3VI2 | Genus

Total Genus 108

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	318
structure length	318
Chain Sequence	MGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__428502984582395__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__428502984582395__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3VI2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__428502984582395__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"428502984582395","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3VI2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__428502984582395__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d034bca2dac8366b9bf791f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d034bca2dac8366b9bf791f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d034bca2dac8366b9bf791f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d034bca2dac8366b9bf791f/pdb.gz): 107 ms

reading 318 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

318 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:317});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Plasmodium falciparum
publication title	The in silico screening and X-ray structure analysis of the inhibitor complex of Plasmodium falciparum orotidine 5'-monophosphate decarboxylase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	108
structure length	318
sequence length	318
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-09-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3vi2A00

5F4XA 3IIZA 4OGZA 5FF7A 3W76A 4P2VA 1CX9A 3TX9A 3W1UA 1QFEA 1OFBA 3P74A 1O5KA 1SO4A 2CZ5A 3W1TA 4M6PA 1ME8A 2B7QA 1VCVA 4NNBA 4AB4A 4LVFA 2F84A 3M47A 2E6YA 1PHQA 4R34A 1KBIA 3O6CA 2BLEA 3NQAA 2J88A 3PF3A 1QOPA 3L5MA 4N9DA 4NNCA 5G4EA 3UY8A 2WJZA 1GQNA 3PSWA 3R5EA 4LT9A 2NUYA 1GVQA 2G95A 4GWEA 1A53A 4DF2A 1K8YA 2Z6IA 4FEZA 3KVMA 3MHFA 3LTSA 4DEFA 1TPUA 4DO5A 4AAJA 4JS3A 4ADSA 4Z1DA 2WOQA 4EIVA 3GLCA 3HPSA 4QNEA 1LTDA 4TIMA 4Q33A 4L4LA 3GNNA 3BPWA 3VE7A 4DO4A 5A8GA 5TIMA 2W0UA 4CCEA 5H2ZA 1Z42A 1GVSA 3G0UA 1UJPA 3B8DA 3NL6A 5A5WA 1GVOA 4YCOA 2NX9A 