3VI2A

Crystal structure analysis of plasmodium falciparum omp decarboxylase in complex with inhibitor hmoa
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
MGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The in silico screening and X-ray structure analysis of the inhibitor complex of Plasmodium falciparum orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Plasmodium falciparum
total genus 108
structure length 318
sequence length 318
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3vi2A00
3CHVA 3C52A 1MO0A 4LV4A 2YXGA 4M7TA 1PHQA 4NJGA 1HO4A 3LCGA 4TIMA 4LVGA 2ZYFA 1M6JA 5U7SA 3C56A 1OYAA 3W1MA 1KFLA 3B06A 3F03K 5BW6A 3TFCA 1RQBA 3SJ3A 2DORA 1XUUA 2CWNA 3SGZA 1P5BA 4PH6A 1JUEA 5CGQA 1K7FA 3NQ8A 3WK1A 5IM51 3PBYA 3R2GA 1VLWA 2B0MA 2YYTA 1R2SA 1TPEA 3GNDA 1D9EA 4K37A 2GVJA 4RZ4A 1A50A 5FEPA 3UWYA 5F1VA 1H7XA 4E0CA 3R89A 4M5PA 3RK8A 1W37A 2FQIA 1TIMA 3WJYA 3H53A 3W1AA 1TPFA 1EP2A 2E77A 1E51A 2KZHA 3W7KA 4MJZA 1TTQA 3P8JA 4K8EA 2A21A 3HGOA 1PS9A 4UFKA 2DZVA 2HMCA 3LBMA 3UZJA 4BI6A 5CSRA 3CB8A 2CZFA 3L0NA 1K02A 5H2ZA 4IMCA 1OYBA 5E93A 2P1FA 3QQ1A 1A5AA 2E6FA 3NQAA 2V2DA 3BVJA 3BARA 5AYZA 1WOAA 1KM6A 3DZ1A 1Z42A 4XQ6A 2WO5A 3HGRA 4JX6A 5HJLA 3S1UA 3W75A 3MUXA 4X3ZA 1SSDA 4AB4A 1X8FA 2C16A 4LC8A 4EF8A 2A85A 3GDTA 3MW7A 4IUOA 3N9RA 4P2VA 1EA0A 3ZWTA 3W7LA 3QW3A 2NXIA 1AW1A 4DF0A 3E9AA 2GOUA 4CQ9A 1RQEA 1QFEA 5AHIA 2V8ZA 1LCOA 4CQAA 2XFWA 2EGZA 3VE9A 4UCGA 1IIHA 3DGRA 1BWKA 1TREA 4Z0JA 3MI6A 3W22A 3SY5A 1W5PA 3NPVA 2Y7FA 3IEBA 1I2RA 3W1LA 2PRMA 2QCDA 1K03A 1FX6A 2WNQA 3TA6A 5CG7A 1Q6QA 1T8XA 3FEMA 1XBVA 1PCWA 1JRCA 4N9DA 1RQHA 1AW5A 3LHTA 1VLIA 2B7OA 3A5FA 3NQFA 1SU5A 1O95A 3N2MA 2NZLA 2NX1A 4UMAA 4DQWA 3BPWA 4LVAA 1TQJA 3VCRA 4BR1A 4CNPA 1JCJA 2ATSA 2C3ZA 2Y61A 1T0OA 2FPTA 1YTKA 4FNRA 2G97A 3A9IA 3GKAA 3UYCA 4HN4A 2V2CA 3P5ZA 3DH7A 2QCDB 5AC6A 1DKWA 3QMSA 3I65A 1SZNA 2OT1A 1G67A 1L6YA 5DY3A 2VENA 3GR7A 4CCEA 1A53A 5J5RA 4HIBA 4O53A 3M43A 1MXSA 3NQDA 