3UNDA

Substrate-bound crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia pseudomallei
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
283
structure length
283
Chain Sequence
GSMNVAISPGVTAGNSLPFVLFGGINVLESLDFTLDVCGEYVAVTRKLGIPFVFKASFDKANRSSIHSYRGVGLDEGLKIFAEVKARFGVPVITDVHEAEQAAPVAEIADVLQVPAFLARQTDLVVAIAKAGKPVNVKKPQFMSPTQLKHVVSKCGEVGNDRVMLCERGSSFGYDNLVVDMLGFRQMAETTGGCPVIFDVTHSLQCRDPLGDASGGRRRQVLDLARAGIAVGIAGLFLEAHPDPDRARCDGPSALPLHQLEGLLSQMKAIDDLVKRMPALEIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2
molecule tags Transferase
source organism Burkholderia pseudomallei
total genus 95
structure length 283
sequence length 283
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3undA00
1XI3A 4JTKA 3HGOA 2ZZ4A 4QJ1A 2NUXA 3LB0A 4K8EA 4PCFA 3P60A 1YLVA 2YX0A 5AHLA 4Z08A 2Q3OA 3BV4A 1RPXA 4OQVA 3E96A 3TC7A 1LDCA 5I3GA 2ISSA 4WJEA 3UQNA 1H5YA 1HFBA 2CZ5A 5A8GA 3S1VA 3G1AA 3SZ8A 4KWWA 2C14A 1H62A 1VGAA 4GFSA 5LGXA 1H50A 1KM2A 2Z2UA 3W9ZA 4O17A 4LW7A 3C4UA 2EAWA 1ADOA 2I14A 4YMZA 1G6CA 3IGUA 4M5PA 5DLCA 3W7HA 5J5DA 2XFWA 4Y96A 3RU6A 1OFRA 2QKFA 4ZQOA 3LOTA 3IGSA 3I7RA 5H2ZA 3GYEA 4O1BA 4WZHA 1A5CA 3QH2A 3W2UA 3W7JA 1ZJIA 4LTSA 1S5TA 2C1HA 1KM0A 3KFTA 4DBDA 1J4EA 3GIYA 2QAPA 1H7RA 5G4WA 4WOZA 2PE4A 3NOEA 1JVNA 2FPTA 5KZEA 3L0KA 3P80A 4X2RA 3W7MA 3OG3A 4AB4A 3MBDA 5C2XA 2HTMA 1JRCA 3KRZA 4C1LA 1FCUA 4FEZA 5K4ZA 5EMUA 1BWLA 3PAJA 3IVUA 4NJGA 2V82A 1ICSA 2V0TA 3QSTA 3OIXA 3QSRA 2A4AA 3W1PA 1K8XA 3NQ6A 2NWRA 2A1YA 3G3MA 3CLMA 1F5ZA 3C3NA 1MXSA 3LV5A 1GQNA 3TH6A 5D33A 3G0UA 2CW6A 3ABQA 4IWWA 1VHCA 4BI6A 3C52A 1L2UA 3GAYA 1W31A 3BW2A 2TMDA 4MZ8A 2WV8A 4AAJA 1O95A 1GOXA 3FS2A 4JXCA 4NZJA 3HGJA 4Y90A 3VKJA 2NWSA 1I45A 1KLYA 1ML1A 5TIMA 3MI6A 3BW3A 4HHPA 4UC5A 3HPZA 3C2EA 3TU9A 3TX9A 2JGQA 3PBYA 2BX7A 3UZJA 4DO4A 3QRHA 1O4UA 3ABRA 3VCRA 