3V75 | Genus

Total Genus 101

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	101
sequence length	285
structure length	285
Chain Sequence	NLYFQGMSLEPFGARLSRAMDDRGPLCVGIDPHASLLADWGLSDDVAGLERFSRTVVEALGEHVAVFKPQSAFFERFGSRGVAVLEKTVAEARAAGALVVMDAKRGDIGSTMAAYAEAFLRKDSPLFSDALTVSPYLGYGSLRPAVELARESGAGLFVLALTSNPEGGEVQHAVRTDGRDVAATMLAHLAAENAGEEPLGSFGAVVGATLGDLSSYDLDINGPLLAPGIGAQGAAPADLPGVFGAAVRNVVPNVSRGVLRHGPDVRALRTAADRFAEEIRAAVAA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7205073648338187__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7205073648338187__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3V75/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7205073648338187__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7205073648338187","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3V75/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7205073648338187__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03425dfaf1fe93d6bffad5/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03425dfaf1fe93d6bffad5/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Streptomyces avermitilis
publication title	Crystal structure of putative orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Streptomyces avermitilis ma-4680 rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	101
structure length	285
sequence length	285
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-12-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3v75A01

2X1SA 3CHVA 2FB2A 3KAOA 5LSMA 1G7VA 3UWZA 2LLEA 2BLEA 1KM4A 2ZRXA 3W07A 3LBMA 3U6WA 4A22A 2CLOA 3D0CA 3OVPA 5DXXA 1YDOA 1DQWA 4H4IA 1BKSA 1EPXA 1TIMA 1D3HA 3STGA 4O53A 1KLZA 1XC4A 4LT9A 4MLRA 4M6PA 1VHCA 1ME7A 4QAIA 5EBUA 4OHQA 3GR7A 5I3FA 4E0CA 4ORIA 3ANYA 5EPDA 3W83A 1PCWA 3CLMA 2Y62A 3MP4A 4ADSA 2HS8A 2W0UA 4M5PA 4ZQPA 3W1UA 3ZFHA 1F73A 3LXAA 2Y85A 3C2FA 2EKCA 4AHQA 2QCHA 1OFAA 1GQNA 4R53A 3LCGA 2NUWA 1DJNA 2J9ZA 