5AOUA 4B5NA 3PS7A 2HTMA 2QUUA 1XKYA 3W1RA 3WK3A 3DFOA 1KFKA 4U4MA 4MZYA 3N14A 1OF6A 4ZMGA 5EA9A 2VEIA 5LNRA 3NPXA 4O57A 3N9SA 4WXZA 1OFQA 1XI3A 3FKRA 5G5IA 1K8YA 2QCNA 2YZRA 2GVLA 4FNQA 2QCGA 1UJPA 2NX9A 1BWLA 5D04C 4A21A 1TPB1 4JICA 1DL3A 4QITA 5D2TA 1FWWA 3TV8A 2WSQA 1SZFA 3CPRA 2VEMA 3QMTA 4C1LA 3LRLA 2PE4A 3NAVA 1YDOA 1JCXA 3BLFA 1J5TA 1QOQA 2RHGA 4FX6M 5F1UA 3EX2A 1EB3A 4NT0A 1ADOA 3L21A 3LERA 1W3IA 3P74A 3NXFA 5K9XA 5LSMA 2XN1A 3LDVA 3EKZA 4DBEA 1N55A 1UASA 2BWGA 1VQTA 3W7MA 2Z0IA 3BK0A 1VHNA 4FX7A 4GWEA 3UD6A 5KTLA 2FPYA 3TMQA 2NX3A 4OV4A 3G0XA 4UFJA 1VYSX 3LTSA 2I9EA 1LRQA 3QH2A 1QCWA 3LM7A 1C8VA 4R7JA 3W7EA 5LZLA 5AYXA 4GRSA 2WSYA 4GXMA 1ZFJA 4UTMA 2X30A 1TPUA 1F2JA 4KWVA 4P61A 1OX4A 3EEGA 1ICPA 4DF1A 2JGQA 4BK9A 3RMJA 3LHUA 3C6CA 4WXYA 3L0KA 1YYAA 4UTUA 3U6WA 2WQPA 3MP5A 2X1TA 1LOQA 3EWZA 3G1SA 3OG3A 2UV8G 3SGUA 4MY8A 4A2SA 3JS3A 3UY7A 1DV7A 3FA5A 1EEPA 3L2IA 2A7RA 4N9BA 3A22A 3STGA 2GVGA 1JQVA 1IIGA 3LRMA 3W1PA 5LNWA 3W1NA 4NJJA 1VGAA 3W6YA 3W87A 4IX2A 5AN7A 4WOZA 5I3GA 1YTDA 3BLIA 1OX4B 4UMCA 1JCYA 5D2WA 3LXAA 1P0KA 1FCVA 3L68A 2YFNA 1SO4A 1YLVA 3M5YA 4JXCA 1PL9A 3G1HA 2JKEA 1XBXA 4NJIA 3W2NA 1ZCOA 3KAOA 1OFBA 5HNRA 2YW4A 2W6RA 3ANYA 1VHCA 3T4CA 3LHVA 4AAJA 1OFOA 1OF8A 3PF3A 2QF7A 3DBPA 2VXNA 3TJLA 5EY5A 2E1DA 3L65A 3DAQA 1H50A 1SFLA 3LTPA 2PURA 1KLZA 3L67A 4JYEA 1N7KA 4JNMA 2J6XA 1ALDA 1I4NA 3HIJA 3W7HA 3W7IA 3EKLA 1QDSA 4LWWA 5G1TA 1G4PA 3W2MA 1G4SA 1UUOA 3G1FA 4NJHA 3TSDA 1BKSA 1TSIA 3PVFA 2BXVA 3HPZA 4XTDA 2ZQ0A 5HUOA 3O63A 1F74A 3DFTA 4OBTA 1SQ7A 3DU0A 4S2BA 1NEYA 4PEKA 3NQCA 3OA3A 2C0AA 2A7NA 4LW7A 1W5OA 1Q6LA 1QPNA 3LV6A 1ME7A 1TV7A 4Z0SA 1R47A 2B7NA 4PODA 5L9FA 2Y63A 3PG8A 4NXSA 2RKXA 2X1SA 3F1QA 3EWXA 2A6NA 5CZTA 3S42A 1VCFA 3SR7A 3W86A 4NZJA 1K8XA 3EWBX 5CPNA 5DY2A 1FWRA 3W2LA 1JCLA 3CC1A 4HNVA 4M6QA 4A22A 2NV1A 4H4IA 3W74A 4IQLA 2EPHA 4UTIA 3QRHA 5KINA 3D0CA 3H54A 1DHPA 3NQMA 1L2UA 1LBFA 1KLYA 3CWOX 2VFIA 3NQ2A 2RDUA 2ZZ2A 3V75A 4JX5A 3KRUA 3FYOA 