3V1P | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAAGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	83
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-12-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3v1pA00

3LHWA 1EP2A 3ABSA 3QPYA 1H1ZA 1G4SA 5F2LA 2E6DA 1I2PA 1MZHA 5CZTA 2A4AA 3MUXA 3B0UX 2FTPA 1P0KA 4DXVA 1FWRA 2CZEA 2PRHA 1YDOA 4DELA 5K7JA 4FNSA 4MLJA 2TRSA 4EF9A 3KHJA 4PC8A 3W7NA 2H3BA 2E6YA 3HG3A 4JD4A 2ZRZA 2CZFA 1OX5A 4MUZA 4NNBA 3BW4A 4ZQNA 1K7EA 4UR8A 1VYSX 1IIHA 2DP3A 3W71A 1ZCOA 3CEUA 2B7NA 1SO4A 3EKLA 5DBUA 3EX6A 1KM2A 5I3JA 4O10A 1KLYA 4AWTA 1XDLA 5K9XA 2P0OA 3DENA 3W7RA 5KMYA 4UIOA 4WUIA 2RDWA 1WDWA 3CC1A 4N9BA 3UXDA 1XBZA 3C56A 3UWYA 4Z1BA 2EPHA 2DU2A 2GQ9A 3G22A 1JUBA 3EXTA 4ZL1A 1W5PA 5AHNA 1KA9F 3DFQA 3DU0A 1XFBA 4WQ6A 1OABA 3KVKA 1WOAA 1LP6A 1RVGA 2J6XA 4DO6A 4O15A 4ZQPA 3G24A 2QCFA 3UWVA 1JCLA 3W84A 1JVNA 4AMAA 2Q3RA 3IVTA 2VKZG 4RK8A 4NT0A 2NXGA 3W6YA 3PS7A 1JRCA 2DZWA 2ZA2A 3GNNA 2HTMA 1X1ZA 3P61A 3N19B 3OA3A 4HKPA 3GNDA 4DEFA 4XKYA 1GPWA 2Z1BA 2WO5A 1B3OA 1LOLA 4IQLA 3U8GA 4WY0A 1GYNA 4BFAA 1EUNA 1FDZA 1OFBA 3ANYA 2VFHA 4LC6A 3W2NA 3W1QA 2WNNA 4Z1CA 4NJKA 3CIWA 4PL2A 1FCVA 4UUIA 3TAKA 3SY5A 3PG9A 2FIQA 3HMJG 1FWWA 5G2WA 3PC0A 4TMCA 4M19A 3R8RA 5F2MA 5K3VA 3UZ5A 4MY1A 2CWNA 4BF9A 4UTTC 4FHAA 2YW4A 3M44A 4K36A 1W37A 2C18A 3Q94A 4HSOA 3PSVA 4KFNA 1DOSA 1PV8A 4JTUA 2VFIA 2VEIA 4UTMA 1EA0A 3W88A 2VEMA 3TIMA 3NPWA 3L2IA 4JTJA 3QJAA 3NO5A 3LI1A 3H54A 4FX6M 4O18A 1IGSA 2NX1A 2QCLA 4UFHA 1VHNA 1FBAA 3KFTA 1Q6LA 5AHEA 1Z42A 1DV7A 3W87A 3QC3A 1FUYA 1L6YA 5T26A 2JGYA 4AAJA 3OVRA 4GUFA 3NQVA 1LROA 3W7HA 3BW2A 5DLCA 1H7OA 1Q45A 3N2XA 4LW7A 2CFFA 4O4VA 4CCEA 1MO0A 1SSGA 2ZBTA 4E38A 3LI0A 3N3MA 3IGUA 1TJPA 3LBCA 2VFGA 3M41A 2C16A 3G0UA 1Q6QA 3MWAA 1JUEA 1EX5A 2X1TA 2QDGA 3W23A 4FB7A 1TV8A 4O52A 5HUPA 3PR2A 1FWTA 1LORA 1HTIA 2Z2UA 3THAA 1DBTA 2DZVA 4UMCA 5KZMA 