4GUFA 3Q37A 3IVUA 3UWYA 2CZFA 3SGZA 4K8HA 2V82A 1A5BA 5G1TA 1KV8A 3VE7A 3VNDA 3P62A 4LV4A 1RZMA 2NX3A 4YLWA 5K7JA 1ME9A 3SZ8A 2NUXA 3TJLA 1LOQA 1QO2A 2FTPA 1ML1A 1FY6A 1QPNA 3IIOA 5BW6A 3NQ8A 3Q2DA 3UXAA 1DKWA 2OJPA 2WV8A 4NU7A 5CPNA 3IGUA 3OA3A 4GRSA 4WQ6A 2WNNA 1QDSA 1QNVA 1IIHA 1SZGA 4N9DA 1Q6RA 5CPMA 2EAWA 5L6UA 1JQXA 3G1SA 1KBIA 4POCA 2CLFA 4BF9A 1FDZA 1IXNA 1D3GA 3G1YA 3T7VA 3QQ0A 3EX1A 3HOJA 5C2XA 2H8ZA 3HPSA 2QDHA 3MI6A 1EP1A 1G4TA 4WY0F 3G1AA 4UMBA 3TV8A 3QMTA 4O18A 3EX6A 1NVMA 3EXSA 3BG5A 2H3BA 1W0MA 3HBLA 2DP3A 1YPFA 3M5YA 1F6PA 4Q33A 5BMWA 2QCCA 1Q3NA 3W2LA 3QSRA 4XBSA 3PWAA 5LNVA 1W5OA 2CLLA 5AC7A 4UFIA 3P60A 1OYCA 4IX0A 1JCJA 1FWRA 4QNEA 4JTJA 3QFEA 3W7DA 3B03A 5D09A 1JJKA 4RLIA 4H3DA 3DENA 3ATYA 1I4NA 4UC5A 2BSLA 1Q6QA 3T4CA 1PV8A 4FXRA 1Z48A 2GQAA 3STCA 4AF0B 1P0KA 1GVSA 3PBVA 4LRSA 1FUYA 3W2UA 3FYPA 4L4MA 5DY2A 3MJYA 3TH6A 1WV2A 2QEZA 2YW3A 5IM51 1V5XA 1W5QA 2E6YA 1AW1A 3CEUA 2VFHA 3G1HA 2WOQA 2JKPA 2KZHA 1O60A 1HUVA 4IMFA 3LHWA 1OFEA 1EWEA 3L65A 3QH2A 2IQTA 1H1YA 4EWND 3KVJA 3O06A 3C4UA 5U7SA 2Z2UA 4LVGA 3L2IA 2ATSA 5K3VA 2A1YA 1EX5A 1RR2A 4HPJA 5HR7A 2C0AA 2Y61A 2EGZA 4IPJA 4LVFA 3EX4A 4NZFA 3WK1A 1DQXA 4MLJA 3GDMA 3STFA 3UPWA 3NPWA 5EMUA 1GVFA 2TPSA 1DL3A 4E2BA 5CZTA 1KM3A 4PH6A 2NXGA 3S5YA 4MY1A 4RK8A 5LNWA 3L5AA 4M6QA 2V8ZA 4OV9A 5EKYA 3YPIA 4DF2A 1EUAA 1AW2A 2ABAA 3NPXA 1YTDA 3M5VA 5D2XA 5KMYA 3MHUA 3THQA 3UZJA 1SO3A 1TPC1 3FYOA 4O17A 3SW6A 5J5DA 3JS3A 1Z44A 1PS9A 2JK2A 4UFLA 3G24A 1NAL1 5K2ZA 3CPRA 3LV6A 2VOMA 1H63A 4N9CA 2EF9A 2ZZ1A 3M5XA 3MI2A 2FPVA 5E1QA 3VE9A 1EB3A 5CPOA 4IMGA 2CFFA 1W1ZA 4Z08A 1OYAA 1K3UA 4PL2A 3NQ7A 4UTJA 4CCEA 2VFIA 2B7NA 1LDCA 2TMDA 3M0ZA 3WJWA 1MSSA 4JTEA 1K03A 1K8XA 1UUOA 1TPDA 3QJAA 2C14A 4XKYB 4JIQA 5AC8A 1FWTA 3NYZA 3W1MA 3LHUA 5AFDA 3C61A 2QCMA 1EA0A 1YXYA 2FFCA 3G22A 3TDFA 2A6LA 5G5IA 5K9CA 4PODA 5G4WA 1KTBA 3G0XA 3GXTA 3O63A 2QUUA 2DZTA 2DZXA 3NQDA 1FX6A 1MO0A 1J5TA 3K30A 1LYXA 3CC1A 2DZSA 4JN6A 3IVTA 4MYAA 1VZWA 1TREA 