3UWU | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	253
structure length	253
Chain Sequence	MRTPIIAGNWKMNKTVQEAKDFVNALPTLPDSKEVESVICAPAIQLDALTTAVKEGKAQGLEIGAQNTYFEDNGAFTGETSPVALADLGVKYVVIGHSERRELFHETDEEINKKAHAIFKHGMTPIICVGETDEERESGKANDVVGEQVKKAVAGLSEDQLKSVVIAYEPIWAIGTGKSSTSEDANEMCAFVRQTIADLSSKEVSEATRIQYGGSVKPNNIKEYMAQTDIDGALVGGASLKVEDFVQLLEGAK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Staphylococcus aureus
publication title	Crystal structures of triosephosphate isomerase from methicillin resistant Staphylococcus aureus MRSA252 provide structural insights into novel modes of ligand binding and unique conformations of catalytic loop pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	89
structure length	253
sequence length	253
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2011-12-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3uwuA00

1SPQA 3W72A 2NV2A 5J5DA 1YYAA 3O6YX 4ZQCA 3M0ZA 2FPVA 5FF3A 4DO6A 3W1UA 3UWQA 1X7FA 5H2ZA 2DZPA 1WX0A 2RFGA 3HMJG 4DBDA 4LT9A 1FDYA 3OHIA 3OA3A 3W1XA 2X30A 2X16A 1H7OA 4AF0A 5F4SA 3UWYA 1ZNNA 4K39A 5DXYA 3GXPA 3M44A 2QKFA 2QCDA 3KVJA 5EL1A 2FJKA 4UIOA 3IGSA 2AAMA 3GXNA 2O7SA 5AHNA 2G5WA 3HO8A 1TRIA 1N55A 1M6JA 4ML9A 3LTYA 1Q6OA 4UTJA 4WX2A 3G1HA 3B4UA 2X1RA 2E6AA 1OFQA 1AL7A 3P82A 3VCRA 5G4EA 3UWWA 4UR8A 5DLCA 2G97A 5I3KA 3P5ZA 5U7SA 3S9YA 5HWJA 3S5OA 1YLVA 1XUUA 3LGEA 2QCNA 3DFNA 3IIOA 3LDVA 4JYEA 2BXVA 1OFAA 3TMQA 3MYOA 3GKFA 1IXPA 2CW6A 3HGRA 4IMEA 3PBVA 1OK4A 1KFLA 4ZQOA 1QPQA 4TMCA 3W7MA 3LCWA 1WAUA 5U4NA 4UFHA 3NPUA 3TH6A 1OHLA 2FFCA 3M6YA 2PC4A 4Q33A 1WOAA 4A2SA 2QCFA 3W86A 2B7OA 5IBXC 3PAJA 1DORA 4KKXA 3G1FA 1W3IA 2C1HA 4Q32A 1VCFA 2NX3A 5D04C 4A2RA 4C1LA 5AB3A 1H7WA 2GQ9A 3MHUA 5C5YA 1MXSA 5LNVA 4O13A 1U5JA 3R89A 3P81A 3L5AA 5HWMA 1OG0A 1GJPA 3C4UA 3WJWA 1C8VA 1JRBA 3M5YA 3GDTA 1QDSA 3TFCA 5FF4A 1IXNA 1LBMA 3VKJA 2EKCA 2WSQA 2A4AA 4LS0A 4JTLA 3QH2A 4UFIA 2WQPA 5AYZA 1TMHA 1ZHAA 5LNSA 4XTDA 3NZ1A 3W7LA 3BGJA 3KHJA 3UY7A 1ME9A 3NQMA 1FWSA 4H3DA 1FQ0A 3W7KA 4I9AA 1TIMA 4WXZA 1ME8A 3M47A 