1XFBA 2VFDA 2E68A 3QM3A 3CEPA 4N9EA 2GVLA 4AF0B 4O4WA 1GEQA 3OHIA 1WV2A 1XBYA 1VRDA 2FB3A 1RQHA 2RFGA 5C2XA 3R89A 5D02A 5HQEA 3LOTA 3TDFA 5E93A 1KTCA 3NZ1A 4Z0JA 3MUXA 5CSSA 3W7HA 3LCGA 2JGYA 4O11A 3E0IA 3G3MA 3T78A 4H3DA 4JTHA 2ATSA 4UFHA 2HS6A 2VFIA 5IM51 5GVJA 1TTIA 3BW4A 4JN6A 1SW0A 1FUYA 4NZJA 1TB3A 1R46A 2KZHA 5EBUA 2C0AA 4RX0A 4JXCA 3Q2DA 1JQXA 3LHUA 1TV7A 2C18A 3SSJA 3UYCA 4LTSA 2QCCA 4HPJA 4AH7A 3P61A 4JTTA 3P8JA 3CIXA 3FKKA 3FEMA 1YTDA 3A5FA 3NYZA 3NM3A 2CLFA 3N34A 5AHFA 4KWVA 3PUDA 3W7EA 1W8SA 5KZDA 1DVJA 3W7IA 5BMXA 4JTSA 8TIMA 3UZJA 1IXPA 1FWRA 3WJZA 2XN0A 5G5IA 1O4UA 3C2VA 3B0PA 2QF7A 4DF1A 1P0KA 2J6XA 4FNQA 1OHLA 4PTNA 4IOTA 4CCDA 5I3IA 3EX1A 1DQXA 2BXVA 1LLWA 3SY5A 3QSRA 1DJNA 2PURA 1KM6A 3HG4A 3IEBA 3M5VA 3NQ6A 5AC8A 1S5TA 1G7VA 2YSWA 3TR2A 1VYSX 4WXYA 1VYPX 3NOEA 4O0KA 1Q6OA 3LCLA 4CNOA 2QAPA 3N9SA 4UFLA 5AYZA 1GVFA 1B3OA 3IGSA 3IVTA 3QYQA 3PVFA 3OIXA 4C1LA 4YL2A 1DHPA 1G4EA 3P60A 2C6QA 5CZ0A 2FLIA 3SR7A 2ZTJA 3MBFA 4HKPA 1VYRA 1ZAJA 1PIIA 1LLZA 3BVJA 2H8XA 1H62A 1JRBA 3LHVA 1LZOA 3T44A 1BTMA 4OE7A 3W7DA 3G1FA 1T0OA 4Y9AA 5G1TA 3WK3A 4UTMA 4ZQRA 3W7JA 2QUTA 4PA8A 5LNSA 1Z44A 3I7QA 2CLHA 1W5PA 1IIHA 3O6DA 3ZWSA 1FBAA 5DXXA 1GWJA 4LRSA 2Z2UA 3A24A 2ALDA 5HULA 4ML9A 4O28A 3F03K 1LP6A 3LDVA 2QDGA 5L9FA 3DAQA 3U6WA 2WSYA 3BLEA 3W85A 3W7OA 1K7EA 3P8IA 3F1QA 3OVQA 4DQWA 3NQCA 4JTJA 3W22A 2VC6A 2AAMA 3C2OA 3S5NA 1RQEA 3B04A 1YDVA 3QFEA 1F2JA 4MOZA 5F1VA 4I9AA 1JCJA 3BO9A 1FCQA 3DFQA 3FJLA 4MLJA 4O1CA 5D2VA 4OV9A 2EF9A 4UTTC 4AVFA 3KVJA 4H6KA 1UUOA 3EWXA 2ABAA 4WUIA 3TV8A 5K9XA 1W5OA 3W7NA 1I4NA 4ORIA 1ALDA 4JX6A 2YX0A 1K7XA 4TO8A 2JK2A 5I3GA 1QO2A 3G0SA 1QAPA 4IXHA 1W54A 4NJGA 3E96A 4ZQMA 5AHIA 4O57A 3UXDA 1YXCA 3S9YA 6TIMA 4BWLC 2ZRVA 1EWDA 3TW7A 3G1VA 2A7PA 3LI1A 4QJ1A 1U83A 2FB2A 2OZ0A 3C6CA 2V5LA 3U2OA 3W87A 1A5SA 1K8ZA 1ML1A 4IX2A 5U4NA 2GQ8A 5AHNA 3LX9A 2NWSA 1PCKA 5C54A 1GZGA 1XUZA 2PRLA 3ZS4A 3O1NA 1VHCA 4RR4A 2X2GA 2P0OA 3HBLA 4JNMA 3TU9A 3BW2A 1ME7A 3R8RA 3W6YA 3PBVA 1RQBA 1VH7A 2RH9A 3W7MA 3C4UA 3FOKA 6ALDA 2NLIA 4RLIA 1I2OA 3QMSA 3LM7A 3SJ3A 3O16A 3GR7A 3BGGA 1O60A 4WY0A 7TIMA 3FA5A 2C13A 2A6LA 2V5BA 