3F4NA 4NX0A 5I3JA 2QCDA 1EUNA 1OABA 3W75A 4S1FA 5IBXA 3RF9A 3IV3A 3A5VA 3KXQA 3WJXA 4AEOA 2WPBA 3HG2A 4JGDA 4MY8A 2OZ0A 4ZQMA 1X8FA 3QSTA 3ZWSA 5FEWA 3S5NA 3NEVA 3F4WA 3GVGA 3QRHA 2A5HA 1SQ7A 4WY0A 2V5BA 2QCEA 4ZZ9A 3W74A 1NSJA 3N73A 3B04A 4GUHA 3R89A 2DZUA 4IJBA 4LNYA 4QQ3A 2BWGA 1L6WA 3BVJA 2A7PA 2Q8ZA 4MUZA 6TIMA 4JY9A 1SSDA 2JGYA 1WOAA 1LRQA 2ZZ4A 2OT1A 4QITA 3NL2A 5F1UA 3VCRA 1VCFA 3RFAA 5LHEA 1P1XA 2X2GA 4ZQNA 4AH7A 1LM1A 4X22A 4PL1A 1QOPA 3SIZA 3LXBA 3M7WA 1W3NA 2NV2A 4JD4A 1XFBA 4K7VA 2WQPA 4RZ4A 4MJZA 5AHMA 3GXPA 4Y8FA 2J27A 3GNNA 4K36A 5AHFA 4QM1A 4L4LA 2VEKA 1UBSA 3G0UA 3N14A 3QM3A 3STEA 3W1XA 3L0GA 1RPXA 4QJ1A 3P5ZA 1DHPA 1R2RA 3EWBX 3PC0A 2Q3OA 2I14A 5DCDA 4CNOA 4K6AA 2YSWA 4ADTA 1O5KA 4WZHA 2GOUA 1GJPA 3OIXA 2GQ9A 3MUXA 2AQWA 4Q4KA 4WOZA 1TPFA 4LVBA 4NJGA 1GVQA 4UTWA 3DHFA 1L2UA 1VHNA 3W88A 3O16A 1X7FA 1M7OA 3S8HA 3NL5A 3MWAA 4OQVA 4Y9AA 1IXPA 4MZ8A 5AN7A 5FESA 3MP3A 1ZALA 5F4SA 3N19B 3W7EA 4UMCA 3G1DA 1QO5A 4RKAA 4O1AA 1C29A 2BXVA 3HG4A 1EP3A 3BGGA 4MOZA 1BWKA 4TU1A 1O95A 3TROA 3HPXA 3TK7A 1I45A 1ZCOA 1FCUA 2B0MA 1TRDA 3LHVA 4J9JA 3WJZA 3HIJA 1SO6A 1P0NA 2HTMA 1W3IA 3TE9A 4X9SA 3NQAA 4WJEA 4DEFA 3O05A 3W7OA 1AW5A 3JRKA 4H6KA 2FJKA 4M19A 1LLWA 2F7FA 3F1QA 3CIWA 5K9XA 3UY7A 3TA6A 1ZHAA 5CG7A 1XM3A 4NZJA 1IXQA 1U83A 4GUJA 4BI5A 1GVRA 4JR5A 3MP5A 3OVQA 3DKJA 2OT0A 4JICA 4YXGA 1Q45A 1F6KA 3LCIA 2FPTA 4KFOA 3SFKA 3GDRA 5ABTA 2F84A 4JYEA 1ZY9A 1PL9A 1WQ5A 3B06A 4IGHA 3HGRA 5IBXC 1FCQA 5KSWA 3U8GA 3CQ0A 2C3ZA 4A21A 5EY5A 1QPOA 3RU6A 1JUBA 3DFOA 3W70A 1F7BA 4WX2A 3S9YA 3TNOA 1FBAA 4RV8A 2VXNA 1GYLA 5CSSA 3FIGA 3MHGA 3UZ5A 2I9EA 4WUIA 3NQCA 3ZS4A 4FIRA 4O4VA 3GR8A 1W3TA 3P81A 2B7PA 4JYDA 5D2VA 4UR8A 3WJYA 2E5DA 4E38A 3LCHA 3DFSA 1QPQA 4EIVA 3INPA 3UWWA 3QC3A 2ALDA 2NZLA 3GZ3A 4IQLA 1LP6A 3DZ1A 3NZRA 4JDBA 2ISVA 4BWLC 1LBFA 5AYXA 4QSHA 1A5AA 1EWDA 3KOFA 4YL2A 2NWRA 1I2PA 4MFEA 4NX5A 3TSBA 2A21A 2DU2A 3TXZA 1R2TA 5F2IA 4C1KA 4O10A 5DN1A 3BW4A 2RDWA 4XQ6A 1C9DA 4FX7A 