3V1P | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAAGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	83
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-12-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3v1pA00

5BMXA 1H62A 3SFKA 3PAJA 1C8VA 2JKEA 4IQLA 2QAPA 1TRDA 1DVJA 3GLCA 3MUXA 3W1QA 2OZ0A 1OF6A 3BO9A 4IX0A 4M7SA 5KSWA 1CW2A 3S1VA 5G2HA 3IRDA 1VYPX 1ZENA 3JR2A 3QYQA 3A9IA 3W07A 3LCWA 3N3MA 4MYAA 2X1RA 4PL2A 3G1HA 4XKYB 3G8RA 1AW5A 1F6KA 1ZY9A 3FEMA 4E2BA 1JVNA 4LU0A 4Z0SA 1QO2A 4A2RA 4I7WA 5FF2A 1G4TA 2B7OA 3O6DA 1XKYA 3N19B 4JTUA 2FB2A 3WJXA 1VYSX 2DZPA 1SO3A 3P5YA 4R7JA 1R2SA 4X9SA 2V30A 1EUNA 3NEVA 1XC4A 2V81A 2YR1A 2Z2UA 3WK1A 3LCIA 5FEWA 4I9AA 4OU1A 4UTJA 4NZJA 2QUUA 1R2TA 3W75A 4MLJA 3FA5A 1GG0A 3FS2A 2A6NA 2IQTA 3W2MA 1D3GA 4KWVA 4L4MA 1LLWA 2WOQA 3W7PA 4N2YA 3PWAA 3A5VA 1G4EA 3M5ZA 3N9RA 1IXOA 4UTHA 5F1UA 3PSWA 2NV2A 1YTKA 4UFKA 1QOQA 1CX9A 1ALDA 2X1SA 5AN7A 1OFDA 5K2ZA 1OG0A 4GUGA 2CLFA 1W5PA 4MPQA 5G1YA 1IF2A 2VOMA 3P62A 2ZRZA 4NT0A 3BW4A 4DF0A 4RZ4A 4JY8A 1P0NA 3NZRA 1FDZA 4ALDA 5L9FA 1MZHA 3KAOA 5FEXA 1W3TA 2Z6JA 2ZZ2A 3LTYA 4KWWA 2BWGA 4K7VA 5DN1A 1EB3A 3CM4A 3NQFA 4WUIA 3S5ZA 3IIXA 1YPIA 1JCNA 1VGAA 1JRCA 4EVZA 1S5WA 3U2OA 5LNWA 1F74A 4Z1AA 3ZFHA 3E49A 2H3BA 3IVSA 3SECA 2VKZG 4E0CA 3QC3A 4LS2A 1VRDA 3TW6A 1QCWA 4GE8A 1SU5A 1AL8A 2YXGA 4LC6A 3DFPA 1JCMP 2GQ9A 3HJZA 3STFA 1JCJA 1KM6A 2Y88A 5LNRA 2WPBA 3UYCA 1H5YA 4MY1A 1XUZA 5K4ZA 2QDGA 1OHLA 1LTDA 3MP3A 4Q4KA 3PBVA 3OHIA 5ABTA 3O07A 1QPNA 4IXHA 3NNTA 1OF8A 1OK4A 1MEIA 1SUXA 1IGSA 4WY0B 4BI7A 3BW3A 2WNNA 3OVQA 1OABA 3M5VA 4LV9A 1GTHA 4AF0A 2CLHA 1ADOA 1TJRA 3W7EA 3G18A 3W72A 3W3OA 2A4AA 3F4WA 1LOSA 4UTUA 2FIQA 3LGEA 1F05A 2ZZ5A 3IVTA 3OVPA 1Y0EA 3ABSA 