3TJXA 5D37A 5DELA 1F73A 4TIMA 1H5YA 1I2QA 2EAWA 2NV1A 1XI3A 4FNTA 3L2IA 2WO5A 3NQ7A 1FWTA 1HL2A 2QCLA 3IV3A 4CCEA 3GNNA 4IXHA 2DZTA 3NQ8A 3OVPA 3O16A 3F4NA 3B0UX 3W2LA 3G8RA 2A1YA 2XFWA 1ZJIA 3DFTA 1JCYA 3RNDA 2E77A 2RDUA 3N3MA 3UPWA 1VJIA 1A5BA 4RK8A 2Y6ZA 3GB6A 2YXGA 3RMJA 1A5SA 2HSAA 3UZJA 4TO8A 3T78A 5I3IA 1G69A 3GK0A 1LZOA 4UXDA 4A22A 5HJLA 3W1PA 1QPOA 3C6CA 2A7PA 4NQ1A 1JUKA 3HBLA 2V2HA 2ALDA 4RV8A 1TV7A 1K8YA 1XXXA 3HG3A 4O1BA 1O95A 1TB3A 1TJRA 3OG3A 1JCLA 1P1XA 3G1XA 4LY8A 1QAPA 1T96A 1OF6A 1GEQA 1QFEA 2VEPA 1SSGA 2ZZ6A 3W70A 3QEZA 5D33A 2B7NA 5EKYA 4PFMA 2ZZ5A 1B3OA 4EIVA 1S5TA 4FIRA 2QUVA 2TSYA 3ABSA 5DCEA 2CZ5A 3QF0A 4OE7A 4MOZA 4LC8A 4N4PA 3FJLA 4S1FA 3TXZA 4WY0B 3Q58A 1UASA 2CLEA 2Y70A 1SZNA 2Y88A 1QOQA 1W5PA 2NWRA 1R2RA 3IVSA 2VEMA 2W79A 3C3NA 3FEMA 4O4VA 1P0KA 3N14A 5DBTA 1CW2A 2C13A 5AC7A 2WOQA 1F74A 4MZ1A 3TSBA 3NZRA 3TQKA 5KITA 5G2IA 3GXTA 4ZQPA 4MLJA 1XFBA 1Q45A 3M41A 1I2PA 4GNJA 2I9EA 4ADSA 5CPOA 5LGXA 3EX2A 5CZJA 4S2BA 2BTMA 3W1QA 3GX9A 4UUIA 3LCLA 1OX6A 4GUFA 1BTMA 4QSHA 3S6DA 1TYGA 1Q6RA 5AYYA 5LHFA 4CCCA 1TCDA 2ISVA 5L6UA 3W1RA 4LOCA 4ADUA 3PG8A 5KTLA 2XN0A 4GFSA 4LVBA 5D2WA 3KAOA 1UUOA 2X1UA 4QNEA 5HUPA 1F76A 1QO5A 2YFOA 4PH6A 2ZA1A 4R34A 4OHQA 2ZZ3A 1LBFA 2B7PA 3W76A 3OVQA 4O8RA 1K03A 5DN1A 3NL5A 1RVGA 1TQJA 3DKJA 1R30A 2NX1A 3LTPA 4TU1A 2ISWA 2Y89A 3QM3A 3UWVA 3CLMA 3W7CA 2BWGA 4FHAA 3MW7A 3LV5A 2E5DA 2WNNA 2C16A 1WBHA 1EP2A 2RDWA 1K3UA 3E9AA 4JTHA 3RK8A 4IMCA 3TNOA 2Y7DA 3NAVA 4BWLC 2A5HA 1G67A 2E1DA 3VE9A 1BKSA 3TC7A 5CPMA 2A0NA 1F6PA 3PBWA 3KFTA 4GC4A 1W5NA 3FS2A 2WNQA 1H7NA 3LHUA 5BOOA 1JVNA 3EXRA 5HNRA 1KM3A 1KM2A 1SW0A 4DBEA 3LXBA 3S5YA 5HWNA 5FESA 5D03A 5SWUA 1DL3A 1FWRA 1GTHA 2HS8A 1P5BA 3LOTA 4DO4A 4AWSA 2ZBTA 3RLUA 3R2GA 1VR6A 3E96A 4WJEA 3NPWA 1VS1A 1OFOA 1AW1A 1I8JA 3DU0A 4EF9A 2B7QA 2BSLA 3O63A 3DI1A 1TTQA 2GPTA 3SSJA 5E93A 3PSVA 2VFDA 3HG4A 1VGAA 5FEWA 3KOFA 3W7PA 3EWWA 3ATYA 3C2VA 1WQ5A 1OYCA 4MLRA 3LCIA 2ABAA 3W9ZA 1SO3A 1B57A 2QCHA 1ADOA 3ZWTA 4OWGA 3BVJA 2V2CA 1JUEA 1KM6A 2FTPA 2FIQA 1YXYA 4LVFA 3BARA 3SGZA 3S1VA 