4UTTA 2YGYA 3IIPA 4AHOA 1W37A 3NDOA 2V2DA 4DQWA 2BTMA 1JCMP 1M5WA 4I9AA 1F5ZA 4UIOA 1LRTA 1JCNA 2O7QA 4MKNA 3LOTA 4JTGA 2CZ5A 3LHTA 3QYQA 4ZQOA 2CWNA 1VGAA 4HSNA 3DFPA 3NG3A 4LWWA 1YXCA 5BMXA 3BG3A 1XBVA 5HMSA 4NUWA 2Y6ZA 1K02A 1ZNNA 2G95A 4IPIA 1E51A 4UTWC 3CM4A 3G1VA 4OE7A 2A4AA 1EIXA 2J24A 1QMLA 8TIMA 2V2CA 4NNCA 4Y6GA 6ALDA 1WXJA 1FCVA 1B4KA 4MIMA 3NQ2A 3N3MA 1H7NA 4JTSA 3CWOX 3MW7A 4AWSA 4R34A 3V1PA 3W87A 3KRUA 5MHBA 3TSDA 4Z1DA 3DI1A 2YR1A 3L5MA 1TV7A 3ZR4A 2DZPA 3B05A 2UV8G 3FFSA 1EEPA 4UTKA 1FQ0A 4RX0A 3LXCA 3DXIA 3LHYA 2RHGA 1CW2A 3BG9A 3LRKA 2G97A 4HPXA 1VQTA 3I65A 3HGOA 3TAKA 5D02A 1OFDA 2J9YA 4JTKA 1SFLA 3LX9A 2Z6IA 4N02A 4FNTA 5LKYA 3W23A 5I3IA 3M47A 4P2VA 4PEKA 2ABBA 1ZAIA 2DJXA 4UNLA 2ZBTA 1FXPA 3W2JA 5G2IA 4CQ9A 3TX9A 4FIQA 3CU2A 1J4EA 3BPWA 5CZ0A 5D03A 2QJHA 5D37A 1X1ZA 1OYBA 3TMLA 2B7OA 5CKSA 3LHZA 3NO5A 1C8VA 1T96A 3NA8A 4KWVA 4DBEA 2DZWA 3W7MA 2QCNA 2OX1A 4HHPA 3C2RA 3TR2A 3A21A 4O13A 1XDLA 2WNZA 2V5LA 4B5NA 1H7OA 2WJZA 4LS1A 1WX0A 2QCLA 3FKKA 1WOBA 1SZEA 5A8GA 2VEPA 1GTEA 1VCGA 2NLIA 3OVRA 2ZCGA 3H53A 1HG3A 2NX9A 3TKFA 2Q3RA 1QWGA 2VEMA 5DBUA 1OK6A 2ZRUA 3ABSA 1KV5A 3R5EA 2WO5A 2XN0A 3HJZA 1RQBA 5GVJA 1LROA 1SFJA 2QCFA 3M6YA 1ICQA 4FNSA 4IMDA 3W85A 3NOEA 1XDMA 4GNJA 2NXHA 4AF0A 4M7TA 1KM2A 1N8FA 3LLDA 5DCBA 1ZAHA 4ZQRA 4RZ6A 4JX6A 3MYPA 3GDLA 4DELA 3SJ3A 1QOQA 1VLIA 3W1AA 2JKEA 2TRSA 3EEGA 1O94A 3UWQA 2ISWA 1KM6A 4GJ1A 4CNPA 4NVTA 4LUIA 1UB3A 3S5OA 5C54A 2R14A 1OFRA 1KFJA 1O5XA 4LY8A 1DJQA 5HQEA 4JNMA 3PG8A 4N6EA 3TW6A 4NXSA 2ZTKA 1OVDA 3NZ1A 2FQIA 3P8IA 2HS6A 4ML9A 4CCCA 1TTJA 2WKJA 3G8EA 3GDKA 3BW2A 4TO8A 1F2JA 1LBLA 1OK4A 3C6CA 1OHLA 1DV7A 2RKXA 1OX4A 1VH7A 3WK3A 4UCGA 4LU0A 4CQ8A 4Y96A 4FNRA 1VLWA 1QCWA 3VFLA 4YMZA 2E1DA 2C13A 4Q32A 3W3OA 1TPUA 3IIVA 1TSIA 5F2GA 1FWNA 3E0IA 4O19A 1PE1A 2YXGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3V75A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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