1TPEA 2E5DA 3L21A 4Z1BA 3HOJA 2QAFA 5DLCA 1UCWA 4TMBA 3E02A 4O54A 1TB3A 3S5OA 2QJHA 1UJPA 3CU2A 3NM3A 1GT8A 4ZQRA 5LNVA 2X30A 5D2XA 1VLWA 3NM1A 3I7RA 5F1VA 1CI1A 5CZTA 4MY8A 4O1DA 1FBAA 4UUIA 2YW4A 4HN4A 3VE7A 5D33A 4CCDA 2EKCA 1D3HA 4TMCA 1JUBA 1TPH1 3GDMA 3B04A 2H8XA 4JDYA 2O7SA 2D73A 1OYBA 4ZMGA 4PEKA 4LVFA 4UR7A 3UXAA 3ABRA 1VR6A 5G2IA 4UNLA 3SJ3A 3I6RA 2RHGA 4WZHA 2ISSA 1WXJA 4XKYA 4JGDA 3EKZA 2P1FA 1WDWA 3W73A 3RU6A 1LBLA 3L5AA 3B0UX 3LOTA 4UFJA 5AHNA 4K36A 3LERA 3T55A 4MJMA 1Q3NA 1E51A 3IGXA 4OQVA 1DHPA 2CLLA 1S5TA 3F4NA 4X22A 1H1ZA 2ZA2A 4JYFA 2ZRVA 2CZFA 4M7TA 2A6LA 4LNYA 1TMHA 4O19A 4YWIA 3LBMA 4GXMA 1H7OA 4PTNA 1SZFA 4FNSA 3FJLA 4O8RA 2DJXA 1VHNA 3PY2A 2H90A 3MHUA 4YLWA 4Y96A 3W2UA 5CZ0A 1SZNA 1GTEA 3D0CA 3NZ1A 1C9DA 1XCFA 4GFSA 1K7XA 4BI5A 5C6MA 3FKKA 4PFMA 1WBHA 3W1RA 1O5KA 2Y7DA 3HG4A 5U4NA 3NGJA 1TRIA 2R94A 3NQVA 1QDSA 2E09A 1B57A 1PCKA 3QMTA 2VFDA 5HQEA 4JNMA 3STEA 4JX5A 1KA9F 2ZA1A 3W86A 4H4IA 1YXDA 2X2GA 4UMBA 1EWEA 2PC4A 1R46A 3TSMA 3LV5A 4CQ8A 5L6UA 4UFLA 3M9YA 1TQXA 3G3DA 1YADA 2E6FA 1KBJA 4CQ9A 3MI2A 1ML1A 4OV4A 3OIXA 1O4UA 3MI3A 3F1QA 4UTMA 4ONVA 1EP3A 1KFCA 1RQEA 3NA8A 3G1YA 1N8FA 1J2WA 4I7VA 3PM6A 4OGZA 3PG9A 1MSSA 1W5QA 3QW3A 1UBSA 3W1NA 5HJLA 1M6JA 3TK7A 1MXSA 3L9CA 4IMGA 4O1AA 2EF9A 5G4WA 1I2RA 3KXQA 3LCLA 2JKAA 4WD0A 1JQXA 4JX6A 1TPUA 1QMLA 3MJYA 2C1HA 1KFLA 2Y62A 4QISA 3G1XA 1JULA 4IGHA 3UWUA 4Q32A 5D30A 2Y7FA 1OX4B 2A2IA 5K9DA 4UTLA 4UFIA 5D04C 1EIXA 4WY0A 3WJSA 4A3UA 3BW2A 4GJ1A 5KZEA 5KINA 4NQ1A 3GR7A 1SW0A 3M16A 3TW7A 5CSSA 5D38A 4O50A 1O60A 4Z08A 1OFRA 1H60A 1TV5A 5EBUA 4M6VA 3PS7A 1Z48A 2GUUA 4AH7A 2UV8G 2ATMA 4RX0A 2WSRA 5TBOA 1TV7A 2YPIA 3C3NA 4BK9A 4HNUA 1QWGA 2JGYA 1EX5A 1ZFJA 4H6KA 5SWUA 1XBZA 4OT7A 4NJJA 