3VIFA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with gluconolactone
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
473
structure length
473
Chain Sequence
DTVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNEPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Neotermes koshunensis
total genus 200
structure length 473
sequence length 473
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vifA00
2Y2WA 3OB8A 4FMVA 4CVUA 1B3YA 2O92A 1ISYA 3K4AA 1KXVA 5A94A 4AD5A 4OJYA 7TAAA 4N0RA 5BWFA 4XB3A 4P7RA 4X9YA 3SUSA 3VGDA 3ZMRA 5E70A 5EB8A 1FP8A 2DT0A 2BHYA 1OT1A 4J3SA 4X0VA 3WF2A 3ZQ9A 1C3FA 1UWRA 1UQZA 3VVGA 4ZENA 1CGYA 3ZO9A 4KH2A 1ZJBA 2F8QA 4IM4A 5A8MA 3OZPA 4IPNB 5HXMA 3ARQA 1KR1A 4U33A 4GI9A 3ZT5A 3CBWA 1K9EA 4PBGA 3ZT6A 3PZ9A 3ZSSA 3AS0A 2J7BA 3WDQA 1JNEA 3RM9A 1V3IA 3PN8A 2A3EA 3WQ6A 2XG9A 3FY1A 3WN6A 2ZX5A 1C90A 2PWHA 4GO8A 5A8NA 1EO7A 2WHJA 4B9ZA 2WYSA 3UETA 5EMYA 1IT0A 1W1TA 4MNKA 1XGZA 4M24A 5CLTA 3WUGA 1KBBA 2VVSA 1G0CA 2BVDA 4D72A 3L4TA 3ARZA 4V28A 3IJ8A 1BYDA 1XSJA 1V02E 2CYGA 4UCFA 4AYSA 4ZXLA 4KRUA 3VD5A 1HL9A 4TOQA 4MAVA 2NW0A 1UR9A 2J78A 3CHDA 5A6KA 1JFHA 3GXFA 3B9EA 3U5YA 2DSUA 2PB1A 4UQAA 2IUZA 2GDVA 2DSZA 5D9MA 3L4VA 4ATLA 4CD7A 3AZSA 2W91A 2ZUWA 4F9JA 1PX4A 2CESA 4PTWA 2DSWA 3AJ7A 2XM1A 4D6HA 1UD4A 1F4AA 3ZSTA 2X1IA 4WSKA 5I77A 1XH0A 2J79A 4B16A 1FHDA 1JF6A 4KMQA 4BQ5A 1RP9A 5M5DA 3GM8A 3MMDA 4FLSA 4QP0A 3CUIA 1U30A 4CU7A 1Y7VA 2D1ZA 1OCQA 4P7NA 1NOUA 3CGTA 3K1DA 3BSHA 5CG0A 1GPFA 1KWGA 1RD6A 1LQ0A 3AIRA 3VNZA 2EPOA 1KFWA 1L8NA 2OSYA 3VIIA 3W24A 3WELA 2QF8A 4W86A 4EE9A 5JUVA 4PMNA 1QHOA 1UR1A 2FHBA 4HZ8A 4FF5A 1I1WA 1E6SM 2O9OA 2VX7A 1WCGA 3A4AA 4J7RA 2CBJA 3CHCA 2GK1B 2XFRA 3EDDA 1XV8A 1WZLA 3RCNA 2OWCA 1E6PA 5IHRA 2XPKA 2GK1A 3AHVA 1GQJA 1ZBCA 