2JKA A;  4C5Z A;  4NYU A;  4JOM A;  4ML9 A;  4X60 A;  3NQ7 A;  4RXF A;  2X30 A;  1KTC A;  3L4Y A;  4UFH A;  1NFG A;  4C1N A;  3Q45 A;  4OGZ A;  4P7O A;  4LAU A;  3KOZ A;  3W2U A;  3FVM A;  2PBG A;  4DB7 A;  4JD4 A;  4A22 A;  2BV9 A;  3QC0 A;  4IME A;  1SU5 A;  2QDD A;  3UFY A;  5EFF A;  3FW6 A;  3KW3 A;  4P5U A;  5CC3 A;  1A80 A;  1UR3 M;  5D2X A;  2V9D A;  2R94 A;  3LDV A;  1A5O C;  4B5N A;  2DSZ A;  3HPA A;  2HQA A;  3QHO A;  3GTF A;  1QOX A;  3MC5 A;  3CL8 A;  3CMG A;  2AL2 B;  3H7R A;  2GJX A;  3I6R A;  2EXO A;  4MNK A;  4ML4 A;  4K7Y A;  3N2M A;  1WOA A;  3OLE A;  1WNO A;  3QY7 A;  1REQ B;  5LYR A;  1K1D A;  1VGA A;  5E70 A;  3L4W A;  1QNR A;  4LAK A;  4Q4O A;  5CQ1 A;  1B4E A;  2FZM A;  2D24 A;  1DXF A;  3UBP C;  1M41 A;  5DAN A;  5C9U A;  2YBU A;  2X41 A;  4C6B A;  2NV1 A;  2VP8 A;  1JDA A;  1IEI A;  2OWW A;  1FX6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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