3V1P | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAAGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__893640593341589__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__893640593341589__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3V1P/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__893640593341589__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"893640593341589","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3V1P/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__893640593341589__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	83
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-12-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3v1pA00

3H55A 4OWGA 2C15A 3TXZA 1BEUA 1Q45A 4N9CA 4O18A 3P7YA 1U83A 3HPSA 5D02A 1FBAA 3PBYA 3M47A 1HUVA 2V82A 1ZJIA 1JCMP 2CFFA 3LBMA 2LLEA 5CPLA 1GVRA 2VEPA 4ZQCA 3USBA 1HO4A 1SFJA 4DBDA 1LLZA 1VJIA 5AYZA 3G3MA 4O50A 4RZ6A 5HUOA 4JTGA 4Y90A 4JTEA 3MI2A 3QJAA 1SZGA 2J9ZA 5FF7A 4LOCA 4IOTA 4BF9A 2TYSA 3FKKA 2VOMA 3GX9A 3G18A 1I2PA 4AVFA 2P0OA 3PUEA 2E6AA 4HSNA 4L4MA 1Y0EA 3I6RA 4LTSA 3P67A 4GE8A 1NVMA 3UWZA 1ME8A 1VHNA 4TO8A 3EXSA 3N73A 5H2ZA 4JXCA 1QFEA 4K8EA 1VHCA 2VKZG 4MJZA 4JTHA 1ZALA 3W7EA 2B0MA 3R2GA 1PV8A 3DZ1A 2E77A 2GOUA 1TPC1 3NQCA 2DJXA 2Y70A 1AMKA 3R89A 4FHAA 1JULA 4IMCA 2ZQ0A 3MI3A 2ZTJA 1B57A 4Z1BA 1KA9F 5D30A 1FX6A 3W1QA 3T4CA 3YPIA 3WK1A 5F4WA 3TK7A 3NQMA 3G1XA 5G4WA 4ADTA 2E6FA 3PUDA 3CEPA 2RKXA 2VFIA 4E2DA 3M7WA 2Y89A 3KVKA 4BI7A 3W85A 3VCRA 4B5NA 1SO6A 2FTPA 3M5ZA 1SW3A 2A21A 1GPWA 3PWAA 4CQAA 1H51A 4KFNA 1TYGA 3NR0A 3BLFA 1A5BA 4RZ5A 1WYIA 2C18A 2VEIA 3EWBX 4IGHA 3TW6A 2C16A 3FJ6A 2Z0IA 1QOPA 1EUNA 2V5BA 1S5WA 5DY2A 1XKYA 2Y7DA 1KM6A 4TMBA 5HINA 1PHQA 1VS1A 4LV9A 4QISA 5HMSA 1VGAA 3P80A 3LHZA 1R46A 2A85A 3DU0A 5BW6A 3EX6A 2DU2A 1I2OA 3W74A 3TA6A 1NEYA 1G6CA 1H5YA 1QPNA 1Z42A 4JTJA 2YYTA 4DELA 4IWWA 4PEKA 3NXFA 3QM3A 4JIPA 2GJNA 1DJQA 2NV2A 3G0UA 5ABTA 2WO5A 4NX0A 3BARA 5KINA 5EYWA 2Z2UA 1FCBA 1D9EA 1LOSA 1EA0A 2GQAA 5FEXA 3RK8A 2QUUA 2TMDA 1F74A 3C2EA 3IGUA 5DELA 4LS2A 4IX0A 5F1UA 5K4XA 4U4MA 3QC3A 5G2IA 4ZQNA 3NZRA 4A2SA 5LNUA 4RCXA 4MZ1A 1AL7A 1G7VA 3SI9A 4JDYA 