4WK9A 2G3JA 1WZKA 3L4YA 3RM4A 1GORA 4MTVA 3ECQA 6TAAA 4P8VA 2WAGA 1GOWA 3TTYA 4PYSA 2F2HA 1PX3A 1PX8A 2JE8A 3T09A 4ACYA 3BXWA 4Y7EA 3T2QA 2YIHA 3ALFA 3NDZA 1J18A 1WNOA 1CIUA 4HTYA 1KWKA 1OGSA 5FL1A 1ZS2A 5C70A 2BY1A 1H5VA 1UUQA 4M80A 2YA2A 1GJWA 1QVBA 1E73M 2G41A 4HPHA 5DT5A 1HIZA 1PZ3A 1B3ZA 4UFHA 2ZX8A 3ARSA 2NT1A 2W4XA 5CLWA 3SCPA 4UQBA 3NJ3A 4QLJA 3WDJA 1DTUA 3M7SA 4UOQA 1J12A 2ZX9A 5A6SA 4HOXA 2WCAA 3TA9A 3AHTA 2XGBA 1TCMA 3THCA 4AZ5A 3AFBA 5GNYA 2FGLA 3UR8A 2Z1SA 4DUVA 2BHUA 1PIGA 3W29A 3TP4A 1LF1A 3F5KA 3BC9A 1NP0A 3TTOA 4J3UA 1E6ZA 1QNQA 3MUAA 1B2YA 1TR1A 1MW1A 2Y8KA 4D6FA 4TVCA 4M56A 3BCDA 3SUVA 4BF7A 3PZIA 1GVYA 3WH5A 2X09A 4GI6A 2W67A 1UD5A 1V6UA 3VD9A 4NZCA 1WPCA 1FOBA 2D20A 2BVYA 1UR8A 2V5CA 4EAMA 1D3CA 4W89A 2W61A 2J7HA 4PMDA 3SCRA 1CGTA 4FK9A 2CPUA 3OG2A 2CCRA 2PWFA 1GOIA 3CZLA 3ARVA 3WQ5A 1AQ0A 3GDBA 1I1XA 1E6QM 5JBDA 2WKLA 1NOFA 5CPSA 3PZVA 4CCDA 3VGBA 4D1IA 3M6DA 5CSYA 1G94A 3U57A 5HDRA 4W8LA 4H2CA 2BFGA 3MKKA 4CD5A 1W3JA 1ECEA 2BNJA 3MANA 5I78A 2XM2A 1JIBA 1EGZA 3AXXA 3G6MA 3GBEA 4URIA 4IISA 1RPKA 4M1RA 4ATWA 1CLXA 3IANA 3WEOA 2YL8A 4OBRA 1GHRA 2CERA 4AIEA 3W6LA 2ZX7A 1DHKA 3GNOA 4OUEA 1E0WA 4BQ4A 2D3LA 3AMCA 5DT7A 1VIWA 2YDRA 4DM2A 4W5UA 1UD6A 4MDPA 1MQPA 3CIVA 1LL4A 1X6LA 4Z2GA 4HOZA 2G3IA 3OGRA 2VZUA 3AQUA 1UKPA 1HKIA 1C8XA 3M07A 3K46A 1K9DA 1E4LA 1ZJAA 1EOKA 3W4RA 3WF4A 3ARXA 1BVNP 5HNNA 4X0NA 4OIFA 1W2PA 1ISXA 2VUYA 5JIWA 3CZ8A 2GJRA 1W9PA 1Q4NX 1V3JA 2VR5A 1XSIA 2XFYA 5IHSA 3UERA 2JF6A 5BXPA 5CPTA 2OYLA 1FA2A 1FH9A 5EFFA 1VFOA 3OLDA 5A1AA 4OKDA 5E0FA 2CKSA 4JCMA 3QHOA 1LG1A 1TFVA 2VX4A 1V6YA 3SURA 3NSMA 4RE4A 1B3VA 3ZJ8A 1JD7A 3FHAA 1EHNA 1J0ZA 3WNLA 4BCEA 3VKKA 1KBKA 2WM0A 3VMNA 2E40A 5LA0A 2X8RA 2HVMA 1W3KA 4CKQA 2WHLA 1B0IA 3W25A 2OLHA 3SUUA 2EO7A 4CU6A 