1WA3A 2A5HA 2GJLA 3HPXA 5CZ0A 1GVSA 4LV9A 3QF0A 3T40A 4M19A 2DJLA 3KHJA 4JTIA 3M41A 2C13A 4NXKA 3N2XA 5D32A 2JKPA 1KM2A 3GX9A 4FNPA 1DQWA 4O0ZA 4JR5A 1MZHA 3GK0A 1AMKA 5TIMA 1W8SA 1S5WA 1RVGA 4IPJA 4FNUA 2E5DA 3SI9A 3HJZA 1DVJA 2WPBA 1XFBA 5G2IA 4AVFA 5FF2A 5IBXC 5K4ZA 1WOBA 3KVKA 1VCGA 2VFHA 3FOKA 5AHLA 4UTWC 2VFGA 2V0TA 4E2DA 1S5TA 1H60A 1DQXA 4O54A 1YPIA 3S1VA 1FWTA 2BZNA 1L6WA 2QCFA 5BOOA 3CLMA 1ZAHA 3TQKA 4G1KA 4O8RA 1F7BA 3GR8A 3PAJA 4HSNA 5C5YA 5KMYA 1QPOA 4AF0A 4S1FA 3MHFA 4UTJA 2H90A 4N9CA 1W5NA 2V5LA 1ZAJA 3OEXA 4N6EA 1KA9F 4L4MA 4BWLA 3LTYA 4QSHA 3TCEA 3ZWSA 4IMDA 4LVFA 4Z1BA 1LZOA 1KTBA 2ZA2A 3NZ1A 1GJPA 5D05A 3W83A 5DLCA 3NYZA 1BTMA 1VRDA 3G0SA 4CNNA 2DU2A 4O19A 4TU1A 5CZJA 3C61A 2J27A 3B8DA 3C2FA 3G24A 4WUIA 3LCIA 6ALDA 3SW6A 3PG9A 2TPSA 4BI7A 2ZA1A 4K7VA 3BG3A 2F7FA 1TPVA 4FB7A 2Z2UA 4NUWA 4A2RA 4AF0B 4NX0A 4QQ3A 5FF3A 2P0OA 3TE9A 3E12A 1GT8A 1KM3A 2VEPA 5FF0A 2D73A 3MP3A 3EXRA 1A5CA 3M5VA 4MFDA 1MEIA 1FWSA 1AK5A 4WX2A 4AHQA 4JYDA 5SWUA 3C2VA 4Y9AA 2NUYA 3O16A 4JIPA 3C2RA 1CI1A 3E02A 3W7OA 1NSJA 3ABRA 4JDYA 4RK8A 4M7SA 1HG3A 4FNTA 4N02A 4TO8A 2A4AA 2CLOA 1LTDA 1PVNA 3TU9A 1XM3A 3F4WA 1QAPA 4QM1A 5K9DA 1FBAA 1YXCA 1LRNA 4JTKA 1LORA 3IRDA 3HG5A 2ISWA 3GNNA 1W54A 5K7JA 3NA8A 4OQVA 1OK4A 4ICNA 1FDJA 1YDVA 3HG4A 2W0UA 3IIVA 1H62A 1W0MA 2YGYA 4R33A 3O06A 1KFJA 1O94A 3CM4A 1VS1A 2BX7A 2QJGA 3VKJA 1F76A 3S5NA 3Q94A 3QC3A 4RKAA 2RFGA 5C54A 6TIMA 2B4GA 1KTNA 4YCPA 4MY9A 4O28A 1B9BA 1FCUA 3OVPA 4ADSA 3P8IA 3TXVA 1ZJIA 2E09A 3DFNA 1GTEA 5G2WA 1DJNA 1TV8A 2V82A 3GYEA 3O8AA 4ML9A 4FX8A 1VYPX 1IXPA 2ZRZA 4OU1A 2VFDA 3W1TA 2DZPA 4Y96A 2O7QA 3O6YX 3W7QA 3UY8A 3H55A 4O4VA 1O5KA 4O15A 3M7WA 3SFKA 3INPA 1SO5A 4IJBA 3NPWA 2NWSA 4IGHA 5I3JA 1Q3NA 3G1XA 4JYFA 3VE7A 2OZ0A 3RNDA 1QWGA 2J9XA 3UPBA 3WFAA 1JULA 1TTPA 4UFMA 1HO1A 3W9ZA 1A5BA 3PUDA 1UUMA 5EPDA 3PB0A 1QPQA 4OGZA 2ZZ4A 4JTSA 4XKYA 4CNOA 1MEWA 2VELA 3MMTA 5A5WA 2WKJA 2EF9A 5D2XA 4O50A 3TFXA 3W71A 3SECA 3L5AA 2YYUA 