4ZQNA 3GAKA 1VCGA 4LY8A 2Y7EA 3DU0A 4UFHA 2DZXA 3IV3A 4BFAA 3W7MA 3NR0A 4XBKA 5D02A 1JCYA 5F4WA 1DQWA 3GK0A 1KM5A 2Y7GA 4MZYA 3QSRA 3WFAA 3SIZA 5U7SA 2VXNA 1J5TA 3NL6A 2VFGA 3O16A 2I14A 5LHFA 3C6CA 3EX4A 1KM0A 4Z1CA 2YYTA 1T96A 4JIPA 1BEUA 1KBIA 1XM3A 4QNWA 4P2VA 4XUGA 3GDKA 2ZQ0A 4UTTC 3N9SA 1PCWA 4NVTA 1G69A 1FY6A 4CCCA 2CZ5A 3O15A 1GOXA 4K37A 3GAYA 3VNDA 3FIGA 1TV8A 1RV8A 3RLUA 1Z42A 3MP5A 2Y63A 3EXTA 4ZQMA 5EKYA 2E6AA 3TROA 5KZMA 3SY5A 3AJXA 3W1UA 2AQWA 3KVMA 4HIBA 4RLIA 4UTTA 1GVSA 1WX0A 3B8DA 1XUUA 4IPIA 5I3GA 1LOLA 2KZHA 1DOSA 4K39A 3PR2A 1T0OA 1VH7A 3G24A 4CLMA 4JTTA 3M5YA 2ZRYA 2Q3RA 3UPWA 1GVFA 2QCCA 3DFTA 3UY7A 5I3JA 3BARA 1KFBA 4UXDA 2R91A 2ZZ6A 3GX9A 4O1BA 4WXYA 3KVLA 3PB0A 3PVFA 3W6YA 1W0MA 2CW6A 3HGSA 1I2OA 3QM3A 3UZ5A 2FFCA 1UB3A 3LBCA 1XL9A 1L6SA 1PL9A 1GVOA 3TX9A 2ZRXA 4FNQA 1OX5A 2H6RA 4K6AA 5DBUA 1H63A 1ICSA 2VFEA 1YDVA 1YTDA 3LRMA 3LV6A 5D05A 3WK3A 1TPC1 3G1SA 1ZAHA 1TPFA 4O12A 1B4EA 4N6FA 5MHBA 5D2TA 4XQ6A 3IGSA 4ORMA 3W7HA 3WJWA 3NOEA 4HPXA 5CZJA 1AL7A 3MW7A 4ZQPA 4ZZ9A 2OJPA 3C8FA 1UASA 1F7BA 3W1PA 1ICQA 4N02A 5TIMA 1K02A 1W5OA 3PG8A 2NUWA 3W7LA 3O8AA 1IXPA 3LHWA 4AB4A 1D9EA 2QUTA 1YDOA 3G8EA 4JTIA 1BTMA 2YYUA 4N4QA 1GJPA 3SGUA 1ZAIA 4JYEA 1YXYA 3NQEA 3L66A 1L6YA 1IIHA 2YCEA 2H8ZA 5FEZA 4NZFA 4JTKA 3TIMA 1K8YA 2Z1BA 4O1CA 4JTLA 1IXQA 4O57A 3S5YA 4WX2A 1G6CA 5BMWA 3G1AA 3W23A 4HSOA 3EWBX 4MIMA 5G5IA 4IMEA 3G0UA 3C61A 5HR7A 1OX4A 2ZZ4A 5F4SA 3C2EA 1LRTA 3DFOA 3M5XA 3GYEA 5HMSA 2OT1A 3P8JA 4N9EA 2VEKA 2E6DA 1PHWA 1PS9A 2VEPA 3W7NA 1YYAA 1TSIA 2B0MA 3GZ3A 1KTBA 3TC7A 4DELA 3IIOA 3HQ1A 2RKXA 3KRSA 4O52A 3KVKA 4ICNA 3CWOX 4YL2A 2NXHA 3WJZA 4O13A 4JD4A 2V2HA 3TJXA 2YW3A 3STGA 4O28A 1Z44A 4LVAA 1O95A 2DZTA 2NV1A 2WNQA 4HNNA 5EL1A 