3VIHA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with glycerol
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
473
structure length
473
Chain Sequence
DTVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNEPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Neotermes koshunensis
total genus 202
structure length 473
sequence length 473
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vihA00
5HBFA 3VD9A 1WCGA 2PBGA 1W9PA 2IUZA 2V5DA 3CHDA 4X0NA 1K9TA 5E0CA 3FNDA 1QI0A 4FLQA 3OB8A 1I75A 1AQHA 5KZ6A 1UWIA 2WAGA 1XH0A 1V03A 4F9DA 3T08A 3SCWA 1U33A 3TP4A 2J62A 5CSYA 3GH5A 1JAEA 3KEHA 3CH9A 4U5IA 4UOZA 1L0PA 2JEQA 1GQLA 2XWDA 1Q6CA 4PMUA 2VRKA 4KH2A 1UA7A 2DGAA 1EGZA 2E0PA 5AC5A 4E8DA 4LX4A 3WQ4A 2VX7A 3OA5A 3M6DA 4H8VA 4B9YA 1K9FA 1UA3A 2F2HA 2XG9A 4GXPA 1QW8A 4AXNA 9CGTA 4AIUA 5TD4A 4CGTA 1ISYA 4TVCA 1E1FA 4DWSC 5A8QA 6CGTA 4UQDA 1PX3A 5I3DA 1EXPA 2YDQA 2CYGA 2DT0A 1V3KA 3NSXA 2J7FA 4HMCA 5E09A 1C8XA 4GO8A 4W85A 4MJ4A 1MXGA 1QI2A 3AICA 5D9PA 2VL4A 1UHVA 1R7AA 5A3HA 3A6OA 4B16A 4PSPA 5BROA 3GNOA 3AHVA 4JFSA 1CGYA 1UWTA 2E3ZA 3EMZA 2BY2A 5JUVA 2DPEA 3APGA 1UKPA 4UTFA 4CD4A 2NT1A 1UWRA 3ZT5A 2VX5A 4JCLA 2VUYA 4C7GA 3AJ7A 4PEEA 3VVGA 1U30A 1BLIA 1QHOA 2VX4A 3RM8A 2VRQA 4J3SA 5DF0A 2NT0A 2O9PA 1OCQA 3BAWA 2G3JA 3TTOA 1C7SA 3W53A 3WNKA 1FFRA 1W2PA 5C70A 4GZJA 4B15A 2GVYA 1D2KA 3ARUA 5CZKA 3VNZA 4DWSB 3VINA 3L2LA 1E6RA 3S6TA 3UEQA 5A1AA 2OWWA 4YHGA 2WB5A 5FIPA 1G5AA 1OD8A 3WDJA 2WWDA 2VZOA 3OGRA 4LQ1A 3WD4A 2XPKA 5E6YA 1CIUA 2BY1A 5I78A 1B3WA 4ACYA 4AZ6A 4D6HA 1KWKA 1FP9A 3ZJKA 1TVPA 1AVAA 3SCSA 2ZWYA 3K8MA 2J7HA 3SUUA 1HKKA 3ARVA 4KRUA 2CKSA 5FL0A 3OIHA 2XYLA 3OGVA 2G41A 4GQRA 4TXEA 2FDMA 1JIBA 3L4VA 4L4PA 1JFHA 4IPLA 2PF0A 2VVNA 1TFVA 3FN9A 1W3LA 2OSWA 3L4XA 3O6AA 3QR3A 1KXTA 4TX6A 2XUCA 2CITA 1V6YA 1SMDA 3AS0A 3WF3A 5HPOA 1E6QM 4AW7A 1EOKA 2D20A 1NOWA 5I2UA 3BCFA 3WH5A 3VKKA 2EPLX 4S3JA 1GHSA 5AYIA 5CLWA 3D3AA 4YN5A 2YDSA 1J9YA 1GHRA 3ARXA 3EDFA 1JYWA 1V0LA 1HKJA 4NI3A 4HA3A 