5CSRA 4O18A 3OIXA 3WK2A 4PA8A 4AWUA 4RXGA 1LLWA 2QCEA 3R5EA 2BX7A 1KTCA 4K6AA 1S5VA 2V30A 2JKPA 3P67A 1AW5A 5T26A 5DBUA 3NQVA 1IIHA 3UXAA 3BW4A 2YW4A 4UMBA 4O11A 4NX0A 3O07A 5G1TA 3G8EA 2V5BA 4YMZA 2R94A 3PY2A 1TPUA 1OFDA 4O17A 4P2VA 5K9DA 3C2RA 5HQEA 2ZZ7A 4QIUA 2Z0IA 2J9YA 4JTGA 4DXVA 2ZA3A 2ISSA 3N2MA 3LI0A 4MPQA 3STCA 3RU6A 1THFD 2OX1A 1XCFA 1GT8A 3TSDA 5IBXA 1ICQA 3GDKA 1PCKA 3NDOA 3NEVA 3NPVA 1ICSA 3GZ3A 2GJNA 4PL2A 5K2ZA 5KZEA 2WV8A 2E6FA 5F4WA 4TR9A 3KVKA 2AQWA 2QR6A 5FF0A 1FCBA 4O12A 3QSRA 1LYXA 3TXVA 1H1ZA 3STEA 4WZHA 3W7OA 1OX4B 1XC4A 3O8AA 4E0CA 3W2JA 2GVLA 2B0MA 1FX6A 3HOJA 3T7VA 1LLZA 1XBXA 3GR7A 3TW7A 4UNKA 4HPXA 7TIMA 4NT0A 3SI9A 3NQAA 1UB3A 2ZRZA 3C0JA 2V2DA 3IIZA 1H62A 4GWEA 4H6KA 3KRUA 4ZZ9A 2YYUA 3LI1A 4MKNA 4XKYA 3TC6A 1JJKA 2C3ZA 1B4EA 1HTIA 1JCJA 1VLIA 2TPSA 3V1PA 3LXAA 2RH9A 1FUYA 2VEIA 1AG1O 1VYPX 3G3DA 3LTSA 3HQ1A 4TMBA 3C52A 1WV2A 2GJLA 5EY5A 1W1ZA 1KFKA 1IIGA 4LV9A 1DOSA 1JULA 1R2SA 3L66A 1VRDA 4JTKA 2V8ZA 1TPVA 4K8EA 5FF2A 4M7TA 4TX9A 2PRLA 5CG7A 3C2EA 1RD5A 2CFFA 1JRCA 5LZLA 1X8FA 3MYPA 1H61A 4JD4A 5LNWA 3IRDA 3GAYA 2P1FA 1FXPA 4FNRA 3H54A 2ZZ1A 1FCQA 1TV5A 3IIVA 4CQ8A 1UBSA 1X1ZA 1CX9A 1F05A 4JX6A 2C18A 2J9XA 2R14A 3THQA 2Y61A 5F4XA 4UFJA 2QCGA 3BO9A 4LRTA 3M7WA 3S1XA 4RR4A 2W6RA 3IIPA 2B4GA 4FNPA 1I2RA 3I65A 1W0MA 3TCEA 2C14A 2H3BA 4I7VA 1H7PA 5C54A 1FWNA 1DQXA 3MO7A 1LOSA 3VE7A 1W3TA 2H8XA 3S8HA 3L5MA 4Z08A 3FOKA 4K36A 3A5FA 1SSDA 3M1ZA 4BF9A 4RCXA 2VFFA 4UTUA 3DENA 3WK1A 3MHFA 5LKYA 5F2IA 1ML1A 5I3GA 2QCCA 3L21A 2YPIA 1ZALA 4U28A 4FXRA 3BK0A 2QJHA 5AC6A 2R8WA 2DU2A 3W7EA 3EB2A 1XL9A 3W2UA 3ABOA 3JRKA 1NF0A 1SW3A 3N9RA 3EKZA 3ABQA 2ZTJA 1KM5A 1YPFA 5K4ZA 4O15A 1XM3A 5G1YA 3W87A 2GVJA 4DF1A 3LRKA 5D02A 3CIXA 4D2JA 2E5BA 4XBKA 3A23A 4K7VA 5K4XA 2VKZG 2Z6JA 1OFRA 3L0GA 4UCGA 5CZSA 3E02A 2Y7GA 4QJ1A 3S42A 1M5WA 1O4UA 2QUTA 1GOXA 4FIQA 2ZFAA 4PCFA 4GUIA 4HNNA 4UTLA 2C0AA 3W7GA 3IGXA 4PODA 5AHMA 5DCDA 3G1AA 4AHOA 3LBMA 4M6QA 5DXXA 3F1QA 3HPXA 4YL2A 2VFHA 5I3JA 3W83A 1TPWA 4UTTC 4ALDA 2FQIA 4JDBA 5AHFA 4WQ6A 4XZ9A 3DGRA 2JKAA 3QZEA 