3VFLA

Structure, function, stability and knockout phenotype of dihydrodipicolinate synthase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
310
structure length
308
Chain Sequence
SYQDLKECKIITAFITPFHEDGSINFDAIPALIEHLLAHHTDGILLAGTTAESPTLTHDEELELFAAVQKVVNGRVPLIAGVGTNDTRDSIEFVKEVAEFGGFAAGLAIVPYYNKPSQEGMYQHFKAIADASDLPIIIYNIPGRVVVELTPETMLRLADHPNIIGVKECTSLANMAYLIEHKPEEFLIYTGEDGDAFHAMNLGADGVISVASHTNGDEMHEMFTAIAESDMKKAAAIQRKFIPKVNALFSYPSPAPVKAILNYMGFEAGPTRLPLVPAPEEDVKRIIKVVVDGDYEATTVTGVLRPDY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure, Function, Stability and Knockout Phenotype of Dihydrodipicolinate Synthase from Streptococcus pneumoniae
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 101
structure length 308
sequence length 310
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2012-01-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3vflA00
2FFCA 3ZS4A 4ADTA 5C6MA 3NNTA 4O13A 3P7YA 1H7WA 3G18A 5CKSA 3CEUA 3W7DA 3NZRA 2RHGA 3D0CA 1HG3A 1QDSA 3BPWA 1Z41A 5DLCA 4I7VA 2A4AA 1WA3A 3A9IA 2OX1A 1L6YA 2JGYA 3IV3A 1GPWA 2NX9A 1PVNA 1R2SA 1SZGA 1SSGA 4LVDA 5HQEA 3C61A 4IPIA 2GPTA 3N19B 2VOMA 1S5VA 4UTJA 1DQWA 1I2NA 3TJLA 2QUVA 3GDLA 5DCBA 1JULA 5KMYA 1MSSA 3KX6A 3G0UA 4JYDA 3MUXA 1AW1A 2ZFAA 2ZRXA 1QPNA 4CNNA 1ZNNA 3IIXA 5LZLA 4NX5A 4HNNA 4R53A 5CSRA 3BARA 2DZTA 4UFHA 2VEKA 4J9JA 5D09A 8TIMA 3MMTA 4N9EA 2WOQA 3GK0A 4U28A 4HNUA 4HIBA 2J88A 3WK1A 4E2DA 4QSHA 4XZ9A 1G7VA 1CX9A 5KITA 3TROA 4X9SA 2G96A 3E02A 1WYIA 2QDHA 5D38A 3K30A 4N6FA 3I7SA 1TV5A 4MZ8A 1OFOA 3DI1A 4BK9A 3B8DA 3GXTA 3L0GA 2C15A 4DBDA 3DI0A 5HULA 5SWUA 4LS0A 1TJRA 3P82A 4NNAA 2ZTKA 3CPRA 3GYEA 1G4PA 1U5JA 2JGQA 4DO5A 1YYAA 2V8ZA 4BI5A 4HSNA 2EPHA 3PB2A 1JJKA 2DZWA 2J24A 3NL2A 4R7JA 2AQWA 5L9FA 4HPJA 1ICQA 4UTLA 4RZ4A 1LOSA 3NEVA 4YCPA 4O57A 2PRHA 5DBUA 2HS6A 2EGZA 2DJXA 3PC0A 4GE8A 1QOQA 3E9AA 3TW7A 2E68A 5BNKA 2NXGA 2A85A 4LRTA 1IXPA 2C14A 5I3KA 4IMEA 3BK0A 2YR1A 1EIXA 2ZZ4A 2BTMA 3LXAA 5HR7A 3PG9A 1KM1A 3BGGA 3MHUA 3NL5A 1CI1A 4GBUA 3IIZA 3V1PA 3RU6A 3LOTA 3G1HA 4MOZA 5DY2A 