3VDHA

Crystal structure of pbgh5a, a glycoside hydrolase family 5 enzyme from prevotella bryantii b14
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
TYMEESAQSAVDNFGLGFNLGNTLDANGCGTGKPVATYETFWGQPETTQDMMTFLMQNGFNAVRIPVTWYEHMDAEGNVDEAWMMRVKAIVEYAMNAGLYAIVNVHHDTAAGSGAWIKADTDVYAATKEKFKKLWTQIANALADYDQHLLFEGYNEMLDGNNSWDEPQKASGYEALNNYAQDFVDAVRATGGNNATRNLIVNTYAAAKGENVLNNFMLPTDAVNNHLIVQVHSYDPWNFFNTKTTWDSECHNTLTEIFSALSKKFTTIPYIIGEYGTHGESDISVSKSSPAEKIKLAADQAADMVKLAKDHHSATFYWMSIFDGSDRIQPQWSLPTVVEAMQEAYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Function Analysis of a Mixed-linkage beta-Glucanase/Xyloglucanase from the Key Ruminal Bacteroidetes Prevotella bryantii B14.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Prevotella bryantii
molecule keywords B-1,4-endoglucanase
total genus 125
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vdhA01
4FLRA 5AC5A 1EHNA 1MW2A 2XVKA 3WBAA 1GCYA 1VFUA 3AZRA 5DEZA 3WKZA 5DMYA 2GVYA 3B8SA 1JZ4A 4B3LA 4Y7EA 4N0RA 3AYSA 1G0CA 5JIPA 1UA7A 2G8ZA 2D3LA 4GZEA 4LX4A 1V03A 3G6MA 1FHLA 1EXPA 3O6AA 4JZ5A 3AIQA 5LA1A 3UR7A 1CIUA 5BXRA 4OZOA 2W66A 1HN1A 3CHFA 2XFRA 3KL0A 1OD0A 4AZCB 1UD2A 4Z2IA 4UQCA 3CPUA 1W9PA 4HTYA 3SCRA 1ISVA 1ITCA 2WVVB 3PTKA 2VMFA 5D4YA 2DSZA 4QLJA 1VRXA 3AMDA 4JFUA 4ZE5A 2G4FA 4C7GA 4D1JA 3IJ9A 2FHCA 1C8QA 1CXKA 2WWDA 3WBEA 2YL9A 2WBGA 4M29A 2GJXA 1IV8A 1ODZA 4EANA 2YDRA 3VUPA 3AFBA 1B0IA 1XYZA 4GINA 2VZUA 2X0YA 1XHGA 2VTFA 2VZTA 4CN4A 3OA5A 1E4LA 3AZTA 1CGVA 3MUY1 1CBGA 2EPNA 1UUQA 5A94A 1V02A 1E56A 4H7VA 3WUFA 4AD4A 4CCEA 3S2CA 4IPNB 1DWJM 4AZ7A 5I3DA 1FHDA 1GOIA 1LWJA 1X6LA 3RM4A 3T0DA 3W38A 3FHAA 5CJ5A 3ALGA 1KQYA 3CH9A 1JYVA 2YDSA 1HL9A 4OBSA 1R86A 4A3YA 3A4WA 4QLKA 3GXIA 3GH4A 4D6EA 1E4MM 2W62A 4BF7A 1YHTA 2DSUA 4GQQA 4MNMA 1Q6DA 1WZMA 3IANA 5GPRA 3W4RA 1XD0A 8A3HA 2X8RA 4F8XA 1KGWA 1J0YA 4HMDA 1UD5A 