3VIJA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with glucose
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNAPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Neotermes koshunensis
total genus 200
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vijA00
1IZKA 3IK2A 2YA0A 2BY3A 3GNRA 5DT5A 3QR3A 3MUZ1 1J9YA 5BRQA 1VFFA 2WKGA 4E8DA 1NQ6A 5I0DA 3WNLA 3WDQA 5DT7A 1B3VA 2F61A 2X05A 3WD0A 4CUCA 4HZ8A 3VGEA 1UR4A 3CO4A 2BHUA 2WSPA 3CH9A 1FH8A 1UZ4A 1J0HA 4PMDA 1OGBA 2XFYA 5E6YA 1GJUA 3WQWA 4WKHA 2WSKA 4FK9A 2E8ZA 3GH5A 4P7QA 4MPKA 1GOQA 3WUEA 3WH7A 1R7AA 3PZVA 3PZTA 4UR9A 1JYWA 1ZB5A 2BNJA 2RGMA 2ZIDA 4GKLA 1FFQA 1CGYA 1B31A 3RCNA 4B9YA 2VURA 2WVSA 3RO8A 2V3FA 1PAMA 3VD5A 1W1YA 3QHMA 2WZIA 5D9MA 3AICA 3VOCA 4JL2A 1Q6FA 2X2YA 5LYRA 2FHCA 3WMBA 3VX1A 3K4AA 2TAAA 3A4WA 4CU7A 1JFHA 2JF7A 4LYRA 1GPFA 4AEFA 2GDVA 5I3DA 3RJXA 1OT2A 1CEOA 4Z2HA 1E71M 2UY2A 2A3HA 1OWQA 2UY5A 1C7SA 2QV4A 3MO4A 1EDGA 5CPTA 1E6XM 1X6NA 5GNZA 3ZT6A 2WBGA 2WVUA 4CD5A 2OYMA 1HP4A 3CHEA 3QOKA 2DT2A 1ITXA 5A1AA 3EBVA 3GXDA 4U2YA 5I79A 1FP9A 4GO8A 3VIIA 4P7LA 4D6CA 3T2QA 3U7BA 1DWGM 5CZKA 1HT6A 3MSDA 3W82A 2OWCA 2WMIA 4AD2A 1CGUA 1CGTA 1KR1A 1BYCA 5A2BA 2CCRA 3ZR6A 2XPKA 3BAXA 4AZCA 2CNCA 3WD4A 2Y24A 2D20A 3AS0A 3B8SA 2XTKA 4IISA 4E4PA 5C70A 5TD4A 2OSXA 5CSYA 1CTNA 4Q7NA 1JNDA 1WB0A 4AZIA 3W27A 4PSRA 1E73M 3WDRA 2E9MA 1JZ6A 4UFMA 1W91A 2PWGA 3IJ8A 3CHCA 1D2KA 1ZBKA 4PTMA 2J7FA 4PMRA 1SFSA 1BQCA 3FHQA 1XH2A 4MB3A 2EEXA 3U5UA 1C91A 3OGVA 3VILA 1C90A 1G1YA 1MW2A 1N82A 3CUHA 1E6QM 1QI2A 3WEOA 3O6AA 3WQ5A 5I5RA 2WCGA 2BHYA 3WUGA 5E6ZA 4UTFA 1QOXA 1P6WA 2YBUA 1A3HA 4MNLA 1NOFA 7CGTA 4OOZA 3WDJA 2WKLA 2G8ZA 5LA1A 1W9DM 4AY1A 4GQQA 4AZ5A 3FW6A 5IXEA 3O9NA 4F79A 2V3GA 5D8ZA 3PTKA 