3UY8A

Designed protein ke59 r5_11/5f
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
246
structure length
246
Chain Sequence
PRYLKGWLEDVVQLSLRRPSLRASRQRPIISLKERILEFNKRNNTAIIAVYKRKSPSGLDVERDPIEYAKFMERYAVGLAILTEEKYFNGSYEDLRKIASSVSIPILMWDFIVKESQIDDAYNLGADTVGLIVKILTERELESLLEYARSYGMEPAIVINDENDLDIALRIGARFIIISSHDLETLEINKENQRKLISMIPSNVVKVVASGISERNEIEELYKLGVNAFEIGSSLMRNPEKIKEFI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Bridging the gaps in design methodologies by evolutionary optimization of the stability and proficiency of designed Kemp eliminase KE59.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Kemp eliminase KE59 R5_11/5F
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 86
structure length 246
sequence length 246
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.-.-.-:
pdb deposition date 2011-12-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3uy8A00
1GVSA 2Z6IA 4ZQRA 1PHWA 4O4VA 3TX9A 1YTEA 2VEPA 1DVJA 2TRSA 5H2ZA 4FX7A 3A24A 3S6DA 3UD6A 3LHZA 3PULA 3MYPA 3A23A 2RDTA 1GTEA 4JTSA 3D0CA 1KBIA 3LXBA 1P0NA 4DBDA 1OF6A 2ALDA 1TRDA 2E5CA 4LOCA 1R47A 4JNMA 1G4EA 4NNCA 1H7OA 3I68A 3GYEA 1JCMP 1YADA 2JGYA 3R13A 2ISSA 4LNYA 5KTLA 2X2GA 3LV5A 1R2TA 4RKAA 4CQ9A 3WFAA 1AL8A 3DFSA 2QCFA 2ZCGA 3P74A 3TA6A 3W6YA 2VEMA 5FEZA 3PWAA 4FNSA 5EL1A 4XKYB 3IVTA 4UTWC 2HS6A 3O07A 1W54A 2J88A 2R14A 4KWWA 4LV9A 1GTHA 3QSTA 3W7HA 1K3UA 2A4AA 5HINA 5F2GA 1VRDA 3LOTA 1A53A 1Q6OA 1PVNA 4FXSA 2E1DA 1LBFA 3S0CA 3L0NA 3LHWA 2C16A 2FPVA 5CPMA 3PG8A 1FCBA 1N8FA 4IOTA 3CIWA 3PM6A 2GQ8A 3NA8A 1KBJA 3TR2A 1LDCA 4JTJA 1P5BA 1AG1O 5AFDA 1HFBA 3O05A 4O50A 3SECA 4UTUA 3LB0A 1GOXA 5K9CA 4NNAA 4UTHA 4GUGA 4B5NA 1K7FA 3OVQA 1EX5A 2P10A 5AHNA 4O1CA 4BK9A 3U2OA 3M9YA 2HSAA 3P62A 1R2SA 2PRHA 4CQAA 3M5VA 1R30A 5KZDA 1YDNA 3BG3A 3P7YA 1BWKA 3Q94A 4IPIA 3W7EA 2VFIA 1VC4A 1YLVA 4LT9A 3W22A 1TV8A 4XUGA 2EF9A 3STFA 3HB9A 3TDFA 5DELA 1TV5A 2EGZA 5D2YA 2HS8A 4IMEA 1JQVA 4ADTA 3NYZA 3LLDA 1H60A 1ZAJA 3MHGA 3MUXA 3U8GA 5G1YA 1Q45A 3P67A 3MO7A 3W7DA 1THFD 2CFFA 1OFOA 3C2OA 4R34A 3N3MA 