3UERA 1QW8A 3VDBA 3BCFA 2Y2WA 4LPCA 1VAHA 2WC4A 5CGMA 3TTYA 2BNJA 2WM0A 5FD0A 2OYKA 2HISA 4MB4A 4EK7A 1KCKA 3WDQA 5I0DA 3SURA 3WQVA 2YOCA 3VM7A 3SUTA 1OWQA 4OOZA 1PZ3A 1QI4A 3W26A 2ZWZA 1AQMA 2VRJA 4HA4A 1H41A 5E6YA 3F5LA 2CNCA 4UFLA 1J0KA 4X0VA 2HVMA 4U3AA 1QI0A 2WHJA 5CSUA 7A3HA 4JHZA 1QNSA 4X9YA 3II1A 1Q6GA 4W88A 4UNIA 1BHGA 1CDGA 5I77A 4HOWA 1ZBKA 1VEPA 5CZKA 4V2XA 3L4UA 4PMDA 1NP0A 2E8ZA 1KWGA 2XSBA 1J0ZA 1VEMA 4V27A 4PMRA 1XCXA 3BMVA 1C92A 3OIHA 4D6FA 4FMVA 4C7DA 4NRRA 3AS3A 1MVYA 5ABHA 1WCGA 3MUIA 1E5NA 1HKMA 4W87A 1HJVA 3AIWA 1XH1A 3EYPA 3ZT7A 3L4YA 4D6CA 1QNOA 3PZMA 3EDEA 2UY2A 3KL5A 5A8QA 1TE1A 2JE8A 1ECEA 1NWSA 4IPLA 3WD3A 4AIOA 4GPNA 4MPKA 2J25A 5A2BA 2A3CA 4HPGA 4XX6A 5FKYA 4XZWA 3AYRA 2J7FA 2DH3A 1QPKA 3PBGA 4TOQA 1MQQA 1BYDA 2PBGA 1QOXA 4PTVA 3CGTA 2XJ7A 4QLLA 2EBNA 4HOXA 3IJ7A 3FAXA 1BYAA 1V6UA 3BAIA 3VGBA 4WKHA 2AMGA 1I1XA 5DF0A 4D6IA 3VDHA 1R8LA 3VIMA 3ZO9A 2E0PA 3CUHA 2YL8A 3B9EA 1V02E 5A69A 1OGBA 1EDTA 2XSAA 3O9NA 1W3HA 2J75A 2WANA 3CZ8A 3ARTA 1E71M 5I2UA 3T08A 3T2PA 1E0WA 2XIBA 2PWFA 1ISYA 1BG4A 1CNVA 3BH4A 4D72A 2E9MA 4PMYA 1E6XM 4JAWA 3ALFA 1AQ0A 1UR1A 1HKJA 5M17A 3SCSA 2WKGA 4MNJA 5LYRA 3M07A 3BAXA 1OCQA 3K4AA 1VBUA 1PEZA 3BGAA 1BVZA 1CGXA 1M7XA 1EOKA 3VNYA 2ZWYA 1V0LA 5A8NA 1OBAA 3WIJA 3L4WA 1VB9A 3ARXA 1C93A 3WFLA 3SCUA 7CGTA 2D0FA 3GH7A 1J0IA 4MDOA 1WDPA 2Y8VA 2FGLA 1Y7VA 2Y24A 4D6JA 1ODUA 3FW6A 4LYPA 2D0GA 2Q8XA 2Y4SA 5A6JA 2DIJA 1BVNP 2FH6A 4JL1A 1SMDA 3MKKA 3PZGA 1H5VA 3I3EA 3MANA 3OZPA 1P6WA 4PCSA 2BXYA 5CLWA 1KCLA 3PZNA 2PC8A 3AXHA 2VVNA 3WF2A 5BXTA 1UH3A 4U3CA 4WSJA 1WZKA 1US2A 1OM0A 1EA9C 1UD8A 4PTXA 9CGTA 5E70A 3GM8A 1W1VA 5CG0A 3T0AA 3GBDA 2WMGA 3QGVA 4NZCA 1UWSA 2J7HA 4ZEPA 1EO7A 2BHUA 4B9ZA 1KFWA 3K8MA 1CWYA 4KWUA 3WUBA 2PB1A 2QPUA 2WC3A 1HXJA 3VNZA 5A6KA 3ARZA 1E70M 2ZUVA 1H0IA 1BPLB 4RE4A 3BAYA 1I75A 2V38A 1TZ7A 4H8HA 1UG6A 1B3XA 