4LUIA 4EWND 1T8XA 1OX4B 2OCZA 2YDAA 1TIMA 1QWGA 4UTLA 5CG7A 4K6AA 3GDTA 5E0KA 1OVDA 3DXIA 2V30A 2B4GA 2C14A 2Z1BA 4UC5A 2Y63A 3HPXA 5D2TA 4EVZA 2UV8G 4XTIA 1R47A 2VEKA 4N2YA 1OX5A 3JRKA 4LC8A 4X22A 2DZPA 3M5YA 2X30A 2WNZA 3SZ8A 3B0VC 4HSOA 2E6AA 1WQ5A 4XKYA 1RV8A 3DENA 1O94A 1A50A 4HIBA 1U5JA 1QPNA 3GR8A 3C0JA 1ZHAA 1GPWA 2PE4A 1H5YA 3QC3A 4MZ1A 3W86A 1OK4A 5F1UA 1WXJA 4UNLA 1KBJA 5EY5A 2HTMA 1KM4A 4HSNA 1HFBA 2V9DA 3A21A 3W7LA 2J27A 4O17A 4A2SA 1KTNA 2VFGA 5BOOA 4JTEA 5BMWA 3KFTA 3O8AA 2J9ZA 3W70A 3P81A 4P61A 2OX1A 2EHHA 3DFNA 3CHVA 2FQIA 3ZFHA 1DQWA 1QO5A 5LNUA 1IXNA 1VR6A 3GZ3A 3EX3A 5L6UA 3WK1A 3NO5A 1TTPA 3UWVA 1ONRA 3N73A 2VEIA 3STEA 1VGAA 4O8RA 3LBCA 4JTIA 5DN1A 2ZZ7A 3MI2A 3QW4B 5G2IA 3N14A 1HTIA 3RLUA 3NPWA 2YYTA 4Q32A 4JX5A 4A29A 3KOFA 3MMTA 4JTUA 1Q3NA 4UIOA 2A6NA 3LI0A 3THAA 1W0MA 1M7OA 1DORA 4FF7A 1XI3A 3DBPA 2CLIA 3UZ5A 1YTKA 2YFOA 4MZYA 2DZVA 1FQ0A 4HHPA 3ABQA 5KINA 3LHZA 3I7SA 4QIUA 5AYYA 2FJKA 5KZMA 3QQ1A 4RXGA 1NF7A 1TREA 2O7QA 2BSLA 1TSIA 3TROA 5EPDA 1G6CA 1QNVA 2YYUA 4K39A 5K7JA 3MI3A 3HOJA 1OFDA 2QJHA 2Z6JA 3N3MA 4D2JA 3I68A 4Z1BA 1PHWA 2HSAA 5C6MA 1YDNA 3GXPA 2E5CA 1I45A 1JR1A 4M7SA 4CCCA 2OJPA 4JIQA 3CLMA 4KKXA 5D32A 1K8XA 4LVGA 3NPXA 4S1FA 3KRZA 3SGUA 1L6SA 1UCWA 1GYLA 3EX6A 1M5WA 2ZCGA 1LOQA 1SO6A 5AHMA 3UWWA 3W72A 1TPH1 3MYPA 2FTPA 3CWNA 3WK0A 1D3HA 3PUEA 4M19A 1HL2A 4GUFA 3NQ8A 4YXGA 4M5PA 1RVGA 3P5ZA 5CSRA 3H54A 1LORA 3NG3A 4E0CA 1RZMA 5F2IA 2GQAA 3GB6A 5HJLA 3CQ0A 5LNWA 1J2WA 3IRDA 2VENA 3E9AA 1B4KA 3W83A 3HB9A 1OFAA 2E77A 5AHLA 5DCDA 5H91A 2CLEA 5D09A 3DGRA 4E2BA 2C3ZA 1UBSA 1H1YA 3W7PA 1E51A 3WJSA 5LHEA 1XDMA 2YR1A 3HGSA 3W2UA 3THQA 3ABOA 3M41A 2QKFA 4NX5A 3PAJA 1VS1A 3F4WA 5CPNA 3PWAA 3GIYA 3NQGA 1A5BA 4M6VA 1SR9A 3P62A 2NZLA 1MEIA 2B7PA 3M5ZA 2A4AA 2RHGA 1EEPA 4JX4A 2DJLA 1C8VA 1LOLA 1LBMA 1JUKA 2ZRZA 4FIQA 3QRHA 1H7PA 2V0TA 1PCWA 2WO5A 4DPPA 1K02A 2FPTA 1S5WA 2YW3A 4R33A 5CKSA 3NQVA 4OV4A 4GJ1A 5EA9A 4NX0A 4IMEA 1H7XA 1ZCOA 1H7NA 3LTPA 3E12A 1W37A 3Q58A 4GBUA 2F7FA 3EWBX 3UY7A 5LGZA 3TQKA 1OYAA 2YW4A 1HUVA 1A5AA 4E2DA 4IPJA 4NJHA 1V5XA 1ZFJA 5TQLA 3DFPA 2JKPA 3TC7A 2CZDA 1OFOA 2JGQA 1OYBA 