3BO9A 3C2RA 4QQ3A 5EKYA 4KFOA 1X1OA 2E6DA 4HNVA 4KFNA 4NJHA 1D3GA 4UR8A 4RX0A 3W2KA 2FFCA 3GZ3A 1VCGA 1ZENA 5AC6A 3PBVA 5SWUA 3H53A 2Y63A 5T26A 1TPDA 5F4WA 4UFMA 3C8FA 5C2XA 2VFGA 1KM3A 4JD4A 5F4XA 3W7PA 1RQHA 1IIGA 5FF4A 3HPSA 1FWTA 4O28A 4YCOA 4K8EA 3FYPA 1TQJA 5HUPA 3BPWA 3STGA 2FDSA 1M5WA 3M7WA 3HPZA 4LC8A 3E9AA 3LBCA 2V0TA 4HIBA 2QCNA 2Z1BA 1W0MA 5DY3A 4EIVA 2QUVA 3S1VA 1KM2A 3T55A 1X1ZA 2DZWA 3GDRA 4MYXA 4Q32A 2FB3A 4YCPA 4RZ4A 1QWGA 1ZAIA 1WOAA 3W1AA 4JYEA 3S1WA 4AHOA 3N14A 3STEA 3LRLA 2CZ5A 2NV2A 1TPEA 2V5BA 5IBXA 4WD0A 4MKNA 2DZSA 2H8ZA 5GVJA 3W1XA 3FA5A 1ONRA 5FF2A 3SGUA 4XZ9A 4BR1A 3A21A 1K02A 1YXCA 2JK2A 4K39A 4NQ1A 3TCEA 3L9CA 1F7BA 2NUYA 2A0NA 1L9WA 3GDTA 4CCDA 2J9YA 4I9AA 1WX0A 1VJIA 1L6WA 4UFHA 3C61A 3TAKA 1QO2A 3KAOA 5AC8A 3HMJG 5I3FA 5LNUA 3WJZA 4C1KA 3KVLA 1SO6A 3GIYA 4IMFA 4MUZA 3LCGA 1B3OA 4DO4A 2ZZ4A 1T96A 4LS0A 2I1OA 4JS3A 1XM3A 3GAYA 2A85A 3NZ1A 4LS1A 2H90A 2VEIA 1UASA 3TSMA 1W5PA 2WSYA 4AXKA 4XBKA 2BX7A 1SSDA 1B4EA 1SPQA 2WNZA 4EOUA 3RFAA 4UTTA 4GFSA 4NXSA 3L65A 4XQ6A 2Y7FA 1S3HA 3W73A 3PVFA 5LKYA 4HNNA 3L67A 3NQEA 3S42A 5G4EA 1ALDA 4DO6A 2FTPA 4WQ6A 1TPC1 2JKEA 4FNRA 1PCWA 1UCWA 2ZRUA 2WKJA 1UB3A 1I2PA 2QCLA 1D3HA 3IVSA 4IXHA 3F4NA 4TIMA 2FPTA 1FWRA 1W8SA 1TPFA 2J9XA 5KMYA 1QFEA 3TQKA 3G24A 4QITA 1VYSX 1X6UA 5ABTA 2CLLA 3UPBA 5CSRA 4JX6A 5AYYA 3UWVA 1KLZA 2YZRA 1LM1A 4O16A 2GPTA 1LBMA 2NV1A 4HKPA 4OU1A 2C13A 2CLKA 3TSDA 1KFBA 1T8XA 1ZAHA 4BI6A 1F5ZA 3SY5A 3M6YA 3TAOA 3TW6A 3QH2A 3HOJA 2C0AA 1OF8A 1XBXA 2DZPA 1TTIA 1J4EA 2CZDA 3KRZA 4K8HA 4M19A 1TJRA 5E93A 1O60A 2AGKA 3NL6A 3MBDA 2QCCA 1VQTA 4ADUA 4UTWA 3S1UA 3CT7A 3L5LA 3W7CA 1LYXA 2B4GA 3SR7A 3NR0A 4IXXA 1SO5A 5E0KA 2YXGA 3PUEA 2QKFA 5A5WA 3BW2A 3P8IA 4R53A 2GVLA 3NPUA 3UZ5A 1OFPA 3DFQA 4AVFA 5LNVA 1C9DA 4FB7A 1LORA 5K4ZA 3PY2A 4CNOA 5A8GA 1OFDA 3M5ZA 2J24A 4TMCA 1O95A 5CSSA 3NQVA 4KWVA 2PRLA 3A9IA 2YPIA 3W7GA 1K03A 1SO4A 5D2XA 4OE7A 3QMSA 1BKSA 3CTLA 3P5ZA 3S5YA 1HUVA 3EX2A 3W84A 3LV6A 1KV8A 2X1RA 2WNNA 3UPWA 4LVBA 3G18A 3NG3A 4M6VA 1SW3A 5KINA 4AWUA 5LNWA 2BWGA 3LCIA 1B4KA 1IIHA 