3VCR | Genus

Total Genus 67

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	67
sequence length	216
structure length	216
Chain Sequence	MTQLDTWLANTKPLIPVIVIDDLVHAIPMAKALVAGGVHLLEVTLRTEAGLAAISAIKKAVPEAIVGAGTVCTADDFQKAIDAGAQFIVSPGLTPELIEKAKQVKLDGQWQGVFLPGVATASEVMIAAQAGITQLKCFPASAIGGAKLLKAWSGPFPDIQFCPTGGISKDNYKEYLGLPNVICAGGSWLTESKLLIEGDWNEVTRRASEIVKLSDI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Genome sequence and functional genomic analysis of the oil-degrading bacterium Oleispira antarctica. pubmed doi rcsb
molecule keywords	putative Kdpg (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate) aldolase
molecule tags	Structural genomics, unknown function
source organism	Oleispira antarctica
total genus	67
structure length	216
sequence length	216
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-01-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01081	Aldolase	KDPG and KHG aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3vcrA00

4TX9A 4AXKA 5C54A 1H60A 4LC6A 1QO2A 4QISA 4N9CA 4Z08A 3GDKA 3KX6A 1QCWA 3R5EA 4G1KA 1ZJIA 1OK6A 3M16A 1SSGA 3W72A 4POCA 1SZGA 5FEZA 3GXNA 5AFDA 3P8IA 4MUZA 1KFLA 2ZZ2A 3B06A 3LM7A 2BX7A 3GXPA 4MFEA 4LV4A 2V2HA 4FX6M 5CGQA 5CG7A 4UFJA 3W70A 4UTLA 4GUFA 1KFCA 3DBPA 1JUEA 3PG8A 4IPJA 2GJLA 4NT0A 3QW3A 4WJEA 5AC8A 3DKLA 4PCFA 3DFOA 2V8ZA 2E1DA 1H7RA 1AW5A 1GTHA 1TPVA 2AGKA 3FYPA 4GC4A 3TC6A 3BG3A 1VCGA 3LHYA 1FDJA 1FWSA 1M6JA 1PS9A 4KFPA 1A53A 3OHIA 3S1VA 5K9CA 1NEYA 4IQLA 2FPTA 2A6LA 3MP3A 3GYEA 4HPXA 3BGGA 1JJKA 2QDHA 5K2ZA 1ICPA 1VRDA 5FF3A 2Q3RA 3QW4B 5EKYA 3W6YA 2HTMA 1P0KA 1BWLA 3B04A 3G1FA 3EWBX 1FWRA 3O06A 3LI0A 3F4WA 3T55A 4OGZA 4RZ6A 1D3HA 1K8ZA 3G1SA 4AHQA 4JEQA 3THQA 1JUKA 3GDTA 2Y63A 5I3FA 3TC7A 5AHFA 2NWSA 3E0IA 1VYSX 4JY8A 3AJXA 1YPIA 3MHGA 2QCGA 1XUUA 1DHPA 3CQ0A 4WQ6A 1XKYA 3T44A 3G1DA 3W23A 1T8XA 3W7JA 3O15A 1HTIA 5C5YA 2EGZA 3DGRA 1TPUA 3W7KA 3NQ6A 3ATZA 2WPBA 3SFKA 3GR7A 1JRCA 1TTIA 8TIMA 1R2SA 1WBJA 5L9FA 1C8VA 2WOQA 5FEXA 2VEPA 4JN6A 2WNNA 4H6KA 3GKAA 4WZHA 3GAKA 4RXGA 2RFGA 1ZFJA 3O8AA 2NX3A 2YFOA 1SFJA 