3W29A 1HIZA 3WY1A 1TUXA 1OD0A 1V6XA 3VD4A 3BCDA 4M80A 1CXEA 3WBAA 1MQPA 4W5UA 4B16A 5CGMA 3U57A 4P7OA 3BAYA 2WC7A 4ATWA 4AD5A 2WHKA 4CN4A 3WN6A 3A4AA 3MUY1 5E0FA 1M04A 1WP6A 4HZ6A 3RMEA 3BAJA 2WVVA 1RP8A 3ZJ8A 2PWEA 3WF2A 4DWSD 3VIFA 2ZX8A 4XZBA 4F9JA 4CN1A 1UA7A 3NIYA 6CGTA 5A69A 4V28A 4LXFA 1UWTA 3AIWA 1WDSA 3VGBA 1OD8A 3KL0A 4H04A 1CWYA 3VNZA 3VGDA 4GZJA 4JIEA 3ARPA 1Q6EA 4ZXLA 2J77A 3VD9A 4P8VA 3RM9A 4AD4A 1OIFA 1JGIA 3T0BA 3VKKA 2BS9A 2YA2A 1RH9A 1D7FA 2WNWA 3CZEA 3BLKA 3LPPA 3AROA 2FDMA 2J47A 2YL8A 1CIUA 2VZOA 1W9UA 2WLZA 4RE2A 2XYLA 4NI3A 3PBGA 1US2A 3ALGA 3FNDA 2VRQA 1PPIA 3D5HA 4BQ3A 3A3HA 1QI3A 1K6AA 1CLXA 5HNNA 3K8LA 3AYSA 2QLYA 1V0MA 3M46A 1IT0A 4UFLA 2XIIA 1WPCA 4AW7A 1KCKA 1XYFA 5I23A 4AIOA 4JKKA 1I75A 1HP5A 1BG9A 1WE5A 4IPLA 4JFWA 3RIKA 4XB3A 1IZJA 1EOMA 5A8MA 1BTCA 2IXVA 5CPSA 2PBGA 3CMJA 3VPLA 4OBRA 1RP9A 2ZE0A 3ZOAA 3ARUA 4RE3A 4FF5A 1EQPA 3WD3A 1VIWA 3WQ6A 2J7GA 1ECEA 1H09A 5KZ6A 1QVBA 3B9DA 4J28A 4AZ7A 3VM7A 5BXSA 4P7RA 4D1IA 1SMAA 2CPUA 4B3KA 3ZT7A 3ZT5A 2VRKA 1KWGA 4JZ5A 4HMDA 3WQVA 4DWSA 4OJYA 2OYLA 4J27A 3VDBA 5FL1A 4AD3A 1AQHA 1WZMA 3K46A 1HKKA 2G4FA 4MB1A 3UR7A 1W2VA 1GZJA 2E9BA 4GPNA 5BWFA 1G0CA 3TTYA 1JYNA 1QNPA 5BYWA 5AYBA 1HJXA 2CKSA 5A6JA 4DUVA 1QNOA 1JD7A 2E4TA 3OA5A 2VCBA 1B1YA 2ZWZA 3K8KA 2PB1A 3EDDA 2O9RA 2VVNA 2VRJA 1E1FA 2WK2A 3QGVA 1QW8A 1XHGA 1LLOA 5GPRA 1ZU8A 5ECUA 4Z2JA 1MWOA 3WH5A 1CXIA 2GJXA 4UFKA 3SUUA 1JAEA 1BGAA 4OZOA 3NSXA 4AXNA 2A3CA 2HISA 2CHNA 1W3HA 2C7FA 4ACZA 1K9TA 3A6OA 1SR0A 3UR8A 3VVGA 3WF1A 2E0PA 4E8CA 3EDFA 3FN9A 1MXGA 4B3LA 2OWXA 2HVMA 1TA3A 4D71A 5LA2A 5ABFA 1PX3A 2AMGA 2YL6A 4M1RA 5AYIA 5CGTA 3CZJA 3CZGA 3WQ8A 4GO9A 3SCSA 3AIQA 3F4VA 5C8BB 2BVTA 4GI9A 4H8VA 4KGJA 4PMQA 2CESA 3WH9A 3UERA 2DGAA 