4RKAA 3FFSA 5HR6A 3HPXA 3C2EA 2H8ZA 2NWRA 4AHQA 2VFIA 1BWKA 3Q37A 1F2JA 3DKLA 1PCKA 3C0JA 4DPPA 1WDWA 2ISSA 4NJIA 3ZWSA 5DY3A 1ZAHA 4MUZA 1GQNA 1A5SA 3HG3A 1G6CA 1UBSA 4FXRA 5TBOA 3GDTA 3UXAA 1SU5A 3N34A 5LNWA 1A50A 3W7JA 3W23A 2QCDA 3V75A 4IX2A 3M7WA 1GVOA 3WFAA 4AXKA 2VEIA 1THFD 1XBVA 5E93A 3LHTA 4I7WA 1TPUA 2X1RA 4WQ6A 3DFSA 4N4PA 3GKFA 3HIJA 1N7KA 1SO4A 5G2HA 2ZA2A 2ATMA 5AYZA 3UWQA 4O50A 1X7FA 1DOSA 3KVMA 4MVAA 4N02A 2BSLA 1EPXA 2E5BA 3HF3A 3HB9A 3MYOA 4AH7A 3S42A 2Y88A 3M1ZA 5HMSA 3MHGA 3IIOA 4IWWA 4FXSA 1N55A 4RXGA 3PSWA 4BWLA 5CZSA 3TXVA 4O14A 2BLEA 3P61A 3GIYA 3S8HA 1LLWA 3PR2A 4MIMA 2ABBA 3TMQA 1YXYA 5CZTA 2QKFA 4O10A 3NQFA 2YYTA 3OBKA 2X2GA 1TTJA 1T8XA 4TMCA 2Q8ZA 3EXRA 2FPYA 5DXXA 1TTQA 1LP6A 3W22A 1AMKA 2EF9A 4LNYA 3GZ3A 1V5XA 4JTKA 2ZA1A 4M6QA 2PRLA 4X22A 1VLIA 1TPEA 1H50A 4RLIA 4UFKA 4NZFA 1GJPA 4WX2A 1D3HA 1QMLA 3LTYA 4TR9A 4YL2A 1L6SA 3O05A 3IIVA 1FUYA 3UD6A 3BG5A 1EUAA 2A1YA 2YSWA 1SW0A 3PULA 3LLDA 5LSMA 2CLIA 4UTWA 3P67A 3NQEA 2WJZA 2V81A 4Y90A 3S9YA 1GG1A 3PUOA 3LV5A 3R89A 5I3IA 4OE7A 3UWWA 3OA3A 1LTDA 2DZVA 3W7RA 4BWLC 4NXSA 3S1VA 1WOBA 3U6WA 5D04C 4IQLA 2Y89A 1FY6A 3F03K 1YDVA 2E6AA 4JIPA 3DFPA 1ML1A 5LHEA 4DXVA 4Z1BA 1RR2A 2QCDB 1GZGA 4HN4A 2A6NA 4LVGA 3W1LA 3W1NA 4DF1A 3SZ8A 3VNDA 4LVAA 3KOFA 4PTNA 4GFSA 5D02A 1DJQA 3LCFA 5J5DA 1FWTA 1EP2A 1IF2A 1I2QA 5F1VA 4DQWA 2W79A 3NPUA 3CWOX 3PAJA 4ZQPA 3HG2A 3O07A 3CB8A 3HJZA 1LLZA 3RK8A 2JKEA 3T78A 3P5ZA 1ME9A 1S5WA 4A3UA 4EF9A 4MYXA 1BKSA 4ONVA 1YTEA 4EIVA 1KM6A 4GUGA 1T96A 3B05A 1KV8A 5HWJA 2TMDA 1KM4A 3MWAA 4MFDA 3TCEA 5EA9A 1TRIA 1SW3A 2HTMA 2QUUA 2C16A 4PC8A 4QAIA 5AHMA 4K39A 3TAKA 3C2VA 4O1DA 1FWSA 4K7VA 3LLFA 3P84A 2YFOA 4IGHA 2FTPA 3FIGA 2QEZA 1H7PA 1FWWA 3G1AA 1G4SA 1XCFA 1E51A 4XBKA 5ABTA 3NQAA 3UWZA 4I7UA 1MEIA 4N6EA 4QJ1A 2ALDA 2YGYA 4OGZA 5KZDA 3E49A 2GQ8A 2O7QA 5AHEA 4IMGA 2GQAA 2ZCGA 1V7YA 3FLUA 3PBVA 3W76A 4AWSA 4FO4A 4FNTA 3I7RA 2WV8A 2YPIA 3G0XA 3LCWA 2OMAA 4UNLA 1KBJA 3S5OA 4E0CA 1H7OA 2HSAA 2VEPA 1VH7A 5FF3A 1QNVA 5AC7A 1K7XA 5I3HA 2XN0A 4Z0SA 4ADUA 1SPQA 2CZ5A 3PG8A 1HTIA 