1FUYA 3WFAA 1NSJA 4ZZ9A 2C3ZA 2DZXA 1TPC1 1FCUA 3HGOA 1ME9A 3E02A 2ZBTA 5DXXA 3L67A 4WX2A 2PURA 3LRLA 4GUIA 1TQJA 1Q6RA 2ZZ3A 4I9AA 4ORMA 1U5JA 3DAQA 3W71A 1F7BA 2Y85A 5CZJA 2NUYA 5TIMA 3G0UA 3G3DA 2FDSA 1W54A 3ABSA 5CKSA 3SZ8A 1GVQA 2QUUA 2Q8LA 3WJSA 4UMCA 4GFSA 2BXVA 4N6FA 1DQXA 4M5PA 3PY2A 4Z1CA 1VC4A 2V9DA 5HULA 1WYIA 4GJ1A 3KAOA 3M1ZA 4BFAA 5IM51 1L9WA 2A5HA 3W07A 3GDMA 4MY1A 3LCGA 1NFBA 1K02A 2DJXA 4BI6A 5EBUA 4WXZA 3EX1A 3LTSA 4O53A 2NWRA 4UMAA 3W2KA 1WXJA 2XN2A 4LS2A 3HGSA 1VS1A 1LP6A 3ABRA 3UWQA 1SW3A 2DORA 2DZSA 2JKEA 4RCXA 3BK0A 2B0MA 3TDFA 3NYZA 2WV8A 1K8YA 4UTMA 4PA8A 3Q37A 2ISWA 2PCQA 2QCHA 4IX0A 3QYQA 3TCEA 5HUPA 1GZGA 3CM4A 3QMTA 4UIOA 3FEMA 3N2XA 3GDLA 3W7NA 4DF0A 4AF0B 3S5ZA 4A2RA 1W5OA 3NAVA 1H7OA 1L6YA 1OFDA 1YDVA 1O94A 3HPZA 1GG1A 1NAL1 2QCMA 2CZ5A 3TQ0A 2ZRXA 1RV8A 4Y9AA 1F6KA 3N9RA 5FESA 1FY6A 1G7UA 4JYEA 1HO4A 4KKXA 4LUIA 3RF9A 2GQ9A 2LLEA 2ATSA 3P62A 1SZFA 1SU5A 4ZQNA 3W2JA 3SR7A 4A29A 1ZENA 2ZTJA 2P0OA 4CQAA 1MEIA 4JTJA 2NXHA 1EUAA 5DY3A 2YPIA 1OJXA 3I7SA 4UC5A 3TAKA 1S5TA 3RMJA 2J88A 3TQKA 1TPWA 3PAJA 5A8GA 4HIBA 1JRBA 3W2LA 4FF7A 1VJIA 2YZRA 3DH7A 4O17A 3TROA 4XWUA 2Y7DA 1WA3A 1OYCA 1FWWA 2Y6ZA 4A3UA 1XFBA 2V0TA 3S5NA 2H8XA 3IEBA 5E1QA 5G4WA 1KA9F 1O5XA 1TTQA 1ZNNA 1M7OA 4Y8FA 5AYXA 1TPEA 2BWGA 1IXQA 2A7RA 3M0ZA 5EL1A 4FIRA 1KTBA 4CNPA 1OFOA 1T99A 5J5RA 2QCDA 2QF7A 3UZJA 4M7SA 3W1XA 4UTIA 5F2GA 3M5XA 1B9BA 2YDAA 3T78A 4JTGA 1W5QA 3VNDA 2C15A 1G6CA 2ZRZA 4ZL1A 3I7RA 3PSWA 3OVRA 3CIWA 4NQ1A 4E2BA 3LRMA 4LU0A 4ADUA 1FCVA 3NQ2A 3ABQA 2Y61A 1W3IA 2V30A 4ZQCA 1OVDA 1FDZA 4FX7A 3UQNA 3MI3A 4HKPA 4AAJA 2R91A 3KFTA 1VYPX 4WOQA 1LRNA 5AYYA 4DF1A 3PS7A 4IXXA 4U4MA 1L2UA 2Y62A 4GUJA 4GRSA 1L6SA 2QCNA 3K30A 4JTIA 2Z6JA 3CLMA 3C52A 2OZ0A 3CWNA 2W6RA 4IMCA 5TBOA 4O50A 2TMDA 1CI1A 4ZQOA 5G4EA 3O05A 2CZFA 2GVGA 4K7YA 3DXIA 1KV5A 3W7HA 1D3GA 3E9AA 3TSDA 3ATYA 3LDVA 2QDGA 4Z1DA 1TMHA 3F1QA 1X1ZA 4XTIA 1LLZA 1G4SA 2E6FA 1XBVA 3HQ1A 1JQXA 4IOTA 2Q3OA 3NGJA 3S1XA 5HNRA 1H7NA 3PB0A 1RZMA 4NJGA 5F4SA 4DF2A 1MEWA 3JS3A 4NNAA 4MVAA 3NQGA 2JKAA 1IXNA 4UFKA 3HBLA 1YPFA 3CU2A 4J9JA 