4GKLA 1M03A 5M5DA 3RJXA 1KR1A 1E15A 3POCA 1E72M 2ZUNA 4P7OA 1JAKA 3FNDA 2GFTA 4FLOA 2ZXDA 2GSJA 2CITA 2DT1A 2BHYA 3N12A 5TD4A 1B3WA 1QBAA 1CXHA 1F4AA 4J3SA 4PSPA 2ZX9A 1GVYA 3EMQA 4KMQA 1PBGA 3TP4A 4Q7NA 3UR8A 4PEEA 4GI6A 3UCQA 1NQ6A 3WQ4A 2YA1A 3AIBA 2JIWA 4UQ9A 3IAQA 3MS8A 1TFVA 3CTTA 2WW5A 4PMXA 1BTCA 4E8DA 4AIEA 1E6SM 1NH6A 4D1IA 2ESCA 1JNEA 2CPUA 2Z1SA 3VIIA 5BXPA 3RO8A 1JI1A 1CENA 5ABGA 4CVUA 3W24A 1BYBA 5DFAA 2QMKA 1E55A 3OGRA 1OT2A 3OLDA 3W37A 2WNWA 2XG9A 4AZHA 1DP0A 2CEQA 2QV4A 4MJ2A 1CEOA 1R87A 3ZJ6A 3OGVA 1E4IA 3GNOA 5D9PA 5JUVA 3N18A 1H3GA 2OWCA 3TTSA 4U2YA 1UR8A 1JZ6A 1DWAM 4W5ZA 4CCCA 2J7EA 1DWFM 4E4PA 4W7WA 2CBJA 1EGZA 5BRPA 4PUDA 4JKLA 4UOJA 1MXDA 2BHZA 2WWCA 4C7FA 3WD1A 3N17A 1V6XA 1J01A 3AOFA 3L2MA 3ECQA 5IHSA 1W1PA 3DYPA 2CBUA 5F7UA 5A6SA 1KR0A 3W29A 2GJPA 1LG2A 1NP2A 4P7LA 1KBBA 2CETA 1FH8A 3OZOA 1BQCA 4GZJA 2DQXA 4U5IA 2NT0A 2JIEA 1E5JA 2XWEA 1VBRA 3RDKA 2W63A 3SEPA 3MSDA 1BYCA 3SCPA 3SUWA 3BAWA 1CXEA 4D71A 3MO4A 3AZSA 2W91A 4UOZA 4LYQA 3VIFA 2PI6A 5A2CA 4UZSA 1JFHA 3GXFA 1OIFA 3OLEA 2QHAA 2WCAA 3MUAA 3F5JA 3AS2A 2EXOA 5AYIA 1BF2A 4D6GA 4P8XA 1S46A 3W6MA 3WF3A 4M80A 3VDCA 2ZXQA 1C3FA 1WNOA 4H41A 1E73M 1H2JA 1ISXA 4MADA 4AZ5A 1HVXA 1JL8A 1OIMA 4AZCA 4CU8A 1EOMA 3WQ8A 3K4DA 1ZBWA 4AYSA 2EO7A 1TA3B 1FH7A 4MAZA 3ARPA 4HZ8A 4PTMA 4CN6A 1J0HA 2WVVA 1U33A 3FY1A 1IT0A 3M7SA 1UH4A 3WF4A 1WP6A 1FFRA 2FHFA 4PUEA 3F4VA 1W3JA 2WB5A 1XD1A 1V3JA 2BY2A 3A4AA 1NARA 1GQLA 3WMSA 1NOUA 1V3IA 2WMFA 4UZUA 3AQUA 4H04A 4GI9A 5ABFB 4HMEA 1JDDA 3D5HA 5A6BD 2BFGA 4UOQA 2VO5A 3WF0A 3ZR6A 4AZ6A 1PJ9A 3WDIA 3GNPA 1SMAA 2WZHA 2D20A 2GDUA 3VIGA 4QFUA 2YJQA 3GBEA 4D6HA 1J12A 1V0MA 2AOSA 3VD9A 1C7SA 3CZGA 4OBRA 1V3KA 3CHDA 1EH9A 2GDVA 1UKOA 3LMYA 5GNXA 4AD0A 1RPKA 4Q22A 4QDMA 1E1EA 3AIEA 4BS0A 3EBVA 1JZ2A 1OD8A 1QNPA 3WNNA 1CECA 4CD6A 1XC6A 2D22A 4CVWA 3GDBA 1GNXA 2J8GA 4P8VA 4JCLA 