1XBZA 2PURA 2VFDA 3R2GA 1C29A 3TKFA 4A2RA 4NVTA 2FIQA 1FDYA 1JUBA 1W3TA 3GR8A 4W9TA 1KFBA 1IIHA 3TE9A 3THQA 4HNVA 3M41A 3VCRA 2B7PA 1JCNA 3STCA 4HHPA 4NUWA 3TQKA 4MJZA 4MZ1A 1VGAA 4JX4A 3G3MA 5K7JA 4Z1AA 3RLUA 1O60A 4M19A 1A53A 4ZQRA 3W2JA 4FB7A 3LRMA 3MP3A 1P1XA 1GVFA 1B3OA 1H61A 5D03A 1Z44A 1GVRA 3O15A 4CNOA 2E6FA 1W5MA 4ZVJA 3GDKA 4O12A 4WXZA 3W1RA 5MHBA 4ML9A 4FNUA 3TDFA 2VFGA 1ICSA 3EX2A 4ZQOA 4B5NA 1XXXA 4XQ6A 3KFTA 2QCLA 4RCXA 4CQ9A 3NVTA 2V2DA 1FX6A 1W5PA 4OWGA 1TTIA 3TSDA 4AAJA 2OT1A 2VFFA 4LC6A 1SSDA 1SZFA 3QYQA 1K3UA 5CPLA 5D05A 3R8RA 1X1OA 5EYWA 5CZ0A 1XDLA 4RK8A 5KZEA 4FIQA 4ORMA 4EOUA 4Y96A 4WXYA 5LNUA 3NPWA 1O4UA 2P0OA 2XN2A 1EX5A 4JY8A 2G95A 3OG3A 2C3ZA 1W3NA 5KSWA 3SW6A 4JYEA 3G1VA 4XBSA 5D2VA 3O06A 1ME8A 2FPTA 3E0IA 1DHPA 3GNNA 5CSSA 3BW2A 4O0ZA 5BW6A 3LBMA 3Q58A 1JUKA 4GWEA 1RD5A 4GJ1A 2TPSA 3H55A 3TSMA 5F4XA 1K02A 3PBYA 1S3HA 3USBA 1QPOA 2QAFA 5AYYA 4O1CA 1TIMA 1XUZA 1GEQA 4GUFA 1TQXA 1OYAA 5DXYA 2B4GA 4L4MA 4P61A 1KM0A 1CW2A 3A23A 4LUJA 1M7OA 1F74A 3LHUA 2EAWA 1L9WA 3LHWA 3M9YA 2DP3A 1NFBA 3CM4A 3W87A 2GVJA 5K4ZA 3UZ5A 1MXSA 3UY7A 5FESA 4O11A 4NJGA 4JR5A 4JICA 1DJNA 2BZNA 4NU7A 3ZR4A 1UASA 4UC5A 1F76A 3SIZA 4UFJA 3OEXA 4O15A 5A5WA 5HUPA 5FF0A 1TPFA 2JK2A 1WAUA 3AJXA 1OK4A 5KINA 3DFQA 4MPQA 4Q4KA 5D2TA 3NQGA 1KV5A 2GUUA 1XI3A 3ATZA 1MEHA 1YLVA 1R2TA 4Z08A 3QW3A 4LS1A 3S1XA 2VKZG 3I7QA 3W7HA 1W54A 4O4VA 5LKYA 4O16A 1XBXA 3SGZA 3HPZA 2CU0A 2ZRWA 4JTSA 4MFEA 4LC8A 2WO5A 5EY5A 2NX1A 3M43A 3WJYA 3LHYA 2Q3RA 2YFNA 4PL2A 5D37A 4H6KA 1OFEA 1W0MA 3FA5A 2J9XA 1JCJA 3P80A 2CLFA 1SW7A 3ABSA 3OVRA 4RR4A 3AO0A 1J2WA 4EWND 1SFJA 3LRKA 4ZZ9A 4JX5A 1IXNA 3W7IA 4UXDA 1ICPA 4GNJA 2PE4A 3PVFA 4NXKA 4XTDA 1QOPA 3NQVA 1LRNA 3EB2A 1RQHA 4O4WA 1VYRA 3FS2A 3JRKA 1SZEA 3W2LA 3CC1A 4JTJA 2Z6JA 3VE9A 1VCGA 1KM5A 2ZBTA 3N73A 3PWAA 2HS8A 4WY0F 5J5RA 4BF9A 5LGXA 2DZUA 2OZ0A 1JRBA 1Y0EA 3DFOA 5KZMA 3M0ZA 1P4CA 3EKZA 5DCEA 3UWUA 4IJBA 4WUIA 4U4MA 1VQTA 3W72A 1VHCA 3KRUA 3PF3A 1FCVA 1KBIA 3S1UA 1TQJA 3WK2A 3PBWA 1FCQA 3B4UA 3O63A 3W7CA 1SO5A 3CTLA 1O94A 4ZQMA 5AHFA 