4UTTA 4YXGA 3M5XA 4XTIA 1Q6OA 2ZZ3A 2GPTA 4O13A 1WDWA 2PC4A 1SW0A 2ZA3A 1FDZA 1X1OA 2NXGA 1UCWA 5E93A 2E6FA 4X3ZA 1G7VA 3W7PA 4GC4A 4JTGA 3MP5A 3W7LA 1W5PA 5L6UA 3QMSA 2QF7A 3NA8A 4XZ9A 4QNWA 1EUNA 4FNPA 1ZENA 5CZ0A 5LNUA 2R91A 4FX7A 5KITA 3HPSA 3UY8A 4YL2A 3EB2A 1O94A 4UTMA 3M16A 3A21A 3GXPA 3B4UA 4Y8FA 1O5KA 1TV5A 1HO1A 3C0JA 3P61A 4IX0A 4NQ1A 4RZ4A 2XN2A 1QDSA 1IIHA 3IV3A 4MOZA 5IBXA 1VRDA 2Y7FA 2H8XA 1H7PA 1GEQA 1NVMA 5IM51 5K3VA 1AG1O 3NQCA 2QUTA 3W87A 4QISA 3LCGA 3W85A 4UTWA 3I7QA 5BOOA 1LBLA 3QF0A 1A50A 3RNDA 4GUJA 4IMFA 4GNJA 3LXBA 3MWAA 2Y7DA 1K7FA 2FDSA 2ZYFA 1PV8A 3TUUA 4DBEA 2FTPA 4UTTC 3SFKA 2CLIA 3UNDA 3ZWSA 1SQ7A 3NQEA 5SWUA 1IXNA 3O15A 1FUYA 2ZRWA 3NVTA 5I3IA 3GDKA 3DKLA 1DJNA 2WSYA 1U83A 5D2VA 3B0VC 1TPUA 4HIBA 1TYGA 3G18A 3LCIA 4GWEA 3MHGA 4LVGA 3UPWA 1K8YA 2EPHA 3PB0A 3HB9A 3KX6A 1BWKA 2HS6A 1WA3A 2NX9A 1JUBA 5EBUA 4O1CA 4FB7A 1TPEA 3RLVA 3W7NA 4IXHA 4DQWA 4LC8A 2A5HA 2A6LA 4KFPA 3MHFA 4Z1BA 3EXRA 3UY7A 5D2XA 2YCEA 2B7PA 3ABOA 3F03K 4O53A 4BWLA 3NYZA 1GTEA 5IBXC 4G1KA 4YWIA 1W1ZA 5AC7A 2V2DA 3KRUA 1OFBA 1G4SA 2ZRXA 1I2NA 4UFLA 3ZFHA 2GVLA 4UTWC 1M6JA 4O54A 1ME9A 4FO4A 3M5YA 1F2JA 4S2CA 4AH7A 2QCNA 3E12A 3NAVA 3HG3A 5D03A 1S5VA 3Q94A 4NNCA 4GXMA 3EX6A 3GKAA 2V5BA 3HBLA 2V2CA 3DU0A 4IMCA 3FKRA 2WNZA 5LGZA 2YPIA 3BO9A 4TR9A 2CLFA 4UCGA 5CGQA 4TO8A 1TTPA 3NQVA 1W3TA 1DBTA 1LCOA 4LUIA 4O19A 1JUEA 2QCFA 4IOTA 5T26A 3OVPA 3NQ7A 3DZ1A 3KOFA 5AHIA 5F4XA 3TFXA 4N9BA 1KV8A 4O4VA 4A3UA 4YLWA 3QW4B 2ATSA 4DPQA 4LVFA 3PG8A 4MZYA 2I1OA 1I4NA 4Z1DA 4OHQA 5LHFA 3H55A 2ISWA 1W5OA 3BLEA 4MFDA 2YFNA 1SO5A 1Q45A 2GJNA 4RV8A 2GVJA 4AEOA 3N14A 3WK3A 1ZAHA 3FJ6A 3TCEA 4GE8A 1YTKA 8TIMA 4OU1A 5LNRA 2PCQA 3S42A 1OX6A 3TXVA 4EIVA 5DN1A 1AW5A 3G0XA 1KA9F 4ZMGA 3LX9A 3MMTA 3C2VA 4BWLC 1WX0A 4N9CA 2J9YA 1FWSA 3WK1A 2E5DA 1DVJA 4UTKA 2WPBA 5HWNA 2NV1A 