1K8YA 2ZA1A 2Y7EA 2V8ZA 3LHTA 2V81A 3TQ0A 1XI3A 1GPWA 3TW7A 4QSHA 3TROA 4AHPA 2A7PA 3PSVA 3ZWSA 1VHNA 4O14A 5K7JA 2X1TA 4OHQA 5I3KA 1SR9A 3T4CA 1JVNA 3LGEA 3GXTA 3S5ZA 1W3IA 5KZEA 2G5WA 1IXOA 1DOSA 3EWWA 3GAKA 4Z0JA 3PB2A 1QNVA 3W88A 1XC4A 4IMCA 3B0PA 1YXYA 3P82A 1EIXA 3N34A 3TIMA 2YDAA 4AEOA 4NZJA 3L66A 3W1PA 1YDVA 2ZRVA 3WK0A 2DZVA 2UV8G 1HO4A 1OFAA 3QQ1A 1FUYA 4ZQCA 1GG0A 4UMBA 2OT0A 3HG4A 4O12A 2GOUA 3UWQA 1NVMA 4ORIA 1I2QA 1QCWA 3NDOA 3BG9A 1OX5A 2ISVA 4H6KA 1A50A 2IQTA 3TFXA 1ZALA 1TPH1 3F03K 4RV8A 4RLIA 1TIMA 3TXZA 3PAJA 3NPVA 3W7LA 3L0KA 4ZQOA 3MBFA 4FNTA 1GVRA 1SFJA 7TIMA 1CI1A 3NQAA 3IIPA 1OK6A 5HNRA 1WQ5A 4O52A 4IMDA 1JUKA 4FNQA 5D02A 3LI1A 3MWAA 4DEFA 2DU2A 3THAA 3LX9A 4DPPA 1W5NA 4HSNA 2CW6A 5K3VA 3W2MA 2ATMA 5D2VA 5CGQA 1TCDA 1NF7A 4NVTA 2W0UA 2RH9A 5FEPA 4Y6GA 4LTSA 4MPQA 5EA9A 4ML9A 1FXPA 1TPVA 1ZHAA 4FNPA 4GUHA 3ANYA 2J27A 1A5CA 4NUWA 3W7NA 2C1HA 3DFNA 1KTBA 5CG7A 1T0OA 5U4NA 3DKJA 5G1TA 4MZ8A 3INPA 3O63A 2WSRA 4O57A 3W1MA 1EUNA 1O94A 5AHEA 4NU7A 1Z44A 5FI8A 1BEUA 3ABOA 2OT1A 3I7QA 2EPHA 2YW4A 1F05A 1E51A 5CZSA 4A22A 4S2BA 3EXRA 4LRTA 2YYTA 4Z0SA 1Y0EA 5AHIA 1XUUA 4HN4A 1WOBA 3ELFA 3FJ6A 4CNNA 1SFLA 3CQ0A 1OX4A 1LOQA 4FX6M 3P60A 4N9BA 4LUJA 4R7JA 3DFTA 1H5YA 4QJ1A 4I7WA 4MY8A 1I2OA 1KLYA 2QDHA 1DBTA 2TPSA 2NLIA 3O1NA 4ZQNA 3KVMA 3LXCA 1XUZA 4KFPA 2NX9A 1AK5A 1YTDA 2HTMA 5CPOA 1DQXA 4EF8A 3W9ZA 3M5XA 3O6CA 5F2IA 3LBMA 2EKCA 4O4WA 1ICPA 4P2VA 3NO5A 1RVGA 3MHUA 4A2RA 3M16A 1AW1A 1WA3A 4MYAA 1R46A 3S1XA 2C15A 1YTKA 1DQWA 1GT8A 2H6RA 4JX5A 4JTFA 4PA8A 1FX6A 1PCKA 3T7VA 1F2JA 5KSWA 4XTIA 5KZMA 5HUOA 1KFLA 1G7VA 3W2NA 2ZA2A 4XKYA 5DBTA 1Q6QA 3TK7A 1Q6LA 4BI7A 2OJPA 2YCEA 4N4PA 2A6NA 1MEIA 3G0UA 2G97A 2BTMA 3SGZA 4JY8A 5CZJA 1PV8A 3FS2A 3M43A 5F1VA 3S9YA 1TO3A 4M6QA 4S1FA 3W7JA 3CU2A 3L5AA 3TJXA 3LM7A 1G4PA 4IWWA 3LCFA 3RF9A 2E5DA 3HG5A 3NQ6A 3QEZA 2NXGA 3MJYA 1L2UA 5DXYA 1W56A 3UNDA 5G2HA 1EWDA 1W3NA 1TTJA 2PE4A 5D04C 3FFSA 4QISA 4GWEA 2Y70A 3HG2A 4PL1A 4GBUA 3GXNA 4NX5A 3NQMA 3W3OA 3M1ZA 3VI2A 3VFLA 3W1LA 4JDBA 4AB4A 4UFIA 2NXIA 1OFQA 5HJLA 4UXDA 