4WOZA 4UR8A 5LHFA 1FXPA 2A85A 2NXGA 3CC1A 3WFAA 1YYAA 3S5OA 2ZRYA 1WA3A 2CLKA 1BEUA 1P1XA 1TPVA 3NL5A 2ZZ1A 1FCUA 1S5VA 1CI1A 3DKLA 4GXMA 4GUIA 5EYWA 1EUAA 1SPQA 1MO0A 2E1DA 1JCNA 3B06A 4TR9A 2VEPA 3DZ1A 3LXCA 2ZA3A 3NPUA 1ZNNA 1OFQA 3BV4A 3M44A 3MP4A 3FS2A 4K7YA 2CWNA 4O1DA 3LTYA 4ONVA 1YDOA 3W1AA 4JTGA 1QPQA 1EPXA 5HMSA 3HO8A 4UFJA 3DH7A 4RJEA 2OMAA 3W7GA 1QCWA 5FEXA 1XDLA 5K2ZA 2W6RA 1GOXA 2TMDA 2GJNA 4ZL1A 1QDSA 1JUEA 3MW7A 3L0KA 2TSYA 3T55A 2QCGA 1OK6A 3JS3A 1VPXA 1VJIA 2WSQA 5D33A 1QPOA 4Y6GA 3TSBA 1QPRA 1YPFA 1OYCA 2ZA1A 3PBUA 1MEHA 3HG2A 2YCEA 5I3FA 4UTJA 1R2TA 4WD0A 3CWOX 4EF8A 3LV5A 4TMCA 1KM3A 2Y88A 4JR5A 2EGZA 4J9JA 3NDOA 1LBFA 1NF0A 3RLVA 3C3NA 1JULA 4LRTA 4G1KA 3T40A 1YLVA 1SUXA 1BWLA 3P67A 3C2FA 1AW5A 1OFEA 4AWTA 3ELFA 2Y7DA 3TSMA 5D30A 1LRNA 1EP1A 4Q4KA 3LCFA 1YXYA 2VELA 2PC4A 3TA6A 5KITA 3BW3A 4I7VA 3SECA 1PS9A 1LCOA 4HPXA 5FEPA 4UTWC 1UB3A 4AXKA 4AMAA 2ZRWA 4AF0A 1PE1A 1W1ZA 4ZMGA 4DO6A 2A0NA 4RZ5A 4UUIA 3VNDA 5FESA 5K9DA 3WJYA 1SSGA 4TU1A 3S5ZA 3L0NA 2DORA 2QUUA 1TPFA 2QCFA 1UASA 1ZAHA 3BG5A 3IIOA 4Z1CA 1ZALA 3LXBA 2B0MA 1F6KA 2JBMA 3JR2A 3DKJA 4NQ1A 3NL2A 2QCLA 1R2RA 2Y62A 3LRLA 4XQ6A 3S1UA 2YPIA 3TKFA 3GDMA 1HO4A 4BK9A 5I3HA 4O1BA 2EPHA 2ZYFA 1LROA 3BG9A 5LNVA 1OJXA 3PG9A 2WV8A 3KVLA 3WK2A 4IJBA 4JD4A 3GDRA 4UMCA 1D9EA 1H7RA 3FYOA 3W84A 1FWTA 3SIZA 1KFCA 1GJPA 1FDZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5TD4 A;  2PTW A;  1PKL A;  5ECU A;  2RDW A;  4QDW A;  2I5G A;  1B9B A;  1QBA A;  4CVW A;  2DZX A;  2J7C A;  4TX9 A;  3W1Q A;  4K68 A;  1LL6 A;  4UR7 A;  2QXW A;  4JQ1 A;  4I8D A;  4CQ8 A;  1A4M A;  4GKL A;  3SY8 A;  2VQT A;  2W3Z A;  5BOF A;  5JBE A;  4QRO A;  2YL6 A;  5M03 A;  3NQE A;  1TQJ A;  2VO5 A;  1SSD A;  3AIB A;  1VRX A;  2V38 A;  1PKN A;  3PK7 A;  2B7N A;  3KRS A;  2R1N A;  3PHA A;  1A5N C;  3A12 A;  4PMQ A;  3K4A A;  2Z25 A;  1REQ A;  3TEV A;  1XYB A;  4D9P A;  1T6M A;  3PWG A;  3LPP A;  1JGM A;  3AMK A;  5A6J A;  4F0M A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3VI2A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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