2WWCA 1UA7A 2WWDA 2YDQA 2XGIA 5A6LA 1JFXA 1E5JA 1BYAA 4XV0A 1SR0A 4CVWA 3DHUA 5A8PA 3L4ZA 1UR2A 3DC0A 2OSXA 3N13A 4QCEA 3N11A 3MV11 5EFDA 4JAWA 3WD4A 1CXHA 2WHKA 3VPLA 3OGSA 2ESCA 3AMKA 1BQCA 1DWGM 3ZM8A 3J7HA 3PZTA 3WBEA 3VDHA 1IV8A 2OWXA 4Q22A 1VRXA 3WUEA 4CN6A 1HJVA 3POHA 2J75A 4AZIA 5F7UA 1WP6A 4PUEA 2DIEA 2YBUA 2WMIB 1KXTA 1HVQA 3WQ4A 4P8UA 1CEOA 1J11A 3TTQA 3AI0A 2WMIA 1QBAA 4OOZA 4PTVA 2VL4A 1EDTA 3FN9A 4U2YA 2CBVA 3WDHA 1BAGA 2UWFA 2RGLA 3AIEA 5EBAA 2XWEA 2J7CA 1OB0A 4MAZA 2WMGA 4UOJA 4JCLA 3WNNA 3K8LA 5KEZA 4XZBA 3IJ7A 1H0GA 2PWEA 2E0PA 3CUHA 4F9DA 2YA1A 2EQDA 1B90A 2VRQA 3UESA 4D71A 1ZBKA 2YLAA 3SCOA 4D6JA 4JFTA 2WLYA 4D6DA 2WZHA 4UZUA 3L4XA 4MJ2A 4P7OA 2HISA 1DWJM 1J0JA 1G1YA 3KWXA 4CD6A 4B15A 2D22A 1OINA 1HNYA 2GJPA 3PTMA 1LWHA 4MB5A 1B1YA 5TD4A 2OWWA 2C7FA 3O9NA 1QNRA 2CBIA 3BCFA 1V6WA 2VRKA 2XTKA 3SCSA 4DWSD 2UY2A 3WBAA 3M46A 4AD3A 2JALA 1JDDA 4J3VA 1VFUA 2ZOXA 2PC8A 1US2A 1MXGA 1ISZA 2J74A 3AXHA 3GBDA 5GNZA 2ZUVA 2CIPA 2XWDA 4UTFA 3MSDA 4D6CA 1C8QA 3CZGA 1EH9A 3WH9A 2QMKA 3CTTA 3GH5A 3WH8A 2W63A 2PBOA 1HJQA 4W93A 4KRTA 2EBNA 4JKKA 1MQQA 1B30A 3W38A 2EJ1A 1CXEA 3W53A 3SEPA 4J3TA 3NCOA 4HP5A 1UHVA 2YA0A 1NWSA 1BYCA 5CQ1A 1UD3A 3QHNA 7A3HA 1E0XA 3WIJA 1KCLA 1B9ZA 3LPGA 1W9BM 4JFWA 1MQRA 4BQ3A 2VZTA 3WMCA 1Q6GA 3UG4A 3U7BA 3BSGA 2ZUMA 3I3EA 2YBTA 2WC4A 4U3AA 2V3FA 2WBGA 4Z2IA 4DUXA 3K8KA 3ZR6A 4Z2HA 1OM0A 3WDPP 1GUVA 3PZGA 1UKSA 1V08A 4AWEA 1G9HA 3BGAA 3RO8A 4BZYA 1HJXA 2WNWA 5M17A 1LL7A 3B9AA 2VURA 2XHYA 2VZSA 1CPUA 1ZBVA 2CITA 1W3LA 4ZEPA 3D3AA 2J7EA 5ABGA 2MANA 4LX4A 1CXKA 2ZICA 4R5EA 2UY4A 3E1F1 2NSXA 4ZE4A 4TX6A 2J4GA 1V6XA 1HKJA 2WK2A 2CXGA 1JG9A 2VC9A 3THDA 3N17A 5CXPA 2W92A 3CUJA 3CZKA 2J77A 1HX0A 1R87A 1MWOA 2WB5A 6CGTA 1QBBA 2WMKA 3UEQA 1E1FA 1UD2A 4H41A 4MJ4A 