3G8RA 3FIGA 2ZZ6A 2CLEA 1OFAA 5F2IA 4MZ1A 3MJYA 4O16A 3G18A 1OK4A 3EWUA 4ALDA 3EX3A 5DCDA 3PUOA 2Y70A 4LTSA 4JTKA 2VXNA 3LBCA 4MFDA 4UFMA 3W2MA 4K38A 1KFKA 3W2UA 1W3TA 1K03A 1B4EA 2NZLA 3INPA 4HT3A 3L0KA 1QPOA 5LGZA 3GAYA 3TQVA 3NQAA 4PL1A 3C0JA 1XXXA 4X9SA 1QFEA 4YCOA 3O1NA 2Y7GA 1IGSA 1A5AA 3DENA 1H51A 3IVSA 4RZ4A 2VC6A 4OE7A 3TW6A 3TX9A 4JNMA 3H53A 1OFQA 1Z41A 4MZ8A 3W88A 3RLVA 2FJKA 1EIXA 5FF2A 5GVJA 3TJLA 1ME8A 1KM2A 3C56A 4K6AA 3TH6A 4CCCA 5D09A 3GDRA 4S1FA 1OX6A 1FBAA 3W1RA 3KRZA 3CB8A 4XTDA 3U8GA 1WX0A 1I2OA 3R12A 2YCEA 3HGRA 1KM4A 6ALDA 2VFEA 1T96A 4M6PA 1LBMA 3L9CA 1VLWA 3NVTA 1RQBA 1NF7A 2VFHA 4FXRA 3W1UA 3W7DA 3UWVA 4L4LA 3IIPA 3L0NA 4JYFA 1RQHA 1JCNA 3MHFA 2VENA 2QJGA 3MI6A 4R34A 3UXDA 4JDYA 2C13A 3IVTA 5E0KA 3VKJA 4PL2A 3W3OA 2FTPA 4MYXA 5MHBA 3LRKA 2G95A 1F76A 3Q58A 3DI1A 3NPVA 1H61A 3N9SA 3UYCA 3W7PA 3NQVA 3L5MA 3DFTA 1ZALA 1E51A 1EWEA 2YSWA 1GT8A 3V1PA 3LCHA 4PH6A 1TJRA 2Y7EA 4ZQPA 1VR6A 2A0NA 3RLUA 2OX1A 3NDOA 5BNKA 4KFNA 4Y6GA 2VFFA 3L5LA 4XBKA 3MI2A 1ZY9A 4NZJA 3HMJG 2Y7FA 3TMQA 3TV8A 4H4IA 1V7YA 3H55A 3NQEA 2ABAA 1X1OA 2Z6IA 4UUIA 4I7VA 4JGDA 2E68A 2DP3A 3B4UA 1O95A 2Y88A 3P81A 2X1RA 3W7MA 2X30A 4K39A 3WJWA 5K3VA 3NR0A 4QSHA 3A5FA 3NQMA 4JXCA 3P60A 4O28A 4MLJA 5DBTA 4I7UA 3SJ3A 3W87A 3HIJA 1SW7A 1H7XA 4QITA 2YR1A 4IMDA 3IGUA 4UXDA 5KINA 3HG5A 2EF9A 3LCWA 4NZFA 5DXYA 1TPFA 1UCWA 3PF3A 3QZEA 2ISVA 5FEWA 4O14A 2PE4A 4UCGA 1YXDA 4WUIA 1GPWA 3UWZA 4NJKA 4Y90A 1NF0A 1OHLA 4O0KA 2J6XA 5F1VA 3BLIA 4IUOA 2H3DA 5HQEA 3B0VC 4FXSA 3QQ0A 3R13A 3NQDA 1EB3A 1F05A 3W9ZA 1G7VA 5CZ0A 4MYAA 4X3ZA 2YW3A 2CLIA 3TNOA 3A21A 2NUXA 4DELA 4IPIA 4ZVJA 5I3GA 1TTJA 3O6DA 3MHUA 1VCFA 4XQ6A 2BZNA 4OV9A 2DZPA 3TFXA 3CEUA 1KM0A 1OFRA 3NQ7A 2NX1A 3S1UA 4NXSA 3BVJA 2I1OA 3TMLA 3HG3A 5G2HA 1ICQA 5EA9A 2JGYA 3R8RA 5CZTA 5LHFA 3NL3A 3G1VA 4KFOA 3LHVA 5F4XA 3M44A 1DKWA 2VEMA 3A22A 4JY9A 5G2IA 4RX0A 3LOTA 3TXZA 3IGSA 2DJLA 1RPXA 5HJLA 3CIXA 3B03A 2Q8ZA 1U83A 5D32A 3T4CA 3L21A 2ZZ7A 3ZWSA 5AHIA 2A7NA 1Y0EA 3KOFA 3GR8A 3A9IA 1YXCA 1DJNA 2ZDRA 3PC0A 3DHDA 4MOZA 1A5BA 1KFEA 4HPJA 3IGXA 1S5VA 5LNUA 3BW3A 