3UCQA 2W62A 1G01A 2VVSA 3CMJA 4PYSA 3GXFA 2YL8A 2DIJA 3NCOA 1LJYA 3WF1A 2BNJA 4W89A 1IZJA 1WB0A 4EAMA 3ARQA 1F4AA 3TTSA 5A6MA 3VPLA 1DHKA 4UZUA 3OBAA 3BGAA 3WQWA 4PTWA 2UWFA 1HL9A 1E4NA 2GK1B 4GINA 4QFUA 4M29A 4WJXA 3UR8A 1ISVA 2CCRA 3VIKA 3HU7A 4ZE5A 1R87A 4H41A 2J47A 5A2AA 4JHOA 1RP9A 4QDMA 3L4ZA 1X6LA 1NP2A 1UR2A 1J01A 1UD5A 1ZBCA 4M8UA 5BXTA 1H4PA 2GJXB 2FHCA 2D3LA 3MU7A 4ATDA 4WLCA 1V6WA 2JALA 2WNWA 3SCOA 3DYMA 1BG9A 1MW1A 1AQ0A 2A3AA 2BXYA 1W2VA 1UH2A 5IXEA 1E0WA 4PRWA 1D3CA 3VO0A 4AIEA 5CJ5A 2DDXA 5LYRA 4J3UA 1HN1A 1W1PA 4PMXA 4D6FA 4AD4A 3RDKA 2DSKA 1EDQA 1B3ZA 4MB1A 3LPFA 2PWGA 2VJXA 1CBGA 2BS9A 4AZCB 4PUEA 3AIQA 2WCSA 3AS2A 5EBAA 2ZWZA 4MNJA 4IPNB 1BF2A 2W66A 1B31A 3FHAA 1KQYA 1H11A 1VFUA 1I1WA 3CO4A 3W28A 2V3DA 2ZUWA 2DIEA 1XYFA 1C90A 1UZ1A 3M07A 1D7FA 3VM7A 5BRPA 3F5LA 4IM4A 1JZ2A 3VNYA 4BQ2A 2ZICA 4JL1A 1NARA 3VIMA 2CIPA 3BH4A 2OWCA 2VMFA 2J7DA 4D6EA 4UQCA 1TZ7A 1X6NA 5E9AA 5GQBA 4FF5A 4B3LA 1W3HA 1EHAA 3AISA 2CEQA 2XVLA 2D24A 2J8FA 3GXMA 2WYSA 2MANA 3GXDA 3II1A 2XVGA 2XJ7A 4UFIA 1M7XA 1GVYA 1K9DA 4GZEA 3VIOA 4DUVA 5DT7A 4MNKA 3ZR6A 4N42A 1GOQA 1GQJA 1E5NA 3CBWA 5IFPA 1M03A 1B90A 4AZIA 1DWGM 1UG6A 3RO8A 3VGHA 1CWYA 1WZAA 3A4AA 3WD3A 1JZ7A 3TONA 1QOXA 1E5JA 4X0VA 3GNRA 3WQ5A 1H2JA 3F5JA 2C8NA 1RPKA 1WNOA 2WVUA 1MFUA 1NOFA 1ZBKA 2W67A 4W7UA 4P7QA 4W84A 3WDPP 3FXYA 4CVUA 3THDA 1SR0A 5HOSA 4UZSA 3WQ8A 3AYSA 2YBTA 2WMFA 3POHA 4W87A 1PX8A 4B9ZA 4URIA 4FMVA 3T2OA 2XFFA 5CGMA 2GJRA 1IZKA 3WDRA 3ZO9A 1V3IA 3LPGA 4PN2A 3N12A 1OIMA 5HPCA 4ACZB 4QLLA 4IISA 1W9BM 3ECQA 1B3YA 2XM2A 1JD7A 3MMWA 4J3WA 1W9XA 3WH9A 1JYVA 2WANA 2CKRA 5A6KA 3VIGA 3KL0A 2WMJA 3KZSA 3GZAA 4CD7A 4CCEA 2G3IA 1KGXA 5ECUA 1EDTA 2ZX8A 1B3VA 2YDRA 3K4AA 5FOOA 2ZX7A 4AY1A 3B8SA 1FH7A 1VBUA 2UY4A 3GBEA 3U5YA 3CUIA 3BCDA 1VEOA 4JFWA 3CIVA 1GCYA 3DC0A 5BXRA 1J0ZA 1J0JA 2CBJA 1CECA 4D6CA 5BCAA 1MW3A 1CZ1A 1H41A 4D6GA 2BVYA 2Z1KA 3WDHA 2DH2A 2YLLA 3K8KA 3MSDA 3SUSA 3WUBA 1HX0A 2EBNA 3CHFA 3PTMA 1XSKA 2PC8A 1V0MA 1E43A 3SUTA 