4AWEA 4AZHA 7TAAA 2WLYA 3ARXA 3T09A 1DTUA 2ZUSA 5E0CA 4CD8A 2OSYA 3ZM8A 3AIRA 2V5DA 3GYCA 2BVYA 3MSGA 1OM0A 2DIEA 5LA0A 2ZUNA 5M3WA 2O92A 1UA3A 3BCFA 3PZQA 2VT0A 2EQDA 4J3UA 1XH1A 1Q6GA 4W93A 1TZ7A 4J3VA 4QP0A 2EXOA 3T0DA 4UNIA 3CUGA 2XG9A 2XWEA 4DM1A 2CYGA 3N1AA 4D6EA 1KQZA 3VIPA 3SCTA 2YBTA 3II1A 3ZJ6A 1DHKA 1M7XA 1XGZA 3GXFA 3OLGA 1HJSA 3SUSA 1E4MM 3N17A 5AC5A 3BC9A 4GIAA 4BS0A 4XZWA 2Z1KA 4CGTA 4QLLA 2DH3A 4JCLA 1DP0A 3LPFA 2XM2A 1UKSA 1H11A 1H4PA 3CUJA 2DSVA 3AISA 2WMHA 2GUYA 4W85A 3OGRA 3BSGA 5CQ1A 4HOXA 4AMCA 1J10A 4TVDA 3WFZA 1Q6CA 2ZXQA 3I3DA 4PMUA 2FGLA 3CHFA 3ECQA 3VIMA 4XX6A 3WF3A 1UD6A 2BV9A 2EO7A 2JIWA 1JYVA 3IAQA 3CHDA 1G94A 3OBAA 3FAWA 1V3MA 3L4UA 2V3DA 4AZGA 2B31A 2DQXA 1UKQA 3ARVA 3VU2A 4UFHA 2PWHA 4MNJA 4R5EA 3AXXA 1WZLA 2QPSA 1OGSA 4DWSB 4K68A 1GCYA 1KWKA 2ZXBA 5HDRA 4N0RA 3VIHA 3WEZA 3PTQA 2WC4A 3WNNA 4HMCA 4QCEA 1UKOA 3ZJKA 4E2OA 4D6FA 5HPCA 2G3JA 4QLJA 4U33A 1SMDA 3VDHA 1JIBA 2WCSA 3N12A 3WDPP 4PTWA 5A8NA 4F8XA 2J7DA 4NRSA 1R8LA 1UYQA 1E6SM 1VEMA 3T2PA 1UHVA 2DDXA 1VEOA 2E40A 5BROA 1S46A 1W3JA 5FOOA 1PZ2A 5FCZA 5E09A 3EDEA 3WSUA 1V0KA 1EH9A 2J25A 2YA1A 4P8UA 3SCOA 3W38A 1LWJA 2DSWA 3NSMA 1V6VA 1OGGA 3B9EA 1ZJBA 3VO0A 1I1WA 3ALFA 4ACZB 1B30A 1A47A 3UETA 3OLIA 4D6DA 4W88A 1V3HA 1TVPA 3BAWA 5ABGA 4UFJA 3ZR5A 3EDJA 5IDIA 2VI0A 3CZLA 4UOQA 2XVKA 4EE9A 1NWUA 2VMFA 5ABHA 3POHA 1TA3B 1HJVA 3OLEA 2G3NA 4DWSC 1W1PA 1CGWA 4TX8A 4R27A 1ODZA 1PX8A 3CGTA 3DYOA 5EB8A 3WNOA 4UOZA 4MDPA 2BXYA 2VUYA 4HOWA 4QDMA 5JBDA 2D2OA 2EPMX 4WSJA 3BAIA 2W5FA 3GDBA 3RJYA 1JZ2A 1QHZA 1PIFA 3A47A 4M81A 2WPGA 3VMPA 3RDKA 1E6ZA 1JZ5A 3AFBA 4H41A 1E9LA 1QW9A 2ZWYA 4PTVA 3A4XA 2JF6A 5EFFA 2XHYA 1TR1A 2YLLA 3APGA 1KXHA 3UG3A 1HX0A 1UQYA 3KE0A 3WUFA 2F8QA 1W1VA 4JCMA 1XC6A 