3L5LA 2CZFA 4RZ4A 5AOUA 5D33A 4WXYA 1TJPA 5K4ZA 1EUAA 5DCBA 1IXNA 5KZMA 4LWWA 1FCQA 1H1ZA 3HOJA 5FF0A 1MZHA 1XI3A 2V5LA 2QAFA 1HO1A 4E38A 5T26A 3KVJA 2ZRVA 4K8HA 3QSRA 2NXHA 3ABOA 2FB2A 2QJIA 3PAJA 4PTNA 3NQAA 3THAA 3P5ZA 3TSDA 3Q94A 4BK9A 4K6AA 1ICSA 2I9EA 5KZEA 4CNPA 4FX7A 3RMJA 3UXAA 2YZRA 3IVUA 1RD5A 5LSMA 4WZHA 5TQLA 1OFPA 4JEQA 3LX9A 2W6RA 3LXBA 5HWJA 3BPWA 4IXHA 3Q37A 1DBTA 3OHIA 3NPUA 4UFJA 3M9YA 4S1FA 3BLIA 3TNOA 4O19A 1OYBA 4MY1A 3MI6A 4RXGA 3BV4A 5FEZA 3W7PA 4LVBA 1YXYA 1DL3A 5E93A 1LRQA 2DZSA 1KFKA 3T7VA 2QCCA 4OE7A 4DEFA 4EWND 1SU5A 1WBHA 1G4TA 2FPVA 5F2LA 2WNQA 5G2WA 1Z41A 3N2XA 2KZHA 4FNQA 4YL2A 2V30A 4NJGA 3S9YA 1G4PA 3W76A 3LI1A 3CEUA 6TIMA 5LHEA 3EX2A 4ZVJA 3H54A 1EPXA 3OIXA 1A5AA 3G8EA 4LC6A 4LC8A 2CU0A 4LVFA 3FS2A 3W23A 2H6RA 3NO5A 2O7QA 1L2UA 5DXYA 4LRTA 3P8JA 2CLMA 1KTBA 3NA8A 1ZAIA 1YYAA 2VFEA 1WDWA 1QPOA 1NF0A 3EXRA 1X8FA 2HTMA 3O05A 4AF0B 1HTIA 1WAUA 3KVLA 1BWLA 4ORMA 3CT7A 3L65A 1FCVA 1I2RA 2WPBA 1W5PA 2NWRA 4DF0A 4WY0F 1GVSA 3FOKA 3GAYA 1F2JA 1H50A 3G0XA 4MPQA 1R2SA 2PCQA 3EB2A 1H7XA 3NQGA 3SFKA 4Z1DA 2CLFA 2H8XA 3C2VA 1K02A 1DHPA 2NXGA 2A1YA 5HQEA 3FYOA 1I2QA 2V2HA 3MUXA 4NNAA 3O06A 4IMDA 1TPH1 1C8VA 5A8GA 3NM1A 4LT9A 1JR1A 3LHUA 5DBTA 5AHFA 3S5OA 4MJMA 2UV8G 5HR7A 1S3HA 4TMCA 4FNTA 4RLIA 2OJPA 2ZZ7A 2H3BA 4OGZA 3GZ3A 4JR5A 2RFGA 5CPMA 1YDVA 2OT0A 3L21A 1WXJA 4AH7A 4AF0A 3AO0A 3NL3A 4JN6A 2C19A 2G5WA 1QMLA 1MXSA 5HUPA 4UC5A 4CNOA 5D2XA 4UNLA 1GEQA 4HIBA 1TTIA 2EHHA 1PL9A 1YLVA 5G1TA 1WV2A 1SO4A 3HBLA 4RXFA 3KFTA 3G22A 1ALDA 5D04C 3GK0A 1JCXA 2CW6A 2ZRZA 3TJLA 1T8XA 1IGSA 1BKSA 4I7VA 1YTKA 2YSWA 5I3HA 3TUUA 4EF8A 4Q33A 2J9YA 3ABRA 3TW7A 3QQ1A 5E1QA 3IVSA 2PRHA 2CLHA 4JX6A 4GUIA 2ZDRA 3EWWA 3W1PA 2Y7EA 3N3MA 1ADOA 2QJGA 4IMGA 4PFMA 4DF1A 3QMRA 3KX6A 1NFBA 3P60A 1OX6A 1R30A 2ZA1A 1JCNA 2ALDA 1MEHA 4PC8A 3N19B 2BXVA 5G5IA 3U8GA 3W3OA 3MJYA 1KM4A 5U4NA 2YXGA 3LCGA 3MO7A 5F1VA 3BGJA 3W1LA 2A0NA 3IIXA 3SGZA 4MFDA 1K8XA 4RX0A 4KWWA 3EKLA 3M5XA 2NX9A 1DOSA 2ZZ3A 2NX1A 4FEZA 1XDMA 2ZBTA 1W5QA 2DZTA 4PH6A 3NGJA 2JKPA 1KW1A 3G1VA 2J27A 5DCEA 2RDTA 4LUIA 4CQ8A 4OU1A 1H7RA 1SSGA 4EIVA 4YWIA 5K3VA 1KM1A 5C6MA 2W0UA 3D0CA 4MKNA 4ALDA 1B9BA 3UYCA 5MHBA 2E09A 3L2IA 