3C6CA 2V82A 1TPDA 3STEA 1P1XA 4QQ3A 4CCDA 4AEOA 2VEKA 3DZ1A 3MYPA 3OG3A 1KLYA 2RDUA 4BK9A 1MZHA 3SY5A 1OYBA 3HO8A 4TO8A 2E5BA 4A22A 3P82A 4JTHA 3E96A 2CLMA 5AOUA 3M43A 5G5IA 2J9XA 3PUDA 1MXSA 3PULA 5BMXA 4O11A 4IGHA 3NA8A 4O0ZA 3LLFA 4QJ1A 2ATMA 3DHFA 4RKAA 1AMKA 5LGXA 1I2NA 1XBZA 2CWNA 1ZAHA 4TMBA 5AHLA 3FA5A 1AW1A 3R89A 1KW1A 3PB2A 3QH2A 1W5PA 3O6CA 1H1YA 1KFBA 4NX5A 4DQWA 1SFLA 4BF9A 5LHEA 4S2CA 2O7QA 4JTTA 1YYAA 1FDYA 5KZDA 5EY5A 3G22A 1FWNA 3FJ6A 3UXAA 2FQIA 4LY8A 2XN0A 4PC8A 4N4QA 3QPZA 1LOQA 4UTWA 1XL9A 2EHHA 3W7LA 2OT1A 1J2WA 3A24A 3TA6A 2OJPA 5I3KA 1SO5A 3LX9A 1UUMA 2QAPA 3CPRA 3R2GA 1H7WA 5K9DA 2QUTA 4YWIA 1KV8A 3BGJA 1SO3A 3TR2A 1LRQA 4WY0B 4WD0A 4LWWA 3N2MA 4BI7A 4GUGA 5U4NA 1WOBA 2VFIA 4FB7A 4LRSA 3W74A 1RR2A 4I7WA 4MJMA 3LI1A 5T26A 4JTUA 4K36A 5AC7A 4MY8A 4N4PA 3TW7A 3DU0A 3G1HA 3QRHA 2ZRYA 3G1AA 3P84A 4N6EA 3W7GA 3P8JA 3N73A 1QPRA 3KVJA 4PEKA 1PL9A 3NG3A 3SW6A 4QM1A 1A5CA 2ZTKA 3UY7A 3CHVA 1TV8A 1VZWA 2JGQA 1WV2A 5BMWA 1KLZA 4Z0JA 3PBVA 5K4ZA 1XDMA 2YX0A 3THAA 4WY0F 4AB4A 1BWKA 2OCZA 4C1KA 4UTKA 1YTEA 5CSSA 2PC4A 3UZ5A 2QCEA 1GJPA 2WO5A 2ZZ4A 2RDTA 4FNSA 3G0XA 4IMEA 2P1FA 2JBMA 2DZUA 3L5AA 4K7VA 3I7QA 1UJPA 4OV4A 3CC1A 4UNLA 3VE9A 3BLFA 1ZAIA 1JR1A 4OHQA 2Z2UA 2CZEA 3OVQA 3A23A 3CEPA 1LLWA 5U7SA 5HINA 5F1UA 2C14A 4JX5A 2C1HA 3W1TA 5DBUA 4NVTA 4FHAA 3C2VA 3EX4A 2RDWA 5LNVA 1RVGA 2ZA2A 1SUXA 1GWJA 4WOZA 1YLVA 1OABA 4FIQA 2AQWA 3LTYA 1GYLA 2YFNA 2B7OA 4NUWA 3RFAA 1AG1O 3EB2A 2A85A 5FF7A 4ADSA 5D2TA 1HFBA 2W0UA 3C2FA 2GOUA 4X2RA 3GKFA 4R7JA 3STFA 2H8ZA 4ZQMA 3HF3A 1Q45A 2WSRA 4QNEA 3UWWA 1O5KA 3VI2A 2WQPA 5CPMA 2NV1A 3EXTA 3WJXA 3EXSA 2DZTA 3MWAA 4GNJA 1GTEA 4NJJA 2VFGA 2V2DA 1QPNA 4DPQA 3DFNA 3BG9A 5LZLA 5J5DA 4E2DA 5DY2A 4PFMA 2WSYA 3ZR4A 4O19A 3W22A 1EUNA 4AHPA 4RXFA 3UNDA 4YCPA 4LVBA 2CLHA 4N9BA 2ZYFA 3C2EA 2GVLA 1OF6A 3SECA 2QCLA 1KM6A 4AMAA 4LVAA 3HB9A 3TU9A 5AN7A 1LCOA 5F2MA 1UBSA 4O12A 1Q6OA 1SQ7A 1VQTA 2YW4A 1B3OA 2Z0IA 1DOSA 2EPHA 4AWUA 4KWVA 1H1ZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3VCRA

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