3AZRA 2JIWA 5ABHA 2XM1A 2AMGA 1UR9A 3AIWA 3ZR5A 3RPMA 2XSBA 5CQ1A 3PZUA 3WIJA 2D1ZA 3AQUA 3W82A 1E0VA 2XVNA 3ZJ7A 2GFTA 3WNNA 3VX1A 1M04A 1GONA 5CPSA 3VDBA 3CZGA 3W26A 3O2LA 2CETA 3QHNA 3T0DA 2ZX9A 3ZSSA 2Y24A 4AWEA 1CLXA 1LLOA 4OBSA 3RJYA 3T2PA 4Z2LA 3PZNA 3CZEA 3CHCA 1V3LA 3EDKA 2VX6A 4GIAA 1GPFA 3GH7A 1WE5A 1JNDA 2J7GA 4W8AA 2Y4SA 1KR1A 3AZTA 4W8BA 3ZJ6A 2YJQA 4HA1A 1QBAA 1ISZA 3EDDA 1JFXA 4DWSA 2O9OA 4PMRA 1C92A 4WSJA 3WF2A 3OLGA 1KWGA 2O9TA 3QHOA 3J7HA 2Y8KA 3MMUA 1V3JA 1V6VA 2W5FA 3F5KA 1WZKA 3BLKA 4Z2KA 3VGDA 3PZVA 4A3YA 4MDPA 1QNPA 1R8LA 2J74A 5A6AA 2VC9A 4MAVA 4M80A 3UR7A 3VIIA 4UOQA 1E6SM 4JFTA 4U2ZA 1RP8A 1JI1A 5AC4A 4HZ8A 5A8NA 3PZQA 1E6NA 2VZSA 2W63A 4S3KA 1UR1A 2DSVA 1Q6FA 4AMCA 2J7BA 3CZLA 1QI3A 3WFZA 4JIEA 4H04A 2WBGA 4GKLA 3WL1A 2FHBA 4Z2HA 3ARTA 3WUFA 2CHNA 2EPOA 1WDSA 1PIFA 4TTGA 1GOIA 1CGWA 3VD3A 1EO7A 3UESA 1R86A 5FKYA 1Y7VA 5I6SA 2G8ZA 3ALGA 4BQ5A 2J8GA 2IXVA 5F7UA 3SCQA 3DYOA 5I24A 3BAJA 1NH6A 1TCMA 2VCBA 3NDYA 3VD5A 1EDGA 2A3HA 1E3ZA 3RJXA 1A3HA 3AMDA 2CERA 2YLAA 5IHSA 4UFLA 1EQPA 4HMDA 1GUVA 1V02A 4D6DA 1NP0A 3ZT6A 4Z2IA 2WMIB 1HJUA 2GK1A 3AIEA 4QLKA 3DECA 1HJQA 1DWHM 1E15A 1G1YA 5IHRA 2PWEA 3MUIA 3PTQA 4FLRA 2VT0A 3SIMA 2WPGA 2FGZA 3CHEA 7A3HA 3EBVA 1C3FA 1WKYA 3GYCA 4FK9A 3VILA 1E0XA 4DUWA 3GXIA 3NIYA 2VCCA 1V08A 5D8ZA 3ZM8A 2VR5A 4W93A 2J79A 5CG0A 4AD2A 2GJXA 4B3KA 3OZOA 2YIHA 1QNRA 1PPIA 4MB3A 4PMYA 5D4YA 4C7FA 2J4GA 1S46A 2ESCA 4QCEA 3MV11 1I1XA 4PSRA 1TA3B 5DO8A 4F9JA 4LYQA 4J3XA 1XRVA 4WKAA 2UY5A 1GOMA 3QHMA 4HPGA 4ZXLA 3SURA 1UQZA 4D72A 4R5EA 1CYGA 3N18A 3VDHA 3JUGA 3UERA 4AZCA 3IK2A 2YKKA 1HKMA 3EMQA 4A3HA 4C7DA 3QOKA 1CXFA 1O7AA 3WQVA 3N11A 2WMKA 4JFUA 1CXLA 2BVTA 3CUGA 4E8CA 1WP6A 1M53A 1BQCA 1E4LA 3AS1A 1XV8A 5BXPA 1FOBA 1LG1A 2VO5A 2XFYA 3AI0A 4GI6A 3BLPX 1UOKA 4LGXA 2EJ1A 2UY2A 1W9UA 4BQ4A 2Y2WA 3DYPA 1EO5A 3NJ3A 3DHPA 2CBIA 4AD1A 4M1RA 5DT5A 3AOFA 3M7SA 2WZIA 2XTKA 4Q7NA 3B9DA 4TVDA 2ZUVA 1JF5A 5A69A 2CPUA 4XX6A 1JXKA 1HP5A 5I77A 2FGLA 3EYPA 3I3EA 