3AXHA 2EPKX 1ISYA 4M8UA 1YHTA 1E5NA 2ZOXA 3GH4A 2FHFA 3GXIA 1JZ8A 4FLSA 4JFSA 3SCVA 3GBDA 1PIGA 4BCEA 2PWFA 1JZ4A 1ZJAA 2AOSA 1CENA 4GZEA 2G41A 2VR4A 1DWHM 3PZGA 3WKZA 2Z1SA 2D1ZA 4CD4A 3UG4A 1WKYA 1WDQA 1Q6DA 5JUVA 3OZOA 5A2AA 1JDCA 3AIUA 4J7RA 4TVCA 1BF2A 4JHOA 4QFUA 2Q8XA 4U3CA 5EMYA 4AIEA 1MQQA 4KGLA 3T0AA 3SCQA 3BMWA 2WMFA 5I78A 4S3JA 4J3TA 4WKAA 4YHGA 2GSJA 1IV8A 2BY1A 1NH6A 2CHOA 3AMKA 3FHAA 4D1JA 4WLCA 7A3HA 2F2HA 4YN5A 1MW1A 1PZ3A 3M7SA 2PI6A 3EMQA 2ZICA 2WC3A 5JBEA 4WF7A 5BXRA 3KZSA 2CBVA 1W9XA 2ZX6A 1NARA 3WNMA 4EK7A 1VJZA 2XWDA 4X9YA 3WF0A 2CITA 4TXEA 1PX4A 4PMZA 2WBKA 1GOOA 1HVQA 5DEZA 4H7VA 2VX7A 1LQ0A 3CIVA 4EKJA 3W28A 1QHPA 2RGLA 1B90A 1G01A 3MS8A 1V3KA 1VB9A 1I1XA 5EFDA 5EBAA 2JALA 1KR0A 3CMGA 5D9PA 3AZTA 3SUVA 3HN3A 4KWUA 1Z32X 5GNXA 3W26A 1E70M 3VD7A 1QI5A 3I3BA 2VX6A 1C92A 1QPKA 3W4RA 4AZ6A 1FOBA 1FFRA 2WAGA 3PZIA 3NDZA 4PUDA 1B3YA 1GUVA 1HKMA 5FD0A 3K8MA 4ATLA 3WFLA 2ZUVA 1V03A 3ARYA 4NSBA 4V2XA 3UCQA 3VIJA 3AHVA 3N11A 1C7TA 5DF0A 1C8QA 2J8FA 3AMDA 2JE8A 4JKLA 4KRUA 4XV0A 2QF8A 3L4WA 3W81A 2YKKA 3WUBA 4WSKA 3PZ9A 1V02A 1KBBA 5IFPA 1E5JA 4PUEA 2PC8A 1CLVA 1VF8A 1XSIA 2E8YA 1NM9A 1GQKA 4ML4A 4GI8A 4BA0A 2CETA 1M03A 3THDA 1NWRA 3W6MA 4B15A 5FIPA 3UESA 2EPOA 1ZS2A 1UQZA 1MFUA 3CUFA 4CCCA 1BLIA 1JZ3A 4PCSA 3TTOA 3PHAA 3TP4A 2D23A 1BHGA 2DT3A 1LL7A 4UQEA 1MFVA 1EO5A 3GNOA 1AMYA 1H5VA 5BRPA 3D3AA 1PEZA 4U3AA 4OOUA 2FHBA 2J75A 4RE4A 4P8WA 3FAXA 1HXJA 1V08A 4PMOA 3AMLA 2WMIB 1OIMA 3VDCA 1PBGA 5I77A 4AZCB 1EHNA 1JF6A 3IAPA 5A3HA 1HL9A 1BG4A 4PSPA 3WIJA 3AYRA 4W8BA 2VCAA 5A6SA 2J7CA 3OGSA 1UZ1A 1AQ0A 5DFAA 1ISWA 2V5CA 5JBFA 1MYRA 1MQRA 3CZ8A 1RPKA 1NWTA 1TCMA 1BSIA 3KEHA 1KCLA 3GBEA 2X1IA 1OT1A 2OSWA 1SYTA 4ZE4A 1WDRA 4W7WA 1V3JA 2W91A 5M5DA 