3PUOA 3PUEA 1KFEA 4K38A 4XUGA 5FI8A 3TUUA 1L6SA 4WZHA 3QQ0A 5C6MA 2NWRA 4TX9A 4GFSA 2GJNA 3TIMA 3W84A 2JBMA 4MLJA 3W7PA 2YCEA 3THQA 4HSOA 4NU7A 3TSBA 1EIXA 3QZEA 3S5YA 3KFTA 2VC6A 2Y7GA 2ZBTA 3LB0A 1W5MA 4HT3A 1JCMP 2HSAA 2ZTKA 3THAA 5AC7A 3EXSA 3N73A 1UB3A 2G96A 3FIGA 4XKYB 1G7UA 2QEZA 5AC8A 3FLUA 2CLHA 2FB3A 4NJKA 1O5XA 1HUVA 1H7PA 3EWWA 1QPRA 2I14A 1H7RA 3YPIA 2DZUA 3QFEA 3P61A 5FF4A 4UNLA 2J9YA 3LX9A 4FIRA 5CSSA 3CT7A 1QMLA 4IMEA 1KV8A 3GVGA 4H6KA 1D3HA 2H3DA 1NF7A 1YDNA 4ZQOA 4DBDA 4FF7A 5CKSA 3W1UA 1QR7A 4IWWA 2GQ9A 2WSRA 1TV5A 3TAOA 4ORIA 4FHAA 2CW6A 1GQNA 4R34A 4DPPA 1OFEA 3DI1A 1I45A 3QM3A 1H7NA 5F4WA 2V81A 4WY0B 2FFCA 1I8JA 5HR7A 3A5VA 3M1ZA 1TO3A 1XBZA 2OMAA 4JTHA 4CQ8A 4KFOA 3HMJG 1V5XA 4GUHA 3KVMA 5HULA 4BF9A 1LLZA 1RPXA 2Z6IA 1ZAIA 3LGEA 5CPOA 5DN1A 1B3OA 1L9WA 3FKKA 4BFAA 3BW3A 4ZQCA 5CPMA 5HUPA 3N3MA 3NNTA 1SR9A 2DZTA 4N6FA 3GAKA 5D09A 5EMUA 3P62A 3UPWA 3HGJA 2WNNA 3QMRA 3R8RA 1WAUA 4GC4A 1RZMA 3ZR4A 2G5WA 3MI3A 1X6UA 2PC4A 3N34A 4DO4A 4UTTC 3M9YA 1YXYA 1S5VA 1W1ZA 3W85A 3IGXA 2NUWA 5FF7A 1DORA 5HWNA 2EHHA 2A2IA 3LHYA 3NM3A 1XCFA 3EX1A 3GXTA 4HPJA 4O11A 4WY0F 1PCKA 4YLWA 1EWEA 4MYXA 1TPC1 4HNNA 4NVTA 1FWNA 2C19A 1NAL1 3KOFA 3UXAA 2R14A 4EWND 3MI2A 2EKCA 1GVFA 3W7GA 3S5ZA 3B0UX 2OX1A 4YL2A 1W3TA 2F84A 3ABSA 4JTJA 3S1XA 1MSSA 4Z1CA 3K30A 4LS1A 4O4WA 4EVZA 3NQGA 4MOZA 4A3UA 5DCEA 1Z41A 1RV8A 4O52A 2P10A 5G1YA 2VFFA 4GNJA 4OE7A 3PY2A 1O60A 3BW2A 4D2JA 2H6RA 5DELA 2NV2A 2DZSA 4LNYA 4GUGA 1GVRA 2CLKA 3P80A 3C3NA 4WOQA 5D30A 1GPWA 1OX5A 1RD5A 4DXVA 5AHEA 1ME8A 3CU2A 3G3DA 1R30A 3I7SA 1H51A 4JY9A 1EP3A 1HFBA 4LVDA 4ORMA 2CLIA 5F2MA 3ABQA 3P81A 1IXQA 3USBA 2E5BA 3JR2A 3O07A 3WK2A 3B0VC 1J2WA 3AO0A 4R53A 5LKYA 3W1QA 1G69A 2TYSA 3MYPA 3TH6A 4JTFA 2V2HA 1EUNA 2AGKA 3QPYA 1LBMA 3DKLA 4POCA 3MJYA 3O1NA 3G8RA 3S1WA 4UC5A 5D02A 3TX9A 3IGSA 3UZ5A 4RJEA 4UIOA 1TPWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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