2FJKA 1R46A 3NPVA 1A5SA 5CZJA 5BRBA 4MYAA 3G8EA 3HGRA 3DBPA 2KZHA 3L21A 2YFNA 2J27A 2PRMA 1JCYA 2Y7EA 3OG3A 1FWSA 2QR6A 4JY8A 3P74A 1BEUA 3NZRA 1OFOA 3E0IA 3T40A 4DPPA 3R89A 4M6QA 1QCWA 1W3NA 3LHZA 4UR7A 3RU6A 2NUYA 4IXHA 4O17A 2R8WA 3QPZA 1B4KA 2DZXA 5I3HA 1H7WA 3MJYA 4R33A 3SR7A 4P61A 3NZ1A 1WBHA 2PE4A 4HHPA 2CLFA 3ZS4A 4IPIA 1TQXA 3EWWA 4ALDA 4PTNA 3VKJA 3WJXA 1QNVA 4Z1AA 1KFKA 3NQMA 1LOSA 4LS2A 3LTYA 1UASA 2TSYA 1XUZA 4O50A 4HNUA 5LZLA 5D2WA 1QO2A 5LNSA 3MMTA 5LNVA 1T0OA 4N9CA 1DORA 1OF6A 4ZMGA 3W1UA 4MFDA 3BVJA 2ZFAA 1ICSA 4I7VA 1GVQA 3BG3A 4A3UA 1MEHA 1KTBA 3P60A 2VEPA 1A5AA 1EPXA 2A7RA 1KFBA 4PODA 4AHOA 3P5ZA 3TQ0A 2OT1A 5EKYA 4YXGA 2J9ZA 3INPA 3C52A 1OFRA 5EBUA 1Z44A 4IMEA 3MYPA 1AMKA 5E0KA 2HSAA 3HPZA 4ZQMA 5TQLA 1KFCA 3THQA 4B5NA 3W7QA 4HNTA 1ZAIA 2A0NA 1TCDA 3TNOA 1J2WA 1QPOA 2QUVA 3TQKA 1U83A 2Z0IA 1N8FA 2NV2A 4KWWA 3IIPA 1TTPA 3ZR4A 3W9ZA 4IWWA 3LCXA 3PF3A 4QITA 2P1FA 4IX0A 1LYXA 1LZOA 1TYGA 3UY7A 1JCNA 4NZFA 1VYPX 1WXJA 4I9AA 1UUMA 2CZDA 3OHIA 3A9IA 4MJMA 1AG1O 1KV8A 4JYDA 3FKKA 1S3HA 2Q3OA 3ELFA 5C6MA 2DORA 3E49A 3G1HA 1XCFA 2DZPA 7TIMA 3E9AA 2QJHA 3G1AA 3QFEA 1D3GA 1O60A 2EF9A 1FQ0A 3NA8A 3PBUA 4AH7A 3TA6A 4XQ6A 6TIMA 2G97A 4RV8A 1W0MA 5D37A 5MHBA 4JTKA 1F05A 3LOTA 1FCBA 3W22A 4RLIA 1Z41A 1AL7A 3TQVA 4EIVA 3L5AA 1C29A 1MXSA 4JDBA 3G1FA 1ICQA 2E68A 1K7FA 3U2OA 1H7PA 2EGZA 2LLEA 5LHFA 1KFEA 5FEZA 3N9SA 1W1ZA 1EEPA 3QMRA 3B03A 4ML9A 4LVBA 5I3GA 1LLWA 4UTKA 2X1SA 5E93A 2W0UA 1TV7A 1YDVA 3A23A 3AJXA 3C2VA 3MBDA 5FF2A 3O07A 1TRDA 3AO0A 4RXFA 3EWUA 1FWNA 2ZZ7A 5KSWA 3DFOA 3O63A 4JGDA 2O7QA 1L2UA 4UC5A 4P2VA 4XTIA 4AEOA 3CQ0A 4ORIA 1D9EA 4TU1A 3VI2A 2YYUA 1W5MA 1KM5A 2QCMA 3IVUA 5GVJA 2P10A 4MZYA 4LVDA 1T99A 3O6CA 3TAOA 3PULA 3G0XA 1PCKA 2Y62A 3MHGA 5AYYA 3C8FA 2D73A 2JBMA 5K4ZA 1GTHA 4FIRA 3BARA 4PA8A 1XDMA 1LTDA 3CM4A 3FYPA 4UCGA 4C1KA 4R34A 3HQ1A 2ATSA 5U7SA 1ZJIA 3DH7A 4BI6A 3QSTA 1IXPA 