1LOLA 1KM0A 2ZRWA 1VR6A 3QH2A 3BG3A 3O15A 4YCPA 3C2OA 2G97A 1GZGA 5TBOA 3GKAA 3W87A 2C13A 3HGRA 3M1ZA 1DQWA 3W1MA 3NYZA 5D05A 2NV1A 3CWOX 4OHQA 1BTMA 2EAWA 3DFNA 5BOOA 1GG1A 1PHWA 4UTUA 4RR4A 2J6XA 1VYSX 2NUYA 2ZRXA 3TE9A 1F7BA 4KKXA 4QNEA 3DAQA 4OQVA 3PB0A 1SZNA 1XUUA 3N9RA 3M44A 1VYRA 2TRSA 3OBKA 5F2MA 1M7OA 1W31A 3TC7A 2A4AA 4P61A 4N9EA 3VKJA 3SY5A 3CPRA 3DFTA 2ZTKA 3L0NA 1OVDA 1NAL1 4NX5A 1S5VA 3SW6A 5KITA 1TPVA 2HMCA 3HG3A 4DXVA 1GT8A 1FDJA 3UPWA 1K3UA 2RDUA 5K9CA 3HGSA 3I7SA 2NUXA 1EP2A 4JDBA 1FQ0A 2I14A 4O10A 1UB3A 5J5RA 1VC4A 2C3ZA 3M5VA 3W86A 3DHDA 4I7WA 4A22A 1HG3A 3W7DA 3NQDA 3VNDA 3EWXA 5CZTA 3W7OA 4BWLC 3W72A 3IIPA 3NPWA 3UWUA 4RK8A 2JKAA 4P2VA 4KFPA 4L4LA 3GDLA 1LP6A 3UNDA 3W2NA 3BW3A 3STFA 1A5CA 5CZSA 3DENA 1K03A 1RQHA 2QCEA 4FNPA 5D2YA 1XBXA 4ICNA 3RF9A 5IM51 2ZCGA 2VFHA 3ZFHA 2CZDA 1JCJA 2FB3A 4ZMGA 4O54A 1QO2A 1EP1A 3GR7A 1JUBA 2C0AA 1GQNA 1VRDA 2FJKA 5LGXA 2E5DA 2G95A 4ZQPA 3AJXA 1FCUA 5K9DA 4ADSA 1M6JA 4YMZA 4TU1A 1THFD 3OVRA 4EVZA 3CB8A 3WJZA 3NDOA 4M6VA 4O4WA 3UY7A 3THQA 1MEWA 1JRCA 4NUWA 3W88A 3STCA 2ATSA 3LCHA 1SO5A 2QF7A 4O16A 4O14A 4O1AA 3TR2A 2WSRA 3B0VC 3BW4A 2TPSA 3T40A 3LDVA 3RU6A 2WOQA 3EX1A 3N2MA 4EOUA 1TB3A 1UJPA 3LHYA 3LTSA 3PB2A 1LBMA 3T44A 1JCYA 2H90A 2BWGA 2DZUA 3CIWA 4XKYB 3CHVA 4XTDA 1N55A 4NJIA 2R14A 2NX3A 1XC4A 4CQ9A 3EX4A 1T0OA 5DLCA 1TMHA 3DI1A 5AN7A 3GR8A 1SUXA 4NXKA 2QAPA 5K2ZA 4UFLA 3UQNA 2V0TA 3L5MA 1J2WA 3T55A 3C8FA 4WX2A 5LZLA 1GVOA 1WX0A 2A7PA 3WJYA 3S5ZA 1M7PA 1WOAA 2Y7GA 2RH9A 2AGKA 4O57A 3VFLA 2JKEA 3O6YX 2PE4A 2ISVA 3Q2DA 3B03A 4MZ8A 1U5JA 4M7TA 2ZZ2A 5LNWA 3LRMA 5F2GA 4N6FA 1EWDA 1K8YA 2C14A 3LHVA 4AHOA 1L6WA 4GRSA 1ONRA 4JTUA 2XN2A 2A6LA 4O0ZA 5DY3A 4OV4A 4HSOA 1OG0A 4RV8A 3T78A 2VXNA 5SWUA 4DQWA 1JQXA 2J88A 3C2FA 4XKYA 2E1DA 3MYOA 5C2XA 3C61A 4UTMA 1KFLA 1OF8A 1TV8A 4N9DA 1OHLA 2ABBA 2TSYA 4QITA 1VZWA 4NJKA 3UWYA 3W2UA 1W3NA 3JS3A 2DZXA 3SIZA 3GDRA 1LORA 2X16A 3TXVA 3GXTA 2WSYA 4ONVA 5AHEA 4GBUA 1O94A 3WK0A 4DPPA 5D38A 2A2IA 2A7RA 3CTLA 1IF2A 2YYUA 3CQ0A 3LBCA 1OFOA 1OYAA 1IXQA 3TQKA 3OVPA 1QO5A 3WFAA 1QWGA 4JYFA 5HJLA 4JYDA 2DJLA 4UTJA 4A21A 1J5TA 1SFLA 1RR2A 4GUHA 1SR9A 2ZZ5A 4QAIA 1LYXA 3W7IA 1SZFA 4UCGA 4K37A 3DFOA 