3W81A 1QW8A 1CDGA 2TAAA 4PCSA 1JZ8A 3RMEA 5DF0A 3WFZA 5FOOA 2EXOA 2DGAA 2CHOA 4TVUA 1H1NA 4BA0A 1UOKA 1HKKA 1JGIA 1MYRA 1UH3A 3VGFA 3VIPA 3NDYA 1ODZA 2W62A 4UQCA 2Y24A 3N1AA 5ABEA 1SMDA 1V0NA 2E9LA 1IZJA 4WJXA 3WF3A 4FLQA 1GVIA 3WNMA 3MMUA 1E6NA 4W8BA 1BSIA 2XJ7A 3GXMA 4AMCA 1VEMA 1K9FA 2WLZA 1EOMA 1WZMA 4E8CA 3LPOA 4JKLA 3FXYA 4C7DA 1LG2A 4MNJA 1QHZA 3WDRA 4AISA 4S3JA 3BAKA 3CUGA 3PTQA 4CN1A 4JZ5A 1UH4A 4H8HA 5E09A 2G8ZA 1E56A 3SCNA 1EHAA 4W84A 4LYQA 5A69A 1R7AA 5LYRA 3T2OA 2XVPA 1UD8A 3WD1A 2FH8A 1VEOA 1XD0A 1ZL1A 4HA4A 2YKKA 3PBGA 4GQQA 3PZNA 3OA5A 3WEMA 3QOKA 1XYFA 3VMOA 1CENA 2VCAA 3BLKA 2DQXA 1CWYA 3W28A 1C93A 1W9UA 2A3CA 3S6TA 1V6VA 3CO4A 4S3KA 2ZWYA 3T0AA 1E3ZA 8A3HA 3KL0A 4FLRA 4NSBA 4K68A 2WCGA 3T0BA 1KR0A 1GHSA 5CPQA 2VRJA 1HXJA 2WMJA 3UR7A 2VJXA 3WL1A 1BYBA 1W3HA 2QV4A 1R85A 4CD8A 4UFJA 2DT3A 3BH4A 2EPMX 4PMYA 4WF7A 1UG6A 2W66A 2BVTA 1TMQA 4Z2KA 4GINA 4HU0A 2XSAA 2VX6A 6A3HA 3ARTA 1C7SA 1XC6A 1WKYA 1VFFA 3W27A 4MB4A 3FW6A 2PF0A 3VILA 5A6AA 3VMPA 3RM8A 1IZKA 1JI2A 1HF6A 1M53A 1X6NA 2DEPA 3WDIA 2WMFA 3WNPA 1EDGA 2QPSA 3BAIA 2PWGA 3VDCA 2VQUA 2YJQA 4TXEA 1JZ5A 2GVYA 2VVNA 2BS9A 1KGXA 2GDUA 3MUZ1 4H04A 4NRRA 3T2PA 5DFAA 1CXLA 4OOUA 1TE1A 3U7VA 1UWIA 1Q6FA 2X2YA 1TG7A 2BY2A 1HKMA 3ARRA 4NRSA 4W8AA 3SCWA 4JFSA 1CYGA 2WZEA 3CHEA 4LGXA 4UFMA 1MW2A 2D0FA 5I79A 2AOSA 4EKJA 3FHQA 1JYNA 4JL1A 2QPUA 4W7WA 2EPLX 3VX1A 4F66A 1XD1A 4B9YA 2A3HA 1BPLB 2D0GA 2XIIA 2AAAA 2F61A 2DSKA 1JL8A 1JI1A 5D8ZA 2J62A 2YOCA 2D3NA 3QHMA 1MW0A 1W1YA 1NP2A 4KWUA 3ZJ6A 3CHFA 4Z2JA 2V5DA 3AIWA 1CGXA 1OD0A 2C8NA 5I0DA 4QLKA 1HT6A 2DH3A 4YHGA 1VBRA 2E8YA 4CGTA 3WY1A 3POCA 2XVLA 5ABFA 2BY0A 1C7TA 3F5LA 4H8UA 4IUGA 2WVTA 5AC4A 2VQTA 3VIFA 3AMLA 1PAMA 2Y8VA 1BTCA 3O2LA 4F79A 4AW7A 3N9KA 5C71A 1GQIA 2XVNA 1X1NA 