3L68A 3S5ZA 4IPJA 4YCOA 3GLCA 2YYTA 4IX0A 3FLUA 4NUWA 3W74A 2EF9A 1B4KA 3UNDA 3DKLA 4LVAA 1AMKA 4O14A 1W54A 5DY2A 5KZDA 1LTDA 5LNRA 5HR7A 3UZ5A 1NEYA 1ONRA 3TW6A 1RZMA 1PHQA 2W0UA 3GDLA 3M9YA 4G1KA 1SQ7A 4IXXA 4NJIA 1U83A 2ZRXA 1JQVA 1TRDA 1GG0A 1MEHA 3C61A 1S3HA 3MP3A 1RQEA 3PM6A 3T4CA 3HB9A 4IX2A 3KVLA 1VH7A 2HMCA 3NVTA 3T55A 4LS1A 3EXSA 3SIZA 3NNTA 1PE1A 2V81A 3W73A 1Q6LA 5K9CA 2QAFA 1SO6A 1YTEA 4HHPA 1JUBA 3TAKA 3P7YA 2ABBA 3SGUA 1W31A 5E0KA 2O7QA 3A9IA 3I68A 1HFBA 1VZWA 1JCMP 3GDRA 2PRMA 3INPA 4AXKA 3THAA 1K8XA 4NU7A 1ZAJA 5CPLA 1WA3A 1W8SA 4LU0A 4HPJA 3M5ZA 2Z2UA 1MEWA 4C1KA 3W7JA 1TPDA 3HGOA 1G4EA 1C9DA 1KM1A 1L6SA 1IF2A 4ICNA 4B5NA 4L4LA 1NVMA 3HG2A 3LRLA 4O19A 4L4MA 2DZUA 1KV5A 3BV4A 3ATZA 3E49A 4JICA 3BLFA 2VFIA 1PHWA 4JXCA 4RXFA 1I2OA 5AN7A 3S1UA 2Q3OA 2VELA 5K7JA 3NM1A 2EGZA 1DVJA 4A21A 3ZS4A 3CT7A 3Q94A 2E68A 5H91A 3WFAA 4DPQA 5C55A 3P80A 4DEFA 3W75A 3FKKA 2YSWA 4UTWA 5GVJA 4UNLA 4BI5A 4ZMGA 1RV8A 1O5KA 2CZFA 3NM3A 3BPWA 4K7YA 1GWJA 2FDSA 5G5IA 1H51A 1NSJA 4HSOA 2HS6A 2Q8ZA 1HUVA 1WYIA 3C56A 3LCFA 2X1TA 1C29A 3W1AA 4BR1A 5AFDA 1CI1A 4CNNA 2BLEA 1A53A 3W84A 1LBLA 3STGA 1ZFJA 3QQ0A 2NXIA 3I7QA 4YWIA 4HSNA 3C8FA 1VHCA 4RZ6A 3TJLA 5D2XA 3BGGA 2A6LA 3BLIA 1JCNA 3TA6A 3JR2A 2X2GA 4N9BA 3LLDA 3VI2A 4X3ZA 5HINA 1T99A 4UMCA 1GQNA 5D2YA 4GJ1A 2ZRWA 4OV9A 5D05A 2NUYA 1G6CA 5G4WA 2V9DA 1PL9A 2NUWA 4UMAA 3WJSA 3QSTA 4M19A 1AW2A 2H6RA 3NQEA 3S0CA 5MHBA 1DBTA 1EB3A 3U8GA 3TK7A 1LORA 2A6NA 3LHWA 4JTTA 1K7EA 1H7XA 4NJKA 2CLFA 1TREA 4MVAA 3PVFA 3P8IA 1SZEA 3W7NA 4N9CA 1V7YA 1FDJA 4K37A 4ZQRA 4IMGA 2JBMA 2TRSA 3P62A 1L9WA 4CQAA 3A5VA 3L0NA 2QUUA 4HNVA 3PB2A 1MZHA 5G2WA 4O52A 3HPZA 4E2DA 3T40A 1PS9A 3MMTA 2FPYA 1V5XA 3U2OA 3BW3A 4MY1A 1ZENA 3B0VC 3CIWA 3LHYA 4AF0B 1KA9F 4O1AA 4R33A 4UTMA 4Z1AA 3CHVA 2QCDB 5F2LA 1TTPA 4GE8A 3SW6A 5EBUA 4O1DA 3N2XA 4JTSA 3JS3A 4A29A 2FPTA 4BK9A 3SECA 1WBJA 5DY3A 3PSWA 4NJGA 1OFEA 4NZJA 4FNSA 3SY5A 3UY8A 3WK0A 4XBSA 2QF7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3UWUA

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