3W74A 4Z0JA 5FF7A 1MEWA 3W87A 1RD5A 1OX6A 4WJEA 2GQ8A 4MOZA 4YMZA 5AB3A 4O4WA 4NX5A 3L5LA 3UWWA 3TUUA 4FX6M 4DPQA 2G97A 5D2VA 4FNTA 5DCBA 2QF7A 1VCVA 2NXGA 3DENA 3QEZA 2QCNA 2LLEA 3MMTA 4O10A 3B05A 2YDAA 3KX6A 1PIIA 4LOCA 1FWWA 1ZCOA 4HNTA 1P1XA 2XN1A 3NQCA 3P60A 4IXXA 3E12A 3S5NA 5DCEA 4LTSA 4O53A 2A1YA 3NO5A 4RK8A 3WK0A 1WAUA 3W1TA 1THFD 3TKFA 5LGZA 4RZ5A 3CIXA 1G4SA 3LCFA 2YFNA 1ONRA 4UNKA 4NJGA 5AOUA 2W79A 1PHQA 1KM4A 2E6YA 3W7OA 1A5BA 3EWWA 3U6WA 1YLVA 1KFKA 1SW7A 1GVQA 2CU0A 4JTGA 3DKJA 1DJNA 4IJBA 5IBXA 3SR7A 4JDBA 5BNKA 3GB6A 2CZEA 1SO4A 2E1DA 2WJZA 3NPWA 3C2OA 5T26A 1KV5A 3RK8A 2ISVA 1LYXA 3Q37A 5BW6A 3KRZA 3HG3A 3FKRA 3S1WA 3NL2A 3G1DA 4FXRA 4Z1DA 2QJIA 2B7QA 1NF7A 4KKXA 3LHVA 3TCEA 2C0AA 4S1FA 4MJZA 3LHTA 3H53A 2Q3OA 3M41A 3ATYA 4CCEA 1VQTA 2OCZA 3A5FA 1M5WA 1EEPA 2QCDB 5LSMA 3N14A 1W3IA 2ABAA 1GEQA 3C2VA 1VZWA 4GNJA 3NDOA 4AXKA 4IOTA 3PBWA 3L5MA 2YX0A 4A29A 1EP2A 2P10A 5DY3A 5LNUA 4MY9A 4O17A 1H50A 2RFGA 3UQNA 4IMDA 2JKPA 3EWXA 3UWYA 3S0CA 3SGZA 5GVJA 3LX9A 5G1TA 3LB0A 3DKLA 3G3MA 4UFMA 4NJKA 5J5RA 3R8RA 5CG7A 4EWND 3I65A 1V5XA 1JQVA 2VENA 4AMAA 2ZTJA 1LOQA 2YZRA 3M6YA 3CPRA 2VFIA 2Y61A 5E1QA 3U8GA 3CQ0A 2XFWA 3W22A 3MHFA 4LRSA 4ZVJA 4O15A 4WOZA 4NNBA 2QDHA 4D2JA 1W3NA 3TC6A 2C3ZA 3Q2DA 3DI0A 4R33A 3EXRA 2GQAA 3S1XA 3UZJA 4LV4A 4WOQA 4RKAA 2PRHA 4JICA 4XBSA 3G22A 1LORA 3NXFA 3T7VA 1RQBA 1XDMA 1VYRA 4UR8A 4R34A 1B3OA 2NX1A 1TPWA 3BPWA 3P74A 3W1MA 2EHHA 4XTDA 1VHCA 4N6EA 3S8HA 2VEIA 1JUEA 4FNPA 4N9CA 2A7PA 4MZ8A 3S42A 4A2SA 1P4CA 4OWGA 4JN6A 4DO6A 4K8EA 3ABQA 2ALDA 3PSVA 1I45A 4IMCA 3O63A 1YXCA 3QH2A 5HWJA 1SO5A 4TIMA 1GYNA 4I7UA 1I2QA 3E9AA 1AG1O 3VKJA 1M7OA 3LLFA 5D37A 2VEMA 5DXXA 3TMLA 4RR4A 3SI9A 5C5YA 2DZUA 3O6CA 2BX7A 4JS3A 1QOPA 