2H8XA 2ZZ1A 3KVJA 3SW6A 1GEQA 3SI9A 2BXVA 5F2MA 3KRSA 2YGYA 3G0XA 4ONVA 3S5OA 2TMDA 1W31A 3NZRA 4TU1A 3O16A 3QSRA 4PFMA 4A2SA 3LTYA 1KV5A 1WV2A 3UWUA 3JR2A 4OBTA 4WY0B 2A7RA 1ME9A 3W07A 1KW1A 5DY2A 3UZJA 4FO4A 3QYQA 2A21A 4GUFA 1FWWA 4JTGA 1LBLA 2P1FA 4IUOA 1SZGA 1RZMA 4UMAA 3QQ0A 4O10A 4X22A 4LVAA 3B04A 3IV3A 4WZHA 1VPXA 1F6KA 5K9DA 2CLEA 1LROA 4GUJA 3GB6A 2Y89A 3EEGA 2QUUA 3NQ8A 1WDWA 2X16A 3GKFA 3I7SA 3GR7A 3M47A 1PE1A 1ICQA 1VLIA 1XBZA 3IGXA 1B57A 4HSOA 5H91A 1DORA 4OV4A 1H7PA 3PB0A 4LC6A 3W76A 3QJAA 5C54A 1UUOA 4WXZA 4PEKA 4N02A 3EXTA 1TQXA 3EWXA 4IQLA 1EWEA 1GYNA 5EBUA 4HNTA 4QAIA 1EB3A 3P80A 3DXIA 5IM51 4GC4A 4O1DA 4LRSA 5LHFA 1K8XA 1QPNA 3QC3A 3OA3A 5LGZA 3OIXA 4EWND 5KITA 4O0ZA 3B0VC 3FLUA 2QJGA 3FIGA 1SU5A 1KFEA 3ABQA 1XXXA 1FXQA 5CPLA 1JUEA 3USBA 1WYIA 2XN1A 3IVUA 4CQ8A 3MI6A 2JKAA 3MI3A 2DORA 2RFGA 1TJPA 2QAFA 4UFJA 3B0UX 2HMCA 2E77A 2ZRXA 2QCHA 2CLIA 4O53A 1JCJA 4AF0B 5FEWA 1YPFA 3DBPA 4UC5A 4DBEA 4MFDA 5HWJA 2BZNA 3HPXA 1TREA 1FBAA 1V5XA 1WBJA 3ZFHA 4MIMA 2Q8LA 1TV7A 4TR9A 1RR2A 2P0OA 4LU0A 4I7UA 3L21A 3QMRA 4QNWA 3V75A 1KM6A 4O18A 1H7RA 3SFKA 2V2DA 4YWIA 4LVFA 4AWTA 4AF0A 5L6UA 1PL9A 2G95A 1KM0A 1Z41A 3W85A 3IRDA 1WXJA 3A5FA 2RKXA 4UUIA 3CC1A 4UCGA 5FEXA 4DO5A 5CPNA 5L9FA 3GDMA 3MI2A 5AOUA 3VE9A 3LCXA 3ATZA 1FWSA 4QNEA 4JTUA 1LTDA 3NL2A 2Y6ZA 5K2ZA 4WOQA 3HJZA 5CKSA 4E0CA 2Y62A 1GZGA 1RV8A 4Z1DA 2QF7A 1JR1A 2GQAA 1OG0A 4TX9A 2JKPA 3N2MA 4JIPA 3LHUA 2CZEA 5EYWA 1KM5A 3PBWA 5MHBA 2XN0A 2ZTJA 3L2IA 3P81A 5LSMA 4TMBA 4AHQA 1X7FA 3WJXA 4BI5A 2Y7DA 2YFOA 1F6PA 2NWSA 4O54A 5AN7A 2ZDRA 2G96A 1I2NA 3GK0A 1VYRA 5DBUA 1LOLA 1GJPA 1YDOA 2Z0IA 3O6DA 1H51A 1H7WA 3IGSA 2DJXA 3P61A 4ADSA 3S8HA 3U6WA 3UWYA 2FPYA 2WNQA 3O15A 3W75A 2VENA 5I3IA 1IXNA 1W3TA 4NJIA 3W7IA 5BNKA 3NXFA 4U4MA 4PL2A 3G1HA 1GG1A 2V82A 4DXVA 1V7YA 3PUDA 1H63A 1I4NA 3DKLA 3MHFA 4K6AA 2QCGA 3EX4A 3W1QA 4TO8A 1ZJIA 4WOZA 3MP3A 2NWRA 2RHGA 1VGAA 1N55A 5AYZA 4FNUA 2J6XA 1SUXA 2QR6A 4PH6A 3FOKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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