3WL0A 4AISA 1CGYA 3J7HA 5JIWA 3NDZA 2J78A 4J3VA 3TTOA 1LG1A 1V6VA 3CMGA 4DM2A 3WUGA 1UR2A 2ZX5A 3WEZA 3AMGA 4UFKA 1WPCA 3VDAA 2PWGA 3A47A 1GORA 2G41A 7TAAA 3L4XA 2RGMA 4HU8A 3WH8A 1NOFA 3AICA 3DHPA 1MFUA 2J4GA 4CCDA 3BXWA 2CHNA 1B31A 3K8LA 5KEZA 2YBUA 3NDYA 5AY7A 2V5DA 2VX7A 4P7RA 1V6YA 3LPOA 4MB5A 4GZIA 3G6LA 1JDCA 1HP4A 1EO5A 1MXGA 3WDJA 1G1YA 3LPFA 2ZXAA 4MB3A 2YIHA 3HJEA 3AHXA 1E6NA 2WC7A 1KB3A 3VIHA 3SIMA 3AS0A 2OSWA 5GNYA 3ARRA 4GQRA 3VMOA 3SCOA 5M3WA 1MYRA 1TMQA 1B9ZA 4M56A 2XYLA 2V3GA 2O9OA 1V6WA 1R85A 2A3BA 4HZ6A 2G3IA 1CPUA 1SYTA 3QOKA 3W82A 2WAGA 4UQAA 3CO4A 3WL1A 2GK1B 4DM1A 3HN3A 1PAMA 3WD4A 3CBWA 3WD2A 5ABEA 1W3LA 1FP9A 5BCAA 4CD8A 5CSYA 3WMCA 3WMBA 3VD5A 3IK2A 1U2YA 1PX3A 4QP0A 5JBDA 3K8KA 1N82A 3VO0A 5IDIA 4P8WA 3SCTA 1V3HA 4OJYA 1OSEA 4U5KA 4JKMA 2XVNA 4RE2A 2CHOA 4BA0A 4PMNA 3ARSA 5HDRA 4KRTA 4ATDA 4OUEA 1LL4A 2JALA 4UQEA 2CERA 1ZJAA 2TAAA 2VC9A 3VOCA 2DSKA 1XSKA 1EDGA 2F61A 5I79A 5FIPA 3ZJKA 2OSYA 2WHMA 3GTNA 1ZBVA 3MMUA 1M04A 2V5CA 1QI5A 4UTFA 3N11A 3PTMA 5A6AA 3RCNA 4W7UA 1BAGA 1JIBA 4UFHA 2Z1KA 1CXFA 4PSRA 1HNYA 4W85A 1QVBA 3PZ9A 2JF6A 4FLQA 3VGGA 4B16A 1M01A 2C8NA 3OLIA 1L8NA 3WNMA 5IHRA 1UOKA 3THCA 2DT3A 1X6NA 4MTVA 4PN2A 5IFPA 1KGUA 3AHVA 1BSIA 2Y5EA 3S6TA 2WZIA 1FH9A 4ACYA 2XVLA 2VZOA 1F4HA 3T2QA 3N04A 4RL3A 2W67A 4PBGA 5JBFA 5CQ1A 1XSJA 5BROA 3AMLA 2D2OA 4F9JA 1E0VA 1MQRA 2VZSA 4IM4A 3POHA 1OGGA 4PTWA 3PZTA 2VQUA 4DWSC 3VVGA 2J77A 3NIYA 3UETA 4R27A 3TONA 4AXNA 3UG3A 3TOPA 1LWHA 1EHAA 4W8BA 2YL5A 1SR0A 1W1YA 1B3ZA 1C7TA 3QHNA 1US3A 3ZSTA 2O9PA 2EPLX 2VR5A 5EB8A 1XRVA 2YDQA 1FA2A 3WH9A 1B3VA 2DIEA 3A3HA 1W9DM 5E09A 2BY0A 4YPJA 3N9KA 4RE3A 4W93A 3WQWA 3FXYA 3MU7A 5D8WA 2XVGA 2WYSA 2VOTA 3BLPX 1JXKA 4UFJA 1JG9A 1UR4A 3A4XA 4M81A 3QOMA 1TVPA 2V3FA 4QAWA 3W27A 1BFNA 1GONA 1E3XA 3A6OA 2ZXBA 4M24A 2NW0A 3PZUA 3OLGA 3NYDA 5EFFA 1E0XA 1EDQA 3VMNA 2DT0A 