1KQZA 4AZ6A 2WXDM 1EXPA 3BAYA 2ZXDA 2G4FA 1JDAA 1EDQA 2RGMA 1CGWA 1QPKA 1WDSA 2Q8XA 5CJ5A 5D9OA 4EK7A 3VO0A 2WVVA 5E0CA 3MU7A 4A4AA 3SIMA 1TVPA 3N04A 4XX6A 2O9RA 3WMSA 4PMZA 2DSVA 4DWSC 1TA3B 1XSKA 3RIKA 2VZOA 1NQ6A 4UZSA 3ZJ7A 3JUGA 1QOXA 5D9NA 3MS8A 4M8UA 1G5AA 5A3HA 1GONA 2D23A 2J7FA 1TA3A 2XVKA 5FIPA 2C0HA 1PEZA 5BXTA 1J9YA 3VDAA 3PZMA 1JAKA 1J10A 3EDFA 4HU8A 4TTGA 3SCVA 3WQVA 4AZ7A 1XCXA 1ODUA 1PZ2A 3L2LA 5FL0A 3CLWA 3WD0A 1OIFA 1V3KA 3AIBA 3CMJA 5E6YA 1UYQA 2EPNA 3AMGA 4PEEA 5I5RA 1OIMA 3AIQA 1UQYA 5CSUA 3MUY1 2G3MA 2GSJA 3B9DA 1CECA 2PI6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Y2W A;  3OB8 A;  4FMV A;  4CVU A;  1B3Y A;  2O92 A;  1ISY A;  3K4A A;  1KXV A;  5A94 A;  4AD5 A;  4OJY A;  7TAA A;  4N0R A;  5BWF A;  4XB3 A;  4P7R A;  4X9Y A;  3SUS A;  3VGD A;  3ZMR A;  5E70 A;  5EB8 A;  1FP8 A;  2DT0 A;  2BHY A;  1OT1 A;  4J3S A;  4X0V A;  3WF2 A;  3ZQ9 A;  1C3F A;  1UWR A;  1UQZ A;  3VVG A;  4ZEN A;  1CGY A;  3ZO9 A;  4KH2 A;  1ZJB A;  2F8Q A;  4IM4 A;  5A8M A;  3OZP A;  4IPN B;  5HXM A;  3ARQ A;  1KR1 A;  4U33 A;  4GI9 A;  3ZT5 A;  3CBW A;  1K9E A;  4PBG A;  3ZT6 A;  3PZ9 A;  3ZSS A;  3AS0 A;  2J7B A;  3WDQ A;  1JNE A;  3RM9 A;  1V3I A;  3PN8 A;  2A3E A;  3WQ6 A;  2XG9 A;  3FY1 A;  3WN6 A;  2ZX5 A;  1C90 A;  2PWH A;  4GO8 A;  5A8N A;  1EO7 A;  2WHJ A;  4B9Z A;  2WYS A;  3UET A;  5EMY A;  1IT0 A;  1W1T A;  4MNK A;  1XGZ A;  4M24 A;  5CLT A;  3WUG A;  1KBB A;  2VVS A;  1G0C A;  2BVD A;  4D72 A;  3L4T A;  3ARZ A;  4V28 A;  3IJ8 A;  1BYD A;  1XSJ A;  1V02 E;  2CYG A;  4UCF A;  4AYS A;  4ZXL A;  4KRU A;  3VD5 A;  1HL9 A;  4TOQ A;  4MAV A;  2NW0 A;  1UR9 A;  2J78 A;  3CHD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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