4NQ1A 3IGSA 3VI2A 1X1ZA 3LRLA 1RV8A 2B7NA 2CWNA 2ZRYA 1Z44A 3E12A 4GUJA 4WY0B 4ML9A 3TSMA 1FWSA 4PL1A 3O07A 5AB3A 1Q6OA 2V2DA 2WKJA 3ATZA 1DQXA 2FQIA 3VE9A 2P10A 3TH6A 3HJZA 1QPRA 3FKRA 4BWLA 1KFCA 1VCVA 1CW2A 1VQTA 3DHFA 4JTTA 1W8SA 3B0PA 3LHTA 4NZJA 5FI8A 4HN4A 2H3DA 3V75A 1W3TA 1GTHA 3LM7A 1L6SA 3DFPA 4IJBA 5EL1A 3IRDA 1TV5A 5D2WA 4MLRA 2Y62A 8TIMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2X1I A;  1UR8 A;  3GFX A;  3A23 A;  3N3T A;  2HK0 A;  3RCN A;  2V3D A;  4AB4 A;  4ROQ A;  3WLH A;  5EFF A;  4HNC A;  3WKZ A;  2XVN A;  3P74 A;  3Q58 A;  2Y85 A;  1W56 A;  4JIC A;  1H0G A;  2EKC A;  3RLG A;  4HU3 A;  3GFZ A;  3VOF A;  4PUJ A;  5I09 A;  3M6Y A;  4DPQ A;  4MFE A;  2V68 A;  5CSR A;  3MWC A;  1R47 A;  3KBW A;  2CIP A;  2CBU A;  2PLJ A;  3AZT A;  2ZWZ A;  1A0D A;  1FWB C;  5ENL A;  2AQW A;  1GQI A;  2Z1W A;  4M0X A;  3AAL A;  9RUB A;  5U7S A;  1GHR A;  3I7R A;  4O52 A;  1UHV A;  1ZP4 A;  1X97 A;  4UFM A;  2VR4 A;  3TEV A;  3O6C A;  3MW7 A;  2ZOX A;  3LCF A;  1EJX C;  1RZM A;  1E9I A;  2BOE X;  3C6C A;  4QLJ A;  3TKF A;  1K8C A;  3M41 A;  3WQF A;  2WKG A;  3PR2 A;  2YFN A;  3WZ0 E;  1XG3 A;  5JIP A;  1TV3 A;  1UZD A;  4X2R A;  2J7G A;  2GVJ A;  4RNI A;  3SAD A;  3ES7 A;  3W70 A;  2R91 A;  3P5Y A;  2ZZ4 A;  4HMC A;  3A3W A;  3NZ1 A;  3RJY A;  1ICP A;  5DX7 A;  1WDD A;  3S6O A;  3EMQ A;  2PLM A;  4O53 A;  3VXG A;  3T0D A;  3POC A;  3CQJ A;  3VKB A;  4MSS A;  4MOZ A;  4CU8 A;  3TW9 A;  4E2V A;  4C5Y A;  1HQT A;  4GVG A;  1W1V A;  3EDE A;  5XIA A;  4FA3 A;  2XM2 A;  4TX9 A;  4W4Q A;  4WJ8 A;  4AVO A;  3M64 A;  3WLP A;  1XLI A;  1BHG A;  4MNM A;  3KOF A;  3ITY A;  2NLY A;  3R58 A;  4C6E A;  1A0E A;  1HGW A;  1NQ6 A;  2WSK A;  2D69 A;  3IUI A;  1EGV A;  3LRK A;  5HOS A;  3GAK A;  4BQ5 A;  2E6Y A;  4UQ9 A;  4H01 A;  3URQ A;  4D72 A;  1H61 A;  4DX3 A;  5A6T C;  3IGX A;  2YPI A;  1EZ2 A;  1GVQ A;  3EWU A;  3F5J A;  4CVW A;  4WDX A;  1QOQ A;  1D2K A;  2A6N A;  1UC4 A;  4KWV A;  1YPF A;  3TN4 A;  6ALD A;  2W61 A;  1RVG A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3V1PA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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