1OFEA 2FDSA 2FTPA 3PF3A 3CLMA 4JX4A 4DO5A 1JCLA 3CC1A 4PL1A 4FEZA 4JR5A 2TMDA 1HL2A 1QR7A 4MKNA 4KFOA 3PBUA 4QNEA 1ZAJA 5AHMA 1RZMA 3PB2A 3UNDA 3EXSA 1HFBA 2QR6A 3L65A 4S2CA 1LM1A 2NWRA 3HIJA 3NL5A 4DQWA 2VC6A 4RXFA 1SR9A 4OE7A 3GDRA 1NSJA 2FPYA 3UD6A 3H54A 1ZHAA 2CLKA 3STCA 3RMJA 3TSDA 1TO3A 4BI6A 1F73A 3DHFA 3HGRA 3C56A 4M5PA 3LTPA 3QMSA 3B4UA 3P82A 1EP1A 1FQ0A 3W2NA 3NQDA 5H2ZA 4JYDA 3BLIA 3I7SA 2GPTA 3GKAA 2AGKA 3NQ6A 1DL3A 2Y70A 2CFFA 3TNOA 1RR2A 2E5CA 1FCQA 5AHEA 4YCOA 1B9BA 3BG9A 2QJGA 1FCVA 1NEYA 1QPOA 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5KTLA 2C19A 2JK2A 3A21A 1PVNA 1X7FA 4GUIA 3HF3A 2E77A 4N9BA 1JJKA 1AW2A 3BVJA 3NPXA 1XDLA 3T44A 2GVLA 1FX6A 3TJLA 2V5BA 1TPDA 2RDTA 2F84A 3W71A 5HWNA 2ZA3A 4AAJA 4QJ1A 3UXDA 3C52A 1LCOA 2B7NA 2Y6ZA 3TSBA 3W7GA 1HO1A 4HKPA 4MFEA 4UMCA 1X1OA 3GNNA 3GXNA 3DHDA 5DELA 3OVRA 3HGJA 1L6WA 5FESA 4QQ3A 5CSRA 3OBKA 2Y85A 3W88A 1H7WA 2X16A 4UCGA 5HWMA 3GVGA 3R2GA 3NYZA 3TQKA 1LROA 4PH6A 3OG3A 2GOUA 4PA8A 3KFTA 2J24A 3CIWA 3RNDA 1FDYA 2J9YA 1NFBA 3IGUA 1VJIA 5D09A 5CGQA 5E93A 5AYXA 3LXBA 5FEPA 4AHOA 2JGQA 3I68A 5I3FA 5D32A 2QKFA 3TFXA 5C54A 3FOKA 2ZZ1A 1I4NA 3RF9A 3TFCA 4O18A 4PCFA 1H7PA 1SSGA 4RCXA 2QCLA 4PC8A 3DFQA 4XTIA 2OT0A 1AMKA 4N9DA 1F2JA 2ZRUA 4OV9A 2FPVA 4NJIA 3SW6A 1TPB1 1LBFA 3EEGA 2DJLA 4LS1A 4K8HA 3N2XA 3QZEA 1UUMA 3NPUA 3SZ8A 1H51A 4PODA 2QCMA 3PBYA 3KRUA 3W9ZA 1H61A 4Q33A 3R89A 4NX0A 5HUOA 3V75A 3BV4A 3CEPA 4FNRA 3ABOA 4NNCA 3P8IA 3P67A 3TU9A 1DJQA 2TYSA 1O5XA 1JR1A 5IM51 2C14A 2Z0IA 1BWKA 1S3HA 4Y8FA 3QW4B 1W5MA 2A7RA 1O94A 4WXZA 2QCFA 2V2DA 2CLEA 3FLUA 3NAVA 4EOUA 1FWNA 5A5WA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3V1PA

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