4HU0A 3WF1A 1WDSA 3M46A 5DT5A 1J18A 3EDJA 4KGLA 4NF7A 3VGHA 2QPSA 2YA2A 2YL6A 3SCWA 1TVNA 1GOQA 3AIRA 3KEHA 5GQBA 5A95A 4EKJA 2WMIB 2CBIA 3PTQA 3VD3A 3BAKA 3ZQ9A 4A3HA 3N15A 2VI0A 2XFYA 3ARWA 3AIVA 3AJ7A 4BQ2A 5CPTA 5E0CA 4KRUA 1Q6EA 4OOUA 2O9RA 2DT2A 4ACZB 1KXHA 2PWDA 3WENA 4UCFA 1E6RA 3VINA 1UWUA 1PZ2A 5DO8A 3KL3A 1OINA 3BSHA 2XGBA 1JI2A 2F8QA 1JAEA 5FL1A 1E6QM 3EMCA 3MUZ1 1PIFA 2JF7A 3HU7A 3ZIZA 2J47A 3K1DA 5FL0A 1Z32X 5A1AA 1XV8A 4K68A 1CTNA 3F5KA 2DGAA 1H0GA 1H1NA 4AEEA 2D24A 1C8YA 1WAWA 3E1F1 4HA3A 1H11A 4GI8A 3K46A 3ARYA 1CGWA 1AVAA 3AISA 4W89A 4JFTA 1QNQA 1W2VA 3T0BA 3WH7A 2MANA 2W4XA 2EQDA 1ZS2A 4F79A 3WH6A 3CZKA 4W8LA 2FHBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FLR A;  5AC5 A;  1EHN A;  1MW2 A;  2XVK A;  3WBA A;  1GCY A;  1VFU A;  3AZR A;  5DEZ A;  3WKZ A;  5DMY A;  2GVY A;  3B8S A;  1JZ4 A;  4B3L A;  4Y7E A;  4N0R A;  3AYS A;  1G0C A;  5JIP A;  1UA7 A;  2G8Z A;  2D3L A;  4GZE A;  4LX4 A;  1V03 A;  3G6M A;  1FHL A;  1EXP A;  3O6A A;  4JZ5 A;  3AIQ A;  5LA1 A;  3UR7 A;  1CIU A;  5BXR A;  4OZO A;  2W66 A;  1HN1 A;  3CHF A;  2XFR A;  3KL0 A;  1OD0 A;  4AZC B;  1UD2 A;  4Z2I A;  4UQC A;  3CPU A;  1W9P A;  4HTY A;  3SCR A;  1ISV A;  1ITC A;  2WVV B;  3PTK A;  2VMF A;  5D4Y A;  2DSZ A;  4QLJ A;  1VRX A;  3AMD A;  4JFU A;  4ZE5 A;  2G4F A;  4C7G A;  4D1J A;  3IJ9 A;  2FHC A;  1C8Q A;  1CXK A;  2WWD A;  3WBE A;  2YL9 A;  2WBG A;  4M29 A;  2GJX A;  1IV8 A;  1ODZ A;  4EAN A;  2YDR A;  3VUP A;  3AFB A;  1B0I A;  1XYZ A;  4GIN A;  2VZU A;  2X0Y A;  1XHG A;  2VTF A;  2VZT A;  4CN4 A;  3OA5 A;  1E4L A;  3AZT A;  1CGV A;  3MUY 1;  1CBG A;  2EPN A;  1UUQ A;  5A94 A;  1V02 A;  1E56 A;  4H7V A;  3WUF A;  4AD4 A;  4CCE A;  3S2C A;  4IPN B;  1DWJ M;  4AZ7 A;  5I3D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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