2YR1A 3LHUA 2VFFA 1XXXA 3OVQA 4MLRA 5D04C 4QAIA 5FEWA 3P74A 2DZXA 1KTNA 4O1DA 1WBHA 3B0PA 4M7TA 1H7XA 4DPPA 1AW1A 1YADA 5HULA 1EWEA 3N2MA 2VENA 1DJQA 2DZWA 3B06A 4OWGA 1H63A 2R14A 5F2IA 4MPQA 2YDAA 1THFD 4QM1A 2Y63A 3CEUA 3MYPA 1NSJA 1F6KA 3FA5A 4M19A 5CZSA 6ALDA 1G67A 3NQ2A 3PUDA 5BW6A 1JCJA 2Z6IA 1P4CA 2ZTKA 3RLUA 4A29A 4HNTA 5HWJA 4CQ9A 1W5QA 2YYUA 1SU5A 1PCWA 4MFEA 3GNDA 2DZUA 3W2KA 1DKWA 1VYRA 3EEGA 4O0KA 1FCVA 3S5OA 1AW2A 4A22A 4J9JA 4DEFA 4Q32A 1FXPA 3DKJA 3S5YA 4K39A 3W7GA 5G1YA 4N2YA 1VCVA 3TAKA 5CZTA 5HWMA 3UWYA 1SZEA 2FPVA 3NZ1A 3IEBA 3QYQA 1IXPA 5LHEA 2Q8ZA 4JX6A 5D2TA 3W75A 2A7NA 4CQAA 2WJZA 3IIZA 3MHUA 1WBJA 2JKPA 3BG3A 3TK7A 3OBKA 2A0NA 3CU2A 2NXHA 1LOSA 4ADSA 3NG3A 3EWWA 1KBJA 2ZRZA 3JRKA 2C6QA 2JK2A 1YYAA 1ZALA 5H91A 1U5JA 2J27A 2C16A 3NM3A 3K30A 5A5WA 4Y9AA 5E0KA 3M43A 2AQWA 2CZEA 3Q37A 3NO5A 3W2LA 3GR7A 3L9CA 2H90A 4W9TA 3L2IA 1XKYA 3RF9A 3OVRA 3VI2A 5K9CA 5EL1A 4OGZA 1JQVA 4PODA 3A22A 4UFHA 5KMYA 5DY3A 1H51A 1KFCA 2A85A 5I3HA 1V5XA 5LNWA 3YPIA 2VFDA 3W22A 1Z42A 3GNNA 5FEZA 2GVGA 2TRSA 3IVSA 3LXCA 4X9SA 3WJSA 3W1LA 2ALDA 1SSGA 3V1PA 4UMBA 3TROA 1L9WA 4JTFA 1DL3A 4RKAA 4EWND 4MLJA 3O6YX 1FX6A 5FF4A 1WXJA 1VC4A 5J5RA 5CSRA 3ELFA 2CLHA 3G1DA 3QC3A 3PBUA 3A9IA 1MEHA 2ZZ1A 3EWZA 3LGEA 1HTIA 4DF0A 3TMLA 3G24A 5DCBA 3TA6A 2RHGA 3SW6A 3W1NA 3TJLA 3VE9A 1XUUA 4Y6GA 3NZRA 3W86A 4NJJA 5AHFA 3G1YA 5I3JA 1LBMA 4MIMA 3W76A 4YCPA 4TU1A 1VS1A 2W6RA 3H53A 3LCHA 2BWGA 2ZCGA 3IIPA 1G4PA 3MBFA 3LCFA 3TSDA 3CT7A 4O16A 3B04A 4N6FA 5K9DA 1DORA 1PCKA 5AN7A 1FWRA 2RFGA 3BG5A 3QEZA 4MY1A 4UIOA 5CG7A 3QMTA 2QCDB 1I2OA 1YPFA 4CCCA 3QMRA 3IIOA 2QUVA 5HNRA 4RLIA 3STCA 2QR6A 4NU7A 4Z1CA 3AO0A 1OHLA 4H3DA 4M7SA 4M6PA 2DZTA 3DBPA 4K6AA 4K8HA 3THAA 5KINA 2RDUA 1EEPA 1HG3A 1ZCOA 2R8WA 1D3HA 1NEYA 4UFJA 4TMBA 4N4PA 2VEMA 1B9BA 5C5YA 2Y89A 5DCDA 1KV5A 3MP4A 