1OBAA 4AIUA 3PZMA 4W87A 3SUTA 8CGTA 1PJ9A 4UQCA 3IANA 2QHAA 5KEZA 2DSUA 3OZPA 1GJWA 1L0PA 1YQ2A 3AZSA 1JF5A 1TE1A 2X0HA 1W3KA 5IHSA 1KXVA 4NF7A 1B3ZA 2WVTA 4AEEA 3AS3A 1WCGA 1U33A 3DHPA 2J4GA 5A6LA 3BAKA 2OLHA 1E4NA 1UKPA 3SCWA 3WD1A 4M24A 2VZSA 2XGIA 1KGUA 5D9NA 2W63A 2CERA 5DO8A 1B3XA 3ZIZA 4BF7A 1JAKA 3PZOA 1J0ZA 1OCQA 1VRXA 5JIWA 3WH6A 1Y7VA 2JEQA 3ARSA 5FKYA 1UD8A 4GI6A 1MXDA 2VX4A 4MJ2A 1K9EA 3AHYA 1NP0A 1WDPA 3CUIA 2JFEX 5JIPA 1HJUA 1GOKA 2YIHA 2YOCA 2FH6A 1JD9A 1DWIM 9CGTA 1FP8A 1JFXA 2VZVA 1CXFA 2XM1A 5A8OA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IZK A;  3IK2 A;  2YA0 A;  2BY3 A;  3GNR A;  5DT5 A;  3QR3 A;  3MUZ 1;  1J9Y A;  5BRQ A;  1VFF A;  2WKG A;  4E8D A;  1NQ6 A;  5I0D A;  3WNL A;  3WDQ A;  5DT7 A;  1B3V A;  2F61 A;  2X05 A;  3WD0 A;  4CUC A;  4HZ8 A;  3VGE A;  1UR4 A;  3CO4 A;  2BHU A;  2WSP A;  3CH9 A;  1FH8 A;  1UZ4 A;  1J0H A;  4PMD A;  1OGB A;  2XFY A;  5E6Y A;  1GJU A;  3WQW A;  4WKH A;  2WSK A;  4FK9 A;  2E8Z A;  3GH5 A;  4P7Q A;  4MPK A;  1GOQ A;  3WUE A;  3WH7 A;  1R7A A;  3PZV A;  3PZT A;  4UR9 A;  1JYW A;  1ZB5 A;  2BNJ A;  2RGM A;  2ZID A;  4GKL A;  1FFQ A;  1CGY A;  1B31 A;  3RCN A;  4B9Y A;  2VUR A;  2WVS A;  3RO8 A;  2V3F A;  1PAM A;  3VD5 A;  1W1Y A;  3QHM A;  2WZI A;  5D9M A;  3AIC A;  3VOC A;  4JL2 A;  1Q6F A;  2X2Y A;  5LYR A;  2FHC A;  3WMB A;  3VX1 A;  3K4A A;  2TAA A;  3A4W A;  4CU7 A;  1JFH A;  2JF7 A;  4LYR A;  1GPF A;  4AEF A;  2GDV A;  5I3D A;  3RJX A;  1OT2 A;  1CEO A;  4Z2H A;  1E71 M;  2UY2 A;  2A3H A;  1OWQ A;  2UY5 A;  1C7S A;  2QV4 A;  3MO4 A;  1EDG A;  5CPT A;  1E6X M;  1X6N A;  5GNZ A;  3ZT6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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