1WDPA 3WNLA 2VNCA 4W5UA 3A3HA 1NWTA 1L8NA 4MPKA 1MWOA 4XUYA 4KGJA 3WD0A 1YQ2A 2XWEA 5EB8A 2WMGA 3U57A 4PMDA 2GDUA 1J18A 3WL0A 2WWCA 4U5KA 2OSYA 1HT6A 1B0IA 3WSUA 4AD5A 4UFMA 4OOZA 4CU6A 3HJEA 3PZ9A 1B2YA 1WDQA 3OGSA 1VJSA 4CCCA 4RE4A 4CKQA 1H1NA 2X2YA 3BAYA 1P6WA 1JZ8A 1BAGA 1BYAA 1ZBWA 1U2YA 4ACZA 4OJYA 3POCA 2ZUMA 2VZUA 1Q6DA 3VX0A 1ESWA 3CGTA 2X0HA 1XHGA 1J12A 3WH6A 3NSNA 3VD4A 3RM9A 1PIGA 3RMEA 3VGEA 2YA2A 3VMNA 3MV01 2E9BA 1VFOA 2J25A 3WD2A 1MYRA 4DUXA 5A8OA 2WCGA 2EPKX 4AEEA 1JXJA 1WZMA 1J0YA 2WZHA 3ALFA 1KB3A 2VZTA 1GORA 1EHNA 4UQBA 3EDJA 2EO7A 4F66A 1B1YA 2E4TA 3T09A 3ZQ9A 5M5DA 3AHYA 3VDAA 5HDRA 1NWSA 3N1AA 5BYWA 3WUEA 1BSIA 7CGTA 4UQAA 4ZEPA 4QLJA 3PBGA 2YA0A 1QHZA 2W61A 1CPUA 3E1F1 2F8QA 2V5CA 1BG4A 2EEXA 3A4WA 3A4XA 4UNIA 3GNPA 1JDAA 4GO9A 5A6BA 2WKGA 1G9HA 1W1TA 4H7VA 4PUDA 3IANA 3BSGA 1J10A 2V3FA 1DWJM 5GNZA 5EFFA 4WKHA 2ZIDA 2BV9A 1NWRA 3ARRA 4P7RA 1MW0A 5CPQA 2WVSA 3GTNA 5DMYA 4N0RA 2WMHA 3OG2A 1V6XA 4EANA 1XD1A 1GJWA 3AXXA 5ABFB 2WXDM 4GI8A 1QNSA 4PBGA 1XCWA 3WDIA 4QAWA 3ZIZA 3GDBA 3KE0A 2WZEA 2QPSA 1OGGA 3PZOA 3TTYA 1JZ3A 1ECEA 3K8LA 1LG2A 1UUQA 1RH9A 1JI2A 4HMEA 3W81A 1E4MM 3MUAA 4CU7A 3EMCA 3B9EA 1GZJA 1HKIA 3CZKA 2BY3A 3U7BA 1ZL1A 3W6LA 4ZE4A 3VIHA 1ISXA 4GI9A 1KXVA 3WH7A 5A2BA 4Z2GA 4GZIA 2A3EA 2A3CA 4CN4A 1XYZA 3CZ8A 2JE8A 5A8PA 1CDGA 1WDRA 3KWXA 1UWSA 1WZLA 3CUFA 3WENA 1ODUA 3MKKA 3MO4A 2V3GA 1ZS2A 4HOXA 1OIFA 4BF7A 1F4HA 2XIIA 4GPNA 4MAZA 1H49A 2ZX6A 1KBKA 1SFSA 3SCUA 3VGBA 3CUHA 1W3KA 2BHYA 3CPUA 4XZWA 1KQZA 1NM9A 3MS8A 4D1IA 5CXPA 1W3JA 2XIBA 3GH4A 5CGTA 1H0GA 4FLOA 4TOQA 5D9MA 3W6MA 4CU8A 4AEFA 1EH9A 1HJWA 3AXHA 2GDVA 2CBUA 2NSXA 3K46A 2X09A 1KGUA 1UWQA 1XSIA 2W91A 2D0FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HBF A;  3VD9 A;  1WCG A;  2PBG A;  1W9P A;  2IUZ A;  2V5D A;  3CHD A;  4X0N A;  1K9T A;  5E0C A;  3FND A;  1QI0 A;  4FLQ A;  3OB8 A;  1I75 A;  1AQH A;  5KZ6 A;  1UWI A;  2WAG A;  1XH0 A;  1V03 A;  4F9D A;  3T08 A;  3SCW A;  1U33 A;  3TP4 A;  2J62 