3WJWA 3P81A 3U6WA 3DFTA 4FX8A 4AMAA 4R34A 1F7BA 3O63A 1A53A 4JYDA 4N6EA 3G1HA 3O1NA 3W23A 1QAPA 3Q2DA 3UZ5A 1I2PA 3M9YA 2GOUA 3OHIA 3I6RA 3NPWA 3W83A 3TNOA 3NQGA 5G5IA 4MYAA 4LVDA 5F2MA 3TDFA 2I9EA 3TC6A 5D09A 1OF6A 2WSQA 3JS3A 2CZDA 5HR6A 2QCHA 3VNDA 1QO2A 1W5MA 4HSNA 1ZY9A 4Z1AA 4OT7A 3T55A 3E0IA 5D32A 1QMLA 3G1SA 5EPDA 5AYYA 3I65A 4KFOA 3LI1A 5LZLA 1OF8A 1ZFJA 2NX1A 2RDTA 5EA9A 4ZQNA 1OFQA 1F76A 3BVJA 1D3GA 1JCNA 4O50A 3B05A 4EVZA 1ZAIA 7TIMA 4FNQA 3NQAA 3O6DA 3W3OA 3PVFA 1X8FA 5HINA 2ZA1A 1W37A 1OFEA 1JULA 3KAOA 1RVGA 5DELA 3NL6A 2E6AA 3UWQA 2JGYA 2Y70A 4NXSA 1OX5A 1WV2A 3DHFA 5EYWA 2P0OA 4IX2A 1K3UA 4JTHA 4NX5A 5AYXA 1VLIA 1ZNNA 5HMSA 2YYTA 2ATMA 3C6CA 3W84A 2V81A 1A5SA 1PS9A 1W56A 1XDLA 2QCDA 1W0MA 4WXZA 4O28A 3M41A 2ZRYA 3GDTA 1UB3A 1GVOA 2H3DA 1SZFA 4ZVJA 1EA0A 1E51A 2VOMA 3LHYA 2QCCA 3VFLA 3S0CA 1KW1A 1TIMA 3ABSA 3W7QA 1FDJA 3NEVA 5G1TA 1GTHA 3H54A 1YDOA 1SZGA 2VXNA 1OYBA 1K03A 4IMDA 4LS0A 3LM7A 5BMXA 4FHAA 4U28A 1LORA 4S1FA 4A2RA 4NNAA 4KWVA 5HUPA 4PFMA 3PBWA 4MJZA 1B3OA 1FWNA 1MSSA 1N55A 1GWJA 5CPNA 4E2BA 3P5YA 4GBUA 3QZEA 3G3DA 1EWDA 2KZHA 5AYZA 1KFLA 4JYEA 3C2OA 3PSVA 4FXRA 1VCGA 2QCGA 3W1AA 4PEKA 2QCEA 2RKXA 3UPBA 1LZOA 3TKFA 1TPDA 2VEIA 5AHNA 2VFEA 2QJHA 1YTEA 3ANYA 1TPWA 2J88A 3EWYA 1SFLA 1W5NA 3KXQA 3O07A 2DZSA 5BNKA 1N7KA 3UXDA 4H4IA 2C0AA 1TV8A 1LOLA 3DH7A 2QCMA 1W8SA 1EP2A 3HG2A 4R53A 3S1UA 3I7SA 3W2NA 1UUMA 5FESA 2A21A 4YCOA 2DJLA 3G1VA 3N9SA 3TSMA 4HN4A 4PA8A 3WJYA 4E2DA 4MYXA 3O16A 3L65A 3LBCA 3O8AA 3HOJA 4IGHA 4N9EA 1QFEA 4QIUA 2F7FA 3W72A 3W1XA 2Z0IA 4HNUA 1Q6RA 1PE1A 2V8ZA 4WD0A 1QNVA 3G1FA 3PB2A 2YGYA 1KLZA 2DZVA 3TXZA 5LKYA 1PIIA 1K7EA 3EX2A 2WOQA 3FFSA 4PC8A 3M5VA 3W73A 1OFOA 1L6WA 2Y62A 4GUHA 2JKEA 1PHQA 4O1AA 4ONVA 3GKFA 4IJBA 5K2ZA 4JNMA 5AOUA 1A5BA 3DFNA 1R2SA 4XTDA 1G4TA 1Z41A 3FYPA 2GQAA 3F4WA 2PRLA 2JKAA 