3PWAA 5CPNA 4DQWA 1H60A 3GDLA 4JTSA 3W1LA 3A5FA 4O1BA 1PIIA 3HIJA 4UNLA 1X7FA 2AQWA 5H91A 4RCXA 1KBJA 1C9DA 2TYSA 1ZALA 3G3DA 4O1AA 3W2KA 1VR6A 5EPDA 4LVGA 2QKFA 3O1NA 3MBFA 1KM6A 5AYXA 3NGJA 3TMLA 1F76A 3TCEA 1RPXA 2QUTA 4TO8A 1S5VA 1AW1A 3NXFA 3PAJA 4N2YA 1CI1A 2E5BA 3LV5A 4YCPA 5HR7A 4FIQA 2VFEA 1I2RA 4ZQOA 3LXCA 4O1DA 2GJNA 4ADSA 3QM3A 3KOFA 4Z0SA 1VZWA 3HPSA 3QQ0A 1R2TA 1O94A 3A5VA 3W2UA 1PL9A 4O54A 3C2OA 3EKZA 3S1UA 4LV4A 3E02A 2GVGA 1TB3A 3P8JA 4Q33A 2ZTKA 4LRTA 2Y7GA 5A5WA 4GFSA 1QPNA 2WV8A 3W75A 2B7PA 5KITA 3W7OA 4FXSA 4BWLC 1HO1A 2YFOA 1PCWA 4LRSA 3NVTA 2GQAA 1QPQA 2RHGA 2QF7A 2E1DA 3OEXA 3S6DA 4MYXA 4A22A 1ME7A 1EUAA 3O6YX 5BMXA 2XFWA 3GB6A 4UTLA 4GC4A 3KVJA 3EX4A 5FF3A 2WNZA 3I68A 5HUOA 3TKFA 3M5ZA 3W2JA 2FB2A 1RQBA 3MHUA 1M7PA 4NNCA 3M43A 3KXQA 5HULA 5EA9A 2ZA3A 1QWGA 4DPQA 1KFLA 3WK0A 4TIMA 4JTHA 5K4XA 5BMWA 3M7WA 2OZ0A 3W1AA 1G6CA 4EWND 1DJNA 3TFXA 1TTIA 2FFCA 3NQ8A 2IQTA 2BWGA 5HNRA 3GVGA 2DZTA 3KVMA 3M5YA 2QAFA 5DBTA 4JIQA 1YLVA 2NX3A 3IGSA 2I14A 4O57A 3GR8A 1GG0A 3S0CA 1MSSA 2HS8A 1LRTA 5CZSA 3ABQA 3UZJA 4LV9A 2Y63A 5D09A 4IUOA 2NV1A 4XBKA 5CSRA 1QAPA 4PL1A 4NVTA 4OU1A 2GJLA 5AHFA 1YXYA 3LTSA 2QCDB 1ZAJA 4MY8A 4Y90A 5AHIA 3G3MA 5AB3A 3Q37A 1ADOA 5CG7A 1F6KA 1EIXA 4YWIA 2H8XA 3S8HA 5CPMA 3GAKA 4YMZA 4O53A 1XL9A 4NX0A 3L65A 2GVJA 3GDMA 4MZ8A 3SW6A 2WQPA 3ABRA 2OMAA 4C1LA 4DF2A 4CLMA 5KTLA 2ZRXA 3MYOA 4O16A 4OE7A 3UPWA 5E1QA 3LHTA 3A22A 4K8HA 3TJXA 4JTIA 4L4LA 2V5BA 2QCEA 3DHDA 3S1WA 2EKCA 1V5XA 1K3UA 5ABTA 1UB3A 3K30A 1W5NA 3G1VA 4O1CA 3VCRA 2V5LA 5EYWA 5I3IA 1F7BA 1Q6OA 2B7OA 3SGUA 2W6RA 4UNKA 3STEA 3FJLA 4EOUA 1N55A 1H1YA 3G1XA 2V82A 4JNMA 3UWWA 5LNUA 4LWWA 4NZJA 3OIXA 5K9CA 1RZMA 3E12A 3TFCA 4O0ZA 2JGQA 3G1YA 4Z1DA 3TROA 4MJZA 3TSMA 5DY2A 3QW4B 4HIBA 2QDHA 4RX0A 1H5YA 2CLLA 5D2XA 4NQ1A 1SZGA 1VPXA 2V2DA 3LCWA 1HFBA 1EP1A 1FX6A 3RFAA 2WSQA 1YDNA 2A2IA 1SO6A 1WQ5A 1SUXA 4WJEA 1DKWA 