A;  5CSY A;  3GH5 A;  1JAE A;  3KEH A;  3CH9 A;  4U5I A;  4UOZ A;  1L0P A;  2JEQ A;  1GQL A;  2XWD A;  1Q6C A;  4PMU A;  2VRK A;  4KH2 A;  1UA7 A;  2DGA A;  1EGZ A;  2E0P A;  5AC5 A;  4E8D A;  4LX4 A;  3WQ4 A;  2VX7 A;  3OA5 A;  3M6D A;  4H8V A;  4B9Y A;  1K9F A;  1UA3 A;  2F2H A;  2XG9 A;  4GXP A;  1QW8 A;  4AXN A;  9CGT A;  4AIU A;  5TD4 A;  4CGT A;  1ISY A;  4TVC A;  1E1F A;  4DWS C;  5A8Q A;  6CGT A;  4UQD A;  1PX3 A;  5I3D A;  1EXP A;  2YDQ A;  2CYG A;  2DT0 A;  1V3K A;  3NSX A;  2J7F A;  4HMC A;  5E09 A;  1C8X A;  4GO8 A;  4W85 A;  4MJ4 A;  1MXG A;  1QI2 A;  3AIC A;  5D9P A;  2VL4 A;  1UHV A;  1R7A A;  5A3H A;  3A6O A;  4B16 A;  4PSP A;  5BRO A;  3GNO A;  3AHV A;  4JFS A;  1CGY A;  1UWT A;  2E3Z A;  3EMZ A;  2BY2 A;  5JUV A;  2DPE A;  3APG A; 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 1E5J A;  4X0V A;  3GNR A;  3WQ5 A;  1H2J A;  3F5J A;  2C8N A;  1RPK A;  1WNO A;  2WVU A;  1MFU A;  1NOF A;  1ZBK A;  2W67 A;  4W7U A;  4P7Q A;  4W84 A;  3WDP P;  3FXY A;  4CVU A;  3THD A;  1SR0 A;  5HOS A;  4UZS A;  3WQ8 A;  3AYS A;  2YBT A;  2WMF A;  3POH A;  4W87 A;  1PX8 A;  4B9Z A;  4URI A;  4FMV A;  3T2O A;  2XFF A;  5CGM A;  2GJR A;  1IZK A;  3WDR A;  3ZO9 A;  1V3I A;  3LPG A;  4PN2 A;  3N12 A;  1OIM A;  5HPC A;  4ACZ B;  4QLL A;  4IIS A;  1W9B M;  3ECQ A;  1B3Y A;  2XM2 A;  1JD7 A;  3MMW A;  4J3W A;  1W9X A;  3WH9 A;  1JYV A;  2WAN A;  2CKR A;  5A6K A;  3VIG A;  3KL0 A;  2WMJ A;  3KZS A;  3GZA A;  4CD7 A;  4CCE A;  2G3I A;  1KGX A;  5ECU A;  1EDT A;  2ZX8 A;  1B3V A;  2YDR A;  3K4A A;  5FOO A;  2ZX7 A;  4AY1 A;  3B8S A;  1FH7 A;  1VBU A;  2UY4 A;  3GBE A;  3U5Y A;  3CUI A;  3BCD A;  1VEO A;  4JFW A;  3CIV A;  1GCY A;  3DC0 A;  5BXR A;  1J0Z A;  1J0J A;  2CBJ A;  1CEC A;  4D6C A;  5BCA A;  1MW3 A;  1CZ1 A;  1H41 A;  4D6G A;  2BVY A;  2Z1K A;  3WDH A;  2DH2 A;  2YLL A;  3K8K A;  3MSD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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