4JS3A 1FXPA 4X3ZA 1IGSA 3DHDA 5LNVA 3T40A 4IMDA 2WNQA 5E1QA 1QPQA 1I2RA 4CNPA 2V5LA 3W85A 3DXIA 1ZJIA 2CW6A 3P5YA 4BR1A 2Z0IA 2I14A 4AEOA 3I6RA 2FJKA 3LBCA 1KFLA 1FWRA 1GTEA 5EMUA 3UPBA 4UMAA 1ZENA 2YX0A 1PIIA 3LGEA 4QITA 4FIRA 2EKCA 3S5ZA 5H2ZA 2ZZ2A 5HWMA 5G1TA 4JTEA 4P2VA 3EEGA 3C3NA 1LRTA 1AL8A 3M16A 4X2RA 5GVJA 2RH9A 1H7RA 5K3VA 3ZFHA 2CLHA 1W5NA 2I1OA 4UIOA 5CGQA 3QRHA 1PV8A 3DU0A 1JQVA 5IBXA 2WNZA 2NX3A 1O95A 4AB4A 3NA8A 4WY0A 3SSJA 4FX8A 3KVLA 1XKYA 1KLZA 1F73A 1DVJA 4UTTA 4ZMGA 6ALDA 1OYCA 2FLIA 4Z1CA 5G2WA 3W7QA 3L0NA 3T44A 2NWSA 4K6AA 1NSJA 2WNNA 3TSBA 3NZ1A 3TQVA 3NQ2A 3EKLA 4H3DA 5CPNA 4R34A 5AOUA 4WD0A 1WQ5A 2R91A 2CLKA 1VCFA 3VKJA 4UFIA 2V82A 4IXXA 2QCCA 3GKAA 3KVJA 1LZOA 2G97A 2W6RA 4MZYA 5TQLA 2W0UA 1OVDA 3G1DA 5TIMA 3OVPA 1X6UA 2A0NA 3EWXA 4AVFA 5CPOA 5G4EA 2R14A 3PUDA 4PA8A 3IGSA 3NQCA 2GVLA 4QNEA 1MO0A 3NM3A 5D2WA 2ZDRA 1QAPA 3BG9A 3BLEA 1YTKA 5HJLA 3QJAA 5D2YA 1OABA 3W7NA 1OX4A 2QJHA 1JCLA 4UFLA 3L5MA 3EXTA 4NZJA 3BV4A 1F6PA 3N9SA 5LNSA 4RV8A 1F7BA 3NQ6A 3M5XA 3C56A 5C54A 3G8EA 5DN1A 1M6JA 3NPXA 5IBXC 3L2IA 4HKPA 3FJLA 4KKXA 3WJWA 2V9DA 1AG1O 4TIMA 3FJ6A 2FB2A 3TMLA 5AYXA 4UTTC 3TX9A 3R5EA 3TK7A 2O7SA 1H7XA 2H3BA 2GQ9A 1YADA 5F2IA 3W9ZA 3IVSA 3FYPA 4GC4A 3W83A 2CLEA 4JNMA 3E96A 4WOZA 2TYSA 4YCOA 1I4NA 4PFMA 2DZXA 4AF0A 5LGZA 1XBYA 4ICNA 3A24A 1DORA 1SFLA 2B7OA 1A5AA 2CWNA 2RDTA 3PUEA 3NPVA 1HUVA 3MI3A 1KTNA 2FPVA 1ZCOA 4UTKA 3H54A 1WXJA 4MJMA 1Z42A 3QPYA 4FNPA 5HINA 3W6YA 1W5OA 4CCCA 1ZY9A 4IPJA 4MY9A 3TH6A 2NLIA 1H60A 1HO1A 1KLYA 1JRCA 5CG7A 1RQBA 2A21A 2QUTA 3QFEA 3STEA 3PY2A 1KM3A 2P1FA 3QSRA 1LOLA 4KFPA 5LNRA 3GVGA 3BVJA 4JDBA 3U2OA 2GOUA 4UTMA 3ATYA 2WSQA 3N2MA 3P74A 1W5QA 1I2PA 5FEXA 2OJPA 1H62A 3ABRA 2V2CA 2I9EA 3DFNA 5F4SA 3QQ0A 5C55A 2WPBA 4KWWA 4O0KA 3GDMA 3TR2A 2CLMA 4RJEA 5FEWA 4EVZA 4FNQA 4UTWC 2R94A 4IMFA 2DU2A 5G4WA 1GWJA 2BX7A 2C1HA 3TV8A 5G2IA 3W71A 4MY8A 5F2LA 3L0KA 4JTTA 1XFBA 3G22A 3LCLA 3UPWA 2E6YA 4M6VA 3E12A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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