1KFJA 3LRKA 2DJXA 1L6WA 3SI9A 4MFEA 3NDOA 5CKSA 3HPXA 3GKFA 2RKXA 1OFAA 1CX9A 1IXNA 1OJXA 4BI7A 4WD0A 2Y88A 3C2RA 5DCEA 1W3IA 4UTHA 1QFEA 3SSJA 1JQXA 3M0ZA 1KM1A 3BLEA 1QR7A 4N4QA 4O19A 5G1TA 3LHYA 4FXRA 1TPFA 2DZSA 4IXXA 1H63A 4E2DA 4UTJA 3N73A 2J9XA 2NXIA 1TTJA 3S5YA 1I45A 2CW6A 3P7YA 3TDFA 3NM3A 3LERA 3KRZA 2ZZ4A 3T4CA 4LUIA 3IV3A 1DJQA 3DHFA 1S5TA 3P8IA 1OF8A 4O13A 2V81A 1QDSA 4O28A 4Q4KA 3T55A 4JYEA 2H6RA 4M7TA 4XZ9A 5LGXA 3W7MA 3DXIA 3TC6A 3QSRA 1QOQA 1GQNA 2J88A 3N14A 2C1HA 5AHMA 2BLEA 3YPIA 4LS0A 1LBFA 3RK8A 2EHHA 3NG3A 4NXKA 1X8FA 2R94A 1NFBA 3ZWTA 3PBVA 2FB3A 2YXGA 2E5CA 1OK4A 2PRLA 2Q8ZA 2ZZ2A 4NJHA 1A5CA 4N02A 3F03K 4UMBA 3TK7A 2E09A 3M47A 2B4GA 5FF7A 3W3OA 4NJIA 3D0CA 2J9YA 2Q8LA 3R5EA 2HMCA 3I6RA 4ICNA 5KINA 2E6FA 3PUDA 2CLMA 5CPOA 4RJEA 5HQEA 1GTEA 3LTPA 1EB3A 1SZNA 3HF3A 1TPDA 3BK0A 2ZRUA 2FPTA 5AFDA 3O16A 5DCBA 1RV8A 3MP4A 1F74A 4A2RA 1OX4A 3E96A 4LVAA 4KKXA 2BZNA 3HGSA 2ZZ5A 1VCFA 3NQGA 2HS6A 5FEWA 1IXOA 1W8SA 3BLFA 3N2MA 1K8YA 2RFGA 2WNQA 3LCIA 1I2OA 4E0CA 3W7CA 1JJKA 3GIYA 4JICA 4S1FA 4XWUA 4ZQCA 1SZFA 1JUKA 4POCA 3LDVA 3W1MA 4WOQA 1ZAHA 1P5BA 3W86A 4JDYA 3FYOA 1YADA 4YLWA 3SFKA 4MLRA 4UMAA 3V75A 3LCGA 1G67A 1BWLA 4UFMA 1LLZA 2ZTJA 4QISA 3MP3A 3UQNA 4Z0JA 3CPRA 3QW3A 1I4NA 2JKAA 3S5ZA 3T78A 3G18A 1H50A 3TXVA 3LCLA 1KBIA 3NR0A 2G5WA 1SZEA 3RF9A 1KW1A 5HINA 1Q6RA 3HG2A 4U4MA 5FI8A 3MO7A 3T44A 4QQ3A 2RDTA 4MVAA 1ZHAA 3B0PA 3UYCA 1YTKA 1XBXA 1F2JA 5AYZA 4DO4A 1YXDA 4JR5A 3LLDA 1J4EA 5AHLA 3L67A 4O14A 1HUVA 5HMSA 2X2GA 3UY8A 2YCEA 1X1OA 4EF8A 4WXZA 4K38A 2QCHA 3S42A 1VJIA 4O12A 4QSHA 1H51A 2X1UA 3W7DA 4MZ1A 1Z48A 3PB0A 3KRSA 2CLKA 3TSDA 5D2TA 5EMUA 3N34A 1MEIA 2OX1A 1WYIA 4WXYA 3UNDA 3DKLA 1TPUA 1K03A 1ONRA 5U4NA 3DFTA 4IX2A 3QMTA 1JCJA 4RKAA 4LY8A 5CZ0A 5G4WA 1HO4A 4ONVA 2EAWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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