4DXVA 1JCLA 4O4WA 3IVTA 4R33A 2YW3A 4A21A 3TMQA 3RFAA 1OYCA 5DXYA 4DF2A 3W71A 4UTHA 4ML9A 2RDWA 3DI0A 5D2YA 4UFKA 2GQ8A 4LUJA 1GG1A 4BI5A 1P1XA 2NUWA 4K38A 3HPXA 1QPRA 1XBVA 1VPXA 4ADUA 4RZ5A 3NPUA 4WX2A 2YZRA 4LC6A 1OABA 5I3FA 1MO0A 2H8ZA 3LCLA 3DFQA 4IPIA 3GDMA 1W3NA 1OFDA 4JX4A 5G2WA 5CSSA 3TR2A 4UFIA 1R2RA 3M47A 4JTLA 3SGUA 3QPZA 1TV7A 4OBTA 1H1YA 3RMJA 3W6YA 3MJYA 3CHVA 4UUIA 3FKKA 1FQ0A 1F05A 3MI2A 4CNOA 3P67A 3QQ0A 3PC0A 1GYNA 4UTLA 3MI3A 1FDYA 2WNQA 1TPFA 3THQA 1I2RA 2HMCA 4MKNA 1OK6A 1R30A 1KFBA 3UWZA 3TAOA 5HR7A 1YPIA 3S8HA 3S5ZA 2TSYA 1FCBA 1GVRA 2QJIA 1ONRA 2P1FA 5D37A 4QQ3A 2ZZ2A 4CLMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4K38 A;  3CUX A;  1VFF A;  4B5T A;  2Y1H A;  1GQJ A;  1XV8 A;  4FAL A;  3PK7 A;  1AMY A;  1W9P A;  1OAB A;  2WW5 A;  4NZC A;  3LCL A;  1YBQ A;  5I7G A;  4PN2 A;  2PBO A;  4WSH A;  4B91 A;  4N42 A;  1W3N A;  2PWH A;  3TTE A;  4I8D A;  3TR2 A;  2GSH A;  3UJ2 A;  4Y9N A;  1TV7 A;  4OBT A;  1EDG A;  5FJR A;  3UVA A;  4NAS A;  3RMJ A;  4L1G A;  3WQG A;  3WEZ A;  2WZT A;  3BLO A;  4ES4 A;  3ART A;  3MI2 A;  4BQ2 A;  1QTW A;  4H41 A;  1PTG A;  4D8L A;  5HR7 A;  4IQE A;  3H22 A;  4WKA A;  2ZUN A;  1FCB A;  1V03 A;  3UZY A;  2P1F A;  2PLJ A;  1CLK A;  5DO8 A;  1IT8 A;  1IZJ A;  1IIG A;  2WJD A;  3STG A;  2L5H A;  5GJM A;  1GVF A;  2ZRV A;  1TQX A;  1PWL A;  1MZR A;  1DIO A;  3GQY A;  1H7N A;  1IGW A;  1DXE A;  1EB3 A;  1K9D A;  2XGB A;  1MQP A;  4QIT A;  2VFI A;  3EWX A;  3O06 A;  2D20 A;  4YNG A;  5T8G A;  4QE5 A;  5DRC A;  2ZFA A;  5EMM A;  3B40 A;  1JQX A;  1M7O A;  3VIJ A;  3CTL A;  1KGX A;  2GQ9 A;  1XSK A;  1TJR A;  3LK6 A;  4YN5 A;  2CXE A;  1RY0 A;  1XLA A;  2VKZ G;  2NZL A;  2XZ7 A;  4PR4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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